data_SMR-7d853ea183dcea9d9a20a6bea0b908c7_8 _entry.id SMR-7d853ea183dcea9d9a20a6bea0b908c7_8 _struct.entry_id SMR-7d853ea183dcea9d9a20a6bea0b908c7_8 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q96L91 (isoform 2)/ EP400_HUMAN, E1A-binding protein p400 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q96L91 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 396297.544 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP EP400_HUMAN Q96L91 1 ;MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQLMNRSPATGQ NVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSYIQVTSPLSQQVQTQSPTQPS PGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQISLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQ HPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQSPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQ QVLQGPPLPRPLGFERTPGVLLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKK LEEIPPASPEMAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQ NDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEQALAGSLVAGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQSKRPRLEVGHQ GVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAAQLAGQRQSQQQYDPSTGPPVQNAASLHTPLPQLPGRL PPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPVKTQQPNVPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKV QVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPRPLPTSSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPVNRPSSATNKALSP VTSRTPGVVASAPTKPQSPAQNATSSQDSSQDTLTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPR PKSHWDYLLEEMQWMATDFAQERRWKVAAAKKLVRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTAREI ECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKRKKALNLQKVSRRGKELRPKGFDALQESSLDSGMSGRKRKASISLTDD EVDDEEETIEEEEANEGVVDHQTELSNLAKEAELPLLDLMKLYEGAFLPSSQWPRPKPDGEDTSGEEDAD DCPGDRESRKDLVLIDSLFIMDQFKAAERMNIGKPNAKDIADVTAVAEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLL YGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILADEAGLGKTVQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWEL ELKRWCPGLKILSYIGSHRELKAKRQEWAEPNSFHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGM TERHWEAVFTLQSQQRLLLIDSPLHNTFLELWTMVHFLVPGISRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRLH RVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCRLSNRQKALYEDVILQPGTQEALKSGHFVNVLSILVRLQRI CNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKALERDFWKEADLSMFDLIGLENKITRHEAELLSKKKIPR KLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYGQKPEGRTVAFPSTHPPRTAAPTTASAAPQGPLRGRPP IATFSANPEAKAAAAPFQTSQASASAPRHQPASASSTAASPAHPAKLRAQTTAQASTPGQPPPQPQAPSH AAGQSALPQRLVLPSQAQARLPSGEVVKIAQLASITGPQSRVAQPETPVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTA GQPLQLQGSVLQIVSAPGQPYLRAPGPVVMQTVSQAGAVHGALGSKPPAGGPSPAPLTPQVGVPGRVAVN ALAVGEPGTASKPASPIGGPTQEEKTRLLKERLDQIYLVNERRCSQAPVYGRDLLRICALPSHGRVQWRG SLDGRRGKEAGPAHSYTSSSESPSELMLTLCRCGESLQDVIDRVAFVIPPVVAAPPSLRVPRPPPLYSHR MRILRQGLREHAAPYFQQLRQTTAPRLLQFPELRLVQFDSGKLEALAILLQKLKSEGRRVLILSQMILML DILEMFLNFHYLTYVRIDENASSEQRQELMRSFNRDRRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNP VMDAKAQEWCDRIGRCKDIHIYRLVSGNSIEEKLLKNGTKDLIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVY SPMDDAGFPVKAEEFVVLSQEPSVTETIAPKIARPFIEALKSIEYLEEDAQKSAQEGVLGPHTDALSSDS ENMPCDEEPSQLEELADFMEQLTPIEKYALNYLELFHTSIEQEKERNSEDAVMTAVRAWEFWNLKTLQER EARLRLEQEEAELLTYTREDAYSMEYVYEDVDGQTEVMPLWTPPTPPQDDSDIYLDSVMCLMYEATPIPE AKLPPVYVRKERKRHKTDPSAAGRKKKQRHGEAVVPPRSLFDRATPGLLKIRREGKEQKKNILLKQQVPF AKPLPTFAKPTAEPGQDNPEWLISEDWALLQAVKQLLELPLNLTIVSPAHTPNWDLVSDVVNSCSRIYRS SKQCRNRYENVIIPREEGKSKNNRPLRTSQIYAQDENATHTQLYTSHFDLMKMTAGKRSPPIKPLLGMNP FQKNPKHASVLAESGINYDKPLPPIQVASLRAERIAKEKKALADQQKAQQPAVAQPPPPQPQPPPPPQQP PPPLPQPQAAGSQPPAGPPAVQPQPQPQPQTQPQPVQAPAKAQPAITTGGSAAVLAGTIKTSVTGTSMPT GAVSGNVIVNTIAGVPAATFQSINKRLASPVAPGALTTPGGSAPAQVVHTQPPPRAVGSPATATPDLVSM ATTQGVRAVTSVTASAVVTTNLTPVQTPARSLVPQVSQATGVQLPGKTITPAHFQLLRQQQQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQQQQQQQQTTTTSQVQVPQIQGQAQSPAQIKAVGKLTPEHLIKMQKQKLQMPPQPPPPQAQ SAPPQPTAQVQVQTSQPPQQQSPQLTTVTAPRPGALLTGTTVANLQVARLTRVPTSQLQAQGQMQTQAPQ PAQVALAKPPVVSVPAAVVSSPGVTTLPMNVAGISVAIGQPQKAAGQTVVAQPVHMQQLLKLKQQAVQQQ KAIQPQAAQGPAAVQQKITAQQITTPGAQQKVAYAAQPALKTQFLTTPISQAQKLAGAQQVQTQIQVAKL PQVVQQQTPVASIQQVASASQQASPQTVALTQATAAGQQVQMIPAVTATAQVVQQKLIQQQVVTTASAPL QTPGAPNPAQVPASSDSPSQQPKLQMRVPAVRLKTPTKPPCQ ; 'E1A-binding protein p400' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 3122 1 3122 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . EP400_HUMAN Q96L91 Q96L91-2 1 3122 9606 'Homo sapiens (Human)' 2011-01-11 0F04797ACF402088 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no R ;MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQLMNRSPATGQ NVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSYIQVTSPLSQQVQTQSPTQPS PGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQISLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQ HPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQSPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQ QVLQGPPLPRPLGFERTPGVLLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKK LEEIPPASPEMAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQ NDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEQALAGSLVAGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQSKRPRLEVGHQ GVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAAQLAGQRQSQQQYDPSTGPPVQNAASLHTPLPQLPGRL PPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPVKTQQPNVPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKV 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A 1 2977 GLN 2977 ? ? ? R . A 1 2978 PRO 2978 ? ? ? R . A 1 2979 ALA 2979 ? ? ? R . A 1 2980 LEU 2980 ? ? ? R . A 1 2981 LYS 2981 ? ? ? R . A 1 2982 THR 2982 ? ? ? R . A 1 2983 GLN 2983 ? ? ? R . A 1 2984 PHE 2984 ? ? ? R . A 1 2985 LEU 2985 ? ? ? R . A 1 2986 THR 2986 ? ? ? R . A 1 2987 THR 2987 ? ? ? R . A 1 2988 PRO 2988 ? ? ? R . A 1 2989 ILE 2989 ? ? ? R . A 1 2990 SER 2990 ? ? ? R . A 1 2991 GLN 2991 ? ? ? R . A 1 2992 ALA 2992 ? ? ? R . A 1 2993 GLN 2993 ? ? ? R . A 1 2994 LYS 2994 ? ? ? R . A 1 2995 LEU 2995 ? ? ? R . A 1 2996 ALA 2996 ? ? ? R . A 1 2997 GLY 2997 ? ? ? R . A 1 2998 ALA 2998 ? ? ? R . A 1 2999 GLN 2999 ? ? ? R . A 1 3000 GLN 3000 ? ? ? R . A 1 3001 VAL 3001 ? ? ? R . A 1 3002 GLN 3002 ? ? ? R . A 1 3003 THR 3003 ? ? ? R . A 1 3004 GLN 3004 ? ? ? R . A 1 3005 ILE 3005 ? ? ? R . A 1 3006 GLN 3006 ? ? ? R . A 1 3007 VAL 3007 ? ? ? R . A 1 3008 ALA 3008 ? ? ? R . A 1 3009 LYS 3009 ? ? ? R . A 1 3010 LEU 3010 ? ? ? R . A 1 3011 PRO 3011 ? ? ? R . A 1 3012 GLN 3012 ? ? ? R . A 1 3013 VAL 3013 ? ? ? R . A 1 3014 VAL 3014 ? ? ? R . A 1 3015 GLN 3015 ? ? ? R . A 1 3016 GLN 3016 ? ? ? R . A 1 3017 GLN 3017 ? ? ? R . A 1 3018 THR 3018 ? ? ? R . A 1 3019 PRO 3019 ? ? ? R . A 1 3020 VAL 3020 ? ? ? R . A 1 3021 ALA 3021 ? ? ? R . A 1 3022 SER 3022 ? ? ? R . A 1 3023 ILE 3023 ? ? ? R . A 1 3024 GLN 3024 ? ? ? R . A 1 3025 GLN 3025 ? ? ? R . A 1 3026 VAL 3026 ? ? ? R . A 1 3027 ALA 3027 ? ? ? R . A 1 3028 SER 3028 ? ? ? R . A 1 3029 ALA 3029 ? ? ? R . A 1 3030 SER 3030 ? ? ? R . A 1 3031 GLN 3031 ? ? ? R . A 1 3032 GLN 3032 ? ? ? R . A 1 3033 ALA 3033 ? ? ? R . A 1 3034 SER 3034 ? ? ? R . A 1 3035 PRO 3035 ? ? ? R . A 1 3036 GLN 3036 ? ? ? R . A 1 3037 THR 3037 ? ? ? R . A 1 3038 VAL 3038 ? ? ? R . A 1 3039 ALA 3039 ? ? ? R . A 1 3040 LEU 3040 ? ? ? R . A 1 3041 THR 3041 ? ? ? R . A 1 3042 GLN 3042 ? ? ? R . A 1 3043 ALA 3043 ? ? ? R . A 1 3044 THR 3044 ? ? ? R . A 1 3045 ALA 3045 ? ? ? R . A 1 3046 ALA 3046 ? ? ? R . A 1 3047 GLY 3047 ? ? ? R . A 1 3048 GLN 3048 ? ? ? R . A 1 3049 GLN 3049 ? ? ? R . A 1 3050 VAL 3050 ? ? ? R . A 1 3051 GLN 3051 ? ? ? R . A 1 3052 MET 3052 ? ? ? R . A 1 3053 ILE 3053 ? ? ? R . A 1 3054 PRO 3054 ? ? ? R . A 1 3055 ALA 3055 ? ? ? R . A 1 3056 VAL 3056 ? ? ? R . A 1 3057 THR 3057 ? ? ? R . A 1 3058 ALA 3058 ? ? ? R . A 1 3059 THR 3059 ? ? ? R . A 1 3060 ALA 3060 ? ? ? R . A 1 3061 GLN 3061 ? ? ? R . A 1 3062 VAL 3062 ? ? ? R . A 1 3063 VAL 3063 ? ? ? R . A 1 3064 GLN 3064 ? ? ? R . A 1 3065 GLN 3065 ? ? ? R . A 1 3066 LYS 3066 ? ? ? R . A 1 3067 LEU 3067 ? ? ? R . A 1 3068 ILE 3068 ? ? ? R . A 1 3069 GLN 3069 ? ? ? R . A 1 3070 GLN 3070 ? ? ? R . A 1 3071 GLN 3071 ? ? ? R . A 1 3072 VAL 3072 ? ? ? R . A 1 3073 VAL 3073 ? ? ? R . A 1 3074 THR 3074 ? ? ? R . A 1 3075 THR 3075 ? ? ? R . A 1 3076 ALA 3076 ? ? ? R . A 1 3077 SER 3077 ? ? ? R . A 1 3078 ALA 3078 ? ? ? R . A 1 3079 PRO 3079 ? ? ? R . A 1 3080 LEU 3080 ? ? ? R . A 1 3081 GLN 3081 ? ? ? R . A 1 3082 THR 3082 ? ? ? R . A 1 3083 PRO 3083 ? ? ? R . A 1 3084 GLY 3084 ? ? ? R . A 1 3085 ALA 3085 ? ? ? R . A 1 3086 PRO 3086 ? ? ? R . A 1 3087 ASN 3087 ? ? ? R . A 1 3088 PRO 3088 ? ? ? R . A 1 3089 ALA 3089 ? ? ? R . A 1 3090 GLN 3090 ? ? ? R . A 1 3091 VAL 3091 ? ? ? R . A 1 3092 PRO 3092 ? ? ? R . A 1 3093 ALA 3093 ? ? ? R . A 1 3094 SER 3094 ? ? ? R . A 1 3095 SER 3095 ? ? ? R . A 1 3096 ASP 3096 ? ? ? R . A 1 3097 SER 3097 ? ? ? R . A 1 3098 PRO 3098 ? ? ? R . A 1 3099 SER 3099 ? ? ? R . A 1 3100 GLN 3100 ? ? ? R . A 1 3101 GLN 3101 ? ? ? R . A 1 3102 PRO 3102 ? ? ? R . A 1 3103 LYS 3103 ? ? ? R . A 1 3104 LEU 3104 ? ? ? R . A 1 3105 GLN 3105 ? ? ? R . A 1 3106 MET 3106 ? ? ? R . A 1 3107 ARG 3107 ? ? ? R . A 1 3108 VAL 3108 ? ? ? R . A 1 3109 PRO 3109 ? ? ? R . A 1 3110 ALA 3110 ? ? ? R . A 1 3111 VAL 3111 ? ? ? R . A 1 3112 ARG 3112 ? ? ? R . A 1 3113 LEU 3113 ? ? ? R . A 1 3114 LYS 3114 ? ? ? R . A 1 3115 THR 3115 ? ? ? R . A 1 3116 PRO 3116 ? ? ? R . A 1 3117 THR 3117 ? ? ? R . A 1 3118 LYS 3118 ? ? ? R . A 1 3119 PRO 3119 ? ? ? R . A 1 3120 PRO 3120 ? ? ? R . A 1 3121 CYS 3121 ? ? ? R . A 1 3122 GLN 3122 ? ? ? R . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein {PDB ID=5jxt, label_asym_id=R, auth_asym_id=D, SMTL ID=5jxt.1.R}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5jxt, label_asym_id=R' 'target-template alignment' . 4 'model 8' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A R 1 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;EKSLLPKKEINVYIGMSEMQVKWYQKILEKDIDAVNGAGGKRESKTRLLNIVMQLRKCCNHPYLFEGAEP GPPYTTDEHLIYNAGKMVVLDKLLKRIQKQGSRVLIFSQMSRLLDILEDYCVFRGYKYCRIDGSTAHEDR IAAIDEYNKPGSDKFIFLLTTRAGGLGINLTTADIVILYDSDWNPQADLQAMDRAHRIGQTKQVVVYRFV TDNAIEEKVLERAAQKLRLDQLVIQQGRAQVAAKAAANKDELLSMIQHGAEKVFQTKGAFGTMAEKGSQL DDDDIDAILQAGETRTKELNARYEKLGIDDLQKFTSESAYEWNGEDFAARKKDIGINWINPAKRERKEQ ; ;EKSLLPKKEINVYIGMSEMQVKWYQKILEKDIDAVNGAGGKRESKTRLLNIVMQLRKCCNHPYLFEGAEP GPPYTTDEHLIYNAGKMVVLDKLLKRIQKQGSRVLIFSQMSRLLDILEDYCVFRGYKYCRIDGSTAHEDR IAAIDEYNKPGSDKFIFLLTTRAGGLGINLTTADIVILYDSDWNPQADLQAMDRAHRIGQTKQVVVYRFV TDNAIEEKVLERAAQKLRLDQLVIQQGRAQVAAKAAANKDELLSMIQHGAEKVFQTKGAFGTMAEKGSQL DDDDIDAILQAGETRTKELNARYEKLGIDDLQKFTSESAYEWNGEDFAARKKDIGINWINPAKRERKEQ ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 237 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5jxt 2024-03-20 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 3122 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 3148 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 3.9e-32 31.250 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQLMNRSPATGQNVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSYIQVTSPLSQQVQTQSPTQPSPGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQISLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQHPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQSPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQQVLQGPPLPRPLGFERTPGVLLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKKLEEIPPASPEMAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQNDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEQALAGSLVAGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQSKRPRLEVGHQGVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAAQLAGQRQSQQQYDPSTGPPVQNAASLHTPLPQLPGRLPPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPVKTQQPNVPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKVQVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPRPLPTSSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPVNRPSSATNKALSPVTSRTPGVVASAPTKPQSPAQNATSSQDSSQDTLTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPRPKSHWDYLLEEMQWMATDFAQERRWKVAAAKKLVRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTAREIECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKRKKALNLQKVSRRGKELRPKGFDALQESSLDSGMSGRKRKASISLTDDEVDDEEETIEEEEANEGVVDHQTELSNLAKEAELPLLDLMKLYEGAFLPSSQWPRPKPDGEDTSGEEDADDCPGDRESRKDLVLIDSLFIMDQFKAAERMNIGKPNAKDIADVTAVAEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLLYGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILADEAGLGKTVQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWELELKRWCPGLKILSYIGSHRELKAKRQEWAEPNSFHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGMTERHWEAVFTLQSQQRLLLIDSPLHNTFLELWTMVHFLVPGISRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRLHRVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCRLSNRQKALYEDVILQPGTQEALKSGHFVNVLSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKALERDFWKEADLSMFDLIGLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYGQKPEGRTVAFPSTHPPRTAAPTTASAAPQGPLRGRPPIATFSANPEAKAAAAPFQTSQASASAPRHQPASASSTAASPAHPAKLRAQTTAQASTPGQPPPQPQAPSHAAGQSALPQRLVLPSQAQARLPSGEVVKIAQLASITGPQSRVAQPETPVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTAGQPLQLQGSVLQIVSAPGQPYLRAPGPVVMQTVSQAGAVHGALGSKPPAGGPSPAPLTPQVGVPGRVAVNALAVGEPGTASKPASPIGGPTQEEKTRLLKERLDQIYLVNERRCSQAPVYGRDLLRICALPSHGRVQWRGSLDGRRGKEAGPAHSYTSSSESPSELMLTLCRCGESLQDVIDRVAFVIPPVVAAPPSLRVPRPPPLYSHRMRILRQGLREHA----------------APYFQQLRQTTA-PRLLQFPEL-------RLVQFDSGKLEALAILLQKLKSEGRRVLILSQMILMLDILEMFLNFHYLTYVRIDENASSEQRQELMRSFNRD-RRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNPVMDAKAQEWCDRIGRCKDIHIYRLVSGNSIEEKLLKNGTKD-LIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVYSPMDDAGFPVKAEEFVVLSQEPSVTETIAPKIARPFIEALKSIEYLEEDAQKSAQEGVLGPHTDALSSDSENMPCDEEPSQLEELADFMEQLTPIEKYALNYLELFHTSIEQEKERNSEDAVMTAVRAWEFWNLKTLQEREARLRLEQEEAELLTYTREDAYSMEYVYEDVDGQTEVMPLWTPPTPPQDDSDIYLDSVMCLMYEATPIPEAKLPPVYVRKERKRHKTDPSAAGRKKKQRHGEAVVPPRSLFDRATPGLLKIRREGKEQKKNILLKQQVPFAKPLPTFAKPTAEPGQDNPEWLISEDWALLQAVKQLLELPLNLTIVSPAHTPNWDLVSDVVNSCSRIYRSSKQCRNRYENVIIPREEGKSKNNRPLRTSQIYAQDENATHTQLYTSHFDLMKMTAGKRSPPIKPLLGMNPFQKNPKHASVLAESGINYDKPLPPIQVASLRAERIAKEKKALADQQKAQQPAVAQPPPPQPQPPPPPQQPPPPLPQPQAAGSQPPAGPPAVQPQPQPQPQTQPQPVQAPAKAQPAITTGGSAAVLAGTIKTSVTGTSMPTGAVSGNVIVNTIAGVPAATFQSINKRLASPVAPGALTTPGGSAPAQVVHTQPPPRAVGSPATATPDLVSMATTQGVRAVTSVTASAVVTTNLTPVQTPARSLVPQVSQATGVQLPGKTITPAHFQLLRQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQTTTTSQVQVPQIQGQAQSPAQIKAVGKLTPEHLIKMQKQKLQMPPQPPPPQAQSAPPQPTAQVQVQTSQPPQQQSPQLTTVTAPRPGALLTGTTVANLQVARLTRVPTSQLQAQGQMQTQAPQPAQVALAKPPVVSVPAAVVSSPGVTTLPMNVAGISVAIGQPQKAAGQTVVAQPVHMQQLLKLKQQAVQQQKAIQPQAAQGPAAVQQKITAQQITTPGAQQKVAYAAQPALKTQFLTTPISQAQKLAGAQQVQTQIQVAKLPQVVQQQTPVASIQQVASASQQASPQTVALTQATAAGQQVQMIPAVTATAQVVQQKLIQQQVVTTASAPLQTPGAPNPAQVPASSDSPSQQPKLQMRVPAVRLKTPTKPPCQ 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LLPKKEINVYIGMSEMQVKWYQKILEKDIDAVNGAGGKRESKTRLLNIVMQLRKCCNHPYLFEGAEPGPPYTTDEHLIYNAGKMVVLDKLLKRIQKQGSRVLIFSQMSRLLDILEDYCVFRGYKYCRIDGSTAHEDRIAAIDEYNKPGSDKFIFLLTTRAGGLGINLTTADIVILYDSDWNPQADLQAMDRAHRIGQTKQVVVYRFVTDNAIEEKVLERAAQKLRLDQLVIQQG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.012}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5jxt.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 8' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id 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LEU 1808 1808 ? A 328.082 43.520 30.934 1 1 R LEU 0.620 1 ATOM 29 O O . LEU 1808 1808 ? A 327.634 42.487 30.438 1 1 R LEU 0.620 1 ATOM 30 C CB . LEU 1808 1808 ? A 329.058 44.470 28.826 1 1 R LEU 0.620 1 ATOM 31 C CG . LEU 1808 1808 ? A 327.798 45.278 28.434 1 1 R LEU 0.620 1 ATOM 32 C CD1 . LEU 1808 1808 ? A 327.816 46.715 28.975 1 1 R LEU 0.620 1 ATOM 33 C CD2 . LEU 1808 1808 ? A 327.614 45.300 26.910 1 1 R LEU 0.620 1 ATOM 34 N N . ARG 1809 1809 ? A 327.510 44.039 32.035 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 35 C CA . ARG 1809 1809 ? A 326.387 43.408 32.698 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 36 C C . ARG 1809 1809 ? A 325.086 44.115 32.359 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 37 O O . ARG 1809 1809 ? A 324.878 45.277 32.704 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 38 C CB . ARG 1809 1809 ? A 326.611 43.409 34.229 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 39 C CG . ARG 1809 1809 ? A 325.490 42.733 35.046 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 40 C CD . ARG 1809 1809 ? A 325.606 42.978 36.553 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 41 N NE . ARG 1809 1809 ? A 326.753 42.158 37.067 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 42 C CZ . ARG 1809 1809 ? A 327.286 42.301 38.289 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 43 N NH1 . ARG 1809 1809 ? A 326.771 43.145 39.179 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 44 N NH2 . ARG 1809 1809 ? A 328.359 41.596 38.631 1 1 R ARG 0.590 1 ATOM 45 N N . VAL 1810 1810 ? A 324.157 43.404 31.695 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 46 C CA . VAL 1810 1810 ? A 322.907 43.957 31.209 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 47 C C . VAL 1810 1810 ? A 321.756 43.220 31.887 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 48 O O . VAL 1810 1810 ? A 321.673 41.992 31.774 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 49 C CB . VAL 1810 1810 ? A 322.792 43.798 29.693 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 50 C CG1 . VAL 1810 1810 ? A 321.456 44.362 29.170 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 51 C CG2 . VAL 1810 1810 ? A 323.963 44.545 29.027 1 1 R VAL 0.670 1 ATOM 52 N N . PRO 1811 1811 ? A 320.827 43.844 32.612 1 1 R PRO 0.670 1 ATOM 53 C CA . PRO 1811 1811 ? A 319.562 43.203 32.917 1 1 R PRO 0.670 1 ATOM 54 C C . PRO 1811 1811 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.625 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 1804 ALA 1 0.340 2 1 A 1805 PRO 1 0.430 3 1 A 1806 PRO 1 0.470 4 1 A 1807 SER 1 0.630 5 1 A 1808 LEU 1 0.620 6 1 A 1809 ARG 1 0.590 7 1 A 1810 VAL 1 0.670 8 1 A 1811 PRO 1 0.670 9 1 A 1812 ARG 1 0.550 10 1 A 1813 PRO 1 0.610 11 1 A 1814 PRO 1 0.610 12 1 A 1815 PRO 1 0.610 13 1 A 1816 LEU 1 0.560 14 1 A 1817 TYR 1 0.560 15 1 A 1818 SER 1 0.650 16 1 A 1819 HIS 1 0.590 17 1 A 1820 ARG 1 0.620 18 1 A 1821 MET 1 0.660 19 1 A 1822 ARG 1 0.610 20 1 A 1823 ILE 1 0.650 21 1 A 1824 LEU 1 0.660 22 1 A 1825 ARG 1 0.590 23 1 A 1826 GLN 1 0.620 24 1 A 1827 GLY 1 0.610 25 1 A 1828 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #