data_SMR-cdebe8c919302ab762c43a8686353293_2 _entry.id SMR-cdebe8c919302ab762c43a8686353293_2 _struct.entry_id SMR-cdebe8c919302ab762c43a8686353293_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q28107/ FA5_BOVIN, Coagulation factor V Estimated model accuracy of this model is 0.019, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q28107' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' c59120ae913c122b22dc2ebae5eb59cce9b022ff package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 289080.131 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP FA5_BOVIN Q28107 1 ;MFLACPGFWVLVVLGSSWAGWGNLGAEAAKLRQFYVAAQSIRWNYRPESTHLSSKPFETSFKKIVYREYE AYFQKEKPQSRTSGLLGPTLYAEVGDIMKVHFKNKAHKPLSIHAQGIKYSKFSEGASYSDHTLPMEKMDD AVAPGQEYTYEWIISEHSGPTHDDPPCLTHIYYSYVNLVEDFNSGLIGPLLICKKGTLTEDGTQKMFEKQ HVLMFAVFDESKSWNQTSSLMYTVNGYVNGTMPDITVCAHDHISWHLIGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNH HKISAITLVSATSTTANMTVSPEGRWTIASLIPRHFQAGMQAYIDIKNCAKKTRNPKKLTRDQRRHIKRW EYFIAAEEVIWDYAPIIPANMDKKYRSLHLDNFSNRIGKHYKKVVYKQYQDDSFTKRLEDPSSEGDGILG PIIRAQVRDTLKIVFKNMASRSYSIYPHGVTFSPYDNEVNSSSTSGSNTMIRAVRPGETYTYKWNILESD EPTENDAQCLTRPYYSNVDITRDLASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAADIEQQAVFAVFDENKSWYIED NIYKFCENPEKVKRDDPKFYESNIMSNFTLPAINGYVPESIPILGFCFDDTVQWHFCSVGTQNDILTIHF TGHSFIYGKRHEDTLTLFPMQGESVTVTMDNVGTWMLTTMNSNPRSKKLRLRFRDAKCIRNDDDDSYEII YEPSGSTAMTTKKIHDSSEIEDENDADSDYQDELALILGLRSFRNSSLNQEKDELNLTALALEKDSEFIP PSANRSLDSNSSSRSHVSRLIAKNFAESLKTLLHLEAPAAGSPLEHAGLDKNSALNPPMAEHSSPYSEDP REDHPLSDVTGVSLLPFGTGFKNRKPAKHQRFQVGRGQAAKHKFSQTRFPAHKTRTRLSQDNSSSSRMGP WEDIPSDLLLLQQKDPYKILNGEWHLVSEKGSYEIIQDANENKTVNKLPNSPQNDSRTWGENIPFKNSHG KQSGHPTFLVTRRKPLQDRQDRRNSRLKEGLPLIRTRRKKKEEKPAYHVPLSPRSFHPLRGEVNASFSDR RHNHSLLLHASNETSLSIDLNQTFPSMNLSLAASLPDHDQTSPNDTTSQTSSPPDLYPTVSPEEHYQIFP IQDSDPTHSTTAPSNRSPDPTHSTTAPSNRSPPTQPSQIPNYDLRNRAIPTDVSQIFPSLELEVWQTATS LDLSQPSISPDLGQMALSPDPGQESLSPDLGQTSLSPDLSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTA LSPDPSQESLSPDLGQTALSPDPGQESLSPDLGQTSLSPDLSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQ TALSPDPSQESLSPDLGQTSLSPDLGQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTSLSPDLGQESLSPDL GQTALSPDLSQESLSPDLGQTPLSPDLSLESLSPDLSQLDLKQTSPPLDLNQTSHTSESSQSLPLPEFGQ TFPNADIGQMPSPPPDSTLNNTFIPEEFNPLVVVGLSRDDGDYIEIIPRQKEESSEEDYGEFEFVAYNDP YQTDLRTDINSSRNPDNIAAWYLRSNTGNRKYYYIAAEEISWDYSKFVQSDDVDYVPEDTVYKKVVFRKY LDSTFTKLDPQGEYEEHLGILGPVIRAEVDDVIQVRFKNLASRPYSLHAHGLSYEKSSEGKTYEDDSPEW FKEDNAIQPNKTYTYVWHATTRSGPENPGSACRAWAYYSAVNPEKDIHSGLIGPLLICRKGTLDKETNMP VDMREFVLLFMVFDEKKSWYYDKKPTRSWRRASSEVKNSHEFHAINGMIYNLPGLRMYEQEWVRLHLLNL GGSRDIHVVHFHGQTLLENGTQQHQLGVWPLLPGSFKTLEMKASKPGWWLLDTEVGEIQRAGMQTPFLIV DRECKMPMGLSTGLIADSQIQASEFWGYWEPKLARLNNGGSYNAWIAEKLSTEFNPEPWIQVDMQKEVLL TGIQTQGAKHYLKPYYTTEFCVAYSLDRKNWRIFKGNSTRNVMYFGGNSDASTIKENQIDPPVVARYIRI SPTGSYNKPALRLELQGCEVNGCSTPLGMESGKIENKQITASSFKKSWWGNYWEPFLARLNAQGRVNAWQ AKANNNNQWLQIDLLKIKKITAIVTQGCKSLSSEMYVKSYTIHYSDQGTDWKPYREKSSMVDKIFEGNNN VRGHVKNFFNPPIISRFIRIIPKTWNQSIALRLELFGCDMY ; 'Coagulation factor V' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2211 1 2211 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . FA5_BOVIN Q28107 . 