data_SMR-79795a079a829cc0c18a1ec2a59b7f40_7 _entry.id SMR-79795a079a829cc0c18a1ec2a59b7f40_7 _struct.entry_id SMR-79795a079a829cc0c18a1ec2a59b7f40_7 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P32886/ POLG_JAEVJ, Genome polyprotein Estimated model accuracy of this model is 0.431, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P32886' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 442452.534 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP POLG_JAEVJ P32886 1 ;MTKKPGGPGKNRAINMLKRGLPRVFPLVGVKRVVMSLLDGRGPVRFVLALITFFKFTALAPTKALLGRWK AVEKSVAMKHLTSFKRELGTLIDAVNKRGRKQNKRGGNEGSIMWLASLAVVIAYAGAMKLSNFQGKLLMT INNTDIADVIVIPTSKGENRCWVRAIDVGYMCEDTITYECPKLTMGNDPEDVDCWCDNQEVYVQYGRCTR TRHSKRSRRSVSVQTHGESSLVNKKEAWLDSTKATRYLMKTENWIIRNPGYAFLAATLGWMLGSNNGQRV VFTILLLLVAPAYSFNCLGMGNRDFIEGASGATWVDLVLEGDSCLTIMANDKPTLDVRMINIEASQLAEV RSYCYHASVTDISTVARCPTTGEAHNEKRADSSYVCKQGFTDRGWGNGCGLFGKGSIDTCAKFSCTSKAI GRTIQPENIKYEVGIFVHGTTTSENHGNYSAQVGASQAAKFTITPNAPSITLKLGDYGEVTLDCEPRSGL NTEAFYVMTVGSKSFLVHREWFHDLALPWTSPSSTAWRNRELLMEFEEAHATKQSVVALGSQEGGLHQAL AGAIVVEYSSSVKLTSGHLKCRLKMDKLALKGTTYGMCTEKFSFAKNPADTGHGTVVIELSYSGSDGPCK IPIVSVASLNDMTPVGRLVTVNPFVATSSANSKVLVEMEPPFGDSYIVVGRGDKQINHHWHKAGSTLGKA FSTTLKGAQRLAALGDTAWDFGSIGGVFNSIGKAVHQVFGGAFRTLFGGMSWITQGLMGALLLWMGVNAR DRSIALAFLATGGVLVFLATNVHADTGCAIDITRKEMRCGSGIFVHNDVEAWVDRYKYLPETPRSLAKIV HKAHKEGVCGVRSVTRLEHQMWEAVRDELNVLLKENAVDLSVVVNKPVGRYRSAPKRLSMTQEKFEMGWK AWGKSILFAPELANSTFVVDGPETKECPDEHRAWNSMQIEDFGFGITSTRVWLKIREESTDECDGAIIGT AVKGHVAVHSDLSYWIESRYNDTWKLERAVFGEVKSCTWPETHTLWGDGVEESELIIPHTIAGPKSKHNR REGYKTQNQGPWDENGIVLDFDYCPGTKVTITEDCGKRGPSVRTTTDSGKLITDWCCRSCSLPPLRFRTE NGCWYGMEIRPVRHDETTLVRSQVDAFNGEMVDPFQLGLLVMFLATQEVLRKRWTARLTIPAVLGALLVL MLGGITYTDLARYVVLVAAAFAEANSGGDVLHLALIAVFKIQPAFLVMNMLSTRWTNQENVVLVLGAALF QLASVDLQIGVHGILNAAAIAWMIVRAITFPTTSSVTMPVLALLTPGMRALYLDTYRIILLVIGICSLLQ ERKKTMAKKKGAVLLGLALTSTGWFSPTTIAAGLMVCNPNKKRGWPATEFLSAVGLMFAIVGGLAELDIE SMSIPFMLAGLMAVSYVVSGKATDMWLERAADISWEMDAAITGSSRRLDVKLDDDGDFHLIDDPGVPWKV WVLRMSCIGLAALTPWAIVPAAFGYWLTLKTTKRGGVFWDTPSPKPCSKGDTTTGVYRIMARGILGTYQA GVGVMYENVFHTLWHTTRGAAIMSGEGKLTPYWGSVKEDRIAYGGPWRFDRKWNGTDDVQVIVVEPGKAA VNIQTKPGVFRTPFGEVGAVSLDYPRGTSGSPILDSNGDIIGLYGNGVELGDGSYVSAIVQGDRQEEPVP EAYTPNMLRKRQMTVLDLHPGSGKTRKILPQIIKDAIQQRLRTAVLAPTRVVAAEMAEALRGLPVRYQTS AVQREHQGNEIVDVMCHATLTHRLMSPNRVPNYNLFVMDEAHFTDPASIAARGYIATKVELGEAAAIFMT ATPPGTTDPFPDSNAPIHDLQDEIPDRAWSSGYEWITEYAGKTVWFVASVKMGNEIAMCLQRAGKKVIQL NRKSYDTEYPKCKNGDWDFVITTDISEMGANFGASRVIDCRKSVKPTILEEGEGRVILGNPSPITSASAA QRRGRVGRNPNQVGDEYHYGGATSEDDSNLAHWTEAKIMLDNIHMPNGLVAQLYGPEREKAFTMDGEYRL RGEEKKNFLELLRTADLPVWLAYKVASNGIQYTDRRWCFDGPRTNAILEDNTEVEIVTRMGERKILKPRW LDARVYADHQALKWFKDFAAGKRSAISFIEVLGRMPEHFMGKTREALDTMYLVATAEKGGKAHRMALEEL PDALETITLIVAITVMTGGFFLLMMQRKGIGKMGLGALVLTLATFFLWAAEVPGTKIAGTLLIALLLMVV LIPEPEKQRSQTDNQLAVFLICVLTVVGVVAANEYGMLEKTKADLKSMFVGKTQASGLTGLPSMALDLRP ATAWALYGGSTVVLTPLLKHLITSEYVTTSLASINSQAGSLFVLPRGVPFTDLDLTVGLVFLGCWGQITL TTFLTAMVLATLHYGYMLPGWQAEALRAAQRRTAAGIMKNAVVDGMVATDVPELERTTPLMQKKVGQVLL IGVSVAAFLVNPNVTTVREAGVLVTAATLTLWDNGASAVWNSTTATGLCHVMRGSYLAGGSIAWTLIKNA DKPSLKRGRPGGRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAIIEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLR WLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAATLKKVQEVRGYTKGGAGHEEPMLMQSYGRNLVSLKSGVDVF YKPSEPSDTLFCDIGESSPSPEVEEQRTLRVLEMTSDWLHRGPREFCIKVLCPYMPKVIEKMEVLQRRFG GGLVRLPLSRNSNHEMYWVSGAAGNVVHAVNMTSQVLLGRMDRTVWRGPKYEEDVNLGSGTRAVGKGEVH SNQEKIKKRIQKLKEEFATTWHKDPEHPYRTWTYHGSYEVKATGSASSLVNGVVKLMSKPWDAIANVTTM AMTDTTPFGQQRVFKEKVDTKAPEPPAGAKEVLNETTNWLWAHLSREKRPRLCTKEEFIKKVNSNAALGA VFAEQNQWSTAREAVDDPRFWEMVDEERENHLRGECHTCIYNMMGKREKKPGEFGKAKGSRAIWFMWLGA RYLEFEALGFLNEDHWLSRENSGGGVEGSGVQKLGYILRDIAGKQGGKMYADDTAGWDTRITRTDLENEA KVLELLDGEHRMLARAIIELTYRHKVVKVMRPAAEGKTVMDVISREDQRGSGQVVTYALNTFTNIAVQLV RLMEAEGVIGPQHLEQLPRKTKIAVRTWLFENGEERVTRMAISGDDCVVKPLDDRFATALHFLNAMSKVR KDIQEWKPSHGWHDWQQVPFCSNHFQEIVMKDGRSIVVPCRGQDELIGRARISPGAGWNVKDTACLAKAY AQMWLLLYFHRRDLRLMANAICSAVPVDWVPTGRTSWSIHSKGEWMTTEDMLQVWNRVWIEENEWMMDKT PITSWTDVPYVGKREDIWCGSLIGTRSRATWAENIYAAINQVRAVIGKENYVDYMTSLRRYEDVLIQEDR VI ; 'Genome polyprotein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 3432 1 3432 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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A 1 3153 MET 3153 ? ? ? H . A 1 3154 GLU 3154 ? ? ? H . A 1 3155 ALA 3155 ? ? ? H . A 1 3156 GLU 3156 ? ? ? H . A 1 3157 GLY 3157 ? ? ? H . A 1 3158 VAL 3158 ? ? ? H . A 1 3159 ILE 3159 ? ? ? H . A 1 3160 GLY 3160 ? ? ? H . A 1 3161 PRO 3161 ? ? ? H . A 1 3162 GLN 3162 ? ? ? H . A 1 3163 HIS 3163 ? ? ? H . A 1 3164 LEU 3164 ? ? ? H . A 1 3165 GLU 3165 ? ? ? H . A 1 3166 GLN 3166 ? ? ? H . A 1 3167 LEU 3167 ? ? ? H . A 1 3168 PRO 3168 ? ? ? H . A 1 3169 ARG 3169 ? ? ? H . A 1 3170 LYS 3170 ? ? ? H . A 1 3171 THR 3171 ? ? ? H . A 1 3172 LYS 3172 ? ? ? H . A 1 3173 ILE 3173 ? ? ? H . A 1 3174 ALA 3174 ? ? ? H . A 1 3175 VAL 3175 ? ? ? H . A 1 3176 ARG 3176 ? ? ? H . A 1 3177 THR 3177 ? ? ? H . A 1 3178 TRP 3178 ? ? ? H . A 1 3179 LEU 3179 ? ? ? H . A 1 3180 PHE 3180 ? ? ? H . A 1 3181 GLU 3181 ? ? ? H . A 1 3182 ASN 3182 ? ? ? H . A 1 3183 GLY 3183 ? ? ? H . A 1 3184 GLU 3184 ? ? ? H . A 1 3185 GLU 3185 ? ? ? H . A 1 3186 ARG 3186 ? ? ? H . A 1 3187 VAL 3187 ? ? ? H . A 1 3188 THR 3188 ? ? ? H . A 1 3189 ARG 3189 ? ? ? H . A 1 3190 MET 3190 ? ? ? H . A 1 3191 ALA 3191 ? ? ? H . A 1 3192 ILE 3192 ? ? ? H . A 1 3193 SER 3193 ? ? ? H . A 1 3194 GLY 3194 ? ? ? H . A 1 3195 ASP 3195 ? ? ? H . A 1 3196 ASP 3196 ? ? ? H . A 1 3197 CYS 3197 ? ? ? H . A 1 3198 VAL 3198 ? ? ? H . A 1 3199 VAL 3199 ? ? ? H . A 1 3200 LYS 3200 ? ? ? H . A 1 3201 PRO 3201 ? ? ? H . A 1 3202 LEU 3202 ? ? ? H . A 1 3203 ASP 3203 ? ? ? H . A 1 3204 ASP 3204 ? ? ? H . A 1 3205 ARG 3205 ? ? ? H . A 1 3206 PHE 3206 ? ? ? H . A 1 3207 ALA 3207 ? ? ? H . A 1 3208 THR 3208 ? ? ? H . A 1 3209 ALA 3209 ? ? ? H . A 1 3210 LEU 3210 ? ? ? H . A 1 3211 HIS 3211 ? ? ? H . A 1 3212 PHE 3212 ? ? ? H . A 1 3213 LEU 3213 ? ? ? H . A 1 3214 ASN 3214 ? ? ? H . A 1 3215 ALA 3215 ? ? ? H . A 1 3216 MET 3216 ? ? ? H . A 1 3217 SER 3217 ? ? ? H . A 1 3218 LYS 3218 ? ? ? H . A 1 3219 VAL 3219 ? ? ? H . A 1 3220 ARG 3220 ? ? ? H . A 1 3221 LYS 3221 ? ? ? H . A 1 3222 ASP 3222 ? ? ? H . A 1 3223 ILE 3223 ? ? ? H . A 1 3224 GLN 3224 ? ? ? H . A 1 3225 GLU 3225 ? ? ? H . A 1 3226 TRP 3226 ? ? ? H . A 1 3227 LYS 3227 ? ? ? H . A 1 3228 PRO 3228 ? ? ? H . A 1 3229 SER 3229 ? ? ? H . A 1 3230 HIS 3230 ? ? ? H . A 1 3231 GLY 3231 ? ? ? H . A 1 3232 TRP 3232 ? ? ? H . A 1 3233 HIS 3233 ? ? ? H . A 1 3234 ASP 3234 ? ? ? H . A 1 3235 TRP 3235 ? ? ? H . A 1 3236 GLN 3236 ? ? ? H . A 1 3237 GLN 3237 ? ? ? H . A 1 3238 VAL 3238 ? ? ? H . A 1 3239 PRO 3239 ? ? ? H . A 1 3240 PHE 3240 ? ? ? H . A 1 3241 CYS 3241 ? ? ? H . A 1 3242 SER 3242 ? ? ? H . A 1 3243 ASN 3243 ? ? ? H . A 1 3244 HIS 3244 ? ? ? H . A 1 3245 PHE 3245 ? ? ? H . A 1 3246 GLN 3246 ? ? ? H . A 1 3247 GLU 3247 ? ? ? H . A 1 3248 ILE 3248 ? ? ? H . A 1 3249 VAL 3249 ? ? ? H . A 1 3250 MET 3250 ? ? ? H . A 1 3251 LYS 3251 ? ? ? H . A 1 3252 ASP 3252 ? ? ? H . A 1 3253 GLY 3253 ? ? ? H . A 1 3254 ARG 3254 ? ? ? H . A 1 3255 SER 3255 ? ? ? H . A 1 3256 ILE 3256 ? ? ? H . A 1 3257 VAL 3257 ? ? ? H . A 1 3258 VAL 3258 ? ? ? H . A 1 3259 PRO 3259 ? ? ? H . A 1 3260 CYS 3260 ? ? ? H . A 1 3261 ARG 3261 ? ? ? H . A 1 3262 GLY 3262 ? ? ? H . A 1 3263 GLN 3263 ? ? ? H . A 1 3264 ASP 3264 ? ? ? H . A 1 3265 GLU 3265 ? ? ? H . A 1 3266 LEU 3266 ? ? ? H . A 1 3267 ILE 3267 ? ? ? H . A 1 3268 GLY 3268 ? ? ? H . A 1 3269 ARG 3269 ? ? ? H . A 1 3270 ALA 3270 ? ? ? H . A 1 3271 ARG 3271 ? ? ? H . A 1 3272 ILE 3272 ? ? ? H . A 1 3273 SER 3273 ? ? ? H . A 1 3274 PRO 3274 ? ? ? H . A 1 3275 GLY 3275 ? ? ? H . A 1 3276 ALA 3276 ? ? ? H . A 1 3277 GLY 3277 ? ? ? H . A 1 3278 TRP 3278 ? ? ? H . A 1 3279 ASN 3279 ? ? ? H . A 1 3280 VAL 3280 ? ? ? H . A 1 3281 LYS 3281 ? ? ? H . A 1 3282 ASP 3282 ? ? ? H . A 1 3283 THR 3283 ? ? ? H . A 1 3284 ALA 3284 ? ? ? H . A 1 3285 CYS 3285 ? ? ? H . A 1 3286 LEU 3286 ? ? ? H . A 1 3287 ALA 3287 ? ? ? H . A 1 3288 LYS 3288 ? ? ? H . A 1 3289 ALA 3289 ? ? ? H . A 1 3290 TYR 3290 ? ? ? H . A 1 3291 ALA 3291 ? ? ? H . A 1 3292 GLN 3292 ? ? ? H . A 1 3293 MET 3293 ? ? ? H . A 1 3294 TRP 3294 ? ? ? H . A 1 3295 LEU 3295 ? ? ? H . A 1 3296 LEU 3296 ? ? ? H . A 1 3297 LEU 3297 ? ? ? H . A 1 3298 TYR 3298 ? ? ? H . A 1 3299 PHE 3299 ? ? ? H . A 1 3300 HIS 3300 ? ? ? H . A 1 3301 ARG 3301 ? ? ? H . A 1 3302 ARG 3302 ? ? ? H . A 1 3303 ASP 3303 ? ? ? H . A 1 3304 LEU 3304 ? ? ? H . A 1 3305 ARG 3305 ? ? ? H . A 1 3306 LEU 3306 ? ? ? H . A 1 3307 MET 3307 ? ? ? H . A 1 3308 ALA 3308 ? ? ? H . A 1 3309 ASN 3309 ? ? ? H . A 1 3310 ALA 3310 ? ? ? H . A 1 3311 ILE 3311 ? ? ? H . A 1 3312 CYS 3312 ? ? ? H . A 1 3313 SER 3313 ? ? ? H . A 1 3314 ALA 3314 ? ? ? H . A 1 3315 VAL 3315 ? ? ? H . A 1 3316 PRO 3316 ? ? ? H . A 1 3317 VAL 3317 ? ? ? H . A 1 3318 ASP 3318 ? ? ? H . A 1 3319 TRP 3319 ? ? ? H . A 1 3320 VAL 3320 ? ? ? H . A 1 3321 PRO 3321 ? ? ? H . A 1 3322 THR 3322 ? ? ? H . A 1 3323 GLY 3323 ? ? ? H . A 1 3324 ARG 3324 ? ? ? H . A 1 3325 THR 3325 ? ? ? H . A 1 3326 SER 3326 ? ? ? H . A 1 3327 TRP 3327 ? ? ? H . 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A 1 3363 THR 3363 ? ? ? H . A 1 3364 SER 3364 ? ? ? H . A 1 3365 TRP 3365 ? ? ? H . A 1 3366 THR 3366 ? ? ? H . A 1 3367 ASP 3367 ? ? ? H . A 1 3368 VAL 3368 ? ? ? H . A 1 3369 PRO 3369 ? ? ? H . A 1 3370 TYR 3370 ? ? ? H . A 1 3371 VAL 3371 ? ? ? H . A 1 3372 GLY 3372 ? ? ? H . A 1 3373 LYS 3373 ? ? ? H . A 1 3374 ARG 3374 ? ? ? H . A 1 3375 GLU 3375 ? ? ? H . A 1 3376 ASP 3376 ? ? ? H . A 1 3377 ILE 3377 ? ? ? H . A 1 3378 TRP 3378 ? ? ? H . A 1 3379 CYS 3379 ? ? ? H . A 1 3380 GLY 3380 ? ? ? H . A 1 3381 SER 3381 ? ? ? H . A 1 3382 LEU 3382 ? ? ? H . A 1 3383 ILE 3383 ? ? ? H . A 1 3384 GLY 3384 ? ? ? H . A 1 3385 THR 3385 ? ? ? H . A 1 3386 ARG 3386 ? ? ? H . A 1 3387 SER 3387 ? ? ? H . A 1 3388 ARG 3388 ? ? ? H . A 1 3389 ALA 3389 ? ? ? H . A 1 3390 THR 3390 ? ? ? H . A 1 3391 TRP 3391 ? ? ? H . A 1 3392 ALA 3392 ? ? ? H . A 1 3393 GLU 3393 ? ? ? H . A 1 3394 ASN 3394 ? ? ? H . A 1 3395 ILE 3395 ? ? ? H . A 1 3396 TYR 3396 ? ? ? H . A 1 3397 ALA 3397 ? ? ? H . 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H . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Membrane M protein {PDB ID=8cxg, label_asym_id=H, auth_asym_id=E, SMTL ID=8cxg.1.H}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8cxg, label_asym_id=H' 'target-template alignment' . 4 'model 7' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A H 4 1 E # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MKNPKKKSGGFRIVNMLKRGVARVSPFGGLKRLPAGLLLGHGPIRMVLAILAFLRFTAIKPSLGLINRWG SVGKKEAMEIIKKFKKDLAAMLRIINARKEKKRRGADTSVGIVGLLLTTAMAAEVTRRGSAYYMYLDRND AGEAISFPTTLGMNKCYIQIMDLGHMCDATMSYECPMLDEGVEPDDVDCWCNTTSTWVVYGTCHHKKGEA RRSRRAVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLV MILLIAPAYSIRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYC YEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSI QPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSD LYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALA 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_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 3432 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 3440 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0 56.063 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id 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# # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.087}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8cxg.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 7' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 163.522 179.037 115.546 1 1 H SER 0.180 1 ATOM 15 C CA . SER 222 222 ? A 163.870 178.030 114.543 1 1 H SER 0.180 1 ATOM 16 C C . SER 222 222 ? A 164.462 176.751 115.105 1 1 H SER 0.180 1 ATOM 17 O O . SER 222 222 ? A 163.888 175.683 114.941 1 1 H SER 0.180 1 ATOM 18 C CB . SER 222 222 ? A 164.879 178.563 113.491 1 1 H SER 0.180 1 ATOM 19 O OG . SER 222 222 ? A 164.381 179.740 112.847 1 1 H SER 0.180 1 ATOM 20 N N . VAL 223 223 ? A 165.625 176.836 115.798 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 21 C CA . VAL 223 223 ? A 166.219 175.737 116.560 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 22 C C . VAL 223 223 ? A 166.364 174.426 115.782 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 23 O O . VAL 223 223 ? A 165.632 173.462 115.996 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 24 C CB . VAL 223 223 ? A 165.574 175.519 117.929 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 25 C CG1 . VAL 223 223 ? A 166.479 174.619 118.797 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 26 C CG2 . VAL 223 223 ? A 165.325 176.869 118.637 1 1 H VAL 0.220 1 ATOM 27 N N . GLN 224 224 ? 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A 168.336 165.643 114.519 1 1 H GLY 0.570 1 ATOM 54 C CA . GLY 227 227 ? A 168.009 164.348 113.929 1 1 H GLY 0.570 1 ATOM 55 C C . GLY 227 227 ? A 168.311 164.242 112.449 1 1 H GLY 0.570 1 ATOM 56 O O . GLY 227 227 ? A 168.210 163.159 111.876 1 1 H GLY 0.570 1 ATOM 57 N N . GLU 228 228 ? A 168.687 165.378 111.823 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 58 C CA . GLU 228 228 ? A 169.308 165.488 110.511 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 59 C C . GLU 228 228 ? A 170.688 164.840 110.467 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 60 O O . GLU 228 228 ? A 171.022 164.077 109.565 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 61 C CB . GLU 228 228 ? A 169.444 166.983 110.134 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 62 C CG . GLU 228 228 ? A 170.047 167.240 108.730 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 63 C CD . GLU 228 228 ? A 170.147 168.724 108.366 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 64 O OE1 . GLU 228 228 ? A 169.739 169.577 109.191 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 65 O OE2 . GLU 228 228 ? A 170.638 169.004 107.243 1 1 H GLU 0.420 1 ATOM 66 N N . SER 229 229 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #