data_SMR-d77cbaa453732a2b84a1ed91e969dd08_1 _entry.id SMR-d77cbaa453732a2b84a1ed91e969dd08_1 _struct.entry_id SMR-d77cbaa453732a2b84a1ed91e969dd08_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A2AN08 (isoform 2)/ UBR4_MOUSE, E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A2AN08 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 663800.455 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP UBR4_MOUSE A2AN08 1 ;MATSGGEEAAAAAPAPGAPATGQDTTPGWEVAVRPLLSASYSAFEMKELPQLVASVIESESEILHHEKQY EPFYSSFVALSTHYITTVCSLIPRNQLQSVAAACKVLIEFSLLRLENPDEACAVSQKHLILLIKGLCTGC 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ARAVAPGGATRLTDKAVKDYSAYRSSLLFWALVDLIYNMFKKVPTSNTEGGWSCSLAEYIRHNDMPIYEA ADKALKTFQEEFMPVETFSEFLDAAGLLSEITDPESFLKDLLNSVP ; 'E3 ubiquitin-protein ligase UBR4' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 5156 1 5156 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . UBR4_MOUSE A2AN08 A2AN08-2 1 5156 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2007-02-20 2D7221BA3112D680 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MATSGGEEAAAAAPAPGAPATGQDTTPGWEVAVRPLLSASYSAFEMKELPQLVASVIESESEILHHEKQY EPFYSSFVALSTHYITTVCSLIPRNQLQSVAAACKVLIEFSLLRLENPDEACAVSQKHLILLIKGLCTGC SRLDRTEIITFTAMMKSAKLPQTVKTLSDVEDQKELASPVSPELRQKEVQMNFLNQLTSVFNPRTVPSPP ISPQALVEGENDEQSSPDQVSAAKTKSVFIAQNVASLQELGGSEKLLRVCLNLPYFLRYINRFQDAVVAN SFFIMPATVADATAVRNGFHSLVIDVTMALDTLSLPVLEPLNPSRLQDVTVLSLSCLYAGVSVATCMAIL HVGSAQQVRTGSTSSKEDDYESDAATIVQKCLEIYDMIGQAISSSRRAGGEHFQNFQLLGAWCLLNSLFL ILNLSPTALADKGKEKDPLAALRVRDILSRTKEGVGSPKLGPGKGHQGFGVLSVILANHAIKLLASLFQD LQVEALHKGWETDGPPAVLSIMAQSTSTQRIQRLIDSVPLTNLLLTLLSTSYRKACVLQRQRKGSMSSDA SASTDSNTYYEDDFSSTEEDSSQDDDSEPILGQWFEETISPSKEKAAPPPPPPPPPLESSPRVKSPNKQA 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A 1 5082 LYS 5082 5082 LYS LYS A . A 1 5083 VAL 5083 5083 VAL VAL A . A 1 5084 PRO 5084 5084 PRO PRO A . A 1 5085 THR 5085 5085 THR THR A . A 1 5086 SER 5086 5086 SER SER A . A 1 5087 ASN 5087 5087 ASN ASN A . A 1 5088 THR 5088 5088 THR THR A . A 1 5089 GLU 5089 5089 GLU GLU A . A 1 5090 GLY 5090 5090 GLY GLY A . A 1 5091 GLY 5091 5091 GLY GLY A . A 1 5092 TRP 5092 5092 TRP TRP A . A 1 5093 SER 5093 5093 SER SER A . A 1 5094 CYS 5094 5094 CYS CYS A . A 1 5095 SER 5095 5095 SER SER A . A 1 5096 LEU 5096 5096 LEU LEU A . A 1 5097 ALA 5097 5097 ALA ALA A . A 1 5098 GLU 5098 5098 GLU GLU A . A 1 5099 TYR 5099 5099 TYR TYR A . A 1 5100 ILE 5100 5100 ILE ILE A . A 1 5101 ARG 5101 5101 ARG ARG A . A 1 5102 HIS 5102 5102 HIS HIS A . A 1 5103 ASN 5103 5103 ASN ASN A . A 1 5104 ASP 5104 5104 ASP ASP A . A 1 5105 MET 5105 5105 MET MET A . A 1 5106 PRO 5106 5106 PRO PRO A . A 1 5107 ILE 5107 5107 ILE ILE A . A 1 5108 TYR 5108 5108 TYR TYR A . A 1 5109 GLU 5109 5109 GLU GLU A . A 1 5110 ALA 5110 5110 ALA ALA A . A 1 5111 ALA 5111 5111 ALA ALA A . A 1 5112 ASP 5112 5112 ASP ASP A . A 1 5113 LYS 5113 5113 LYS LYS A . A 1 5114 ALA 5114 5114 ALA ALA A . A 1 5115 LEU 5115 5115 LEU LEU A . A 1 5116 LYS 5116 5116 LYS LYS A . A 1 5117 THR 5117 5117 THR THR A . A 1 5118 PHE 5118 5118 PHE PHE A . A 1 5119 GLN 5119 5119 GLN GLN A . A 1 5120 GLU 5120 5120 GLU GLU A . A 1 5121 GLU 5121 5121 GLU GLU A . A 1 5122 PHE 5122 5122 PHE PHE A . A 1 5123 MET 5123 5123 MET MET A . A 1 5124 PRO 5124 5124 PRO PRO A . A 1 5125 VAL 5125 5125 VAL VAL A . A 1 5126 GLU 5126 5126 GLU GLU A . A 1 5127 THR 5127 5127 THR THR A . A 1 5128 PHE 5128 5128 PHE PHE A . A 1 5129 SER 5129 5129 SER SER A . A 1 5130 GLU 5130 5130 GLU GLU A . A 1 5131 PHE 5131 5131 PHE PHE A . A 1 5132 LEU 5132 5132 LEU LEU A . A 1 5133 ASP 5133 5133 ASP ASP A . A 1 5134 ALA 5134 5134 ALA ALA A . A 1 5135 ALA 5135 5135 ALA ALA A . A 1 5136 GLY 5136 5136 GLY GLY A . A 1 5137 LEU 5137 5137 LEU LEU A . A 1 5138 LEU 5138 5138 LEU LEU A . A 1 5139 SER 5139 5139 SER SER A . A 1 5140 GLU 5140 5140 GLU GLU A . A 1 5141 ILE 5141 5141 ILE ILE A . A 1 5142 THR 5142 5142 THR THR A . A 1 5143 ASP 5143 5143 ASP ASP A . A 1 5144 PRO 5144 5144 PRO PRO A . A 1 5145 GLU 5145 5145 GLU GLU A . A 1 5146 SER 5146 5146 SER SER A . A 1 5147 PHE 5147 5147 PHE PHE A . A 1 5148 LEU 5148 5148 LEU LEU A . A 1 5149 LYS 5149 5149 LYS LYS A . A 1 5150 ASP 5150 5150 ASP ASP A . A 1 5151 LEU 5151 5151 LEU LEU A . A 1 5152 LEU 5152 5152 LEU LEU A . A 1 5153 ASN 5153 5153 ASN ASN A . A 1 5154 SER 5154 5154 SER SER A . A 1 5155 VAL 5155 5155 VAL VAL A . A 1 5156 PRO 5156 5156 PRO PRO A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'cDNA FLJ12511 fis, clone NT2RM2001727, highly similar to Homo sapiens ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 4 (UBR4), mRNA {PDB ID=8b5w, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=8b5w.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=8b5w, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=8b5w.1._.1}' 'template structure' . 3 . target . 4 'ZINC ION' target . 5 'Target-template alignment by HHblits to 8b5w, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 4 7 3 1 8 3 2 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 5 13 4 4 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GPLGSAIQHPGTQVLIGTDSIPNLHKLEQVSSDEGIGTLAENLLEALREHPDVNKKIDAARRETRAEKKR MAMAMRQKALGTLGMTTNEKGQVVTKTALLKQMEELIEEPGLTCCICREGYKFQPTKVLGIYTFTKRVAL EELENKPRKQQGYSTVSHFNIVHYDCHLAAVRLARGREEWESAALQNANTKCNGLLPVWGPHVPESAFAT CLARHNTYLQECTGQREPTYQLNIHDIKLLFLRFAMEQSFSADTGGGGRESNIHLIPYIIHTVLYVLNTT RATSREEKNLQGFLEQPKEKWVESAFEVDGPYYFTVLALHILPPEQWRATRVEILRRLLVTSQARAVAPG GATRLTDKAVKDYSAYRSSLLFWALVDLIYNMFKKVPTSNTEGGWSCSLAEYIRHNDMPIYEAADKALKT FQEEFMPVETFSEFLDVAGLLSEITDPESFLKDLLNSVP ; ;GPLGSAIQHPGTQVLIGTDSIPNLHKLEQVSSDEGIGTLAENLLEALREHPDVNKKIDAARRETRAEKKR MAMAMRQKALGTLGMTTNEKGQVVTKTALLKQMEELIEEPGLTCCICREGYKFQPTKVLGIYTFTKRVAL EELENKPRKQQGYSTVSHFNIVHYDCHLAAVRLARGREEWESAALQNANTKCNGLLPVWGPHVPESAFAT CLARHNTYLQECTGQREPTYQLNIHDIKLLFLRFAMEQSFSADTGGGGRESNIHLIPYIIHTVLYVLNTT RATSREEKNLQGFLEQPKEKWVESAFEVDGPYYFTVLALHILPPEQWRATRVEILRRLLVTSQARAVAPG GATRLTDKAVKDYSAYRSSLLFWALVDLIYNMFKKVPTSNTEGGWSCSLAEYIRHNDMPIYEAADKALKT FQEEFMPVETFSEFLDVAGLLSEITDPESFLKDLLNSVP ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 6 459 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8b5w 2024-04-17 2 PDB . 8b5w 2024-04-17 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 5156 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 5156 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 5e-113 96.696 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MATSGGEEAAAAAPAPGAPATGQDTTPGWEVAVRPLLSASYSAFEMKELPQLVASVIESESEILHHEKQYEPFYSSFVALSTHYITTVCSLIPRNQLQSVAAACKVLIEFSLLRLENPDEACAVSQKHLILLIKGLCTGCSRLDRTEIITFTAMMKSAKLPQTVKTLSDVEDQKELASPVSPELRQKEVQMNFLNQLTSVFNPRTVPSPPISPQALVEGENDEQSSPDQVSAAKTKSVFIAQNVASLQELGGSEKLLRVCLNLPYFLRYINRFQDAVVANSFFIMPATVADATAVRNGFHSLVIDVTMALDTLSLPVLEPLNPSRLQDVTVLSLSCLYAGVSVATCMAILHVGSAQQVRTGSTSSKEDDYESDAATIVQKCLEIYDMIGQAISSSRRAGGEHFQNFQLLGAWCLLNSLFLILNLSPTALADKGKEKDPLAALRVRDILSRTKEGVGSPKLGPGKGHQGFGVLSVILANHAIKLLASLFQDLQVEALHKGWETDGPPAVLSIMAQSTSTQRIQRLIDSVPLTNLLLTLLSTSYRKACVLQRQRKGSMSSDASASTDSNTYYEDDFSSTEEDSSQDDDSEPILGQWFEETISPSKEKAAPPPPPPPPPLESSPRVKSPNKQASGEKGNILASRKDPELFSGLASNILNFITTSMLNSRNSFIRSYLSASLSEHHMATLASIIKEVDKDGLKGSSDEDFAAALYHFNHSLVTSDLQSPNLQNTLLQQLGVAPFSEGPWPLYIHPQGLSVLSRLLLIWQHKAGAQGDPDVPECLKVWDRFLTTMKQNALQGVVPSETEDLNVEHLQLLLLIFHSFSEKGRRAILTMLVQSIQELSVNMEVQMRTAPLILARLLLIFDYLLHQYSKAPVYLFEQVQHNLLSPPFGWASGSQDSSSRRANTPLYHGFKEVEENWSKHFSSDAAPQPRFYCVLSTEASEEDLNRLDSEACEVLFSKPVKYDELYSSLTTLLAAGSQLDTTRRKEKKNVTALEACALQYYFLILWRILGILPPSKTYMNQLAMNSPEMSECDILHTLRWSSRLRISSYVSWIKDHLIKQGMKPEHAGSLIELAASKCSSVKYDVEIVEEYFARQISSFCSIDCTAVLQLHEIPSLQSIYTLDAAVSKVQVSLDEHFSKMAAETDPHKSSEITKNLLPATLQLIDTYASFTRAYLLQNLNEEGSTEKPSQEKLHGFAAVLAIGSSRCKANTLGPTLVQNLPSSVQSVCESWNNINTNEFPNIGSWRNAFANDTIPSESYISAVQAAHLGTLCGQSLPLAASLKHTLLSLVRLTGDLIVWSDEMNPAQVIRTLLPLLLESSTESAAEISSNSLERILGPAESDEFLARVYEKLITGCYNILANHADPNSGLDESILEECLQYLEKQLESSQARKAMEEFFSDGGELVQIMMATANEDLSAKFCNRVLKFFTKLFQLTEKSPNPSLLHLCGSLAQLACVEPVRLQAWLTRMTTSPPKDSDQLEVIQENRQLLQLLTTYIVRENSQVGEGVCAVLLGTLTPMATDMLANGDGTGFPELMVVMATLASAGQGAGHLQLHNAAVDWLGRCKKYLSQKNVVEKLNANVMHGKHVMVLECTCHIMSYLADVTNALSQSNGQGPSHLSVDGEERAIEVDSDWVEELAVEEEDSQAEDSDEDSLCNKLCTFTITQKEFMNQHWYHCHTCKMVDGVGVCTVCAKVCHKDHEISYAKYGSFFCDCGAKEDGSCLALVKRTPSSGMSSTMKESAFQSEPRVSESLVRHASTSPADKAKVTISDGKVTDEEKPKKSSLCRTVEGCREELQNQANFSFAPLVLDMLSFLMDAIQTNFQQASAVGSSSRAQQALSELHTVDKGVEMTDQLMVPTLGSQEGAFENVRMNYSGDQGQTIRQLISAHVLRRVAMCVLSSPHGRRQHLAVSHEKGKITVLQLSALLKQADSSKRKLTLTRLASAPVPFTVLSLTGNPCKEDYLAVCGLKDCHVLTFSSSGSVSDHLVLHPQLATGNFIIKAVWLPGSQTELAIVTADFVKIYDLSIDALSPTFYFLLPSSKIRDVTFLFNEEGKNIIVIMSSAGYMYTQLMEEASSAQQGPFYVTNVLEINHEDLKDSNSQVAGGGVSVYYSHVLQMLFFSYSQGRSFAATVSRSTLEVLQLFPINIKSSNGGSKTSPALCQWSEVMNHPGLVCCVQQTTGVPLVVMVKPGTFLIQEIKTLPAKAKIQDMVAIRHTACNEQQRTTMILLCEDGSLRIYMANVENTSYWLQPSLQPSSVISIMKPVRKRKTATITARTSSQVTFPIDFFEHNQQLTDVEFGGNDLLQVYNAQQIKHRLNSTGMYVANTKPGGFTIEISNNSSTMVMTGMRIQIGTQAIERAPSYIEIFGRTMQLNLSRSRWFDFPFTREEALQADRKLSLFIGASVDPAGVTMIDAVKIYGKTKEQFGWPDEPPEDFPSASVSNICPPNLNQSNGTGESDSAAPATTSGTVLESSETESLTKLDRLVVSSLEALESCFAVGPIIEKERNKHAAQELATLLLSLPAPASVQQQSKSLLASLHSSRSAYHSHKDQALLSKAVQCLNTSSKEGKDLDPEVFQRLVITARSIAVTRPNNLVHFTESKLPQMETEGADEGKEPQKQEGDGCSFITQLVNHFWKLHASKPKNAFLAPACLPGLTHIEATVNALVDIIHGYCTCELDCINTASKIYMQMLLCPDPAVSFSCKQALIRVLRPRNKRRHVTLPSSPRSNTPMGDKDDDDDDDADEKMQSSGIPDGGHIRQESQEQSEVDHGDFEMVSESMVLETAENVNNGNPSPLEALLAGAEGFPPMLDIPPDADDETMVELAIALSLQQDQQAPASDDEGSTAATDGSTLRTSPADHGGSVGSESGGSAVDSVAGEHSVSGRSSAYGDATAEGHPAGPGSVSSSTGAISTATGHQEGDGSEGEGEGEAEGDVHTSNRLHMVRLMLLERLLQTLPQLRNVGGVRAIPYMQVILMLTTDLDGEDEKDKGALDNLLAQLIAELGMDKKDVSKKNERSALNEVHLVVMRLLSVFMSRTKSGSKSSICESSSLISSATAAALLSSGAVDYCLHVLKSLLEYWKSQQSDEEPVAASQLLKPHTTSSPPDMSPFFLRQYVKGHAADVFEAYTQLLTEMVLRLPYQIKKIADTSSRIPPPVFDHSWFYFLSEYLMIQQTPFVRRQVRKLLLFICGSKEKYRQLRDLHTLDSHVRGIKKLLEEQGIFLRASVVTASSGSALQYDTLISLMEHLKACAEIAAQRTINWQKFCIKDDSVLYFLLQVSFLVDEGVSPVLLQLLSCALCGSKVLAALAASTGSSSVASSSAPPAASSGQATTQSKSSTKKSKKEEKEKEKEGESSGSQEDQLCTALVNQLNRFADKETLIQFLRCFLLESNSSSVRWQAHCLTLHIYRNSNKAQQELLLDLMWSIWPELPAYGRKAAQFVDLLGYFSLKTAQTEKKLKEYSQKAVEILRTQNHILTNHPNSNIYNTLSGLVEFDGYYLESDPCLVCNNPEVPFCYIKLSSIKVDTRYTTTQQVVKLIGSHTISKVTVKIGDLKRTKMVRTINLYYNNRTVQAIVELKNKPARWHKAKKVQLTPGQTEVKIDLPLPIVASNLMIEFADFYENYQASTETLQCPRCSASVPANPGVCGNCGENVYQCHKCRSINYDEKDPFLCNACGFCKYARFDFMLYAKPCCAVDPIENEEDRKKAVSNINTLLDKADRVYHQLMGHRPQLENLLCKVNEAAPEKPQEDSGTAGGISSTSASVNRYILQLAQEYCGDCKNSFDELSKIIQKVFASRKELLEYDLQQREAATKSSRTSVQPTFTASQYRALSVLGCGHTSSTKCYGCASAVTEHCITLLRALATNPALRHILVSQGLIRELFDYNLRRGAAAIREEVRQLMCLLTRDNPEATQQMNDLIIGKVSTALKGHWANPDLASSLQYEMLLLTDSISKEDSCWELRLRCALSLFLMAVNIKTPVVVENITLMCLRILQKLIKPPAPTSKKNKDVPVEALTTVKPYCNEIHAQAQLWLKRDPKASYEAWKKCLPIRGVDGNGKSPSKSELHRLYLTEKYVWRWKQFLSRRGKRTTPLDLKLGHNNWLRQVLFTPATQAARQAACTIVEALATVPSRKQQVLDLLTSYLDELSVAGECAAEYLALYQKLIASCHWKVYLAARGVLPYVGNLITKEIARLLALEEATLSTDLQQGYALKSLTGLLSSFVEVESIKRHFKSRLVGTVLNGYLCLRKLVLQRTKLIDETQDMLLEMLEDMTTGTESETKAFMAVCIETAKRYNLDDYRTPVFIFERLCSIIYPEENEVTEFFVTLEKDPQQEDFLQGRMPGNPYSSNEPGIGPLMRDIKNKICQDCDLVALLEDDSGMELLVNNKIISLDLPVAEVYKKVWCATNEGEPMRIVYRMRGLLGDATEEFIESLDSTTDEEEDEEEVYRMAGVMAQCGGLQCMLNRLAGVKDFKQGRHLLTVLLKLFSYCVKVKVNRQQLVKLETNTLNVMLGTLNLALVAEQESKDSGGAAVAEQVLSIMEIILDESNAEPLSEDKGNLLLTGDKDQLVMLLDQINSTFVRSNPSVLQGLLRIIPYLSFGEVEKMQILVERFKPYCSFEKYDEDHSGDDKVFLDCFCKIAAGIKNNSNGHQLKDLILQKGITQNALDYMKKHIPSAKNLDADIWKKFLSRPALPFILRLLRGLAMQHPATQVLIGTDSITSLHKLEQVSSDEGIGTLAENLLEALREHPDVNKKIDAARRETRAEKKRMAMAMRQKALGTLGMTTNEKGQVVTKTALLKQMEELIEEPGLTCCICREGYKFQPTKVLGIYTFTKRVALEEMENKPRKQQGYSTVSHFNIVHYDCHLAAVRLARGREEWESAALQNANTKCNGLLPVWGPHVPESAFATCLARHNTYLQECTGQREPTYQLNIHDIKLLFLRFAMEQSFSADTGGGGRESNIHLIPYIIHTVLYVLNTTRATSREEKNLQGFLEQPKEKWTE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2 1 2 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SAFEVDGPYYFTVLALHILPPEQWRATRVEILRRLLVTSQARAVAPGGATRLTDKAVKDYSAYRSSLLFWALVDLIYNMFKKVPTSNTEGGWSCSLAEYIRHNDMPIYEAADKALKTFQEEFMPVETFSEFLDVAGLLSEITDPESFLKDLLNSVP # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8b5w.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id 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ARG 4834 4834 ? A 57.955 34.438 47.604 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 228 C CG . ARG 4834 4834 ? A 57.759 35.357 46.385 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 229 C CD . ARG 4834 4834 ? A 58.596 36.634 46.441 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 230 N NE . ARG 4834 4834 ? A 57.791 37.673 47.170 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 231 C CZ . ARG 4834 4834 ? A 57.439 38.865 46.671 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 232 N NH1 . ARG 4834 4834 ? A 57.808 39.219 45.445 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 233 N NH2 . ARG 4834 4834 ? A 56.691 39.710 47.375 1 1 A ARG 0.730 1 ATOM 234 N N . VAL 4835 4835 ? A 56.665 32.389 45.226 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 235 C CA . VAL 4835 4835 ? A 56.861 31.813 43.908 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 236 C C . VAL 4835 4835 ? A 56.129 32.688 42.914 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 237 O O . VAL 4835 4835 ? A 55.300 33.520 43.296 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 238 C CB . VAL 4835 4835 ? A 56.340 30.376 43.755 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 239 C CG1 . VAL 4835 4835 ? A 57.111 29.431 44.691 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 240 C CG2 . VAL 4835 4835 ? 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GLY 5136 5136 ? A 33.281 7.898 33.116 1 1 A GLY 0.790 1 ATOM 2653 N N . LEU 5137 5137 ? A 35.170 8.365 31.977 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2654 C CA . LEU 5137 5137 ? A 34.597 9.309 31.033 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2655 C C . LEU 5137 5137 ? A 34.277 8.674 29.693 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2656 O O . LEU 5137 5137 ? A 33.768 9.333 28.787 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2657 C CB . LEU 5137 5137 ? A 35.574 10.475 30.750 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2658 C CG . LEU 5137 5137 ? A 35.704 11.525 31.866 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2659 C CD1 . LEU 5137 5137 ? A 36.829 12.508 31.508 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2660 C CD2 . LEU 5137 5137 ? A 34.389 12.288 32.077 1 1 A LEU 0.780 1 ATOM 2661 N N . LEU 5138 5138 ? A 34.527 7.365 29.514 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 2662 C CA . LEU 5138 5138 ? A 34.303 6.696 28.239 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 2663 C C . LEU 5138 5138 ? A 32.853 6.615 27.798 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 2664 O O . LEU 5138 5138 ? A 32.555 6.507 26.611 1 1 A LEU 0.760 1 ATOM 2665 C CB . LEU 5138 5138 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #