data_SMR-2bd490e82fe0eeb4baa3174fe8274003_3 _entry.id SMR-2bd490e82fe0eeb4baa3174fe8274003_3 _struct.entry_id SMR-2bd490e82fe0eeb4baa3174fe8274003_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A0A6D2Y675/ A0A6D2Y675_PANTR, COL1A1 isoform 2 - H2QDE6/ H2QDE6_PANTR, Collagen, type I, alpha 2 - P02452/ CO1A1_HUMAN, Collagen alpha-1(I) chain Estimated model accuracy of this model is 0.038, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A0A6D2Y675, H2QDE6, P02452' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-01.1 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 2 . 4 2 4 . 5 2 5 . 6 2 6 . 7 3 1 . 8 3 4 . 9 4 1 . 10 4 2 . 11 4 4 . 12 5 3 . 13 6 1 . 14 6 3 . 15 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 165405.843 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CO1A1_HUMAN P02452 1 ;MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDRDVWKPEPCRICVCDNGKVLC DDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSESPTDQETTGVEGPKGDTGPRGPRGPAGPPGRDGIPGQPGL PGPPGPPGPPGPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGE PGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDA GPAGPKGEPGSPGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVG AKGEAGPQGPRGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGP QGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGEPGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGLPGPPGERGGP GSRGFPGADGVAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAG QDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGVPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAGPAGE RGEQGPAGSPGFQGLPGPAGPPGEAGKPGEQGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGAN GAPGNDGAKGDAGAPGAPGSQGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGPKGADGSPGKDGVRGLTGPIG PPGPAGAPGDKGESGPSGPAGPTGARGAPGDRGEPGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDAGAKGDAGP PGPAGPAGPPGPIGNVGAPGAKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGPAGKEGGKGPR GETGPAGRPGEVGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGAPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGERGFPGLPGPSG EPGKQGPSGASGERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGAPGAEGSPGRDGSPGAKGDRGETGPAGPPGAPGA PGAPGPVGPAGKSGDRGETGPAGPAGPVGPVGARGPAGPQGPRGDKGETGEQGDRGIKGHRGFSGLQGPP GPPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGAPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDAGPVGPPGPPGPPGPPG PPSAGFDFSFLPQPPQEKAHDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCR DLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVFCNMETGETCVYPTQPSVAQKNWYISKNPKDKRHVWFGESM TDGFQFEYGGQGSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQTGNLKKALLLQGSNEIEIRA EGNSRFTYSVTVDGCTSHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPLDVGAPDQEFGFDVGPVCFL ; 'Collagen alpha-1(I) chain' 2 1 UNP H2QDE6_PANTR H2QDE6 1 ;MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDRDVWKPEPCRICVCDNGKVLC DDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSESPTDQETTGVEGPKGDTGPRGPRGPAGPPGRDGIPGQPGL PGPPGPPGPPGPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGE PGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDA GPAGPKGEPGSPGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVG AKGEAGPQGPRGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGP QGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGEPGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGLPGPPGERGGP GSRGFPGADGVAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAG QDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGVPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAGPAGE RGEQGPAGSPGFQGLPGPAGPPGEAGKPGEQGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGAN 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GPPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGAPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDAGPVGPPGPPGPPGPPG PPSAGFDFSFLPQPPQEKAHDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCR DLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVFCNMETGETCVYPTQPSVAQKNWYISKNPKDKRHVWFGESM TDGFQFEYGGQGSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQTGNLKKALLLQGSNEIEIRA EGNSRFTYSVTVDGCTSHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPLDVGAPDQEFGFDVGPVCFL ; 'COL1A1 isoform 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1464 1 1464 2 2 1 1464 1 1464 3 3 1 1464 1 1464 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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A0A6D2Y675_PANTR A0A6D2Y675 . 1 1464 9598 'Pan troglodytes (Chimpanzee)' 2020-06-17 B0581DAD2809DDE8 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDRDVWKPEPCRICVCDNGKVLC DDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSESPTDQETTGVEGPKGDTGPRGPRGPAGPPGRDGIPGQPGL PGPPGPPGPPGPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGE PGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDA GPAGPKGEPGSPGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVG AKGEAGPQGPRGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGP QGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGEPGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGLPGPPGERGGP GSRGFPGADGVAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAG QDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGVPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAGPAGE 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'alpha 1 type II collagen isoform 1 {PDB ID=1u5m, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1u5m.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 1u5m, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'AlphaFold DB' 'reference database' . 8 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 1 7 5 2 8 6 3 2 7 3 1 8 3 3 9 4 1 10 4 3 11 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-22 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-17 7 'AlphaFold DB' https://alphafold.ebi.ac.uk v4 . # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;YVEFQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPADLA AAA ; ;YVEFQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPADLA AAA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 9 66 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1u5m 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1464 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1464 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.2e-22 68.966 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDRDVWKPEPCRICVCDNGKVLCDDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSESPTDQETTGVEGPKGDTGPRGPRGPAGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPPGPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVGAKGEAGPQGPRGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGPQGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGEPGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGLPGPPGERGGPGSRGFPGADGVAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAGQDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGVPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAGPAGERGEQGPAGSPGFQGLPGPAGPPGEAGKPGEQGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGANGAPGNDGAKGDAGAPGAPGSQGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGPKGADGSPGKDGVRGLTGPIGPPGPAGAPGDKGESGPSGPAGPTGARGAPGDRGEPGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDAGAKGDAGPPGPAGPAGPPGPIGNVGAPGAKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGPAGKEGGKGPRGETGPAGRPGEVGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGAPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGPSGASGERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGAPGAEGSPGRDGSPGAKGDRGETGPAGPPGAPGAPGAPGPVGPAGKSGDRGETGPAGPAGPVGPVGARGPAGPQGPRGDKGETGEQGDRGIKGHRGFSGLQGPPGPPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGAPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDAGPVGPPGPPGPPGPPGPPSAGFDFSFLPQPPQEKAHDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCRDLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVFCNMETGETCVYPTQPSVAQKNWYISKNPKDKRHVWFGESMTDGFQFEYGGQGSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQTGNLKKALLLQGSNEIEIRAEGNSRFTYSVTVDGCTSHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPLDVGAPDQEFGFDVGPVCFL 2 1 2 --------------------------------------SCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB & AlphaFold DB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1u5m.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . THR 39 39 ? A 1.986 18.984 -4.071 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 2 C CA . THR 39 39 ? A 3.346 18.348 -3.804 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 3 C C . THR 39 39 ? A 3.345 17.634 -2.494 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 4 O O . THR 39 39 ? A 2.733 18.141 -1.559 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 5 C CB . THR 39 39 ? A 4.458 19.407 -3.748 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 6 O OG1 . THR 39 39 ? A 4.475 20.090 -4.989 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 7 C CG2 . THR 39 39 ? A 5.868 18.815 -3.554 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 8 N N . CYS 40 40 ? A 4.015 16.473 -2.375 1 1 A CYS 0.510 1 ATOM 9 C CA . CYS 40 40 ? A 4.115 15.727 -1.139 1 1 A CYS 0.510 1 ATOM 10 C C . CYS 40 40 ? A 5.556 15.741 -0.731 1 1 A CYS 0.510 1 ATOM 11 O O . CYS 40 40 ? A 6.433 15.611 -1.586 1 1 A CYS 0.510 1 ATOM 12 C CB . CYS 40 40 ? A 3.690 14.256 -1.346 1 1 A CYS 0.510 1 ATOM 13 S SG . CYS 40 40 ? A 1.885 14.104 -1.298 1 1 A CYS 0.510 1 ATOM 14 N N . VAL 41 41 ? A 5.822 15.927 0.577 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 15 C CA . VAL 41 41 ? A 7.151 15.955 1.154 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 16 C C . VAL 41 41 ? A 7.416 14.592 1.741 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 17 O O . VAL 41 41 ? A 6.807 14.194 2.734 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 18 C CB . VAL 41 41 ? A 7.279 17.022 2.248 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 19 C CG1 . VAL 41 41 ? A 8.627 16.931 3.009 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 20 C CG2 . VAL 41 41 ? A 7.155 18.394 1.555 1 1 A VAL 0.630 1 ATOM 21 N N . GLN 42 42 ? A 8.332 13.820 1.137 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 22 C CA . GLN 42 42 ? A 8.692 12.519 1.647 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 23 C C . GLN 42 42 ? A 10.166 12.505 1.941 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 24 O O . GLN 42 42 ? A 10.978 12.579 1.027 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 25 C CB . GLN 42 42 ? A 8.338 11.448 0.602 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 26 C CG . GLN 42 42 ? A 7.414 10.374 1.201 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 27 C CD . GLN 42 42 ? A 8.112 9.482 2.226 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 28 O OE1 . GLN 42 42 ? A 9.292 9.173 2.104 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 29 N NE2 . GLN 42 42 ? A 7.375 9.013 3.260 1 1 A GLN 0.600 1 ATOM 30 N N . ASN 43 43 ? A 10.556 12.501 3.232 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 31 C CA . ASN 43 43 ? A 11.943 12.553 3.693 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 32 C C . ASN 43 43 ? A 12.653 13.869 3.350 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 33 O O . ASN 43 43 ? A 13.860 13.995 3.510 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 34 C CB . ASN 43 43 ? A 12.816 11.342 3.227 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 35 C CG . ASN 43 43 ? A 12.178 10.032 3.671 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 36 O OD1 . ASN 43 43 ? A 11.679 9.897 4.780 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 37 N ND2 . ASN 43 43 ? A 12.164 9.032 2.761 1 1 A ASN 0.630 1 ATOM 38 N N . GLY 44 44 ? A 11.892 14.892 2.886 1 1 A GLY 0.660 1 ATOM 39 C CA . GLY 44 44 ? A 12.435 16.122 2.314 1 1 A GLY 0.660 1 ATOM 40 C C . GLY 44 44 ? A 12.468 16.140 0.809 1 1 A GLY 0.660 1 ATOM 41 O O . GLY 44 44 ? A 13.084 17.017 0.214 1 1 A GLY 0.660 1 ATOM 42 N N . LEU 45 45 ? A 11.790 15.199 0.128 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 43 C CA . LEU 45 45 ? A 11.785 15.129 -1.311 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 44 C C . LEU 45 45 ? A 10.420 15.521 -1.805 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 45 O O . LEU 45 45 ? A 9.402 15.028 -1.320 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 46 C CB . LEU 45 45 ? A 12.077 13.683 -1.758 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 47 C CG . LEU 45 45 ? A 13.461 13.162 -1.316 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 48 C CD1 . LEU 45 45 ? A 13.638 11.689 -1.720 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 49 C CD2 . LEU 45 45 ? A 14.601 14.002 -1.918 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 50 N N . ARG 46 46 ? A 10.383 16.451 -2.776 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 51 C CA . ARG 46 46 ? A 9.174 16.933 -3.395 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 52 C C . ARG 46 46 ? A 8.804 16.076 -4.573 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 53 O O . ARG 46 46 ? A 9.476 16.091 -5.603 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 54 C CB . ARG 46 46 ? A 9.366 18.382 -3.894 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 55 C CG . ARG 46 46 ? A 9.380 19.394 -2.737 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 56 C CD . ARG 46 46 ? A 10.710 20.134 -2.573 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 57 N NE . ARG 46 46 ? A 10.460 21.334 -1.696 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 58 C CZ . ARG 46 46 ? A 9.824 22.449 -2.088 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 59 N NH1 . ARG 46 46 ? A 9.307 22.578 -3.304 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 60 N NH2 . ARG 46 46 ? A 9.704 23.471 -1.243 1 1 A ARG 0.530 1 ATOM 61 N N . TYR 47 47 ? A 7.695 15.344 -4.427 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 62 C CA . TYR 47 47 ? A 7.168 14.441 -5.423 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 63 C C . TYR 47 47 ? A 5.815 14.943 -5.886 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 64 O O . TYR 47 47 ? A 5.128 15.675 -5.156 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 65 C CB . TYR 47 47 ? A 7.011 13.019 -4.833 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 66 C CG . TYR 47 47 ? A 8.358 12.378 -4.704 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 67 C CD1 . TYR 47 47 ? A 9.011 11.875 -5.842 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 68 C CD2 . TYR 47 47 ? A 8.948 12.205 -3.443 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 69 C CE1 . TYR 47 47 ? A 10.231 11.198 -5.716 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 70 C CE2 . TYR 47 47 ? A 10.122 11.455 -3.311 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 71 C CZ . TYR 47 47 ? A 10.781 10.977 -4.449 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 72 O OH . TYR 47 47 ? A 11.993 10.271 -4.324 1 1 A TYR 0.600 1 ATOM 73 N N . HIS 48 48 ? A 5.413 14.569 -7.122 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 74 C CA . HIS 48 48 ? A 4.108 14.885 -7.702 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 75 C C . HIS 48 48 ? A 2.995 14.107 -7.027 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 76 O O . HIS 48 48 ? A 3.259 13.179 -6.268 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 77 C CB . HIS 48 48 ? A 4.043 14.634 -9.232 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 78 C CG . HIS 48 48 ? A 5.014 15.465 -9.970 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 79 N ND1 . HIS 48 48 ? A 4.777 16.824 -10.046 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 80 C CD2 . HIS 48 48 ? A 6.124 15.131 -10.666 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 81 C CE1 . HIS 48 48 ? A 5.746 17.288 -10.795 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 82 N NE2 . HIS 48 48 ? A 6.599 16.310 -11.202 1 1 A HIS 0.620 1 ATOM 83 N N . ASP 49 49 ? A 1.714 14.468 -7.242 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 84 C CA . ASP 49 49 ? A 0.588 13.684 -6.750 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 85 C C . ASP 49 49 ? A 0.380 12.347 -7.446 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 86 O O . ASP 49 49 ? A 0.388 11.293 -6.818 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 87 C CB . ASP 49 49 ? A -0.707 14.537 -6.760 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 88 C CG . ASP 49 49 ? A -0.734 15.408 -7.996 1 1 A ASP 0.570 1 ATOM 89 O OD1 . ASP 49 49 ? 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A -7.143 12.450 -4.623 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 221 O OD1 . ASN 65 65 ? A -7.356 12.840 -5.764 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 222 N ND2 . ASN 65 65 ? A -7.633 11.281 -4.157 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 223 N N . GLY 66 66 ? A -2.801 14.651 -3.739 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 224 C CA . GLY 66 66 ? A -1.908 15.463 -2.924 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 225 C C . GLY 66 66 ? A -1.658 14.882 -1.553 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 226 O O . GLY 66 66 ? A -1.057 15.545 -0.712 1 1 A GLY 0.670 1 ATOM 227 N N . LYS 67 67 ? A -2.125 13.644 -1.278 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 228 C CA . LYS 67 67 ? A -2.065 13.013 0.022 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 229 C C . LYS 67 67 ? A -1.331 11.703 -0.043 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 230 O O . LYS 67 67 ? A -1.639 10.833 -0.847 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 231 C CB . LYS 67 67 ? A -3.478 12.684 0.555 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 232 C CG . LYS 67 67 ? A -4.253 13.964 0.867 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 233 C CD . LYS 67 67 ? A -5.648 13.682 1.432 1 1 A LYS 0.700 1 ATOM 234 C CE . LYS 67 67 ? 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A -4.130 0.773 1.456 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 264 O OD2 . ASP 71 71 ? A -4.613 0.476 -0.691 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 265 N N . ASP 72 72 ? A -0.923 -1.587 1.890 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 266 C CA . ASP 72 72 ? A -0.239 -2.866 1.860 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 267 C C . ASP 72 72 ? A -0.006 -3.403 0.448 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 268 O O . ASP 72 72 ? A -0.683 -3.090 -0.533 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 269 C CB . ASP 72 72 ? A -0.862 -3.900 2.842 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 270 C CG . ASP 72 72 ? A -2.374 -3.819 2.821 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 271 O OD1 . ASP 72 72 ? A -2.978 -4.390 1.888 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 272 O OD2 . ASP 72 72 ? A -2.912 -3.188 3.764 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 273 N N . VAL 73 73 ? A 1.063 -4.197 0.280 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 274 C CA . VAL 73 73 ? A 1.328 -4.806 -1.003 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 275 C C . VAL 73 73 ? A 0.507 -6.073 -1.064 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 276 O O . VAL 73 73 ? A 0.831 -7.096 -0.476 1 1 A VAL 0.700 1 ATOM 277 C CB . VAL 73 73 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.610 2 1 3 0.038 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 39 THR 1 0.500 2 1 A 40 CYS 1 0.510 3 1 A 41 VAL 1 0.630 4 1 A 42 GLN 1 0.600 5 1 A 43 ASN 1 0.630 6 1 A 44 GLY 1 0.660 7 1 A 45 LEU 1 0.640 8 1 A 46 ARG 1 0.530 9 1 A 47 TYR 1 0.600 10 1 A 48 HIS 1 0.620 11 1 A 49 ASP 1 0.570 12 1 A 50 ARG 1 0.540 13 1 A 51 ASP 1 0.650 14 1 A 52 VAL 1 0.720 15 1 A 53 TRP 1 0.610 16 1 A 54 LYS 1 0.650 17 1 A 55 PRO 1 0.690 18 1 A 56 GLU 1 0.650 19 1 A 57 PRO 1 0.690 20 1 A 58 CYS 1 0.700 21 1 A 59 ARG 1 0.630 22 1 A 60 ILE 1 0.680 23 1 A 61 CYS 1 0.740 24 1 A 62 VAL 1 0.750 25 1 A 63 CYS 1 0.750 26 1 A 64 ASP 1 0.680 27 1 A 65 ASN 1 0.660 28 1 A 66 GLY 1 0.670 29 1 A 67 LYS 1 0.700 30 1 A 68 VAL 1 0.730 31 1 A 69 LEU 1 0.680 32 1 A 70 CYS 1 0.720 33 1 A 71 ASP 1 0.690 34 1 A 72 ASP 1 0.700 35 1 A 73 VAL 1 0.700 36 1 A 74 ILE 1 0.630 37 1 A 75 CYS 1 0.650 38 1 A 76 ASP 1 0.520 39 1 A 77 GLU 1 0.440 40 1 A 78 THR 1 0.450 41 1 A 79 LYS 1 0.490 42 1 A 80 ASN 1 0.490 43 1 A 81 CYS 1 0.470 44 1 A 82 PRO 1 0.480 45 1 A 83 GLY 1 0.530 46 1 A 84 ALA 1 0.600 47 1 A 85 GLU 1 0.540 48 1 A 86 VAL 1 0.560 49 1 A 87 PRO 1 0.520 50 1 A 88 GLU 1 0.570 51 1 A 89 GLY 1 0.500 52 1 A 90 GLU 1 0.540 53 1 A 91 CYS 1 0.670 54 1 A 92 CYS 1 0.630 55 1 A 93 PRO 1 0.620 56 1 A 94 VAL 1 0.560 57 1 A 95 CYS 1 0.530 58 1 A 96 PRO 1 0.510 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #