data_SMR-424ff21f51e17c7033188f283650ef8b_3 _entry.id SMR-424ff21f51e17c7033188f283650ef8b_3 _struct.entry_id SMR-424ff21f51e17c7033188f283650ef8b_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - F4IN58/ PIEZO_ARATH, Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries F4IN58' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 326886.431 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PIEZO_ARATH F4IN58 1 ;MASFLVGFLLPSLLLAAALINWSVISFLDLIAFLLVHYIAPEIGYRFQRRHWLLWPIFIFSFAVFLAQVV YLVIWAALGQDWDTPDTGWMRVIGFMILKSWRNPTVMYFLALQLLTSLVALADIYSSRFGFARWRDTWWS HFSGIFEHLGSHLRVASCLLLPAVQLAVGICNPSWVSLPFFIGSCAGLVDWSLTSNVSGLFRWWRVLYIY AGFNIVLLYLYQLPINFSDMIRWIASFIGLFRISLETEGPDICSGLFLVLFYIMLSYVRSDLEDMDFIMS TSENNLAERLLPPKYSFFIRESRAGVRHTNVLLRGAVFKTFSINFFTYGFPVSLFALSFWSFHFASLCAF GLLAYVGYIIYAFPSLFQLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFSFLNTKVGKFGLGMLVALGNLVNNSV FLYLSEESSRSSNERSYVEADEETKVLVVATIAWGLRKCSRAIMLALIFLIAMKPGFFHAVYVIFFLMYL LSHNINRKIRKSLILLCEVHFALLYILEIDLVSNSLKQEGSASREVLFQLGLLRSESSWDFLEIALLACF CAIHNHGFEVLFSFSAIVRHTPSPPIGFSILKAGLNKSVLLSVYSSPSSSYSQDNTTYERHIASFLSAIG QKFLSMYRSCGTYIAFITILISVYLVKPNYVSFGYIFLLLLWITGRQLFEETKRRLWFPLKAYAVLVFMF IYCLSSFVSLQLWLSGFIDLYFYLGYNSKAPLLDNVWESLAVLIVMQLYSYERRQSGHYIPGQSSLLHPG VFGFFERFLAWHGQKILFAALFYASLSPISVFGFVYLLGLVICTTFPKSSSIPSKSFLIYTGFLVSAEYL FQLWGMQAQMFPGQKYAELSFYLGLRVYEPGFWGIESGLRGKVLVVAACTLQYNVFRWLERTSGLTVIKG KYEEPCPLFVSAEDTTASVSSSNGENPSSTDHASISMKQGEATSNSWPFFSPRGNQGAGFLHPKTGGSES GSSRKFSFGHFWGSIKESHRWNRRRILALKKERFETQKNLLKIYLKFWIENMFNLYGLEINMIALLLASF ALLNAISMVYIALLAACVLLRRRVIQKLWPVVVFLFASILAIEYVATWNSFLPSDQAPSETSVHCHDCWS IAALYFKFCRECWLGVRVDDPRTLISYFVVFMLACFKLRADHISSFSESSTYHQMKSQRKNSFVWRDLSF ETKSMWTVLDYLRLYCYVHLLDVVLILILITGTLEYDILHLGYLAFALVFARMRLEILKKKNKIFRFLRV YNFVLIIFSLAYQSPFVGNFNDGKCETVDYIYEVIGFYKYDYGFRITARSALVEIIIFMLVSLQSYMFSS QEFDYVSRYLEAEQIGAIVREQEKKAARKTEQLQQIREAEEKKRQRNLQVEKMKSEMLNLRVQLHRMNSD SNFGVASPRTEGLRRRKSPYLIPDSGAASPEIDGVVHRKEEQPIDEDSQYPFEAHEFPVSTTPEALDSPE YSFGASPCEITEVQQDLDVMSMERERKQKSEGKENPLISAVQLIGDGVSQVQFIGNQAVNNLVNFLNISP ENSDTNEQSSVDDEVYDEMESQKRKHTPFERSTSLQSDRSSDGTSFQIGRIFRHIWSRMQSNNDIVCYCC FIIAFLWNFSLLSMVYLAALFLYALCVHTGPTHIFWVIMLMYTEIYILLQYLYQIIIQHCGLSIDAPLLH ELGFPTQRIKSSFVVSSLPLFLIYIFTLIQSSITVKDGDWVPSADFTSRRNARGSQKDLTRIRLSQRILD VFKKLRDSAKLVIRSIYRYWISLTRGAESPPYFVQVTMDVHMWPEDGIQPERVECRMNQLLRLVHNERCE KGNPDLCPYSSRVHVQSIERSTETPNEALVVLEVEYASPTNGCSSAEWYKSLTPASDVAKEIRKAQHSGL GEGTGFPYPILSVIGGGKRDTDLYAYIFGADLIVFFLVAIFYQSVIKNKSEFIDVYQLEDQFPFDFVIIL MVIFFLIVVDRVIYLCSFATGKVVYYLFSLILFTYAVTEYAWSIYPTQQHAAGLALRIIFLAKAMSLALQ AIQIRYGLPHKSTLYRQFLTSEVSRINYYGYRLYRALPFLYELRCVLDWSCTATSLTMYDWLKLEDVNAS LYLVKCDTVLNRATHKHGEKQTKMTKCCNGICLFFILLCVIWAPMLMYSSGNPTNIANPIKDASVQIDLK TVGGKLTLYQTTLCERISGDNIDLGLDLGSQSFLPTYNKNDIQLICCQADASVLWLVPDTVVTRFIQSLD WDTDMDITFTWVLNRDRPKGKETVKYERSVDPLDLPKRSDIQMVLNGSMDGFRVHNLYPKFFRVTGSGDV RSFEDQTDEVSADILINHANFKWWWSFHNLKASENISACEGMDGPVAIIMSEETPPQGFLGDTLSKFSIW GLYITFVLAVGRFIRLQCSDLRMRIPYENLPSCDRLIAICEDLYAARAEGELGVEEVLYWTLVKIYRSPH MLLEYTKLDYDA ; 'Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2462 1 2462 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PIEZO_ARATH F4IN58 . 1 2462 3702 'Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)' 2011-06-28 46555B2B7A7512F0 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no F ;MASFLVGFLLPSLLLAAALINWSVISFLDLIAFLLVHYIAPEIGYRFQRRHWLLWPIFIFSFAVFLAQVV YLVIWAALGQDWDTPDTGWMRVIGFMILKSWRNPTVMYFLALQLLTSLVALADIYSSRFGFARWRDTWWS HFSGIFEHLGSHLRVASCLLLPAVQLAVGICNPSWVSLPFFIGSCAGLVDWSLTSNVSGLFRWWRVLYIY AGFNIVLLYLYQLPINFSDMIRWIASFIGLFRISLETEGPDICSGLFLVLFYIMLSYVRSDLEDMDFIMS TSENNLAERLLPPKYSFFIRESRAGVRHTNVLLRGAVFKTFSINFFTYGFPVSLFALSFWSFHFASLCAF GLLAYVGYIIYAFPSLFQLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFSFLNTKVGKFGLGMLVALGNLVNNSV FLYLSEESSRSSNERSYVEADEETKVLVVATIAWGLRKCSRAIMLALIFLIAMKPGFFHAVYVIFFLMYL LSHNINRKIRKSLILLCEVHFALLYILEIDLVSNSLKQEGSASREVLFQLGLLRSESSWDFLEIALLACF CAIHNHGFEVLFSFSAIVRHTPSPPIGFSILKAGLNKSVLLSVYSSPSSSYSQDNTTYERHIASFLSAIG 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A 1 2284 VAL 2284 ? ? ? F . A 1 2285 LEU 2285 ? ? ? F . A 1 2286 ASN 2286 ? ? ? F . A 1 2287 GLY 2287 ? ? ? F . A 1 2288 SER 2288 ? ? ? F . A 1 2289 MET 2289 ? ? ? F . A 1 2290 ASP 2290 ? ? ? F . A 1 2291 GLY 2291 ? ? ? F . A 1 2292 PHE 2292 ? ? ? F . A 1 2293 ARG 2293 ? ? ? F . A 1 2294 VAL 2294 ? ? ? F . A 1 2295 HIS 2295 ? ? ? F . A 1 2296 ASN 2296 ? ? ? F . A 1 2297 LEU 2297 ? ? ? F . A 1 2298 TYR 2298 ? ? ? F . A 1 2299 PRO 2299 ? ? ? F . A 1 2300 LYS 2300 ? ? ? F . A 1 2301 PHE 2301 ? ? ? F . A 1 2302 PHE 2302 ? ? ? F . A 1 2303 ARG 2303 ? ? ? F . A 1 2304 VAL 2304 ? ? ? F . A 1 2305 THR 2305 ? ? ? F . A 1 2306 GLY 2306 ? ? ? F . A 1 2307 SER 2307 ? ? ? F . A 1 2308 GLY 2308 ? ? ? F . A 1 2309 ASP 2309 ? ? ? F . A 1 2310 VAL 2310 ? ? ? F . A 1 2311 ARG 2311 ? ? ? F . A 1 2312 SER 2312 ? ? ? F . A 1 2313 PHE 2313 ? ? ? F . A 1 2314 GLU 2314 ? ? ? F . A 1 2315 ASP 2315 ? ? ? F . A 1 2316 GLN 2316 ? ? ? F . A 1 2317 THR 2317 ? ? ? F . A 1 2318 ASP 2318 ? ? ? F . A 1 2319 GLU 2319 ? ? ? F . A 1 2320 VAL 2320 ? ? ? F . A 1 2321 SER 2321 ? ? ? F . A 1 2322 ALA 2322 ? ? ? F . A 1 2323 ASP 2323 ? ? ? F . A 1 2324 ILE 2324 ? ? ? F . A 1 2325 LEU 2325 ? ? ? F . A 1 2326 ILE 2326 ? ? ? F . A 1 2327 ASN 2327 ? ? ? F . A 1 2328 HIS 2328 ? ? ? F . A 1 2329 ALA 2329 ? ? ? F . A 1 2330 ASN 2330 ? ? ? F . A 1 2331 PHE 2331 ? ? ? F . A 1 2332 LYS 2332 ? ? ? F . A 1 2333 TRP 2333 ? ? ? F . A 1 2334 TRP 2334 ? ? ? F . A 1 2335 TRP 2335 ? ? ? F . A 1 2336 SER 2336 ? ? ? F . A 1 2337 PHE 2337 ? ? ? F . A 1 2338 HIS 2338 ? ? ? F . A 1 2339 ASN 2339 ? ? ? F . A 1 2340 LEU 2340 ? ? ? F . A 1 2341 LYS 2341 ? ? ? F . A 1 2342 ALA 2342 ? ? ? F . A 1 2343 SER 2343 ? ? ? F . A 1 2344 GLU 2344 ? ? ? F . A 1 2345 ASN 2345 ? ? ? F . A 1 2346 ILE 2346 ? ? ? F . A 1 2347 SER 2347 ? ? ? F . A 1 2348 ALA 2348 ? ? ? F . A 1 2349 CYS 2349 ? ? ? F . A 1 2350 GLU 2350 ? ? ? F . A 1 2351 GLY 2351 ? ? ? F . A 1 2352 MET 2352 ? ? ? F . A 1 2353 ASP 2353 ? ? ? F . A 1 2354 GLY 2354 ? ? ? F . A 1 2355 PRO 2355 ? ? ? F . A 1 2356 VAL 2356 ? ? ? F . A 1 2357 ALA 2357 ? ? ? F . A 1 2358 ILE 2358 ? ? ? F . A 1 2359 ILE 2359 ? ? ? F . A 1 2360 MET 2360 ? ? ? F . A 1 2361 SER 2361 ? ? ? F . A 1 2362 GLU 2362 ? ? ? F . A 1 2363 GLU 2363 ? ? ? F . A 1 2364 THR 2364 ? ? ? F . A 1 2365 PRO 2365 ? ? ? F . A 1 2366 PRO 2366 ? ? ? F . A 1 2367 GLN 2367 ? ? ? F . A 1 2368 GLY 2368 ? ? ? F . A 1 2369 PHE 2369 ? ? ? F . A 1 2370 LEU 2370 ? ? ? F . A 1 2371 GLY 2371 ? ? ? F . A 1 2372 ASP 2372 ? ? ? F . A 1 2373 THR 2373 ? ? ? F . A 1 2374 LEU 2374 ? ? ? F . A 1 2375 SER 2375 ? ? ? F . A 1 2376 LYS 2376 ? ? ? F . A 1 2377 PHE 2377 ? ? ? F . A 1 2378 SER 2378 ? ? ? F . A 1 2379 ILE 2379 ? ? ? F . A 1 2380 TRP 2380 ? ? ? F . A 1 2381 GLY 2381 ? ? ? F . A 1 2382 LEU 2382 ? ? ? F . A 1 2383 TYR 2383 ? ? ? F . A 1 2384 ILE 2384 ? ? ? F . A 1 2385 THR 2385 ? ? ? F . A 1 2386 PHE 2386 ? ? ? F . A 1 2387 VAL 2387 ? ? ? F . A 1 2388 LEU 2388 ? ? ? F . A 1 2389 ALA 2389 ? ? ? F . A 1 2390 VAL 2390 ? ? ? F . A 1 2391 GLY 2391 ? ? ? F . A 1 2392 ARG 2392 ? ? ? F . A 1 2393 PHE 2393 ? ? ? F . A 1 2394 ILE 2394 ? ? ? F . A 1 2395 ARG 2395 ? ? ? F . A 1 2396 LEU 2396 ? ? ? F . A 1 2397 GLN 2397 ? ? ? F . A 1 2398 CYS 2398 ? ? ? F . A 1 2399 SER 2399 ? ? ? F . A 1 2400 ASP 2400 ? ? ? F . A 1 2401 LEU 2401 ? ? ? F . A 1 2402 ARG 2402 ? ? ? F . A 1 2403 MET 2403 ? ? ? F . A 1 2404 ARG 2404 ? ? ? F . A 1 2405 ILE 2405 ? ? ? F . A 1 2406 PRO 2406 ? ? ? F . A 1 2407 TYR 2407 ? ? ? F . A 1 2408 GLU 2408 ? ? ? F . A 1 2409 ASN 2409 ? ? ? F . A 1 2410 LEU 2410 ? ? ? F . A 1 2411 PRO 2411 ? ? ? F . A 1 2412 SER 2412 ? ? ? F . A 1 2413 CYS 2413 ? ? ? F . A 1 2414 ASP 2414 ? ? ? F . A 1 2415 ARG 2415 ? ? ? F . A 1 2416 LEU 2416 ? ? ? F . A 1 2417 ILE 2417 ? ? ? F . A 1 2418 ALA 2418 ? ? ? F . A 1 2419 ILE 2419 ? ? ? F . A 1 2420 CYS 2420 ? ? ? F . A 1 2421 GLU 2421 ? ? ? F . A 1 2422 ASP 2422 ? ? ? F . A 1 2423 LEU 2423 ? ? ? F . A 1 2424 TYR 2424 ? ? ? F . A 1 2425 ALA 2425 ? ? ? F . A 1 2426 ALA 2426 ? ? ? F . A 1 2427 ARG 2427 ? ? ? F . A 1 2428 ALA 2428 ? ? ? F . A 1 2429 GLU 2429 ? ? ? F . A 1 2430 GLY 2430 ? ? ? F . A 1 2431 GLU 2431 ? ? ? F . A 1 2432 LEU 2432 ? ? ? F . A 1 2433 GLY 2433 ? ? ? F . A 1 2434 VAL 2434 ? ? ? F . A 1 2435 GLU 2435 ? ? ? F . A 1 2436 GLU 2436 ? ? ? F . A 1 2437 VAL 2437 ? ? ? F . A 1 2438 LEU 2438 ? ? ? F . A 1 2439 TYR 2439 ? ? ? F . A 1 2440 TRP 2440 ? ? ? F . A 1 2441 THR 2441 ? ? ? F . A 1 2442 LEU 2442 ? ? ? F . A 1 2443 VAL 2443 ? ? ? F . A 1 2444 LYS 2444 ? ? ? F . A 1 2445 ILE 2445 ? ? ? F . A 1 2446 TYR 2446 ? ? ? F . A 1 2447 ARG 2447 ? ? ? F . A 1 2448 SER 2448 ? ? ? F . A 1 2449 PRO 2449 ? ? ? F . A 1 2450 HIS 2450 ? ? ? F . A 1 2451 MET 2451 ? ? ? F . A 1 2452 LEU 2452 ? ? ? F . A 1 2453 LEU 2453 ? ? ? F . A 1 2454 GLU 2454 ? ? ? F . A 1 2455 TYR 2455 ? ? ? F . A 1 2456 THR 2456 ? ? ? F . A 1 2457 LYS 2457 ? ? ? F . A 1 2458 LEU 2458 ? ? ? F . A 1 2459 ASP 2459 ? ? ? F . A 1 2460 TYR 2460 ? ? ? F . A 1 2461 ASP 2461 ? ? ? F . A 1 2462 ALA 2462 ? ? ? F . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Clathrin light chain B {PDB ID=6wcj, label_asym_id=F, auth_asym_id=F, SMTL ID=6wcj.1.F}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6wcj, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A F 2 1 F # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MADDFGFFSSSESGAPEAAEEDPAAAFLAQQESEIAGIENDEGFGAPAGSQGGLAQPGPASGASEDMGAT VNGDVFQEANGPADGYAAIAQADRLTQEPESIRKWREEQRKRLQELDAASKVMEQEWREKAKKDLEEWNQ RQSEQVEKNKINNRIADKAFYQQPDADIIGYVASEEAFVKESKEETPGTEWEKVAQLCDFNPKSSKQCKD VSRLRSVLMSLKQTPLSR ; ;MADDFGFFSSSESGAPEAAEEDPAAAFLAQQESEIAGIENDEGFGAPAGSQGGLAQPGPASGASEDMGAT VNGDVFQEANGPADGYAAIAQADRLTQEPESIRKWREEQRKRLQELDAASKVMEQEWREKAKKDLEEWNQ RQSEQVEKNKINNRIADKAFYQQPDADIIGYVASEEAFVKESKEETPGTEWEKVAQLCDFNPKSSKQCKD VSRLRSVLMSLKQTPLSR ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 100 141 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6wcj 2024-03-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2462 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2463 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 74.000 19.512 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MASFLVGFLLPSLLLAAALINWSVISFLDLIAFLLVHYIAPEIGYRFQRRHWLLWPIFIFSFAVFLAQVVYLVIWAALGQDWDTPDTGWMRVIGFMILKSWRNPTVMYFLALQLLTSLVALADIYSSRFGFARWRDTWWSHFSGIFEHLGSHLRVASCLLLPAVQLAVGICNPSWVSLPFFIGSCAGLVDWSLTSNVSGLFRWWRVLYIYAGFNIVLLYLYQLPINFSDMIRWIASFIGLFRISLETEGPDICSGLFLVLFYIMLSYVRSDLEDMDFIMSTSENNLAERLLPPKYSFFIRESRAGVRHTNVLLRGAVFKTFSINFFTYGFPVSLFALSFWSFHFASLCAFGLLAYVGYIIYAFPSLFQLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFSFLNTKVGKFGLGMLVALGNLVNNSVFLYLSEESSRSSNERSYVEADEETKVLVVATIAWGLRKCSRAIMLALIFLIAMKPGFFHAVYVIFFLMYLLSHNINRKIRKSLILLCEVHFALLYILEIDLVSNSLKQEGSASREVLFQLGLLRSESSWDFLEIALLACFCAIHNHGFEVLFSFSAIVRHTPSPPIGFSILKAGLNKSVLLSVYSSPSSSYSQDNTTYERHIASFLSAIGQKFLSMYRSCGTYIAFITILISVYLVKPNYVSFGYIFLLLLWITGRQLFEETKRRLWFPLKAYAVLVFMFIYCLSSFVSLQLWLSGFIDLYFYLGYNSKAPLLDNVWESLAVLIVMQLYSYERRQSGHYIPGQSSLLHPGVFGFFERFLAWHGQKILFAALFYASLSPISVFGFVYLLGLVICTTFPKSSSIPSKSFLIYTGFLVSAEYLFQLWGMQAQMFPGQKYAELSFYLGLRVYEPGFWGIESGLRGKVLVVAACTLQYNVFRWLERTSGLTVIKGKYEEPCPLFVSAEDTTASVSSSNGENPSSTDHASISMKQGEATSNSWPFFSPRGNQGAGFLHPKTGGSESGSSRKFSFGHFWGSIKESHRWNRRRILALKKERFETQKNLLKIYLKFWIENMFNLYGLEINMIALLLASFALLNAISMVYIALLAACVLLRRRVIQKLWPVVVFLFASILAIEYVATWNSFLPSDQAPSETSVHCHDCWSIAALYFKFCRECWLGVRVDDPRTLISYFVVFMLACFKLRADHISSFSESSTYHQMKSQRKNSFVWRDLSFETKSMWTVLDYLRLYCYVHLLDVVLILILITGTLEYDILHLGYLAFALVFARMRLEILKKKNKIFRFLRVYNFVLIIFSLAYQSPFVGNFNDGKCETVDYIYEVIGFYKYDYGFRITARSALVEIIIFMLVSLQSYMFSSQEFDYVSRYLEAEQIGAIVREQEKKAARKTEQLQQIRE-AEEKKRQRNLQVEKMKSEMLNLRVQLHRMNSDSNFGVASPRTEGLRRRKSPYLIPDSGAASPEIDGVVHRKEEQPIDEDSQYPFEAHEFPVSTTPEALDSPEYSFGASPCEITEVQQDLDVMSMERERKQKSEGKENPLISAVQLIGDGVSQVQFIGNQAVNNLVNFLNISPENSDTNEQSSVDDEVYDEMESQKRKHTPFERSTSLQSDRSSDGTSFQIGRIFRHIWSRMQSNNDIVCYCCFIIAFLWNFSLLSMVYLAALFLYALCVHTGPTHIFWVIMLMYTEIYILLQYLYQIIIQHCGLSIDAPLLHELGFPTQRIKSSFVVSSLPLFLIYIFTLIQSSITVKDGDWVPSADFTSRRNARGSQKDLTRIRLSQRILDVFKKLRDSAKLVIRSIYRYWISLTRGAESPPYFVQVTMDVHMWPEDGIQPERVECRMNQLLRLVHNERCEKGNPDLCPYSSRVHVQSIERSTETPNEALVVLEVEYASPTNGCSSAEWYKSLTPASDVAKEIRKAQHSGLGEGTGFPYPILSVIGGGKRDTDLYAYIFGADLIVFFLVAIFYQSVIKNKSEFIDVYQLEDQFPFDFVIILMVIFFLIVVDRVIYLCSFATGKVVYYLFSLILFTYAVTEYAWSIYPTQQHAAGLALRIIFLAKAMSLALQAIQIRYGLPHKSTLYRQFLTSEVSRINYYGYRLYRALPFLYELRCVLDWSCTATSLTMYDWLKLEDVNASLYLVKCDTVLNRATHKHGEKQTKMTKCCNGICLFFILLCVIWAPMLMYSSGNPTNIANPIKDASVQIDLKTVGGKLTLYQTTLCERISGDNIDLGLDLGSQSFLPTYNKNDIQLICCQADASVLWLVPDTVVTRFIQSLDWDTDMDITFTWVLNRDRPKGKETVKYERSVDPLDLPKRSDIQMVLNGSMDGFRVHNLYPKFFRVTGSGDVRSFEDQTDEVSADILINHANFKWWWSFHNLKASENISACEGMDGPVAIIMSEETPPQGFLGDTLSKFSIWGLYITFVLAVGRFIRLQCSDLRMRIPYENLPSCDRLIAICEDLYAARAEGELGVEEVLYWTLVKIYRSPHMLLEYTKLDYDA 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ESIRKWREEQRKRLQELDAASKVMEQEWREKAKKDLEEWNQR------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6wcj.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A -115.083 20.088 -7.258 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 41 O O . ARG 1358 1358 ? A -114.161 19.511 -6.689 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 42 C CB . ARG 1358 1358 ? A -116.890 18.803 -8.366 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 43 C CG . ARG 1358 1358 ? A -118.175 17.964 -8.240 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 44 C CD . ARG 1358 1358 ? A -118.537 17.295 -9.564 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 45 N NE . ARG 1358 1358 ? A -119.835 16.571 -9.362 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 46 C CZ . ARG 1358 1358 ? A -120.510 15.968 -10.350 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 47 N NH1 . ARG 1358 1358 ? A -120.064 15.998 -11.602 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 48 N NH2 . ARG 1358 1358 ? A -121.613 15.276 -10.080 1 1 F ARG 0.680 1 ATOM 49 N N . LYS 1359 1359 ? A -114.836 21.175 -8.020 1 1 F LYS 0.730 1 ATOM 50 C CA . LYS 1359 1359 ? A -113.516 21.785 -8.110 1 1 F LYS 0.730 1 ATOM 51 C C . LYS 1359 1359 ? A -113.008 22.303 -6.769 1 1 F LYS 0.730 1 ATOM 52 O O . LYS 1359 1359 ? A -111.869 22.043 -6.394 1 1 F LYS 0.730 1 ATOM 53 C CB . LYS 1359 1359 ? 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A -68.353 5.877 15.669 1 1 F GLN 0.290 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.668 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 1353 GLU 1 0.340 2 1 A 1354 LYS 1 0.450 3 1 A 1355 LYS 1 0.650 4 1 A 1356 ALA 1 0.730 5 1 A 1357 ALA 1 0.750 6 1 A 1358 ARG 1 0.680 7 1 A 1359 LYS 1 0.730 8 1 A 1360 THR 1 0.740 9 1 A 1361 GLU 1 0.740 10 1 A 1362 GLN 1 0.740 11 1 A 1363 LEU 1 0.710 12 1 A 1364 GLN 1 0.700 13 1 A 1365 GLN 1 0.670 14 1 A 1366 ILE 1 0.630 15 1 A 1367 ARG 1 0.590 16 1 A 1368 GLU 1 0.620 17 1 A 1369 ALA 1 0.690 18 1 A 1370 GLU 1 0.650 19 1 A 1371 GLU 1 0.680 20 1 A 1372 LYS 1 0.690 21 1 A 1373 LYS 1 0.710 22 1 A 1374 ARG 1 0.700 23 1 A 1375 GLN 1 0.750 24 1 A 1376 ARG 1 0.700 25 1 A 1377 ASN 1 0.760 26 1 A 1378 LEU 1 0.760 27 1 A 1379 GLN 1 0.760 28 1 A 1380 VAL 1 0.780 29 1 A 1381 GLU 1 0.750 30 1 A 1382 LYS 1 0.740 31 1 A 1383 MET 1 0.710 32 1 A 1384 LYS 1 0.720 33 1 A 1385 SER 1 0.740 34 1 A 1386 GLU 1 0.700 35 1 A 1387 MET 1 0.670 36 1 A 1388 LEU 1 0.660 37 1 A 1389 ASN 1 0.650 38 1 A 1390 LEU 1 0.640 39 1 A 1391 ARG 1 0.610 40 1 A 1392 VAL 1 0.390 41 1 A 1393 GLN 1 0.290 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #