data_SMR-8cfc6f0a7dc7b426fce258aca9651efd_1 _entry.id SMR-8cfc6f0a7dc7b426fce258aca9651efd_1 _struct.entry_id SMR-8cfc6f0a7dc7b426fce258aca9651efd_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q95QA6 (isoform 2)/ PAT12_CAEEL, Protein pat-12 Estimated model accuracy of this model is 0.015, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q95QA6 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 94506.999 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PAT12_CAEEL Q95QA6 1 ;MTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGS LPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFR SSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIET LKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTT TQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKTVPPLRTKTPPPPPPPVRRHEIYEQHK RYTSAPNLQSAVIRIQDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEV ERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDD NFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSF RRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLE AEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLN DDRRRR ; 'Protein pat-12' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 706 1 706 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PAT12_CAEEL Q95QA6 Q95QA6-2 1 706 6239 'Caenorhabditis elegans' 2001-12-01 8343EDF8D3D458D6 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGS LPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFR SSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIET LKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTT TQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKTVPPLRTKTPPPPPPPVRRHEIYEQHK RYTSAPNLQSAVIRIQDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEV ERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDD NFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSF RRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLE AEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLN DDRRRR ; ;MTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGS LPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFR SSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIET LKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTT TQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKTVPPLRTKTPPPPPPPVRRHEIYEQHK RYTSAPNLQSAVIRIQDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEV ERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDD NFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSF RRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLE AEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLN DDRRRR ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 THR . 1 3 SER . 1 4 HIS . 1 5 ILE . 1 6 ALA . 1 7 THR . 1 8 GLU . 1 9 THR . 1 10 SER . 1 11 VAL . 1 12 ASN . 1 13 ARG . 1 14 TRP . 1 15 SER . 1 16 THR . 1 17 GLU . 1 18 PRO . 1 19 VAL . 1 20 VAL . 1 21 ARG . 1 22 GLU . 1 23 GLU . 1 24 GLY . 1 25 ARG . 1 26 PRO . 1 27 PRO . 1 28 GLY . 1 29 PRO . 1 30 GLU . 1 31 ASP . 1 32 PHE . 1 33 PRO . 1 34 SER . 1 35 THR . 1 36 LYS . 1 37 GLN . 1 38 GLY . 1 39 ARG . 1 40 GLU . 1 41 GLN . 1 42 ASP . 1 43 GLY . 1 44 ASN . 1 45 VAL . 1 46 ILE . 1 47 GLY . 1 48 ILE . 1 49 THR . 1 50 PRO . 1 51 ASN . 1 52 TYR . 1 53 LYS . 1 54 ILE . 1 55 GLY . 1 56 GLU . 1 57 GLN . 1 58 LYS . 1 59 PRO . 1 60 ASN . 1 61 SER . 1 62 GLU . 1 63 LEU . 1 64 ASN . 1 65 LEU . 1 66 GLY . 1 67 LYS . 1 68 THR . 1 69 GLY . 1 70 SER . 1 71 LEU . 1 72 PRO . 1 73 ARG . 1 74 GLY . 1 75 SER . 1 76 GLY . 1 77 ASP . 1 78 TYR . 1 79 LYS . 1 80 MET . 1 81 THR . 1 82 TYR . 1 83 ARG . 1 84 GLN . 1 85 GLU . 1 86 ASP . 1 87 TYR . 1 88 LYS . 1 89 GLN . 1 90 THR . 1 91 ILE . 1 92 ILE . 1 93 ASP . 1 94 PRO . 1 95 LYS . 1 96 VAL . 1 97 ILE . 1 98 THR . 1 99 ASN . 1 100 ALA . 1 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ASN . 1 185 LYS . 1 186 PRO . 1 187 GLY . 1 188 TRP . 1 189 PRO . 1 190 GLY . 1 191 PRO . 1 192 LYS . 1 193 LYS . 1 194 ASN . 1 195 ASP . 1 196 GLU . 1 197 SER . 1 198 LEU . 1 199 ARG . 1 200 GLU . 1 201 LEU . 1 202 GLU . 1 203 THR . 1 204 MET . 1 205 LYS . 1 206 GLN . 1 207 ARG . 1 208 ILE . 1 209 GLU . 1 210 THR . 1 211 LEU . 1 212 LYS . 1 213 ARG . 1 214 ASP . 1 215 ALA . 1 216 ASN . 1 217 LYS . 1 218 GLY . 1 219 PRO . 1 220 VAL . 1 221 ASN . 1 222 ALA . 1 223 GLU . 1 224 LEU . 1 225 ASP . 1 226 GLU . 1 227 LEU . 1 228 SER . 1 229 LYS . 1 230 ARG . 1 231 ALA . 1 232 GLU . 1 233 GLU . 1 234 LEU . 1 235 ARG . 1 236 LYS . 1 237 ARG . 1 238 ASP . 1 239 GLY . 1 240 TRP . 1 241 SER . 1 242 LYS . 1 243 TYR . 1 244 LYS . 1 245 LEU . 1 246 VAL . 1 247 GLU . 1 248 SER . 1 249 ASP . 1 250 ILE . 1 251 TYR . 1 252 LYS . 1 253 THR . 1 254 ASP . 1 255 PRO . 1 256 ASP . 1 257 PRO . 1 258 MET . 1 259 PRO . 1 260 ALA . 1 261 ASN . 1 262 ILE . 1 263 LYS . 1 264 ASP . 1 265 GLN . 1 266 VAL . 1 267 ARG 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B 1 649 ARG 649 ? ? ? B . B 1 650 ASP 650 ? ? ? B . B 1 651 HIS 651 ? ? ? B . B 1 652 ARG 652 ? ? ? B . B 1 653 THR 653 ? ? ? B . B 1 654 GLU 654 ? ? ? B . B 1 655 GLN 655 ? ? ? B . B 1 656 LEU 656 ? ? ? B . B 1 657 PRO 657 ? ? ? B . B 1 658 GLY 658 ? ? ? B . B 1 659 GLY 659 ? ? ? B . B 1 660 TYR 660 ? ? ? B . B 1 661 GLU 661 ? ? ? B . B 1 662 THR 662 ? ? ? B . B 1 663 PHE 663 ? ? ? B . B 1 664 ASN 664 ? ? ? B . B 1 665 LYS 665 ? ? ? B . B 1 666 GLU 666 ? ? ? B . B 1 667 ARG 667 ? ? ? B . B 1 668 HIS 668 ? ? ? B . B 1 669 ALA 669 ? ? ? B . B 1 670 ASN 670 ? ? ? B . B 1 671 SER 671 ? ? ? B . B 1 672 GLY 672 ? ? ? B . B 1 673 ARG 673 ? ? ? B . B 1 674 ARG 674 ? ? ? B . B 1 675 SER 675 ? ? ? B . B 1 676 GLY 676 ? ? ? B . B 1 677 ARG 677 ? ? ? B . B 1 678 ASP 678 ? ? ? B . B 1 679 GLY 679 ? ? ? B . B 1 680 LYS 680 ? ? ? B . B 1 681 PRO 681 ? ? ? B . B 1 682 VAL 682 ? ? ? B . B 1 683 ASP 683 ? ? ? B . B 1 684 PHE 684 ? ? ? B . B 1 685 ASN 685 ? ? ? B . B 1 686 GLU 686 ? ? ? B . B 1 687 ALA 687 ? ? ? B . B 1 688 THR 688 ? ? ? B . B 1 689 GLN 689 ? ? ? B . B 1 690 GLU 690 ? ? ? B . B 1 691 TYR 691 ? ? ? B . B 1 692 ASN 692 ? ? ? B . B 1 693 TYR 693 ? ? ? B . B 1 694 LYS 694 ? ? ? B . B 1 695 ARG 695 ? ? ? B . B 1 696 GLU 696 ? ? ? B . B 1 697 GLN 697 ? ? ? B . B 1 698 THR 698 ? ? ? B . B 1 699 LEU 699 ? ? ? B . B 1 700 ASN 700 ? ? ? B . B 1 701 ASP 701 ? ? ? B . B 1 702 ASP 702 ? ? ? B . B 1 703 ARG 703 ? ? ? B . B 1 704 ARG 704 ? ? ? B . B 1 705 ARG 705 ? ? ? B . B 1 706 ARG 706 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'designed protein 2L4HC2_23 {PDB ID=5j0k, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5j0k.1.A}' 'template structure' . 2 'designed protein 2L4HC2_23 {PDB ID=5j0k, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5j0k.1.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 5j0k, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 5j0k, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTRTEIIRELERSLREQEELAKRLKELLRELERLQREGSSDEDVRELLREIKELVEEIEKLAREQK YLVEELKRQD ; ;GSHMGTRTEIIRELERSLREQEELAKRLKELLRELERLQREGSSDEDVRELLREIKELVEEIEKLAREQK YLVEELKRQD ; 2 ;GSHMGTRTEIIRELERSLREQEELAKRLKELLRELERLQREGSSDEDVRELLREIKELVEEIEKLAREQK YLVEELKRQD ; ;GSHMGTRTEIIRELERSLREQEELAKRLKELLRELERLQREGSSDEDVRELLREIKELVEEIEKLAREQK YLVEELKRQD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 16 60 2 2 16 60 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5j0k 2024-03-06 2 PDB . 5j0k 2024-03-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 706 2 2 B 1 706 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 710 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 710 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 92.000 31.707 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 92.000 31.707 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIET----LKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKTVPPLRTKTPPPPPPPVRRHEIYEQHKRYTSAPNLQSAVIRIQDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLNDDRRRR 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RSLREQEELAKRLKELLRELERLQREGSSDEDVRELLREIKELVE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIET----LKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKTVPPLRTKTPPPPPPPVRRHEIYEQHKRYTSAPNLQSAVIRIQDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLNDDRRRR 4 2 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RSLREQEELAKRLKELLRELERLQREGSSDEDVRELLREIKELVE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.081}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5j0k.1, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 196 196 ? A 36.043 29.657 0.297 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 2 C CA . GLU 196 196 ? A 36.538 29.001 1.558 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 3 C C . GLU 196 196 ? A 36.671 29.929 2.733 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 4 O O . GLU 196 196 ? A 36.043 29.679 3.751 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 5 C CB . GLU 196 196 ? A 37.852 28.299 1.228 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 6 C CG . GLU 196 196 ? A 37.628 27.132 0.245 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 7 C CD . GLU 196 196 ? A 38.951 26.491 -0.138 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 196 196 ? A 40.005 27.074 0.199 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 196 196 ? A 38.856 25.432 -0.799 1 1 A GLU 0.320 1 ATOM 10 N N . SER 197 197 ? A 37.390 31.069 2.581 1 1 A SER 0.320 1 ATOM 11 C CA . SER 197 197 ? A 37.584 32.073 3.629 1 1 A SER 0.320 1 ATOM 12 C C . SER 197 197 ? A 36.268 32.566 4.241 1 1 A SER 0.320 1 ATOM 13 O O . SER 197 197 ? A 36.091 32.583 5.450 1 1 A SER 0.320 1 ATOM 14 C CB . SER 197 197 ? A 38.388 33.274 3.034 1 1 A SER 0.320 1 ATOM 15 O OG . SER 197 197 ? A 38.699 34.262 4.012 1 1 A SER 0.320 1 ATOM 16 N N . LEU 198 198 ? A 35.245 32.881 3.412 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 17 C CA . LEU 198 198 ? A 33.929 33.291 3.891 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 18 C C . LEU 198 198 ? A 33.187 32.249 4.725 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 19 O O . LEU 198 198 ? A 32.604 32.568 5.756 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 20 C CB . LEU 198 198 ? A 33.044 33.753 2.709 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 21 C CG . LEU 198 198 ? A 33.616 34.968 1.940 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 22 C CD1 . LEU 198 198 ? A 32.758 35.254 0.700 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 23 C CD2 . LEU 198 198 ? A 33.688 36.227 2.825 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 24 N N . ARG 199 199 ? A 33.255 30.962 4.321 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 25 C CA . ARG 199 199 ? A 32.756 29.836 5.094 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 26 C C . ARG 199 199 ? A 33.483 29.679 6.422 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 27 O O . ARG 199 199 ? A 32.878 29.406 7.453 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 28 C CB . ARG 199 199 ? A 32.923 28.509 4.305 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 29 C CG . ARG 199 199 ? A 31.879 28.337 3.184 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 30 C CD . ARG 199 199 ? A 31.747 26.891 2.684 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 31 N NE . ARG 199 199 ? A 33.027 26.528 1.951 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 32 C CZ . ARG 199 199 ? A 33.262 26.747 0.649 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 33 N NH1 . ARG 199 199 ? A 32.380 27.388 -0.106 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 34 N NH2 . ARG 199 199 ? A 34.375 26.280 0.082 1 1 A ARG 0.460 1 ATOM 35 N N . GLU 200 200 ? A 34.819 29.865 6.435 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 36 C CA . GLU 200 200 ? A 35.598 29.875 7.653 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 37 C C . GLU 200 200 ? A 35.192 30.994 8.604 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 38 O O . GLU 200 200 ? A 34.998 30.766 9.796 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 39 C CB . GLU 200 200 ? A 37.096 29.970 7.319 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 40 C CG . GLU 200 200 ? A 37.985 29.608 8.529 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 41 C CD . GLU 200 200 ? A 39.456 29.496 8.151 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 42 O OE1 . GLU 200 200 ? A 39.795 29.747 6.966 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 43 O OE2 . GLU 200 200 ? 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A 41.884 36.004 23.269 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 296 C CG . GLU 232 232 ? A 43.004 36.978 22.805 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 297 C CD . GLU 232 232 ? A 42.497 38.311 22.246 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 298 O OE1 . GLU 232 232 ? A 43.278 38.964 21.505 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 299 O OE2 . GLU 232 232 ? A 41.359 38.714 22.582 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 300 N N . GLU 233 233 ? A 41.845 33.770 20.958 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 301 C CA . GLU 233 233 ? A 42.398 33.051 19.817 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 302 C C . GLU 233 233 ? A 41.496 33.051 18.592 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 303 O O . GLU 233 233 ? A 41.969 33.224 17.478 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 304 C CB . GLU 233 233 ? A 42.690 31.578 20.193 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 305 C CG . GLU 233 233 ? A 43.913 31.418 21.131 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 306 C CD . GLU 233 233 ? A 44.137 29.977 21.588 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 307 O OE1 . GLU 233 233 ? A 43.748 29.043 20.844 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 308 O OE2 . GLU 233 233 ? A 44.716 29.807 22.698 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 309 N N . LEU 234 234 ? 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'normalized score' global . 3 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.509 2 1 3 0.015 3 1 4 0.081 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 196 GLU 1 0.320 2 1 A 197 SER 1 0.320 3 1 A 198 LEU 1 0.490 4 1 A 199 ARG 1 0.460 5 1 A 200 GLU 1 0.550 6 1 A 201 LEU 1 0.530 7 1 A 202 GLU 1 0.520 8 1 A 203 THR 1 0.630 9 1 A 204 MET 1 0.550 10 1 A 205 LYS 1 0.510 11 1 A 206 GLN 1 0.530 12 1 A 207 ARG 1 0.490 13 1 A 208 ILE 1 0.540 14 1 A 209 GLU 1 0.420 15 1 A 210 THR 1 0.410 16 1 A 211 LEU 1 0.420 17 1 A 212 LYS 1 0.530 18 1 A 213 ARG 1 0.450 19 1 A 214 ASP 1 0.500 20 1 A 215 ALA 1 0.520 21 1 A 216 ASN 1 0.470 22 1 A 217 LYS 1 0.500 23 1 A 218 GLY 1 0.540 24 1 A 219 PRO 1 0.490 25 1 A 220 VAL 1 0.500 26 1 A 221 ASN 1 0.470 27 1 A 222 ALA 1 0.580 28 1 A 223 GLU 1 0.540 29 1 A 224 LEU 1 0.500 30 1 A 225 ASP 1 0.560 31 1 A 226 GLU 1 0.600 32 1 A 227 LEU 1 0.570 33 1 A 228 SER 1 0.570 34 1 A 229 LYS 1 0.560 35 1 A 230 ARG 1 0.560 36 1 A 231 ALA 1 0.590 37 1 A 232 GLU 1 0.550 38 1 A 233 GLU 1 0.580 39 1 A 234 LEU 1 0.570 40 1 A 235 ARG 1 0.360 41 1 A 236 LYS 1 0.380 42 1 B 196 GLU 1 0.390 43 1 B 197 SER 1 0.400 44 1 B 198 LEU 1 0.560 45 1 B 199 ARG 1 0.510 46 1 B 200 GLU 1 0.590 47 1 B 201 LEU 1 0.560 48 1 B 202 GLU 1 0.550 49 1 B 203 THR 1 0.650 50 1 B 204 MET 1 0.580 51 1 B 205 LYS 1 0.530 52 1 B 206 GLN 1 0.560 53 1 B 207 ARG 1 0.520 54 1 B 208 ILE 1 0.540 55 1 B 209 GLU 1 0.420 56 1 B 210 THR 1 0.420 57 1 B 211 LEU 1 0.440 58 1 B 212 LYS 1 0.510 59 1 B 213 ARG 1 0.420 60 1 B 214 ASP 1 0.470 61 1 B 215 ALA 1 0.490 62 1 B 216 ASN 1 0.420 63 1 B 217 LYS 1 0.440 64 1 B 218 GLY 1 0.480 65 1 B 219 PRO 1 0.460 66 1 B 220 VAL 1 0.500 67 1 B 221 ASN 1 0.470 68 1 B 222 ALA 1 0.590 69 1 B 223 GLU 1 0.550 70 1 B 224 LEU 1 0.510 71 1 B 225 ASP 1 0.560 72 1 B 226 GLU 1 0.610 73 1 B 227 LEU 1 0.590 74 1 B 228 SER 1 0.580 75 1 B 229 LYS 1 0.580 76 1 B 230 ARG 1 0.560 77 1 B 231 ALA 1 0.610 78 1 B 232 GLU 1 0.530 79 1 B 233 GLU 1 0.550 80 1 B 234 LEU 1 0.570 81 1 B 235 ARG 1 0.340 82 1 B 236 LYS 1 0.360 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #