data_SMR-f585e03c33c9c725f607f251981bdcc8_2 _entry.id SMR-f585e03c33c9c725f607f251981bdcc8_2 _struct.entry_id SMR-f585e03c33c9c725f607f251981bdcc8_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O95405 (isoform 2)/ ZFYV9_HUMAN, Zinc finger FYVE domain-containing protein 9 Estimated model accuracy of this model is 0.033, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O95405 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' ITP non-polymer 'PHOSPHORIC ACID MONO-(2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEXYL) ESTER' 'C6 H14 O12 P2' 340.114 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 175091.041 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 2 . 3 non-polymer man 'PHOSPHORIC ACID MONO-(2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEXYL) ESTER' 340.114 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ZFYV9_HUMAN O95405 1 ;MENYFQAEAYNLDKVLDEFEQNEDETVSSTLLDTKWNKILDPPSHRLSFNPTLASVNESAVSNESQPQLK VFSLAHSAPLTTEEEDHCANGQDCNLNPEIATMWIDENAVAEDQLIKRNYSWDDQCSAVEVGEKKCGNLA CLPDEKNVLVVAVMHNCDKRTLQNDLQDCNNYNSQSLMDAFSCSLDNENRQTDQFSFSINESTEKDMNSE KQMDPLNRPKTEGRSVNHLCPTSSDSLASVCSPSQLKDDGSIGRDPSMSAITSLTVDSVISSQGTDGCPA VKKQENYIPDEDLTGKISSPRTDLGSPNSFSHMSEGILMKKEPAEESTTEESLRSGLPLLLKPDMPNGSG RNNDCERCSDCLVPNEVRADENEGYEHEETLGTTEFLNMTEHFSESQDMTNWKLTKLNEMNDSQVNEEKE KFLQISQPEDTNGDSGGQCVGLADAGLDLKGTCISESEECDFSTVIDTPAANYLSNGCDSYGMQDPGVSF VPKTLPSKEDSVTEEKEIEESKSECYSNIYEQRGNEATEGSGLLLNSTGDLMKKNYLHNFCSQVPSVLGQ SSPKVVASLPSISVPFGGARPKQPSNLKLQIPKPLSDHLQNDFPANSGNNTKNKNDILGKAKLGENSATN VCSPSLGNISNVDTNGEHLESYEAEISTRPCLALAPDSPDNDLRAGQFGISARKPFTTLGEVAPVWVPDS QAPNCMKCEARFTFTKRRHHCRACGKVFCASCCSLKCKLLYMDRKEARVCVICHSVLMNVAQPREQRRVW FADGILPNGEVADAAKLTMNGTSSAGTLAVSHDPVKPVTTSPLPAETDICLFSGSITQVGSPVGSAMNLI PEDGLPPILISTGVKGDYAVEEKPSQISVMQQLEDGGPDPLVFVLNANLLSMVKIVNYVNRKCWCFTTKG MHAVGQSEIVILLQCLPDEKCLPKDIFNHFVQLYRDALAGNVVSNLGHSFFSQSFLGSKEHGGFLYVTST YQSLQDLVLPTPPYLFGILIQKWETPWAKVFPIRLMLRLGAEYRLYPCPLFSVRFRKPLFGETGHTIMNL LADFRNYQYTLPVVQGLVVDMEVRKTSIKIPSNRYNEMMKAMNKSNEHVLAGGACFNEKADSHLVCVQND DGNYQTQAISIHNQPRKVTGASFFVFSGALKSSSGYLAKSSIVEDGVMVQITAENMDSLRQALREMKDFT ITCGKADAEEPQEHIHIQWVDDDKNVSKGVVSPIDGKSMETITNVKIFHGSEYKANGKVIRWTEVFFLEN DDQHNCLSDPADHSRLTEHVAKAFCLALCPHLKLLKEDGMTKLGLRVTLDSDQVGYQAGSNGQPLPSQYM NDLDSALVPVIHGGACQLSEGPVVMELIFYILENIV ; 'Zinc finger FYVE domain-containing protein 9' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1366 1 1366 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ZFYV9_HUMAN O95405 O95405-2 1 1366 9606 'Homo sapiens (Human)' 2001-08-14 C7779D54E2435CC9 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MENYFQAEAYNLDKVLDEFEQNEDETVSSTLLDTKWNKILDPPSHRLSFNPTLASVNESAVSNESQPQLK VFSLAHSAPLTTEEEDHCANGQDCNLNPEIATMWIDENAVAEDQLIKRNYSWDDQCSAVEVGEKKCGNLA CLPDEKNVLVVAVMHNCDKRTLQNDLQDCNNYNSQSLMDAFSCSLDNENRQTDQFSFSINESTEKDMNSE KQMDPLNRPKTEGRSVNHLCPTSSDSLASVCSPSQLKDDGSIGRDPSMSAITSLTVDSVISSQGTDGCPA VKKQENYIPDEDLTGKISSPRTDLGSPNSFSHMSEGILMKKEPAEESTTEESLRSGLPLLLKPDMPNGSG RNNDCERCSDCLVPNEVRADENEGYEHEETLGTTEFLNMTEHFSESQDMTNWKLTKLNEMNDSQVNEEKE KFLQISQPEDTNGDSGGQCVGLADAGLDLKGTCISESEECDFSTVIDTPAANYLSNGCDSYGMQDPGVSF VPKTLPSKEDSVTEEKEIEESKSECYSNIYEQRGNEATEGSGLLLNSTGDLMKKNYLHNFCSQVPSVLGQ SSPKVVASLPSISVPFGGARPKQPSNLKLQIPKPLSDHLQNDFPANSGNNTKNKNDILGKAKLGENSATN 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A 1 1288 LEU 1288 ? ? ? B . A 1 1289 CYS 1289 ? ? ? B . A 1 1290 PRO 1290 ? ? ? B . A 1 1291 HIS 1291 ? ? ? B . A 1 1292 LEU 1292 ? ? ? B . A 1 1293 LYS 1293 ? ? ? B . A 1 1294 LEU 1294 ? ? ? B . A 1 1295 LEU 1295 ? ? ? B . A 1 1296 LYS 1296 ? ? ? B . A 1 1297 GLU 1297 ? ? ? B . A 1 1298 ASP 1298 ? ? ? B . A 1 1299 GLY 1299 ? ? ? B . A 1 1300 MET 1300 ? ? ? B . A 1 1301 THR 1301 ? ? ? B . A 1 1302 LYS 1302 ? ? ? B . A 1 1303 LEU 1303 ? ? ? B . A 1 1304 GLY 1304 ? ? ? B . A 1 1305 LEU 1305 ? ? ? B . A 1 1306 ARG 1306 ? ? ? B . A 1 1307 VAL 1307 ? ? ? B . A 1 1308 THR 1308 ? ? ? B . A 1 1309 LEU 1309 ? ? ? B . A 1 1310 ASP 1310 ? ? ? B . A 1 1311 SER 1311 ? ? ? B . A 1 1312 ASP 1312 ? ? ? B . A 1 1313 GLN 1313 ? ? ? B . A 1 1314 VAL 1314 ? ? ? B . A 1 1315 GLY 1315 ? ? ? B . A 1 1316 TYR 1316 ? ? ? B . A 1 1317 GLN 1317 ? ? ? B . A 1 1318 ALA 1318 ? ? ? B . A 1 1319 GLY 1319 ? ? ? B . A 1 1320 SER 1320 ? ? ? B . A 1 1321 ASN 1321 ? ? ? B . A 1 1322 GLY 1322 ? ? ? B . A 1 1323 GLN 1323 ? ? ? B . A 1 1324 PRO 1324 ? ? ? B . A 1 1325 LEU 1325 ? ? ? B . A 1 1326 PRO 1326 ? ? ? B . A 1 1327 SER 1327 ? ? ? B . A 1 1328 GLN 1328 ? ? ? B . A 1 1329 TYR 1329 ? ? ? B . A 1 1330 MET 1330 ? ? ? B . A 1 1331 ASN 1331 ? ? ? B . A 1 1332 ASP 1332 ? ? ? B . A 1 1333 LEU 1333 ? ? ? B . A 1 1334 ASP 1334 ? ? ? B . A 1 1335 SER 1335 ? ? ? B . A 1 1336 ALA 1336 ? ? ? B . A 1 1337 LEU 1337 ? ? ? B . A 1 1338 VAL 1338 ? ? ? B . A 1 1339 PRO 1339 ? ? ? B . A 1 1340 VAL 1340 ? ? ? B . A 1 1341 ILE 1341 ? ? ? B . A 1 1342 HIS 1342 ? ? ? B . A 1 1343 GLY 1343 ? ? ? B . A 1 1344 GLY 1344 ? ? ? B . A 1 1345 ALA 1345 ? ? ? B . A 1 1346 CYS 1346 ? ? ? B . A 1 1347 GLN 1347 ? ? ? B . A 1 1348 LEU 1348 ? ? ? B . A 1 1349 SER 1349 ? ? ? B . A 1 1350 GLU 1350 ? ? ? B . A 1 1351 GLY 1351 ? ? ? B . A 1 1352 PRO 1352 ? ? ? B . A 1 1353 VAL 1353 ? ? ? B . A 1 1354 VAL 1354 ? ? ? B . A 1 1355 MET 1355 ? ? ? B . A 1 1356 GLU 1356 ? ? ? B . A 1 1357 LEU 1357 ? ? ? B . A 1 1358 ILE 1358 ? ? ? B . A 1 1359 PHE 1359 ? ? ? B . A 1 1360 TYR 1360 ? ? ? B . A 1 1361 ILE 1361 ? ? ? B . A 1 1362 LEU 1362 ? ? ? B . A 1 1363 GLU 1363 ? ? ? B . A 1 1364 ASN 1364 ? ? ? B . A 1 1365 ILE 1365 ? ? ? B . A 1 1366 VAL 1366 ? ? ? B . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 4 4 ZN '_' . C 2 ZN 1 5 5 ZN '_' . D 3 ITP 1 6 6 ITP '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Early Endosomal Autoantigen 1 {PDB ID=1joc, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1joc.1.B}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=1joc, label_asym_id=F, auth_asym_id=B, SMTL ID=1joc.1._.4}' 'template structure' . 3 'ZINC ION {PDB ID=1joc, label_asym_id=G, auth_asym_id=B, SMTL ID=1joc.1._.5}' 'template structure' . 4 'PHOSPHORIC ACID MONO-(2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEXYL) ESTER {PDB ID=1joc, label_asym_id=H, auth_asym_id=B, SMTL ID=1joc.1._.6}' 'template structure' . 5 . target . 6 'ZINC ION' target . 7 'PHOSPHORIC ACID MONO-(2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEXYL) ESTER' target . 8 'Target-template alignment by BLAST to 1joc, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 9 'model 2' 'model coordinates' . 10 SMTL 'reference database' . 11 PDB 'reference database' . 12 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 5 2 1 10 3 1 11 4 2 12 5 3 5 6 3 6 7 3 7 8 3 1 9 3 2 10 3 3 11 3 4 12 3 8 13 4 1 14 4 2 15 4 3 16 4 4 17 4 8 18 4 6 19 4 7 20 5 9 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 10 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 11 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 5 'reference database' 2 6 . 3 7 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . D 3 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B F 2 1 B 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C G 2 1 B 4 4 'reference database' non-polymer 1 4 D H 3 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;NNQDERRALLERCLKGEGEIEKLQTKVLELQRKLDNTTAAVQELGRENQSLQIKHTQALNRKWAEDNEVQ NCMACGKGFSVTVRRHHCRQCGNIFCAECSAKNALTPSSKKPVRVCDACFNDLQG ; ;NNQDERRALLERCLKGEGEIEKLQTKVLELQRKLDNTTAAVQELGRENQSLQIKHTQALNRKWAEDNEVQ NCMACGKGFSVTVRRHHCRQCGNIFCAECSAKNALTPSSKKPVRVCDACFNDLQG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 63 123 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' 3 ZN 'ZINC ION' 4 ITP 'PHOSPHORIC ACID MONO-(2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEXYL) ESTER' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1joc 2024-02-07 2 PDB . 1joc 2024-02-07 3 PDB . 1joc 2024-02-07 4 PDB . 1joc 2024-02-07 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1366 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 8 1 1366 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 7e-08 42.623 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MENYFQAEAYNLDKVLDEFEQNEDETVSSTLLDTKWNKILDPPSHRLSFNPTLASVNESAVSNESQPQLKVFSLAHSAPLTTEEEDHCANGQDCNLNPEIATMWIDENAVAEDQLIKRNYSWDDQCSAVEVGEKKCGNLACLPDEKNVLVVAVMHNCDKRTLQNDLQDCNNYNSQSLMDAFSCSLDNENRQTDQFSFSINESTEKDMNSEKQMDPLNRPKTEGRSVNHLCPTSSDSLASVCSPSQLKDDGSIGRDPSMSAITSLTVDSVISSQGTDGCPAVKKQENYIPDEDLTGKISSPRTDLGSPNSFSHMSEGILMKKEPAEESTTEESLRSGLPLLLKPDMPNGSGRNNDCERCSDCLVPNEVRADENEGYEHEETLGTTEFLNMTEHFSESQDMTNWKLTKLNEMNDSQVNEEKEKFLQISQPEDTNGDSGGQCVGLADAGLDLKGTCISESEECDFSTVIDTPAANYLSNGCDSYGMQDPGVSFVPKTLPSKEDSVTEEKEIEESKSECYSNIYEQRGNEATEGSGLLLNSTGDLMKKNYLHNFCSQVPSVLGQSSPKVVASLPSISVPFGGARPKQPSNLKLQIPKPLSDHLQNDFPANSGNNTKNKNDILGKAKLGENSATNVCSPSLGNISNVDTNGEHLESYEAEISTRPCLALAPDSPDNDLRAGQFGISARKPFTTLGEVAPVWVPDSQAPNCMKCEARFTFTKRRHHCRACGKVFCASCCSLKCKLLYMDRKEARVCVICHSVLMNVAQPREQRRVWFADGILPNGEVADAAKLTMNGTSSAGTLAVSHDPVKPVTTSPLPAETDICLFSGSITQVGSPVGSAMNLIPEDGLPPILISTGVKGDYAVEEKPSQISVMQQLEDGGPDPLVFVLNANLLSMVKIVNYVNRKCWCFTTKGMHAVGQSEIVILLQCLPDEKCLPKDIFNHFVQLYRDALAGNVVSNLGHSFFSQSFLGSKEHGGFLYVTSTYQSLQDLVLPTPPYLFGILIQKWETPWAKVFPIRLMLRLGAEYRLYPCPLFSVRFRKPLFGETGHTIMNLLADFRNYQYTLPVVQGLVVDMEVRKTSIKIPSNRYNEMMKAMNKSNEHVLAGGACFNEKADSHLVCVQNDDGNYQTQAISIHNQPRKVTGASFFVFSGALKSSSGYLAKSSIVEDGVMVQITAENMDSLRQALREMKDFTITCGKADAEEPQEHIHIQWVDDDKNVSKGVVSPIDGKSMETITNVKIFHGSEYKANGKVIRWTEVFFLENDDQHNCLSDPADHSRLTEHVAKAFCLALCPHLKLLKEDGMTKLGLRVTLDSDQVGYQAGSNGQPLPSQYMNDLDSALVPVIHGGACQLSEGPVVMELIFYILENIV 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------WAEDNEVQNCMACGKGFSVTVRRHHCRQCGNIFCAECSAKNALTP-SSKKPVRVCDACFNDL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.050}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1joc.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 9 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . TRP 696 696 ? A 37.023 -5.004 16.465 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 2 C CA . TRP 696 696 ? A 36.455 -5.013 17.855 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 3 C C . TRP 696 696 ? A 36.294 -6.467 18.257 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 4 O O . TRP 696 696 ? A 35.510 -7.159 17.617 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 5 C CB . TRP 696 696 ? A 35.092 -4.258 17.787 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 6 C CG . TRP 696 696 ? A 34.390 -4.046 19.107 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 7 C CD1 . TRP 696 696 ? A 33.503 -4.848 19.776 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 8 C CD2 . TRP 696 696 ? A 34.512 -2.843 19.885 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 9 N NE1 . TRP 696 696 ? A 33.042 -4.208 20.903 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 10 C CE2 . TRP 696 696 ? A 33.640 -2.976 20.974 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 11 C CE3 . TRP 696 696 ? A 35.287 -1.695 19.709 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 12 C CZ2 . TRP 696 696 ? A 33.498 -1.962 21.900 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 13 C CZ3 . TRP 696 696 ? A 35.143 -0.661 20.644 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 14 C CH2 . TRP 696 696 ? A 34.246 -0.794 21.710 1 1 B TRP 0.460 1 ATOM 15 N N . VAL 697 697 ? A 37.089 -6.997 19.220 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 16 C CA . VAL 697 697 ? A 37.093 -8.408 19.598 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 17 C C . VAL 697 697 ? A 35.724 -8.812 20.148 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 18 O O . VAL 697 697 ? A 35.167 -8.019 20.905 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 19 C CB . VAL 697 697 ? A 38.217 -8.642 20.614 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 20 C CG1 . VAL 697 697 ? A 38.178 -10.011 21.331 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 21 C CG2 . VAL 697 697 ? A 39.560 -8.515 19.865 1 1 B VAL 0.610 1 ATOM 22 N N . PRO 698 698 ? A 35.096 -9.937 19.845 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 23 C CA . PRO 698 698 ? A 33.865 -10.332 20.518 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 24 C C . PRO 698 698 ? A 34.121 -10.786 21.943 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 25 O O . PRO 698 698 ? A 35.073 -11.534 22.188 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 26 C CB . PRO 698 698 ? A 33.323 -11.475 19.634 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 27 C CG . PRO 698 698 ? A 34.555 -12.058 18.918 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 28 C CD . PRO 698 698 ? A 35.638 -10.980 18.984 1 1 B PRO 0.740 1 ATOM 29 N N . ASP 699 699 ? 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A 46.399 -7.917 34.369 1 1 B CYS 0.670 1 ATOM 100 S SG . CYS 708 708 ? A 44.617 -7.597 34.329 1 1 B CYS 0.670 1 ATOM 101 N N . GLU 709 709 ? A 45.827 -10.978 32.534 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 102 C CA . GLU 709 709 ? A 45.307 -12.340 32.659 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 103 C C . GLU 709 709 ? A 44.057 -12.477 33.521 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 104 O O . GLU 709 709 ? A 43.377 -13.502 33.517 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 105 C CB . GLU 709 709 ? A 46.364 -13.377 33.093 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 106 C CG . GLU 709 709 ? A 47.647 -13.360 32.232 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 107 C CD . GLU 709 709 ? A 48.705 -14.314 32.779 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 108 O OE1 . GLU 709 709 ? A 49.865 -14.197 32.307 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 109 O OE2 . GLU 709 709 ? A 48.374 -15.153 33.655 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 110 N N . ALA 710 710 ? A 43.695 -11.407 34.262 1 1 B ALA 0.730 1 ATOM 111 C CA . ALA 710 710 ? A 42.536 -11.305 35.116 1 1 B ALA 0.730 1 ATOM 112 C C . ALA 710 710 ? A 41.255 -11.756 34.461 1 1 B ALA 0.730 1 ATOM 113 O O . 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THR 713 713 ? A 31.863 -10.838 34.992 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 141 C CB . THR 713 713 ? A 33.593 -12.568 37.558 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 142 O OG1 . THR 713 713 ? A 33.757 -11.289 38.145 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 143 C CG2 . THR 713 713 ? A 34.916 -13.318 37.764 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 144 N N . PHE 714 714 ? A 30.910 -11.934 36.687 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 145 C CA . PHE 714 714 ? A 29.745 -11.066 36.745 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 146 C C . PHE 714 714 ? A 30.097 -9.626 37.145 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 147 O O . PHE 714 714 ? A 29.587 -8.677 36.558 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 148 C CB . PHE 714 714 ? A 28.696 -11.635 37.739 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 149 C CG . PHE 714 714 ? A 28.113 -12.926 37.224 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 150 C CD1 . PHE 714 714 ? A 27.187 -12.899 36.169 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 151 C CD2 . PHE 714 714 ? A 28.438 -14.164 37.805 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 152 C CE1 . PHE 714 714 ? A 26.597 -14.080 35.701 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 153 C CE2 . PHE 714 714 ? A 27.851 -15.349 37.338 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 154 C CZ . PHE 714 714 ? A 26.930 -15.306 36.286 1 1 B PHE 0.410 1 ATOM 155 N N . THR 715 715 ? A 31.017 -9.477 38.132 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 156 C CA . THR 715 715 ? A 31.542 -8.229 38.678 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 157 C C . THR 715 715 ? A 32.720 -7.680 37.894 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 158 O O . THR 715 715 ? A 32.860 -6.465 37.745 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 159 C CB . THR 715 715 ? A 31.965 -8.373 40.141 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 160 O OG1 . THR 715 715 ? A 32.812 -9.494 40.367 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 161 C CG2 . THR 715 715 ? A 30.707 -8.609 40.984 1 1 B THR 0.430 1 ATOM 162 N N . LYS 716 716 ? A 33.608 -8.532 37.343 1 1 B LYS 0.590 1 ATOM 163 C CA . LYS 716 716 ? A 34.724 -8.099 36.525 1 1 B LYS 0.590 1 ATOM 164 C C . LYS 716 716 ? A 34.260 -7.968 35.098 1 1 B LYS 0.590 1 ATOM 165 O O . LYS 716 716 ? A 34.270 -8.919 34.317 1 1 B LYS 0.590 1 ATOM 166 C CB . LYS 716 716 ? A 35.935 -9.069 36.596 1 1 B LYS 0.590 1 ATOM 167 C CG . LYS 716 716 ? 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A 27.721 -6.816 32.220 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 182 N N . ARG 718 718 ? A 33.871 -6.489 31.120 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 183 C CA . ARG 718 718 ? A 34.683 -6.358 29.941 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 184 C C . ARG 718 718 ? A 34.628 -4.949 29.436 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 185 O O . ARG 718 718 ? A 33.594 -4.287 29.538 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 186 C CB . ARG 718 718 ? A 34.152 -7.256 28.816 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 187 C CG . ARG 718 718 ? A 34.424 -8.736 29.088 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 188 C CD . ARG 718 718 ? A 33.970 -9.563 27.897 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 189 N NE . ARG 718 718 ? A 34.492 -10.955 28.056 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 190 C CZ . ARG 718 718 ? A 33.929 -11.919 28.786 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 191 N NH1 . ARG 718 718 ? A 32.857 -11.702 29.537 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 192 N NH2 . ARG 718 718 ? A 34.460 -13.134 28.715 1 1 B ARG 0.640 1 ATOM 193 N N . HIS 719 719 ? A 35.745 -4.480 28.868 1 1 B HIS 0.750 1 ATOM 194 C CA . HIS 719 719 ? A 35.856 -3.171 28.289 1 1 B HIS 0.750 1 ATOM 195 C C . HIS 719 719 ? 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A 33.815 17.603 14.583 1 1 B ARG 0.240 1 ATOM 392 N NH1 . ARG 744 744 ? A 32.890 18.116 15.387 1 1 B ARG 0.240 1 ATOM 393 N NH2 . ARG 744 744 ? A 33.786 17.902 13.289 1 1 B ARG 0.240 1 ATOM 394 N N . LYS 745 745 ? A 36.783 13.202 20.633 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 395 C CA . LYS 745 745 ? A 36.977 13.122 22.059 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 396 C C . LYS 745 745 ? A 37.928 12.017 22.407 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 397 O O . LYS 745 745 ? A 38.133 11.066 21.659 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 398 C CB . LYS 745 745 ? A 35.627 12.927 22.793 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 399 C CG . LYS 745 745 ? A 34.681 14.096 22.487 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 400 C CD . LYS 745 745 ? A 33.329 14.001 23.204 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 401 C CE . LYS 745 745 ? A 32.512 15.283 23.022 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 402 N NZ . LYS 745 745 ? A 31.195 15.155 23.682 1 1 B LYS 0.380 1 ATOM 403 N N . GLU 746 746 ? A 38.582 12.129 23.563 1 1 B GLU 0.510 1 ATOM 404 C CA . GLU 746 746 ? A 39.389 11.065 24.088 1 1 B GLU 0.510 1 ATOM 405 C C . GLU 746 746 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #