data_SMR-6fe66b59bc11d8f180b3a905f9cebe2d_6 _entry.id SMR-6fe66b59bc11d8f180b3a905f9cebe2d_6 _struct.entry_id SMR-6fe66b59bc11d8f180b3a905f9cebe2d_6 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - C7IVR4/ PQN41_CAEEL, Polyglutamine-repeat protein pqn-41 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries C7IVR4' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 3ef406dae3f6eb8b74980f2a6e69a2109acde4aa package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 266985.330 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PQN41_CAEEL C7IVR4 1 ;MKPKKLQQGSDSAHTSDTESTKTCEKTAKKLPKTQKKLQKSKKTAKKRRDEEFRIFFPPPRVNPPIKTPF RLHNTNCEHRDWISDNLCLPKYASYQTGWRISHKSMKSLVLMDKRRAEWLKMHNLYRKSEIRKAIWTIER KGAKKLDEMPGNWRISREKRNSLDLQEFPIKIEQFPVKKREKTAKNWRKIAVLVCFKRKTTTKNRYLRRP KTKNQRKIEFRRPKTSKNRKLRLKIRPRVRFIDRKLIRRRECLVDPQNLISWIRRQEKAENLRIFQEKQK RLQEQQEDAEWEQIEAQRANSDDVIEDKSLKMEVLDIVKHKNRNWIVVEKKGCEIQGMEYLLVLESEFNE QQTVRYDRQNVDHKFRKMRDEKKEIVEFVSSLPFYKPKPPKINYPTNAGEYEEQEIELERRRLEEEERDQ NDKKLEIEDRNHFKKWQKRRNLIKIYRNSIRREIWRRRRGRNSTENSDSESSSEASEPPDDVITKEEPTD FSEENLVKKEEICDDFEHKIEEDVKPDVYKLNINKMISPPSPPPKKGILLKKDTKKRGEKRVKTVQFKLT KRQKLAKLWKPPTWQIRQILRAAADAKGYKIRSGRSRYNEKIRRLNHFNGQKLGFKSAPTRIDTFEKGID VREQPIPFVEEFVLDDHALLTFASFDDLKAYEEAYSLRQQDVIDEFWRHQCLKNIESFEKDDVERAEMRH EIEKLETEMRCQKMNENAEIDQENIESFETAGRQIENIIKNTGDCAFETLEEYFSISADFEKNEELRAEE EQLEIEMEHWERELEEMIDVIKREFSIENLMMRMLKNRHLLTMRLVVSGTNQSSIDRENLLRKTKKLLEE LKNLRIAAQNRLKIDFDRNERMLYRLRNAKQKAAKRARKLVKNWKKSAQNKSGVLKINGNHVINHDVVVK KWKVELKIEGNGESPRKVVRKAKETSGYWDFRWNFTKFAWKSDVLKRKQRFGKHSARRAIAFGVKIEEIH SETEFEKLLSEYVEYEESDIQNQVSIDRKIDIITKIKTITLNDVRAKAIEMQKQIVEKAVDLMIKSRLDE AAREHQEWLQSDECKRENQLRQRQQNFFDLTSSSPATSSFVTTQVVVPRLTHLEERLIELGVEHEVVQHT QRLQSEFENYHHLQQQHNHQNFQQQQQGNHDFVTPKAPQDKQKRKYTKRKALLNTAVASSSDQNGMKSPG SSAMENAAAAAQAAQAQAQATIPTPTVNLPDVVAIAAAAATAQPSAAAAKRPASETPPNGLPKVPRHDEQ QQQQNNAHSIVMGAREGFLAMNPSLAGHVFPASSASTSGAPGAHSATTSGGAGLIGISAATQAQLQAQQA AQAAAAAAAAAAAQATQSLYINTSVAPGAQAASAQGGGGGQVVAAQQSNQAATAEAIRLLQGLPPFLTAG SGSAGIPYFSALSQQLNQLGAAAPGAPGTLNGLQFPANAALGPQLAGAALLAAVPGAQQQIKRPGRWSGM HVKIATDIQNYKQSQEKKLPTDIQSTSSSSAAPASAPAPRAGAGAGATSSSAASSSTSTPSSSSHHKKSS PPHHQKSAAPSAPPRDVTSAHAPPPPASSAPIVGAPRQGATPQAAPATTPATTSQHQQSIQFSQFPPPQL SGGAAYAGNPQLMAAAINEATRRVAATPKPPVVRPPSAATQQQPVSVTSQASQQQQQFQQIQQQRAAAIA AAAAATSQQAPPAQASQATSAAQQIATSMGLQPAQVTDLVNQHAQQYLLLQQQQQQQQREQQQQQQLQAQ QVQQQLIAHLLGGGHQAQQAAPAVSVAQQQQQQVAAAAAAQQQHNAQLQNIMILTALQQQMERGAAAGAA ASLPYQLQLAQAQAQAQAQQAPPTSQPSQAATPQQQQQLDLIRQMEAVAQVQQAHAQAQAQAQAQAQQMQ QQQIQQMLMAGQGGPNGQDLIRLLQAAQQQSQAQQQQQQQQAVVAAAQQQQQQQQHNQQLAAAQAAAAAA AAGRPTQNQYEALLQQQRLLAAQQQAAAGASAQQQAAAAAAQAQAQQFQQQLLGLQPNLLLAQVQQAQQA QAQAQAQAQQKPPQMPNGR ; 'Polyglutamine-repeat protein pqn-41' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2049 1 2049 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PQN41_CAEEL C7IVR4 . 1 2049 6239 'Caenorhabditis elegans' 2012-01-25 4D065563C1BCA233 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MKPKKLQQGSDSAHTSDTESTKTCEKTAKKLPKTQKKLQKSKKTAKKRRDEEFRIFFPPPRVNPPIKTPF RLHNTNCEHRDWISDNLCLPKYASYQTGWRISHKSMKSLVLMDKRRAEWLKMHNLYRKSEIRKAIWTIER KGAKKLDEMPGNWRISREKRNSLDLQEFPIKIEQFPVKKREKTAKNWRKIAVLVCFKRKTTTKNRYLRRP KTKNQRKIEFRRPKTSKNRKLRLKIRPRVRFIDRKLIRRRECLVDPQNLISWIRRQEKAENLRIFQEKQK RLQEQQEDAEWEQIEAQRANSDDVIEDKSLKMEVLDIVKHKNRNWIVVEKKGCEIQGMEYLLVLESEFNE QQTVRYDRQNVDHKFRKMRDEKKEIVEFVSSLPFYKPKPPKINYPTNAGEYEEQEIELERRRLEEEERDQ NDKKLEIEDRNHFKKWQKRRNLIKIYRNSIRREIWRRRRGRNSTENSDSESSSEASEPPDDVITKEEPTD FSEENLVKKEEICDDFEHKIEEDVKPDVYKLNINKMISPPSPPPKKGILLKKDTKKRGEKRVKTVQFKLT KRQKLAKLWKPPTWQIRQILRAAADAKGYKIRSGRSRYNEKIRRLNHFNGQKLGFKSAPTRIDTFEKGID 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A 1 1894 ILE 1894 ? ? ? B . A 1 1895 GLN 1895 ? ? ? B . A 1 1896 GLN 1896 ? ? ? B . A 1 1897 MET 1897 ? ? ? B . A 1 1898 LEU 1898 ? ? ? B . A 1 1899 MET 1899 ? ? ? B . A 1 1900 ALA 1900 ? ? ? B . A 1 1901 GLY 1901 ? ? ? B . A 1 1902 GLN 1902 ? ? ? B . A 1 1903 GLY 1903 ? ? ? B . A 1 1904 GLY 1904 ? ? ? B . A 1 1905 PRO 1905 ? ? ? B . A 1 1906 ASN 1906 ? ? ? B . A 1 1907 GLY 1907 ? ? ? B . A 1 1908 GLN 1908 ? ? ? B . A 1 1909 ASP 1909 ? ? ? B . A 1 1910 LEU 1910 ? ? ? B . A 1 1911 ILE 1911 ? ? ? B . A 1 1912 ARG 1912 ? ? ? B . A 1 1913 LEU 1913 ? ? ? B . A 1 1914 LEU 1914 ? ? ? B . A 1 1915 GLN 1915 ? ? ? B . A 1 1916 ALA 1916 ? ? ? B . A 1 1917 ALA 1917 ? ? ? B . A 1 1918 GLN 1918 ? ? ? B . A 1 1919 GLN 1919 ? ? ? B . A 1 1920 GLN 1920 ? ? ? B . A 1 1921 SER 1921 ? ? ? B . A 1 1922 GLN 1922 ? ? ? B . A 1 1923 ALA 1923 ? ? ? B . A 1 1924 GLN 1924 ? ? ? B . A 1 1925 GLN 1925 ? ? ? B . A 1 1926 GLN 1926 ? ? ? B . A 1 1927 GLN 1927 ? ? ? B . A 1 1928 GLN 1928 ? ? ? B . A 1 1929 GLN 1929 ? ? ? B . A 1 1930 GLN 1930 ? ? ? B . A 1 1931 GLN 1931 ? ? ? B . A 1 1932 ALA 1932 ? ? ? B . A 1 1933 VAL 1933 ? ? ? B . A 1 1934 VAL 1934 ? ? ? B . A 1 1935 ALA 1935 ? ? ? B . A 1 1936 ALA 1936 ? ? ? B . A 1 1937 ALA 1937 ? ? ? B . A 1 1938 GLN 1938 ? ? ? B . A 1 1939 GLN 1939 ? ? ? B . A 1 1940 GLN 1940 ? ? ? B . A 1 1941 GLN 1941 ? ? ? B . A 1 1942 GLN 1942 ? ? ? B . A 1 1943 GLN 1943 ? ? ? B . A 1 1944 GLN 1944 ? ? ? B . A 1 1945 GLN 1945 ? ? ? B . A 1 1946 HIS 1946 ? ? ? B . A 1 1947 ASN 1947 ? ? ? B . A 1 1948 GLN 1948 ? ? ? B . A 1 1949 GLN 1949 ? ? ? B . A 1 1950 LEU 1950 ? ? ? B . A 1 1951 ALA 1951 ? ? ? B . A 1 1952 ALA 1952 ? ? ? B . A 1 1953 ALA 1953 ? ? ? B . A 1 1954 GLN 1954 ? ? ? B . A 1 1955 ALA 1955 ? ? ? B . A 1 1956 ALA 1956 ? ? ? B . A 1 1957 ALA 1957 ? ? ? B . A 1 1958 ALA 1958 ? ? ? B . A 1 1959 ALA 1959 ? ? ? B . A 1 1960 ALA 1960 ? ? ? B . A 1 1961 ALA 1961 ? ? ? B . A 1 1962 ALA 1962 ? ? ? B . A 1 1963 GLY 1963 ? ? ? B . A 1 1964 ARG 1964 ? ? ? B . A 1 1965 PRO 1965 ? ? ? B . A 1 1966 THR 1966 ? ? ? B . A 1 1967 GLN 1967 ? ? ? B . A 1 1968 ASN 1968 ? ? ? B . A 1 1969 GLN 1969 ? ? ? B . A 1 1970 TYR 1970 ? ? ? B . A 1 1971 GLU 1971 ? ? ? B . A 1 1972 ALA 1972 ? ? ? B . A 1 1973 LEU 1973 ? ? ? B . A 1 1974 LEU 1974 ? ? ? B . A 1 1975 GLN 1975 ? ? ? B . A 1 1976 GLN 1976 ? ? ? B . A 1 1977 GLN 1977 ? ? ? B . A 1 1978 ARG 1978 ? ? ? B . A 1 1979 LEU 1979 ? ? ? B . A 1 1980 LEU 1980 ? ? ? B . A 1 1981 ALA 1981 ? ? ? B . A 1 1982 ALA 1982 ? ? ? B . A 1 1983 GLN 1983 ? ? ? B . A 1 1984 GLN 1984 ? ? ? B . A 1 1985 GLN 1985 ? ? ? B . A 1 1986 ALA 1986 ? ? ? B . A 1 1987 ALA 1987 ? ? ? B . A 1 1988 ALA 1988 ? ? ? B . A 1 1989 GLY 1989 ? ? ? B . A 1 1990 ALA 1990 ? ? ? B . A 1 1991 SER 1991 ? ? ? B . A 1 1992 ALA 1992 ? ? ? B . A 1 1993 GLN 1993 ? ? ? B . A 1 1994 GLN 1994 ? ? ? B . A 1 1995 GLN 1995 ? ? ? B . A 1 1996 ALA 1996 ? ? ? B . A 1 1997 ALA 1997 ? ? ? B . A 1 1998 ALA 1998 ? ? ? B . A 1 1999 ALA 1999 ? ? ? B . A 1 2000 ALA 2000 ? ? ? B . A 1 2001 ALA 2001 ? ? ? B . A 1 2002 GLN 2002 ? ? ? B . A 1 2003 ALA 2003 ? ? ? B . A 1 2004 GLN 2004 ? ? ? B . A 1 2005 ALA 2005 ? ? ? B . A 1 2006 GLN 2006 ? ? ? B . A 1 2007 GLN 2007 ? ? ? B . A 1 2008 PHE 2008 ? ? ? B . A 1 2009 GLN 2009 ? ? ? B . A 1 2010 GLN 2010 ? ? ? B . A 1 2011 GLN 2011 ? ? ? B . A 1 2012 LEU 2012 ? ? ? B . A 1 2013 LEU 2013 ? ? ? B . A 1 2014 GLY 2014 ? ? ? B . A 1 2015 LEU 2015 ? ? ? B . A 1 2016 GLN 2016 ? ? ? B . A 1 2017 PRO 2017 ? ? ? B . A 1 2018 ASN 2018 ? ? ? B . A 1 2019 LEU 2019 ? ? ? B . A 1 2020 LEU 2020 ? ? ? B . A 1 2021 LEU 2021 ? ? ? B . A 1 2022 ALA 2022 ? ? ? B . A 1 2023 GLN 2023 ? ? ? B . A 1 2024 VAL 2024 ? ? ? B . A 1 2025 GLN 2025 ? ? ? B . A 1 2026 GLN 2026 ? ? ? B . A 1 2027 ALA 2027 ? ? ? B . A 1 2028 GLN 2028 ? ? ? B . A 1 2029 GLN 2029 ? ? ? B . A 1 2030 ALA 2030 ? ? ? B . A 1 2031 GLN 2031 ? ? ? B . A 1 2032 ALA 2032 ? ? ? B . A 1 2033 GLN 2033 ? ? ? B . A 1 2034 ALA 2034 ? ? ? B . A 1 2035 GLN 2035 ? ? ? B . A 1 2036 ALA 2036 ? ? ? B . A 1 2037 GLN 2037 ? ? ? B . A 1 2038 ALA 2038 ? ? ? B . A 1 2039 GLN 2039 ? ? ? B . A 1 2040 GLN 2040 ? ? ? B . A 1 2041 LYS 2041 ? ? ? B . A 1 2042 PRO 2042 ? ? ? B . A 1 2043 PRO 2043 ? ? ? B . A 1 2044 GLN 2044 ? ? ? B . A 1 2045 MET 2045 ? ? ? B . A 1 2046 PRO 2046 ? ? ? B . A 1 2047 ASN 2047 ? ? ? B . A 1 2048 GLY 2048 ? ? ? B . A 1 2049 ARG 2049 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'DNA repair protein RAD50 {PDB ID=5gox, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5gox.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5gox, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 6' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-03-05 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-02-28 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMKEINQTRDRLAKLNKELASSEQNKNHINNELKRKEEQLSSYEDKLFDVCGSQDFESDLDRLKEEIE KSSKQRAMLAGATAVYSQFITQLTDENQSCCPVCQRVFQTEAELQEVISDLQSKLRLAPDKLKSTESELK KKEKRRDEMLGLVPMRQSIIDLKEKEIPELRNKLQNVNRDIQRLKN ; ;GSHMKEINQTRDRLAKLNKELASSEQNKNHINNELKRKEEQLSSYEDKLFDVCGSQDFESDLDRLKEEIE KSSKQRAMLAGATAVYSQFITQLTDENQSCCPVCQRVFQTEAELQEVISDLQSKLRLAPDKLKSTESELK KKEKRRDEMLGLVPMRQSIIDLKEKEIPELRNKLQNVNRDIQRLKN ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 72 152 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5gox 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2049 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2060 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6.700 18.571 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MKPKKLQQGSDSAHTSDTESTKTCEKTAKKLPKTQKKLQKSKKTAKKRRDEEFRIFFPPPRVNPPIKTPFRLHNTNCEHRDWISDNLCLPKYASYQTGWRISHKSMKSLVLMDKRRAEWLKMHNLYRKSEIRKAIWTIERKGAKKLDEMPGNWRISREKRNSLDLQEFPIKIEQFPVKKREKTAKNWRKIAVLVCFKRKTTTKNRYLRRPKTKNQRKIEFRRPKTSKNRKLRLKIRPRVRFIDRKLIRRRECLVDPQNLISWIRRQEKAENLRIFQEKQKRLQEQQEDAEWEQIEAQRANSDDVIEDKSLKMEVLDIVKHKNRNWIVVEKKGCEIQGMEYLLVLESEFNEQQTVRYDRQNVDHKFRKMRDEKKEIVEFVSSLPFYKPKPPKINYPTNAGEYEEQEIELERRRLEEEERDQNDKKLEIEDRNHFKKWQKRRNLIKIYRNSIRREIWRRRRGRNSTENSDSESSSEASEPPDDVITKEEPTDFSEENLVKKEEICDDFEHKIEEDVKPDVYKLNINKMISPPSPPPKKGILLKKDTKKRGEKRVKTVQFKLTKRQKLAKLWKPPTWQIRQILRAAADAKGYKIRSGRSRYNEKIRRLNHFNGQKLGFKSAPTRIDTFEKGIDVREQPIPFVEEFVLDDHALLTFASFDDLKAYEEAYSLRQQDVIDEFWRHQCLKNIESFEKDDVERAEMRHEIEKLETEMRCQKMNENAEIDQENIESFETAGRQIENIIK-----NTGDCA-----FETLEEYFSISADFEK-NEELRAEEEQLEIEMEHWERELEEMIDVIKREFSIENLMMRMLKNRHLLTMRLVVSGTNQSSIDRENLLRKTKKLLEELKNLRIAAQNRLKIDFDRNERMLYRLRNAKQKAAKRARKLVKNWKKSAQNKSGVLKINGNHVINHDVVVKKWKVELKIEGNGESPRKVVRKAKETSGYWDFRWNFTKFAWKSDVLKRKQRFGKHSARRAIAFGVKIEEIHSETEFEKLLSEYVEYEESDIQNQVSIDRKIDIITKIKTITLNDVRAKAIEMQKQIVEKAVDLMIKSRLDEAAREHQEWLQSDECKRENQLRQRQQNFFDLTSSSPATSSFVTTQVVVPRLTHLEERLIELGVEHEVVQHTQRLQSEFENYHHLQQQHNHQNFQQQQQGNHDFVTPKAPQDKQKRKYTKRKALLNTAVASSSDQNGMKSPGSSAMENAAAAAQAAQAQAQATIPTPTVNLPDVVAIAAAAATAQPSAAAAKRPASETPPNGLPKVPRHDEQQQQQNNAHSIVMGAREGFLAMNPSLAGHVFPASSASTSGAPGAHSATTSGGAGLIGISAATQAQLQAQQAAQAAAAAAAAAAAQATQSLYINTSVAPGAQAASAQGGGGGQVVAAQQSNQAATAEAIRLLQGLPPFLTAGSGSAGIPYFSALSQQLNQLGAAAPGAPGTLNGLQFPANAALGPQLAGAALLAAVPGAQQQIKRPGRWSGMHVKIATDIQNYKQSQEKKLPTDIQSTSSSSAAPASAPAPRAGAGAGATSSSAASSSTSTPSSSSHHKKSSPPHHQKSAAPSAPPRDVTSAHAPPPPASSAPIVGAPRQGATPQAAPATTPATTSQHQQSIQFSQFPPPQLSGGAAYAGNPQLMAAAINEATRRVAATPKPPVVRPPSAATQQQPVSVTSQASQQQQQFQQIQQQRAAAIAAAAAATSQQAPPAQASQATSAAQQIATSMGLQPAQVTDLVNQHAQQYLLLQQQQQQQQREQQQQQQLQAQQVQQQLIAHLLGGGHQAQQAAPAVSVAQQQQQQVAAAAAAQQQHNAQLQNIMILTALQQQMERGAAAGAAASLPYQLQLAQAQAQAQAQQAPPTSQPSQAATPQQQQQLDLIRQMEAVAQVQQAHAQAQAQAQAQAQQMQQQQIQQMLMAGQGGPNGQDLIRLLQAAQQQSQAQQQQQQQQAVVAAAQQQQQQQQHNQQLAAAQAAAAAAAAGRPTQNQYEALLQQQRLLAAQQQAAAGASAQQQAAAAAAQAQAQQFQQQLLGLQPNLLLAQVQQAQQAQAQAQAQAQQKPPQMPNGR 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SSKQRAMLAGATAVYSQFITQLTDENQSCCPVCQRVFQTEAELQEVISDLQSKLRLAPDKLKSTESELKKKEKRRDEMLGL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.024}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5gox.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 6' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.507 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 721 ASP 1 0.420 2 1 A 722 GLN 1 0.440 3 1 A 723 GLU 1 0.480 4 1 A 724 ASN 1 0.480 5 1 A 725 ILE 1 0.530 6 1 A 726 GLU 1 0.490 7 1 A 727 SER 1 0.560 8 1 A 728 PHE 1 0.560 9 1 A 729 GLU 1 0.550 10 1 A 730 THR 1 0.550 11 1 A 731 ALA 1 0.560 12 1 A 732 GLY 1 0.580 13 1 A 733 ARG 1 0.450 14 1 A 734 GLN 1 0.540 15 1 A 735 ILE 1 0.550 16 1 A 736 GLU 1 0.520 17 1 A 737 ASN 1 0.540 18 1 A 738 ILE 1 0.560 19 1 A 739 ILE 1 0.550 20 1 A 740 LYS 1 0.520 21 1 A 741 ASN 1 0.520 22 1 A 742 THR 1 0.490 23 1 A 743 GLY 1 0.520 24 1 A 744 ASP 1 0.440 25 1 A 745 CYS 1 0.410 26 1 A 746 ALA 1 0.370 27 1 A 747 PHE 1 0.300 28 1 A 748 GLU 1 0.300 29 1 A 749 THR 1 0.330 30 1 A 750 LEU 1 0.350 31 1 A 751 GLU 1 0.360 32 1 A 752 GLU 1 0.450 33 1 A 753 TYR 1 0.410 34 1 A 754 PHE 1 0.410 35 1 A 755 SER 1 0.500 36 1 A 756 ILE 1 0.430 37 1 A 757 SER 1 0.580 38 1 A 758 ALA 1 0.540 39 1 A 759 ASP 1 0.500 40 1 A 760 PHE 1 0.550 41 1 A 761 GLU 1 0.470 42 1 A 762 LYS 1 0.490 43 1 A 763 ASN 1 0.460 44 1 A 764 GLU 1 0.420 45 1 A 765 GLU 1 0.420 46 1 A 766 LEU 1 0.520 47 1 A 767 ARG 1 0.430 48 1 A 768 ALA 1 0.590 49 1 A 769 GLU 1 0.550 50 1 A 770 GLU 1 0.580 51 1 A 771 GLU 1 0.620 52 1 A 772 GLN 1 0.660 53 1 A 773 LEU 1 0.660 54 1 A 774 GLU 1 0.660 55 1 A 775 ILE 1 0.670 56 1 A 776 GLU 1 0.640 57 1 A 777 MET 1 0.620 58 1 A 778 GLU 1 0.660 59 1 A 779 HIS 1 0.600 60 1 A 780 TRP 1 0.630 61 1 A 781 GLU 1 0.640 62 1 A 782 ARG 1 0.620 63 1 A 783 GLU 1 0.660 64 1 A 784 LEU 1 0.600 65 1 A 785 GLU 1 0.580 66 1 A 786 GLU 1 0.530 67 1 A 787 MET 1 0.430 68 1 A 788 ILE 1 0.420 69 1 A 789 ASP 1 0.260 70 1 A 790 VAL 1 0.190 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #