data_SMR-2ee8baed487147bf0dddc130ecec471d_9 _entry.id SMR-2ee8baed487147bf0dddc130ecec471d_9 _struct.entry_id SMR-2ee8baed487147bf0dddc130ecec471d_9 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O88778/ BSN_RAT, Protein bassoon Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O88778' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 489865.933 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP BSN_RAT O88778 1 ;MGNEASLEGGAGEGPLPPGGSGLGPGPGAGKPPSALAGGGQLPVAGAARAAGPPTPGLGLVPGPGPGPGP GSVSRRLDPKEPLGSQRATSPTPKQASATAPGRESPRETRAQGLSGQEAEGPRRTLQVDSRTQRSGRSPS VSPDRGSTPTSPYSVPQIAPLPSSTLCPICKTSDLTSTSSQPNFNTCTQCHNKVCNQCGFNPNPHLTQVK EWLCLNCQMQRALGMDMTTAPRSKSQQQLHSPALSPAHSPAKQPLGKPEQERSRSPGATQSGPRQAEAAR ATSVPGPTQATAPPEVGRVSPQPPLSTKPSTAEPRPPAGEAQGKSATTVPSGLGAAEQTQGGLTGKLFGL GASLLTQASTLMSVQPEADTQGQPSPSKGPPKIVFSDASKEAGPRPPGSGPGPGPTPGAKTEPGPRTGPG SGPGALAKTGGTPSPKHGRADHQAASKAAAKPKTMPKERAACPLCQAELNVGSRGPANYNTCTACKLRVC TLCGFNPTPHLVEKTEWLCLNCQTKRLLEGSLGEPAPLPLPTPQEPPAGVPQRAAGASPLKQKGPQGPGQ PSGSLPPKASPQAAKASPQAAKASPQAKPLRASEPSKTSSSAPEKKTGIPVKAEPVPKPPPETAVPPGTP KAKSGVKRTDPATPVVKPVPEAPKSGEAEEPVPKPYSQDLSRSPQSLSDTGYSSDGVSSSQSEITGVVQQ EVEQLDSAGVTGPRPPSPSELHKVGSSMRPSLEAQAVAPSGEWSKPPSGSAVEDQKRRPHSLSIMPEAFD SDEELGDILEEDDSLAMGRQREQQDTAESSDDFGSQLRHDYVEDSSEGGLSPLPPQPPARADMTDEEFMR RQILEMSAEEDNLEEDDTAVSGRGLAKHGAQKASARPRPESSQESVALPKRRLPHNATTGYEELLSEEGP AEPTDGALQGGLRRFKTIGLNSTGRLWSTSLDLGQGSDPNLDREPELEMESLTGSPEDRSRGEHSSTLPA STPSYTSGTSPTSLSSLEEDSDSSPSRRQRLEEAKQQRKARHRSHGPLLPTIEDSSEEEELREEEELLRE QEKMREVEQQRIRSTARKTRRDKEELRAQRRRERSKTPPSNLSPIEDASPTEELRQAAEMEELHRSSCSE YSPSPSLDSEAETLDGGPTRLYKSGSEYNLPAFMSLCSPTETPSGSSTTPSSGRPLKSAEEAYEDMMRKA ELLQRQQGQAAGARGPHGGPSQPTGPRSQGSFEYQDTLDHDYGGRASQPAADGTPAGLGATVYEEILQTS QSIARMRQASSRDLAFTEDKKKEKQFLNAESAYMDPMKQNGGPLTPGTSPTQLAAPVSFPTSTSSDSSGG RVIPDVRVTQHFAKEPQEPLKLHSSPASPSLASKEVGMTFSQGPGTPATTAMAPCPASLPRGYMTPAGPE RSPSTSSTIHSYGQPPTTANYGSQTEELPHAPSGPAGSGRASREKPLSGGDGEVGPPQPSRGYSYFTGSS PPLSPSTPSESPTFSPSKLGPRATAEFSTQTPSLTPSSDIPRSVGTPSPMVAQGTQTPHRPSTPRLVWQQ SSQEAPVMVITLASDASSQTRMVHASASTSPLCSPTDSQPASHSYSQTTPPSASQMPSEPAGPPGFPRAP SAGVDGPLALYGWGALPAENISLCRISSVPGTSRVEPGPRPPGTAVVDLRTAVKPTPIILTDQGMDLTSL AVEARKYGLALDPVPGRQSTAVQPLVINLNAQEQTHTFLATATTVSITMASSVLMAQQKQPVVYGDPFQS RLDFGQGSGSPVCLAQVKQVEQAVQTAPYRGGPRGRPREAKFARYNLPNQVTPLARRDILITQMGTAQSV SLKPGPVPEPGAEPHRATPAELRAHALPGTRKPHTVVVQMGEGAAGTVTTLLPEEPAGALDLTGMRPESR LACCDMAYKFPFGSSCTGTFHPAPSAPDKSVTDAALPGQSSGPFYSPRDPEPPEPLTFRAQGVVGPGPHE EQRPYPQGLPGRLYSSMSDTNLAEAGLNYHAQRIGQLFQGPGRDSAVDLSSLKHSYSLGFADGRYLGQGL QYGSFTDLRHPTDLLSHPLPMRPYSSVSNIYSDHRYGPRGDAVGFQEASLAQYSATTAREISRMCAALNS MDQYGGRHGGGSGGPDLVPYQPQHGPGLNAPQGLASLRSGLLGNPTYPEGQPSPGNLAQYGPAASQGTAV RQLLPSTATVRAADGMIYSTINTPIAATLPITTQPASVLRPMVRGGMYRPYGSGGVTAVPLTSLTRVPMI APRVPLGPAGLYRYPAPSRFPIASTIPPAEGPVYLGKPAAAKASGAGGPPRPELPAGGAREEPLSTTAPP AVIKEAPVAQAPAPPPGQKPAGDAAAGSGSGVLGRPVMEKEEASQEDRQRKQQEQLLQLERERVELEKLR QLRLQEELERERVELQRHREEEQLLVQRELQELQTIKHHVLQQQQEERQAQFALQREQLAQQRLQLEQIQ QLQQQLQQQLEEQKQRQKAPFPATCEAPSRGPPPAATELAQNGQYWPPLTHTAFIAVAGTEGPGQAREPV LHRGLPSSASDMSLQTEEQWEAGRSGIKKRHSMPRLRDACEPESGPDPSTVRRIADSSVQTDDEEGEGRY LLTRRRRTRRSADCSVQTDDEDNAEWEQPVRRRRSRLSRHSDSGSDSKHEASASSSAAAAAARAMSSVGI QTISDCSVQTEPEQLPRVSPAIHITAATDPKVEIVRYISAPEKTGRGESLACQTEPDGQAQGVAGPQLIG PTAISPYLPGIQIVTPGALGRFEKKKPDPLEIGYQAHLPPESLSQLVSRQPPKSPQVLYSPVSPLSPHRL LDTSFASSERLNKAHVSPQKQFIADSTLRQQTLPRPMKTLQRSLSDPKPLSPTAEESAKERFSLYQHQGG LGSQVSALPPNGLVRKVKRTLPSPPPEEAHLPLAGQVPSQLYAASLLQRGLAGPTTVPATKASLLRELDR DLRLVEHESTKLRKKQAELDEEEKEIDAKLKYLELGITQRKESLAKDRVGRDYPPLRGLGEHRDYLSDSE LNQLRLQGCTTPAGQYVDYPASAAVPATPSGPTAFQQPRFPPAATQYTAGSSGPTQNGFLAHQAPTYTGP STYPAPTYPPGTSYPAEPGLPSQPAFHPTGHYAAPTPMPTTQSAPFPVQADSHAAHQKPRQTSLADLEQK VPTNYEVISSPAVTVSSTPSETGYSGPAVSSSYEHGKAPEHPRGGDRSSVSQSPAPTYPSDSHYTSLEQN VPRNYVMIDDISELTKDSTPTASDSQRPEPLGPGGVSGRPGKDPGEPAVLEGPTLPCCYGRGEEESEEDS YDPRGKSGHHRSMESNGRPASTHYYSDSDYRHGARADKYGPGPMGPKHPSKNLAPAAISSKRSKHRKQGM EQKISKFSPIEEAKDVESDLASYPPPTVSSSLTSRSRKFQDEITYGLKKNVYEQQRYYGVSSRDTAEEDD RMYGGSSRSRVASAYSGEKLSSHDFSSRSKGYERERETAQRLQKAGPKPSSLSMAHGRARPPMRSQASEE ESPVSPLGRPRPAGGALPPGDTCPQFCSSHSMPDVQEHVKDGPRAHAYKREEGYILDDSHCVVSDSEAYH LGQEETDWFDKPRDARSDRFRHHGGHTVSSSQKRGPARHSYHDYDEPPEEGLWPHDEGGPGRHTSAKEHR HHGDHGRHSGRHAGEEPGRRAARPHARDMGRHETRPHPQASPAPAMQKKGQPGYPSSADYSQPSRAPSAY HHASDSKKGSRQAHSGPTVLQPKPEAQAQPQMQGRQAVPGPQQSQPPSSRQTPSGTASRQPQTQQQQQQQ QQQQQQQQQQQQQQQQQGLGQQAPQQAPSQARLQQQSQPTTRSTAPAASHPAGKPQPGPTTAPGPQPAGL PRAEQAGSSKPAAKAPQQGRAPQAQSAPGPAGAKTGARPGGTPGAPAGQPAAEGESVFSKILPGGAAEQA GKLTEAVSAFGKKFSSFW ; 'Protein bassoon' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 3938 1 3938 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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C . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'MKIAA0559 protein {PDB ID=8i3e, label_asym_id=C, auth_asym_id=C, SMTL ID=8i3e.1.C}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8i3e, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 4 'model 9' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 2 1 C # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GPGSNTMARAKILQDIDRELDLVERESAKLRKKQAELDEEEKEIDAKLRYLEMGINRRKEALLKEREKRE RAYLQGVAEDRDYMSDSEVSS ; ;GPGSNTMARAKILQDIDRELDLVERESAKLRKKQAELDEEEKEIDAKLRYLEMGINRRKEALLKEREKRE RAYLQGVAEDRDYMSDSEVSS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 5 91 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8i3e 2024-05-22 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 3938 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 3938 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 8.4e-29 59.770 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGNEASLEGGAGEGPLPPGGSGLGPGPGAGKPPSALAGGGQLPVAGAARAAGPPTPGLGLVPGPGPGPGPGSVSRRLDPKEPLGSQRATSPTPKQASATAPGRESPRETRAQGLSGQEAEGPRRTLQVDSRTQRSGRSPSVSPDRGSTPTSPYSVPQIAPLPSSTLCPICKTSDLTSTSSQPNFNTCTQCHNKVCNQCGFNPNPHLTQVKEWLCLNCQMQRALGMDMTTAPRSKSQQQLHSPALSPAHSPAKQPLGKPEQERSRSPGATQSGPRQAEAARATSVPGPTQATAPPEVGRVSPQPPLSTKPSTAEPRPPAGEAQGKSATTVPSGLGAAEQTQGGLTGKLFGLGASLLTQASTLMSVQPEADTQGQPSPSKGPPKIVFSDASKEAGPRPPGSGPGPGPTPGAKTEPGPRTGPGSGPGALAKTGGTPSPKHGRADHQAASKAAAKPKTMPKERAACPLCQAELNVGSRGPANYNTCTACKLRVCTLCGFNPTPHLVEKTEWLCLNCQTKRLLEGSLGEPAPLPLPTPQEPPAGVPQRAAGASPLKQKGPQGPGQPSGSLPPKASPQAAKASPQAAKASPQAKPLRASEPSKTSSSAPEKKTGIPVKAEPVPKPPPETAVPPGTPKAKSGVKRTDPATPVVKPVPEAPKSGEAEEPVPKPYSQDLSRSPQSLSDTGYSSDGVSSSQSEITGVVQQEVEQLDSAGVTGPRPPSPSELHKVGSSMRPSLEAQAVAPSGEWSKPPSGSAVEDQKRRPHSLSIMPEAFDSDEELGDILEEDDSLAMGRQREQQDTAESSDDFGSQLRHDYVEDSSEGGLSPLPPQPPARADMTDEEFMRRQILEMSAEEDNLEEDDTAVSGRGLAKHGAQKASARPRPESSQESVALPKRRLPHNATTGYEELLSEEGPAEPTDGALQGGLRRFKTIGLNSTGRLWSTSLDLGQGSDPNLDREPELEMESLTGSPEDRSRGEHSSTLPASTPSYTSGTSPTSLSSLEEDSDSSPSRRQRLEEAKQQRKARHRSHGPLLPTIEDSSEEEELREEEELLREQEKMREVEQQRIRSTARKTRRDKEELRAQRRRERSKTPPSNLSPIEDASPTEELRQAAEMEELHRSSCSEYSPSPSLDSEAETLDGGPTRLYKSGSEYNLPAFMSLCSPTETPSGSSTTPSSGRPLKSAEEAYEDMMRKAELLQRQQGQAAGARGPHGGPSQPTGPRSQGSFEYQDTLDHDYGGRASQPAADGTPAGLGATVYEEILQTSQSIARMRQASSRDLAFTEDKKKEKQFLNAESAYMDPMKQNGGPLTPGTSPTQLAAPVSFPTSTSSDSSGGRVIPDVRVTQHFAKEPQEPLKLHSSPASPSLASKEVGMTFSQGPGTPATTAMAPCPASLPRGYMTPAGPERSPSTSSTIHSYGQPPTTANYGSQTEELPHAPSGPAGSGRASREKPLSGGDGEVGPPQPSRGYSYFTGSSPPLSPSTPSESPTFSPSKLGPRATAEFSTQTPSLTPSSDIPRSVGTPSPMVAQGTQTPHRPSTPRLVWQQSSQEAPVMVITLASDASSQTRMVHASASTSPLCSPTDSQPASHSYSQTTPPSASQMPSEPAGPPGFPRAPSAGVDGPLALYGWGALPAENISLCRISSVPGTSRVEPGPRPPGTAVVDLRTAVKPTPIILTDQGMDLTSLAVEARKYGLALDPVPGRQSTAVQPLVINLNAQEQTHTFLATATTVSITMASSVLMAQQKQPVVYGDPFQSRLDFGQGSGSPVCLAQVKQVEQAVQTAPYRGGPRGRPREAKFARYNLPNQVTPLARRDILITQMGTAQSVSLKPGPVPEPGAEPHRATPAELRAHALPGTRKPHTVVVQMGEGAAGTVTTLLPEEPAGALDLTGMRPESRLACCDMAYKFPFGSSCTGTFHPAPSAPDKSVTDAALPGQSSGPFYSPRDPEPPEPLTFRAQGVVGPGPHEEQRPYPQGLPGRLYSSMSDTNLAEAGLNYHAQRIGQLFQGPGRDSAVDLSSLKHSYSLGFADGRYLGQGLQYGSFTDLRHPTDLLSHPLPMRPYSSVSNIYSDHRYGPRGDAVGFQEASLAQYSATTAREISRMCAALNSMDQYGGRHGGGSGGPDLVPYQPQHGPGLNAPQGLASLRSGLLGNPTYPEGQPSPGNLAQYGPAASQGTAVRQLLPSTATVRAADGMIYSTINTPIAATLPITTQPASVLRPMVRGGMYRPYGSGGVTAVPLTSLTRVPMIAPRVPLGPAGLYRYPAPSRFPIASTIPPAEGPVYLGKPAAAKASGAGGPPRPELPAGGAREEPLSTTAPPAVIKEAPVAQAPAPPPGQKPAGDAAAGSGSGVLGRPVMEKEEASQEDRQRKQQEQLLQLERERVELEKLRQLRLQEELERERVELQRHREEEQLLVQRELQELQTIKHHVLQQQQEERQAQFALQREQLAQQRLQLEQIQQLQQQLQQQLEEQKQRQKAPFPATCEAPSRGPPPAATELAQNGQYWPPLTHTAFIAVAGTEGPGQAREPVLHRGLPSSASDMSLQTEEQWEAGRSGIKKRHSMPRLRDACEPESGPDPSTVRRIADSSVQTDDEEGEGRYLLTRRRRTRRSADCSVQTDDEDNAEWEQPVRRRRSRLSRHSDSGSDSKHEASASSSAAAAAARAMSSVGIQTISDCSVQTEPEQLPRVSPAIHITAATDPKVEIVRYISAPEKTGRGESLACQTEPDGQAQGVAGPQLIGPTAISPYLPGIQIVTPGALGRFEKKKPDPLEIGYQAHLPPESLSQLVSRQPPKSPQVLYSPVSPLSPHRLLDTSFASSERLNKAHVSPQKQFIADSTLRQQTLPRPMKTLQRSLSDPKPLSPTAEESAKERFSLYQHQGGLGSQVSALPPNGLVRKVKRTLPSPPPEEAHLPLAGQVPSQLYAASLLQRGLAGPTTVPATKASLLRELDRDLRLVEHESTKLRKKQAELDEEEKEIDAKLKYLELGITQRKESLAKDRVGRDYPPLRGLGEHRDYLSDSELNQLRLQGCTTPAGQYVDYPASAAVPATPSGPTAFQQPRFPPAATQYTAGSSGPTQNGFLAHQAPTYTGPSTYPAPTYPPGTSYPAEPGLPSQPAFHPTGHYAAPTPMPTTQSAPFPVQADSHAAHQKPRQTSLADLEQKVPTNYEVISSPAVTVSSTPSETGYSGPAVSSSYEHGKAPEHPRGGDRSSVSQSPAPTYPSDSHYTSLEQNVPRNYVMIDDISELTKDSTPTASDSQRPEPLGPGGVSGRPGKDPGEPAVLEGPTLPCCYGRGEEESEEDSYDPRGKSGHHRSMESNGRPASTHYYSDSDYRHGARADKYGPGPMGPKHPSKNLAPAAISSKRSKHRKQGMEQKISKFSPIEEAKDVESDLASYPPPTVSSSLTSRSRKFQDEITYGLKKNVYEQQRYYGVSSRDTAEEDDRMYGGSSRSRVASAYSGEKLSSHDFSSRSKGYERERETAQRLQKAGPKPSSLSMAHGRARPPMRSQASEEESPVSPLGRPRPAGGALPPGDTCPQFCSSHSMPDVQEHVKDGPRAHAYKREEGYILDDSHCVVSDSEAYHLGQEETDWFDKPRDARSDRFRHHGGHTVSSSQKRGPARHSYHDYDEPPEEGLWPHDEGGPGRHTSAKEHRHHGDHGRHSGRHAGEEPGRRAARPHARDMGRHETRPHPQASPAPAMQKKGQPGYPSSADYSQPSRAPSAYHHASDSKKGSRQAHSGPTVLQPKPEAQAQPQMQGRQAVPGPQQSQPPSSRQTPSGTASRQPQTQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQGLGQQAPQQAPSQARLQQQSQPTTRSTAPAASHPAGKPQPGPTTAPGPQPAGLPRAEQAGSSKPAAKAPQQGRAPQAQSAPGPAGAKTGARPGGTPGAPAGQPAAEGESVFSKILPGGAAEQAGKLTEAVSAFGKKFSSFW 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NTMARAKILQDIDRELDLVERESAKLRKKQAELDEEEKEIDAKLRYLEMGINRRKEALLKEREKRERAYLQGVAEDRDYMSDSEVSS------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8i3e.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 9' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LEU 2934 2934 ? A -9.778 -25.592 39.855 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 2 C CA . LEU 2934 2934 ? A -9.475 -24.120 39.844 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 3 C C . LEU 2934 2934 ? A -9.084 -23.518 38.491 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 4 O O . LEU 2934 2934 ? A -8.540 -22.430 38.413 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 5 C CB . LEU 2934 2934 ? A -8.381 -23.913 40.915 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 6 C CG . LEU 2934 2934 ? A -8.780 -24.372 42.340 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 7 C CD1 . LEU 2934 2934 ? A -7.576 -24.236 43.279 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 8 C CD2 . LEU 2934 2934 ? A -9.950 -23.547 42.896 1 1 C LEU 0.720 1 ATOM 9 N N . LEU 2935 2935 ? A -9.382 -24.175 37.347 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 10 C CA . LEU 2935 2935 ? A -8.993 -23.698 36.028 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 11 C C . LEU 2935 2935 ? A -9.751 -22.443 35.629 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 12 O O . LEU 2935 2935 ? A -9.216 -21.539 34.994 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 13 C CB . LEU 2935 2935 ? A -9.190 -24.840 35.011 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 14 C CG . LEU 2935 2935 ? A -8.187 -26.013 35.165 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 15 C CD1 . LEU 2935 2935 ? A -8.359 -26.936 36.392 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 16 C CD2 . LEU 2935 2935 ? A -8.245 -26.864 33.894 1 1 C LEU 0.690 1 ATOM 17 N N . ARG 2936 2936 ? A -11.003 -22.313 36.086 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 18 C CA . ARG 2936 2936 ? A -11.833 -21.149 35.857 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 19 C C . ARG 2936 2936 ? A -11.249 -19.832 36.367 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 20 O O . ARG 2936 2936 ? A -11.578 -18.778 35.822 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 21 C CB . ARG 2936 2936 ? A -13.213 -21.328 36.529 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 22 C CG . ARG 2936 2936 ? A -14.107 -22.426 35.920 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 23 C CD . ARG 2936 2936 ? A -15.418 -22.557 36.700 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 24 N NE . ARG 2936 2936 ? A -16.235 -23.631 36.052 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 25 C CZ . ARG 2936 2936 ? A -17.376 -24.106 36.571 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 26 N NH1 . ARG 2936 2936 ? A -17.843 -23.662 37.735 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 27 N NH2 . ARG 2936 2936 ? A -18.074 -25.035 35.922 1 1 C ARG 0.630 1 ATOM 28 N N . GLU 2937 2937 ? A -10.401 -19.842 37.420 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 29 C CA . GLU 2937 2937 ? A -9.631 -18.697 37.882 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 30 C C . GLU 2937 2937 ? A -8.626 -18.239 36.835 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 31 O O . GLU 2937 2937 ? A -8.617 -17.072 36.442 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 32 C CB . GLU 2937 2937 ? A -8.896 -19.076 39.189 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 33 C CG . GLU 2937 2937 ? A -9.863 -19.286 40.380 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 34 C CD . GLU 2937 2937 ? A -9.204 -19.883 41.624 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 35 O OE1 . GLU 2937 2937 ? A -8.034 -20.332 41.548 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 36 O OE2 . GLU 2937 2937 ? A -9.933 -19.975 42.645 1 1 C GLU 0.670 1 ATOM 37 N N . LEU 2938 2938 ? A -7.863 -19.195 36.253 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 38 C CA . LEU 2938 2938 ? A -6.932 -18.963 35.158 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 39 C C . LEU 2938 2938 ? A -7.645 -18.379 33.931 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 40 O O . LEU 2938 2938 ? A -7.173 -17.424 33.315 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 41 C CB . LEU 2938 2938 ? A -6.171 -20.266 34.748 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 42 C CG . LEU 2938 2938 ? A -5.155 -20.817 35.779 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 43 C CD1 . LEU 2938 2938 ? A -4.616 -22.198 35.353 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 44 C CD2 . LEU 2938 2938 ? A -3.980 -19.847 35.982 1 1 C LEU 0.660 1 ATOM 45 N N . ASP 2939 2939 ? A -8.840 -18.890 33.571 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 46 C CA . ASP 2939 2939 ? A -9.687 -18.369 32.508 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 47 C C . ASP 2939 2939 ? A -10.145 -16.914 32.704 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 48 O O . ASP 2939 2939 ? A -10.253 -16.137 31.750 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 49 C CB . ASP 2939 2939 ? A -11.006 -19.170 32.357 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 50 C CG . ASP 2939 2939 ? A -10.902 -20.650 32.003 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 51 O OD1 . ASP 2939 2939 ? A -9.800 -21.177 31.743 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 52 O OD2 . ASP 2939 2939 ? A -12.012 -21.246 31.996 1 1 C ASP 0.680 1 ATOM 53 N N . ARG 2940 2940 ? A -10.499 -16.494 33.936 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 54 C CA . ARG 2940 2940 ? A -10.839 -15.112 34.252 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 55 C C . ARG 2940 2940 ? A -9.627 -14.197 34.181 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 56 O O . ARG 2940 2940 ? A -9.739 -13.103 33.625 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 57 C CB . ARG 2940 2940 ? A -11.619 -14.963 35.584 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 58 C CG . ARG 2940 2940 ? A -12.934 -15.782 35.676 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 59 C CD . ARG 2940 2940 ? A -14.129 -15.347 34.807 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 60 N NE . ARG 2940 2940 ? A -13.939 -15.792 33.368 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 61 C CZ . ARG 2940 2940 ? A -14.186 -17.019 32.889 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 62 N NH1 . ARG 2940 2940 ? A -13.978 -17.318 31.606 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 63 N NH2 . ARG 2940 2940 ? A -14.557 -18.017 33.679 1 1 C ARG 0.660 1 ATOM 64 N N . ASP 2941 2941 ? A -8.444 -14.648 34.644 1 1 C ASP 0.690 1 ATOM 65 C CA . ASP 2941 2941 ? A -7.167 -13.977 34.445 1 1 C ASP 0.690 1 ATOM 66 C C . ASP 2941 2941 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.728 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2934 LEU 1 0.720 2 1 A 2935 LEU 1 0.690 3 1 A 2936 ARG 1 0.630 4 1 A 2937 GLU 1 0.670 5 1 A 2938 LEU 1 0.660 6 1 A 2939 ASP 1 0.680 7 1 A 2940 ARG 1 0.660 8 1 A 2941 ASP 1 0.690 9 1 A 2942 LEU 1 0.680 10 1 A 2943 ARG 1 0.650 11 1 A 2944 LEU 1 0.680 12 1 A 2945 VAL 1 0.690 13 1 A 2946 GLU 1 0.690 14 1 A 2947 HIS 1 0.690 15 1 A 2948 GLU 1 0.710 16 1 A 2949 SER 1 0.740 17 1 A 2950 THR 1 0.750 18 1 A 2951 LYS 1 0.740 19 1 A 2952 LEU 1 0.760 20 1 A 2953 ARG 1 0.760 21 1 A 2954 LYS 1 0.780 22 1 A 2955 LYS 1 0.780 23 1 A 2956 GLN 1 0.780 24 1 A 2957 ALA 1 0.810 25 1 A 2958 GLU 1 0.750 26 1 A 2959 LEU 1 0.760 27 1 A 2960 ASP 1 0.790 28 1 A 2961 GLU 1 0.780 29 1 A 2962 GLU 1 0.790 30 1 A 2963 GLU 1 0.790 31 1 A 2964 LYS 1 0.800 32 1 A 2965 GLU 1 0.800 33 1 A 2966 ILE 1 0.820 34 1 A 2967 ASP 1 0.820 35 1 A 2968 ALA 1 0.840 36 1 A 2969 LYS 1 0.780 37 1 A 2970 LEU 1 0.780 38 1 A 2971 LYS 1 0.750 39 1 A 2972 TYR 1 0.720 40 1 A 2973 LEU 1 0.720 41 1 A 2974 GLU 1 0.720 42 1 A 2975 LEU 1 0.710 43 1 A 2976 GLY 1 0.740 44 1 A 2977 ILE 1 0.710 45 1 A 2978 THR 1 0.740 46 1 A 2979 GLN 1 0.730 47 1 A 2980 ARG 1 0.700 48 1 A 2981 LYS 1 0.730 49 1 A 2982 GLU 1 0.740 50 1 A 2983 SER 1 0.740 51 1 A 2984 LEU 1 0.690 52 1 A 2985 ALA 1 0.730 53 1 A 2986 LYS 1 0.670 54 1 A 2987 ASP 1 0.650 55 1 A 2988 ARG 1 0.580 56 1 A 2989 VAL 1 0.610 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #