data_SMR-67c41d3a232fd5942b767930a0d8fb12_1 _entry.id SMR-67c41d3a232fd5942b767930a0d8fb12_1 _struct.entry_id SMR-67c41d3a232fd5942b767930a0d8fb12_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P13608/ PGCA_BOVIN, Aggrecan core protein Estimated model accuracy of this model is 0.063, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P13608' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CA non-polymer 'CALCIUM ION' Ca 40.078 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 289085.146 1 . 2 non-polymer man 'CALCIUM ION' 40.078 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PGCA_BOVIN P13608 1 ;MTTLLLVFVTLRVITAAISVEVSEPDNSLSVSIPEPSPLRVLLGSSLTIPCYFIDPMHPVTTAPSTAPLA PRIKWSRISKEKEVVLLVATEGRVRVNSAYQDKVTLPNYPAIPSDATLEIQNMRSNDSGILRCEVMHGIE DSQATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQRACLQNSAIIATPEQLQAAYEDGFHQCDAGWLADQTVR YPIHTPREGCYGDKDEFPGVRTYGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARL ATTGQLYLAWQGGMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYLHANQTGYPDPSSRYDAICYT GEDFVDIPESFFGVGGEEDITIQTVTWPDVELPLPRNITEGEARGSVILTAKPDFEVSPTAPEPEEPFTF VPEVRATAFPEVENRTEEATRPWAFPRESTPGLGAPTAFTSEDLVVQVTLAPGAAEVPGQPRLPGGVVFH YRPGSSRYSLTFEEAKQACLRTGAIIASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLQDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDS SPGVRTYGVRPPSETYDVYCYVDRLEGEVFFATRLEQFTFWEAQEFCESQNATLATTGQLYAAWSRGLDK CYAGWLADGSLRYPIVTPRPACGGDKPGVRTVYLYPNQTGLLDPLSRHHAFCFRGVSAAPSPEEEEGSAP TAGPDVEEWMVTQVGPGVAAVPIGEETTAIPGFTVEPENKTEWELAYTPAGTLPLPGIPPTWPPTGEATE EHTEGPSATEVPSASEKPFPSEEPFPPEEPFPSEKPFPPEELFPSEKPFPSEKPFPSEEPFPSEKPFPPE ELFPSEKPIPSEEPFPSEEPFPSEKPFPPEEPFPSEKPIPSEEPFPSEKPFPSEEPFPSEEPSTLSAPVP SRTELPSSGEVSGVPEISGDFTGSGEISGHLDFSGQPSGESASGLPSEDLDSSGLTSTVGSGLPVESGLP SGEEERITWTSAPKVDRLPSGGEGPEVSGVEDISGLPSGGEVHLEISASGVEDISGLPSGGEVHLEISAS GVEDLSRIPSGEGPEISASGVEDISGLPSGEEGHLEISASGVEDLSGIPSGEGPEVSASGVEDLIGLPSG EGPEVSASGVEDLSRLPSGEGPEVSASGVEDLSGLPSGEGPEVSVSGVEDLSRLPSGEGPEVSASGVEDL SRLPSGEGPEISVSGVEDISILPSGEGPEVSASGVEDLSVLPSGEGHLEISTSGVEDLSVLPSGEGHLET SSGVEDISRLPSGEGPEVSASGVEDLSVLPSGEDHLEISASGVEDLGVLPSGEDHLEISASGVEDISRLP SGEGPEVSASGVEDLSVLPSGEGHLEISASGVEDLSRLPSGGEDHLETSASGVGDLSGLPSGREGLEISA SGAGDLSGLTSGKEDLTGSASGALDLGRIPSVTLGSGQAPEASGLPSGFSGEYSGVDLESGPSSGLPDFS GLPSGFPTVSLVDTTLVEVVTATTAGELEGRGTIDISGAGETSGLPFSELDISGGASGLSSGAELSGQAS GSPDISGETSGLFGVSGQPSGFPDISGETSGLLEVSGQPSGFYGEISGVTELSGLASGQPEISGEASGIL SGLGPPFGITDLSGEAPGIPDLSGQPSGLPEFSGTASGIPDLVSSAVSGSGESSGITFVDTSLVEVTPTT FKEEEGLGSVELSGLPSGELGVSGTSGLADVSGLSSGAIDSSGFTSQPPEFSGLPSGVTEVSGEASGAES GSSLPSGAYDSSGLPSGFPTVSFVDRTLVESVTQAPTAQEAGEGPSGILELSGAPSGAPDMSGDHLGSLD QSGLQSGLVEPSGEPASTPYFSGDFSGTTDVSGESSAATSTSGEASGLPEVTLITSELVEGVTEPTVSQE LGQRPPVTYTPQLFESSGEASASGDVPRFPGSGVEVSSVPESSGETSAYPEAEVGASAAPEASGGASGSP NLSETTSTFHEADLEGTSGLGVSGSPSAFPEGPTEGLATPEVSGESTTAFDVSVEASGSPSATPLASGDR TDTSGDLSGHTSGLDIVISTTIPESEWTQQTQRPAEARLEIESSSPVHSGEESQTADTATSPTDASIPAS AGGTDDSEATTTDIDECLSSPCLNGATCVDAIDSFTCLCLPSYQGDVCEIQKLCEEGWTKFQGHCYRHFP DRATWVDAESQCRKQQSHLSSIVTPEEQEFVNNNAQDYQWIGLNDKTIEGDFRWSDGHSLQFENWRPNQP DNFFATGEDCVVMIWHEKGEWNDVPCNYQLPFTCKKGTVACGEPPVVEHARIFGQKKDRYEINALVRYQC TEGFIQGHVPTIRCQPSGHWEEPRITCTDPATYKRRLQKRSSRPLRRSHPSTAH ; 'Aggrecan core protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2364 1 2364 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PGCA_BOVIN P13608 . 1 2364 9913 'Bos taurus (Bovine)' 1998-07-15 6FF83763420C3D4C # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MTTLLLVFVTLRVITAAISVEVSEPDNSLSVSIPEPSPLRVLLGSSLTIPCYFIDPMHPVTTAPSTAPLA PRIKWSRISKEKEVVLLVATEGRVRVNSAYQDKVTLPNYPAIPSDATLEIQNMRSNDSGILRCEVMHGIE DSQATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQRACLQNSAIIATPEQLQAAYEDGFHQCDAGWLADQTVR YPIHTPREGCYGDKDEFPGVRTYGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARL ATTGQLYLAWQGGMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYLHANQTGYPDPSSRYDAICYT GEDFVDIPESFFGVGGEEDITIQTVTWPDVELPLPRNITEGEARGSVILTAKPDFEVSPTAPEPEEPFTF VPEVRATAFPEVENRTEEATRPWAFPRESTPGLGAPTAFTSEDLVVQVTLAPGAAEVPGQPRLPGGVVFH YRPGSSRYSLTFEEAKQACLRTGAIIASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLQDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDS SPGVRTYGVRPPSETYDVYCYVDRLEGEVFFATRLEQFTFWEAQEFCESQNATLATTGQLYAAWSRGLDK 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C 2 CA 1 2 2 CA '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Aggrecan core protein {PDB ID=1tdq, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1.B}' 'template structure' . 2 'CALCIUM ION {PDB ID=1tdq, label_asym_id=C, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1._.1}' 'template structure' . 3 'CALCIUM ION {PDB ID=1tdq, label_asym_id=D, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1._.2}' 'template structure' . 4 . target . 5 'CALCIUM ION' target . 6 'Target-template alignment by BLAST to 1tdq, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 7 'model 1' 'model coordinates' . 8 SMTL 'reference database' . 9 PDB 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 4 2 1 8 3 1 9 4 2 10 5 3 4 6 3 5 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 6 11 4 1 12 4 2 13 4 3 14 4 6 15 4 5 16 5 7 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 8 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 9 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 4 'reference database' 2 5 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B C 3 1 B 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C D 3 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 130 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 CA 'CALCIUM ION' 3 CA 'CALCIUM ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1tdq 2024-10-30 2 PDB . 1tdq 2024-10-30 3 PDB . 1tdq 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2364 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 2364 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 9.77e-86 92.126 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTTLLLVFVTLRVITAAISVEVSEPDNSLSVSIPEPSPLRVLLGSSLTIPCYFIDPMHPVTTAPSTAPLAPRIKWSRISKEKEVVLLVATEGRVRVNSAYQDKVTLPNYPAIPSDATLEIQNMRSNDSGILRCEVMHGIEDSQATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQRACLQNSAIIATPEQLQAAYEDGFHQCDAGWLADQTVRYPIHTPREGCYGDKDEFPGVRTYGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARLATTGQLYLAWQGGMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYLHANQTGYPDPSSRYDAICYTGEDFVDIPESFFGVGGEEDITIQTVTWPDVELPLPRNITEGEARGSVILTAKPDFEVSPTAPEPEEPFTFVPEVRATAFPEVENRTEEATRPWAFPRESTPGLGAPTAFTSEDLVVQVTLAPGAAEVPGQPRLPGGVVFHYRPGSSRYSLTFEEAKQACLRTGAIIASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLQDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDSSPGVRTYGVRPPSETYDVYCYVDRLEGEVFFATRLEQFTFWEAQEFCESQNATLATTGQLYAAWSRGLDKCYAGWLADGSLRYPIVTPRPACGGDKPGVRTVYLYPNQTGLLDPLSRHHAFCFRGVSAAPSPEEEEGSAPTAGPDVEEWMVTQVGPGVAAVPIGEETTAIPGFTVEPENKTEWELAYTPAGTLPLPGIPPTWPPTGEATEEHTEGPSATEVPSASEKPFPSEEPFPPEEPFPSEKPFPPEELFPSEKPFPSEKPFPSEEPFPSEKPFPPEELFPSEKPIPSEEPFPSEEPFPSEKPFPPEEPFPSEKPIPSEEPFPSEKPFPSEEPFPSEEPSTLSAPVPSRTELPSSGEVSGVPEISGDFTGSGEISGHLDFSGQPSGESASGLPSEDLDSSGLTSTVGSGLPVESGLPSGEEERITWTSAPKVDRLPSGGEGPEVSGVEDISGLPSGGEVHLEISASGVEDISGLPSGGEVHLEISASGVEDLSRIPSGEGPEISASGVEDISGLPSGEEGHLEISASGVEDLSGIPSGEGPEVSASGVEDLIGLPSGEGPEVSASGVEDLSRLPSGEGPEVSASGVEDLSGLPSGEGPEVSVSGVEDLSRLPSGEGPEVSASGVEDLSRLPSGEGPEISVSGVEDISILPSGEGPEVSASGVEDLSVLPSGEGHLEISTSGVEDLSVLPSGEGHLETSSGVEDISRLPSGEGPEVSASGVEDLSVLPSGEDHLEISASGVEDLGVLPSGEDHLEISASGVEDISRLPSGEGPEVSASGVEDLSVLPSGEGHLEISASGVEDLSRLPSGGEDHLETSASGVGDLSGLPSGREGLEISASGAGDLSGLTSGKEDLTGSASGALDLGRIPSVTLGSGQAPEASGLPSGFSGEYSGVDLESGPSSGLPDFSGLPSGFPTVSLVDTTLVEVVTATTAGELEGRGTIDISGAGETSGLPFSELDISGGASGLSSGAELSGQASGSPDISGETSGLFGVSGQPSGFPDISGETSGLLEVSGQPSGFYGEISGVTELSGLASGQPEISGEASGILSGLGPPFGITDLSGEAPGIPDLSGQPSGLPEFSGTASGIPDLVSSAVSGSGESSGITFVDTSLVEVTPTTFKEEEGLGSVELSGLPSGELGVSGTSGLADVSGLSSGAIDSSGFTSQPPEFSGLPSGVTEVSGEASGAESGSSLPSGAYDSSGLPSGFPTVSFVDRTLVESVTQAPTAQEAGEGPSGILELSGAPSGAPDMSGDHLGSLDQSGLQSGLVEPSGEPASTPYFSGDFSGTTDVSGESSAATSTSGEASGLPEVTLITSELVEGVTEPTVSQELGQRPPVTYTPQLFESSGEASASGDVPRFPGSGVEVSSVPESSGETSAYPEAEVGASAAPEASGGASGSPNLSETTSTFHEADLEGTSGLGVSGSPSAFPEGPTEGLATPEVSGESTTAFDVSVEASGSPSATPLASGDRTDTSGDLSGHTSGLDIVISTTIPESEWTQQTQRPAEARLEIESSSPVHSGEESQTADTATSPTDASIPASAGGTDDSEATTTDIDECLSSPCLNGATCVDAIDSFTCLCLPSYQGDVCEIQKLCEEGWTKFQGHCYRHFPDRATWVDAESQCRKQQSHLSSIVTPEEQEFVNNNAQDYQWIGLNDKTIEGDFRWSDGHSLQFENWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHEKGEWNDVPCNYQLPFTCKKGTVACGEPPVVEHARIFGQKKDRYEINALVRYQCTEGFIQGHVPTIRCQPSGHWEEPRITCTDPATYKRRLQKRSSRPLRRSHPSTAH 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG--------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1tdq.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 7 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 2152 2152 ? A 40.997 20.282 119.955 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 2 C CA . LYS 2152 2152 ? A 41.682 21.338 120.827 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 3 C C . LYS 2152 2152 ? A 40.844 21.954 121.945 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 4 O O . LYS 2152 2152 ? A 41.252 21.926 123.100 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 5 C CB . LYS 2152 2152 ? A 42.331 22.479 119.982 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 6 C CG . LYS 2152 2152 ? A 43.473 21.984 119.078 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 7 C CD . LYS 2152 2152 ? A 44.104 23.095 118.216 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 8 C CE . LYS 2152 2152 ? A 45.227 22.570 117.305 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 9 N NZ . LYS 2152 2152 ? A 45.760 23.653 116.446 1 1 B LYS 0.550 1 ATOM 10 N N . LEU 2153 2153 ? A 39.633 22.484 121.673 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 11 C CA . LEU 2153 2153 ? A 38.766 22.974 122.728 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 12 C C . LEU 2153 2153 ? A 37.389 22.445 122.374 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 13 O O . LEU 2153 2153 ? A 36.941 21.515 123.046 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 14 C CB . LEU 2153 2153 ? A 38.848 24.509 122.924 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 15 C CG . LEU 2153 2153 ? A 37.938 25.047 124.050 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 16 C CD1 . LEU 2153 2153 ? A 38.250 24.437 125.434 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 17 C CD2 . LEU 2153 2153 ? A 38.047 26.577 124.105 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 18 N N . CYS 2154 2154 ? A 36.801 22.956 121.261 1 1 B CYS 0.480 1 ATOM 19 C CA . CYS 2154 2154 ? A 35.683 22.459 120.455 1 1 B CYS 0.480 1 ATOM 20 C C . CYS 2154 2154 ? A 35.130 23.619 119.607 1 1 B CYS 0.480 1 ATOM 21 O O . CYS 2154 2154 ? A 34.959 24.722 120.111 1 1 B CYS 0.480 1 ATOM 22 C CB . CYS 2154 2154 ? A 34.540 21.723 121.217 1 1 B CYS 0.480 1 ATOM 23 S SG . CYS 2154 2154 ? A 33.543 20.695 120.131 1 1 B CYS 0.480 1 ATOM 24 N N . GLU 2155 2155 ? A 34.914 23.414 118.281 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 25 C CA . GLU 2155 2155 ? A 34.365 24.381 117.335 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 26 C C . GLU 2155 2155 ? A 32.850 24.539 117.428 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 27 O O . GLU 2155 2155 ? A 32.130 23.706 117.972 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 28 C CB . GLU 2155 2155 ? A 34.684 23.969 115.861 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 29 C CG . GLU 2155 2155 ? A 36.199 23.917 115.519 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 30 C CD . GLU 2155 2155 ? A 36.553 23.336 114.141 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 31 O OE1 . GLU 2155 2155 ? A 36.329 22.120 113.899 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 32 O OE2 . GLU 2155 2155 ? A 37.137 24.083 113.320 1 1 B GLU 0.620 1 ATOM 33 N N . GLU 2156 2156 ? A 32.319 25.633 116.842 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 34 C CA . GLU 2156 2156 ? A 30.898 25.872 116.690 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 35 C C . GLU 2156 2156 ? A 30.184 24.772 115.897 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 36 O O . GLU 2156 2156 ? A 30.497 24.456 114.750 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 37 C CB . GLU 2156 2156 ? A 30.668 27.273 116.074 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 38 C CG . GLU 2156 2156 ? A 29.221 27.558 115.605 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 39 C CD . GLU 2156 2156 ? A 29.022 29.007 115.168 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 40 O OE1 . GLU 2156 2156 ? A 27.875 29.312 114.755 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 41 O OE2 . GLU 2156 2156 ? A 29.992 29.802 115.242 1 1 B GLU 0.690 1 ATOM 42 N N . GLY 2157 2157 ? A 29.200 24.117 116.553 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 43 C CA . GLY 2157 2157 ? A 28.421 23.026 115.988 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 44 C C . GLY 2157 2157 ? A 28.992 21.662 116.258 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 45 O O . GLY 2157 2157 ? A 28.406 20.668 115.844 1 1 B GLY 0.790 1 ATOM 46 N N . TRP 2158 2158 ? A 30.135 21.559 116.960 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 47 C CA . TRP 2158 2158 ? A 30.747 20.287 117.295 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 48 C C . TRP 2158 2158 ? A 30.605 20.081 118.799 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 49 O O . TRP 2158 2158 ? A 30.336 21.007 119.558 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 50 C CB . TRP 2158 2158 ? A 32.233 20.191 116.807 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 51 C CG . TRP 2158 2158 ? A 32.416 20.303 115.280 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 52 C CD1 . TRP 2158 2158 ? A 32.130 21.375 114.481 1 1 B TRP 0.660 1 ATOM 53 C CD2 . TRP 2158 2158 ? 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PHE 2161 2161 ? A 32.872 12.516 123.371 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 81 C CG . PHE 2161 2161 ? A 32.677 11.309 124.233 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 82 C CD1 . PHE 2161 2161 ? A 31.983 11.421 125.445 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 83 C CD2 . PHE 2161 2161 ? A 33.198 10.063 123.851 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 84 C CE1 . PHE 2161 2161 ? A 31.778 10.297 126.252 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 85 C CE2 . PHE 2161 2161 ? A 33.005 8.938 124.662 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 86 C CZ . PHE 2161 2161 ? A 32.282 9.054 125.855 1 1 B PHE 0.670 1 ATOM 87 N N . GLN 2162 2162 ? A 35.914 12.686 125.208 1 1 B GLN 0.680 1 ATOM 88 C CA . GLN 2162 2162 ? A 37.135 11.902 125.424 1 1 B GLN 0.680 1 ATOM 89 C C . GLN 2162 2162 ? A 38.341 12.167 124.508 1 1 B GLN 0.680 1 ATOM 90 O O . GLN 2162 2162 ? A 39.046 11.267 124.069 1 1 B GLN 0.680 1 ATOM 91 C CB . GLN 2162 2162 ? A 36.782 10.401 125.576 1 1 B GLN 0.680 1 ATOM 92 C CG . GLN 2162 2162 ? A 36.233 10.064 126.984 1 1 B GLN 0.680 1 ATOM 93 C CD . GLN 2162 2162 ? 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C 31.009 -6.608 101.792 1 2 '_' CA . 1 # # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.757 2 1 3 0.063 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2152 LYS 1 0.550 2 1 A 2153 LEU 1 0.660 3 1 A 2154 CYS 1 0.480 4 1 A 2155 GLU 1 0.620 5 1 A 2156 GLU 1 0.690 6 1 A 2157 GLY 1 0.790 7 1 A 2158 TRP 1 0.660 8 1 A 2159 THR 1 0.730 9 1 A 2160 LYS 1 0.680 10 1 A 2161 PHE 1 0.670 11 1 A 2162 GLN 1 0.680 12 1 A 2163 GLY 1 0.660 13 1 A 2164 HIS 1 0.720 14 1 A 2165 CYS 1 0.720 15 1 A 2166 TYR 1 0.770 16 1 A 2167 ARG 1 0.780 17 1 A 2168 HIS 1 0.810 18 1 A 2169 PHE 1 0.830 19 1 A 2170 PRO 1 0.800 20 1 A 2171 ASP 1 0.690 21 1 A 2172 ARG 1 0.690 22 1 A 2173 ALA 1 0.780 23 1 A 2174 THR 1 0.790 24 1 A 2175 TRP 1 0.790 25 1 A 2176 VAL 1 0.810 26 1 A 2177 ASP 1 0.780 27 1 A 2178 ALA 1 0.840 28 1 A 2179 GLU 1 0.810 29 1 A 2180 SER 1 0.810 30 1 A 2181 GLN 1 0.790 31 1 A 2182 CYS 1 0.840 32 1 A 2183 ARG 1 0.780 33 1 A 2184 LYS 1 0.790 34 1 A 2185 GLN 1 0.770 35 1 A 2186 GLN 1 0.750 36 1 A 2187 SER 1 0.800 37 1 A 2188 HIS 1 0.790 38 1 A 2189 LEU 1 0.860 39 1 A 2190 SER 1 0.870 40 1 A 2191 SER 1 0.860 41 1 A 2192 ILE 1 0.830 42 1 A 2193 VAL 1 0.820 43 1 A 2194 THR 1 0.830 44 1 A 2195 PRO 1 0.860 45 1 A 2196 GLU 1 0.820 46 1 A 2197 GLU 1 0.810 47 1 A 2198 GLN 1 0.810 48 1 A 2199 GLU 1 0.810 49 1 A 2200 PHE 1 0.800 50 1 A 2201 VAL 1 0.850 51 1 A 2202 ASN 1 0.830 52 1 A 2203 ASN 1 0.810 53 1 A 2204 ASN 1 0.840 54 1 A 2205 ALA 1 0.880 55 1 A 2206 GLN 1 0.800 56 1 A 2207 ASP 1 0.770 57 1 A 2208 TYR 1 0.780 58 1 A 2209 GLN 1 0.800 59 1 A 2210 TRP 1 0.840 60 1 A 2211 ILE 1 0.870 61 1 A 2212 GLY 1 0.890 62 1 A 2213 LEU 1 0.850 63 1 A 2214 ASN 1 0.830 64 1 A 2215 ASP 1 0.730 65 1 A 2216 LYS 1 0.730 66 1 A 2217 THR 1 0.600 67 1 A 2218 ILE 1 0.540 68 1 A 2219 GLU 1 0.640 69 1 A 2220 GLY 1 0.690 70 1 A 2221 ASP 1 0.660 71 1 A 2222 PHE 1 0.760 72 1 A 2223 ARG 1 0.780 73 1 A 2224 TRP 1 0.800 74 1 A 2225 SER 1 0.850 75 1 A 2226 ASP 1 0.810 76 1 A 2227 GLY 1 0.810 77 1 A 2228 HIS 1 0.760 78 1 A 2229 SER 1 0.690 79 1 A 2230 LEU 1 0.720 80 1 A 2231 GLN 1 0.680 81 1 A 2232 PHE 1 0.740 82 1 A 2233 GLU 1 0.790 83 1 A 2234 ASN 1 0.810 84 1 A 2235 TRP 1 0.770 85 1 A 2236 ARG 1 0.770 86 1 A 2237 PRO 1 0.690 87 1 A 2238 ASN 1 0.670 88 1 A 2239 GLN 1 0.760 89 1 A 2240 PRO 1 0.800 90 1 A 2241 ASP 1 0.650 91 1 A 2242 ASN 1 0.620 92 1 A 2243 PHE 1 0.410 93 1 A 2244 PHE 1 0.330 94 1 A 2245 ALA 1 0.420 95 1 A 2246 THR 1 0.460 96 1 A 2247 GLY 1 0.660 97 1 A 2248 GLU 1 0.750 98 1 A 2249 ASP 1 0.760 99 1 A 2250 CYS 1 0.860 100 1 A 2251 VAL 1 0.860 101 1 A 2252 VAL 1 0.850 102 1 A 2253 MET 1 0.790 103 1 A 2254 ILE 1 0.780 104 1 A 2255 TRP 1 0.710 105 1 A 2256 HIS 1 0.700 106 1 A 2257 GLU 1 0.760 107 1 A 2258 LYS 1 0.770 108 1 A 2259 GLY 1 0.820 109 1 A 2260 GLU 1 0.790 110 1 A 2261 TRP 1 0.790 111 1 A 2262 ASN 1 0.830 112 1 A 2263 ASP 1 0.820 113 1 A 2264 VAL 1 0.780 114 1 A 2265 PRO 1 0.770 115 1 A 2266 CYS 1 0.800 116 1 A 2267 ASN 1 0.750 117 1 A 2268 TYR 1 0.710 118 1 A 2269 GLN 1 0.720 119 1 A 2270 LEU 1 0.790 120 1 A 2271 PRO 1 0.850 121 1 A 2272 PHE 1 0.840 122 1 A 2273 THR 1 0.860 123 1 A 2274 CYS 1 0.880 124 1 A 2275 LYS 1 0.780 125 1 A 2276 LYS 1 0.890 126 1 A 2277 GLY 1 0.650 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #