data_SMR-8f270ea4b72963fc7443af95a1c66edb_3 _entry.id SMR-8f270ea4b72963fc7443af95a1c66edb_3 _struct.entry_id SMR-8f270ea4b72963fc7443af95a1c66edb_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9Y618/ NCOR2_HUMAN, Nuclear receptor corepressor 2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9Y618' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 319329.328 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NCOR2_HUMAN Q9Y618 1 ;MSGSTQPVAQTWRATEPRYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQHHSRDYASHLSPGSIIQPQRRRPSLLS EFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPDPLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRS LTGKLEPVSPPSPPHTDPELELVPPRLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEP EKPVSPPPIESKHRSLVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKL ILYFKRRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERM QSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMADPM KVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRR GKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEKEKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDE KEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANSEEAITPQQSAELASMELNESSRWTEEEMETAKKGLLEH GRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKAPAAASEEAAFPPVV EDEEMEASGVSGNEEEMVEEAEALHASGNEVPRGECSGPATVNNSSDTESIPSPHTEAAKDTGQNGPKPP ATLGADGPPPGPPTPPPEDIPAPTEPTPASEATGAPTPPPAPPSPSAPPPVVPKEEKEEETAAAPPVEEG EEQKPPAAEELAVDTGKAEEPVKSECTEEAEEGPAKGKDAEAAEATAEGALKAEKKEGGSGRATTAKSSG APQDSDSSATCSADEVDEAEGGDKNRLLSPRPSLLTPTGDPRANASPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIQVTK VHEPPREDAAPTKPAPPAPPPPQNLQPESDAPQQPGSSPRGKSRSPAPPADKEAFAAEAQKLPGDPPCWT SGLPFPVPPREVIKASPHAPDPSAFSYAPPGHPLPLGLHDTARPVLPRPPTISNPPPLISSAKHPSVLER QIGAISQGMSVQLHVPYSEHAKAPVGPVTMGLPLPMDPKKLAPFSGVKQEQLSPRGQAGPPESLGVPTAQ EASVLRGTALGSVPGGSITKGIPSTRVPSDSAITYRGSITHGTPADVLYKGTITRIIGEDSPSRLDRGRE DSLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVTQCSKEDGRSSSGPPHETAAPKRTYDMMEGRVGRAISSASIEGL MGRAIPPERHSPHHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLRREAKLLKREGTPPPPPPSRDLTEAYKTQ ALGPLKLKPAHEGLVATVKEAGRSIHEIPREELRHTPELPLAPRPLKEGSITQGTPLKYDTGASTTGSKK HDVRSLIGSPGRTFPPVHPLDVMADARALERACYEESLKSRPGTASSSGGSIARGAPVIVPELGKPRQSP LTYEDHGAPFAGHLPRGSPVTTREPTPRLQEGSLSSSKASQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISP YEHLLRGVSGVDLYRSHIPLAFDPTSIPRGIPLDAAAAYYLPRHLAPNPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALE NRQTIINDYITSQQMHHNAATAMAQRADMLRGLSPRESSLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGT PATAMDRLAYLPTAPQPFSSRHSSSPLSPGGPTHLTKPTTTSSSERERDRDRERDRDREREKSILTSTTT VEHAPIWRPGTEQSSGSSGGGGGSSSRPASHSHAHQHSPISPRTQDALQQRPSVLHNTGMKGIITAVEPS TPTVLRSTSTSSPVRPAATFPPATHCPLGGTLDGVYPTLMEPVLLPKEAPRVARPERPRADTGHAFLAKP PARSGLEPASSPSKGSEPRPLVPPVSGHATIARTPAKNLAPHHASPDPPAPPASASDPHREKTQSKPFSI QELELRSLGYHGSSYSPEGVEPVSPVSSPSLTHDKGLPKHLEELDKSHLEGELRPKQPGPVKLGGEAAHL PHLRPLPESQPSSSPLLQTAPGVKGHQRVVTLAQHISEVITQDYTRHHPQQLSAPLPAPLYSFPGASCPV LDLRRPPSDLYLPPPDHGAPARGSPHSEGGKRSPEPNKTSVLGGGEDGIEPVSPPEGMTEPGHSRSAVYP LLYRDGEQTEPSRMGSKSPGNTSQPPAFFSKLTESNSAMVKSKKQEINKKLNTHNRNEPEYNISQPGTEI FNMPAITGTGLMTYRSQAVQEHASTNMGLEAIIRKALMGKYDQWEESPPLSANAFNPLNASASLPAAMPI TAADGRSDHTLTSPGGGGKAKVSGRPSSRKAKSPAPGLASGDRPPSVSSVHSEGDCNRRTPLTNRVWEDR PSSAGSTPFPYNPLIMRLQAGVMASPPPPGLPAGSGPLAGPHHAWDEEPKPLLCSQYETLSDSE ; 'Nuclear receptor corepressor 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2514 1 2514 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NCOR2_HUMAN Q9Y618 . 1 2514 9606 'Homo sapiens (Human)' 2018-09-12 70A89C9A19612AAD # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSGSTQPVAQTWRATEPRYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQHHSRDYASHLSPGSIIQPQRRRPSLLS EFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPDPLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRS LTGKLEPVSPPSPPHTDPELELVPPRLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEP EKPVSPPPIESKHRSLVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKL ILYFKRRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERM QSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMADPM KVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRR GKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEKEKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDE KEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANSEEAITPQQSAELASMELNESSRWTEEEMETAKKGLLEH 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A 1 2384 ASP 2384 ? ? ? A . A 1 2385 GLY 2385 ? ? ? A . A 1 2386 ARG 2386 ? ? ? A . A 1 2387 SER 2387 ? ? ? A . A 1 2388 ASP 2388 ? ? ? A . A 1 2389 HIS 2389 ? ? ? A . A 1 2390 THR 2390 ? ? ? A . A 1 2391 LEU 2391 ? ? ? A . A 1 2392 THR 2392 ? ? ? A . A 1 2393 SER 2393 ? ? ? A . A 1 2394 PRO 2394 ? ? ? A . A 1 2395 GLY 2395 ? ? ? A . A 1 2396 GLY 2396 ? ? ? A . A 1 2397 GLY 2397 ? ? ? A . A 1 2398 GLY 2398 ? ? ? A . A 1 2399 LYS 2399 ? ? ? A . A 1 2400 ALA 2400 ? ? ? A . A 1 2401 LYS 2401 ? ? ? A . A 1 2402 VAL 2402 ? ? ? A . A 1 2403 SER 2403 ? ? ? A . A 1 2404 GLY 2404 ? ? ? A . A 1 2405 ARG 2405 ? ? ? A . A 1 2406 PRO 2406 ? ? ? A . A 1 2407 SER 2407 ? ? ? A . A 1 2408 SER 2408 ? ? ? A . A 1 2409 ARG 2409 ? ? ? A . A 1 2410 LYS 2410 ? ? ? A . A 1 2411 ALA 2411 ? ? ? A . A 1 2412 LYS 2412 ? ? ? A . A 1 2413 SER 2413 ? ? ? A . A 1 2414 PRO 2414 ? ? ? A . A 1 2415 ALA 2415 ? ? ? A . A 1 2416 PRO 2416 ? ? ? A . A 1 2417 GLY 2417 ? ? ? A . A 1 2418 LEU 2418 ? ? ? A . A 1 2419 ALA 2419 ? ? ? A . A 1 2420 SER 2420 ? ? ? A . A 1 2421 GLY 2421 ? ? ? A . A 1 2422 ASP 2422 ? ? ? A . A 1 2423 ARG 2423 ? ? ? A . A 1 2424 PRO 2424 ? ? ? A . A 1 2425 PRO 2425 ? ? ? A . A 1 2426 SER 2426 ? ? ? A . A 1 2427 VAL 2427 ? ? ? A . A 1 2428 SER 2428 ? ? ? A . A 1 2429 SER 2429 ? ? ? A . A 1 2430 VAL 2430 ? ? ? A . A 1 2431 HIS 2431 ? ? ? A . A 1 2432 SER 2432 ? ? ? A . A 1 2433 GLU 2433 ? ? ? A . A 1 2434 GLY 2434 ? ? ? A . A 1 2435 ASP 2435 ? ? ? A . A 1 2436 CYS 2436 ? ? ? A . A 1 2437 ASN 2437 ? ? ? A . A 1 2438 ARG 2438 ? ? ? A . A 1 2439 ARG 2439 ? ? ? A . A 1 2440 THR 2440 ? ? ? A . A 1 2441 PRO 2441 ? ? ? A . A 1 2442 LEU 2442 ? ? ? A . A 1 2443 THR 2443 ? ? ? A . A 1 2444 ASN 2444 ? ? ? A . A 1 2445 ARG 2445 ? ? ? A . A 1 2446 VAL 2446 ? ? ? A . A 1 2447 TRP 2447 ? ? ? A . A 1 2448 GLU 2448 ? ? ? A . A 1 2449 ASP 2449 ? ? ? A . A 1 2450 ARG 2450 ? ? ? A . A 1 2451 PRO 2451 ? ? ? A . A 1 2452 SER 2452 ? ? ? A . A 1 2453 SER 2453 ? ? ? A . A 1 2454 ALA 2454 ? ? ? A . A 1 2455 GLY 2455 ? ? ? A . A 1 2456 SER 2456 ? ? ? A . A 1 2457 THR 2457 ? ? ? A . A 1 2458 PRO 2458 ? ? ? A . A 1 2459 PHE 2459 ? ? ? A . A 1 2460 PRO 2460 ? ? ? A . A 1 2461 TYR 2461 ? ? ? A . A 1 2462 ASN 2462 ? ? ? A . A 1 2463 PRO 2463 ? ? ? A . A 1 2464 LEU 2464 ? ? ? A . A 1 2465 ILE 2465 ? ? ? A . A 1 2466 MET 2466 ? ? ? A . A 1 2467 ARG 2467 ? ? ? A . A 1 2468 LEU 2468 ? ? ? A . A 1 2469 GLN 2469 ? ? ? A . A 1 2470 ALA 2470 ? ? ? A . A 1 2471 GLY 2471 ? ? ? A . A 1 2472 VAL 2472 ? ? ? A . A 1 2473 MET 2473 ? ? ? A . A 1 2474 ALA 2474 ? ? ? A . A 1 2475 SER 2475 ? ? ? A . A 1 2476 PRO 2476 ? ? ? A . A 1 2477 PRO 2477 ? ? ? A . A 1 2478 PRO 2478 ? ? ? A . A 1 2479 PRO 2479 ? ? ? A . A 1 2480 GLY 2480 ? ? ? A . A 1 2481 LEU 2481 ? ? ? A . A 1 2482 PRO 2482 ? ? ? A . A 1 2483 ALA 2483 ? ? ? A . A 1 2484 GLY 2484 ? ? ? A . A 1 2485 SER 2485 ? ? ? A . A 1 2486 GLY 2486 ? ? ? A . A 1 2487 PRO 2487 ? ? ? A . A 1 2488 LEU 2488 ? ? ? A . A 1 2489 ALA 2489 ? ? ? A . A 1 2490 GLY 2490 ? ? ? A . A 1 2491 PRO 2491 ? ? ? A . A 1 2492 HIS 2492 ? ? ? A . A 1 2493 HIS 2493 ? ? ? A . A 1 2494 ALA 2494 ? ? ? A . A 1 2495 TRP 2495 ? ? ? A . A 1 2496 ASP 2496 ? ? ? A . A 1 2497 GLU 2497 ? ? ? A . A 1 2498 GLU 2498 ? ? ? A . A 1 2499 PRO 2499 ? ? ? A . A 1 2500 LYS 2500 ? ? ? A . A 1 2501 PRO 2501 ? ? ? A . A 1 2502 LEU 2502 ? ? ? A . A 1 2503 LEU 2503 ? ? ? A . A 1 2504 CYS 2504 ? ? ? A . A 1 2505 SER 2505 ? ? ? A . A 1 2506 GLN 2506 ? ? ? A . A 1 2507 TYR 2507 ? ? ? A . A 1 2508 GLU 2508 ? ? ? A . A 1 2509 THR 2509 ? ? ? A . A 1 2510 LEU 2510 ? ? ? A . A 1 2511 SER 2511 ? ? ? A . A 1 2512 ASP 2512 ? ? ? A . A 1 2513 SER 2513 ? ? ? A . A 1 2514 GLU 2514 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nuclear receptor corepressor 2 {PDB ID=1xc5, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1xc5.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1xc5, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENY K ; ;GSMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENY K ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 3 71 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1xc5 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2514 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2514 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.9e-14 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSGSTQPVAQTWRATEPRYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQHHSRDYASHLSPGSIIQPQRRRPSLLSEFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPDPLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRSLTGKLEPVSPPSPPHTDPELELVPPRLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPIESKHRSLVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKLILYFKRRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERMQSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRRGKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEKEKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANSEEAITPQQSAELASMELNESSRWTEEEMETAKKGLLEHGRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKAPAAASEEAAFPPVVEDEEMEASGVSGNEEEMVEEAEALHASGNEVPRGECSGPATVNNSSDTESIPSPHTEAAKDTGQNGPKPPATLGADGPPPGPPTPPPEDIPAPTEPTPASEATGAPTPPPAPPSPSAPPPVVPKEEKEEETAAAPPVEEGEEQKPPAAEELAVDTGKAEEPVKSECTEEAEEGPAKGKDAEAAEATAEGALKAEKKEGGSGRATTAKSSGAPQDSDSSATCSADEVDEAEGGDKNRLLSPRPSLLTPTGDPRANASPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIQVTKVHEPPREDAAPTKPAPPAPPPPQNLQPESDAPQQPGSSPRGKSRSPAPPADKEAFAAEAQKLPGDPPCWTSGLPFPVPPREVIKASPHAPDPSAFSYAPPGHPLPLGLHDTARPVLPRPPTISNPPPLISSAKHPSVLERQIGAISQGMSVQLHVPYSEHAKAPVGPVTMGLPLPMDPKKLAPFSGVKQEQLSPRGQAGPPESLGVPTAQEASVLRGTALGSVPGGSITKGIPSTRVPSDSAITYRGSITHGTPADVLYKGTITRIIGEDSPSRLDRGREDSLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVTQCSKEDGRSSSGPPHETAAPKRTYDMMEGRVGRAISSASIEGLMGRAIPPERHSPHHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLRREAKLLKREGTPPPPPPSRDLTEAYKTQALGPLKLKPAHEGLVATVKEAGRSIHEIPREELRHTPELPLAPRPLKEGSITQGTPLKYDTGASTTGSKKHDVRSLIGSPGRTFPPVHPLDVMADARALERACYEESLKSRPGTASSSGGSIARGAPVIVPELGKPRQSPLTYEDHGAPFAGHLPRGSPVTTREPTPRLQEGSLSSSKASQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISPYEHLLRGVSGVDLYRSHIPLAFDPTSIPRGIPLDAAAAYYLPRHLAPNPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALENRQTIINDYITSQQMHHNAATAMAQRADMLRGLSPRESSLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGTPATAMDRLAYLPTAPQPFSSRHSSSPLSPGGPTHLTKPTTTSSSERERDRDRERDRDREREKSILTSTTTVEHAPIWRPGTEQSSGSSGGGGGSSSRPASHSHAHQHSPISPRTQDALQQRPSVLHNTGMKGIITAVEPSTPTVLRSTSTSSPVRPAATFPPATHCPLGGTLDGVYPTLMEPVLLPKEAPRVARPERPRADTGHAFLAKPPARSGLEPASSPSKGSEPRPLVPPVSGHATIARTPAKNLAPHHASPDPPAPPASASDPHREKTQSKPFSIQELELRSLGYHGSSYSPEGVEPVSPVSSPSLTHDKGLPKHLEELDKSHLEGELRPKQPGPVKLGGEAAHLPHLRPLPESQPSSSPLLQTAPGVKGHQRVVTLAQHISEVITQDYTRHHPQQLSAPLPAPLYSFPGASCPVLDLRRPPSDLYLPPPDHGAPARGSPHSEGGKRSPEPNKTSVLGGGEDGIEPVSPPEGMTEPGHSRSAVYPLLYRDGEQTEPSRMGSKSPGNTSQPPAFFSKLTESNSAMVKSKKQEINKKLNTHNRNEPEYNISQPGTEIFNMPAITGTGLMTYRSQAVQEHASTNMGLEAIIRKALMGKYDQWEESPPLSANAFNPLNASASLPAAMPITAADGRSDHTLTSPGGGGKAKVSGRPSSRKAKSPAPGLASGDRPPSVSSVHSEGDCNRRTPLTNRVWEDRPSSAGSTPFPYNPLIMRLQAGVMASPPPPGLPAGSGPLAGPHHAWDEEPKPLLCSQYETLSDSE 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1xc5.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 2.854 -9.079 -8.470 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 142 C CG . ASN 430 430 ? A 4.345 -8.811 -8.647 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 143 O OD1 . ASN 430 430 ? A 4.766 -8.145 -9.587 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 144 N ND2 . ASN 430 430 ? A 5.185 -9.365 -7.741 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 145 N N . MET 431 431 ? A -0.292 -7.376 -7.642 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 146 C CA . MET 431 431 ? A -1.732 -7.443 -7.884 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 147 C C . MET 431 431 ? A -2.537 -6.789 -6.772 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 148 O O . MET 431 431 ? A -3.025 -7.421 -5.842 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 149 C CB . MET 431 431 ? A -2.273 -8.894 -8.029 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 150 C CG . MET 431 431 ? A -2.542 -9.309 -9.487 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 151 S SD . MET 431 431 ? A -4.049 -10.296 -9.699 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 152 C CE . MET 431 431 ? A -3.537 -10.918 -11.318 1 1 A MET 0.640 1 ATOM 153 N N . TRP 432 432 ? A -2.763 -5.476 -6.849 1 1 A TRP 0.610 1 ATOM 154 C CA . TRP 432 432 ? A -3.505 -4.756 -5.836 1 1 A TRP 0.610 1 ATOM 155 C C . TRP 432 432 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.651 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 413 ASN 1 0.360 2 1 A 414 GLY 1 0.350 3 1 A 415 LEU 1 0.500 4 1 A 416 MET 1 0.410 5 1 A 417 ALA 1 0.550 6 1 A 418 ASP 1 0.540 7 1 A 419 PRO 1 0.590 8 1 A 420 MET 1 0.560 9 1 A 421 LYS 1 0.660 10 1 A 422 VAL 1 0.720 11 1 A 423 TYR 1 0.610 12 1 A 424 LYS 1 0.670 13 1 A 425 ASP 1 0.700 14 1 A 426 ARG 1 0.640 15 1 A 427 GLN 1 0.650 16 1 A 428 VAL 1 0.650 17 1 A 429 MET 1 0.580 18 1 A 430 ASN 1 0.660 19 1 A 431 MET 1 0.640 20 1 A 432 TRP 1 0.610 21 1 A 433 SER 1 0.730 22 1 A 434 GLU 1 0.770 23 1 A 435 GLN 1 0.750 24 1 A 436 GLU 1 0.650 25 1 A 437 LYS 1 0.700 26 1 A 438 GLU 1 0.750 27 1 A 439 THR 1 0.760 28 1 A 440 PHE 1 0.760 29 1 A 441 ARG 1 0.740 30 1 A 442 GLU 1 0.780 31 1 A 443 LYS 1 0.780 32 1 A 444 PHE 1 0.730 33 1 A 445 MET 1 0.720 34 1 A 446 GLN 1 0.770 35 1 A 447 HIS 1 0.770 36 1 A 448 PRO 1 0.660 37 1 A 449 LYS 1 0.640 38 1 A 450 ASN 1 0.720 39 1 A 451 PHE 1 0.650 40 1 A 452 GLY 1 0.710 41 1 A 453 LEU 1 0.740 42 1 A 454 ILE 1 0.750 43 1 A 455 ALA 1 0.760 44 1 A 456 SER 1 0.740 45 1 A 457 PHE 1 0.650 46 1 A 458 LEU 1 0.650 47 1 A 459 GLU 1 0.620 48 1 A 460 ARG 1 0.500 49 1 A 461 LYS 1 0.640 50 1 A 462 THR 1 0.720 51 1 A 463 VAL 1 0.730 52 1 A 464 ALA 1 0.730 53 1 A 465 GLU 1 0.680 54 1 A 466 CYS 1 0.720 55 1 A 467 VAL 1 0.710 56 1 A 468 LEU 1 0.700 57 1 A 469 TYR 1 0.660 58 1 A 470 TYR 1 0.650 59 1 A 471 TYR 1 0.650 60 1 A 472 LEU 1 0.670 61 1 A 473 THR 1 0.670 62 1 A 474 LYS 1 0.620 63 1 A 475 LYS 1 0.650 64 1 A 476 ASN 1 0.620 65 1 A 477 GLU 1 0.620 66 1 A 478 ASN 1 0.550 67 1 A 479 TYR 1 0.340 68 1 A 480 LYS 1 0.320 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #