data_SMR-2671832ca4881cbfebc85cad9d329125_3 _entry.id SMR-2671832ca4881cbfebc85cad9d329125_3 _struct.entry_id SMR-2671832ca4881cbfebc85cad9d329125_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9WU42 (isoform 2)/ NCOR2_MOUSE, Nuclear receptor corepressor 2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9WU42 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 285958.381 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NCOR2_MOUSE Q9WU42 1 ;MSGSTQPVAQTWRAAEPRYPPHGISYPVQIARSHTPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKLILYFKRRNH ARKQWEQRFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERMQSRVGQRGS GLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMDDPMKVYKDRQVT NMWSEQERDTFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRRGKSQQQQQQ QQQQQQQQMARSSQEEKEEKEKEKEADKEEEKQDAENEKEELSKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTAN SQGRRKGRITRSMANEANHEETATPQQSSELASMEMNESSRWTEEEMETAKKGLLEHGRNWSAIARMVGS KTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKTPAAASEETAFPPAAEDEEMEASGASAN EEELAEEAEASQASGNEVPRVGECSGPAAVNNSSDTESVPSPRSEATKDTGPKPTGTEALPAATQPPVPP PEEPAVAPAEPSPVPDASGPPSPEPSPSPAAPPATVDKDEQEAPAAPAPQTEDAKEQKSEAEEIDVGKPE EPEASEEPPESVKSDHKEETEEEPEDKAKGTEAIETVSEAPLKVEEAGSKAAVTKGSSSGATQDSDSSAT CSADEVDEPEGGDKGRLLSPRPSLLTPAGDPRASTSPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIVTKVHEPPREDTVP PKPVPPVPPPTQHLQPEGDVSQQSGGSPRGKSRSPVPPAEKEAEKPAFFPAFPTEGPKLPTEPPRWSSGL PFPIPPREVIKTSPHAADPSAFSYTPPGHPLPLGLHDSARPVLPRPPISNPPPLISSAKHPGVLERQLGA ISQQGMSVQLRVPHSEHAKAPMGPLTMGLPLAVDPKKLGTALGSATSGSITKGLPSTRAADGPSYRGSIT HGTPADVLYKGTISRIVGEDSPSRLDRAREDTLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVSQCSKEDGRSSSGP PHETAAPKRTYDMMEGRVGRTVTSASIEGLMGRAIPEQHSPHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLR REAKLLKREGTPPPPPPPRDLTETYKPRPLDPLGPLKLKPTHEGVVATVKEAGRSIHEIPREELRRTPEL PLAPRPLKEGSITQGTPLKYDSGAPSTGTKKHDVRSIIGSPGRPFPALHPLDIMADARALERACYEESLK SRSGTSSGAGGSITRGAPVVVPELGKPRQSPLTYEDHGAPFTSHLPRGSPVTTREPTPRLQEGSLLSSKA SQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISPYEHLLRGVTGVDLYRGHIPLAFDPTSIPRGIPLEAAAAA YYLPRHLAPSPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALENRQTIINDYITSQQMHHNAASAMAQRADMLRGLSPRES SLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGTPATAIDRLAYLPTAPPPFSSRHSSSPLSPGGPTHLAKP TATSSSERERERERERDKSILTSTTTVEHAPIWRPGTEQSSGAGGSSRPASHTHQHSPISPRTQDALQQR PSVLHNTSMKGVVTSVEPGTPTVLRWARSTSTSSPVRPAATFPPATHCPLGGTLEGVYPTLMEPVLLPKE TSRVARPERPRVDAGHAFLTKPPAREPASSPSKSSEPRSLAPPSSSHTAIARTPAKNLAPHHASPDPPAP TSASDLHREKTQSKPFSIQELELRSLGYHSGAGYSPDGVEPISPVSSPSLTHDKGLSKPLEELEKSHLEG ELRHKQPGPMKLSAEAAHLPHLRPLPESQPSSSPLLQTAPGIKGHQRVVTLAQHISEVITQDYTRHHPQQ LSGPLPAPLYSFPGASCPVLDLRRPPSDLYLPPPDHGTPARGSPHSEGGKRSPEPSKTSVLGSSEDAIEP VSPPEGMTEPGHARSTAYPLLYRDGEQGEPRMGSKSPGNTSQPPAFFSKLTESNSAMVKSKKQEINKKLN THNRNEPEYNIGQPGTEIFNMPAITGAGLMTCRSQAVQEHASTNMGLEAIIRKALMGKYDQWEEPPPLGA NAFNPLNASASLPAAAMPITTADGRSDHALTSPGGGGKAKVSGRPSSRKAKSPAPGLASGDRPPSVSSVH SEGDCNRRTPLTNRVWEDRPSSAGSTPFPYNPLIMRLQAGVMASPPPPGLAAGSGPLAGPHHAWDEEPKP LLCSQYETLSDSE ; 'Nuclear receptor corepressor 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2253 1 2253 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NCOR2_MOUSE Q9WU42 Q9WU42-2 1 2253 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2011-07-27 7FA45277FC6300A1 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MSGSTQPVAQTWRAAEPRYPPHGISYPVQIARSHTPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKLILYFKRRNH ARKQWEQRFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERMQSRVGQRGS GLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMDDPMKVYKDRQVT NMWSEQERDTFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRRGKSQQQQQQ QQQQQQQQMARSSQEEKEEKEKEKEADKEEEKQDAENEKEELSKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTAN SQGRRKGRITRSMANEANHEETATPQQSSELASMEMNESSRWTEEEMETAKKGLLEHGRNWSAIARMVGS KTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKTPAAASEETAFPPAAEDEEMEASGASAN EEELAEEAEASQASGNEVPRVGECSGPAAVNNSSDTESVPSPRSEATKDTGPKPTGTEALPAATQPPVPP PEEPAVAPAEPSPVPDASGPPSPEPSPSPAAPPATVDKDEQEAPAAPAPQTEDAKEQKSEAEEIDVGKPE EPEASEEPPESVKSDHKEETEEEPEDKAKGTEAIETVSEAPLKVEEAGSKAAVTKGSSSGATQDSDSSAT CSADEVDEPEGGDKGRLLSPRPSLLTPAGDPRASTSPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIVTKVHEPPREDTVP PKPVPPVPPPTQHLQPEGDVSQQSGGSPRGKSRSPVPPAEKEAEKPAFFPAFPTEGPKLPTEPPRWSSGL PFPIPPREVIKTSPHAADPSAFSYTPPGHPLPLGLHDSARPVLPRPPISNPPPLISSAKHPGVLERQLGA ISQQGMSVQLRVPHSEHAKAPMGPLTMGLPLAVDPKKLGTALGSATSGSITKGLPSTRAADGPSYRGSIT HGTPADVLYKGTISRIVGEDSPSRLDRAREDTLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVSQCSKEDGRSSSGP PHETAAPKRTYDMMEGRVGRTVTSASIEGLMGRAIPEQHSPHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLR REAKLLKREGTPPPPPPPRDLTETYKPRPLDPLGPLKLKPTHEGVVATVKEAGRSIHEIPREELRRTPEL PLAPRPLKEGSITQGTPLKYDSGAPSTGTKKHDVRSIIGSPGRPFPALHPLDIMADARALERACYEESLK SRSGTSSGAGGSITRGAPVVVPELGKPRQSPLTYEDHGAPFTSHLPRGSPVTTREPTPRLQEGSLLSSKA SQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISPYEHLLRGVTGVDLYRGHIPLAFDPTSIPRGIPLEAAAAA YYLPRHLAPSPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALENRQTIINDYITSQQMHHNAASAMAQRADMLRGLSPRES SLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGTPATAIDRLAYLPTAPPPFSSRHSSSPLSPGGPTHLAKP TATSSSERERERERERDKSILTSTTTVEHAPIWRPGTEQSSGAGGSSRPASHTHQHSPISPRTQDALQQR 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QQQQQQQQMARSSQEEKEEKEKEKEADKEEEKQDAENEKEELSKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTAN SQGRRKGRITRSMANEANHEETATPQQSSELASMEMNESSRWTEEEMETAKKGLLEHGRNWSAIARMVGS KTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKTPAAASEETAFPPAAEDEEMEASGASAN EEELAEEAEASQASGNEVPRVGECSGPAAVNNSSDTESVPSPRSEATKDTGPKPTGTEALPAATQPPVPP PEEPAVAPAEPSPVPDASGPPSPEPSPSPAAPPATVDKDEQEAPAAPAPQTEDAKEQKSEAEEIDVGKPE EPEASEEPPESVKSDHKEETEEEPEDKAKGTEAIETVSEAPLKVEEAGSKAAVTKGSSSGATQDSDSSAT CSADEVDEPEGGDKGRLLSPRPSLLTPAGDPRASTSPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIVTKVHEPPREDTVP PKPVPPVPPPTQHLQPEGDVSQQSGGSPRGKSRSPVPPAEKEAEKPAFFPAFPTEGPKLPTEPPRWSSGL PFPIPPREVIKTSPHAADPSAFSYTPPGHPLPLGLHDSARPVLPRPPISNPPPLISSAKHPGVLERQLGA ISQQGMSVQLRVPHSEHAKAPMGPLTMGLPLAVDPKKLGTALGSATSGSITKGLPSTRAADGPSYRGSIT HGTPADVLYKGTISRIVGEDSPSRLDRAREDTLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVSQCSKEDGRSSSGP PHETAAPKRTYDMMEGRVGRTVTSASIEGLMGRAIPEQHSPHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLR REAKLLKREGTPPPPPPPRDLTETYKPRPLDPLGPLKLKPTHEGVVATVKEAGRSIHEIPREELRRTPEL PLAPRPLKEGSITQGTPLKYDSGAPSTGTKKHDVRSIIGSPGRPFPALHPLDIMADARALERACYEESLK 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LLCSQYETLSDSE ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 GLY . 1 4 SER . 1 5 THR . 1 6 GLN . 1 7 PRO . 1 8 VAL . 1 9 ALA . 1 10 GLN . 1 11 THR . 1 12 TRP . 1 13 ARG . 1 14 ALA . 1 15 ALA . 1 16 GLU . 1 17 PRO . 1 18 ARG . 1 19 TYR . 1 20 PRO . 1 21 PRO . 1 22 HIS . 1 23 GLY . 1 24 ILE . 1 25 SER . 1 26 TYR . 1 27 PRO . 1 28 VAL . 1 29 GLN . 1 30 ILE . 1 31 ALA . 1 32 ARG . 1 33 SER . 1 34 HIS . 1 35 THR . 1 36 PRO . 1 37 LEU . 1 38 TYR . 1 39 ASN . 1 40 GLN . 1 41 PRO . 1 42 SER . 1 43 ASP . 1 44 THR . 1 45 ARG . 1 46 GLN . 1 47 TYR . 1 48 HIS . 1 49 GLU . 1 50 ASN . 1 51 ILE . 1 52 LYS . 1 53 ILE . 1 54 ASN . 1 55 GLN . 1 56 ALA . 1 57 MET . 1 58 ARG . 1 59 LYS . 1 60 LYS . 1 61 LEU . 1 62 ILE . 1 63 LEU . 1 64 TYR . 1 65 PHE . 1 66 LYS . 1 67 ARG . 1 68 ARG . 1 69 ASN . 1 70 HIS . 1 71 ALA . 1 72 ARG . 1 73 LYS . 1 74 GLN . 1 75 TRP . 1 76 GLU . 1 77 GLN . 1 78 ARG . 1 79 PHE . 1 80 CYS . 1 81 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A 1 2177 ARG 2177 ? ? ? D . A 1 2178 ARG 2178 ? ? ? D . A 1 2179 THR 2179 ? ? ? D . A 1 2180 PRO 2180 ? ? ? D . A 1 2181 LEU 2181 ? ? ? D . A 1 2182 THR 2182 ? ? ? D . A 1 2183 ASN 2183 ? ? ? D . A 1 2184 ARG 2184 ? ? ? D . A 1 2185 VAL 2185 ? ? ? D . A 1 2186 TRP 2186 ? ? ? D . A 1 2187 GLU 2187 ? ? ? D . A 1 2188 ASP 2188 ? ? ? D . A 1 2189 ARG 2189 ? ? ? D . A 1 2190 PRO 2190 ? ? ? D . A 1 2191 SER 2191 ? ? ? D . A 1 2192 SER 2192 ? ? ? D . A 1 2193 ALA 2193 ? ? ? D . A 1 2194 GLY 2194 ? ? ? D . A 1 2195 SER 2195 ? ? ? D . A 1 2196 THR 2196 ? ? ? D . A 1 2197 PRO 2197 ? ? ? D . A 1 2198 PHE 2198 ? ? ? D . A 1 2199 PRO 2199 ? ? ? D . A 1 2200 TYR 2200 ? ? ? D . A 1 2201 ASN 2201 ? ? ? D . A 1 2202 PRO 2202 ? ? ? D . A 1 2203 LEU 2203 ? ? ? D . A 1 2204 ILE 2204 ? ? ? D . A 1 2205 MET 2205 ? ? ? D . A 1 2206 ARG 2206 ? ? ? D . A 1 2207 LEU 2207 ? ? ? D . A 1 2208 GLN 2208 ? ? ? D . A 1 2209 ALA 2209 ? ? ? D . A 1 2210 GLY 2210 ? ? ? D . A 1 2211 VAL 2211 ? ? ? D . A 1 2212 MET 2212 ? ? ? D . A 1 2213 ALA 2213 ? ? ? D . A 1 2214 SER 2214 ? ? ? D . A 1 2215 PRO 2215 ? ? ? D . A 1 2216 PRO 2216 ? ? ? D . A 1 2217 PRO 2217 ? ? ? D . A 1 2218 PRO 2218 ? ? ? D . A 1 2219 GLY 2219 ? ? ? D . A 1 2220 LEU 2220 ? ? ? D . A 1 2221 ALA 2221 ? ? ? D . A 1 2222 ALA 2222 ? ? ? D . A 1 2223 GLY 2223 ? ? ? D . A 1 2224 SER 2224 ? ? ? D . A 1 2225 GLY 2225 ? ? ? D . A 1 2226 PRO 2226 ? ? ? D . A 1 2227 LEU 2227 ? ? ? D . A 1 2228 ALA 2228 ? ? ? D . A 1 2229 GLY 2229 ? ? ? D . A 1 2230 PRO 2230 ? ? ? D . A 1 2231 HIS 2231 ? ? ? D . A 1 2232 HIS 2232 ? ? ? D . A 1 2233 ALA 2233 ? ? ? D . A 1 2234 TRP 2234 ? ? ? D . A 1 2235 ASP 2235 ? ? ? D . A 1 2236 GLU 2236 ? ? ? D . A 1 2237 GLU 2237 ? ? ? D . A 1 2238 PRO 2238 ? ? ? D . A 1 2239 LYS 2239 ? ? ? D . A 1 2240 PRO 2240 ? ? ? D . A 1 2241 LEU 2241 ? ? ? D . A 1 2242 LEU 2242 ? ? ? D . A 1 2243 CYS 2243 ? ? ? D . A 1 2244 SER 2244 ? ? ? D . A 1 2245 GLN 2245 ? ? ? D . A 1 2246 TYR 2246 ? ? ? D . A 1 2247 GLU 2247 ? ? ? D . A 1 2248 THR 2248 ? ? ? D . A 1 2249 LEU 2249 ? ? ? D . A 1 2250 SER 2250 ? ? ? D . A 1 2251 ASP 2251 ? ? ? D . A 1 2252 SER 2252 ? ? ? D . A 1 2253 GLU 2253 ? ? ? D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'REST corepressor 1 {PDB ID=8vrt, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=8vrt.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8vrt, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 3 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIA IAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDK SIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVP QVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKE KLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNID EVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS ; ;MSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIA IAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDK SIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVP QVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKE KLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNID EVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 106 369 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8vrt 2024-11-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2253 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2293 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.1e-28 27.679 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSGSTQPVAQTWRAAEPRYPPHGISYPVQIARSHTPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKLILYFKRRNHARKQWEQRFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERMQSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMDDPMKVYKDRQVTNMWSEQERDTFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRRGKSQQQQQQQQQQQQQQMARSSQEEKEEKEKEKEADKEEEKQDAENEKEELSKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANHEE----------TATPQQS-----------------SE-------------LASMEMNESSRWTEEEMETAKKGLLEHGRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKTPAAASEETAFPPAAEDEEMEASGASANEEELAEEAEASQASGNEVPRVGECSGPAAVNNSSDTESVPSPRSEATKDTGPKPTGTEALPAATQPPVPPPEEPAVAPAEPSPVPDASGPPSPEPSPSPAAPPATVDKDEQEAPAAPAPQTEDAKEQKSEAEEIDVGKPEEPEASEEPPESVKSDHKEETEEEPEDKAKGTEAIETVSEAPLKVEEAGSKAAVTKGSSSGATQDSDSSATCSADEVDEPEGGDKGRLLSPRPSLLTPAGDPRASTSPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIVTKVHEPPREDTVPPKPVPPVPPPTQHLQPEGDVSQQSGGSPRGKSRSPVPPAEKEAEKPAFFPAFPTEGPKLPTEPPRWSSGLPFPIPPREVIKTSPHAADPSAFSYTPPGHPLPLGLHDSARPVLPRPPISNPPPLISSAKHPGVLERQLGAISQQGMSVQLRVPHSEHAKAPMGPLTMGLPLAVDPKKLGTALGSATSGSITKGLPSTRAADGPSYRGSITHGTPADVLYKGTISRIVGEDSPSRLDRAREDTLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVSQCSKEDGRSSSGPPHETAAPKRTYDMMEGRVGRTVTSASIEGLMGRAIPEQHSPHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLRREAKLLKREGTPPPPPPPRDLTETYKPRPLDPLGPLKLKPTHEGVVATVKEAGRSIHEIPREELRRTPELPLAPRPLKEGSITQGTPLKYDSGAPSTGTKKHDVRSIIGSPGRPFPALHPLDIMADARALERACYEESLKSRSGTSSGAGGSITRGAPVVVPELGKPRQSPLTYEDHGAPFTSHLPRGSPVTTREPTPRLQEGSLLSSKASQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISPYEHLLRGVTGVDLYRGHIPLAFDPTSIPRGIPLEAAAAAYYLPRHLAPSPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALENRQTIINDYITSQQMHHNAASAMAQRADMLRGLSPRESSLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGTPATAIDRLAYLPTAPPPFSSRHSSSPLSPGGPTHLAKPTATSSSERERERERERDKSILTSTTTVEHAPIWRPGTEQSSGAGGSSRPASHTHQHSPISPRTQDALQQRPSVLHNTSMKGVVTSVEPGTPTVLRWARSTSTSSPVRPAATFPPATHCPLGGTLEGVYPTLMEPVLLPKETSRVARPERPRVDAGHAFLTKPPAREPASSPSKSSEPRSLAPPSSSHTAIARTPAKNLAPHHASPDPPAPTSASDLHREKTQSKPFSIQELELRSLGYHSGAGYSPDGVEPISPVSSPSLTHDKGLSKPLEELEKSHLEGELRHKQPGPMKLSAEAAHLPHLRPLPESQPSSSPLLQTAPGIKGHQRVVTLAQHISEVITQDYTRHHPQQLSGPLPAPLYSFPGASCPVLDLRRPPSDLYLPPPDHGTPARGSPHSEGGKRSPEPSKTSVLGSSEDAIEPVSPPEGMTEPGHARSTAYPLLYRDGEQGEPRMGSKSPGNTSQPPAFFSKLTESNSAMVKSKKQEINKKLNTHNRNEPEYNIGQPGTEIFNMPAITGAGLMTCRSQAVQEHASTNMGLEAIIRKALMGKYDQWEEPPPLGANAFNPLNASASLPAAAMPITTADGRSDHALTSPGGGGKAKVSGRPSSRKAKSPAPGLASGDRPPSVSSVHSEGDCNRRTPLTNRVWEDRPSSAGSTPFPYNPLIMRLQAGVMASPPPPGLAAGSGPLAGPHHAWDEEPKPLLCSQYETLSDSE 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEE-ANGNNP-IDI---------EVDQ---------NKE-SKKEV-PPT-----ETVPQV-KKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEETNGPS------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8vrt.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN 208 208 ? A 162.149 159.018 103.609 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 2 C CA . GLN 208 208 ? A 162.434 159.637 104.946 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 3 C C . GLN 208 208 ? A 163.679 158.966 105.508 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 4 O O . GLN 208 208 ? A 163.557 157.926 106.131 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 5 C CB . GLN 208 208 ? A 161.188 159.416 105.873 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 6 C CG . GLN 208 208 ? A 161.264 160.010 107.307 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 7 C CD . GLN 208 208 ? A 161.387 161.526 107.234 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 8 O OE1 . GLN 208 208 ? A 160.622 162.160 106.505 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 9 N NE2 . GLN 208 208 ? A 162.375 162.123 107.930 1 1 D GLN 0.180 1 ATOM 10 N N . VAL 209 209 ? A 164.902 159.489 105.217 1 1 D VAL 0.220 1 ATOM 11 C CA . VAL 209 209 ? A 166.182 158.910 105.626 1 1 D VAL 0.220 1 ATOM 12 C C . VAL 209 209 ? A 166.300 158.743 107.127 1 1 D VAL 0.220 1 ATOM 13 O O . VAL 209 209 ? A 166.263 159.701 107.893 1 1 D VAL 0.220 1 ATOM 14 C CB . VAL 209 209 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.560 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 208 GLN 1 0.180 2 1 A 209 VAL 1 0.220 3 1 A 210 THR 1 0.440 4 1 A 211 ASN 1 0.380 5 1 A 212 MET 1 0.500 6 1 A 213 TRP 1 0.480 7 1 A 214 SER 1 0.610 8 1 A 215 GLU 1 0.600 9 1 A 216 GLN 1 0.590 10 1 A 217 GLU 1 0.610 11 1 A 218 ARG 1 0.630 12 1 A 219 ASP 1 0.690 13 1 A 220 THR 1 0.700 14 1 A 221 PHE 1 0.670 15 1 A 222 ARG 1 0.570 16 1 A 223 GLU 1 0.650 17 1 A 224 LYS 1 0.620 18 1 A 225 PHE 1 0.600 19 1 A 226 MET 1 0.610 20 1 A 227 GLN 1 0.590 21 1 A 228 HIS 1 0.620 22 1 A 229 PRO 1 0.690 23 1 A 230 LYS 1 0.570 24 1 A 231 ASN 1 0.660 25 1 A 232 PHE 1 0.660 26 1 A 233 GLY 1 0.680 27 1 A 234 LEU 1 0.590 28 1 A 235 ILE 1 0.650 29 1 A 236 ALA 1 0.590 30 1 A 237 SER 1 0.500 31 1 A 238 PHE 1 0.520 32 1 A 239 LEU 1 0.590 33 1 A 240 GLU 1 0.420 34 1 A 241 ARG 1 0.390 35 1 A 242 LYS 1 0.580 36 1 A 243 THR 1 0.590 37 1 A 244 VAL 1 0.630 38 1 A 245 ALA 1 0.610 39 1 A 246 GLU 1 0.590 40 1 A 247 CYS 1 0.740 41 1 A 248 VAL 1 0.680 42 1 A 249 LEU 1 0.600 43 1 A 250 TYR 1 0.530 44 1 A 251 TYR 1 0.500 45 1 A 252 TYR 1 0.590 46 1 A 253 LEU 1 0.520 47 1 A 254 THR 1 0.440 48 1 A 255 LYS 1 0.570 49 1 A 256 LYS 1 0.420 50 1 A 257 ASN 1 0.340 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #