data_SMR-ae2c9c721fa9f6295d65603ce75c0370_2 _entry.id SMR-ae2c9c721fa9f6295d65603ce75c0370_2 _struct.entry_id SMR-ae2c9c721fa9f6295d65603ce75c0370_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - P55265 (isoform 2)/ DSRAD_HUMAN, Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase Estimated model accuracy of this model is 0.026, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P55265 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' c59120ae913c122b22dc2ebae5eb59cce9b022ff package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 155061.889 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP DSRAD_HUMAN P55265 1 ;MNPRQGYSLSGYYTHPFQGYEHRQLRYQQPGPGSSPSSFLLKQIEFLKGQLPEAPVIGKQTPSLPPSLPG LRPRFPVLLASSTRGRQVDIRGVPRGVHLRSQGLQRGFQHPSPRGRSLPQRGVDCLSSHFQELSIYQDQE QRILKFLEELGEGKATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQAWNQHSGV VRPDGHSQGAPNSDPSLEPEDRNSTSVSEDLLEPFIAVSAQAWNQHSGVVRPDSHSQGSPNSDPGLEPED SNSTSALEDPLEFLDMAEIKEKICDYLFNVSDSSALNLAKNIGLTKARDINAVLIDMERQGDVYRQGTTP PIWHLTDKKRERMQIKRNTNSVPETAPAAIPETKRNAEFLTCNIPTSNASNNMVTTEKVENGQEPVIKLE NRQEARPEPARLKPPVHYNGPSKAGYVDFENGQWATDDIPDDLNSIRAAPGEFRAIMEMPSFYSHGLPRC SPYKKLTECQLKNPISGLLEYAQFASQTCEFNMIEQSGPPHEPRFKFQVVINGREFPPAEAGSKKVAKQD AAMKAMTILLEEAKAKDSGKSEESSHYSTEKESEKTAESQTPTPSATSFFSGKSPVTTLLECMHKLGNSC EFRLLSKEGPAHEPKFQYCVAVGAQTFPSVSAPSKKVAKQMAAEEAMKALHGEATNSMASDNQPEGMISE SLDNLESMMPNKVRKIGELVRYLNTNPVGGLLEYARSHGFAAEFKLVDQSGPPHEPKFVYQAKVGGRWFP AVCAHSKKQGKQEAADAALRVLIGENEKAERMGFTELPLTGSTFHDQIAMLSHRCFNTLTNSFQPSLLGR KILAAIIMKKDSEDMGVVVSLGTGNRCVKGDSLSLKGETVNDCHAEIISRRGFIRFLYSELMKYNSQTAK DSIFEPAKGGEKLQIKKTVSFHLYISTAPCGDGALFDKSCSDRAMESTESRHYPVFENPKQGKLRTKVEN GEGTIPVESSDIVPTWDGIRLGERLRTMSCSDKILRWNVLGLQGALLTHFLQPIYLKSVTLGYLFSQGHL TRAICCRVTRDGSAFEDGLRHPFIVNHPKVGRVSIYDSKRQSGKTKETSVNWCLADGYDLEILDGTRGTV DGPRNELSRVSKKNIFLLFKKLCSFRYRRDLLRLSYGEAKKAARDYETAKNYFKKGLKDMGYGNWISKPQ EEKNFYLCPV ; 'Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1200 1 1200 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . DSRAD_HUMAN P55265 P55265-2 1 1200 9606 'Homo sapiens (Human)' 2010-11-30 4CB1B306DAC584FC # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MNPRQGYSLSGYYTHPFQGYEHRQLRYQQPGPGSSPSSFLLKQIEFLKGQLPEAPVIGKQTPSLPPSLPG LRPRFPVLLASSTRGRQVDIRGVPRGVHLRSQGLQRGFQHPSPRGRSLPQRGVDCLSSHFQELSIYQDQE QRILKFLEELGEGKATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQAWNQHSGV VRPDGHSQGAPNSDPSLEPEDRNSTSVSEDLLEPFIAVSAQAWNQHSGVVRPDSHSQGSPNSDPGLEPED SNSTSALEDPLEFLDMAEIKEKICDYLFNVSDSSALNLAKNIGLTKARDINAVLIDMERQGDVYRQGTTP PIWHLTDKKRERMQIKRNTNSVPETAPAAIPETKRNAEFLTCNIPTSNASNNMVTTEKVENGQEPVIKLE NRQEARPEPARLKPPVHYNGPSKAGYVDFENGQWATDDIPDDLNSIRAAPGEFRAIMEMPSFYSHGLPRC SPYKKLTECQLKNPISGLLEYAQFASQTCEFNMIEQSGPPHEPRFKFQVVINGREFPPAEAGSKKVAKQD AAMKAMTILLEEAKAKDSGKSEESSHYSTEKESEKTAESQTPTPSATSFFSGKSPVTTLLECMHKLGNSC EFRLLSKEGPAHEPKFQYCVAVGAQTFPSVSAPSKKVAKQMAAEEAMKALHGEATNSMASDNQPEGMISE SLDNLESMMPNKVRKIGELVRYLNTNPVGGLLEYARSHGFAAEFKLVDQSGPPHEPKFVYQAKVGGRWFP AVCAHSKKQGKQEAADAALRVLIGENEKAERMGFTELPLTGSTFHDQIAMLSHRCFNTLTNSFQPSLLGR KILAAIIMKKDSEDMGVVVSLGTGNRCVKGDSLSLKGETVNDCHAEIISRRGFIRFLYSELMKYNSQTAK DSIFEPAKGGEKLQIKKTVSFHLYISTAPCGDGALFDKSCSDRAMESTESRHYPVFENPKQGKLRTKVEN GEGTIPVESSDIVPTWDGIRLGERLRTMSCSDKILRWNVLGLQGALLTHFLQPIYLKSVTLGYLFSQGHL TRAICCRVTRDGSAFEDGLRHPFIVNHPKVGRVSIYDSKRQSGKTKETSVNWCLADGYDLEILDGTRGTV DGPRNELSRVSKKNIFLLFKKLCSFRYRRDLLRLSYGEAKKAARDYETAKNYFKKGLKDMGYGNWISKPQ EEKNFYLCPV ; ;MNPRQGYSLSGYYTHPFQGYEHRQLRYQQPGPGSSPSSFLLKQIEFLKGQLPEAPVIGKQTPSLPPSLPG LRPRFPVLLASSTRGRQVDIRGVPRGVHLRSQGLQRGFQHPSPRGRSLPQRGVDCLSSHFQELSIYQDQE QRILKFLEELGEGKATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQAWNQHSGV VRPDGHSQGAPNSDPSLEPEDRNSTSVSEDLLEPFIAVSAQAWNQHSGVVRPDSHSQGSPNSDPGLEPED SNSTSALEDPLEFLDMAEIKEKICDYLFNVSDSSALNLAKNIGLTKARDINAVLIDMERQGDVYRQGTTP PIWHLTDKKRERMQIKRNTNSVPETAPAAIPETKRNAEFLTCNIPTSNASNNMVTTEKVENGQEPVIKLE NRQEARPEPARLKPPVHYNGPSKAGYVDFENGQWATDDIPDDLNSIRAAPGEFRAIMEMPSFYSHGLPRC SPYKKLTECQLKNPISGLLEYAQFASQTCEFNMIEQSGPPHEPRFKFQVVINGREFPPAEAGSKKVAKQD AAMKAMTILLEEAKAKDSGKSEESSHYSTEKESEKTAESQTPTPSATSFFSGKSPVTTLLECMHKLGNSC EFRLLSKEGPAHEPKFQYCVAVGAQTFPSVSAPSKKVAKQMAAEEAMKALHGEATNSMASDNQPEGMISE SLDNLESMMPNKVRKIGELVRYLNTNPVGGLLEYARSHGFAAEFKLVDQSGPPHEPKFVYQAKVGGRWFP AVCAHSKKQGKQEAADAALRVLIGENEKAERMGFTELPLTGSTFHDQIAMLSHRCFNTLTNSFQPSLLGR KILAAIIMKKDSEDMGVVVSLGTGNRCVKGDSLSLKGETVNDCHAEIISRRGFIRFLYSELMKYNSQTAK DSIFEPAKGGEKLQIKKTVSFHLYISTAPCGDGALFDKSCSDRAMESTESRHYPVFENPKQGKLRTKVEN GEGTIPVESSDIVPTWDGIRLGERLRTMSCSDKILRWNVLGLQGALLTHFLQPIYLKSVTLGYLFSQGHL TRAICCRVTRDGSAFEDGLRHPFIVNHPKVGRVSIYDSKRQSGKTKETSVNWCLADGYDLEILDGTRGTV DGPRNELSRVSKKNIFLLFKKLCSFRYRRDLLRLSYGEAKKAARDYETAKNYFKKGLKDMGYGNWISKPQ EEKNFYLCPV ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASN . 1 3 PRO . 1 4 ARG . 1 5 GLN . 1 6 GLY . 1 7 TYR . 1 8 SER . 1 9 LEU . 1 10 SER . 1 11 GLY . 1 12 TYR . 1 13 TYR . 1 14 THR . 1 15 HIS . 1 16 PRO . 1 17 PHE . 1 18 GLN . 1 19 GLY . 1 20 TYR . 1 21 GLU . 1 22 HIS . 1 23 ARG . 1 24 GLN . 1 25 LEU . 1 26 ARG . 1 27 TYR . 1 28 GLN . 1 29 GLN . 1 30 PRO . 1 31 GLY . 1 32 PRO . 1 33 GLY . 1 34 SER . 1 35 SER . 1 36 PRO . 1 37 SER . 1 38 SER . 1 39 PHE . 1 40 LEU . 1 41 LEU . 1 42 LYS . 1 43 GLN . 1 44 ILE . 1 45 GLU . 1 46 PHE . 1 47 LEU . 1 48 LYS . 1 49 GLY . 1 50 GLN . 1 51 LEU . 1 52 PRO . 1 53 GLU . 1 54 ALA . 1 55 PRO . 1 56 VAL . 1 57 ILE . 1 58 GLY . 1 59 LYS . 1 60 GLN . 1 61 THR . 1 62 PRO . 1 63 SER . 1 64 LEU . 1 65 PRO . 1 66 PRO . 1 67 SER . 1 68 LEU . 1 69 PRO . 1 70 GLY . 1 71 LEU . 1 72 ARG . 1 73 PRO . 1 74 ARG . 1 75 PHE . 1 76 PRO . 1 77 VAL . 1 78 LEU . 1 79 LEU . 1 80 ALA . 1 81 SER . 1 82 SER . 1 83 THR . 1 84 ARG . 1 85 GLY . 1 86 ARG . 1 87 GLN . 1 88 VAL . 1 89 ASP . 1 90 ILE . 1 91 ARG . 1 92 GLY . 1 93 VAL . 1 94 PRO . 1 95 ARG . 1 96 GLY . 1 97 VAL . 1 98 HIS . 1 99 LEU . 1 100 ARG . 1 101 SER . 1 102 GLN . 1 103 GLY . 1 104 LEU . 1 105 GLN . 1 106 ARG . 1 107 GLY . 1 108 PHE . 1 109 GLN . 1 110 HIS . 1 111 PRO . 1 112 SER . 1 113 PRO . 1 114 ARG . 1 115 GLY . 1 116 ARG . 1 117 SER . 1 118 LEU . 1 119 PRO . 1 120 GLN . 1 121 ARG . 1 122 GLY . 1 123 VAL . 1 124 ASP . 1 125 CYS . 1 126 LEU . 1 127 SER . 1 128 SER . 1 129 HIS . 1 130 PHE . 1 131 GLN . 1 132 GLU . 1 133 LEU . 1 134 SER . 1 135 ILE . 1 136 TYR . 1 137 GLN . 1 138 ASP . 1 139 GLN . 1 140 GLU . 1 141 GLN . 1 142 ARG . 1 143 ILE . 1 144 LEU . 1 145 LYS . 1 146 PHE . 1 147 LEU . 1 148 GLU . 1 149 GLU . 1 150 LEU . 1 151 GLY . 1 152 GLU . 1 153 GLY . 1 154 LYS . 1 155 ALA . 1 156 THR . 1 157 THR . 1 158 ALA . 1 159 HIS . 1 160 ASP . 1 161 LEU . 1 162 SER . 1 163 GLY . 1 164 LYS . 1 165 LEU . 1 166 GLY . 1 167 THR . 1 168 PRO . 1 169 LYS . 1 170 LYS . 1 171 GLU . 1 172 ILE . 1 173 ASN . 1 174 ARG . 1 175 VAL . 1 176 LEU . 1 177 TYR . 1 178 SER . 1 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B 1 967 GLU 967 ? ? ? B . B 1 968 ASN 968 ? ? ? B . B 1 969 PRO 969 ? ? ? B . B 1 970 LYS 970 ? ? ? B . B 1 971 GLN 971 ? ? ? B . B 1 972 GLY 972 ? ? ? B . B 1 973 LYS 973 ? ? ? B . B 1 974 LEU 974 ? ? ? B . B 1 975 ARG 975 ? ? ? B . B 1 976 THR 976 ? ? ? B . B 1 977 LYS 977 ? ? ? B . B 1 978 VAL 978 ? ? ? B . B 1 979 GLU 979 ? ? ? B . B 1 980 ASN 980 ? ? ? B . B 1 981 GLY 981 ? ? ? B . B 1 982 GLU 982 ? ? ? B . B 1 983 GLY 983 ? ? ? B . B 1 984 THR 984 ? ? ? B . B 1 985 ILE 985 ? ? ? B . B 1 986 PRO 986 ? ? ? B . B 1 987 VAL 987 ? ? ? B . B 1 988 GLU 988 ? ? ? B . B 1 989 SER 989 ? ? ? B . B 1 990 SER 990 ? ? ? B . B 1 991 ASP 991 ? ? ? B . B 1 992 ILE 992 ? ? ? B . B 1 993 VAL 993 ? ? ? B . B 1 994 PRO 994 ? ? ? B . B 1 995 THR 995 ? ? ? B . B 1 996 TRP 996 ? ? ? B . B 1 997 ASP 997 ? ? ? B . B 1 998 GLY 998 ? ? ? B . B 1 999 ILE 999 ? ? ? B . B 1 1000 ARG 1000 ? ? ? B . B 1 1001 LEU 1001 ? ? ? B . B 1 1002 GLY 1002 ? ? ? B . B 1 1003 GLU 1003 ? ? ? B . B 1 1004 ARG 1004 ? ? ? B . B 1 1005 LEU 1005 ? ? ? B . B 1 1006 ARG 1006 ? ? ? B . B 1 1007 THR 1007 ? ? ? B . B 1 1008 MET 1008 ? ? ? B . B 1 1009 SER 1009 ? ? ? B . B 1 1010 CYS 1010 ? ? ? B . B 1 1011 SER 1011 ? ? ? B . B 1 1012 ASP 1012 ? ? ? B . B 1 1013 LYS 1013 ? ? ? B . B 1 1014 ILE 1014 ? ? ? B . B 1 1015 LEU 1015 ? ? ? B . B 1 1016 ARG 1016 ? ? ? B . B 1 1017 TRP 1017 ? ? ? B . B 1 1018 ASN 1018 ? ? ? B . B 1 1019 VAL 1019 ? ? ? B . B 1 1020 LEU 1020 ? ? ? B . B 1 1021 GLY 1021 ? ? ? B . B 1 1022 LEU 1022 ? ? ? B . B 1 1023 GLN 1023 ? ? ? B . B 1 1024 GLY 1024 ? ? ? B . B 1 1025 ALA 1025 ? ? ? B . B 1 1026 LEU 1026 ? ? ? B . B 1 1027 LEU 1027 ? ? ? B . B 1 1028 THR 1028 ? ? ? B . B 1 1029 HIS 1029 ? ? ? B . B 1 1030 PHE 1030 ? ? ? B . B 1 1031 LEU 1031 ? ? ? B . B 1 1032 GLN 1032 ? ? ? B . B 1 1033 PRO 1033 ? ? ? B . B 1 1034 ILE 1034 ? ? ? B . B 1 1035 TYR 1035 ? ? ? B . B 1 1036 LEU 1036 ? ? ? B . B 1 1037 LYS 1037 ? ? ? B . B 1 1038 SER 1038 ? ? ? B . B 1 1039 VAL 1039 ? ? ? B . B 1 1040 THR 1040 ? ? ? B . B 1 1041 LEU 1041 ? ? ? B . B 1 1042 GLY 1042 ? ? ? B . B 1 1043 TYR 1043 ? ? ? B . B 1 1044 LEU 1044 ? ? ? B . B 1 1045 PHE 1045 ? ? ? B . B 1 1046 SER 1046 ? ? ? B . B 1 1047 GLN 1047 ? ? ? B . B 1 1048 GLY 1048 ? ? ? B . B 1 1049 HIS 1049 ? ? ? B . B 1 1050 LEU 1050 ? ? ? B . B 1 1051 THR 1051 ? ? ? B . B 1 1052 ARG 1052 ? ? ? B . B 1 1053 ALA 1053 ? ? ? B . B 1 1054 ILE 1054 ? ? ? B . B 1 1055 CYS 1055 ? ? ? B . B 1 1056 CYS 1056 ? ? ? B . B 1 1057 ARG 1057 ? ? ? B . B 1 1058 VAL 1058 ? ? ? B . B 1 1059 THR 1059 ? ? ? B . B 1 1060 ARG 1060 ? ? ? B . B 1 1061 ASP 1061 ? ? ? B . B 1 1062 GLY 1062 ? ? ? B . B 1 1063 SER 1063 ? ? ? B . B 1 1064 ALA 1064 ? ? ? B . B 1 1065 PHE 1065 ? ? ? B . B 1 1066 GLU 1066 ? ? ? B . B 1 1067 ASP 1067 ? ? ? B . B 1 1068 GLY 1068 ? ? ? B . B 1 1069 LEU 1069 ? ? ? B . B 1 1070 ARG 1070 ? ? ? B . B 1 1071 HIS 1071 ? ? ? B . B 1 1072 PRO 1072 ? ? ? B . B 1 1073 PHE 1073 ? ? ? B . B 1 1074 ILE 1074 ? ? ? B . B 1 1075 VAL 1075 ? ? ? B . B 1 1076 ASN 1076 ? ? ? B . B 1 1077 HIS 1077 ? ? ? B . B 1 1078 PRO 1078 ? ? ? B . B 1 1079 LYS 1079 ? ? ? B . B 1 1080 VAL 1080 ? ? ? B . B 1 1081 GLY 1081 ? ? ? B . B 1 1082 ARG 1082 ? ? ? B . B 1 1083 VAL 1083 ? ? ? B . B 1 1084 SER 1084 ? ? ? B . B 1 1085 ILE 1085 ? ? ? B . B 1 1086 TYR 1086 ? ? ? B . B 1 1087 ASP 1087 ? ? ? B . B 1 1088 SER 1088 ? ? ? B . B 1 1089 LYS 1089 ? ? ? B . B 1 1090 ARG 1090 ? ? ? B . B 1 1091 GLN 1091 ? ? ? B . B 1 1092 SER 1092 ? ? ? B . B 1 1093 GLY 1093 ? ? ? B . B 1 1094 LYS 1094 ? ? ? B . B 1 1095 THR 1095 ? ? ? B . B 1 1096 LYS 1096 ? ? ? B . B 1 1097 GLU 1097 ? ? ? B . B 1 1098 THR 1098 ? ? ? B . B 1 1099 SER 1099 ? ? ? B . B 1 1100 VAL 1100 ? ? ? B . B 1 1101 ASN 1101 ? ? ? B . B 1 1102 TRP 1102 ? ? ? B . B 1 1103 CYS 1103 ? ? ? B . B 1 1104 LEU 1104 ? ? ? B . B 1 1105 ALA 1105 ? ? ? B . B 1 1106 ASP 1106 ? ? ? B . B 1 1107 GLY 1107 ? ? ? B . B 1 1108 TYR 1108 ? ? ? B . B 1 1109 ASP 1109 ? ? ? B . B 1 1110 LEU 1110 ? ? ? B . B 1 1111 GLU 1111 ? ? ? B . B 1 1112 ILE 1112 ? ? ? B . B 1 1113 LEU 1113 ? ? ? B . B 1 1114 ASP 1114 ? ? ? B . B 1 1115 GLY 1115 ? ? ? B . B 1 1116 THR 1116 ? ? ? B . B 1 1117 ARG 1117 ? ? ? B . B 1 1118 GLY 1118 ? ? ? B . B 1 1119 THR 1119 ? ? ? B . B 1 1120 VAL 1120 ? ? ? B . B 1 1121 ASP 1121 ? ? ? B . B 1 1122 GLY 1122 ? ? ? B . B 1 1123 PRO 1123 ? ? ? B . B 1 1124 ARG 1124 ? ? ? B . B 1 1125 ASN 1125 ? ? ? B . B 1 1126 GLU 1126 ? ? ? B . B 1 1127 LEU 1127 ? ? ? B . B 1 1128 SER 1128 ? ? ? B . B 1 1129 ARG 1129 ? ? ? B . B 1 1130 VAL 1130 ? ? ? B . B 1 1131 SER 1131 ? ? ? B . B 1 1132 LYS 1132 ? ? ? B . B 1 1133 LYS 1133 ? ? ? B . B 1 1134 ASN 1134 ? ? ? B . B 1 1135 ILE 1135 ? ? ? B . B 1 1136 PHE 1136 ? ? ? B . B 1 1137 LEU 1137 ? ? ? B . B 1 1138 LEU 1138 ? ? ? B . B 1 1139 PHE 1139 ? ? ? B . B 1 1140 LYS 1140 ? ? ? B . B 1 1141 LYS 1141 ? ? ? B . B 1 1142 LEU 1142 ? ? ? B . B 1 1143 CYS 1143 ? ? ? B . B 1 1144 SER 1144 ? ? ? B . B 1 1145 PHE 1145 ? ? ? B . B 1 1146 ARG 1146 ? ? ? B . B 1 1147 TYR 1147 ? ? ? B . B 1 1148 ARG 1148 ? ? ? B . B 1 1149 ARG 1149 ? ? ? B . B 1 1150 ASP 1150 ? ? ? B . B 1 1151 LEU 1151 ? ? ? B . B 1 1152 LEU 1152 ? ? ? B . B 1 1153 ARG 1153 ? ? ? B . B 1 1154 LEU 1154 ? ? ? B . B 1 1155 SER 1155 ? ? ? B . B 1 1156 TYR 1156 ? ? ? B . B 1 1157 GLY 1157 ? ? ? B . B 1 1158 GLU 1158 ? ? ? B . B 1 1159 ALA 1159 ? ? ? B . B 1 1160 LYS 1160 ? ? ? B . B 1 1161 LYS 1161 ? ? ? B . B 1 1162 ALA 1162 ? ? ? B . B 1 1163 ALA 1163 ? ? ? B . B 1 1164 ARG 1164 ? ? ? B . B 1 1165 ASP 1165 ? ? ? B . B 1 1166 TYR 1166 ? ? ? B . B 1 1167 GLU 1167 ? ? ? B . B 1 1168 THR 1168 ? ? ? B . B 1 1169 ALA 1169 ? ? ? B . B 1 1170 LYS 1170 ? ? ? B . B 1 1171 ASN 1171 ? ? ? B . B 1 1172 TYR 1172 ? ? ? B . B 1 1173 PHE 1173 ? ? ? B . B 1 1174 LYS 1174 ? ? ? B . B 1 1175 LYS 1175 ? ? ? B . B 1 1176 GLY 1176 ? ? ? B . B 1 1177 LEU 1177 ? ? ? B . B 1 1178 LYS 1178 ? ? ? B . B 1 1179 ASP 1179 ? ? ? B . B 1 1180 MET 1180 ? ? ? B . B 1 1181 GLY 1181 ? ? ? B . B 1 1182 TYR 1182 ? ? ? B . B 1 1183 GLY 1183 ? ? ? B . B 1 1184 ASN 1184 ? ? ? B . B 1 1185 TRP 1185 ? ? ? B . B 1 1186 ILE 1186 ? ? ? B . B 1 1187 SER 1187 ? ? ? B . B 1 1188 LYS 1188 ? ? ? B . B 1 1189 PRO 1189 ? ? ? B . B 1 1190 GLN 1190 ? ? ? B . B 1 1191 GLU 1191 ? ? ? B . B 1 1192 GLU 1192 ? ? ? B . B 1 1193 LYS 1193 ? ? ? B . B 1 1194 ASN 1194 ? ? ? B . B 1 1195 PHE 1195 ? ? ? B . B 1 1196 TYR 1196 ? ? ? B . B 1 1197 LEU 1197 ? ? ? B . B 1 1198 CYS 1198 ? ? ? B . B 1 1199 PRO 1199 ? ? ? B . B 1 1200 VAL 1200 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN {PDB ID=1i5z, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1i5z.1.A}' 'template structure' . 2 'CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN {PDB ID=1i5z, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1i5z.1.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 1i5z, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 1i5z, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 2' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-04-16 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-04-11 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;VLGKPQTDPTLEWFLSHCHIHKYPSKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGKEMILSYLNQGDFI GELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLDVT GRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHGKTIVVYGTR ; ;VLGKPQTDPTLEWFLSHCHIHKYPSKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGKEMILSYLNQGDFI GELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLDVT GRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHGKTIVVYGTR ; 2 ;VLGKPQTDPTLEWFLSHCHIHKYPSKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGKEMILSYLNQGDFI GELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLDVT GRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHGKTIVVYGTR ; ;VLGKPQTDPTLEWFLSHCHIHKYPSKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGKEMILSYLNQGDFI GELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLDVT GRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHGKTIVVYGTR ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 136 200 2 2 136 200 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1i5z 2023-08-09 2 PDB . 1i5z 2023-08-09 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1200 2 2 B 1 1200 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 1211 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 1211 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 3.100 18.519 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 3.100 18.519 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MNPRQGYSLSGYYTHPFQGYEHRQLRYQQPGPGSSPSSFLLKQIEFLKGQLPEAPVIGKQTPSLPPSLPGLRPRFPVLLASSTRGRQVDIRGVPRGVHLRSQGLQRGFQHPSPRGRSLPQRGVDCLSSHFQELSIYQDQEQRILKFLEELGEG-----------KATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQAWNQHSGVVRPDGHSQGAPNSDPSLEPEDRNSTSVSEDLLEPFIAVSAQAWNQHSGVVRPDSHSQGSPNSDPGLEPEDSNSTSALEDPLEFLDMAEIKEKICDYLFNVSDSSALNLAKNIGLTKARDINAVLIDMERQGDVYRQGTTPPIWHLTDKKRERMQIKRNTNSVPETAPAAIPETKRNAEFLTCNIPTSNASNNMVTTEKVENGQEPVIKLENRQEARPEPARLKPPVHYNGPSKAGYVDFENGQWATDDIPDDLNSIRAAPGEFRAIMEMPSFYSHGLPRCSPYKKLTECQLKNPISGLLEYAQFASQTCEFNMIEQSGPPHEPRFKFQVVINGREFPPAEAGSKKVAKQDAAMKAMTILLEEAKAKDSGKSEESSHYSTEKESEKTAESQTPTPSATSFFSGKSPVTTLLECMHKLGNSCEFRLLSKEGPAHEPKFQYCVAVGAQTFPSVSAPSKKVAKQMAAEEAMKALHGEATNSMASDNQPEGMISESLDNLESMMPNKVRKIGELVRYLNTNPVGGLLEYARSHGFAAEFKLVDQSGPPHEPKFVYQAKVGGRWFPAVCAHSKKQGKQEAADAALRVLIGENEKAERMGFTELPLTGSTFHDQIAMLSHRCFNTLTNSFQPSLLGRKILAAIIMKKDSEDMGVVVSLGTGNRCVKGDSLSLKGETVNDCHAEIISRRGFIRFLYSELMKYNSQTAKDSIFEPAKGGEKLQIKKTVSFHLYISTAPCGDGALFDKSCSDRAMESTESRHYPVFENPKQGKLRTKVENGEGTIPVESSDIVPTWDGIRLGERLRTMSCSDKILRWNVLGLQGALLTHFLQPIYLKSVTLGYLFSQGHLTRAICCRVTRDGSAFEDGLRHPFIVNHPKVGRVSIYDSKRQSGKTKETSVNWCLADGYDLEILDGTRGTVDGPRNELSRVSKKNIFLLFKKLCSFRYRRDLLRLSYGEAKKAARDYETAKNYFKKGLKDMGYGNWISKPQEEKNFYLCPV 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------FLDVTGRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MNPRQGYSLSGYYTHPFQGYEHRQLRYQQPGPGSSPSSFLLKQIEFLKGQLPEAPVIGKQTPSLPPSLPGLRPRFPVLLASSTRGRQVDIRGVPRGVHLRSQGLQRGFQHPSPRGRSLPQRGVDCLSSHFQELSIYQDQEQRILKFLEELGEG-----------KATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQAWNQHSGVVRPDGHSQGAPNSDPSLEPEDRNSTSVSEDLLEPFIAVSAQAWNQHSGVVRPDSHSQGSPNSDPGLEPEDSNSTSALEDPLEFLDMAEIKEKICDYLFNVSDSSALNLAKNIGLTKARDINAVLIDMERQGDVYRQGTTPPIWHLTDKKRERMQIKRNTNSVPETAPAAIPETKRNAEFLTCNIPTSNASNNMVTTEKVENGQEPVIKLENRQEARPEPARLKPPVHYNGPSKAGYVDFENGQWATDDIPDDLNSIRAAPGEFRAIMEMPSFYSHGLPRCSPYKKLTECQLKNPISGLLEYAQFASQTCEFNMIEQSGPPHEPRFKFQVVINGREFPPAEAGSKKVAKQDAAMKAMTILLEEAKAKDSGKSEESSHYSTEKESEKTAESQTPTPSATSFFSGKSPVTTLLECMHKLGNSCEFRLLSKEGPAHEPKFQYCVAVGAQTFPSVSAPSKKVAKQMAAEEAMKALHGEATNSMASDNQPEGMISESLDNLESMMPNKVRKIGELVRYLNTNPVGGLLEYARSHGFAAEFKLVDQSGPPHEPKFVYQAKVGGRWFPAVCAHSKKQGKQEAADAALRVLIGENEKAERMGFTELPLTGSTFHDQIAMLSHRCFNTLTNSFQPSLLGRKILAAIIMKKDSEDMGVVVSLGTGNRCVKGDSLSLKGETVNDCHAEIISRRGFIRFLYSELMKYNSQTAKDSIFEPAKGGEKLQIKKTVSFHLYISTAPCGDGALFDKSCSDRAMESTESRHYPVFENPKQGKLRTKVENGEGTIPVESSDIVPTWDGIRLGERLRTMSCSDKILRWNVLGLQGALLTHFLQPIYLKSVTLGYLFSQGHLTRAICCRVTRDGSAFEDGLRHPFIVNHPKVGRVSIYDSKRQSGKTKETSVNWCLADGYDLEILDGTRGTVDGPRNELSRVSKKNIFLLFKKLCSFRYRRDLLRLSYGEAKKAARDYETAKNYFKKGLKDMGYGNWISKPQEEKNFYLCPV 4 2 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------FLDVTGRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.101}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1i5z.1, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . TYR 136 136 ? A 28.800 44.648 28.040 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 2 C CA . TYR 136 136 ? A 27.908 45.292 27.004 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 3 C C . TYR 136 136 ? A 28.422 46.530 26.300 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 4 O O . TYR 136 136 ? A 27.929 46.850 25.229 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 5 C CB . TYR 136 136 ? A 26.540 45.646 27.636 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 6 C CG . TYR 136 136 ? A 25.769 44.397 27.919 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 7 C CD1 . TYR 136 136 ? A 25.242 43.654 26.852 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 8 C CD2 . TYR 136 136 ? A 25.557 43.959 29.233 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 9 C CE1 . TYR 136 136 ? A 24.499 42.494 27.097 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 10 C CE2 . TYR 136 136 ? A 24.812 42.796 29.478 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 11 C CZ . TYR 136 136 ? A 24.282 42.066 28.407 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 12 O OH . TYR 136 136 ? A 23.503 40.918 28.629 1 1 A TYR 0.280 1 ATOM 13 N N . GLN 137 137 ? A 29.413 47.254 26.851 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 14 C CA . GLN 137 137 ? A 29.903 48.463 26.242 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 15 C C . GLN 137 137 ? A 31.233 48.130 25.604 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 16 O O . GLN 137 137 ? A 31.990 47.316 26.137 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 17 C CB . GLN 137 137 ? A 30.052 49.548 27.334 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 18 C CG . GLN 137 137 ? A 28.670 50.000 27.862 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 19 C CD . GLN 137 137 ? A 28.768 51.093 28.917 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 20 O OE1 . GLN 137 137 ? A 29.768 51.215 29.644 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 21 N NE2 . GLN 137 137 ? A 27.698 51.901 29.060 1 1 A GLN 0.480 1 ATOM 22 N N . ASP 138 138 ? A 31.522 48.732 24.430 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 23 C CA . ASP 138 138 ? A 32.856 48.793 23.865 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 24 C C . ASP 138 138 ? A 33.792 49.601 24.777 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 25 O O . ASP 138 138 ? A 33.388 50.137 25.794 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 26 C CB . ASP 138 138 ? A 32.823 49.255 22.379 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 27 C CG . ASP 138 138 ? A 32.147 50.606 22.208 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 28 O OD1 . ASP 138 138 ? A 32.603 51.560 22.889 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 29 O OD2 . ASP 138 138 ? A 31.182 50.699 21.416 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 30 N N . GLN 139 139 ? A 35.104 49.654 24.475 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 31 C CA . GLN 139 139 ? A 36.048 50.467 25.222 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 32 C C . GLN 139 139 ? A 35.723 51.958 25.197 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 33 O O . GLN 139 139 ? A 35.835 52.618 26.231 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 34 C CB . GLN 139 139 ? A 37.490 50.208 24.740 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 35 C CG . GLN 139 139 ? A 38.039 48.815 25.143 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 36 C CD . GLN 139 139 ? A 39.435 48.661 24.564 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 37 O OE1 . GLN 139 139 ? A 39.722 49.323 23.547 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 38 N NE2 . GLN 139 139 ? A 40.334 47.851 25.148 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 39 N N . GLU 140 140 ? A 35.272 52.520 24.055 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 40 C CA . GLU 140 140 ? A 34.904 53.917 23.915 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 41 C C . GLU 140 140 ? A 33.743 54.332 24.819 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 42 O O . GLU 140 140 ? A 33.815 55.331 25.536 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 43 C CB . GLU 140 140 ? A 34.515 54.237 22.445 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 44 C CG . GLU 140 140 ? A 35.677 54.225 21.424 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 45 C CD . GLU 140 140 ? A 35.339 54.876 20.068 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 46 O OE1 . GLU 140 140 ? A 34.254 55.504 19.897 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 47 O OE2 . GLU 140 140 ? A 36.255 54.858 19.202 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 48 N N . GLN 141 141 ? A 32.657 53.538 24.847 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 49 C CA . GLN 141 141 ? A 31.523 53.725 25.739 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 50 C C . GLN 141 141 ? A 31.838 53.544 27.210 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 51 O O . GLN 141 141 ? A 31.321 54.253 28.074 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 52 C CB . GLN 141 141 ? A 30.400 52.747 25.376 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 53 C CG . GLN 141 141 ? A 29.770 53.011 24.003 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 54 C CD . GLN 141 141 ? A 28.664 51.988 23.828 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 55 O OE1 . GLN 141 141 ? A 28.811 50.795 24.146 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 56 N NE2 . GLN 141 141 ? A 27.482 52.446 23.375 1 1 A GLN 0.550 1 ATOM 57 N N . ARG 142 142 ? A 32.706 52.579 27.534 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 58 C CA . ARG 142 142 ? A 33.232 52.375 28.865 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 59 C C . ARG 142 142 ? A 34.028 53.557 29.383 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 60 O O . ARG 142 142 ? A 33.804 54.016 30.502 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 61 C CB . ARG 142 142 ? A 34.087 51.099 28.828 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 62 C CG . ARG 142 142 ? A 33.399 49.891 29.465 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 63 C CD . ARG 142 142 ? A 33.684 48.592 28.725 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 64 N NE . ARG 142 142 ? A 35.157 48.331 28.768 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 65 C CZ . ARG 142 142 ? A 35.711 47.246 28.216 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 66 N NH1 . ARG 142 142 ? A 34.944 46.319 27.650 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 67 N NH2 . ARG 142 142 ? A 37.032 47.099 28.203 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 68 N N . ILE 143 143 ? A 34.935 54.130 28.562 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 69 C CA . ILE 143 143 ? A 35.658 55.355 28.904 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 70 C C . ILE 143 143 ? A 34.707 56.510 29.092 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 71 O O . ILE 143 143 ? A 34.813 57.248 30.071 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 72 C CB . ILE 143 143 ? A 36.755 55.702 27.899 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 73 C CG1 . ILE 143 143 ? A 37.801 54.567 27.924 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 74 C CG2 . ILE 143 143 ? A 37.413 57.070 28.228 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 75 C CD1 . ILE 143 143 ? A 38.893 54.720 26.872 1 1 A ILE 0.500 1 ATOM 76 N N . LEU 144 144 ? A 33.706 56.649 28.204 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 77 C CA . LEU 144 144 ? A 32.677 57.663 28.312 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 78 C C . LEU 144 144 ? A 31.901 57.614 29.624 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 79 O O . LEU 144 144 ? A 31.804 58.622 30.321 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 80 C CB . LEU 144 144 ? A 31.696 57.483 27.126 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 81 C CG . LEU 144 144 ? A 30.541 58.498 27.061 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 82 C CD1 . LEU 144 144 ? A 31.057 59.935 26.892 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 83 C CD2 . LEU 144 144 ? A 29.543 58.099 25.961 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 84 N N . LYS 145 145 ? A 31.417 56.422 30.027 1 1 A LYS 0.560 1 ATOM 85 C CA . LYS 145 145 ? 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B 38.857 31.379 31.878 1 1 B LYS 0.580 1 ATOM 520 C CD . LYS 145 145 ? B 39.334 32.692 32.505 1 1 B LYS 0.580 1 ATOM 521 C CE . LYS 145 145 ? B 39.561 32.604 34.010 1 1 B LYS 0.580 1 ATOM 522 N NZ . LYS 145 145 ? B 40.039 33.906 34.506 1 1 B LYS 0.580 1 ATOM 523 N N . PHE 146 146 ? B 35.797 29.981 29.929 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 524 C CA . PHE 146 146 ? B 34.579 29.393 30.442 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 525 C C . PHE 146 146 ? B 34.506 27.895 30.178 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 526 O O . PHE 146 146 ? B 34.203 27.117 31.085 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 527 C CB . PHE 146 146 ? B 33.335 30.102 29.848 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 528 C CG . PHE 146 146 ? B 32.027 29.621 30.441 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 529 C CD1 . PHE 146 146 ? B 31.913 29.346 31.817 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 530 C CD2 . PHE 146 146 ? B 30.889 29.464 29.630 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 531 C CE1 . PHE 146 146 ? B 30.699 28.920 32.368 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 532 C CE2 . PHE 146 146 ? B 29.666 29.066 30.192 1 1 B PHE 0.530 1 ATOM 533 C CZ . PHE 146 146 ? 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'normalized score' global . 6 4 QSQE 'Global Quaternary Structure Quality Estimate predicts the expected accuracy of the modelled interfaces.' 'normalized score' global . 3 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.515 2 1 3 0.026 3 1 4 0.101 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 136 TYR 1 0.280 2 1 A 137 GLN 1 0.480 3 1 A 138 ASP 1 0.550 4 1 A 139 GLN 1 0.510 5 1 A 140 GLU 1 0.510 6 1 A 141 GLN 1 0.550 7 1 A 142 ARG 1 0.520 8 1 A 143 ILE 1 0.500 9 1 A 144 LEU 1 0.490 10 1 A 145 LYS 1 0.560 11 1 A 146 PHE 1 0.500 12 1 A 147 LEU 1 0.480 13 1 A 148 GLU 1 0.540 14 1 A 149 GLU 1 0.570 15 1 A 150 LEU 1 0.500 16 1 A 151 GLY 1 0.590 17 1 A 152 GLU 1 0.550 18 1 A 153 GLY 1 0.450 19 1 A 154 LYS 1 0.390 20 1 A 155 ALA 1 0.340 21 1 A 156 THR 1 0.410 22 1 A 157 THR 1 0.420 23 1 A 158 ALA 1 0.500 24 1 A 159 HIS 1 0.480 25 1 A 160 ASP 1 0.530 26 1 A 161 LEU 1 0.480 27 1 A 162 SER 1 0.530 28 1 A 163 GLY 1 0.550 29 1 A 164 LYS 1 0.510 30 1 A 165 LEU 1 0.460 31 1 A 166 GLY 1 0.510 32 1 A 167 THR 1 0.490 33 1 A 168 PRO 1 0.530 34 1 A 169 LYS 1 0.550 35 1 A 170 LYS 1 0.570 36 1 A 171 GLU 1 0.570 37 1 A 172 ILE 1 0.510 38 1 A 173 ASN 1 0.540 39 1 A 174 ARG 1 0.530 40 1 A 175 VAL 1 0.550 41 1 A 176 LEU 1 0.510 42 1 A 177 TYR 1 0.480 43 1 A 178 SER 1 0.590 44 1 A 179 LEU 1 0.520 45 1 A 180 ALA 1 0.570 46 1 A 181 LYS 1 0.570 47 1 A 182 LYS 1 0.590 48 1 A 183 GLY 1 0.560 49 1 A 184 LYS 1 0.570 50 1 A 185 LEU 1 0.380 51 1 A 186 GLN 1 0.370 52 1 A 187 LYS 1 0.380 53 1 A 188 GLU 1 0.580 54 1 A 189 ALA 1 0.380 55 1 B 136 TYR 1 0.390 56 1 B 137 GLN 1 0.500 57 1 B 138 ASP 1 0.540 58 1 B 139 GLN 1 0.540 59 1 B 140 GLU 1 0.520 60 1 B 141 GLN 1 0.580 61 1 B 142 ARG 1 0.540 62 1 B 143 ILE 1 0.510 63 1 B 144 LEU 1 0.510 64 1 B 145 LYS 1 0.580 65 1 B 146 PHE 1 0.530 66 1 B 147 LEU 1 0.530 67 1 B 148 GLU 1 0.590 68 1 B 149 GLU 1 0.630 69 1 B 150 LEU 1 0.560 70 1 B 151 GLY 1 0.610 71 1 B 152 GLU 1 0.530 72 1 B 153 GLY 1 0.470 73 1 B 154 LYS 1 0.440 74 1 B 155 ALA 1 0.340 75 1 B 156 THR 1 0.400 76 1 B 157 THR 1 0.430 77 1 B 158 ALA 1 0.520 78 1 B 159 HIS 1 0.480 79 1 B 160 ASP 1 0.550 80 1 B 161 LEU 1 0.510 81 1 B 162 SER 1 0.540 82 1 B 163 GLY 1 0.590 83 1 B 164 LYS 1 0.560 84 1 B 165 LEU 1 0.520 85 1 B 166 GLY 1 0.550 86 1 B 167 THR 1 0.520 87 1 B 168 PRO 1 0.550 88 1 B 169 LYS 1 0.590 89 1 B 170 LYS 1 0.620 90 1 B 171 GLU 1 0.590 91 1 B 172 ILE 1 0.550 92 1 B 173 ASN 1 0.580 93 1 B 174 ARG 1 0.550 94 1 B 175 VAL 1 0.580 95 1 B 176 LEU 1 0.530 96 1 B 177 TYR 1 0.490 97 1 B 178 SER 1 0.620 98 1 B 179 LEU 1 0.550 99 1 B 180 ALA 1 0.550 100 1 B 181 LYS 1 0.590 101 1 B 182 LYS 1 0.620 102 1 B 183 GLY 1 0.580 103 1 B 184 LYS 1 0.560 104 1 B 185 LEU 1 0.420 105 1 B 186 GLN 1 0.410 106 1 B 187 LYS 1 0.410 107 1 B 188 GLU 1 0.510 108 1 B 189 ALA 1 0.410 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #