data_SMR-29b662504f99a8529de59092c18e0f2e_2 _entry.id SMR-29b662504f99a8529de59092c18e0f2e_2 _struct.entry_id SMR-29b662504f99a8529de59092c18e0f2e_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q6KC79 (isoform 2)/ NIPBL_HUMAN, Nipped-B-like protein Estimated model accuracy of this model is 0.006, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q6KC79 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 142386.057 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NIPBL_HUMAN Q6KC79 1 ;MNGDMPHVPITTLAGIASLTDLLNQLPLPSPLPATTTKSLLFNARIAEEVNCLLACRDDNLVSQLVHSLN QVSTDHIELKDNLGSDDPEGDIPVLLQAVLARSPNVFREKSMQNRYVQSGMMMSQYKLSQNSMHSSPASS NYQQTTISHSPSSRFVPPQTSSGNRFMPQQNSPVPSPYAPQSPAGYMPYSHPSSYTTHPQMQQASVSSPI VAGGLRNIHDNKVSGPLSGNSANHHADNPRHGSSEDYLHMVHRLSSDDGDSSTMRNAASFPLRSPQPVCS PAGSEGTPKGSRPPLILQSQSLPCSSPRDVPPDILLDSPERKQKKQKKMKLGKDEKEQSEKAAMYDIISS PSKDSTKLTLRLSRVRSSDMDQQEDMISGVENSNVSENDIPFNVQYPGQTSKTPITPQDINRPLNAAQCL SQQEQTAFLPANQVPVLQQNTSVAAKQPQTSVVQNQQQISQQGPIYDEVELDALAEIERIERESAIERER FSKEVQDKDKPLKKRKQDSYPQEAGGATGGNRPASQETGSTGNGSRPALMVSIDLHQAGRVDSQASITQD SDSIKKPEEIKQCNDAPVSVLQEDIVGSLKSTPENHPETPKKKSDPELSKSEMKQSESRLAESKPNENRL VETKSSENKLETKVETQTEELKQNESRTTECKQNESTIVEPKQNENRLSDTKPNDNKQNNGRSETTKSRP ETPKQKGESRPETPKQKSDGHPETPKQKGDGRPETPKQKGESRPETPKQKNEGRPETPKHRHDNRRDSGK PSTEKKPEVSKHKQDTKSDSPRLKSERAEALKQRPDGRSVSESLRRDHDNKQKSDDRGESERHRGDQSRV RRPETLRSSSRNEHGIKSDSSKTDKLERKHRHESGDSRERPSSGEQKSRPDSPRVKQGDSNKSRSDKLGF KSPTSKDDKRTEGNKSKVDTNKAHPDNKAEFPSYLLGGRSGALKNFVIPKIKRDKDGNVTQETKKMEMKG EPKDKVEKIGLVEDLNKGAKPVVVLQKLSLDDVQKLIKDREDKSRSSLKPIKNKPSKSNKGSIDQSVLKE LPPELLAEIESTMPLCERVKMNKRKRSTVNEKPKYAEISSDEDNDSDEAFE ; 'Nipped-B-like protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1101 1 1101 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NIPBL_HUMAN Q6KC79 Q6KC79-2 1 1101 9606 'Homo sapiens (Human)' 2004-07-19 0344321AFFE6ACFA # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MNGDMPHVPITTLAGIASLTDLLNQLPLPSPLPATTTKSLLFNARIAEEVNCLLACRDDNLVSQLVHSLN QVSTDHIELKDNLGSDDPEGDIPVLLQAVLARSPNVFREKSMQNRYVQSGMMMSQYKLSQNSMHSSPASS NYQQTTISHSPSSRFVPPQTSSGNRFMPQQNSPVPSPYAPQSPAGYMPYSHPSSYTTHPQMQQASVSSPI VAGGLRNIHDNKVSGPLSGNSANHHADNPRHGSSEDYLHMVHRLSSDDGDSSTMRNAASFPLRSPQPVCS PAGSEGTPKGSRPPLILQSQSLPCSSPRDVPPDILLDSPERKQKKQKKMKLGKDEKEQSEKAAMYDIISS PSKDSTKLTLRLSRVRSSDMDQQEDMISGVENSNVSENDIPFNVQYPGQTSKTPITPQDINRPLNAAQCL SQQEQTAFLPANQVPVLQQNTSVAAKQPQTSVVQNQQQISQQGPIYDEVELDALAEIERIERESAIERER FSKEVQDKDKPLKKRKQDSYPQEAGGATGGNRPASQETGSTGNGSRPALMVSIDLHQAGRVDSQASITQD SDSIKKPEEIKQCNDAPVSVLQEDIVGSLKSTPENHPETPKKKSDPELSKSEMKQSESRLAESKPNENRL VETKSSENKLETKVETQTEELKQNESRTTECKQNESTIVEPKQNENRLSDTKPNDNKQNNGRSETTKSRP ETPKQKGESRPETPKQKSDGHPETPKQKGDGRPETPKQKGESRPETPKQKNEGRPETPKHRHDNRRDSGK PSTEKKPEVSKHKQDTKSDSPRLKSERAEALKQRPDGRSVSESLRRDHDNKQKSDDRGESERHRGDQSRV RRPETLRSSSRNEHGIKSDSSKTDKLERKHRHESGDSRERPSSGEQKSRPDSPRVKQGDSNKSRSDKLGF KSPTSKDDKRTEGNKSKVDTNKAHPDNKAEFPSYLLGGRSGALKNFVIPKIKRDKDGNVTQETKKMEMKG EPKDKVEKIGLVEDLNKGAKPVVVLQKLSLDDVQKLIKDREDKSRSSLKPIKNKPSKSNKGSIDQSVLKE LPPELLAEIESTMPLCERVKMNKRKRSTVNEKPKYAEISSDEDNDSDEAFE ; ;MNGDMPHVPITTLAGIASLTDLLNQLPLPSPLPATTTKSLLFNARIAEEVNCLLACRDDNLVSQLVHSLN QVSTDHIELKDNLGSDDPEGDIPVLLQAVLARSPNVFREKSMQNRYVQSGMMMSQYKLSQNSMHSSPASS NYQQTTISHSPSSRFVPPQTSSGNRFMPQQNSPVPSPYAPQSPAGYMPYSHPSSYTTHPQMQQASVSSPI VAGGLRNIHDNKVSGPLSGNSANHHADNPRHGSSEDYLHMVHRLSSDDGDSSTMRNAASFPLRSPQPVCS PAGSEGTPKGSRPPLILQSQSLPCSSPRDVPPDILLDSPERKQKKQKKMKLGKDEKEQSEKAAMYDIISS PSKDSTKLTLRLSRVRSSDMDQQEDMISGVENSNVSENDIPFNVQYPGQTSKTPITPQDINRPLNAAQCL SQQEQTAFLPANQVPVLQQNTSVAAKQPQTSVVQNQQQISQQGPIYDEVELDALAEIERIERESAIERER FSKEVQDKDKPLKKRKQDSYPQEAGGATGGNRPASQETGSTGNGSRPALMVSIDLHQAGRVDSQASITQD SDSIKKPEEIKQCNDAPVSVLQEDIVGSLKSTPENHPETPKKKSDPELSKSEMKQSESRLAESKPNENRL VETKSSENKLETKVETQTEELKQNESRTTECKQNESTIVEPKQNENRLSDTKPNDNKQNNGRSETTKSRP ETPKQKGESRPETPKQKSDGHPETPKQKGDGRPETPKQKGESRPETPKQKNEGRPETPKHRHDNRRDSGK PSTEKKPEVSKHKQDTKSDSPRLKSERAEALKQRPDGRSVSESLRRDHDNKQKSDDRGESERHRGDQSRV RRPETLRSSSRNEHGIKSDSSKTDKLERKHRHESGDSRERPSSGEQKSRPDSPRVKQGDSNKSRSDKLGF KSPTSKDDKRTEGNKSKVDTNKAHPDNKAEFPSYLLGGRSGALKNFVIPKIKRDKDGNVTQETKKMEMKG EPKDKVEKIGLVEDLNKGAKPVVVLQKLSLDDVQKLIKDREDKSRSSLKPIKNKPSKSNKGSIDQSVLKE LPPELLAEIESTMPLCERVKMNKRKRSTVNEKPKYAEISSDEDNDSDEAFE ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASN . 1 3 GLY . 1 4 ASP . 1 5 MET . 1 6 PRO . 1 7 HIS . 1 8 VAL . 1 9 PRO . 1 10 ILE . 1 11 THR . 1 12 THR . 1 13 LEU . 1 14 ALA . 1 15 GLY . 1 16 ILE . 1 17 ALA . 1 18 SER . 1 19 LEU . 1 20 THR . 1 21 ASP . 1 22 LEU . 1 23 LEU . 1 24 ASN . 1 25 GLN . 1 26 LEU . 1 27 PRO . 1 28 LEU . 1 29 PRO . 1 30 SER . 1 31 PRO . 1 32 LEU . 1 33 PRO . 1 34 ALA . 1 35 THR . 1 36 THR . 1 37 THR . 1 38 LYS . 1 39 SER . 1 40 LEU . 1 41 LEU . 1 42 PHE . 1 43 ASN . 1 44 ALA . 1 45 ARG . 1 46 ILE . 1 47 ALA . 1 48 GLU . 1 49 GLU . 1 50 VAL . 1 51 ASN . 1 52 CYS . 1 53 LEU . 1 54 LEU . 1 55 ALA . 1 56 CYS . 1 57 ARG . 1 58 ASP . 1 59 ASP . 1 60 ASN . 1 61 LEU . 1 62 VAL . 1 63 SER . 1 64 GLN . 1 65 LEU . 1 66 VAL . 1 67 HIS . 1 68 SER . 1 69 LEU . 1 70 ASN . 1 71 GLN . 1 72 VAL . 1 73 SER . 1 74 THR . 1 75 ASP . 1 76 HIS . 1 77 ILE . 1 78 GLU . 1 79 LEU . 1 80 LYS . 1 81 ASP . 1 82 ASN . 1 83 LEU . 1 84 GLY . 1 85 SER . 1 86 ASP . 1 87 ASP . 1 88 PRO . 1 89 GLU . 1 90 GLY . 1 91 ASP . 1 92 ILE . 1 93 PRO . 1 94 VAL . 1 95 LEU . 1 96 LEU . 1 97 GLN . 1 98 ALA . 1 99 VAL . 1 100 LEU . 1 101 ALA . 1 102 ARG . 1 103 SER . 1 104 PRO . 1 105 ASN . 1 106 VAL . 1 107 PHE . 1 108 ARG . 1 109 GLU . 1 110 LYS . 1 111 SER . 1 112 MET . 1 113 GLN . 1 114 ASN . 1 115 ARG . 1 116 TYR . 1 117 VAL . 1 118 GLN . 1 119 SER . 1 120 GLY . 1 121 MET . 1 122 MET . 1 123 MET . 1 124 SER . 1 125 GLN . 1 126 TYR . 1 127 LYS . 1 128 LEU . 1 129 SER . 1 130 GLN . 1 131 ASN . 1 132 SER . 1 133 MET . 1 134 HIS . 1 135 SER . 1 136 SER . 1 137 PRO . 1 138 ALA . 1 139 SER . 1 140 SER . 1 141 ASN . 1 142 TYR . 1 143 GLN . 1 144 GLN . 1 145 THR . 1 146 THR . 1 147 ILE . 1 148 SER . 1 149 HIS . 1 150 SER . 1 151 PRO . 1 152 SER . 1 153 SER . 1 154 ARG . 1 155 PHE . 1 156 VAL . 1 157 PRO . 1 158 PRO . 1 159 GLN . 1 160 THR . 1 161 SER . 1 162 SER . 1 163 GLY . 1 164 ASN . 1 165 ARG . 1 166 PHE . 1 167 MET . 1 168 PRO . 1 169 GLN . 1 170 GLN . 1 171 ASN . 1 172 SER . 1 173 PRO . 1 174 VAL . 1 175 PRO . 1 176 SER . 1 177 PRO . 1 178 TYR . 1 179 ALA . 1 180 PRO . 1 181 GLN . 1 182 SER . 1 183 PRO . 1 184 ALA . 1 185 GLY . 1 186 TYR . 1 187 MET . 1 188 PRO . 1 189 TYR . 1 190 SER . 1 191 HIS . 1 192 PRO . 1 193 SER . 1 194 SER . 1 195 TYR . 1 196 THR . 1 197 THR . 1 198 HIS . 1 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'DNA repair protein REV1 {PDB ID=6axd, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6axd.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6axd, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-02-26 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-02-21 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MGSSHHHHHHHHLNGSSLVPRGSIKSSGLESNSDAGINLIALPAFSQVDPEVFAALPAELQRELKAAYDQ RQ ; ;MGSSHHHHHHHHLNGSSLVPRGSIKSSGLESNSDAGINLIALPAFSQVDPEVFAALPAELQRELKAAYDQ RQ ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 43 67 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6axd 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1101 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1101 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.900 28.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MNGDMPHVPITTLAGIASLTDLLNQLPLPSPLPATTTKSLLFNARIAEEVNCLLACRDDNLVSQLVHSLNQVSTDHIELKDNLGSDDPEGDIPVLLQAVLARSPNVFREKSMQNRYVQSGMMMSQYKLSQNSMHSSPASSNYQQTTISHSPSSRFVPPQTSSGNRFMPQQNSPVPSPYAPQSPAGYMPYSHPSSYTTHPQMQQASVSSPIVAGGLRNIHDNKVSGPLSGNSANHHADNPRHGSSEDYLHMVHRLSSDDGDSSTMRNAASFPLRSPQPVCSPAGSEGTPKGSRPPLILQSQSLPCSSPRDVPPDILLDSPERKQKKQKKMKLGKDEKEQSEKAAMYDIISSPSKDSTKLTLRLSRVRSSDMDQQEDMISGVENSNVSENDIPFNVQYPGQTSKTPITPQDINRPLNAAQCLSQQEQTAFLPANQVPVLQQNTSVAAKQPQTSVVQNQQQISQQGPIYDEVELDALAEIERIERESAIERERFSKEVQDKDKPLKKRKQDSYPQEAGGATGGNRPASQETGSTGNGSRPALMVSIDLHQAGRVDSQASITQDSDSIKKPEEIKQCNDAPVSVLQEDIVGSLKSTPENHPETPKKKSDPELSKSEMKQSESRLAESKPNENRLVETKSSENKLETKVETQTEELKQNESRTTECKQNESTIVEPKQNENRLSDTKPNDNKQNNGRSETTKSRPETPKQKGESRPETPKQKSDGHPETPKQKGDGRPETPKQKGESRPETPKQKNEGRPETPKHRHDNRRDSGKPSTEKKPEVSKHKQDTKSDSPRLKSERAEALKQRPDGRSVSESLRRDHDNKQKSDDRGESERHRGDQSRVRRPETLRSSSRNEHGIKSDSSKTDKLERKHRHESGDSRERPSSGEQKSRPDSPRVKQGDSNKSRSDKLGFKSPTSKDDKRTEGNKSKVDTNKAHPDNKAEFPSYLLGGRSGALKNFVIPKIKRDKDGNVTQETKKMEMKGEPKDKVEKIGLVEDLNKGAKPVVVLQKLSLDDVQKLIKDREDKSRSSLKPIKNKPSKSNKGSIDQSVLKELPPELLAEIESTMPLCERVKMNKRKRSTVNEKPKYAEISSDEDNDSDEAFE 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PAFSQVDPEVFAALPAELQRELKAA--------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6axd.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 1038 1038 ? A -1.361 -1.480 -7.525 1 1 A SER 0.330 1 ATOM 2 C CA . SER 1038 1038 ? A -1.501 -0.797 -8.882 1 1 A SER 0.330 1 ATOM 3 C C . SER 1038 1038 ? A -1.749 0.738 -8.876 1 1 A SER 0.330 1 ATOM 4 O O . SER 1038 1038 ? A -1.537 1.366 -9.900 1 1 A SER 0.330 1 ATOM 5 C CB . SER 1038 1038 ? A -2.596 -1.494 -9.740 1 1 A SER 0.330 1 ATOM 6 O OG . SER 1038 1038 ? A -3.820 -1.540 -9.013 1 1 A SER 0.330 1 ATOM 7 N N . ASN 1039 1039 ? A -2.122 1.400 -7.732 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 8 C CA . ASN 1039 1039 ? A -2.358 2.852 -7.542 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 9 C C . ASN 1039 1039 ? A -1.197 3.790 -7.886 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 10 O O . ASN 1039 1039 ? A -1.389 4.956 -8.182 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 11 C CB . ASN 1039 1039 ? A -2.699 3.134 -6.044 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 12 C CG . ASN 1039 1039 ? A -4.009 2.446 -5.675 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 13 O OD1 . ASN 1039 1039 ? A -4.756 2.011 -6.531 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 14 N ND2 . ASN 1039 1039 ? A -4.304 2.339 -4.355 1 1 A ASN 0.330 1 ATOM 15 N N . LYS 1040 1040 ? A 0.039 3.251 -7.864 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 16 C CA . LYS 1040 1040 ? A 1.257 3.893 -8.327 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 17 C C . LYS 1040 1040 ? A 1.318 4.104 -9.842 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 18 O O . LYS 1040 1040 ? A 2.198 4.806 -10.315 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 19 C CB . LYS 1040 1040 ? A 2.492 3.014 -7.977 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 20 C CG . LYS 1040 1040 ? A 2.761 2.837 -6.472 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 21 C CD . LYS 1040 1040 ? A 4.054 2.036 -6.176 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 22 C CE . LYS 1040 1040 ? A 4.390 1.939 -4.669 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 23 N NZ . LYS 1040 1040 ? A 5.650 1.193 -4.403 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 24 N N . GLY 1041 1041 ? A 0.419 3.461 -10.631 1 1 A GLY 0.340 1 ATOM 25 C CA . GLY 1041 1041 ? A 0.310 3.643 -12.081 1 1 A GLY 0.340 1 ATOM 26 C C . GLY 1041 1041 ? A 0.102 5.059 -12.569 1 1 A GLY 0.340 1 ATOM 27 O O . GLY 1041 1041 ? A 0.958 5.614 -13.248 1 1 A GLY 0.340 1 ATOM 28 N N . SER 1042 1042 ? A -1.030 5.688 -12.205 1 1 A SER 0.430 1 ATOM 29 C CA . SER 1042 1042 ? A -1.284 7.088 -12.513 1 1 A SER 0.430 1 ATOM 30 C C . SER 1042 1042 ? A -2.653 7.452 -11.967 1 1 A SER 0.430 1 ATOM 31 O O . SER 1042 1042 ? A -2.774 8.067 -10.914 1 1 A SER 0.430 1 ATOM 32 C CB . SER 1042 1042 ? A -1.179 7.542 -14.021 1 1 A SER 0.430 1 ATOM 33 O OG . SER 1042 1042 ? A -1.907 6.719 -14.940 1 1 A SER 0.430 1 ATOM 34 N N . ILE 1043 1043 ? A -3.713 7.054 -12.700 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 35 C CA . ILE 1043 1043 ? A -5.137 7.323 -12.482 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 36 C C . ILE 1043 1043 ? A -5.402 8.787 -12.768 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 37 O O . ILE 1043 1043 ? A -5.680 9.133 -13.903 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 38 C CB . ILE 1043 1043 ? A -5.767 6.776 -11.180 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 39 C CG1 . ILE 1043 1043 ? A -5.547 5.241 -11.111 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 40 C CG2 . ILE 1043 1043 ? A -7.282 7.133 -11.034 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 41 C CD1 . ILE 1043 1043 ? A -5.732 4.694 -9.692 1 1 A ILE 0.420 1 ATOM 42 N N . ASP 1044 1044 ? A -5.249 9.657 -11.752 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 43 C CA . ASP 1044 1044 ? A -5.502 11.075 -11.816 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 44 C C . ASP 1044 1044 ? A -4.707 11.696 -10.674 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 45 O O . ASP 1044 1044 ? A -4.418 11.062 -9.655 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 46 C CB . ASP 1044 1044 ? A -7.017 11.430 -11.694 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 47 C CG . ASP 1044 1044 ? A -7.422 12.417 -12.778 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 48 O OD1 . ASP 1044 1044 ? A -7.926 13.506 -12.403 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 49 O OD2 . ASP 1044 1044 ? A -7.186 12.122 -13.972 1 1 A ASP 0.460 1 ATOM 50 N N . GLN 1045 1045 ? A -4.324 12.973 -10.832 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 51 C CA . GLN 1045 1045 ? A -3.558 13.765 -9.879 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 52 C C . GLN 1045 1045 ? A -4.334 14.208 -8.667 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 53 O O . GLN 1045 1045 ? A -3.772 14.427 -7.594 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 54 C CB . GLN 1045 1045 ? A -3.095 15.067 -10.534 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 55 C CG . GLN 1045 1045 ? A -2.032 14.792 -11.601 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 56 C CD . GLN 1045 1045 ? A -1.700 16.116 -12.274 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 57 O OE1 . GLN 1045 1045 ? A -2.451 17.078 -12.229 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 58 N NE2 . GLN 1045 1045 ? A -0.519 16.168 -12.931 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 59 N N . SER 1046 1046 ? A -5.655 14.400 -8.839 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 60 C CA . SER 1046 1046 ? A -6.602 14.788 -7.811 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 61 C C . SER 1046 1046 ? A -6.667 13.719 -6.724 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 62 O O . SER 1046 1046 ? A -6.619 14.051 -5.567 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 63 C CB . SER 1046 1046 ? A -8.025 15.095 -8.369 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 64 O OG . SER 1046 1046 ? A -8.527 13.975 -9.096 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 65 N N . VAL 1047 1047 ? A -6.670 12.413 -7.097 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 66 C CA . VAL 1047 1047 ? A -6.674 11.220 -6.246 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 67 C C . VAL 1047 1047 ? A -5.484 11.131 -5.295 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 68 O O . VAL 1047 1047 ? A -5.612 10.809 -4.118 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 69 C CB . VAL 1047 1047 ? A -6.640 9.945 -7.106 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 70 C CG1 . VAL 1047 1047 ? A -7.040 8.734 -6.234 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 71 C CG2 . VAL 1047 1047 ? A -7.596 10.060 -8.310 1 1 A VAL 0.540 1 ATOM 72 N N . LEU 1048 1048 ? A -4.256 11.425 -5.781 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 73 C CA . LEU 1048 1048 ? A -3.062 11.474 -4.948 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 74 C C . LEU 1048 1048 ? A -3.117 12.603 -3.927 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 75 O O . LEU 1048 1048 ? A -2.840 12.411 -2.751 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 76 C CB . LEU 1048 1048 ? A -1.783 11.614 -5.815 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 77 C CG . LEU 1048 1048 ? A -1.469 10.380 -6.693 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 78 C CD1 . LEU 1048 1048 ? A -0.289 10.700 -7.625 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 79 C CD2 . LEU 1048 1048 ? A -1.139 9.124 -5.861 1 1 A LEU 0.530 1 ATOM 80 N N . LYS 1049 1049 ? A -3.542 13.806 -4.368 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 81 C CA . LYS 1049 1049 ? A -3.669 14.977 -3.519 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 82 C C . LYS 1049 1049 ? A -4.911 14.994 -2.623 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 83 O O . LYS 1049 1049 ? A -4.974 15.798 -1.697 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 84 C CB . LYS 1049 1049 ? A -3.719 16.257 -4.393 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 85 C CG . LYS 1049 1049 ? A -2.413 16.539 -5.155 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 86 C CD . LYS 1049 1049 ? A -2.497 17.829 -5.992 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 87 C CE . LYS 1049 1049 ? A -1.197 18.149 -6.742 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 88 N NZ . LYS 1049 1049 ? A -1.364 19.379 -7.550 1 1 A LYS 0.590 1 ATOM 89 N N . GLU 1050 1050 ? A -5.929 14.143 -2.898 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 90 C CA . GLU 1050 1050 ? A -7.138 13.927 -2.112 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 91 C C . GLU 1050 1050 ? A -6.810 13.330 -0.757 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 92 O O . GLU 1050 1050 ? A -7.342 13.707 0.284 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 93 C CB . GLU 1050 1050 ? A -8.110 12.968 -2.866 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 94 C CG . GLU 1050 1050 ? A -9.486 12.715 -2.188 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 95 C CD . GLU 1050 1050 ? A -10.434 11.880 -3.057 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 96 O OE1 . GLU 1050 1050 ? A -10.028 11.457 -4.170 1 1 A GLU 0.580 1 ATOM 97 O OE2 . 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.504 2 1 3 0.006 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 1038 SER 1 0.330 2 1 A 1039 ASN 1 0.330 3 1 A 1040 LYS 1 0.420 4 1 A 1041 GLY 1 0.340 5 1 A 1042 SER 1 0.430 6 1 A 1043 ILE 1 0.420 7 1 A 1044 ASP 1 0.460 8 1 A 1045 GLN 1 0.480 9 1 A 1046 SER 1 0.530 10 1 A 1047 VAL 1 0.540 11 1 A 1048 LEU 1 0.530 12 1 A 1049 LYS 1 0.590 13 1 A 1050 GLU 1 0.580 14 1 A 1051 LEU 1 0.620 15 1 A 1052 PRO 1 0.660 16 1 A 1053 PRO 1 0.640 17 1 A 1054 GLU 1 0.590 18 1 A 1055 LEU 1 0.590 19 1 A 1056 LEU 1 0.600 20 1 A 1057 ALA 1 0.640 21 1 A 1058 GLU 1 0.550 22 1 A 1059 ILE 1 0.520 23 1 A 1060 GLU 1 0.520 24 1 A 1061 SER 1 0.360 25 1 A 1062 THR 1 0.340 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #