data_SMR-a1819b7036bae3a35efd8e2782414aad_3
_entry.id SMR-a1819b7036bae3a35efd8e2782414aad_3
_struct.entry_id SMR-a1819b7036bae3a35efd8e2782414aad_3
_struct.pdbx_model_details
;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries:

  - Q3USH5/ SFSWA_MOUSE, Splicing factor, suppressor of white-apricot homolog

Estimated model accuracy of this model is 0.006, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE).
;
_struct.pdbx_structure_determination_methodology computational
_struct.title 'Model for UniProtKB entries Q3USH5'
_audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic
_audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic
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_citation.year
_citation.pdbx_database_id_PubMed
_citation.pdbx_database_id_DOI
primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality'
'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132
2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes'
'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427
3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1)
1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667
4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation'
Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828
5
'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology'
'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579
10.1107/S0907444913007051
6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500
10.1186/1471-2105-10-421
7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation'
'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7
#
#
loop_
_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
primary 'Bienert, S.' 1
primary 'Waterhouse, A.' 2
primary 'de Beer, T.A.P.' 3
primary 'Tauriello, G.' 4
primary 'Studer, G.' 5
primary 'Bordoli, L.' 6
primary 'Schwede, T.' 7
2 'Waterhouse, A.' 8
2 'Bertoni, M.' 9
2 'Bienert, S.' 10
2 'Studer, G.' 11
2 'Tauriello, G.' 12
2 'Gumienny, R.' 13
2 'Heer, F.T.' 14
2 'de Beer, T.A.P.' 15
2 'Rempfer, C.' 16
2 'Bordoli, L.' 17
2 'Lepore, R.' 18
2 'Schwede, T.' 19
3 'Studer, G.' 20
3 'Tauriello, G.' 21
3 'Bienert, S.' 22
3 'Biasini, M.' 23
3 'Johner, N.' 24
3 'Schwede, T.' 25
4 'Studer, G.' 26
4 'Rempfer, C.' 27
4 'Waterhouse, A.M.' 28
4 'Gumienny, R.' 29
4 'Haas, J.' 30
4 'Schwede, T.' 31
5 'Biasini, M.' 32
5 'Schmidt, T.' 33
5 'Bienert, S.' 34
5 'Mariani, V.' 35
5 'Studer, G.' 36
5 'Haas, J.' 37
5 'Johner, N.' 38
5 'Schenk, A.D.' 39
5 'Philippsen, A.' 40
5 'Schwede, T.' 41
6 'Camacho, C.' 42
6 'Coulouris, G.' 43
6 'Avagyan, V.' 44
6 'Ma, N.' 45
6 'Papadopoulos, J.' 46
6 'Bealer, K.' 47
6 'Madden, T.L.' 48
7 'Steinegger, M.' 49
7 'Meier, M.' 50
7 'Mirdita, M.' 51
7 'Vohringer, H.' 52
7 'Haunsberger, S.J.' 53
7 'Soding, J.' 54
#
#
loop_
_software.pdbx_ordinal
_software.name
_software.classification
_software.description
_software.version
_software.type
_software.location
_software.citation_id
1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service'
3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2
2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library
https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3
3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1
library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4
4 OpenStructure 'data processing'
'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package
https://openstructure.org/ 5
5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6
6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0
package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7
#
#
loop_
_ma_software_group.ordinal_id
_ma_software_group.group_id
_ma_software_group.software_id
_ma_software_group.parameter_group_id
1 1 6 .
2 2 1 .
3 2 4 .
4 2 5 .
5 2 6 .
6 3 1 .
7 3 4 .
8 4 1 .
9 4 2 .
10 4 4 .
11 5 3 .
12 6 1 .
13 6 3 .
14 6 4 .
#
#
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Bienert, S.' 1
'Waterhouse, A.' 2
'de Beer, T.A.P.' 3
'Tauriello, G.' 4
'Studer, G.' 5
'Bordoli, L.' 6
'Schwede, T.' 7
#
#
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.type
_chem_comp.name
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
_chem_comp.ma_provenance
ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core'
ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core'
ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core'
ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core'
CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core'
GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core'
GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core'
GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core'
HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core'
ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core'
MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core'
PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core'
PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core'
SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core'
THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core'
TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core'
TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core'
VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core'
#
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.details
1 polymer man . 121359.744 1 .
#
#
loop_
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_struct_ref.entity_id
_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_align_begin
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.details
1 1 UNP SFSWA_MOUSE Q3USH5 1
;MYGAGGGRAKPERKGGVKEEAGPGGTGTGGNRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDPKIL
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PPPPTTAEPSSGVTSTTTTTSALAPVAIIPPPPDIQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQP
WHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGGSTQAASTAEEAPTETAVEESGEAGEDGAPEGMAETGGRGSGKKEAGSS
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SRSPHEKKKKRRSRSRTKAKARSQSTSPSKQAAQRPSAHSAHSASISPVESRGSSQERSRGVSQEKDGQI
SSAIVSSVQSKITQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS
;
'Splicing factor, suppressor of white-apricot homolog'
#
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.db_align_end
1 1 1 945 1 945
#
#
loop_
_ma_target_ref_db_details.target_entity_id
_ma_target_ref_db_details.db_name
_ma_target_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_target_ref_db_details.db_code
_ma_target_ref_db_details.db_accession
_ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end
_ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id
_ma_target_ref_db_details.organism_scientific
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum
1 UNP . SFSWA_MOUSE Q3USH5 . 1 945 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2011-10-19
7B2CBDCB63A89AA2
#
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
1 polypeptide(L) no no P
;MYGAGGGRAKPERKGGVKEEAGPGGTGTGGNRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDPKIL
IDRYDGRGHLHDLSAYDAEYATWNRDYQLSEEEARVEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEAL
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PPPPTTAEPSSGVTSTTTTTSALAPVAIIPPPPDIQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQP
WHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGGSTQAASTAEEAPTETAVEESGEAGEDGAPEGMAETGGRGSGKKEAGSS
KSTVDGKLVKASFAPISFAIKAKENDLLPLEKNRVKLDDDSEEDEESRECQESTSSVANPSPAAAPPSVA
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SSAIVSSVQSKITQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS
;

;MYGAGGGRAKPERKGGVKEEAGPGGTGTGGNRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDPKIL
IDRYDGRGHLHDLSAYDAEYATWNRDYQLSEEEARVEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEAL
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;

#
#
loop_
_entity_poly_seq.entity_id
_entity_poly_seq.num
_entity_poly_seq.mon_id
_entity_poly_seq.hetero
1 1 MET .
1 2 TYR .
1 3 GLY .
1 4 ALA .
1 5 GLY .
1 6 GLY .
1 7 GLY .
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1 13 ARG .
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1 15 GLY .
1 16 GLY .
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1 19 GLU .
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1 48 ASP .
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1 53 ALA .
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1 71 ILE .
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1 81 HIS .
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1 95 ARG .
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1 115 TYR .
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1 174 GLU .
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1 179 GLU .
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1 183 GLU .
1 184 ASN .
1 185 GLU .
1 186 GLU .
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1 188 PHE .
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1 191 PRO .
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1 197 PRO .
1 198 SER .
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1 204 PRO .
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1 212 ILE .
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A 1 899 SER 899 ? ? ? P .
A 1 900 ARG 900 ? ? ? P .
A 1 901 GLY 901 ? ? ? P .
A 1 902 VAL 902 ? ? ? P .
A 1 903 SER 903 ? ? ? P .
A 1 904 GLN 904 ? ? ? P .
A 1 905 GLU 905 ? ? ? P .
A 1 906 LYS 906 ? ? ? P .
A 1 907 ASP 907 ? ? ? P .
A 1 908 GLY 908 ? ? ? P .
A 1 909 GLN 909 ? ? ? P .
A 1 910 ILE 910 ? ? ? P .
A 1 911 SER 911 ? ? ? P .
A 1 912 SER 912 ? ? ? P .
A 1 913 ALA 913 ? ? ? P .
A 1 914 ILE 914 ? ? ? P .
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A 1 916 SER 916 ? ? ? P .
A 1 917 SER 917 ? ? ? P .
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A 1 920 SER 920 ? ? ? P .
A 1 921 LYS 921 ? ? ? P .
A 1 922 ILE 922 ? ? ? P .
A 1 923 THR 923 ? ? ? P .
A 1 924 GLN 924 ? ? ? P .
A 1 925 ASP 925 ? ? ? P .
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A 1 931 ARG 931 ? ? ? P .
A 1 932 ALA 932 ? ? ? P .
A 1 933 MET 933 ? ? ? P .
A 1 934 LEU 934 ? ? ? P .
A 1 935 ALA 935 ? ? ? P .
A 1 936 ALA 936 ? ? ? P .
A 1 937 SER 937 ? ? ? P .
A 1 938 LYS 938 ? ? ? P .
A 1 939 ASN 939 ? ? ? P .
A 1 940 LEU 940 ? ? ? P .
A 1 941 GLN 941 ? ? ? P .
A 1 942 THR 942 ? ? ? P .
A 1 943 SER 943 ? ? ? P .
A 1 944 ALA 944 ? ? ? P .
A 1 945 SER 945 ? ? ? P .
#
#
loop_
_ma_data.id
_ma_data.name
_ma_data.content_type
_ma_data.content_type_other_details
1
'RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase-associated protein LEO1 {PDB ID=8a3y, label_asym_id=P, auth_asym_id=Q, SMTL ID=8a3y.1.P}'
'template structure' .
2 . target .
3 'Target-template alignment by HHblits to 8a3y, label_asym_id=P'
'target-template alignment' .
4 'model 3' 'model coordinates' .
5 SMTL 'reference database' .
6 PDB 'reference database' .
7 'Template search output' other 'Results of the sequence search'
#
#
loop_
_ma_data_group.ordinal_id
_ma_data_group.group_id
_ma_data_group.data_id
1 1 2
2 1 5
3 1 6
4 2 7
5 3 2
6 3 1
7 3 3
8 4 1
9 4 3
10 5 4
#
#
loop_
_ma_data_ref_db.data_id
_ma_data_ref_db.name
_ma_data_ref_db.location_url
_ma_data_ref_db.version
_ma_data_ref_db.release_date
5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-02-26
6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-02-21
#
#
loop_
_ma_target_entity.entity_id
_ma_target_entity.data_id
_ma_target_entity.origin
1 2 'reference database'
#
#
loop_
_ma_target_entity_instance.asym_id
_ma_target_entity_instance.entity_id
_ma_target_entity_instance.details
A 1 .
#
#
loop_
_ma_template_trans_matrix.id
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[1]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[2]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[3]
1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000
1.000000 0 0 0
#
#
loop_
_ma_template_details.ordinal_id
_ma_template_details.template_id
_ma_template_details.template_origin
_ma_template_details.template_entity_type
_ma_template_details.template_trans_matrix_id
_ma_template_details.template_data_id
_ma_template_details.target_asym_id
_ma_template_details.template_label_asym_id
_ma_template_details.template_label_entity_id
_ma_template_details.template_model_num
_ma_template_details.template_auth_asym_id
1 1 'reference database' polymer 1 1 A P 16 1 Q
#
#
loop_
_ma_template_poly.template_id
_ma_template_poly.seq_one_letter_code
_ma_template_poly.seq_one_letter_code_can
1
;MSRGSIEIPLRDTDEVIELDFDQLPEGDEVISILKQEHTQLHIWIALALEYYKQGKTEEFVKLLEAARID
GNLDYRDHEKDQMTCLDTLAAYYVQQARKEKNKDNKKDLITQATLLYTMADKIIMYDQNHLLGRACFCLL
EGDKMDQADAQFHFVLNQSPNNIPALLGKACISFNKKDYRGALAYYKKALRTNPGCPAEVRLGMGHCFVK
LNKLEKARLAFSRALELNSKCVGALVGLAVLELNNKEADSIKNGVQLLSRAYTIDPSNPMVLNHLANHFF
FKKDYSKVQHLALHAFHNTEVEAMQAESCYQLARSFHVQEDYDQAFQYYYQATQFASSSFVLPFFGLGQM
YIYRGDKENASQCFEKVLKAYPNNYETMKILGSLYAASEDQEKRDIAKGHLKKVTEQYPDDVEAWIELAQ
ILEQTDIQGALSAYGTATRILQEKVQADVPPEILNNVGALHFRLGNLGEAKKYFLASLDRAKAEAEHDEH
YYNAISVTTSYNLARLYEAMCEFHEAEKLYKNILREHPNYVDCYLRLGAMARDKGNFYEASDWFKEALQI
NQDHPDAWSLIGNLHLAKQEWGPGQKKFERILKQPSTQSDTYSMLALGNVWLQTLHQPTRDREKEKRHQD
RALAIYKQVLRNDAKNLYAANGIGAVLAHKGYFREARDVFAQVREATADISDVWLNLAHIYVEQKQYISA
VQMYENCLRKFYKHQNTEVVLYLARALFKCGKLQECKQTLLKARHVAPSDTVLMFNVALVLQRLATSVLK
DEKSNLKEVLNAVKELELAHRYFSYLSKVGDKMRFDLALAATEARQCSDLLSQAQYHVARARKQDEEERE
LRAKQEQEKELLRQKLLKEQEEKRLREKEEQKKLLEQRAQYVEKTKNILMFTGETEATKEKKRGGGGGRR
SKKGGEFDEFVNDDTDDDLPISKKKKRRKGSGSEQEGEDEEGGERKKKKRRRHPKGEEGSDDDETENGPK
PKKRRPPKAEKKKAPKPERLPPSMKGKIKSKAIISSSDDSSDEDKLKIADEGHPRNSNSNSDSDEDEQRK
KCASSESDSDENQNKSGSEAGSPRRPRRQRSDQDSDSDQPSRKRRPSGSEQSDNESVQSGRSHSGVSEND
SRPASPSAESDHESERGSDNEGSGQGSGNESEPEGSNNEASDRGSEHGSDDSDENLYFQMADMEDLFGSD
ADSEAERKDSDSGSDSDSDQENAASGSNASGSESDQDERGDSGQPSNKELFGDDSEDEGASHHSGSDNHS
ERSDNRSEASERSDHEDNDPSDVDQHSGSEAPNDDEDEGHRSDGGSHHSEAEGSEKAHSDDEKWGREDKS
DQSDDEKIQNSDDEERAQGSDEDKLQNSDDDEKMQNTDDEERPQLSDDERQQLSEEEKANSDDERPVASD
NDDEKQNSDDEEQPQLSDEEKMQNSDDERPQASDEEHRHSDDEEEQDHKSESARGSDSEDEVLRMKRKNA
IASDSEADSDTEVPKDNSGTMDLFGGADDISSGSDGEDKPPTPGQPVDENGLPQDQQEEEPIPETRIEVE
IPKVNTDLGNDLYFVKLPNFLSVEPRPFDPQYYEDEFEDEEMLDEEGRTRLKLKVENTIRWRIRRDEEGN
EIKESNARIVKWSDGSMSLHLGNEVFDVYKAPLQGDHNHLFIRQGTGLQGQAVFKTKLTFRPHSTDSATH
RKMTLSLADRCSKTQKIRILPMAGRDPECQRTEMIKKEEERLRASIRRESQQRRMREKQHQRGLSASYLE
PDRYDEEEEGEESISLAAIKNRYKGGIREERARIYSSDSDEGSEEDKAQRLLKAKKLTSDEEGEPSGKRK
AEDDDKANKKHKKYVISDEEEEDDD
;

;MSRGSIEIPLRDTDEVIELDFDQLPEGDEVISILKQEHTQLHIWIALALEYYKQGKTEEFVKLLEAARID
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AEDDDKANKKHKKYVISDEEEEDDD
;

#
#
loop_
_ma_template_poly_segment.id
_ma_template_poly_segment.template_id
_ma_template_poly_segment.residue_number_begin
_ma_template_poly_segment.residue_number_end
1 1 858 882
#
#
loop_
_ma_template_ref_db_details.template_id
_ma_template_ref_db_details.db_name
_ma_template_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_template_ref_db_details.db_accession_code
_ma_template_ref_db_details.db_version_date
1 PDB . 8a3y 2024-11-06
#
#
loop_
_ma_target_template_poly_mapping.id
_ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end
1 1 A 1 945
#
#
loop_
_ma_alignment_info.alignment_id
_ma_alignment_info.data_id
_ma_alignment_info.software_group_id
_ma_alignment_info.alignment_length
_ma_alignment_info.alignment_type
_ma_alignment_info.alignment_mode
1 3 1 945 'target-template pairwise alignment' local
#
#
loop_
_ma_alignment_details.ordinal_id
_ma_alignment_details.alignment_id
_ma_alignment_details.template_segment_id
_ma_alignment_details.target_asym_id
_ma_alignment_details.score_type
_ma_alignment_details.score_type_other_details
_ma_alignment_details.score_value
_ma_alignment_details.percent_sequence_identity
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details
1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.100 16.000
'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' .
#
#
loop_
_ma_alignment.ordinal_id
_ma_alignment.alignment_id
_ma_alignment.target_template_flag
_ma_alignment.sequence
1 1 1
MYGAGGGRAKPERKGGVKEEAGPGGTGTGGNRVELLVFGYACKLFRDDERALAQEQGQHLIPWMGDPKILIDRYDGRGHLHDLSAYDAEYATWNRDYQLSEEEARVEALCDEERYLALHTDLLEEEARQEEEYKRLSEALAEDGNYSAVGFTYGSDYYDPSEPTEEEEPSKQREKNEAENLEENEEPFIAPLGLSVPSDVELPPTAKMHAIIERTANFVCKQGAQFEIMLKAKQARNSQFDFLRFDHYLNPYYKFIQKAMKEGRYTVLAESKNEEKKKSGPTSDNEEEDDEEDGSYLHPSLFASKKSSRLEELMKPLKVVDPDHPLAALVRKAQADSSAPAPPTADGTPAQPSQVEYTADSTVAAMYYSYYMLPDGTYCLAPPPPGIDVATYYSTLPAGVTVSSSPGVTTTVPPPPGTTPPPPPTTAEPSSGVTSTTTTTSALAPVAIIPPPPDIQPVIDKLAEYVARNGLKFETSVRAKNDQRFEFLQPWHQYNAYYEFKKQFFLQKEGGGSTQAASTAEEAPTETAVEESGEAGEDGAPEGMAETGGRGSGKKEAGSSKSTVDGKLVKASFAPISFAIKAKENDLLPLEKNRVKLDDDSEEDEESRECQESTSSVANPSPAAAPPSVAVEEKKPQLTQEELEAKQAKQKLEDRLAAAAREKLAQASKESKEKQLQAERKRKAALFLQTLKNPLPEAEVGKLEESTFGVEDTGVMPCPLLVGGRTLPILEGKPPERPSNRCRDPPREEEREKKKKKHKKRSRTRSRSPKYHSSSKPRSRSHSKAKHSLPSAYRTVRRSRSRSRSPRRRAHSPERRREERSVPTAYRMSGSPGVSRKRTRSRSPHEKKKKRRSRSRTKAKARSQSTSPSKQAAQRPSAHSAHSASISPVESRGSSQERSRGVSQEKDGQISSAIVSSVQSKITQDLMAKVRAMLAASKNLQTSAS
2 1 2
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KEQEEKRLREKEEQKKLLEQRAQYV---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#
#
loop_
_ma_protocol_step.ordinal_id
_ma_protocol_step.protocol_id
_ma_protocol_step.step_id
_ma_protocol_step.method_type
_ma_protocol_step.step_name
_ma_protocol_step.details
_ma_protocol_step.software_group_id
_ma_protocol_step.input_data_group_id
_ma_protocol_step.output_data_group_id
1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2
1 2
2 1 2 'template selection' 'template selection'
'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4
3 1 3 modeling 'homology modeling'
'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8a3y.1' 4 3 5
#
#
loop_
_ma_model_list.ordinal_id
_ma_model_list.model_id
_ma_model_list.model_group_id
_ma_model_list.model_name
_ma_model_list.model_group_name
_ma_model_list.data_id
_ma_model_list.model_type
_ma_model_list.model_type_other_details
1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' .
#
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 N N . LYS 672 672 ? A 226.822 261.908 197.718 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 2 C CA . LYS 672 672 ? A 226.260 261.278 198.967 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 3 C C . LYS 672 672 ? A 226.107 259.750 198.957 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 4 O O . LYS 672 672 ? A 226.574 259.118 199.889 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 5 C CB . LYS 672 672 ? A 224.974 262.041 199.415 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 6 C CG . LYS 672 672 ? A 223.772 262.042 198.440 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 7 C CD . LYS 672 672 ? A 222.721 260.926 198.682 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 8 C CE . LYS 672 672 ? A 221.575 260.882 197.644 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 9 N NZ . LYS 672 672 ? A 220.610 259.778 197.918 1 1 P LYS 0.550 1
ATOM 10 N N . GLU 673 673 ? A 225.546 259.114 197.882 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 11 C CA . GLU 673 673 ? A 225.420 257.657 197.744 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 12 C C . GLU 673 673 ? A 226.764 256.945 197.844 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 13 O O . GLU 673 673 ? A 226.937 256.002 198.600 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 14 C CB . GLU 673 673 ? A 224.691 257.320 196.405 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 15 C CG . GLU 673 673 ? A 223.154 257.518 196.490 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 16 C CD . GLU 673 673 ? A 222.441 256.604 197.493 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 17 O OE1 . GLU 673 673 ? A 222.994 255.538 197.864 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 18 O OE2 . GLU 673 673 ? A 221.383 257.108 197.956 1 1 P GLU 0.560 1
ATOM 19 N N . LYS 674 674 ? A 227.803 257.482 197.167 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 20 C CA . LYS 674 674 ? A 229.163 256.968 197.270 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 21 C C . LYS 674 674 ? A 229.766 256.977 198.677 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 22 O O . LYS 674 674 ? A 230.398 256.012 199.101 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 23 C CB . LYS 674 674 ? A 230.108 257.771 196.349 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 24 C CG . LYS 674 674 ? A 229.820 257.546 194.860 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 25 C CD . LYS 674 674 ? A 230.806 258.313 193.964 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 26 C CE . LYS 674 674 ? A 230.564 258.069 192.470 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 27 N NZ . LYS 674 674 ? A 231.505 258.871 191.654 1 1 P LYS 0.690 1
ATOM 28 N N . GLN 675 675 ? A 229.561 258.075 199.443 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 29 C CA . GLN 675 675 ? A 229.940 258.161 200.845 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 30 C C . GLN 675 675 ? A 229.150 257.186 201.726 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 31 O O . GLN 675 675 ? A 229.694 256.559 202.624 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 32 C CB . GLN 675 675 ? A 229.878 259.614 201.406 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 33 C CG . GLN 675 675 ? A 230.509 259.768 202.819 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 34 C CD . GLN 675 675 ? A 231.993 259.391 202.798 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 35 O OE1 . GLN 675 675 ? A 232.724 259.841 201.913 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 36 N NE2 . GLN 675 675 ? A 232.460 258.557 203.755 1 1 P GLN 0.700 1
ATOM 37 N N . LEU 676 676 ? A 227.837 256.987 201.476 1 1 P LEU 0.720 1
ATOM 38 C CA . LEU 676 676 ? A 227.039 255.976 202.163 1 1 P LEU 0.720 1
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ATOM 62 O O . GLU 679 679 ? A 229.766 251.819 206.711 1 1 P GLU 0.750 1
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ATOM 70 C C . ARG 680 680 ? A 230.073 249.501 204.571 1 1 P ARG 0.700 1
ATOM 71 O O . ARG 680 680 ? A 230.197 248.480 205.245 1 1 P ARG 0.700 1
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ATOM 91 O O . ARG 682 682 ? A 233.147 249.483 209.332 1 1 P ARG 0.690 1
ATOM 92 C CB . ARG 682 682 ? A 233.119 252.376 207.816 1 1 P ARG 0.690 1
ATOM 93 C CG . ARG 682 682 ? A 233.749 252.653 209.195 1 1 P ARG 0.690 1
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ATOM 95 N NE . ARG 682 682 ? A 232.302 254.552 209.681 1 1 P ARG 0.690 1
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ATOM 99 N N . LYS 683 683 ? A 231.238 249.715 208.190 1 1 P LYS 0.730 1
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ATOM 106 C CE . LYS 683 683 ? A 226.107 251.242 209.144 1 1 P LYS 0.730 1
ATOM 107 N NZ . LYS 683 683 ? A 224.690 251.170 208.752 1 1 P LYS 0.730 1
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ATOM 113 N N . ALA 685 685 ? A 234.281 246.777 207.989 1 1 P ALA 0.770 1
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ATOM 115 C C . ALA 685 685 ? A 235.407 246.655 210.206 1 1 P ALA 0.770 1
ATOM 116 O O . ALA 685 685 ? A 236.169 245.879 210.782 1 1 P ALA 0.770 1
ATOM 117 C CB . ALA 685 685 ? A 236.164 248.312 208.479 1 1 P ALA 0.770 1
ATOM 118 N N . LEU 686 686 ? A 234.386 247.263 210.856 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 119 C CA . LEU 686 686 ? A 234.064 247.019 212.252 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 120 C C . LEU 686 686 ? A 233.620 245.600 212.509 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 121 O O . LEU 686 686 ? A 234.105 244.994 213.441 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 122 C CB . LEU 686 686 ? A 233.011 248.000 212.823 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 123 C CG . LEU 686 686 ? A 233.499 249.461 212.885 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 124 C CD1 . LEU 686 686 ? A 232.348 250.375 213.334 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 125 C CD2 . LEU 686 686 ? A 234.713 249.633 213.821 1 1 P LEU 0.690 1
ATOM 126 N N . PHE 687 687 ? A 232.746 244.999 211.676 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 127 C CA . PHE 687 687 ? A 232.352 243.605 211.792 1 1 P PHE 0.650 1
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ATOM 129 O O . PHE 687 687 ? A 233.604 241.651 212.336 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 130 C CB . PHE 687 687 ? A 231.240 243.257 210.775 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 131 C CG . PHE 687 687 ? A 230.694 241.868 211.005 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 132 C CD1 . PHE 687 687 ? A 231.095 240.797 210.190 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 133 C CD2 . PHE 687 687 ? A 229.834 241.606 212.081 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 134 C CE1 . PHE 687 687 ? A 230.617 239.502 210.422 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 135 C CE2 . PHE 687 687 ? A 229.351 240.313 212.314 1 1 P PHE 0.650 1
ATOM 136 C CZ . PHE 687 687 ? A 229.732 239.261 211.477 1 1 P PHE 0.650 1
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ATOM 138 C CA . LEU 688 688 ? A 235.656 242.129 210.518 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 139 C C . LEU 688 688 ? A 236.633 242.222 211.681 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 140 O O . LEU 688 688 ? A 237.168 241.207 212.127 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 141 C CB . LEU 688 688 ? A 236.331 242.600 209.216 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 142 C CG . LEU 688 688 ? A 237.728 242.012 208.937 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 143 C CD1 . LEU 688 688 ? A 237.893 241.738 207.437 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 144 C CD2 . LEU 688 688 ? A 238.854 242.943 209.438 1 1 P LEU 0.660 1
ATOM 145 N N . GLN 689 689 ? A 236.876 243.441 212.225 1 1 P GLN 0.650 1
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ATOM 148 O O . GLN 689 689 ? A 237.481 242.342 215.442 1 1 P GLN 0.650 1
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ATOM 151 C CD . GLN 689 689 ? A 238.915 247.325 213.243 1 1 P GLN 0.650 1
ATOM 152 O OE1 . GLN 689 689 ? A 238.055 247.944 213.866 1 1 P GLN 0.650 1
ATOM 153 N NE2 . GLN 689 689 ? A 240.062 247.925 212.847 1 1 P GLN 0.650 1
ATOM 154 N N . THR 690 690 ? A 235.540 243.126 214.604 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 155 C CA . THR 690 690 ? A 234.672 242.403 215.534 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 156 C C . THR 690 690 ? A 234.797 240.907 215.403 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 157 O O . THR 690 690 ? A 234.844 240.243 216.392 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 158 C CB . THR 690 690 ? A 233.153 242.685 215.607 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 159 O OG1 . THR 690 690 ? A 232.874 244.026 215.979 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 160 C CG2 . THR 690 690 ? A 232.436 241.836 216.690 1 1 P THR 0.650 1
ATOM 161 N N . LEU 691 691 ? A 234.851 240.264 214.231 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 162 C CA . LEU 691 691 ? A 235.071 238.828 214.213 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 163 C C . LEU 691 691 ? A 236.498 238.466 214.655 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 164 O O . LEU 691 691 ? A 236.713 237.558 215.440 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 165 C CB . LEU 691 691 ? A 234.738 238.239 212.826 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 166 C CG . LEU 691 691 ? A 234.888 236.711 212.652 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 167 C CD1 . LEU 691 691 ? A 234.008 235.881 213.607 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 168 C CD2 . LEU 691 691 ? A 234.555 236.383 211.189 1 1 P LEU 0.630 1
ATOM 169 N N . LYS 692 692 ? A 237.512 239.226 214.199 1 1 P LYS 0.610 1
ATOM 170 C CA . LYS 692 692 ? A 238.910 239.012 214.562 1 1 P LYS 0.610 1
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ATOM 172 O O . LYS 692 692 ? A 240.406 239.112 216.407 1 1 P LYS 0.610 1
ATOM 173 C CB . LYS 692 692 ? A 239.862 239.874 213.710 1 1 P LYS 0.610 1
ATOM 174 C CG . LYS 692 692 ? A 239.963 239.472 212.243 1 1 P LYS 0.610 1
ATOM 175 C CD . LYS 692 692 ? A 240.910 240.436 211.521 1 1 P LYS 0.610 1
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ATOM 177 N NZ . LYS 692 692 ? A 241.914 241.064 209.371 1 1 P LYS 0.610 1
ATOM 178 N N . ASN 693 693 ? A 238.395 239.966 216.788 1 1 P ASN 0.600 1
ATOM 179 C CA . ASN 693 693 ? A 238.521 240.200 218.216 1 1 P ASN 0.600 1
ATOM 180 C C . ASN 693 693 ? A 238.143 239.007 219.213 1 1 P ASN 0.600 1
ATOM 181 O O . ASN 693 693 ? A 238.953 238.755 220.062 1 1 P ASN 0.600 1
ATOM 182 C CB . ASN 693 693 ? A 237.912 241.605 218.488 1 1 P ASN 0.600 1
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ATOM 184 O OD1 . ASN 693 693 ? A 239.301 242.467 220.222 1 1 P ASN 0.600 1
ATOM 185 N ND2 . ASN 693 693 ? A 237.132 242.127 220.747 1 1 P ASN 0.600 1
ATOM 186 N N . PRO 694 694 ? A 236.993 238.269 219.143 1 1 P PRO 0.590 1
ATOM 187 C CA . PRO 694 694 ? A 236.670 236.929 219.743 1 1 P PRO 0.590 1
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ATOM 190 C CB . PRO 694 694 ? A 235.140 236.743 219.461 1 1 P PRO 0.590 1
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ATOM 193 N N . LEU 695 695 ? A 237.992 235.813 217.934 1 1 P LEU 0.570 1
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ATOM 202 C CA . PRO 696 696 ? A 241.860 235.247 219.943 1 1 P PRO 0.570 1
ATOM 203 C C . PRO 696 696 ? A 241.334 234.822 221.305 1 1 P PRO 0.570 1
ATOM 204 O O . PRO 696 696 ? A 240.097 234.776 221.510 1 1 P PRO 0.570 1
ATOM 205 C CB . PRO 696 696 ? A 242.470 236.657 220.106 1 1 P PRO 0.570 1
ATOM 206 C CG . PRO 696 696 ? A 242.170 237.435 218.824 1 1 P PRO 0.570 1
ATOM 207 C CD . PRO 696 696 ? A 240.958 236.737 218.227 1 1 P PRO 0.570 1
ATOM 208 O OXT . PRO 696 696 ? A 242.197 234.583 222.208 1 1 P PRO 0.570 1
#
#
loop_
_atom_type.symbol
C
N
O
#
#
loop_
_ma_qa_metric.id
_ma_qa_metric.name
_ma_qa_metric.description
_ma_qa_metric.type
_ma_qa_metric.mode
_ma_qa_metric.type_other_details
_ma_qa_metric.software_group_id
1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5
2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5
3 GMQE
'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.'
'normalized score' global . 6
#
#
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_ma_qa_metric_global.model_id
_ma_qa_metric_global.metric_id
_ma_qa_metric_global.metric_value
1 1 2 0.672
2 1 3 0.006
#
#
loop_
_ma_qa_metric_local.ordinal_id
_ma_qa_metric_local.model_id
_ma_qa_metric_local.label_asym_id
_ma_qa_metric_local.label_seq_id
_ma_qa_metric_local.label_comp_id
_ma_qa_metric_local.metric_id
_ma_qa_metric_local.metric_value
1 1 A 672 LYS 1 0.550
2 1 A 673 GLU 1 0.560
3 1 A 674 LYS 1 0.690
4 1 A 675 GLN 1 0.700
5 1 A 676 LEU 1 0.720
6 1 A 677 GLN 1 0.750
7 1 A 678 ALA 1 0.810
8 1 A 679 GLU 1 0.750
9 1 A 680 ARG 1 0.700
10 1 A 681 LYS 1 0.740
11 1 A 682 ARG 1 0.690
12 1 A 683 LYS 1 0.730
13 1 A 684 ALA 1 0.780
14 1 A 685 ALA 1 0.770
15 1 A 686 LEU 1 0.690
16 1 A 687 PHE 1 0.650
17 1 A 688 LEU 1 0.660
18 1 A 689 GLN 1 0.650
19 1 A 690 THR 1 0.650
20 1 A 691 LEU 1 0.630
21 1 A 692 LYS 1 0.610
22 1 A 693 ASN 1 0.600
23 1 A 694 PRO 1 0.590
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25 1 A 696 PRO 1 0.570
#
#
loop_
_pdbx_data_usage.id
_pdbx_data_usage.type
_pdbx_data_usage.details
_pdbx_data_usage.url
1 license
;This SWISS-MODEL protein model is copyright.
It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational
Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the
Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This
model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons
Attribution-ShareAlike 4.0 International License
(https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you
can copy and redistribute the model in any medium or format,
transform and build upon the model for any purpose, even
commercially, under the following terms:
Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to
the license, and indicate if changes were made. You may do so in any
reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor
endorses you or your use. When you publish, patent or distribute
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you must distribute your contributions under the same license as the
original.
No additional restrictions - you may not apply legal terms or
technological measures that legally restrict others from doing
anything the license permits.
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CC BY-SA 4.0 license at this link:
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
;
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode
2 disclaimer
;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for
proteins. The results of any theoretical modelling procedure is
NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may
contain significant errors. This is especially true for automated
modeling since there is no human intervention during model
building. Please read the header section and the logfile carefully
to know what templates and alignments were used during the model
building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is
provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied.
;
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