1 2211 9913 'Bos taurus (Bovine)' 1996-11-01 CBBF90B738667C45 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no F ;MFLACPGFWVLVVLGSSWAGWGNLGAEAAKLRQFYVAAQSIRWNYRPESTHLSSKPFETSFKKIVYREYE AYFQKEKPQSRTSGLLGPTLYAEVGDIMKVHFKNKAHKPLSIHAQGIKYSKFSEGASYSDHTLPMEKMDD AVAPGQEYTYEWIISEHSGPTHDDPPCLTHIYYSYVNLVEDFNSGLIGPLLICKKGTLTEDGTQKMFEKQ HVLMFAVFDESKSWNQTSSLMYTVNGYVNGTMPDITVCAHDHISWHLIGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNH HKISAITLVSATSTTANMTVSPEGRWTIASLIPRHFQAGMQAYIDIKNCAKKTRNPKKLTRDQRRHIKRW EYFIAAEEVIWDYAPIIPANMDKKYRSLHLDNFSNRIGKHYKKVVYKQYQDDSFTKRLEDPSSEGDGILG PIIRAQVRDTLKIVFKNMASRSYSIYPHGVTFSPYDNEVNSSSTSGSNTMIRAVRPGETYTYKWNILESD EPTENDAQCLTRPYYSNVDITRDLASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAADIEQQAVFAVFDENKSWYIED NIYKFCENPEKVKRDDPKFYESNIMSNFTLPAINGYVPESIPILGFCFDDTVQWHFCSVGTQNDILTIHF TGHSFIYGKRHEDTLTLFPMQGESVTVTMDNVGTWMLTTMNSNPRSKKLRLRFRDAKCIRNDDDDSYEII YEPSGSTAMTTKKIHDSSEIEDENDADSDYQDELALILGLRSFRNSSLNQEKDELNLTALALEKDSEFIP PSANRSLDSNSSSRSHVSRLIAKNFAESLKTLLHLEAPAAGSPLEHAGLDKNSALNPPMAEHSSPYSEDP REDHPLSDVTGVSLLPFGTGFKNRKPAKHQRFQVGRGQAAKHKFSQTRFPAHKTRTRLSQDNSSSSRMGP WEDIPSDLLLLQQKDPYKILNGEWHLVSEKGSYEIIQDANENKTVNKLPNSPQNDSRTWGENIPFKNSHG KQSGHPTFLVTRRKPLQDRQDRRNSRLKEGLPLIRTRRKKKEEKPAYHVPLSPRSFHPLRGEVNASFSDR RHNHSLLLHASNETSLSIDLNQTFPSMNLSLAASLPDHDQTSPNDTTSQTSSPPDLYPTVSPEEHYQIFP IQDSDPTHSTTAPSNRSPDPTHSTTAPSNRSPPTQPSQIPNYDLRNRAIPTDVSQIFPSLELEVWQTATS LDLSQPSISPDLGQMALSPDPGQESLSPDLGQTSLSPDLSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTA LSPDPSQESLSPDLGQTALSPDPGQESLSPDLGQTSLSPDLSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQ TALSPDPSQESLSPDLGQTSLSPDLGQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTSLSPDLGQESLSPDL GQTALSPDLSQESLSPDLGQTPLSPDLSLESLSPDLSQLDLKQTSPPLDLNQTSHTSESSQSLPLPEFGQ TFPNADIGQMPSPPPDSTLNNTFIPEEFNPLVVVGLSRDDGDYIEIIPRQKEESSEEDYGEFEFVAYNDP YQTDLRTDINSSRNPDNIAAWYLRSNTGNRKYYYIAAEEISWDYSKFVQSDDVDYVPEDTVYKKVVFRKY 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A 1 2131 LEU 2131 2131 LEU LEU F . A 1 2132 SER 2132 2132 SER SER F . A 1 2133 SER 2133 2133 SER SER F . A 1 2134 GLU 2134 2134 GLU GLU F . A 1 2135 MET 2135 2135 MET MET F . A 1 2136 TYR 2136 2136 TYR TYR F . A 1 2137 VAL 2137 2137 VAL VAL F . A 1 2138 LYS 2138 2138 LYS LYS F . A 1 2139 SER 2139 2139 SER SER F . A 1 2140 TYR 2140 2140 TYR TYR F . A 1 2141 THR 2141 2141 THR THR F . A 1 2142 ILE 2142 2142 ILE ILE F . A 1 2143 HIS 2143 2143 HIS HIS F . A 1 2144 TYR 2144 2144 TYR TYR F . A 1 2145 SER 2145 2145 SER SER F . A 1 2146 ASP 2146 2146 ASP ASP F . A 1 2147 GLN 2147 2147 GLN GLN F . A 1 2148 GLY 2148 2148 GLY GLY F . A 1 2149 THR 2149 2149 THR THR F . A 1 2150 ASP 2150 2150 ASP ASP F . A 1 2151 TRP 2151 2151 TRP TRP F . A 1 2152 LYS 2152 2152 LYS LYS F . A 1 2153 PRO 2153 2153 PRO PRO F . A 1 2154 TYR 2154 2154 TYR TYR F . A 1 2155 ARG 2155 2155 ARG ARG F . A 1 2156 GLU 2156 2156 GLU GLU F . A 1 2157 LYS 2157 2157 LYS LYS F . A 1 2158 SER 2158 2158 SER SER F . A 1 2159 SER 2159 2159 SER SER F . A 1 2160 MET 2160 2160 MET MET F . A 1 2161 VAL 2161 2161 VAL VAL F . A 1 2162 ASP 2162 2162 ASP ASP F . A 1 2163 LYS 2163 2163 LYS LYS F . A 1 2164 ILE 2164 2164 ILE ILE F . A 1 2165 PHE 2165 2165 PHE PHE F . A 1 2166 GLU 2166 2166 GLU GLU F . A 1 2167 GLY 2167 2167 GLY GLY F . A 1 2168 ASN 2168 2168 ASN ASN F . A 1 2169 ASN 2169 2169 ASN ASN F . A 1 2170 ASN 2170 2170 ASN ASN F . A 1 2171 VAL 2171 2171 VAL VAL F . A 1 2172 ARG 2172 2172 ARG ARG F . A 1 2173 GLY 2173 2173 GLY GLY F . A 1 2174 HIS 2174 2174 HIS HIS F . A 1 2175 VAL 2175 2175 VAL VAL F . A 1 2176 LYS 2176 2176 LYS LYS F . A 1 2177 ASN 2177 2177 ASN ASN F . A 1 2178 PHE 2178 2178 PHE PHE F . A 1 2179 PHE 2179 2179 PHE PHE F . A 1 2180 ASN 2180 2180 ASN ASN F . A 1 2181 PRO 2181 2181 PRO PRO F . A 1 2182 PRO 2182 2182 PRO PRO F . A 1 2183 ILE 2183 2183 ILE ILE F . A 1 2184 ILE 2184 2184 ILE ILE F . A 1 2185 SER 2185 2185 SER SER F . A 1 2186 ARG 2186 2186 ARG ARG F . A 1 2187 PHE 2187 2187 PHE PHE F . A 1 2188 ILE 2188 2188 ILE ILE F . A 1 2189 ARG 2189 2189 ARG ARG F . A 1 2190 ILE 2190 2190 ILE ILE F . A 1 2191 ILE 2191 2191 ILE ILE F . A 1 2192 PRO 2192 2192 PRO PRO F . A 1 2193 LYS 2193 2193 LYS LYS F . A 1 2194 THR 2194 2194 THR THR F . A 1 2195 TRP 2195 2195 TRP TRP F . A 1 2196 ASN 2196 2196 ASN ASN F . A 1 2197 GLN 2197 2197 GLN GLN F . A 1 2198 SER 2198 2198 SER SER F . A 1 2199 ILE 2199 2199 ILE ILE F . A 1 2200 ALA 2200 2200 ALA ALA F . A 1 2201 LEU 2201 2201 LEU LEU F . A 1 2202 ARG 2202 2202 ARG ARG F . A 1 2203 LEU 2203 2203 LEU LEU F . A 1 2204 GLU 2204 2204 GLU GLU F . A 1 2205 LEU 2205 2205 LEU LEU F . A 1 2206 PHE 2206 2206 PHE PHE F . A 1 2207 GLY 2207 2207 GLY GLY F . A 1 2208 CYS 2208 2208 CYS CYS F . A 1 2209 ASP 2209 2209 ASP ASP F . A 1 2210 MET 2210 2210 MET MET F . A 1 2211 TYR 2211 ? ? ? F . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Neuropilin-2 {PDB ID=7t4s, label_asym_id=F, auth_asym_id=F, SMTL ID=7t4s.1.F}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 7t4s, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-04-16 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-04-11 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A F 6 1 F # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MDMFPLTWVFLALYFSRHQVRGQPDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSMLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPKMEIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDI RRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPCGWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYA RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQATGGRGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGGEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEIAIDDIRISTDVPLENCMEPISAFAGENFKVDIPEIHEREGYEDEIDDEYEVDWSNS SSATSGSGAPSTDKEKSWLYTLDPGNSDYKDDDDK ; ;MDMFPLTWVFLALYFSRHQVRGQPDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSMLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPKMEIILQFLIFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSELRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLVHQEPLENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDI RRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPTEEEATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFLEEPCGWMYDHAKWLRTTWASSSSPNDRTFPDDRNFLRLQSDSQREGQYA RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQATGGRGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGGEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEIAIDDIRISTDVPLENCMEPISAFAGENFKVDIPEIHEREGYEDEIDDEYEVDWSNS SSATSGSGAPSTDKEKSWLYTLDPGNSDYKDDDDK ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 259 429 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7t4s 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2211 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2216 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.5e-14 42.771 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFLACPGFWVLVVLGSSWAGWGNLGAEAAKLRQFYVAAQSIRWNYRPESTHLSSKPFETSFKKIVYREYEAYFQKEKPQSRTSGLLGPTLYAEVGDIMKVHFKNKAHKPLSIHAQGIKYSKFSEGASYSDHTLPMEKMDDAVAPGQEYTYEWIISEHSGPTHDDPPCLTHIYYSYVNLVEDFNSGLIGPLLICKKGTLTEDGTQKMFEKQHVLMFAVFDESKSWNQTSSLMYTVNGYVNGTMPDITVCAHDHISWHLIGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNHHKISAITLVSATSTTANMTVSPEGRWTIASLIPRHFQAGMQAYIDIKNCAKKTRNPKKLTRDQRRHIKRWEYFIAAEEVIWDYAPIIPANMDKKYRSLHLDNFSNRIGKHYKKVVYKQYQDDSFTKRLEDPSSEGDGILGPIIRAQVRDTLKIVFKNMASRSYSIYPHGVTFSPYDNEVNSSSTSGSNTMIRAVRPGETYTYKWNILESDEPTENDAQCLTRPYYSNVDITRDLASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAADIEQQAVFAVFDENKSWYIEDNIYKFCENPEKVKRDDPKFYESNIMSNFTLPAINGYVPESIPILGFCFDDTVQWHFCSVGTQNDILTIHFTGHSFIYGKRHEDTLTLFPMQGESVTVTMDNVGTWMLTTMNSNPRSKKLRLRFRDAKCIRNDDDDSYEIIYEPSGSTAMTTKKIHDSSEIEDENDADSDYQDELALILGLRSFRNSSLNQEKDELNLTALALEKDSEFIPPSANRSLDSNSSSRSHVSRLIAKNFAESLKTLLHLEAPAAGSPLEHAGLDKNSALNPPMAEHSSPYSEDPREDHPLSDVTGVSLLPFGTGFKNRKPAKHQRFQVGRGQAAKHKFSQTRFPAHKTRTRLSQDNSSSSRMGPWEDIPSDLLLLQQKDPYKILNGEWHLVSEKGSYEIIQDANENKTVNKLPNSPQNDSRTWGENIPFKNSHGKQSGHPTFLVTRRKPLQDRQDRRNSRLKEGLPLIRTRRKKKEEKPAYHVPLSPRSFHPLRGEVNASFSDRRHNHSLLLHASNETSLSIDLNQTFPSMNLSLAASLPDHDQTSPNDTTSQTSSPPDLYPTVSPEEHYQIFPIQDSDPTHSTTAPSNRSPDPTHSTTAPSNRSPPTQPSQIPNYDLRNRAIPTDVSQIFPSLELEVWQTATSLDLSQPSISPDLGQMALSPDPGQESLSPDLGQTSLSPDLSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTALSPDPGQESLSPDLGQTSLSPDLSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTSLSPDLGQESLSPDLGQTALSPDPSQESLSPDLGQTSLSPDLGQESLSPDLGQTALSPDLSQESLSPDLGQTPLSPDLSLESLSPDLSQLDLKQTSPPLDLNQTSHTSESSQSLPLPEFGQTFPNADIGQMPSPPPDSTLNNTFIPEEFNPLVVVGLSRDDGDYIEIIPRQKEESSEEDYGEFEFVAYNDPYQTDLRTDINSSRNPDNIAAWYLRSNTGNRKYYYIAAEEISWDYSKFVQSDDVDYVPEDTVYKKVVFRKYLDSTFTKLDPQGEYEEHLGILGPVIRAEVDDVIQVRFKNLASRPYSLHAHGLSYEKSSEGKTYEDDSPEWFKEDNAIQPNKTYTYVWHATTRSGPENPGSACRAWAYYSAVNPEKDIHSGLIGPLLICRKGTLDKETNMPVDMREFVLLFMVFDEKKSWYYDKKPTRSWRRASSEVKNSHEFHAINGMIYNLPGLRMYEQEWVRLHLLNLGGSRDIHVVHFHGQTLLENGTQQHQLGVWPLLPGSFKTLEMKASKPGWWLLDTEVGEIQRAGMQTPFLIVDRECKMPMGLSTGLIADSQIQASEFWGYWEPKLARLNNGGSYNAWIAEKLSTEFNPEPWIQVDMQKEVLLTGIQTQGAKHYLKPYYTTEFCVAYSLDRKNWRIFKGNSTRNVMYFGGNSDASTIKENQIDPPVVARYIRISPTGSYNKPALRLELQGCE---VNGCSTPLGMESGKIENKQITASSFKKSWWGNYWEPFLARLNAQGRVNAWQAKANNNNQWLQIDLLKIKKITAIVTQGCKSL--SSEMYVKSYTIHYSDQGTDWKPYREKSSMVDKIFEGNNNVRGHVKNFFNPPIISRFIRIIPKTWNQSIALRLELFGCDMY 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GFSARYYLVHQEPLENFQCNVPLGMESGRIANEQISASSTYSD---GRWTPQQSRLHGD--DNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISRETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGK--NHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIALRLELFGCRV- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7t4s.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 2038 2038 ? A 264.937 207.126 201.326 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 2 C CA . LYS 2038 2038 ? A 263.588 207.384 201.936 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 3 C C . LYS 2038 2038 ? A 263.751 208.403 203.048 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 4 O O . LYS 2038 2038 ? A 264.875 208.496 203.540 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 5 C CB . LYS 2038 2038 ? A 263.009 206.052 202.505 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 6 C CG . LYS 2038 2038 ? A 262.604 205.003 201.448 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 7 C CD . LYS 2038 2038 ? A 261.949 203.763 202.095 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 8 C CE . LYS 2038 2038 ? A 261.435 202.728 201.081 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 9 N NZ . LYS 2038 2038 ? A 260.803 201.578 201.773 1 1 F LYS 0.380 1 ATOM 10 N N . PRO 2039 2039 ? A 262.765 209.186 203.458 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 11 C CA . PRO 2039 2039 ? A 262.909 210.083 204.598 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 12 C C . PRO 2039 2039 ? A 262.663 209.342 205.903 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 13 O O . PRO 2039 2039 ? A 262.064 208.268 205.900 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 14 C CB . PRO 2039 2039 ? A 261.799 211.114 204.343 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 15 C CG . PRO 2039 2039 ? A 260.674 210.295 203.700 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 16 C CD . PRO 2039 2039 ? A 261.435 209.280 202.841 1 1 F PRO 0.400 1 ATOM 17 N N . ALA 2040 2040 ? A 263.127 209.905 207.031 1 1 F ALA 0.250 1 ATOM 18 C CA . ALA 2040 2040 ? A 262.749 209.457 208.348 1 1 F ALA 0.250 1 ATOM 19 C C . ALA 2040 2040 ? A 262.790 210.677 209.251 1 1 F ALA 0.250 1 ATOM 20 O O . ALA 2040 2040 ? A 263.653 211.537 209.098 1 1 F ALA 0.250 1 ATOM 21 C CB . ALA 2040 2040 ? A 263.696 208.357 208.871 1 1 F ALA 0.250 1 ATOM 22 N N . LEU 2041 2041 ? A 261.840 210.799 210.197 1 1 F LEU 0.200 1 ATOM 23 C CA . LEU 2041 2041 ? A 261.664 212.002 210.994 1 1 F LEU 0.200 1 ATOM 24 C C . LEU 2041 2041 ? A 261.400 211.614 212.436 1 1 F LEU 0.200 1 ATOM 25 O O . LEU 2041 2041 ? A 261.263 210.437 212.771 1 1 F LEU 0.200 1 ATOM 26 C CB . LEU 2041 2041 ? A 260.475 212.865 210.484 1 1 F LEU 0.200 1 ATOM 27 C CG . LEU 2041 2041 ? 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A 255.270 240.603 210.815 1 1 F ILE 0.770 1 ATOM 665 C CG1 . ILE 2120 2120 ? A 256.701 241.178 210.963 1 1 F ILE 0.770 1 ATOM 666 C CG2 . ILE 2120 2120 ? A 254.433 241.341 209.749 1 1 F ILE 0.770 1 ATOM 667 C CD1 . ILE 2120 2120 ? A 257.539 241.105 209.686 1 1 F ILE 0.770 1 ATOM 668 N N . THR 2121 2121 ? A 255.209 242.451 213.590 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 669 C CA . THR 2121 2121 ? A 255.075 243.720 214.297 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 670 C C . THR 2121 2121 ? A 256.257 244.642 214.081 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 671 O O . THR 2121 2121 ? A 256.100 245.858 214.132 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 672 C CB . THR 2121 2121 ? A 254.909 243.535 215.801 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 673 O OG1 . THR 2121 2121 ? A 256.003 242.830 216.378 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 674 C CG2 . THR 2121 2121 ? A 253.644 242.704 216.062 1 1 F THR 0.760 1 ATOM 675 N N . ALA 2122 2122 ? A 257.466 244.118 213.787 1 1 F ALA 0.790 1 ATOM 676 C CA . ALA 2122 2122 ? A 258.612 244.975 213.552 1 1 F ALA 0.790 1 ATOM 677 C C . ALA 2122 2122 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #