data_SMR-d3392996bb77438e426c33e6c53657b9_1 _entry.id SMR-d3392996bb77438e426c33e6c53657b9_1 _struct.entry_id SMR-d3392996bb77438e426c33e6c53657b9_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P18583 (isoform 2)/ SON_HUMAN, Protein SON Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P18583 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 311630.596 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SON_HUMAN P18583 1 ;MATNIEQIFRSFVVSKFREIQQELSSGRNEGQLNGETNTPIEGNQAGDAAASARSLPNEEIVQKIEEVLS GVLDTELRYKPDLKEGSRKSRCVSVQTDPTDEIPTKKSKKHKKHKNKKKKKKKEKEKKYKRQPEESESKT KSHDDGNIDLESDSFLKFDSEPSAVALELPTRAFGPSETNESPAVVLEPPVVSMEVSEPHILETLKPATK TAELSVVSTSVISEQSEQSVAVMPEPSMTKILDSFAAAPVPTTTLVLKSSEPVVTMSVEYQMKSVLKSVE STSPEPSKIMLVEPPVAKVLEPSETLVVSSETPTEVYPEPSTSTTMDFPESSAIEALRLPEQPVDVPSEI ADSSMTRPQELPELPKTTALELQESSVASAMELPGPPATSMPELQGPPVTPVLELPGPSATPVPELPGPL STPVPELPGPPATAVPELPGPSVTPVPQLSQELPGLPAPSMGLEPPQEVPEPPVMAQELPGLPLVTAAVE LPEQPAVTVAMELTEQPVTTTELEQPVGMTTVEHPGHPEVTTATGLLGQPEATMVLELPGQPVATTALEL PGQPSVTGVPELPGLPSATRALELSGQPVATGALELPGPLMAAGALEFSGQSGAAGALELLGQPLATGVL ELPGQPGAPELPGQPVATVALEISVQSVVTTSELSTMTVSQSLEVPSTTALESYNTVAQELPTTLVGETS VTVGVDPLMAPESHILASNTMETHILASNTMDSQMLASNTMDSQMLASNTMDSQMLASSTMDSQMLATSS MDSQMLATSSMDSQMLATSTMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATST MDSQMLATSTMDSQMLATSSMDSQMLASGTMDSQMLASGTMDAQMLASGTMDAQMLASSTQDSAMLGSKS PDPYRLAQDPYRLAQDPYRLGHDPYRLGHDAYRLGQDPYRLGHDPYRLTPDPYRMSPRPYRIAPRSYRIA PRPYRLAPRPLMLASRRSMMMSYAAERSMMSSYERSMMSYERSMMSPMAERSMMSAYERSMMSAYERSMM SPMAERSMMSAYERSMMSAYERSMMSPMADRSMMSMGADRSMMSSYSAADRSMMSSYSAADRSMMSSYTA DRSMMSMAADSYTDSYTDTYTEAYMVPPLPPEEPPTMPPLPPEEPPMTPPLPPEEPPEGPALPTEQSALT AENTWPTEVPSSPSEESVSQPEPPVSQSEISEPSAVPTDYSVSASDPSVLVSEAAVTVPEPPPEPESSIT LTPVESAVVAEEHEVVPERPVTCMVSETPAMSAEPTVLASEPPVMSETAETFDSMRASGHVASEVSTSLL VPAVTTPVLAESILEPPAMAAPESSAMAVLESSAVTVLESSTVTVLESSTVTVLEPSVVTVPEPPVVAEP DYVTIPVPVVSALEPSVPVLEPAVSVLQPSMIVSEPSVSVQESTVTVSEPAVTVSEQTQVIPTEVAIEST PMILESSIMSSHVMKGINLSSGDQNLAPEIGMQEIALHSGEEPHAEEHLKGDFYESEHGINIDLNINNHL IAKEMEHNTVCAAGTSPVGEIGEEKILPTSETKQRTVLDTYPGVSEADAGETLSSTGPFALEPDATGTSK GIEFTTASTLSLVNKYDVDLSLTTQDTEHDMVISTSPSGGSEADIEGPLPAKDIHLDLPSNNNLVSKDTE EPLPVKESDQTLAALLSPKESSGGEKEVPPPPKETLPDSGFSANIEDINEADLVRPLLPKDMERLTSLRA GIEGPLLASDVGRDRSAASPVVSSMPERASESSSEEKDDYEIFVKVKDTHEKSKKNKNRDKGEKEKKRDS SLRSRSKRSKSSEHKSRKRTSESRSRARKRSSKSKSHRSQTRSRSRSRRRRRSSRSRSKSRGRRSVSKEK RKRSPKHRSKSRERKRKRSSSRDNRKTVRARSRTPSRRSRSHTPSRRRRSRSVGRRRSFSISPSRRSRTP SRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRRRSRSVVRRRSFSISPVRLRRSRTPLRRRFSR SPIRRKRSRSSERGRSPKRLTDLDKAQLLEIAKANAAAMCAKAGVPLPPNLKPAPPPTIEEKVAKKSGGA TIEELTEKCKQIAQSKEDDDVIVNKPHVSDEEEEEPPFYHHPFKLSEPKPIFFNLNIAAAKPTPPKSQVT LTKEFPVSSGSQHRKKEADSVYGEWVPVEKNGEENKDDDNVFSSNLPSEPVDISTAMSERALAQKRLSEN AFDLEAMSMLNRAQERIDAWAQLNSIPGQFTGSTGVQVLTQEQLANTGAQAWIKKDQFLRAAPVTGGMGA VLMRKMGWREGEGLGKNKEGNKEPILVDFKTDRKGLVAVGERAQKRSGNFSAAMKDLSGKHPVSALMEIC NKRRWQPPEFLLVHDSGPDHRKHFLFRVLINGSAYQPSFASPNKKHAKATAATVVLQAMGLVPKDLMANA TCFRSASRR ; 'Protein SON' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2459 1 2459 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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A 1 2421 SER 2421 2421 SER SER A . A 1 2422 PRO 2422 2422 PRO PRO A . A 1 2423 ASN 2423 2423 ASN ASN A . A 1 2424 LYS 2424 2424 LYS LYS A . A 1 2425 LYS 2425 2425 LYS LYS A . A 1 2426 HIS 2426 2426 HIS HIS A . A 1 2427 ALA 2427 2427 ALA ALA A . A 1 2428 LYS 2428 2428 LYS LYS A . A 1 2429 ALA 2429 2429 ALA ALA A . A 1 2430 THR 2430 2430 THR THR A . A 1 2431 ALA 2431 2431 ALA ALA A . A 1 2432 ALA 2432 2432 ALA ALA A . A 1 2433 THR 2433 2433 THR THR A . A 1 2434 VAL 2434 2434 VAL VAL A . A 1 2435 VAL 2435 2435 VAL VAL A . A 1 2436 LEU 2436 2436 LEU LEU A . A 1 2437 GLN 2437 2437 GLN GLN A . A 1 2438 ALA 2438 2438 ALA ALA A . A 1 2439 MET 2439 2439 MET MET A . A 1 2440 GLY 2440 2440 GLY GLY A . A 1 2441 LEU 2441 2441 LEU LEU A . A 1 2442 VAL 2442 2442 VAL VAL A . A 1 2443 PRO 2443 2443 PRO PRO A . A 1 2444 LYS 2444 2444 LYS LYS A . A 1 2445 ASP 2445 2445 ASP ASP A . A 1 2446 LEU 2446 2446 LEU LEU A . A 1 2447 MET 2447 ? ? ? A . A 1 2448 ALA 2448 ? ? ? A . A 1 2449 ASN 2449 ? ? ? A . A 1 2450 ALA 2450 ? ? ? A . A 1 2451 THR 2451 ? ? ? A . A 1 2452 CYS 2452 ? ? ? A . A 1 2453 PHE 2453 ? ? ? A . A 1 2454 ARG 2454 ? ? ? A . A 1 2455 SER 2455 ? ? ? A . A 1 2456 ALA 2456 ? ? ? A . A 1 2457 SER 2457 ? ? ? A . A 1 2458 ARG 2458 ? ? ? A . A 1 2459 ARG 2459 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like {PDB ID=5oc5, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5oc5.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5oc5, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MTSEQTGEPAEDTSGVIKMAVKFDRRAYPAQITPKMCLLEWCRREKLAQPVYETVQRPLDRLFSSIVTVA EQKYQSTLWDKSAALAEQAAAIVCLRSQGLPEGRLGEESPSLHKHHHHHH ; ;MTSEQTGEPAEDTSGVIKMAVKFDRRAYPAQITPKMCLLEWCRREKLAQPVYETVQRPLDRLFSSIVTVA EQKYQSTLWDKSAALAEQAAAIVCLRSQGLPEGRLGEESPSLHKHHHHHH ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 30 107 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5oc5 2024-01-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2459 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2459 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 7.9e-07 23.077 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MATNIEQIFRSFVVSKFREIQQELSSGRNEGQLNGETNTPIEGNQAGDAAASARSLPNEEIVQKIEEVLSGVLDTELRYKPDLKEGSRKSRCVSVQTDPTDEIPTKKSKKHKKHKNKKKKKKKEKEKKYKRQPEESESKTKSHDDGNIDLESDSFLKFDSEPSAVALELPTRAFGPSETNESPAVVLEPPVVSMEVSEPHILETLKPATKTAELSVVSTSVISEQSEQSVAVMPEPSMTKILDSFAAAPVPTTTLVLKSSEPVVTMSVEYQMKSVLKSVESTSPEPSKIMLVEPPVAKVLEPSETLVVSSETPTEVYPEPSTSTTMDFPESSAIEALRLPEQPVDVPSEIADSSMTRPQELPELPKTTALELQESSVASAMELPGPPATSMPELQGPPVTPVLELPGPSATPVPELPGPLSTPVPELPGPPATAVPELPGPSVTPVPQLSQELPGLPAPSMGLEPPQEVPEPPVMAQELPGLPLVTAAVELPEQPAVTVAMELTEQPVTTTELEQPVGMTTVEHPGHPEVTTATGLLGQPEATMVLELPGQPVATTALELPGQPSVTGVPELPGLPSATRALELSGQPVATGALELPGPLMAAGALEFSGQSGAAGALELLGQPLATGVLELPGQPGAPELPGQPVATVALEISVQSVVTTSELSTMTVSQSLEVPSTTALESYNTVAQELPTTLVGETSVTVGVDPLMAPESHILASNTMETHILASNTMDSQMLASNTMDSQMLASNTMDSQMLASSTMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSTMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSSMDSQMLATSTMDSQMLATSTMDSQMLATSSMDSQMLASGTMDSQMLASGTMDAQMLASGTMDAQMLASSTQDSAMLGSKSPDPYRLAQDPYRLAQDPYRLGHDPYRLGHDAYRLGQDPYRLGHDPYRLTPDPYRMSPRPYRIAPRSYRIAPRPYRLAPRPLMLASRRSMMMSYAAERSMMSSYERSMMSYERSMMSPMAERSMMSAYERSMMSAYERSMMSPMAERSMMSAYERSMMSAYERSMMSPMADRSMMSMGADRSMMSSYSAADRSMMSSYSAADRSMMSSYTADRSMMSMAADSYTDSYTDTYTEAYMVPPLPPEEPPTMPPLPPEEPPMTPPLPPEEPPEGPALPTEQSALTAENTWPTEVPSSPSEESVSQPEPPVSQSEISEPSAVPTDYSVSASDPSVLVSEAAVTVPEPPPEPESSITLTPVESAVVAEEHEVVPERPVTCMVSETPAMSAEPTVLASEPPVMSETAETFDSMRASGHVASEVSTSLLVPAVTTPVLAESILEPPAMAAPESSAMAVLESSAVTVLESSTVTVLESSTVTVLEPSVVTVPEPPVVAEPDYVTIPVPVVSALEPSVPVLEPAVSVLQPSMIVSEPSVSVQESTVTVSEPAVTVSEQTQVIPTEVAIESTPMILESSIMSSHVMKGINLSSGDQNLAPEIGMQEIALHSGEEPHAEEHLKGDFYESEHGINIDLNINNHLIAKEMEHNTVCAAGTSPVGEIGEEKILPTSETKQRTVLDTYPGVSEADAGETLSSTGPFALEPDATGTSKGIEFTTASTLSLVNKYDVDLSLTTQDTEHDMVISTSPSGGSEADIEGPLPAKDIHLDLPSNNNLVSKDTEEPLPVKESDQTLAALLSPKESSGGEKEVPPPPKETLPDSGFSANIEDINEADLVRPLLPKDMERLTSLRAGIEGPLLASDVGRDRSAASPVVSSMPERASESSSEEKDDYEIFVKVKDTHEKSKKNKNRDKGEKEKKRDSSLRSRSKRSKSSEHKSRKRTSESRSRARKRSSKSKSHRSQTRSRSRSRRRRRSSRSRSKSRGRRSVSKEKRKRSPKHRSKSRERKRKRSSSRDNRKTVRARSRTPSRRSRSHTPSRRRRSRSVGRRRSFSISPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRSRTPSRRRRSRSVVRRRSFSISPVRLRRSRTPLRRRFSRSPIRRKRSRSSERGRSPKRLTDLDKAQLLEIAKANAAAMCAKAGVPLPPNLKPAPPPTIEEKVAKKSGGATIEELTEKCKQIAQSKEDDDVIVNKPHVSDEEEEEPPFYHHPFKLSEPKPIFFNLNIAAAKPTPPKSQVTLTKEFPVSSGSQHRKKEADSVYGEWVPVEKNGEENKDDDNVFSSNLPSEPVDISTAMSERALAQKRLSENAFDLEAMSMLNRAQERIDAWAQLNSIPGQFTGSTGVQVLTQEQLANTGAQAWIKKDQFLRAAPVTGGMGAVLMRKMGWREGEGLGKNKEGNKEPILVDFKTDRKGLVAVGERAQKRSGNFSAAMKDLSGKHPVSALMEICNKRRWQPPEFLLVHDSGPDHRKHFLFRVLINGSAYQPSFASPNKKHAKATAATVVLQAMGLVPKDLMANATCFRSASRR 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AQITPKMCLLEWCRREKLAQPVYETVQR-P--LDRLFSSIVTVAEQKYQSTLWDKSAALAEQAAAIVCLRSQGLPEGRLGE----------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5oc5.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 2368 2368 ? A 4.285 2.706 2.599 1 1 A SER 0.190 1 ATOM 2 C CA . SER 2368 2368 ? A 4.829 2.158 3.902 1 1 A SER 0.190 1 ATOM 3 C C . SER 2368 2368 ? A 4.292 0.813 4.369 1 1 A SER 0.190 1 ATOM 4 O O . SER 2368 2368 ? A 5.085 -0.046 4.721 1 1 A SER 0.190 1 ATOM 5 C CB . SER 2368 2368 ? A 4.616 3.188 5.051 1 1 A SER 0.190 1 ATOM 6 O OG . SER 2368 2368 ? A 3.245 3.592 5.116 1 1 A SER 0.190 1 ATOM 7 N N . GLY 2369 2369 ? A 2.956 0.587 4.412 1 1 A GLY 0.310 1 ATOM 8 C CA . GLY 2369 2369 ? A 2.381 -0.678 4.894 1 1 A GLY 0.310 1 ATOM 9 C C . GLY 2369 2369 ? A 2.236 -1.815 3.903 1 1 A GLY 0.310 1 ATOM 10 O O . GLY 2369 2369 ? A 1.759 -2.887 4.257 1 1 A GLY 0.310 1 ATOM 11 N N . LYS 2370 2370 ? A 2.602 -1.629 2.624 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 12 C CA . LYS 2370 2370 ? A 2.486 -2.660 1.606 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 13 C C . LYS 2370 2370 ? A 3.859 -2.783 0.966 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 14 O O . LYS 2370 2370 ? A 4.479 -1.760 0.675 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 15 C CB . LYS 2370 2370 ? A 1.375 -2.321 0.563 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 16 C CG . LYS 2370 2370 ? A -0.032 -2.242 1.200 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 17 C CD . LYS 2370 2370 ? A -1.166 -1.805 0.248 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 18 C CE . LYS 2370 2370 ? A -2.508 -1.641 0.990 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 19 N NZ . LYS 2370 2370 ? A -3.582 -1.120 0.105 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 20 N N . HIS 2371 2371 ? A 4.384 -4.019 0.799 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 21 C CA . HIS 2371 2371 ? A 5.765 -4.265 0.407 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 22 C C . HIS 2371 2371 ? A 5.802 -5.430 -0.574 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 23 O O . HIS 2371 2371 ? A 4.835 -6.197 -0.627 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 24 C CB . HIS 2371 2371 ? A 6.638 -4.690 1.624 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 25 C CG . HIS 2371 2371 ? A 6.899 -3.585 2.589 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 26 N ND1 . HIS 2371 2371 ? A 7.873 -2.654 2.292 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 27 C CD2 . HIS 2371 2371 ? A 6.269 -3.257 3.746 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 28 C CE1 . HIS 2371 2371 ? A 7.810 -1.769 3.262 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 29 N NE2 . HIS 2371 2371 ? A 6.856 -2.087 4.171 1 1 A HIS 0.510 1 ATOM 30 N N . PRO 2372 2372 ? A 6.886 -5.657 -1.325 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 31 C CA . PRO 2372 2372 ? A 7.027 -6.825 -2.197 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 32 C C . PRO 2372 2372 ? A 6.879 -8.165 -1.495 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 33 O O . PRO 2372 2372 ? A 6.315 -9.096 -2.067 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 34 C CB . PRO 2372 2372 ? A 8.420 -6.647 -2.818 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 35 C CG . PRO 2372 2372 ? A 8.566 -5.127 -2.919 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 36 C CD . PRO 2372 2372 ? A 7.886 -4.626 -1.643 1 1 A PRO 0.650 1 ATOM 37 N N . VAL 2373 2373 ? A 7.368 -8.299 -0.246 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 38 C CA . VAL 2373 2373 ? A 7.224 -9.518 0.545 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 39 C C . VAL 2373 2373 ? A 5.766 -9.846 0.849 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 40 O O . VAL 2373 2373 ? A 5.317 -10.974 0.665 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 41 C CB . VAL 2373 2373 ? A 8.028 -9.436 1.846 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 42 C CG1 . VAL 2373 2373 ? A 7.850 -10.713 2.697 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 43 C CG2 . VAL 2373 2373 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.553 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2368 SER 1 0.190 2 1 A 2369 GLY 1 0.310 3 1 A 2370 LYS 1 0.420 4 1 A 2371 HIS 1 0.510 5 1 A 2372 PRO 1 0.650 6 1 A 2373 VAL 1 0.700 7 1 A 2374 SER 1 0.660 8 1 A 2375 ALA 1 0.680 9 1 A 2376 LEU 1 0.680 10 1 A 2377 MET 1 0.650 11 1 A 2378 GLU 1 0.640 12 1 A 2379 ILE 1 0.660 13 1 A 2380 CYS 1 0.690 14 1 A 2381 ASN 1 0.600 15 1 A 2382 LYS 1 0.630 16 1 A 2383 ARG 1 0.540 17 1 A 2384 ARG 1 0.490 18 1 A 2385 TRP 1 0.520 19 1 A 2386 GLN 1 0.560 20 1 A 2387 PRO 1 0.660 21 1 A 2388 PRO 1 0.680 22 1 A 2389 GLU 1 0.660 23 1 A 2390 PHE 1 0.650 24 1 A 2391 LEU 1 0.620 25 1 A 2392 LEU 1 0.590 26 1 A 2393 VAL 1 0.470 27 1 A 2394 HIS 1 0.380 28 1 A 2395 ASP 1 0.310 29 1 A 2396 SER 1 0.440 30 1 A 2397 GLY 1 0.380 31 1 A 2398 PRO 1 0.320 32 1 A 2399 ASP 1 0.340 33 1 A 2400 HIS 1 0.310 34 1 A 2401 ARG 1 0.360 35 1 A 2402 LYS 1 0.440 36 1 A 2403 HIS 1 0.460 37 1 A 2404 PHE 1 0.520 38 1 A 2405 LEU 1 0.590 39 1 A 2406 PHE 1 0.600 40 1 A 2407 ARG 1 0.610 41 1 A 2408 VAL 1 0.700 42 1 A 2409 LEU 1 0.640 43 1 A 2410 ILE 1 0.670 44 1 A 2411 ASN 1 0.640 45 1 A 2412 GLY 1 0.600 46 1 A 2413 SER 1 0.620 47 1 A 2414 ALA 1 0.660 48 1 A 2415 TYR 1 0.600 49 1 A 2416 GLN 1 0.530 50 1 A 2417 PRO 1 0.520 51 1 A 2418 SER 1 0.370 52 1 A 2419 PHE 1 0.330 53 1 A 2420 ALA 1 0.510 54 1 A 2421 SER 1 0.560 55 1 A 2422 PRO 1 0.520 56 1 A 2423 ASN 1 0.560 57 1 A 2424 LYS 1 0.600 58 1 A 2425 LYS 1 0.620 59 1 A 2426 HIS 1 0.590 60 1 A 2427 ALA 1 0.680 61 1 A 2428 LYS 1 0.670 62 1 A 2429 ALA 1 0.700 63 1 A 2430 THR 1 0.670 64 1 A 2431 ALA 1 0.720 65 1 A 2432 ALA 1 0.730 66 1 A 2433 THR 1 0.670 67 1 A 2434 VAL 1 0.700 68 1 A 2435 VAL 1 0.710 69 1 A 2436 LEU 1 0.650 70 1 A 2437 GLN 1 0.610 71 1 A 2438 ALA 1 0.610 72 1 A 2439 MET 1 0.540 73 1 A 2440 GLY 1 0.630 74 1 A 2441 LEU 1 0.560 75 1 A 2442 VAL 1 0.530 76 1 A 2443 PRO 1 0.500 77 1 A 2444 LYS 1 0.390 78 1 A 2445 ASP 1 0.280 79 1 A 2446 LEU 1 0.150 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #