data_SMR-a32d249650ae9b79c93f43f626d762ee_3 _entry.id SMR-a32d249650ae9b79c93f43f626d762ee_3 _struct.entry_id SMR-a32d249650ae9b79c93f43f626d762ee_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8VIM5 (isoform 2)/ MYCD_MOUSE, Myocardin Estimated model accuracy of this model is 0.009, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8VIM5 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' c59120ae913c122b22dc2ebae5eb59cce9b022ff package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 124032.274 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MYCD_MOUSE Q8VIM5 1 ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRN RSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQP GNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDS AYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPL SNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNP VPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHAS PVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCS DQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQ CSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQNSGAHEGHSSSFSSPAS SLHQPFSGTQADSSHSAGLNPCPKSPSIHPKMTGLQSSDKVGPTFSIPSPTFSKSSSAVSDITQPPSYED AVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCSPTAIPPKPSASFEQASSGGQMA FDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMH AQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHL QQW ; Myocardin # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 983 1 983 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MYCD_MOUSE Q8VIM5 Q8VIM5-2 1 983 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2011-07-27 7640D2863F9DB517 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRN RSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQP GNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDS AYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPL SNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNP VPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHAS PVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCS DQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQ CSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQNSGAHEGHSSSFSSPAS SLHQPFSGTQADSSHSAGLNPCPKSPSIHPKMTGLQSSDKVGPTFSIPSPTFSKSSSAVSDITQPPSYED AVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCSPTAIPPKPSASFEQASSGGQMA FDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMH AQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHL QQW ; ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRN RSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQP GNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDS AYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPL SNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNP VPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHAS PVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCS DQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQ CSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQNSGAHEGHSSSFSSPAS SLHQPFSGTQADSSHSAGLNPCPKSPSIHPKMTGLQSSDKVGPTFSIPSPTFSKSSSAVSDITQPPSYED AVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCSPTAIPPKPSASFEQASSGGQMA FDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMH AQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHL QQW ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 THR . 1 3 LEU . 1 4 LEU . 1 5 GLY . 1 6 SER . 1 7 GLU . 1 8 HIS . 1 9 SER . 1 10 LEU . 1 11 LEU . 1 12 ILE . 1 13 ARG . 1 14 ARG . 1 15 LYS . 1 16 PHE . 1 17 ARG . 1 18 SER . 1 19 VAL . 1 20 LEU . 1 21 GLN . 1 22 LEU . 1 23 ARG . 1 24 LEU . 1 25 GLN . 1 26 GLN . 1 27 ARG . 1 28 ARG . 1 29 THR . 1 30 GLN . 1 31 GLU . 1 32 GLN . 1 33 LEU . 1 34 ALA . 1 35 ASN . 1 36 GLN . 1 37 GLY . 1 38 LEU . 1 39 ILE . 1 40 PRO . 1 41 PRO . 1 42 LEU . 1 43 LYS . 1 44 GLY . 1 45 PRO . 1 46 THR . 1 47 GLU . 1 48 PHE . 1 49 HIS . 1 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ILE . 1 138 LYS . 1 139 GLY . 1 140 THR . 1 141 GLU . 1 142 VAL . 1 143 SER . 1 144 LEU . 1 145 SER . 1 146 LYS . 1 147 ALA . 1 148 ALA . 1 149 ASP . 1 150 ALA . 1 151 PHE . 1 152 ALA . 1 153 PHE . 1 154 GLU . 1 155 ASP . 1 156 ASP . 1 157 SER . 1 158 SER . 1 159 ARG . 1 160 ASP . 1 161 GLY . 1 162 LEU . 1 163 SER . 1 164 PRO . 1 165 ASP . 1 166 GLN . 1 167 ALA . 1 168 ARG . 1 169 SER . 1 170 GLU . 1 171 ASP . 1 172 PRO . 1 173 GLN . 1 174 GLY . 1 175 SER . 1 176 THR . 1 177 GLY . 1 178 SER . 1 179 THR . 1 180 PRO . 1 181 ASP . 1 182 ILE . 1 183 LYS . 1 184 SER . 1 185 THR . 1 186 GLU . 1 187 ALA . 1 188 PRO . 1 189 LEU . 1 190 ASP . 1 191 THR . 1 192 ILE . 1 193 GLN . 1 194 ASP . 1 195 LEU . 1 196 THR . 1 197 PRO . 1 198 GLY . 1 199 SER . 1 200 GLU . 1 201 SER . 1 202 ASP . 1 203 LYS . 1 204 ASN . 1 205 ASP . 1 206 ALA . 1 207 ALA . 1 208 SER . 1 209 GLN . 1 210 PRO . 1 211 GLY . 1 212 ASN . 1 213 GLN . 1 214 SER . 1 215 ASP . 1 216 PRO . 1 217 GLY . 1 218 LYS . 1 219 GLN . 1 220 VAL 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A 1 836 GLY 836 ? ? ? B . A 1 837 GLY 837 ? ? ? B . A 1 838 GLN 838 ? ? ? B . A 1 839 MET 839 ? ? ? B . A 1 840 ALA 840 ? ? ? B . A 1 841 PHE 841 ? ? ? B . A 1 842 ASP 842 ? ? ? B . A 1 843 HIS 843 ? ? ? B . A 1 844 TYR 844 ? ? ? B . A 1 845 ALA 845 ? ? ? B . A 1 846 ASN 846 ? ? ? B . A 1 847 ASP 847 ? ? ? B . A 1 848 SER 848 ? ? ? B . A 1 849 ASP 849 ? ? ? B . A 1 850 GLU 850 ? ? ? B . A 1 851 HIS 851 ? ? ? B . A 1 852 LEU 852 ? ? ? B . A 1 853 GLU 853 ? ? ? B . A 1 854 VAL 854 ? ? ? B . A 1 855 LEU 855 ? ? ? B . A 1 856 LEU 856 ? ? ? B . A 1 857 ASN 857 ? ? ? B . A 1 858 SER 858 ? ? ? B . A 1 859 HIS 859 ? ? ? B . A 1 860 SER 860 ? ? ? B . A 1 861 PRO 861 ? ? ? B . A 1 862 ILE 862 ? ? ? B . A 1 863 GLY 863 ? ? ? B . A 1 864 LYS 864 ? ? ? B . A 1 865 VAL 865 ? ? ? B . A 1 866 SER 866 ? ? ? B . A 1 867 ASP 867 ? ? ? B . A 1 868 VAL 868 ? ? ? B . A 1 869 THR 869 ? ? ? B . A 1 870 LEU 870 ? ? ? B . A 1 871 LEU 871 ? ? ? B . A 1 872 LYS 872 ? ? ? B . A 1 873 ILE 873 ? ? ? B . A 1 874 GLY 874 ? ? ? B . A 1 875 SER 875 ? ? ? B . A 1 876 GLU 876 ? ? ? B . A 1 877 GLU 877 ? ? ? B . A 1 878 PRO 878 ? ? ? B . A 1 879 PRO 879 ? ? ? B . A 1 880 PHE 880 ? ? ? B . A 1 881 ASP 881 ? ? ? B . A 1 882 SER 882 ? ? ? B . A 1 883 ILE 883 ? ? ? B . A 1 884 MET 884 ? ? ? B . A 1 885 ASP 885 ? ? ? B . A 1 886 GLY 886 ? ? ? B . A 1 887 PHE 887 ? ? ? B . A 1 888 PRO 888 ? ? ? B . A 1 889 GLY 889 ? ? ? B . A 1 890 LYS 890 ? ? ? B . A 1 891 ALA 891 ? ? ? B . A 1 892 ALA 892 ? ? ? B . A 1 893 GLU 893 ? ? ? B . A 1 894 ASP 894 ? ? ? B . A 1 895 LEU 895 ? ? ? B . A 1 896 PHE 896 ? ? ? B . A 1 897 SER 897 ? ? ? B . A 1 898 ALA 898 ? ? ? B . A 1 899 HIS 899 ? ? ? B . A 1 900 GLU 900 ? ? ? B . A 1 901 LEU 901 ? ? ? B . A 1 902 LEU 902 ? ? ? B . A 1 903 PRO 903 ? ? ? B . A 1 904 GLY 904 ? ? ? B . A 1 905 PRO 905 ? ? ? B . A 1 906 LEU 906 ? ? ? B . A 1 907 SER 907 ? ? ? B . A 1 908 PRO 908 ? ? ? B . A 1 909 MET 909 ? ? ? B . A 1 910 HIS 910 ? ? ? B . A 1 911 ALA 911 ? ? ? B . 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A 1 950 SER 950 ? ? ? B . A 1 951 ASN 951 ? ? ? B . A 1 952 LEU 952 ? ? ? B . A 1 953 THR 953 ? ? ? B . A 1 954 SER 954 ? ? ? B . A 1 955 SER 955 ? ? ? B . A 1 956 GLY 956 ? ? ? B . A 1 957 PRO 957 ? ? ? B . A 1 958 SER 958 ? ? ? B . A 1 959 ILE 959 ? ? ? B . A 1 960 PHE 960 ? ? ? B . A 1 961 ASN 961 ? ? ? B . A 1 962 ILE 962 ? ? ? B . A 1 963 ASP 963 ? ? ? B . A 1 964 PHE 964 ? ? ? B . A 1 965 LEU 965 ? ? ? B . A 1 966 ASP 966 ? ? ? B . A 1 967 VAL 967 ? ? ? B . A 1 968 THR 968 ? ? ? B . A 1 969 ASP 969 ? ? ? B . A 1 970 LEU 970 ? ? ? B . A 1 971 ASN 971 ? ? ? B . A 1 972 LEU 972 ? ? ? B . A 1 973 ASN 973 ? ? ? B . A 1 974 SER 974 ? ? ? B . A 1 975 PRO 975 ? ? ? B . A 1 976 MET 976 ? ? ? B . A 1 977 ASP 977 ? ? ? B . A 1 978 LEU 978 ? ? ? B . A 1 979 HIS 979 ? ? ? B . A 1 980 LEU 980 ? ? ? B . A 1 981 GLN 981 ? ? ? B . A 1 982 GLN 982 ? ? ? B . A 1 983 TRP 983 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1 {PDB ID=8i3e, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=8i3e.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8i3e, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-04-16 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-04-11 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GPGSSDSKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDL KDMLDVKERKVNVLQKKIENLQEQLRDKEKQMSSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEALADKERTIERL KEQRDR ; ;GPGSSDSKQHIEVLKESLTAKEQRAAILQTEVDALRLRLEEKETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDL KDMLDVKERKVNVLQKKIENLQEQLRDKEKQMSSLKERVKSLQADTTNTDTALTTLEEALADKERTIERL KEQRDR ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 40 79 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8i3e 2024-05-22 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 983 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 983 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 18.000 22.500 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRNRSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGTEVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQPGNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDSAYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPLSNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNPVPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHASPVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCSDQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQCSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQNSGAHEGHSSSFSSPASSLHQPFSGTQADSSHSAGLNPCPKSPSIHPKMTGLQSSDKVGPTFSIPSPTFSKSSSAVSDITQPPSYEDAVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCSPTAIPPKPSASFEQASSGGQMAFDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMHAQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHLQQW 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EEKETMLNKKTKQIQDMAEEKGTQAGEIHDLKDMLDVKER------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.037}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8i3e.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.690 2 1 3 0.009 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 518 SER 1 0.490 2 1 A 519 GLU 1 0.450 3 1 A 520 LYS 1 0.560 4 1 A 521 ASP 1 0.560 5 1 A 522 LYS 1 0.570 6 1 A 523 MET 1 0.550 7 1 A 524 LEU 1 0.560 8 1 A 525 VAL 1 0.580 9 1 A 526 GLU 1 0.580 10 1 A 527 LYS 1 0.600 11 1 A 528 GLN 1 0.630 12 1 A 529 LYS 1 0.650 13 1 A 530 VAL 1 0.720 14 1 A 531 ILE 1 0.710 15 1 A 532 ASN 1 0.760 16 1 A 533 GLN 1 0.760 17 1 A 534 LEU 1 0.760 18 1 A 535 THR 1 0.780 19 1 A 536 TRP 1 0.710 20 1 A 537 LYS 1 0.770 21 1 A 538 LEU 1 0.790 22 1 A 539 ARG 1 0.730 23 1 A 540 GLN 1 0.790 24 1 A 541 GLU 1 0.790 25 1 A 542 GLN 1 0.770 26 1 A 543 ARG 1 0.740 27 1 A 544 GLN 1 0.780 28 1 A 545 VAL 1 0.810 29 1 A 546 GLU 1 0.790 30 1 A 547 GLU 1 0.790 31 1 A 548 LEU 1 0.780 32 1 A 549 ARG 1 0.720 33 1 A 550 MET 1 0.750 34 1 A 551 GLN 1 0.770 35 1 A 552 LEU 1 0.760 36 1 A 553 GLN 1 0.750 37 1 A 554 LYS 1 0.730 38 1 A 555 GLN 1 0.720 39 1 A 556 LYS 1 0.540 40 1 A 557 SER 1 0.540 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #