data_SMR-8de9650820eed7eee6bc9feeb2e582e3_5 _entry.id SMR-8de9650820eed7eee6bc9feeb2e582e3_5 _struct.entry_id SMR-8de9650820eed7eee6bc9feeb2e582e3_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P41230 (isoform 2)/ KDM5C_MOUSE, Lysine-specific demethylase 5C Estimated model accuracy of this model is 0.027, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P41230 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 203115.005 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP KDM5C_MOUSE P41230 1 ;MELGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYETICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKMESTSPKTFLEGKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI EHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELL PDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESF DTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQRLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGP DRVAGLQMTLAELRDFLGQMNNLPCAMHQIGDVKGILEQVEAYQTEAREALVSQPSSPGLLQSLLERGQQ LGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAIMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIA ERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIHEAENIPVHLPNIQSLKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDD LEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWME KELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLALLTTASSTASICVC GQVPAGVGALQCDLCQDWFHGRCVTVPRLLSSQRSSLPSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILA LLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQVLASEEVTALLGRLAELRQRLQAESKPEESLAYPSD GGEGTGNMPKVQGLLENGDSVTSPEKVATEEGSDLELLSSILPQLSGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLL EVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLKRVQTLLELEKAERHGSRTRGRALERRRRRKVDRGGEPDDPAREELEP KRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEVPPVPFPNSGSPSIQEDQDGLEPVLEAGSDTSAPFSTLTSRLLM SCPQQPSLQQL ; 'Lysine-specific demethylase 5C' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1551 1 1551 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . KDM5C_MOUSE P41230 P41230-2 1 1551 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2007-06-26 C2061676EA2DC238 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MELGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYETICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKMESTSPKTFLEGKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI 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;MELGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQ RLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYETICKDRRWARVAQR LNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYG RRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGD VKMESTSPKTFLEGKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYH IFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTEL VEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHI NADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQ PDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCI EHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELL PDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESF DTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQRLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGP DRVAGLQMTLAELRDFLGQMNNLPCAMHQIGDVKGILEQVEAYQTEAREALVSQPSSPGLLQSLLERGQQ LGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAIMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIA ERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIHEAENIPVHLPNIQSLKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDD LEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWME KELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLALLTTASSTASICVC GQVPAGVGALQCDLCQDWFHGRCVTVPRLLSSQRSSLPSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILA LLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQVLASEEVTALLGRLAELRQRLQAESKPEESLAYPSD GGEGTGNMPKVQGLLENGDSVTSPEKVATEEGSDLELLSSILPQLSGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLL EVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLKRVQTLLELEKAERHGSRTRGRALERRRRRKVDRGGEPDDPAREELEP KRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEVPPVPFPNSGSPSIQEDQDGLEPVLEAGSDTSAPFSTLTSRLLM SCPQQPSLQQL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 LEU . 1 4 GLY . 1 5 SER . 1 6 ASP . 1 7 ASP . 1 8 PHE . 1 9 LEU . 1 10 PRO . 1 11 PRO . 1 12 PRO . 1 13 GLU . 1 14 CYS . 1 15 PRO . 1 16 VAL . 1 17 PHE . 1 18 GLU . 1 19 PRO . 1 20 SER . 1 21 TRP . 1 22 ALA . 1 23 GLU . 1 24 PHE . 1 25 ARG . 1 26 ASP . 1 27 PRO . 1 28 LEU . 1 29 GLY . 1 30 TYR . 1 31 ILE . 1 32 ALA . 1 33 LYS . 1 34 ILE . 1 35 ARG . 1 36 PRO . 1 37 ILE . 1 38 ALA . 1 39 GLU . 1 40 LYS . 1 41 SER . 1 42 GLY . 1 43 ILE . 1 44 CYS . 1 45 LYS . 1 46 ILE . 1 47 ARG . 1 48 PRO . 1 49 PRO . 1 50 ALA . 1 51 ASP . 1 52 TRP . 1 53 GLN . 1 54 PRO . 1 55 PRO . 1 56 PHE . 1 57 ALA . 1 58 VAL . 1 59 GLU . 1 60 VAL . 1 61 ASP . 1 62 ASN . 1 63 PHE . 1 64 ARG . 1 65 PHE . 1 66 THR . 1 67 PRO . 1 68 ARG . 1 69 ILE . 1 70 GLN . 1 71 ARG . 1 72 LEU . 1 73 ASN . 1 74 GLU . 1 75 LEU . 1 76 GLU . 1 77 ALA . 1 78 GLN . 1 79 THR . 1 80 ARG . 1 81 VAL . 1 82 LYS . 1 83 LEU . 1 84 ASN . 1 85 TYR . 1 86 LEU . 1 87 ASP . 1 88 GLN . 1 89 ILE . 1 90 ALA . 1 91 LYS . 1 92 PHE . 1 93 TRP . 1 94 GLU . 1 95 ILE . 1 96 GLN . 1 97 GLY . 1 98 SER . 1 99 SER . 1 100 LEU . 1 101 LYS . 1 102 ILE . 1 103 PRO . 1 104 ASN . 1 105 VAL . 1 106 GLU . 1 107 ARG . 1 108 ARG . 1 109 ILE . 1 110 LEU . 1 111 ASP . 1 112 LEU . 1 113 TYR . 1 114 SER . 1 115 LEU . 1 116 SER . 1 117 LYS . 1 118 ILE . 1 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A 1 1507 SER 1507 ? ? ? B . A 1 1508 PRO 1508 ? ? ? B . A 1 1509 SER 1509 ? ? ? B . A 1 1510 ILE 1510 ? ? ? B . A 1 1511 GLN 1511 ? ? ? B . A 1 1512 GLU 1512 ? ? ? B . A 1 1513 ASP 1513 ? ? ? B . A 1 1514 GLN 1514 ? ? ? B . A 1 1515 ASP 1515 ? ? ? B . A 1 1516 GLY 1516 ? ? ? B . A 1 1517 LEU 1517 ? ? ? B . A 1 1518 GLU 1518 ? ? ? B . A 1 1519 PRO 1519 ? ? ? B . A 1 1520 VAL 1520 ? ? ? B . A 1 1521 LEU 1521 ? ? ? B . A 1 1522 GLU 1522 ? ? ? B . A 1 1523 ALA 1523 ? ? ? B . A 1 1524 GLY 1524 ? ? ? B . A 1 1525 SER 1525 ? ? ? B . A 1 1526 ASP 1526 ? ? ? B . A 1 1527 THR 1527 ? ? ? B . A 1 1528 SER 1528 ? ? ? B . A 1 1529 ALA 1529 ? ? ? B . A 1 1530 PRO 1530 ? ? ? B . A 1 1531 PHE 1531 ? ? ? B . A 1 1532 SER 1532 ? ? ? B . A 1 1533 THR 1533 ? ? ? B . A 1 1534 LEU 1534 ? ? ? B . A 1 1535 THR 1535 ? ? ? B . A 1 1536 SER 1536 ? ? ? B . A 1 1537 ARG 1537 ? ? ? B . A 1 1538 LEU 1538 ? ? ? B . A 1 1539 LEU 1539 ? ? ? B . A 1 1540 MET 1540 ? ? ? B . A 1 1541 SER 1541 ? ? ? B . A 1 1542 CYS 1542 ? ? ? B . A 1 1543 PRO 1543 ? ? ? B . A 1 1544 GLN 1544 ? ? ? B . A 1 1545 GLN 1545 ? ? ? B . A 1 1546 PRO 1546 ? ? ? B . A 1 1547 SER 1547 ? ? ? B . A 1 1548 LEU 1548 ? ? ? B . A 1 1549 GLN 1549 ? ? ? B . A 1 1550 GLN 1550 ? ? ? B . A 1 1551 LEU 1551 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Design construct XXA_GVDQ {PDB ID=6nz1, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6nz1.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6nz1, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; ;GSHMGTEDLKYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEA LEAIGVDQKILEEMKKLLKDLKRSLERG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 89 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6nz1 2024-04-03 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1551 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1551 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 8.300 15.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MELGSDDFLPPPECPVFEPSWAEFRDPLGYIAKIRPIAEKSGICKIRPPADWQPPFAVEVDNFRFTPRIQRLNELEAQTRVKLNYLDQIAKFWEIQGSSLKIPNVERRILDLYSLSKIVVEEGGYETICKDRRWARVAQRLNYPPGKNIGSLLRSHYERIVYPYEMYQSGANLVQCNTRPFDNEEKDKEYKPHSIPLRQSVQPSKFNSYGRRAKRLQPDPEPTEEDIEKNPELKKLQIYGAGPKMMGLGLMAKDKTLRKKDKEGPECPPTVVVKEELGGDVKMESTSPKTFLEGKEELSHSPEPCTKMTMRLRRNHSNAQFIESYVCRMCSRGDEDDKLLLCDGCDDNYHIFCLLPPLPEIPKGVWRCPKCVMAECKRPPEAFGFEQATREYTLQSFGEMADSFKADYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVNSIEEDVTVEYGADIHSKEFGSGFPVSDSKRHLTPEEEEYATSGWNLNVMPVLEQSVLCHINADISGMKVPWLYVGMVFSAFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSLAAEHLEEVMKKLTPELFDSQPDLLHQLVTLMNPNTLMSHGVPVVRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPAGRQCIEHYRRLRRYCVFSHEELICKMAACPEKLDLNLAAAVHKEMFIMVQEERRLRKALLEKGITEAEREAFELLPDDERQCIKCKTTCFLSALACYDCPDGLVCLSHINDLCKCSSSRQYLRYRYTLDELPAMLHKLKVRAESFDTWANKVRVALEVEDGRKRSLEELRALESEARERRFPNSELLQRLKNCLSEAEACVSRALGLVSGQEAGPDRVAGLQMTLAELRDFLGQMNNLPCAMHQIGDVKGILEQVEAYQTEAREALVSQPSSPGLLQSLLERGQQLGVEVPEAQQLQRQVEQARWLDEVKRTLAPSARRGTLAIMRGLLVAGASVAPSPAVDKAQAELQELLTIAERWEEKAHLCLEARQKHPPATLEAIIHEAENIPVHLPNIQSLKEALAKARAWIADVDEIQNGDHYPCLDDLEGLVAVGRDLPVGLEELRQLELQVLTAHSWREKASKTFLKKNSCYTLLEVLCPCADAGSDSTKRSRWMEKELGLYKSDTELLGLSAQDLRDPGSVIVAFKEGEQKEKEGILQLRRTNSAKPSPLALLTTASSTASICVCGQVPAGVGALQCDLCQDWFHGRCVTVPRLLSSQRSSLPSSPLLAWWEWDTKFLCPLCMRSRRPRLETILALLVALQRLPVRLPEGEALQCLTERAISWQGRARQVLASEEVTALLGRLAELRQRLQAESKPEESLAYPSDGGEGTGNMPKVQGLLENGDSVTSPEKVATEEGSDLELLSSILPQLSGPVLELPEATRAPLEELMMEGDLLEVTLDENHSIWQLLQAGQPPDLKRVQTLLELEKAERHGSRTRGRALERRRRRKVDRGGEPDDPAREELEPKRVRSSGPEAEEVQEEEELEEETGGEVPPVPFPNSGSPSIQEDQDGLEPVLEAGSDTSAPFSTLTSRLLMSCPQQPSLQQL 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KYSLERLREILERLEENPSEKQIVEAIRAIVENNAQIVEAIRAIVENNAQIVEILRAIIEALEAIGVDQKILEEMKKLLK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6nz1.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN 847 847 ? A 22.341 35.390 51.464 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 2 C CA . GLN 847 847 ? A 21.287 34.651 50.673 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 3 C C . GLN 847 847 ? A 20.615 35.435 49.564 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 4 O O . GLN 847 847 ? A 20.545 34.941 48.448 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 5 C CB . GLN 847 847 ? A 20.235 34.031 51.619 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 6 C CG . GLN 847 847 ? A 20.813 32.907 52.513 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 7 C CD . GLN 847 847 ? A 19.741 32.397 53.481 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 8 O OE1 . GLN 847 847 ? A 18.822 33.131 53.832 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 9 N NE2 . GLN 847 847 ? A 19.869 31.131 53.936 1 1 B GLN 0.310 1 ATOM 10 N N . MET 848 848 ? A 20.148 36.681 49.819 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 11 C CA . MET 848 848 ? A 19.530 37.538 48.816 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 12 C C . MET 848 848 ? A 20.438 37.816 47.620 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 13 O O . MET 848 848 ? A 20.076 37.544 46.481 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 14 C CB . MET 848 848 ? A 19.080 38.851 49.523 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 15 C CG . MET 848 848 ? A 17.940 38.633 50.545 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 16 S SD . MET 848 848 ? A 16.459 37.845 49.834 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 17 C CE . MET 848 848 ? A 15.992 39.197 48.714 1 1 B MET 0.300 1 ATOM 18 N N . THR 849 849 ? A 21.701 38.218 47.874 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 19 C CA . THR 849 849 ? A 22.695 38.499 46.845 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 20 C C . THR 849 849 ? A 23.049 37.277 46.011 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 21 O O . THR 849 849 ? A 23.257 37.352 44.805 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 22 C CB . THR 849 849 ? A 23.954 39.125 47.436 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 23 O OG1 . THR 849 849 ? A 24.521 38.337 48.480 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 24 C CG2 . THR 849 849 ? A 23.569 40.467 48.073 1 1 B THR 0.570 1 ATOM 25 N N . LEU 850 850 ? A 23.087 36.088 46.654 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 26 C CA . LEU 850 850 ? A 23.227 34.804 45.980 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 27 C C . LEU 850 850 ? A 22.048 34.440 45.095 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 28 O O . LEU 850 850 ? A 22.232 33.963 43.979 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 29 C CB . LEU 850 850 ? A 23.478 33.628 46.964 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 30 C CG . LEU 850 850 ? A 23.689 32.239 46.305 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 31 C CD1 . LEU 850 850 ? A 24.872 32.232 45.324 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 32 C CD2 . LEU 850 850 ? A 23.905 31.161 47.375 1 1 B LEU 0.510 1 ATOM 33 N N . ALA 851 851 ? A 20.799 34.650 45.562 1 1 B ALA 0.580 1 ATOM 34 C CA . ALA 851 851 ? A 19.607 34.426 44.766 1 1 B ALA 0.580 1 ATOM 35 C C . ALA 851 851 ? A 19.569 35.322 43.525 1 1 B ALA 0.580 1 ATOM 36 O O . ALA 851 851 ? A 19.392 34.828 42.417 1 1 B ALA 0.580 1 ATOM 37 C CB . ALA 851 851 ? A 18.346 34.590 45.644 1 1 B ALA 0.580 1 ATOM 38 N N . GLU 852 852 ? A 19.887 36.629 43.678 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 39 C CA . GLU 852 852 ? A 20.044 37.581 42.587 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 40 C C . GLU 852 852 ? A 21.101 37.145 41.579 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 41 O O . GLU 852 852 ? A 20.929 37.244 40.365 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 42 C CB . GLU 852 852 ? A 20.445 38.968 43.150 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 43 C CG . GLU 852 852 ? A 19.327 39.683 43.950 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 44 C CD . GLU 852 852 ? A 19.796 40.985 44.606 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 45 O OE1 . GLU 852 852 ? A 21.021 41.273 44.588 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 46 O OE2 . GLU 852 852 ? A 18.919 41.690 45.168 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 47 N N . LEU 853 853 ? A 22.234 36.598 42.067 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 48 C CA . LEU 853 853 ? A 23.261 36.036 41.215 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 49 C C . LEU 853 853 ? A 22.807 34.825 40.401 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 50 O O . LEU 853 853 ? A 23.113 34.688 39.217 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 51 C CB . LEU 853 853 ? A 24.522 35.661 42.020 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 52 C CG . LEU 853 853 ? A 25.728 35.320 41.127 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 53 C CD1 . LEU 853 853 ? A 26.101 36.496 40.209 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 54 C CD2 . LEU 853 853 ? A 26.917 34.900 41.997 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 55 N N . ARG 854 854 ? A 22.041 33.909 41.023 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 56 C CA . ARG 854 854 ? A 21.421 32.779 40.353 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 57 C C . ARG 854 854 ? A 20.398 33.173 39.290 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 58 O O . ARG 854 854 ? A 20.341 32.551 38.227 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 59 C CB . ARG 854 854 ? A 20.722 31.825 41.343 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 60 C CG . ARG 854 854 ? A 21.653 31.102 42.331 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 61 C CD . ARG 854 854 ? A 20.921 29.941 43.004 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 62 N NE . ARG 854 854 ? A 21.838 29.319 44.015 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 63 C CZ . ARG 854 854 ? A 22.606 28.242 43.801 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 64 N NH1 . ARG 854 854 ? A 22.742 27.704 42.594 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 65 N NH2 . ARG 854 854 ? A 23.249 27.686 44.827 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 66 N N . ASP 855 855 ? A 19.584 34.220 39.558 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 67 C CA . ASP 855 855 ? A 18.657 34.810 38.606 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 68 C C . ASP 855 855 ? A 19.386 35.331 37.378 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 69 O O . ASP 855 855 ? A 19.046 34.988 36.244 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 70 C CB . ASP 855 855 ? A 17.877 35.982 39.263 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 71 C CG . ASP 855 855 ? A 16.844 35.482 40.263 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 72 O OD1 . ASP 855 855 ? A 16.547 34.260 40.267 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 73 O OD2 . ASP 855 855 ? A 16.307 36.343 41.007 1 1 B ASP 0.570 1 ATOM 74 N N . PHE 856 856 ? A 20.480 36.095 37.589 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 75 C CA . PHE 856 856 ? A 21.359 36.566 36.528 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 76 C C . PHE 856 856 ? A 21.999 35.432 35.733 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 77 O O . PHE 856 856 ? A 22.019 35.449 34.507 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 78 C CB . PHE 856 856 ? A 22.475 37.515 37.054 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 79 C CG . PHE 856 856 ? A 21.981 38.862 37.505 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 80 C CD1 . PHE 856 856 ? A 21.038 39.571 36.748 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 81 C CD2 . PHE 856 856 ? A 22.544 39.489 38.631 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 82 C CE1 . PHE 856 856 ? A 20.598 40.835 37.151 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 83 C CE2 . PHE 856 856 ? A 22.127 40.768 39.023 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 84 C CZ . PHE 856 856 ? A 21.136 41.433 38.294 1 1 B PHE 0.580 1 ATOM 85 N N . LEU 857 857 ? A 22.466 34.364 36.407 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 86 C CA . LEU 857 857 ? A 23.067 33.210 35.761 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 87 C C . LEU 857 857 ? A 22.170 32.467 34.772 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 88 O O . LEU 857 857 ? A 22.585 32.061 33.683 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 89 C CB . LEU 857 857 ? A 23.504 32.202 36.842 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 90 C CG . LEU 857 857 ? A 24.247 30.965 36.307 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 91 C CD1 . LEU 857 857 ? A 25.517 31.371 35.544 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 92 C CD2 . LEU 857 857 ? A 24.567 30.007 37.459 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 93 N N . GLY 858 858 ? A 20.883 32.264 35.128 1 1 B GLY 0.580 1 ATOM 94 C CA . GLY 858 858 ? A 19.912 31.686 34.207 1 1 B GLY 0.580 1 ATOM 95 C C . GLY 858 858 ? A 19.564 32.632 33.091 1 1 B GLY 0.580 1 ATOM 96 O O . GLY 858 858 ? A 19.400 32.216 31.952 1 1 B GLY 0.580 1 ATOM 97 N N . GLN 859 859 ? A 19.489 33.947 33.371 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 98 C CA . GLN 859 859 ? A 19.306 34.965 32.350 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 99 C C . GLN 859 859 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #