data_SMR-2eeeee1edc952ac97a1ac1f9bbc6a25a_8 _entry.id SMR-2eeeee1edc952ac97a1ac1f9bbc6a25a_8 _struct.entry_id SMR-2eeeee1edc952ac97a1ac1f9bbc6a25a_8 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q32ZE1/ POLG_ZIKV, Genome polyprotein Estimated model accuracy of this model is 0.435, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q32ZE1' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 440798.438 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP POLG_ZIKV Q32ZE1 1 ;MKNPKEEIRRIRIVNMLKRGVARVNPLGGLKRLPAGLLLGHGPIRMVLAILAFLRFTAIKPSLGLINRWG SVGKKEAMEIIKKFKKDLAAMLRIINARKERKRRGADTSIGIIGLLLTTAMAAEITRRGSAYYMYLDRSD AGKAISFATTLGVNKCHVQIMDLGHMCDATMSYECPMLDEGVEPDDVDCWCNTTSTWVVYGTCHHKKGEA RRSRRAVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIKVENWIFRNPGFALVAVAIAWLLGSSTSQKVIYLV MILLIAPAYSIRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYC YEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFTCSKKMTGKSI QPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIGYETDEDRAKVEVTPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYL TMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALE AEMDGAKGRLFSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKVPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKIPVQ MAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGDKKITHHWHRSGSTIGKAFEAT VRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGVFNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLVWLGLNTKNGSI SLTCLALGGVMIFLSTAVSADVGCSVDFSKKETRCGTGVFIYNDVEAWRDRYKYHPDSPRRLAAAVKQAW EEGICGISSVSRMENIMWKSVEGELNAILEENGVQLTVVVGSVKNPMWRGPQRLPVPVNELPHGWKAWGK SYFVRAAKTNNSFVVDGDTLKECPLEHRAWNSFLVEDHGFGVFHTSVWLKVREDYSLECDPAVIGTAVKG REAAHSDLGYWIESEKNDTWRLKRAHLIEMKTCEWPKSHTLWTDGVEESDLIIPKSLAGPLSHHNTREGY RTQVKGPWHSEELEIRFEECPGTKVYVEETCGTRGPSLRSTTASGRVIEEWCCRECTMPPLSFRAKDGCW YGMEIRPRKEPESNLVRSMVTAGSTDHMDHFSLGVLVILLMVQEGLKKRMTTKIIMSTSMAVLVVMILGG FSMSDLAKLVILMGATFAEMNTGGDVAHLALVAAFKVRPALLVSFIFRANWTPRESMLLALASCLLQTAI SALEGDLMVLINGFALAWLAIRAMAVPRTDNIALPILAALTPLARGTLLVAWRAGLATCGGIMLLSLKGK GSVKKNLPFVMALGLTAVRVVDPINVVGLLLLTRSGKRSWPPSEVLTAVGLICALAGGFAKADIEMAGPM AAVGLLIVSYVVSGKSVDMYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLVEEDGPPMREIILKVV LMAICGMNPIAIPFAAGAWYVYVKTGKRSGALWDVPAPKEVKKGETTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQ EGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERARNIQTL PGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKREEETPVECFEPS MLKKKQLTVLDLHPGAGKTRRVLPEIVREAIKKRLRTVILAPTRVVAAEMEEALRGLPVRYMTTAVNVTH SGTEIVDLMCHATFTSRLLQPIRVPNYNLNIMDEAHFTDPSSIAARGYISTRVEMGEAAAIFMTATPPGT RDAFPDSNSPIMDTEVEVPERAWSSGFDWVTDHSGKTVWFVPSVRNGNEIAACLTKAGKRVIQLSRKTFE TEFQKTKNQEWDFVITTDISEMGANFKADRVIDSRRCLKPVILDGERVILAGPMPVTHASAAQRRGRIGR NPNKPGDEYMYGGGCAETDEGHAHWLEARMLLDNIYLQDGLIASLYRPEADKVAAIEGEFKLRTEQRKTF VELMKRGDLPVWLAYQVASAGITYTDRRWCFDGTTNNTIMEDSVPAEVWTKYGEKRVLKPRWMDARVCSD HAALKSFKEFAAGKRGAALGVMEALGTLPGHMTERFQEAIDNLAVLMRAETGSRPYKAAAAQLPETLETI MLLGLLGTVSLGIFFVLMRNKGIGKMGFGMVTLGASAWLMWLSEIEPARIACVLIVVFLLLVVLIPEPEK QRSPQDNQMAIIIMVAVGLLGLITANELGWLERTKNDIAHLMGRREEGATMGFSMDIDLRPASAWAIYAA LTTLITPAVQHAVTTSYNNYSLMAMATQAGVLFGMGKGMPFMHGDLGVPLLMMGCYSQLTPLTLIVAIIL LVAHYMYLIPGLQAAAARAAQKRTAAGIMKNPVVDGIVVTDIDTMTIDPQVEKKMGQVLLIAVAISSAVL LRTAWGWGEAGALITAATSTLWEGSPNKYWNSSTATSLCNIFRGSYLAGASLIYTVTRNAGLVKRRGGGT GETLGEKWKARLNQMSALEFYSYKKSGITEVCREEARRALKDGVATGGHAVSRGSAKIRWLEERGYLQPY GKVVDLGCGRGGWSYYAATIRKVQEVRGYTKGGPGHEEPMLVQSYGWNIVRLKSGVDVFHMAAEPCDTLL CDIGESSSSPEVEETRTLRVLSMVGDWLEKRPGAFCIKVLCPYTSTMMETMERLQRRHGGGLVRVPLCRN STHEMYWVSGAKSNIIKSVSTTSQLLLGRMDGPRRPVKYEEDVNLGSGTRAVASCAEAPNMKIIGRRIER IRNEHAETWFLDENHPYRTWAYHGSYEAPTQGSASSLVNGVVRLLSKPWDVVTGVTGIAMTDTTPYGQQR VFKEKVDTRVPDPQEGTRQVMNIVSSWLWKELGKRKRPRVCTKEEFINKVRSNAALGAIFEEEKEWKTAV EAVNDPRFWALVDREREHHLRGECHSCVYNMMGKREKKQGEFGKAKGSRAIWYMWLGARFLEFEALGFLN EDHWMGRENSGGGVEGLGLQRLGYILEEMNRAPGGKMYADDTAGWDTRISKFDLENEALITNQMEEGHRT LALAVIKYTYQNKVVKVLRPAEGGKTVMDIISRQDQRGSGQVVTYALNTFTNLVVQLIRNMEAEEVLEMQ DLWLLRKPEKVTRWLQSNGWDRLKRMAVSGDDCVVKPIDDRFAHALRFLNDMGKVRKDTQEWKPSTGWSN WEEVPFCSHHFNKLYLKDGRSIVVPCRHQDELIGRARVSPGAGWSIRETACLAKSYAQMWQLLYFHRRDL RLMANAICSAVPVDWVPTGRTTWSIHGKGEWMTTEDMLMVWNRVWIEENDHMEDKTPVTKWTDIPYLGKR EDLWCGSLIGHRPRTTWAENIKDTVNMVRRIIGDEEKYMDYLSTQVRYLGEEGSTPGVL ; 'Genome polyprotein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 3419 1 3419 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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A 1 3188 ILE 3188 ? ? ? H . A 1 3189 ASP 3189 ? ? ? H . A 1 3190 ASP 3190 ? ? ? H . A 1 3191 ARG 3191 ? ? ? H . A 1 3192 PHE 3192 ? ? ? H . A 1 3193 ALA 3193 ? ? ? H . A 1 3194 HIS 3194 ? ? ? H . A 1 3195 ALA 3195 ? ? ? H . A 1 3196 LEU 3196 ? ? ? H . A 1 3197 ARG 3197 ? ? ? H . A 1 3198 PHE 3198 ? ? ? H . A 1 3199 LEU 3199 ? ? ? H . A 1 3200 ASN 3200 ? ? ? H . A 1 3201 ASP 3201 ? ? ? H . A 1 3202 MET 3202 ? ? ? H . A 1 3203 GLY 3203 ? ? ? H . A 1 3204 LYS 3204 ? ? ? H . A 1 3205 VAL 3205 ? ? ? H . A 1 3206 ARG 3206 ? ? ? H . A 1 3207 LYS 3207 ? ? ? H . A 1 3208 ASP 3208 ? ? ? H . A 1 3209 THR 3209 ? ? ? H . A 1 3210 GLN 3210 ? ? ? H . A 1 3211 GLU 3211 ? ? ? H . A 1 3212 TRP 3212 ? ? ? H . A 1 3213 LYS 3213 ? ? ? H . A 1 3214 PRO 3214 ? ? ? H . A 1 3215 SER 3215 ? ? ? H . A 1 3216 THR 3216 ? ? ? H . A 1 3217 GLY 3217 ? ? ? H . A 1 3218 TRP 3218 ? ? ? H . A 1 3219 SER 3219 ? ? ? H . A 1 3220 ASN 3220 ? ? ? H . A 1 3221 TRP 3221 ? ? ? H . A 1 3222 GLU 3222 ? ? ? H . A 1 3223 GLU 3223 ? ? ? H . A 1 3224 VAL 3224 ? ? ? H . A 1 3225 PRO 3225 ? ? ? H . A 1 3226 PHE 3226 ? ? ? H . A 1 3227 CYS 3227 ? ? ? H . A 1 3228 SER 3228 ? ? ? H . A 1 3229 HIS 3229 ? ? ? H . A 1 3230 HIS 3230 ? ? ? H . A 1 3231 PHE 3231 ? ? ? H . A 1 3232 ASN 3232 ? ? ? H . A 1 3233 LYS 3233 ? ? ? H . A 1 3234 LEU 3234 ? ? ? H . A 1 3235 TYR 3235 ? ? ? H . A 1 3236 LEU 3236 ? ? ? H . A 1 3237 LYS 3237 ? ? ? H . A 1 3238 ASP 3238 ? ? ? H . A 1 3239 GLY 3239 ? ? ? H . A 1 3240 ARG 3240 ? ? ? H . A 1 3241 SER 3241 ? ? ? H . A 1 3242 ILE 3242 ? ? ? H . A 1 3243 VAL 3243 ? ? ? H . A 1 3244 VAL 3244 ? ? ? H . A 1 3245 PRO 3245 ? ? ? H . A 1 3246 CYS 3246 ? ? ? H . A 1 3247 ARG 3247 ? ? ? H . A 1 3248 HIS 3248 ? ? ? H . A 1 3249 GLN 3249 ? ? ? H . A 1 3250 ASP 3250 ? ? ? H . A 1 3251 GLU 3251 ? ? ? H . A 1 3252 LEU 3252 ? ? ? H . A 1 3253 ILE 3253 ? ? ? H . A 1 3254 GLY 3254 ? ? ? H . A 1 3255 ARG 3255 ? ? ? H . A 1 3256 ALA 3256 ? ? ? H . A 1 3257 ARG 3257 ? ? ? H . A 1 3258 VAL 3258 ? ? ? H . A 1 3259 SER 3259 ? ? ? H . A 1 3260 PRO 3260 ? ? ? H . A 1 3261 GLY 3261 ? ? ? H . A 1 3262 ALA 3262 ? ? ? H . A 1 3263 GLY 3263 ? ? ? H . A 1 3264 TRP 3264 ? ? ? H . A 1 3265 SER 3265 ? ? ? H . A 1 3266 ILE 3266 ? ? ? H . A 1 3267 ARG 3267 ? ? ? H . A 1 3268 GLU 3268 ? ? ? H . A 1 3269 THR 3269 ? ? ? H . A 1 3270 ALA 3270 ? ? ? H . A 1 3271 CYS 3271 ? ? ? H . A 1 3272 LEU 3272 ? ? ? H . A 1 3273 ALA 3273 ? ? ? H . A 1 3274 LYS 3274 ? ? ? H . A 1 3275 SER 3275 ? ? ? H . A 1 3276 TYR 3276 ? ? ? H . A 1 3277 ALA 3277 ? ? ? H . A 1 3278 GLN 3278 ? ? ? H . A 1 3279 MET 3279 ? ? ? H . A 1 3280 TRP 3280 ? ? ? H . A 1 3281 GLN 3281 ? ? ? H . A 1 3282 LEU 3282 ? ? ? H . A 1 3283 LEU 3283 ? ? ? H . A 1 3284 TYR 3284 ? ? ? H . A 1 3285 PHE 3285 ? ? ? H . A 1 3286 HIS 3286 ? ? ? H . A 1 3287 ARG 3287 ? ? ? H . A 1 3288 ARG 3288 ? ? ? H . A 1 3289 ASP 3289 ? ? ? H . A 1 3290 LEU 3290 ? ? ? H . A 1 3291 ARG 3291 ? ? ? H . A 1 3292 LEU 3292 ? ? ? H . A 1 3293 MET 3293 ? ? ? H . A 1 3294 ALA 3294 ? ? ? H . A 1 3295 ASN 3295 ? ? ? H . A 1 3296 ALA 3296 ? ? ? H . A 1 3297 ILE 3297 ? ? ? H . A 1 3298 CYS 3298 ? ? ? H . A 1 3299 SER 3299 ? ? ? H . A 1 3300 ALA 3300 ? ? ? H . A 1 3301 VAL 3301 ? ? ? H . A 1 3302 PRO 3302 ? ? ? H . A 1 3303 VAL 3303 ? ? ? H . A 1 3304 ASP 3304 ? ? ? H . A 1 3305 TRP 3305 ? ? ? H . A 1 3306 VAL 3306 ? ? ? H . A 1 3307 PRO 3307 ? ? ? H . A 1 3308 THR 3308 ? ? ? H . A 1 3309 GLY 3309 ? ? ? H . A 1 3310 ARG 3310 ? ? ? H . A 1 3311 THR 3311 ? ? ? H . A 1 3312 THR 3312 ? ? ? H . A 1 3313 TRP 3313 ? ? ? H . A 1 3314 SER 3314 ? ? ? H . A 1 3315 ILE 3315 ? ? ? H . A 1 3316 HIS 3316 ? ? ? H . A 1 3317 GLY 3317 ? ? ? H . A 1 3318 LYS 3318 ? ? ? H . A 1 3319 GLY 3319 ? ? ? H . A 1 3320 GLU 3320 ? ? ? H . A 1 3321 TRP 3321 ? ? ? H . A 1 3322 MET 3322 ? ? ? H . A 1 3323 THR 3323 ? ? ? H . A 1 3324 THR 3324 ? ? ? H . A 1 3325 GLU 3325 ? ? ? H . A 1 3326 ASP 3326 ? ? ? H . A 1 3327 MET 3327 ? ? ? H . 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H . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Membrane M protein {PDB ID=8cxg, label_asym_id=H, auth_asym_id=E, SMTL ID=8cxg.1.H}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8cxg, label_asym_id=H' 'target-template alignment' . 4 'model 8' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A H 4 1 E # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MKNPKKKSGGFRIVNMLKRGVARVSPFGGLKRLPAGLLLGHGPIRMVLAILAFLRFTAIKPSLGLINRWG SVGKKEAMEIIKKFKKDLAAMLRIINARKEKKRRGADTSVGIVGLLLTTAMAAEVTRRGSAYYMYLDRND AGEAISFPTTLGMNKCYIQIMDLGHMCDATMSYECPMLDEGVEPDDVDCWCNTTSTWVVYGTCHHKKGEA RRSRRAVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLV MILLIAPAYSIRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYC YEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSI QPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSD LYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALA 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_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 3419 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 3423 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0 96.549 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 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2 1 2 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# # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.116}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8cxg.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 8' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 156.959 174.993 104.666 1 1 H SER 0.510 1 ATOM 600 O O . SER 290 290 ? A 155.946 175.281 103.965 1 1 H SER 0.510 1 ATOM 601 C CB . SER 290 290 ? A 157.183 172.638 105.719 1 1 H SER 0.510 1 ATOM 602 O OG . SER 290 290 ? A 158.578 172.334 105.635 1 1 H SER 0.510 1 ATOM 603 O OXT . SER 290 290 ? A 158.128 175.380 104.387 1 1 H SER 0.510 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.673 2 1 3 0.435 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 216 ALA 1 0.160 2 1 A 217 VAL 1 0.310 3 1 A 218 THR 1 0.340 4 1 A 219 LEU 1 0.350 5 1 A 220 PRO 1 0.520 6 1 A 221 SER 1 0.650 7 1 A 222 HIS 1 0.660 8 1 A 223 SER 1 0.680 9 1 A 224 THR 1 0.600 10 1 A 225 ARG 1 0.630 11 1 A 226 LYS 1 0.620 12 1 A 227 LEU 1 0.650 13 1 A 228 GLN 1 0.650 14 1 A 229 THR 1 0.580 15 1 A 230 ARG 1 0.480 16 1 A 231 SER 1 0.560 17 1 A 232 GLN 1 0.630 18 1 A 233 THR 1 0.650 19 1 A 234 TRP 1 0.590 20 1 A 235 LEU 1 0.660 21 1 A 236 GLU 1 0.650 22 1 A 237 SER 1 0.670 23 1 A 238 ARG 1 0.620 24 1 A 239 GLU 1 0.610 25 1 A 240 TYR 1 0.540 26 1 A 241 THR 1 0.670 27 1 A 242 LYS 1 0.670 28 1 A 243 HIS 1 0.640 29 1 A 244 LEU 1 0.690 30 1 A 245 ILE 1 0.700 31 1 A 246 LYS 1 0.710 32 1 A 247 VAL 1 0.720 33 1 A 248 GLU 1 0.700 34 1 A 249 ASN 1 0.780 35 1 A 250 TRP 1 0.720 36 1 A 251 ILE 1 0.780 37 1 A 252 PHE 1 0.750 38 1 A 253 ARG 1 0.760 39 1 A 254 ASN 1 0.770 40 1 A 255 PRO 1 0.770 41 1 A 256 GLY 1 0.780 42 1 A 257 PHE 1 0.760 43 1 A 258 ALA 1 0.740 44 1 A 259 LEU 1 0.750 45 1 A 260 VAL 1 0.780 46 1 A 261 ALA 1 0.750 47 1 A 262 VAL 1 0.750 48 1 A 263 ALA 1 0.740 49 1 A 264 ILE 1 0.740 50 1 A 265 ALA 1 0.750 51 1 A 266 TRP 1 0.740 52 1 A 267 LEU 1 0.700 53 1 A 268 LEU 1 0.720 54 1 A 269 GLY 1 0.720 55 1 A 270 SER 1 0.660 56 1 A 271 SER 1 0.750 57 1 A 272 THR 1 0.750 58 1 A 273 SER 1 0.770 59 1 A 274 GLN 1 0.780 60 1 A 275 LYS 1 0.750 61 1 A 276 VAL 1 0.760 62 1 A 277 ILE 1 0.770 63 1 A 278 TYR 1 0.750 64 1 A 279 LEU 1 0.760 65 1 A 280 VAL 1 0.750 66 1 A 281 MET 1 0.750 67 1 A 282 ILE 1 0.750 68 1 A 283 LEU 1 0.750 69 1 A 284 LEU 1 0.740 70 1 A 285 ILE 1 0.680 71 1 A 286 ALA 1 0.730 72 1 A 287 PRO 1 0.740 73 1 A 288 ALA 1 0.680 74 1 A 289 TYR 1 0.610 75 1 A 290 SER 1 0.510 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #