data_SMR-7f3c9d6bf43925a9e703ed336491aa5a_1 _entry.id SMR-7f3c9d6bf43925a9e703ed336491aa5a_1 _struct.entry_id SMR-7f3c9d6bf43925a9e703ed336491aa5a_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9JM61/ THSD1_MOUSE, Thrombospondin type-1 domain-containing protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.033, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9JM61' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 110127.759 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP THSD1_MOUSE Q9JM61 1 ;MKPMLKDFSNLLLVVLCDYVLGEAEYLLLQEPVHVALSDRTVSVGFHYLSDVNGTLRNVSVMLWEANTNR TLTTKYLLTNQAQGTLQFECFYFKEAGDYWFVMIPEVTDNGTQVPLWEKSAFLKVEWPVFHIDLNRTAKA AEGTFQVGVFTTQPLCLFPVDKPDMLVDVIFTDRLPEARASLGQPLEIRASKRTKLTQGQWVEFGCAPVG VEAYVTVMLRLLGQDSVIASTGPIDLAQKFGYKLMMAPEVTCESVLEVMVLPPPCVFVQGVLAVYKEAPK RPEERTFQVAENRLPLGERRTVFNCTLFDVGKNKYCFNFGIVKKGHFSAKECMLIQRNIETWGPWQPWSP CSTTCGDAVRERRRLCVTSFPSRPSCSGMSSETSPCSLEECAVFRPPGPSPVSPQDPVKSNNVVTVTGIS LCLFIIFATVLITLWRRFGRAPKCSTPVRHNSIHSPGFRKNSDEENICELSEPRGSFSDAGDGPRGSPGD TGIPLTYRCSASAPPEDEASGSESFQSNAQKIIPPLFSYRLAQQQLKEMKKKGLTETTKVYHVSQSPLTD TVVDATASPPLDLECPEEAAASKFRIKSPFLDQPGAGTGERPPSRLDGIVPPPGCAVSPSQTLIQKSQIR STGGRDGSSERCHSRSSLFRRTASFHETKQSRPFRERSLSALTPRQVPAYSSRMRTWDQMEDRCRPPSRS THLLPERPEHFQGAGRTSSPLGPLSKSYTVGHPRRKPDPGDRQAGLVAGAEKMEPHRAHRGPSPSHRSAS RKQSSPIFLKDSYQKVSQLSPSHFRKDKCQSFPIHPEFAFYDNTSFRLTEAEQRMLDLPGYFGSNEEDET TSTLSVEKLVI ; 'Thrombospondin type-1 domain-containing protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 851 1 851 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . THSD1_MOUSE Q9JM61 . 1 851 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-10-03 2D157E7253FE902D # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MKPMLKDFSNLLLVVLCDYVLGEAEYLLLQEPVHVALSDRTVSVGFHYLSDVNGTLRNVSVMLWEANTNR TLTTKYLLTNQAQGTLQFECFYFKEAGDYWFVMIPEVTDNGTQVPLWEKSAFLKVEWPVFHIDLNRTAKA AEGTFQVGVFTTQPLCLFPVDKPDMLVDVIFTDRLPEARASLGQPLEIRASKRTKLTQGQWVEFGCAPVG VEAYVTVMLRLLGQDSVIASTGPIDLAQKFGYKLMMAPEVTCESVLEVMVLPPPCVFVQGVLAVYKEAPK RPEERTFQVAENRLPLGERRTVFNCTLFDVGKNKYCFNFGIVKKGHFSAKECMLIQRNIETWGPWQPWSP CSTTCGDAVRERRRLCVTSFPSRPSCSGMSSETSPCSLEECAVFRPPGPSPVSPQDPVKSNNVVTVTGIS LCLFIIFATVLITLWRRFGRAPKCSTPVRHNSIHSPGFRKNSDEENICELSEPRGSFSDAGDGPRGSPGD TGIPLTYRCSASAPPEDEASGSESFQSNAQKIIPPLFSYRLAQQQLKEMKKKGLTETTKVYHVSQSPLTD TVVDATASPPLDLECPEEAAASKFRIKSPFLDQPGAGTGERPPSRLDGIVPPPGCAVSPSQTLIQKSQIR STGGRDGSSERCHSRSSLFRRTASFHETKQSRPFRERSLSALTPRQVPAYSSRMRTWDQMEDRCRPPSRS THLLPERPEHFQGAGRTSSPLGPLSKSYTVGHPRRKPDPGDRQAGLVAGAEKMEPHRAHRGPSPSHRSAS RKQSSPIFLKDSYQKVSQLSPSHFRKDKCQSFPIHPEFAFYDNTSFRLTEAEQRMLDLPGYFGSNEEDET TSTLSVEKLVI ; ;MKPMLKDFSNLLLVVLCDYVLGEAEYLLLQEPVHVALSDRTVSVGFHYLSDVNGTLRNVSVMLWEANTNR TLTTKYLLTNQAQGTLQFECFYFKEAGDYWFVMIPEVTDNGTQVPLWEKSAFLKVEWPVFHIDLNRTAKA AEGTFQVGVFTTQPLCLFPVDKPDMLVDVIFTDRLPEARASLGQPLEIRASKRTKLTQGQWVEFGCAPVG VEAYVTVMLRLLGQDSVIASTGPIDLAQKFGYKLMMAPEVTCESVLEVMVLPPPCVFVQGVLAVYKEAPK RPEERTFQVAENRLPLGERRTVFNCTLFDVGKNKYCFNFGIVKKGHFSAKECMLIQRNIETWGPWQPWSP CSTTCGDAVRERRRLCVTSFPSRPSCSGMSSETSPCSLEECAVFRPPGPSPVSPQDPVKSNNVVTVTGIS LCLFIIFATVLITLWRRFGRAPKCSTPVRHNSIHSPGFRKNSDEENICELSEPRGSFSDAGDGPRGSPGD TGIPLTYRCSASAPPEDEASGSESFQSNAQKIIPPLFSYRLAQQQLKEMKKKGLTETTKVYHVSQSPLTD TVVDATASPPLDLECPEEAAASKFRIKSPFLDQPGAGTGERPPSRLDGIVPPPGCAVSPSQTLIQKSQIR STGGRDGSSERCHSRSSLFRRTASFHETKQSRPFRERSLSALTPRQVPAYSSRMRTWDQMEDRCRPPSRS THLLPERPEHFQGAGRTSSPLGPLSKSYTVGHPRRKPDPGDRQAGLVAGAEKMEPHRAHRGPSPSHRSAS RKQSSPIFLKDSYQKVSQLSPSHFRKDKCQSFPIHPEFAFYDNTSFRLTEAEQRMLDLPGYFGSNEEDET TSTLSVEKLVI ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 LYS . 1 3 PRO . 1 4 MET . 1 5 LEU . 1 6 LYS . 1 7 ASP . 1 8 PHE . 1 9 SER . 1 10 ASN . 1 11 LEU . 1 12 LEU . 1 13 LEU . 1 14 VAL . 1 15 VAL . 1 16 LEU . 1 17 CYS . 1 18 ASP . 1 19 TYR . 1 20 VAL . 1 21 LEU . 1 22 GLY . 1 23 GLU . 1 24 ALA . 1 25 GLU . 1 26 TYR . 1 27 LEU . 1 28 LEU . 1 29 LEU . 1 30 GLN . 1 31 GLU . 1 32 PRO . 1 33 VAL . 1 34 HIS . 1 35 VAL . 1 36 ALA . 1 37 LEU . 1 38 SER . 1 39 ASP . 1 40 ARG . 1 41 THR . 1 42 VAL . 1 43 SER . 1 44 VAL . 1 45 GLY . 1 46 PHE . 1 47 HIS . 1 48 TYR . 1 49 LEU . 1 50 SER . 1 51 ASP . 1 52 VAL . 1 53 ASN . 1 54 GLY . 1 55 THR . 1 56 LEU . 1 57 ARG . 1 58 ASN . 1 59 VAL . 1 60 SER . 1 61 VAL . 1 62 MET . 1 63 LEU . 1 64 TRP . 1 65 GLU . 1 66 ALA . 1 67 ASN . 1 68 THR . 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1 155 LEU . 1 156 CYS . 1 157 LEU . 1 158 PHE . 1 159 PRO . 1 160 VAL . 1 161 ASP . 1 162 LYS . 1 163 PRO . 1 164 ASP . 1 165 MET . 1 166 LEU . 1 167 VAL . 1 168 ASP . 1 169 VAL . 1 170 ILE . 1 171 PHE . 1 172 THR . 1 173 ASP . 1 174 ARG . 1 175 LEU . 1 176 PRO . 1 177 GLU . 1 178 ALA . 1 179 ARG . 1 180 ALA . 1 181 SER . 1 182 LEU . 1 183 GLY . 1 184 GLN . 1 185 PRO . 1 186 LEU . 1 187 GLU . 1 188 ILE . 1 189 ARG . 1 190 ALA . 1 191 SER . 1 192 LYS . 1 193 ARG . 1 194 THR . 1 195 LYS . 1 196 LEU . 1 197 THR . 1 198 GLN . 1 199 GLY . 1 200 GLN . 1 201 TRP . 1 202 VAL . 1 203 GLU . 1 204 PHE . 1 205 GLY . 1 206 CYS . 1 207 ALA . 1 208 PRO . 1 209 VAL . 1 210 GLY . 1 211 VAL . 1 212 GLU . 1 213 ALA . 1 214 TYR . 1 215 VAL . 1 216 THR . 1 217 VAL . 1 218 MET . 1 219 LEU . 1 220 ARG . 1 221 LEU . 1 222 LEU . 1 223 GLY . 1 224 GLN . 1 225 ASP . 1 226 SER . 1 227 VAL . 1 228 ILE . 1 229 ALA . 1 230 SER . 1 231 THR . 1 232 GLY . 1 233 PRO . 1 234 ILE . 1 235 ASP . 1 236 LEU . 1 237 ALA . 1 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 2,Thrombospondin-1 {PDB ID=5foe, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5foe.2.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5foe, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-02-26 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-02-21 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHFFPIQLLVLFFAEKIAFAENSDQTVSRVDSNRYSVAAEKKFLLYDVNFGEGFNLRRDVYMRVANTVRS LRDSGENYILVLPPWGRLHHWKRMEVALSWRLFFDLESLNRFIPVIEFEDFLDENRPIDQVIYLQHYAEG WGTEYVRKFEKRSCLPPAESHYKQVEEFKWKGWFYSYEDVYSRNFQCVSIQGDSGTLKDLLKHSNFSEST SIMVDRAETILHEHYGEVDYWKARRSMRYSNDLVDVADAFRKKYLDSDDKRDKTKLVDDWTKEKPRRTAI GGPYLGIHWRRRDFLYAKKAQLPTIPGTAKILQDLCKKLDLQKIYLATDAPDQEVDELKALLNGELEVYR FTDTQKLNDGQIAIIDQYLCAHAAYFIGSYESTFTFRIQEDREIIGFPISTTFNRLCPDTEPTCEQPAKW KIVYSSSSGGGGSGGGGSGGGGGSSGSSADDGWSPWSEWTSCSTSCGNGIQQRGRSCDSLNNRCEGSSVQ TRTCHIQECD ; ;MHFFPIQLLVLFFAEKIAFAENSDQTVSRVDSNRYSVAAEKKFLLYDVNFGEGFNLRRDVYMRVANTVRS LRDSGENYILVLPPWGRLHHWKRMEVALSWRLFFDLESLNRFIPVIEFEDFLDENRPIDQVIYLQHYAEG WGTEYVRKFEKRSCLPPAESHYKQVEEFKWKGWFYSYEDVYSRNFQCVSIQGDSGTLKDLLKHSNFSEST SIMVDRAETILHEHYGEVDYWKARRSMRYSNDLVDVADAFRKKYLDSDDKRDKTKLVDDWTKEKPRRTAI GGPYLGIHWRRRDFLYAKKAQLPTIPGTAKILQDLCKKLDLQKIYLATDAPDQEVDELKALLNGELEVYR FTDTQKLNDGQIAIIDQYLCAHAAYFIGSYESTFTFRIQEDREIIGFPISTTFNRLCPDTEPTCEQPAKW KIVYSSSSGGGGSGGGGSGGGGGSSGSSADDGWSPWSEWTSCSTSCGNGIQQRGRSCDSLNNRCEGSSVQ TRTCHIQECD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 449 500 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5foe 2024-11-20 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 851 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 851 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 3.7e-05 36.538 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MKPMLKDFSNLLLVVLCDYVLGEAEYLLLQEPVHVALSDRTVSVGFHYLSDVNGTLRNVSVMLWEANTNRTLTTKYLLTNQAQGTLQFECFYFKEAGDYWFVMIPEVTDNGTQVPLWEKSAFLKVEWPVFHIDLNRTAKAAEGTFQVGVFTTQPLCLFPVDKPDMLVDVIFTDRLPEARASLGQPLEIRASKRTKLTQGQWVEFGCAPVGVEAYVTVMLRLLGQDSVIASTGPIDLAQKFGYKLMMAPEVTCESVLEVMVLPPPCVFVQGVLAVYKEAPKRPEERTFQVAENRLPLGERRTVFNCTLFDVGKNKYCFNFGIVKKGHFSAKECMLIQRNIETWGPWQPWSPCSTTCGDAVRERRRLCVTSFPSRPSCSGMSSETSPCSLEECAVFRPPGPSPVSPQDPVKSNNVVTVTGISLCLFIIFATVLITLWRRFGRAPKCSTPVRHNSIHSPGFRKNSDEENICELSEPRGSFSDAGDGPRGSPGDTGIPLTYRCSASAPPEDEASGSESFQSNAQKIIPPLFSYRLAQQQLKEMKKKGLTETTKVYHVSQSPLTDTVVDATASPPLDLECPEEAAASKFRIKSPFLDQPGAGTGERPPSRLDGIVPPPGCAVSPSQTLIQKSQIRSTGGRDGSSERCHSRSSLFRRTASFHETKQSRPFRERSLSALTPRQVPAYSSRMRTWDQMEDRCRPPSRSTHLLPERPEHFQGAGRTSSPLGPLSKSYTVGHPRRKPDPGDRQAGLVAGAEKMEPHRAHRGPSPSHRSASRKQSSPIFLKDSYQKVSQLSPSHFRKDKCQSFPIHPEFAFYDNTSFRLTEAEQRMLDLPGYFGSNEEDETTSTLSVEKLVI 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ADDGWSPWSEWTSCSTSCGNGIQQRGRSCDSL---NNRCEGSSVQTRTCHIQECD--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5foe.2' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 340 340 ? A 14.373 12.918 71.328 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 2 C CA . GLU 340 340 ? A 13.987 11.475 71.375 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 3 C C . GLU 340 340 ? A 12.924 11.090 70.361 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 4 O O . GLU 340 340 ? A 13.101 10.115 69.655 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 5 C CB . GLU 340 340 ? A 13.578 11.146 72.816 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 6 C CG . GLU 340 340 ? A 13.177 9.666 73.041 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 7 C CD . GLU 340 340 ? A 12.886 9.378 74.510 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 340 340 ? A 13.033 10.333 75.313 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 340 340 ? A 12.540 8.215 74.815 1 1 A GLU 0.470 1 ATOM 10 N N . THR 341 341 ? A 11.818 11.843 70.174 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 11 C CA . THR 341 341 ? A 10.699 11.237 69.435 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 12 C C . THR 341 341 ? A 10.501 12.100 68.240 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 13 O O . THR 341 341 ? A 9.527 12.797 67.997 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 14 C CB . THR 341 341 ? A 9.516 11.233 70.337 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 15 O OG1 . THR 341 341 ? A 9.631 10.381 71.439 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 16 C CG2 . THR 341 341 ? A 8.054 11.107 69.839 1 1 A THR 0.500 1 ATOM 17 N N . TRP 342 342 ? A 11.482 12.108 67.365 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 18 C CA . TRP 342 342 ? A 11.241 12.723 66.088 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 19 C C . TRP 342 342 ? A 10.114 12.019 65.340 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 20 O O . TRP 342 342 ? A 9.973 10.802 65.393 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 21 C CB . TRP 342 342 ? A 12.576 12.630 65.367 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 22 C CG . TRP 342 342 ? A 13.583 13.586 65.999 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 23 C CD1 . TRP 342 342 ? A 14.553 13.360 66.940 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 24 C CD2 . TRP 342 342 ? A 13.644 14.988 65.685 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 25 N NE1 . TRP 342 342 ? A 15.274 14.523 67.180 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 26 C CE2 . TRP 342 342 ? A 14.714 15.526 66.411 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 27 C CE3 . TRP 342 342 ? A 12.875 15.780 64.833 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 28 C CZ2 . TRP 342 342 ? A 15.085 16.856 66.243 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 29 C CZ3 . TRP 342 342 ? A 13.208 17.140 64.712 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 30 C CH2 . TRP 342 342 ? A 14.318 17.662 65.387 1 1 A TRP 0.570 1 ATOM 31 N N . GLY 343 343 ? A 9.239 12.793 64.661 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 32 C CA . GLY 343 343 ? A 8.390 12.207 63.632 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 33 C C . GLY 343 343 ? A 9.237 11.603 62.540 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 34 O O . GLY 343 343 ? A 10.403 11.993 62.421 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 35 N N . PRO 344 344 ? A 8.744 10.703 61.701 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 36 C CA . PRO 344 344 ? A 9.399 10.394 60.442 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 37 C C . PRO 344 344 ? A 9.665 11.634 59.606 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 38 O O . PRO 344 344 ? A 8.955 12.633 59.736 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 39 C CB . PRO 344 344 ? A 8.456 9.401 59.723 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 40 C CG . PRO 344 344 ? A 7.372 9.048 60.755 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 41 C CD . PRO 344 344 ? A 7.362 10.249 61.703 1 1 A PRO 0.690 1 ATOM 42 N N . TRP 345 345 ? A 10.682 11.598 58.731 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 43 C CA . TRP 345 345 ? A 10.856 12.625 57.731 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 44 C C . TRP 345 345 ? A 9.658 12.701 56.800 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 45 O O . TRP 345 345 ? A 9.105 11.683 56.393 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 46 C CB . TRP 345 345 ? A 12.123 12.351 56.889 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 47 C CG . TRP 345 345 ? A 13.419 12.546 57.662 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 48 C CD1 . TRP 345 345 ? A 14.289 11.611 58.151 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 49 C CD2 . TRP 345 345 ? A 13.967 13.831 58.018 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 50 N NE1 . TRP 345 345 ? A 15.350 12.228 58.789 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 51 C CE2 . TRP 345 345 ? A 15.169 13.592 58.706 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 52 C CE3 . TRP 345 345 ? A 13.535 15.131 57.764 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 53 C CZ2 . TRP 345 345 ? A 15.962 14.647 59.144 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 54 C CZ3 . TRP 345 345 ? A 14.336 16.195 58.210 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 55 C CH2 . TRP 345 345 ? A 15.521 15.959 58.912 1 1 A TRP 0.650 1 ATOM 56 N N . GLN 346 346 ? A 9.234 13.929 56.450 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 57 C CA . GLN 346 346 ? A 8.242 14.188 55.428 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 58 C C . GLN 346 346 ? A 8.696 13.679 54.065 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 59 O O . GLN 346 346 ? A 9.893 13.435 53.873 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 60 C CB . GLN 346 346 ? A 7.917 15.712 55.340 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 61 C CG . GLN 346 346 ? A 7.256 16.307 56.610 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 62 C CD . GLN 346 346 ? A 5.902 15.678 56.946 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 63 O OE1 . GLN 346 346 ? A 4.973 15.685 56.143 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 64 N NE2 . GLN 346 346 ? A 5.766 15.162 58.189 1 1 A GLN 0.670 1 ATOM 65 N N . PRO 347 347 ? A 7.835 13.503 53.074 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 66 C CA . PRO 347 347 ? A 8.271 13.563 51.683 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 67 C C . PRO 347 347 ? A 9.252 14.674 51.350 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 68 O O . PRO 347 347 ? A 9.196 15.750 51.940 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 69 C CB . PRO 347 347 ? A 6.981 13.710 50.855 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 70 C CG . PRO 347 347 ? A 5.819 13.348 51.798 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 71 C CD . PRO 347 347 ? A 6.373 13.524 53.217 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 72 N N . TRP 348 348 ? A 10.155 14.439 50.384 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 73 C CA . TRP 348 348 ? A 10.824 15.539 49.734 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 74 C C . TRP 348 348 ? A 9.828 16.387 48.969 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 75 O O . TRP 348 348 ? A 8.925 15.879 48.304 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 76 C CB . TRP 348 348 ? A 11.915 15.060 48.745 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 77 C CG . TRP 348 348 ? A 13.040 14.282 49.412 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 78 C CD1 . TRP 348 348 ? A 13.121 12.937 49.650 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 79 C CD2 . TRP 348 348 ? A 14.232 14.866 49.975 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 80 N NE1 . TRP 348 348 ? A 14.289 12.640 50.328 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 81 C CE2 . TRP 348 348 ? A 14.986 13.815 50.534 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 82 C CE3 . TRP 348 348 ? A 14.673 16.185 50.059 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 83 C CZ2 . TRP 348 348 ? A 16.202 14.070 51.166 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 84 C CZ3 . TRP 348 348 ? A 15.882 16.448 50.725 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 85 C CH2 . TRP 348 348 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.599 2 1 3 0.033 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 340 GLU 1 0.470 2 1 A 341 THR 1 0.500 3 1 A 342 TRP 1 0.570 4 1 A 343 GLY 1 0.640 5 1 A 344 PRO 1 0.690 6 1 A 345 TRP 1 0.650 7 1 A 346 GLN 1 0.670 8 1 A 347 PRO 1 0.700 9 1 A 348 TRP 1 0.670 10 1 A 349 SER 1 0.740 11 1 A 350 PRO 1 0.740 12 1 A 351 CYS 1 0.730 13 1 A 352 SER 1 0.740 14 1 A 353 THR 1 0.690 15 1 A 354 THR 1 0.620 16 1 A 355 CYS 1 0.630 17 1 A 356 GLY 1 0.690 18 1 A 357 ASP 1 0.680 19 1 A 358 ALA 1 0.750 20 1 A 359 VAL 1 0.740 21 1 A 360 ARG 1 0.690 22 1 A 361 GLU 1 0.720 23 1 A 362 ARG 1 0.680 24 1 A 363 ARG 1 0.640 25 1 A 364 ARG 1 0.570 26 1 A 365 LEU 1 0.560 27 1 A 366 CYS 1 0.590 28 1 A 367 VAL 1 0.430 29 1 A 368 THR 1 0.400 30 1 A 369 SER 1 0.270 31 1 A 370 PHE 1 0.210 32 1 A 371 PRO 1 0.310 33 1 A 372 SER 1 0.310 34 1 A 373 ARG 1 0.250 35 1 A 374 PRO 1 0.340 36 1 A 375 SER 1 0.590 37 1 A 376 CYS 1 0.630 38 1 A 377 SER 1 0.650 39 1 A 378 GLY 1 0.680 40 1 A 379 MET 1 0.630 41 1 A 380 SER 1 0.690 42 1 A 381 SER 1 0.730 43 1 A 382 GLU 1 0.720 44 1 A 383 THR 1 0.740 45 1 A 384 SER 1 0.750 46 1 A 385 PRO 1 0.740 47 1 A 386 CYS 1 0.750 48 1 A 387 SER 1 0.690 49 1 A 388 LEU 1 0.600 50 1 A 389 GLU 1 0.550 51 1 A 390 GLU 1 0.390 52 1 A 391 CYS 1 0.350 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #