data_SMR-5bd4864aae87a1d69d597f7cdd9e4690_5 _entry.id SMR-5bd4864aae87a1d69d597f7cdd9e4690_5 _struct.entry_id SMR-5bd4864aae87a1d69d597f7cdd9e4690_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9NB71/ HIW_DROME, E3 ubiquitin-protein ligase highwire - X2JF19/ X2JF19_DROME, RCR-type E3 ubiquitin transferase Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9NB71, X2JF19' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 660539.876 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 6 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP HIW_DROME Q9NB71 1 ;MVGLLNPLKYGDHFYELYTNSTRRKMQHDRKVLTKRKSRKDKSAAAMAAAAAAAVLEGNAGAGGLVNPLD PPLVKEQLMILPSFPVAHIELDPNASKFAVFSAIRSTVLEAETRYSLFQEGGAPSGQSGSNQKKWSNNVN SACCMMCAHSCMISNLLDCSCHAHMAMHGAVGPGNAGPGGPVGVLVDGRIPAPVPVVVGGPGLPAEKRPR 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_ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . HIW_DROME Q9NB71 . 1 5233 7227 'Drosophila melanogaster (Fruit fly)' 2005-06-21 E5220FFDC91A58E7 1 UNP . X2JF19_DROME X2JF19 . 1 5233 7227 'Drosophila melanogaster (Fruit fly)' 2014-06-11 E5220FFDC91A58E7 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MVGLLNPLKYGDHFYELYTNSTRRKMQHDRKVLTKRKSRKDKSAAAMAAAAAAAVLEGNAGAGGLVNPLD PPLVKEQLMILPSFPVAHIELDPNASKFAVFSAIRSTVLEAETRYSLFQEGGAPSGQSGSNQKKWSNNVN SACCMMCAHSCMISNLLDCSCHAHMAMHGAVGPGNAGPGGPVGVLVDGRIPAPVPVVVGGPGLPAEKRPR RDSANSDADSDTEEPTEREPVYATVPLIVGAGLRSLFELIADARHVHPLLCTKALKALLDVIQGQQPESF KLEPEELINPLYDLLLDLATMPAALNSATGAEANWSAMACAALLGLCIARGDTGKMLKAIAAMLMTPRQL SAQIVQLPVVLATLQHTVISAALNKPTRPDFHSHGVPHNSLIDEFPVKLPPLSTGAPITSPAMACDGVFV YLLYGGTLLKIGTGFGGSYKGHIYAQNEDFSHERSAWLGYSGGQLYFRRTCRRSAGDQLQMVGLDTLAIK AMSPLSMLHMREGLNYVLFTDDDSLHAICSNRDDTLVVKKLNLYHNSYNIDPPPFELPLQLARKKFRTLG YAAFEDELLNQYQIQRIQSAHNSFEPKLPAPCRDADVDVMGMACGKEFGLVRASNGRVYYYGKSAALGLK 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A 1 5117 ALA 5117 5117 ALA ALA A . A 1 5118 GLU 5118 5118 GLU GLU A . A 1 5119 ILE 5119 5119 ILE ILE A . A 1 5120 GLY 5120 5120 GLY GLY A . A 1 5121 GLU 5121 5121 GLU GLU A . A 1 5122 LYS 5122 5122 LYS LYS A . A 1 5123 PHE 5123 5123 PHE PHE A . A 1 5124 ASP 5124 5124 ASP ASP A . A 1 5125 PRO 5125 5125 PRO PRO A . A 1 5126 GLU 5126 5126 GLU GLU A . A 1 5127 GLU 5127 5127 GLU GLU A . A 1 5128 LEU 5128 5128 LEU LEU A . A 1 5129 VAL 5129 5129 VAL VAL A . A 1 5130 CYS 5130 5130 CYS CYS A . A 1 5131 GLY 5131 5131 GLY GLY A . A 1 5132 GLY 5132 5132 GLY GLY A . A 1 5133 CYS 5133 5133 CYS CYS A . A 1 5134 SER 5134 5134 SER SER A . A 1 5135 ASP 5135 5135 ASP ASP A . A 1 5136 VAL 5136 5136 VAL VAL A . A 1 5137 ALA 5137 5137 ALA ALA A . A 1 5138 ARG 5138 5138 ARG ARG A . A 1 5139 ALA 5139 5139 ALA ALA A . A 1 5140 GLN 5140 5140 GLN GLN A . A 1 5141 MET 5141 5141 MET MET A . A 1 5142 CYS 5142 5142 CYS CYS A . A 1 5143 PRO 5143 5143 PRO PRO A . A 1 5144 LYS 5144 5144 LYS LYS A . 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A 1 5173 ASP 5173 5173 ASP ASP A . A 1 5174 THR 5174 5174 THR THR A . A 1 5175 CYS 5175 5175 CYS CYS A . A 1 5176 HIS 5176 5176 HIS HIS A . A 1 5177 ASP 5177 5177 ASP ASP A . A 1 5178 ASP 5178 5178 ASP ASP A . A 1 5179 PHE 5179 5179 PHE PHE A . A 1 5180 GLN 5180 5180 GLN GLN A . A 1 5181 ARG 5181 5181 ARG ARG A . A 1 5182 LEU 5182 5182 LEU LEU A . A 1 5183 THR 5183 5183 THR THR A . A 1 5184 ASN 5184 5184 ASN ASN A . A 1 5185 ILE 5185 5185 ILE ILE A . A 1 5186 PRO 5186 5186 PRO PRO A . A 1 5187 LYS 5187 5187 LYS LYS A . A 1 5188 VAL 5188 5188 VAL VAL A . A 1 5189 LYS 5189 5189 LYS LYS A . A 1 5190 LEU 5190 5190 LEU LEU A . A 1 5191 PRO 5191 5191 PRO PRO A . A 1 5192 GLN 5192 5192 GLN GLN A . A 1 5193 CYS 5193 5193 CYS CYS A . A 1 5194 PRO 5194 5194 PRO PRO A . A 1 5195 ALA 5195 5195 ALA ALA A . A 1 5196 GLY 5196 5196 GLY GLY A . A 1 5197 PRO 5197 5197 PRO PRO A . A 1 5198 LYS 5198 5198 LYS LYS A . A 1 5199 ALA 5199 5199 ALA ALA A . A 1 5200 LYS 5200 5200 LYS LYS A . A 1 5201 GLN 5201 5201 GLN GLN A . A 1 5202 LEU 5202 5202 LEU LEU A . A 1 5203 LEU 5203 5203 LEU LEU A . A 1 5204 GLY 5204 5204 GLY GLY A . A 1 5205 ASP 5205 5205 ASP ASP A . A 1 5206 GLU 5206 5206 GLU GLU A . A 1 5207 CYS 5207 5207 CYS CYS A . A 1 5208 PRO 5208 5208 PRO PRO A . A 1 5209 LEU 5209 5209 LEU LEU A . A 1 5210 HIS 5210 5210 HIS HIS A . A 1 5211 VAL 5211 5211 VAL VAL A . A 1 5212 MET 5212 5212 MET MET A . A 1 5213 HIS 5213 5213 HIS HIS A . A 1 5214 PRO 5214 5214 PRO PRO A . A 1 5215 PRO 5215 5215 PRO PRO A . A 1 5216 THR 5216 5216 THR THR A . A 1 5217 GLY 5217 5217 GLY GLY A . A 1 5218 GLU 5218 5218 GLU GLU A . A 1 5219 GLU 5219 5219 GLU GLU A . A 1 5220 PHE 5220 5220 PHE PHE A . A 1 5221 ALA 5221 5221 ALA ALA A . A 1 5222 LEU 5222 5222 LEU LEU A . A 1 5223 GLY 5223 5223 GLY GLY A . A 1 5224 CYS 5224 5224 CYS CYS A . A 1 5225 GLY 5225 5225 GLY GLY A . A 1 5226 VAL 5226 5226 VAL VAL A . A 1 5227 CYS 5227 5227 CYS CYS A . A 1 5228 ARG 5228 5228 ARG ARG A . A 1 5229 ASN 5229 5229 ASN ASN A . A 1 5230 ALA 5230 5230 ALA ALA A . A 1 5231 GLN 5231 5231 GLN GLN A . A 1 5232 THR 5232 ? ? ? A . A 1 5233 PHE 5233 ? ? ? A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . C 2 ZN 1 2 2 ZN '_' . D 2 ZN 1 3 3 ZN '_' . E 2 ZN 1 4 4 ZN '_' . F 2 ZN 1 5 5 ZN '_' . G 2 ZN 1 6 6 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 {PDB ID=5o6c, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=5o6c, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1._.1}' 'template structure' . 3 'ZINC ION {PDB ID=5o6c, label_asym_id=C, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1._.2}' 'template structure' . 4 'ZINC ION {PDB ID=5o6c, label_asym_id=D, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1._.3}' 'template structure' . 5 'ZINC ION {PDB ID=5o6c, label_asym_id=E, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1._.4}' 'template structure' . 6 'ZINC ION {PDB ID=5o6c, label_asym_id=F, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1._.5}' 'template structure' . 7 'ZINC ION {PDB ID=5o6c, label_asym_id=G, auth_asym_id=A, SMTL ID=5o6c.1._.6}' 'template structure' . 8 . target . 9 'ZINC ION' target . 10 'Target-template alignment by BLAST to 5o6c, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 11 'model 5' 'model coordinates' . 12 SMTL 'reference database' . 13 PDB 'reference database' . 14 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 8 2 1 12 3 1 13 4 2 14 5 3 8 6 3 9 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 4 11 3 5 12 3 6 13 3 7 14 3 10 15 4 1 16 4 2 17 4 3 18 4 4 19 4 5 20 4 6 21 4 7 22 4 10 23 4 9 24 5 11 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 12 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-29 13 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-01-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 8 'reference database' 2 9 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . D 2 . E 2 . F 2 . G 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C C 2 1 A 4 4 'reference database' non-polymer 1 4 D D 2 1 A 5 5 'reference database' non-polymer 1 5 E E 2 1 A 6 6 'reference database' non-polymer 1 6 F F 2 1 A 7 7 'reference database' non-polymer 1 7 G G 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SATSLKQDADDMCMICFTEALSAAPAIQLDCSHIFHLQCCRRVLENRWLGPRITFGFISCPICKNKINHI VLKDLLDPIKELYEDVRRKALMRLEYEGLHKSEAITTPGVRFYNDPAGYAMNRYAYYVCYKCRKAYFGGE ARCDAEAGRGDDYDPRELICGACSDVSRAQMCPKHGTDFLEYKCRYCCSVAVFFCFGTTHFCNACHDDFQ RMTSIPKEELPHCPAGPKGKQLEGTECPLHVVHPPTGEEFALGCGVCRNAHTF ; ;SATSLKQDADDMCMICFTEALSAAPAIQLDCSHIFHLQCCRRVLENRWLGPRITFGFISCPICKNKINHI VLKDLLDPIKELYEDVRRKALMRLEYEGLHKSEAITTPGVRFYNDPAGYAMNRYAYYVCYKCRKAYFGGE ARCDAEAGRGDDYDPRELICGACSDVSRAQMCPKHGTDFLEYKCRYCCSVAVFFCFGTTHFCNACHDDFQ RMTSIPKEELPHCPAGPKGKQLEGTECPLHVVHPPTGEEFALGCGVCRNAHTF ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 5 261 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' 3 ZN 'ZINC ION' 4 ZN 'ZINC ION' 5 ZN 'ZINC ION' 6 ZN 'ZINC ION' 7 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5o6c 2024-05-08 2 PDB . 5o6c 2024-05-08 3 PDB . 5o6c 2024-05-08 4 PDB . 5o6c 2024-05-08 5 PDB . 5o6c 2024-05-08 6 PDB . 5o6c 2024-05-08 7 PDB . 5o6c 2024-05-08 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 5233 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 10 1 5241 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.64e-123 72.691 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 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2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LKQDADDMCMICFTEALS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# # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5o6c.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 11 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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THR 4984 4984 ? A 30.839 1.465 59.825 1 1 A THR 0.440 1 ATOM 16 N N . GLN 4985 4985 ? A 29.387 4.280 58.415 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 17 C CA . GLN 4985 4985 ? A 28.609 5.332 59.023 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 18 C C . GLN 4985 4985 ? A 28.378 5.133 60.508 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 19 O O . GLN 4985 4985 ? A 28.141 4.017 60.975 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 20 C CB . GLN 4985 4985 ? A 27.228 5.489 58.343 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 21 C CG . GLN 4985 4985 ? A 27.322 5.868 56.851 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 22 C CD . GLN 4985 4985 ? A 25.947 6.189 56.275 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 23 O OE1 . GLN 4985 4985 ? A 25.208 5.294 55.870 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 24 N NE2 . GLN 4985 4985 ? A 25.594 7.491 56.192 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 25 N N . ASP 4986 4986 ? A 28.391 6.246 61.247 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 26 C CA . ASP 4986 4986 ? A 27.984 6.340 62.619 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 27 C C . ASP 4986 4986 ? A 26.567 6.944 62.696 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 28 O O . ASP 4986 4986 ? A 26.025 7.489 61.738 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 29 C CB . ASP 4986 4986 ? A 29.051 7.136 63.409 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 30 C CG . ASP 4986 4986 ? A 29.113 6.596 64.822 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 31 O OD1 . ASP 4986 4986 ? A 30.212 6.184 65.267 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 32 O OD2 . ASP 4986 4986 ? A 28.025 6.531 65.458 1 1 A ASP 0.610 1 ATOM 33 N N . ALA 4987 4987 ? A 25.911 6.828 63.869 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 34 C CA . ALA 4987 4987 ? A 24.614 7.390 64.194 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 35 C C . ALA 4987 4987 ? A 24.634 8.917 64.202 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 36 O O . ALA 4987 4987 ? A 23.686 9.570 63.758 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 37 C CB . ALA 4987 4987 ? A 24.171 6.865 65.575 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 38 N N . ASP 4988 4988 ? A 25.755 9.494 64.687 1 1 A ASP 0.560 1 ATOM 39 C CA . ASP 4988 4988 ? A 25.946 10.918 64.856 1 1 A ASP 0.560 1 ATOM 40 C C . ASP 4988 4988 ? A 26.619 11.555 63.641 1 1 A ASP 0.560 1 ATOM 41 O O . ASP 4988 4988 ? A 26.895 12.756 63.627 1 1 A ASP 0.560 1 ATOM 42 C CB . ASP 4988 4988 ? A 26.774 11.186 66.143 1 1 A ASP 0.560 1 ATOM 43 C CG . 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A 26.355 13.593 57.757 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 57 O O . MET 4990 4990 ? A 26.868 12.581 57.283 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 58 C CB . MET 4990 4990 ? A 27.920 15.325 58.686 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 59 C CG . MET 4990 4990 ? A 28.455 16.057 59.934 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 60 S SD . MET 4990 4990 ? A 27.184 16.877 60.947 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 61 C CE . MET 4990 4990 ? A 27.733 18.551 60.540 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 62 N N . CYS 4991 4991 ? A 25.294 14.153 57.145 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 63 C CA . CYS 4991 4991 ? A 24.866 13.687 55.834 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 64 C C . CYS 4991 4991 ? A 25.922 13.941 54.776 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 65 O O . CYS 4991 4991 ? A 26.461 15.037 54.682 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 66 C CB . CYS 4991 4991 ? A 23.548 14.397 55.438 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 67 S SG . CYS 4991 4991 ? A 22.805 14.041 53.809 1 1 A CYS 0.700 1 ATOM 68 N N . MET 4992 4992 ? A 26.222 12.954 53.911 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 69 C CA . MET 4992 4992 ? A 27.297 13.091 52.945 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 70 C C . MET 4992 4992 ? A 26.831 13.653 51.605 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 71 O O . MET 4992 4992 ? A 27.532 13.572 50.601 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 72 C CB . MET 4992 4992 ? A 28.061 11.756 52.817 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 73 C CG . MET 4992 4992 ? A 28.975 11.456 54.027 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 74 S SD . MET 4992 4992 ? A 30.397 12.588 54.199 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 75 C CE . MET 4992 4992 ? A 29.858 13.473 55.693 1 1 A MET 0.660 1 ATOM 76 N N . ILE 4993 4993 ? A 25.635 14.282 51.586 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 77 C CA . ILE 4993 4993 ? A 25.227 15.190 50.524 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 78 C C . ILE 4993 4993 ? A 25.358 16.642 50.992 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 79 O O . ILE 4993 4993 ? A 26.046 17.437 50.361 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 80 C CB . ILE 4993 4993 ? A 23.816 14.895 50.017 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 81 C CG1 . ILE 4993 4993 ? A 23.780 13.518 49.308 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 82 C CG2 . ILE 4993 4993 ? A 23.329 16.016 49.061 1 1 A ILE 0.710 1 ATOM 83 C CD1 . ILE 4993 4993 ? 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A 23.793 17.320 59.457 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 111 O O . GLU 4997 4997 ? A 24.071 16.519 58.556 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 112 C CB . GLU 4997 4997 ? A 22.138 19.020 58.705 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 113 C CG . GLU 4997 4997 ? A 21.791 20.500 58.413 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 114 C CD . GLU 4997 4997 ? A 21.825 21.392 59.653 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 115 O OE1 . GLU 4997 4997 ? A 21.577 20.870 60.772 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 116 O OE2 . GLU 4997 4997 ? A 22.071 22.611 59.464 1 1 A GLU 0.640 1 ATOM 117 N N . ALA 4998 4998 ? A 23.647 16.915 60.735 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 118 C CA . ALA 4998 4998 ? A 23.625 15.524 61.143 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 119 C C . ALA 4998 4998 ? A 22.453 14.765 60.530 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 120 O O . ALA 4998 4998 ? A 21.373 15.317 60.316 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 121 C CB . ALA 4998 4998 ? A 23.574 15.370 62.675 1 1 A ALA 0.670 1 ATOM 122 N N . LEU 4999 4999 ? A 22.618 13.459 60.247 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 123 C CA . LEU 4999 4999 ? 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PHE 5013 5013 ? A 23.883 7.956 50.915 1 1 A PHE 0.740 1 ATOM 232 C CZ . PHE 5013 5013 ? A 25.036 8.745 50.900 1 1 A PHE 0.740 1 ATOM 233 N N . HIS 5014 5014 ? A 19.824 12.178 54.327 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 234 C CA . HIS 5014 5014 ? A 18.563 12.901 54.418 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 235 C C . HIS 5014 5014 ? A 17.707 12.733 53.171 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 236 O O . HIS 5014 5014 ? A 18.206 12.824 52.050 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 237 C CB . HIS 5014 5014 ? A 18.743 14.421 54.569 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 238 C CG . HIS 5014 5014 ? A 19.471 14.826 55.788 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 239 N ND1 . HIS 5014 5014 ? A 20.552 15.675 55.668 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 240 C CD2 . HIS 5014 5014 ? A 19.204 14.567 57.088 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 241 C CE1 . HIS 5014 5014 ? A 20.928 15.912 56.910 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 242 N NE2 . HIS 5014 5014 ? A 20.146 15.266 57.805 1 1 A HIS 0.760 1 ATOM 243 N N . TYR 5015 5015 ? A 16.380 12.551 53.335 1 1 A TYR 0.760 1 ATOM 244 C CA . TYR 5015 5015 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.707 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 4983 LEU 1 0.480 2 1 A 4984 THR 1 0.440 3 1 A 4985 GLN 1 0.580 4 1 A 4986 ASP 1 0.610 5 1 A 4987 ALA 1 0.670 6 1 A 4988 ASP 1 0.560 7 1 A 4989 ASP 1 0.650 8 1 A 4990 MET 1 0.650 9 1 A 4991 CYS 1 0.700 10 1 A 4992 MET 1 0.660 11 1 A 4993 ILE 1 0.710 12 1 A 4994 CYS 1 0.710 13 1 A 4995 PHE 1 0.640 14 1 A 4996 VAL 1 0.590 15 1 A 4997 GLU 1 0.640 16 1 A 4998 ALA 1 0.670 17 1 A 4999 LEU 1 0.700 18 1 A 5000 SER 1 0.640 19 1 A 5001 CYS 1 0.640 20 1 A 5002 ALA 1 0.680 21 1 A 5003 PRO 1 0.720 22 1 A 5004 SER 1 0.750 23 1 A 5005 ILE 1 0.750 24 1 A 5006 HIS 1 0.750 25 1 A 5007 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #