data_SMR-705f62e18271838f89b7181fd2997ea1_1 _entry.id SMR-705f62e18271838f89b7181fd2997ea1_1 _struct.entry_id SMR-705f62e18271838f89b7181fd2997ea1_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - B1AT32/ B1AT32_MOUSE, INO80 complex subunit D - Q66JY2 (isoform 4)/ IN80D_MOUSE, INO80 complex subunit D Estimated model accuracy of this model is 0.004, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries B1AT32, Q66JY2 (isoform 4)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 116550.024 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP B1AT32_MOUSE B1AT32 1 ;MDAMAFSLTVPTLALKMPNGLDSMSLSPPGARVPLHYLDTELEDPFAFNEEDDDLKKGVTVRKKLQSKLA QNRQRQRETEILKVRQEHFSTPPTPPQQHTHLSPLSTSLKPPAPPQGSVCKSPQPQNTSLPMQGVAPTTH SIAQIRQASHKRPLPLLPSSRAPISDAPRTDRILMKAAAFSPHLSCISRLQRLVKLCTQKRQLDADLFPH LGLDWSEESGEELEDADQASPYQVAWSIRETLRHERHTSDDDDMESRSSRVTQLCTYFQQKYKHLCRLER AESRQKKCRHTFRKALLQAASKEPECTGQLIQELRRAACSRASLRQTKLKEVEPAACSGTVKGEQCTKQA LPFTRHCFQHILLNRSQQLFSSCTAKFADGQQCSVPVFDITHQTPLCEEHAKKMDNFLRGDNSRKVQHQQ QRKPRKKTKPPALTKKHKKKRRRGPRRPQKPIPPAVPQGNLSMPTSVSLPVEASQMRSPSTPELSADELP DDIANEITDIPHDLELNQEDFADVLPRLPDDLQDFDFFEGKNGDLLPTTEEAEELERALQAVTSLECLST IGVLSQSDGVPVQGLSDRGMGVFSTGTDASGIQSLSREVNTDLGELLNGRIVHDSFSSLELDENLLHSAP LSSPPTALAGQIQGQFSAPASAGLTSATLLSQSALGERAFPGQFHGLHDGSHASQRPHPAQLLSKADDLI TSRQQYSSDHSHSSPHGSHYDSEHVPSPYSDHITSPHTSYSGDNMAATFSAEMPIMAQHLLPTQLEVPLG GVVNPRTHWGNLPVNLGDPSAFSNLLGADGHLLSTSLSTPPTTSNSETTQPAFATVTPSSSSVLPGLPQT SFSGMGPSAELMASTSPKQQLPQFSAAFGHQLSSHSGIPKDLQPSHSSIAPPTGFTATGATATSTNNASP PFPSPN ; 'INO80 complex subunit D' 2 1 UNP IN80D_MOUSE Q66JY2 1 ;MDAMAFSLTVPTLALKMPNGLDSMSLSPPGARVPLHYLDTELEDPFAFNEEDDDLKKGVTVRKKLQSKLA QNRQRQRETEILKVRQEHFSTPPTPPQQHTHLSPLSTSLKPPAPPQGSVCKSPQPQNTSLPMQGVAPTTH SIAQIRQASHKRPLPLLPSSRAPISDAPRTDRILMKAAAFSPHLSCISRLQRLVKLCTQKRQLDADLFPH LGLDWSEESGEELEDADQASPYQVAWSIRETLRHERHTSDDDDMESRSSRVTQLCTYFQQKYKHLCRLER AESRQKKCRHTFRKALLQAASKEPECTGQLIQELRRAACSRASLRQTKLKEVEPAACSGTVKGEQCTKQA LPFTRHCFQHILLNRSQQLFSSCTAKFADGQQCSVPVFDITHQTPLCEEHAKKMDNFLRGDNSRKVQHQQ QRKPRKKTKPPALTKKHKKKRRRGPRRPQKPIPPAVPQGNLSMPTSVSLPVEASQMRSPSTPELSADELP DDIANEITDIPHDLELNQEDFADVLPRLPDDLQDFDFFEGKNGDLLPTTEEAEELERALQAVTSLECLST IGVLSQSDGVPVQGLSDRGMGVFSTGTDASGIQSLSREVNTDLGELLNGRIVHDSFSSLELDENLLHSAP LSSPPTALAGQIQGQFSAPASAGLTSATLLSQSALGERAFPGQFHGLHDGSHASQRPHPAQLLSKADDLI TSRQQYSSDHSHSSPHGSHYDSEHVPSPYSDHITSPHTSYSGDNMAATFSAEMPIMAQHLLPTQLEVPLG GVVNPRTHWGNLPVNLGDPSAFSNLLGADGHLLSTSLSTPPTTSNSETTQPAFATVTPSSSSVLPGLPQT SFSGMGPSAELMASTSPKQQLPQFSAAFGHQLSSHSGIPKDLQPSHSSIAPPTGFTATGATATSTNNASP PFPSPN ; 'INO80 complex subunit D' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 916 1 916 2 2 1 916 1 916 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . B1AT32_MOUSE B1AT32 . 1 916 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2008-04-08 3476B0344820A0C8 1 UNP . IN80D_MOUSE Q66JY2 Q66JY2-4 1 916 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2019-07-31 3476B0344820A0C8 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MDAMAFSLTVPTLALKMPNGLDSMSLSPPGARVPLHYLDTELEDPFAFNEEDDDLKKGVTVRKKLQSKLA QNRQRQRETEILKVRQEHFSTPPTPPQQHTHLSPLSTSLKPPAPPQGSVCKSPQPQNTSLPMQGVAPTTH SIAQIRQASHKRPLPLLPSSRAPISDAPRTDRILMKAAAFSPHLSCISRLQRLVKLCTQKRQLDADLFPH LGLDWSEESGEELEDADQASPYQVAWSIRETLRHERHTSDDDDMESRSSRVTQLCTYFQQKYKHLCRLER AESRQKKCRHTFRKALLQAASKEPECTGQLIQELRRAACSRASLRQTKLKEVEPAACSGTVKGEQCTKQA LPFTRHCFQHILLNRSQQLFSSCTAKFADGQQCSVPVFDITHQTPLCEEHAKKMDNFLRGDNSRKVQHQQ QRKPRKKTKPPALTKKHKKKRRRGPRRPQKPIPPAVPQGNLSMPTSVSLPVEASQMRSPSTPELSADELP DDIANEITDIPHDLELNQEDFADVLPRLPDDLQDFDFFEGKNGDLLPTTEEAEELERALQAVTSLECLST IGVLSQSDGVPVQGLSDRGMGVFSTGTDASGIQSLSREVNTDLGELLNGRIVHDSFSSLELDENLLHSAP 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LYS . 1 57 LYS . 1 58 GLY . 1 59 VAL . 1 60 THR . 1 61 VAL . 1 62 ARG . 1 63 LYS . 1 64 LYS . 1 65 LEU . 1 66 GLN . 1 67 SER . 1 68 LYS . 1 69 LEU . 1 70 ALA . 1 71 GLN . 1 72 ASN . 1 73 ARG . 1 74 GLN . 1 75 ARG . 1 76 GLN . 1 77 ARG . 1 78 GLU . 1 79 THR . 1 80 GLU . 1 81 ILE . 1 82 LEU . 1 83 LYS . 1 84 VAL . 1 85 ARG . 1 86 GLN . 1 87 GLU . 1 88 HIS . 1 89 PHE . 1 90 SER . 1 91 THR . 1 92 PRO . 1 93 PRO . 1 94 THR . 1 95 PRO . 1 96 PRO . 1 97 GLN . 1 98 GLN . 1 99 HIS . 1 100 THR . 1 101 HIS . 1 102 LEU . 1 103 SER . 1 104 PRO . 1 105 LEU . 1 106 SER . 1 107 THR . 1 108 SER . 1 109 LEU . 1 110 LYS . 1 111 PRO . 1 112 PRO . 1 113 ALA . 1 114 PRO . 1 115 PRO . 1 116 GLN . 1 117 GLY . 1 118 SER . 1 119 VAL . 1 120 CYS . 1 121 LYS . 1 122 SER . 1 123 PRO . 1 124 GLN . 1 125 PRO . 1 126 GLN . 1 127 ASN . 1 128 THR . 1 129 SER . 1 130 LEU . 1 131 PRO . 1 132 MET . 1 133 GLN . 1 134 GLY . 1 135 VAL . 1 136 ALA . 1 137 PRO . 1 138 THR . 1 139 THR . 1 140 HIS . 1 141 SER . 1 142 ILE . 1 143 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A 1 840 THR 840 ? ? ? B . A 1 841 SER 841 ? ? ? B . A 1 842 PHE 842 ? ? ? B . A 1 843 SER 843 ? ? ? B . A 1 844 GLY 844 ? ? ? B . A 1 845 MET 845 ? ? ? B . A 1 846 GLY 846 ? ? ? B . A 1 847 PRO 847 ? ? ? B . A 1 848 SER 848 ? ? ? B . A 1 849 ALA 849 ? ? ? B . A 1 850 GLU 850 ? ? ? B . A 1 851 LEU 851 ? ? ? B . A 1 852 MET 852 ? ? ? B . A 1 853 ALA 853 ? ? ? B . A 1 854 SER 854 ? ? ? B . A 1 855 THR 855 ? ? ? B . A 1 856 SER 856 ? ? ? B . A 1 857 PRO 857 ? ? ? B . A 1 858 LYS 858 ? ? ? B . A 1 859 GLN 859 ? ? ? B . A 1 860 GLN 860 ? ? ? B . A 1 861 LEU 861 ? ? ? B . A 1 862 PRO 862 ? ? ? B . A 1 863 GLN 863 ? ? ? B . A 1 864 PHE 864 ? ? ? B . A 1 865 SER 865 ? ? ? B . A 1 866 ALA 866 ? ? ? B . A 1 867 ALA 867 ? ? ? B . A 1 868 PHE 868 ? ? ? B . A 1 869 GLY 869 ? ? ? B . A 1 870 HIS 870 ? ? ? B . A 1 871 GLN 871 ? ? ? B . A 1 872 LEU 872 ? ? ? B . A 1 873 SER 873 ? ? ? B . A 1 874 SER 874 ? ? ? B . A 1 875 HIS 875 ? ? ? B . A 1 876 SER 876 ? ? ? B . A 1 877 GLY 877 ? ? ? B . A 1 878 ILE 878 ? ? ? B . A 1 879 PRO 879 ? ? ? B . A 1 880 LYS 880 ? ? ? B . A 1 881 ASP 881 ? ? ? B . A 1 882 LEU 882 ? ? ? B . A 1 883 GLN 883 ? ? ? B . A 1 884 PRO 884 ? ? ? B . A 1 885 SER 885 ? ? ? B . A 1 886 HIS 886 ? ? ? B . A 1 887 SER 887 ? ? ? B . A 1 888 SER 888 ? ? ? B . A 1 889 ILE 889 ? ? ? B . A 1 890 ALA 890 ? ? ? B . A 1 891 PRO 891 ? ? ? B . A 1 892 PRO 892 ? ? ? B . A 1 893 THR 893 ? ? ? B . A 1 894 GLY 894 ? ? ? B . A 1 895 PHE 895 ? ? ? B . A 1 896 THR 896 ? ? ? B . A 1 897 ALA 897 ? ? ? B . A 1 898 THR 898 ? ? ? B . A 1 899 GLY 899 ? ? ? B . A 1 900 ALA 900 ? ? ? B . A 1 901 THR 901 ? ? ? B . A 1 902 ALA 902 ? ? ? B . A 1 903 THR 903 ? ? ? B . A 1 904 SER 904 ? ? ? B . A 1 905 THR 905 ? ? ? B . A 1 906 ASN 906 ? ? ? B . A 1 907 ASN 907 ? ? ? B . A 1 908 ALA 908 ? ? ? B . A 1 909 SER 909 ? ? ? B . A 1 910 PRO 910 ? ? ? B . A 1 911 PRO 911 ? ? ? B . A 1 912 PHE 912 ? ? ? B . A 1 913 PRO 913 ? ? ? B . A 1 914 SER 914 ? ? ? B . A 1 915 PRO 915 ? ? ? B . A 1 916 ASN 916 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Catenin alpha-1 {PDB ID=5y04, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5y04.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5y04, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-02-26 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-02-21 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GPGELAYALNNFDKQIIVDPLSFSEERFRPSLEERLESIISGAALMADSSCTRDDRRERIVAECNAVRQA LQDLLSEYMGNAGRKERSDALNSAIDKMTKKT ; ;GPGELAYALNNFDKQIIVDPLSFSEERFRPSLEERLESIISGAALMADSSCTRDDRRERIVAECNAVRQA LQDLLSEYMGNAGRKERSDALNSAIDKMTKKT ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 53 81 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5y04 2024-03-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 916 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 916 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 79.000 17.241 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDAMAFSLTVPTLALKMPNGLDSMSLSPPGARVPLHYLDTELEDPFAFNEEDDDLKKGVTVRKKLQSKLAQNRQRQRETEILKVRQEHFSTPPTPPQQHTHLSPLSTSLKPPAPPQGSVCKSPQPQNTSLPMQGVAPTTHSIAQIRQASHKRPLPLLPSSRAPISDAPRTDRILMKAAAFSPHLSCISRLQRLVKLCTQKRQLDADLFPHLGLDWSEESGEELEDADQASPYQVAWSIRETLRHERHTSDDDDMESRSSRVTQLCTYFQQKYKHLCRLERAESRQKKCRHTFRKALLQAASKEPECTGQLIQELRRAACSRASLRQTKLKEVEPAACSGTVKGEQCTKQALPFTRHCFQHILLNRSQQLFSSCTAKFADGQQCSVPVFDITHQTPLCEEHAKKMDNFLRGDNSRKVQHQQQRKPRKKTKPPALTKKHKKKRRRGPRRPQKPIPPAVPQGNLSMPTSVSLPVEASQMRSPSTPELSADELPDDIANEITDIPHDLELNQEDFADVLPRLPDDLQDFDFFEGKNGDLLPTTEEAEELERALQAVTSLECLSTIGVLSQSDGVPVQGLSDRGMGVFSTGTDASGIQSLSREVNTDLGELLNGRIVHDSFSSLELDENLLHSAPLSSPPTALAGQIQGQFSAPASAGLTSATLLSQSALGERAFPGQFHGLHDGSHASQRPHPAQLLSKADDLITSRQQYSSDHSHSSPHGSHYDSEHVPSPYSDHITSPHTSYSGDNMAATFSAEMPIMAQHLLPTQLEVPLGGVVNPRTHWGNLPVNLGDPSAFSNLLGADGHLLSTSLSTPPTTSNSETTQPAFATVTPSSSSVLPGLPQTSFSGMGPSAELMASTSPKQQLPQFSAAFGHQLSSHSGIPKDLQPSHSSIAPPTGFTATGATATSTNNASPPFPSPN 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RDDRRERIVAECNAVRQALQDLLSEYMGN---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5y04.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 256 256 ? A 7.377 34.391 22.288 1 1 B SER 0.400 1 ATOM 2 C CA . SER 256 256 ? A 7.352 35.079 20.937 1 1 B SER 0.400 1 ATOM 3 C C . SER 256 256 ? A 8.404 34.628 19.926 1 1 B SER 0.400 1 ATOM 4 O O . SER 256 256 ? A 8.199 34.768 18.729 1 1 B SER 0.400 1 ATOM 5 C CB . SER 256 256 ? A 7.508 36.616 21.113 1 1 B SER 0.400 1 ATOM 6 O OG . SER 256 256 ? A 8.756 36.918 21.745 1 1 B SER 0.400 1 ATOM 7 N N . ARG 257 257 ? A 9.565 34.059 20.345 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 8 C CA . ARG 257 257 ? A 10.568 33.583 19.402 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 9 C C . ARG 257 257 ? A 10.111 32.506 18.432 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 10 O O . ARG 257 257 ? A 10.382 32.610 17.247 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 11 C CB . ARG 257 257 ? A 11.802 32.988 20.108 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 12 C CG . ARG 257 257 ? A 12.526 33.901 21.108 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 13 C CD . ARG 257 257 ? A 13.936 33.359 21.355 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 14 N NE . ARG 257 257 ? A 14.483 33.999 22.588 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 15 C CZ . ARG 257 257 ? 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A 5.198 34.209 18.141 1 1 B SER 0.510 1 ATOM 30 N N . ARG 260 260 ? A 7.810 34.199 15.886 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 31 C CA . ARG 260 260 ? A 8.701 34.964 15.027 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 32 C C . ARG 260 260 ? A 9.564 34.165 14.039 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 33 O O . ARG 260 260 ? A 9.787 34.583 12.914 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 34 C CB . ARG 260 260 ? A 9.669 35.774 15.912 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 35 C CG . ARG 260 260 ? A 10.596 36.721 15.120 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 36 C CD . ARG 260 260 ? A 11.664 37.432 15.955 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 37 N NE . ARG 260 260 ? A 12.591 36.381 16.524 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 38 C CZ . ARG 260 260 ? A 13.603 35.789 15.868 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 39 N NH1 . ARG 260 260 ? A 13.893 36.080 14.606 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 40 N NH2 . ARG 260 260 ? A 14.347 34.870 16.486 1 1 B ARG 0.470 1 ATOM 41 N N . VAL 261 261 ? A 10.127 33.010 14.446 1 1 B VAL 0.570 1 ATOM 42 C CA . VAL 261 261 ? A 10.858 32.083 13.587 1 1 B VAL 0.570 1 ATOM 43 C C . VAL 261 261 ? 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A 5.042 28.755 -16.370 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 212 C CB . ARG 280 280 ? A 5.684 27.622 -13.471 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 213 C CG . ARG 280 280 ? A 6.591 26.527 -12.879 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 214 C CD . ARG 280 280 ? A 5.826 25.365 -12.237 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 215 N NE . ARG 280 280 ? A 5.081 25.903 -11.049 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 216 C CZ . ARG 280 280 ? A 5.578 25.985 -9.805 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 217 N NH1 . ARG 280 280 ? A 6.805 25.563 -9.520 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 218 N NH2 . ARG 280 280 ? A 4.841 26.530 -8.837 1 1 B ARG 0.430 1 ATOM 219 N N . ALA 281 281 ? A 4.860 30.381 -14.787 1 1 B ALA 0.410 1 ATOM 220 C CA . ALA 281 281 ? A 3.725 31.110 -15.279 1 1 B ALA 0.410 1 ATOM 221 C C . ALA 281 281 ? A 2.426 30.389 -14.914 1 1 B ALA 0.410 1 ATOM 222 O O . ALA 281 281 ? A 2.443 29.353 -14.248 1 1 B ALA 0.410 1 ATOM 223 C CB . ALA 281 281 ? A 3.908 31.587 -16.749 1 1 B ALA 0.410 1 ATOM 224 N N . GLU 282 282 ? A 1.278 30.988 -15.269 1 1 B GLU 0.190 1 ATOM 225 C CA . GLU 282 282 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.527 2 1 3 0.004 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 256 SER 1 0.400 2 1 A 257 ARG 1 0.380 3 1 A 258 SER 1 0.490 4 1 A 259 SER 1 0.510 5 1 A 260 ARG 1 0.470 6 1 A 261 VAL 1 0.570 7 1 A 262 THR 1 0.550 8 1 A 263 GLN 1 0.570 9 1 A 264 LEU 1 0.560 10 1 A 265 CYS 1 0.590 11 1 A 266 THR 1 0.600 12 1 A 267 TYR 1 0.590 13 1 A 268 PHE 1 0.580 14 1 A 269 GLN 1 0.610 15 1 A 270 GLN 1 0.620 16 1 A 271 LYS 1 0.620 17 1 A 272 TYR 1 0.610 18 1 A 273 LYS 1 0.610 19 1 A 274 HIS 1 0.540 20 1 A 275 LEU 1 0.550 21 1 A 276 CYS 1 0.580 22 1 A 277 ARG 1 0.500 23 1 A 278 LEU 1 0.570 24 1 A 279 GLU 1 0.540 25 1 A 280 ARG 1 0.430 26 1 A 281 ALA 1 0.410 27 1 A 282 GLU 1 0.190 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #