data_SMR-2830d68a52581a58f60204eb52151d03_1 _entry.id SMR-2830d68a52581a58f60204eb52151d03_1 _struct.entry_id SMR-2830d68a52581a58f60204eb52151d03_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q95QA6 (isoform 2)/ PAT12_CAEEL, Protein pat-12 Estimated model accuracy of this model is 0.024, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q95QA6 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 95951.451 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PAT12_CAEEL Q95QA6 1 ;MEKEKEEKDGTKDAKKDEEEPSVKVFIRPLEVTVPADFLFQKPEKAQKTYWSTMTSHIATETSVNRWSTE PVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDY KQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESV DRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIETLKRDANKGPVNAELDEL SKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTA TWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQR FEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETT RRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDG YDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVR RYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQE YNYKREQTLNDDRRRR ; 'Protein pat-12' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 716 1 716 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PAT12_CAEEL Q95QA6 Q95QA6-2 1 716 6239 'Caenorhabditis elegans' 2001-12-01 C3888625994AE39D # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MEKEKEEKDGTKDAKKDEEEPSVKVFIRPLEVTVPADFLFQKPEKAQKTYWSTMTSHIATETSVNRWSTE PVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDY KQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESV DRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIETLKRDANKGPVNAELDEL SKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTA TWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQR FEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETT RRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDG YDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVR RYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQE YNYKREQTLNDDRRRR ; ;MEKEKEEKDGTKDAKKDEEEPSVKVFIRPLEVTVPADFLFQKPEKAQKTYWSTMTSHIATETSVNRWSTE PVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDY KQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESV DRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIETLKRDANKGPVNAELDEL SKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTA TWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQR FEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETT RRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDG YDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVR RYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQE YNYKREQTLNDDRRRR ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 LYS . 1 4 GLU . 1 5 LYS . 1 6 GLU . 1 7 GLU . 1 8 LYS . 1 9 ASP . 1 10 GLY . 1 11 THR . 1 12 LYS . 1 13 ASP . 1 14 ALA . 1 15 LYS . 1 16 LYS . 1 17 ASP . 1 18 GLU . 1 19 GLU . 1 20 GLU . 1 21 PRO . 1 22 SER . 1 23 VAL . 1 24 LYS . 1 25 VAL . 1 26 PHE . 1 27 ILE . 1 28 ARG . 1 29 PRO . 1 30 LEU . 1 31 GLU . 1 32 VAL . 1 33 THR . 1 34 VAL . 1 35 PRO . 1 36 ALA . 1 37 ASP . 1 38 PHE . 1 39 LEU . 1 40 PHE . 1 41 GLN . 1 42 LYS . 1 43 PRO . 1 44 GLU . 1 45 LYS . 1 46 ALA . 1 47 GLN . 1 48 LYS . 1 49 THR . 1 50 TYR . 1 51 TRP . 1 52 SER . 1 53 THR . 1 54 MET . 1 55 THR . 1 56 SER . 1 57 HIS . 1 58 ILE . 1 59 ALA . 1 60 THR . 1 61 GLU . 1 62 THR . 1 63 SER . 1 64 VAL . 1 65 ASN . 1 66 ARG . 1 67 TRP . 1 68 SER . 1 69 THR . 1 70 GLU . 1 71 PRO . 1 72 VAL . 1 73 VAL . 1 74 ARG . 1 75 GLU . 1 76 GLU . 1 77 GLY . 1 78 ARG . 1 79 PRO . 1 80 PRO . 1 81 GLY . 1 82 PRO . 1 83 GLU . 1 84 ASP . 1 85 PHE . 1 86 PRO . 1 87 SER . 1 88 THR . 1 89 LYS . 1 90 GLN . 1 91 GLY . 1 92 ARG . 1 93 GLU . 1 94 GLN . 1 95 ASP . 1 96 GLY . 1 97 ASN . 1 98 VAL . 1 99 ILE . 1 100 GLY . 1 101 ILE . 1 102 THR . 1 103 PRO . 1 104 ASN . 1 105 TYR . 1 106 LYS . 1 107 ILE . 1 108 GLY . 1 109 GLU . 1 110 GLN . 1 111 LYS . 1 112 PRO . 1 113 ASN . 1 114 SER . 1 115 GLU . 1 116 LEU . 1 117 ASN . 1 118 LEU . 1 119 GLY . 1 120 LYS . 1 121 THR . 1 122 GLY . 1 123 SER . 1 124 LEU . 1 125 PRO . 1 126 ARG . 1 127 GLY . 1 128 SER . 1 129 GLY . 1 130 ASP . 1 131 TYR . 1 132 LYS . 1 133 MET . 1 134 THR . 1 135 TYR . 1 136 ARG . 1 137 GLN . 1 138 GLU . 1 139 ASP . 1 140 TYR . 1 141 LYS . 1 142 GLN . 1 143 THR . 1 144 ILE . 1 145 ILE . 1 146 ASP . 1 147 PRO . 1 148 LYS . 1 149 VAL . 1 150 ILE . 1 151 THR . 1 152 ASN . 1 153 ALA . 1 154 ASN . 1 155 MET . 1 156 PRO . 1 157 TYR . 1 158 ILE . 1 159 SER . 1 160 THR . 1 161 ARG . 1 162 ILE . 1 163 PRO . 1 164 ASP . 1 165 PRO . 1 166 ARG . 1 167 ARG . 1 168 ASN . 1 169 LEU . 1 170 ALA . 1 171 GLY . 1 172 ASP . 1 173 PHE . 1 174 PRO . 1 175 SER . 1 176 GLU . 1 177 HIS . 1 178 SER . 1 179 LYS . 1 180 SER . 1 181 LYS . 1 182 ILE 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B 1 637 SER 637 ? ? ? B . B 1 638 ARG 638 ? ? ? B . B 1 639 LEU 639 ? ? ? B . B 1 640 GLU 640 ? ? ? B . B 1 641 ALA 641 ? ? ? B . B 1 642 GLU 642 ? ? ? B . B 1 643 PHE 643 ? ? ? B . B 1 644 ARG 644 ? ? ? B . B 1 645 ASP 645 ? ? ? B . B 1 646 SER 646 ? ? ? B . B 1 647 LEU 647 ? ? ? B . B 1 648 LEU 648 ? ? ? B . B 1 649 MET 649 ? ? ? B . B 1 650 PRO 650 ? ? ? B . B 1 651 MET 651 ? ? ? B . B 1 652 PRO 652 ? ? ? B . B 1 653 ALA 653 ? ? ? B . B 1 654 GLY 654 ? ? ? B . B 1 655 ASN 655 ? ? ? B . B 1 656 MET 656 ? ? ? B . B 1 657 ASN 657 ? ? ? B . B 1 658 GLU 658 ? ? ? B . B 1 659 ARG 659 ? ? ? B . B 1 660 ASP 660 ? ? ? B . B 1 661 HIS 661 ? ? ? B . B 1 662 ARG 662 ? ? ? B . B 1 663 THR 663 ? ? ? B . B 1 664 GLU 664 ? ? ? B . B 1 665 GLN 665 ? ? ? B . B 1 666 LEU 666 ? ? ? B . B 1 667 PRO 667 ? ? ? B . B 1 668 GLY 668 ? ? ? B . B 1 669 GLY 669 ? ? ? B . B 1 670 TYR 670 ? ? ? B . B 1 671 GLU 671 ? ? ? B . B 1 672 THR 672 ? ? ? B . B 1 673 PHE 673 ? ? ? B . B 1 674 ASN 674 ? ? ? B . B 1 675 LYS 675 ? ? ? B . B 1 676 GLU 676 ? ? ? B . B 1 677 ARG 677 ? ? ? B . B 1 678 HIS 678 ? ? ? B . B 1 679 ALA 679 ? ? ? B . B 1 680 ASN 680 ? ? ? B . B 1 681 SER 681 ? ? ? B . B 1 682 GLY 682 ? ? ? B . B 1 683 ARG 683 ? ? ? B . B 1 684 ARG 684 ? ? ? B . B 1 685 SER 685 ? ? ? B . B 1 686 GLY 686 ? ? ? B . B 1 687 ARG 687 ? ? ? B . B 1 688 ASP 688 ? ? ? B . B 1 689 GLY 689 ? ? ? B . B 1 690 LYS 690 ? ? ? B . B 1 691 PRO 691 ? ? ? B . B 1 692 VAL 692 ? ? ? B . B 1 693 ASP 693 ? ? ? B . B 1 694 PHE 694 ? ? ? B . B 1 695 ASN 695 ? ? ? B . B 1 696 GLU 696 ? ? ? B . B 1 697 ALA 697 ? ? ? B . B 1 698 THR 698 ? ? ? B . B 1 699 GLN 699 ? ? ? B . B 1 700 GLU 700 ? ? ? B . B 1 701 TYR 701 ? ? ? B . B 1 702 ASN 702 ? ? ? B . B 1 703 TYR 703 ? ? ? B . B 1 704 LYS 704 ? ? ? B . B 1 705 ARG 705 ? ? ? B . B 1 706 GLU 706 ? ? ? B . B 1 707 GLN 707 ? ? ? B . B 1 708 THR 708 ? ? ? B . B 1 709 LEU 709 ? ? ? B . B 1 710 ASN 710 ? ? ? B . B 1 711 ASP 711 ? ? ? B . B 1 712 ASP 712 ? ? ? B . B 1 713 ARG 713 ? ? ? B . B 1 714 ARG 714 ? ? ? B . B 1 715 ARG 715 ? ? ? B . B 1 716 ARG 716 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'peptide design 2L4HC2_24 {PDB ID=5j10, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5j10.1.A}' 'template structure' . 2 'peptide design 2L4HC2_24 {PDB ID=5j10, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5j10.1.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 5j10, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 5j10, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTDTDELLRLAKEQAELLKEIKKLVEEIARLVKEIQEDPSDELLKTLAELVRKLKELVEDMERSMK EQLYIIKKQKS ; ;GSHMGTDTDELLRLAKEQAELLKEIKKLVEEIARLVKEIQEDPSDELLKTLAELVRKLKELVEDMERSMK EQLYIIKKQKS ; 2 ;GSHMGTDTDELLRLAKEQAELLKEIKKLVEEIARLVKEIQEDPSDELLKTLAELVRKLKELVEDMERSMK EQLYIIKKQKS ; ;GSHMGTDTDELLRLAKEQAELLKEIKKLVEEIARLVKEIQEDPSDELLKTLAELVRKLKELVEDMERSMK EQLYIIKKQKS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 20 58 2 2 20 58 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5j10 2024-03-06 2 PDB . 5j10 2024-03-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 716 2 2 B 1 716 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 716 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 716 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 250.000 23.077 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 250.000 23.077 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEKEKEEKDGTKDAKKDEEEPSVKVFIRPLEVTVPADFLFQKPEKAQKTYWSTMTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIETLKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLNDDRRRR 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ELLKEIKKLVEEIARLVKEIQEDPSDELLKTLAELVRKL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MEKEKEEKDGTKDAKKDEEEPSVKVFIRPLEVTVPADFLFQKPEKAQKTYWSTMTSHIATETSVNRWSTEPVVREEGRPPGPEDFPSTKQGREQDGNVIGITPNYKIGEQKPNSELNLGKTGSLPRGSGDYKMTYRQEDYKQTIIDPKVITNANMPYISTRIPDPRRNLAGDFPSEHSKSKIKLDPLEQRRFRSSESRPITTSNYLAESVDRHREMEASRLREYLKAKENEANQPWNKPGWPGPKKNDESLRELETMKQRIETLKRDANKGPVNAELDELSKRAEELRKRDGWSKYKLVESDIYKTDPDPMPANIKDQVRDLLESRNSVETTTTQRDHDKSGYVTDVSTATWNFSTVDYSPRSVVSMNGASHDILKDDKPRSIMKRNDLVRREQMLYPTVDTQVVKSVVKKPTVTETVQRFEETRRTEEVERRVQRREKKERRSRHHSSSRHHSGWEGHTGGYQGHRSSSLSRGGHGGGGQETYYRQETTRRQQHNNYDDNFNRGIAHARYGSLSDSLRRGELQYVPNGEVRQSFYRDGSNGGQRMHKSYSTRDVFTGDGYDDRRSVSSFRRGSQQQVSPFVEFPPTLPRRGGGGDYRREEDAYFRPVSKSRSYADWDDAGRAGMGREVRRYDDDMSRLEAEFRDSLLMPMPAGNMNERDHRTEQLPGGYETFNKERHANSGRRSGRDGKPVDFNEATQEYNYKREQTLNDDRRRR 4 2 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ELLKEIKKLVEEIARLVKEIQEDPSDELLKTLAELVRKL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.148}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5j10.1, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 249 249 ? A 28.664 20.574 84.469 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 2 C CA . GLU 249 249 ? A 29.617 20.584 83.311 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 3 C C . GLU 249 249 ? A 28.919 20.601 81.952 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 4 O O . GLU 249 249 ? A 29.194 21.504 81.181 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 5 C CB . GLU 249 249 ? A 30.657 19.437 83.515 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 6 C CG . GLU 249 249 ? A 30.283 18.006 83.017 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 7 C CD . GLU 249 249 ? A 28.926 17.423 83.430 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 249 249 ? A 28.161 18.126 84.140 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 249 249 ? A 28.590 16.327 82.946 1 1 A GLU 0.340 1 ATOM 10 N N . SER 250 250 ? A 27.917 19.736 81.662 1 1 A SER 0.390 1 ATOM 11 C CA . SER 250 250 ? A 27.090 19.766 80.449 1 1 A SER 0.390 1 ATOM 12 C C . SER 250 250 ? A 26.435 21.103 80.216 1 1 A SER 0.390 1 ATOM 13 O O . SER 250 250 ? A 26.501 21.663 79.136 1 1 A SER 0.390 1 ATOM 14 C CB . SER 250 250 ? A 25.921 18.746 80.492 1 1 A SER 0.390 1 ATOM 15 O OG . SER 250 250 ? A 26.464 17.434 80.495 1 1 A SER 0.390 1 ATOM 16 N N . LEU 251 251 ? A 25.825 21.716 81.254 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 17 C CA . LEU 251 251 ? A 25.289 23.068 81.133 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 18 C C . LEU 251 251 ? A 26.299 24.166 80.836 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 19 O O . LEU 251 251 ? A 26.013 25.067 80.065 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 20 C CB . LEU 251 251 ? A 24.381 23.511 82.308 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 21 C CG . LEU 251 251 ? A 22.855 23.416 82.056 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 22 C CD1 . LEU 251 251 ? A 22.133 24.251 83.123 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 23 C CD2 . LEU 251 251 ? A 22.376 23.961 80.698 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 24 N N . ARG 252 252 ? A 27.513 24.106 81.415 1 1 A ARG 0.510 1 ATOM 25 C CA . ARG 252 252 ? A 28.604 24.999 81.073 1 1 A ARG 0.510 1 ATOM 26 C C . ARG 252 252 ? A 29.040 24.867 79.614 1 1 A ARG 0.510 1 ATOM 27 O O . ARG 252 252 ? A 29.268 25.863 78.938 1 1 A ARG 0.510 1 ATOM 28 C CB . ARG 252 252 ? A 29.816 24.699 81.986 1 1 A ARG 0.510 1 ATOM 29 C CG . ARG 252 252 ? 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'normalized score' global . 3 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.542 2 1 3 0.024 3 1 4 0.148 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 249 GLU 1 0.340 2 1 A 250 SER 1 0.390 3 1 A 251 LEU 1 0.520 4 1 A 252 ARG 1 0.510 5 1 A 253 GLU 1 0.590 6 1 A 254 LEU 1 0.580 7 1 A 255 GLU 1 0.610 8 1 A 256 THR 1 0.630 9 1 A 257 MET 1 0.600 10 1 A 258 LYS 1 0.600 11 1 A 259 GLN 1 0.610 12 1 A 260 ARG 1 0.570 13 1 A 261 ILE 1 0.610 14 1 A 262 GLU 1 0.600 15 1 A 263 THR 1 0.590 16 1 A 264 LEU 1 0.590 17 1 A 265 LYS 1 0.580 18 1 A 266 ARG 1 0.500 19 1 A 267 ASP 1 0.540 20 1 A 268 ALA 1 0.560 21 1 A 269 ASN 1 0.500 22 1 A 270 LYS 1 0.470 23 1 A 271 GLY 1 0.500 24 1 A 272 PRO 1 0.480 25 1 A 273 VAL 1 0.490 26 1 A 274 ASN 1 0.470 27 1 A 275 ALA 1 0.540 28 1 A 276 GLU 1 0.530 29 1 A 277 LEU 1 0.540 30 1 A 278 ASP 1 0.570 31 1 A 279 GLU 1 0.600 32 1 A 280 LEU 1 0.600 33 1 A 281 SER 1 0.610 34 1 A 282 LYS 1 0.590 35 1 A 283 ARG 1 0.560 36 1 A 284 ALA 1 0.630 37 1 A 285 GLU 1 0.570 38 1 A 286 GLU 1 0.500 39 1 A 287 LEU 1 0.460 40 1 B 249 GLU 1 0.300 41 1 B 250 SER 1 0.340 42 1 B 251 LEU 1 0.490 43 1 B 252 ARG 1 0.500 44 1 B 253 GLU 1 0.570 45 1 B 254 LEU 1 0.580 46 1 B 255 GLU 1 0.600 47 1 B 256 THR 1 0.620 48 1 B 257 MET 1 0.600 49 1 B 258 LYS 1 0.600 50 1 B 259 GLN 1 0.610 51 1 B 260 ARG 1 0.560 52 1 B 261 ILE 1 0.600 53 1 B 262 GLU 1 0.600 54 1 B 263 THR 1 0.590 55 1 B 264 LEU 1 0.590 56 1 B 265 LYS 1 0.580 57 1 B 266 ARG 1 0.490 58 1 B 267 ASP 1 0.530 59 1 B 268 ALA 1 0.550 60 1 B 269 ASN 1 0.500 61 1 B 270 LYS 1 0.470 62 1 B 271 GLY 1 0.490 63 1 B 272 PRO 1 0.470 64 1 B 273 VAL 1 0.480 65 1 B 274 ASN 1 0.460 66 1 B 275 ALA 1 0.530 67 1 B 276 GLU 1 0.530 68 1 B 277 LEU 1 0.540 69 1 B 278 ASP 1 0.570 70 1 B 279 GLU 1 0.600 71 1 B 280 LEU 1 0.590 72 1 B 281 SER 1 0.610 73 1 B 282 LYS 1 0.590 74 1 B 283 ARG 1 0.550 75 1 B 284 ALA 1 0.620 76 1 B 285 GLU 1 0.580 77 1 B 286 GLU 1 0.450 78 1 B 287 LEU 1 0.430 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #