data_SMR-3056c7951c44d2cd6b74c1fa610b0ac1_4 _entry.id SMR-3056c7951c44d2cd6b74c1fa610b0ac1_4 _struct.entry_id SMR-3056c7951c44d2cd6b74c1fa610b0ac1_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O88700/ BLM_MOUSE, RecQ-like DNA helicase BLM Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O88700' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-04.4 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' K non-polymer 'POTASSIUM ION' K 39.098 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 184085.264 1 . 2 non-polymer man 'POTASSIUM ION' 39.098 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP BLM_MOUSE O88700 1 ;MAAVPLNNLQEQLQRHSARKLNNQPSLSKPKSLGFTFKKKTSEGDVSVTSVSVVKTPALSDKDVNVSEAF SFTESPLHKPKQQAKIEGFFKHFPGRQQSKGTCSEPSLPATVQTAQDTLCTTPKTPTAKKLPVAVFKKLE FSSSADSLSDWADMDDFDMSASDAFASLAKNPATRVSTAQKMKKTKRNFFKPPPRKANAVKTDLTPPSPE CLQVDLTKESEEEEEEEEEAEGADCLSRDVICIDNDSASEELTEKDTQESQSLKAHLGAERGDSEKKSHE DEAVFHSVQNTEYFEHNDNDYDIDFVPPSPEEIISTASSSLKCSSMLKDLDDSDKEKGILSTSEELLSKP EEMTTHKSDAGTSKDCDAQQIRIQQQLIHVMEHICKLVDTVPTDELEALNCGTELLQQRNIRRKLLAEAG FNGNDVRLLGSLWRHRPDSLDNTVQGDSCPVGHPNKELNSPYLLSHSPSTEECLPTTTPGKTGFSATPKN LFERPLLNSHLQKSFVSSNWAETPRMENRNESTDFPGSVLTSTTVKAQSKQAASGWNVERHGQASYDIDN FNIDDFDDDDDDDDWENIMHNFPASKSSTATYPPIKEGGPVKSLSERISSAKAKFLPVVSTAQNTNLSES IQNCSDKLAQNLSSKNPKHEHFQSLNFPHTKEMMKIFHKKFGLHNFRTNQLEAINAALLGEDCFILMPTG GGKSLCYQLPACVSPGVTIVISPLRSLIVDQVQKLTSFDIPATYLTGDKTDSEAANIYLQLSKKDPIIKL LYVTPEKVCASNRLISTLENLYERKLLARFVIDEAHCVSQWGHDFRQDYKRMNMLRQKFPSVPVMALTAT ANPRVQKDILTQLKILRPQVFSMSFNRHNLKYYVLPKKPKKVAFDCLEWIRKHHPYDSGIIYCLSRRECD TMADTLQREGLAALAYHAGLSDSARDEVQHKWINQDNCQVICATIAFGMGIDKPDVRFVIHASLPKSMEG YYQESGRAGRDGEISHCVLFYTYHDVTRLKRLIMMEKDGNYHTKETHVNNLYSMVHYCENITECRRIQLL AYFGEKGFNPDFCKKYPDVSCDNCCKTKDYKTKDVTDDVKNIIRFVQEHSSSPGTRNIGPAGRFTLNMLV DIFLGSKSAKVKSGIFGKGTTYSRHNAERLFKKLILDKILDEDLYINANDQPIAYVMLGTKAHSVLSGHL KVDFMETENSSSIKKQKALVAKVSQREEVVKKCLGELTEVCKLLGKVFGVHYFNIFNTATLKKLAESLSS DPEVLLQIDGVTEDKLEKYGAEVIPVLQKYSEWTVPAEDGSPGARGAPEDTEEEEEEAPVSSHYFANQTR NERKRKKMSATHKPKRRRTSYGGFRAKGGSTTCRKTTSKSKFYGVTGSRSASCASQATSSASRKLGIMAP PKPVNRTFLRPSYAFS ; 'RecQ-like DNA helicase BLM' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1416 1 1416 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . BLM_MOUSE O88700 . 1 1416 10090 'Mus musculus (Mouse)' 1998-11-01 447C8110A775DD42 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MAAVPLNNLQEQLQRHSARKLNNQPSLSKPKSLGFTFKKKTSEGDVSVTSVSVVKTPALSDKDVNVSEAF SFTESPLHKPKQQAKIEGFFKHFPGRQQSKGTCSEPSLPATVQTAQDTLCTTPKTPTAKKLPVAVFKKLE FSSSADSLSDWADMDDFDMSASDAFASLAKNPATRVSTAQKMKKTKRNFFKPPPRKANAVKTDLTPPSPE CLQVDLTKESEEEEEEEEEAEGADCLSRDVICIDNDSASEELTEKDTQESQSLKAHLGAERGDSEKKSHE DEAVFHSVQNTEYFEHNDNDYDIDFVPPSPEEIISTASSSLKCSSMLKDLDDSDKEKGILSTSEELLSKP EEMTTHKSDAGTSKDCDAQQIRIQQQLIHVMEHICKLVDTVPTDELEALNCGTELLQQRNIRRKLLAEAG FNGNDVRLLGSLWRHRPDSLDNTVQGDSCPVGHPNKELNSPYLLSHSPSTEECLPTTTPGKTGFSATPKN LFERPLLNSHLQKSFVSSNWAETPRMENRNESTDFPGSVLTSTTVKAQSKQAASGWNVERHGQASYDIDN FNIDDFDDDDDDDDWENIMHNFPASKSSTATYPPIKEGGPVKSLSERISSAKAKFLPVVSTAQNTNLSES 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1 41 THR . 1 42 SER . 1 43 GLU . 1 44 GLY . 1 45 ASP . 1 46 VAL . 1 47 SER . 1 48 VAL . 1 49 THR . 1 50 SER . 1 51 VAL . 1 52 SER . 1 53 VAL . 1 54 VAL . 1 55 LYS . 1 56 THR . 1 57 PRO . 1 58 ALA . 1 59 LEU . 1 60 SER . 1 61 ASP . 1 62 LYS . 1 63 ASP . 1 64 VAL . 1 65 ASN . 1 66 VAL . 1 67 SER . 1 68 GLU . 1 69 ALA . 1 70 PHE . 1 71 SER . 1 72 PHE . 1 73 THR . 1 74 GLU . 1 75 SER . 1 76 PRO . 1 77 LEU . 1 78 HIS . 1 79 LYS . 1 80 PRO . 1 81 LYS . 1 82 GLN . 1 83 GLN . 1 84 ALA . 1 85 LYS . 1 86 ILE . 1 87 GLU . 1 88 GLY . 1 89 PHE . 1 90 PHE . 1 91 LYS . 1 92 HIS . 1 93 PHE . 1 94 PRO . 1 95 GLY . 1 96 ARG . 1 97 GLN . 1 98 GLN . 1 99 SER . 1 100 LYS . 1 101 GLY . 1 102 THR . 1 103 CYS . 1 104 SER . 1 105 GLU . 1 106 PRO . 1 107 SER . 1 108 LEU . 1 109 PRO . 1 110 ALA . 1 111 THR . 1 112 VAL . 1 113 GLN . 1 114 THR . 1 115 ALA . 1 116 GLN . 1 117 ASP . 1 118 THR . 1 119 LEU . 1 120 CYS . 1 121 THR . 1 122 THR . 1 123 PRO . 1 124 LYS . 1 125 THR . 1 126 PRO . 1 127 THR . 1 128 ALA . 1 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A 1 1289 LYS 1289 ? ? ? B . A 1 1290 TYR 1290 ? ? ? B . A 1 1291 SER 1291 ? ? ? B . A 1 1292 GLU 1292 ? ? ? B . A 1 1293 TRP 1293 ? ? ? B . A 1 1294 THR 1294 ? ? ? B . A 1 1295 VAL 1295 ? ? ? B . A 1 1296 PRO 1296 ? ? ? B . A 1 1297 ALA 1297 ? ? ? B . A 1 1298 GLU 1298 ? ? ? B . A 1 1299 ASP 1299 ? ? ? B . A 1 1300 GLY 1300 ? ? ? B . A 1 1301 SER 1301 ? ? ? B . A 1 1302 PRO 1302 ? ? ? B . A 1 1303 GLY 1303 ? ? ? B . A 1 1304 ALA 1304 ? ? ? B . A 1 1305 ARG 1305 ? ? ? B . A 1 1306 GLY 1306 ? ? ? B . A 1 1307 ALA 1307 ? ? ? B . A 1 1308 PRO 1308 ? ? ? B . A 1 1309 GLU 1309 ? ? ? B . A 1 1310 ASP 1310 ? ? ? B . A 1 1311 THR 1311 ? ? ? B . A 1 1312 GLU 1312 ? ? ? B . A 1 1313 GLU 1313 ? ? ? B . A 1 1314 GLU 1314 ? ? ? B . A 1 1315 GLU 1315 ? ? ? B . A 1 1316 GLU 1316 ? ? ? B . A 1 1317 GLU 1317 ? ? ? B . A 1 1318 ALA 1318 ? ? ? B . A 1 1319 PRO 1319 ? ? ? B . A 1 1320 VAL 1320 ? ? ? B . A 1 1321 SER 1321 ? ? ? B . A 1 1322 SER 1322 ? ? ? B . A 1 1323 HIS 1323 ? ? ? B . A 1 1324 TYR 1324 ? ? ? B . A 1 1325 PHE 1325 ? ? ? B . A 1 1326 ALA 1326 ? ? ? B . A 1 1327 ASN 1327 ? ? ? B . A 1 1328 GLN 1328 ? ? ? B . A 1 1329 THR 1329 ? ? ? B . A 1 1330 ARG 1330 ? ? ? B . A 1 1331 ASN 1331 ? ? ? B . A 1 1332 GLU 1332 ? ? ? B . A 1 1333 ARG 1333 ? ? ? B . A 1 1334 LYS 1334 ? ? ? B . A 1 1335 ARG 1335 ? ? ? B . A 1 1336 LYS 1336 ? ? ? B . A 1 1337 LYS 1337 ? ? ? B . A 1 1338 MET 1338 ? ? ? B . A 1 1339 SER 1339 ? ? ? B . A 1 1340 ALA 1340 ? ? ? B . A 1 1341 THR 1341 ? ? ? B . A 1 1342 HIS 1342 ? ? ? B . A 1 1343 LYS 1343 ? ? ? B . A 1 1344 PRO 1344 ? ? ? B . A 1 1345 LYS 1345 ? ? ? B . A 1 1346 ARG 1346 ? ? ? B . A 1 1347 ARG 1347 ? ? ? B . A 1 1348 ARG 1348 ? ? ? B . A 1 1349 THR 1349 ? ? ? B . A 1 1350 SER 1350 ? ? ? B . A 1 1351 TYR 1351 ? ? ? B . A 1 1352 GLY 1352 ? ? ? B . A 1 1353 GLY 1353 ? ? ? B . A 1 1354 PHE 1354 ? ? ? B . A 1 1355 ARG 1355 ? ? ? B . A 1 1356 ALA 1356 ? ? ? B . A 1 1357 LYS 1357 ? ? ? B . A 1 1358 GLY 1358 ? ? ? B . A 1 1359 GLY 1359 ? ? ? B . A 1 1360 SER 1360 ? ? ? B . A 1 1361 THR 1361 ? ? ? B . A 1 1362 THR 1362 ? ? ? B . A 1 1363 CYS 1363 ? ? ? B . A 1 1364 ARG 1364 ? ? ? B . A 1 1365 LYS 1365 ? ? ? B . A 1 1366 THR 1366 ? ? ? B . A 1 1367 THR 1367 ? ? ? B . A 1 1368 SER 1368 ? ? ? B . A 1 1369 LYS 1369 ? ? ? B . A 1 1370 SER 1370 ? ? ? B . A 1 1371 LYS 1371 ? ? ? B . A 1 1372 PHE 1372 ? ? ? B . A 1 1373 TYR 1373 ? ? ? B . A 1 1374 GLY 1374 ? ? ? B . A 1 1375 VAL 1375 ? ? ? B . A 1 1376 THR 1376 ? ? ? B . A 1 1377 GLY 1377 ? ? ? B . A 1 1378 SER 1378 ? ? ? B . A 1 1379 ARG 1379 ? ? ? B . A 1 1380 SER 1380 ? ? ? B . A 1 1381 ALA 1381 ? ? ? B . A 1 1382 SER 1382 ? ? ? B . A 1 1383 CYS 1383 ? ? ? B . A 1 1384 ALA 1384 ? ? ? B . A 1 1385 SER 1385 ? ? ? B . A 1 1386 GLN 1386 ? ? ? B . A 1 1387 ALA 1387 ? ? ? B . A 1 1388 THR 1388 ? ? ? B . A 1 1389 SER 1389 ? ? ? B . A 1 1390 SER 1390 ? ? ? B . A 1 1391 ALA 1391 ? ? ? B . A 1 1392 SER 1392 ? ? ? B . A 1 1393 ARG 1393 ? ? ? B . A 1 1394 LYS 1394 ? ? ? B . A 1 1395 LEU 1395 ? ? ? B . A 1 1396 GLY 1396 ? ? ? B . A 1 1397 ILE 1397 ? ? ? B . A 1 1398 MET 1398 ? ? ? B . A 1 1399 ALA 1399 ? ? ? B . A 1 1400 PRO 1400 ? ? ? B . A 1 1401 PRO 1401 ? ? ? B . A 1 1402 LYS 1402 ? ? ? B . A 1 1403 PRO 1403 ? ? ? B . A 1 1404 VAL 1404 ? ? ? B . A 1 1405 ASN 1405 ? ? ? B . A 1 1406 ARG 1406 ? ? ? B . A 1 1407 THR 1407 ? ? ? B . A 1 1408 PHE 1408 ? ? ? B . A 1 1409 LEU 1409 ? ? ? B . A 1 1410 ARG 1410 ? ? ? B . A 1 1411 PRO 1411 ? ? ? B . A 1 1412 SER 1412 ? ? ? B . A 1 1413 TYR 1413 ? ? ? B . A 1 1414 ALA 1414 ? ? ? B . A 1 1415 PHE 1415 ? ? ? B . A 1 1416 SER 1416 ? ? ? B . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 K 1 2 2 K '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'BLM protein {PDB ID=5lup, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5lup.1.B}' 'template structure' . 2 'POTASSIUM ION {PDB ID=5lup, label_asym_id=N, auth_asym_id=B, SMTL ID=5lup.1._.2}' 'template structure' . 3 . target . 4 'POTASSIUM ION' target . 5 'Target-template alignment by HHblits to 5lup, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 4' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 4 7 3 1 8 3 2 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 5 13 4 4 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-05-07 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-05-02 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B N 4 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 MDARQISLQQQLIHVMEHICKLIDTIPDDKLKLLDCGNELLQQRNIRRKLLTEV MDARQISLQQQLIHVMEHICKLIDTIPDDKLKLLDCGNELLQQRNIRRKLLTEV # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 2 53 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 K 'POTASSIUM ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5lup 2024-05-08 2 PDB . 5lup 2024-05-08 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1416 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 1416 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6.3e-15 76.923 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAAVPLNNLQEQLQRHSARKLNNQPSLSKPKSLGFTFKKKTSEGDVSVTSVSVVKTPALSDKDVNVSEAFSFTESPLHKPKQQAKIEGFFKHFPGRQQSKGTCSEPSLPATVQTAQDTLCTTPKTPTAKKLPVAVFKKLEFSSSADSLSDWADMDDFDMSASDAFASLAKNPATRVSTAQKMKKTKRNFFKPPPRKANAVKTDLTPPSPECLQVDLTKESEEEEEEEEEAEGADCLSRDVICIDNDSASEELTEKDTQESQSLKAHLGAERGDSEKKSHEDEAVFHSVQNTEYFEHNDNDYDIDFVPPSPEEIISTASSSLKCSSMLKDLDDSDKEKGILSTSEELLSKPEEMTTHKSDAGTSKDCDAQQIRIQQQLIHVMEHICKLVDTVPTDELEALNCGTELLQQRNIRRKLLAEAGFNGNDVRLLGSLWRHRPDSLDNTVQGDSCPVGHPNKELNSPYLLSHSPSTEECLPTTTPGKTGFSATPKNLFERPLLNSHLQKSFVSSNWAETPRMENRNESTDFPGSVLTSTTVKAQSKQAASGWNVERHGQASYDIDNFNIDDFDDDDDDDDWENIMHNFPASKSSTATYPPIKEGGPVKSLSERISSAKAKFLPVVSTAQNTNLSESIQNCSDKLAQNLSSKNPKHEHFQSLNFPHTKEMMKIFHKKFGLHNFRTNQLEAINAALLGEDCFILMPTGGGKSLCYQLPACVSPGVTIVISPLRSLIVDQVQKLTSFDIPATYLTGDKTDSEAANIYLQLSKKDPIIKLLYVTPEKVCASNRLISTLENLYERKLLARFVIDEAHCVSQWGHDFRQDYKRMNMLRQKFPSVPVMALTATANPRVQKDILTQLKILRPQVFSMSFNRHNLKYYVLPKKPKKVAFDCLEWIRKHHPYDSGIIYCLSRRECDTMADTLQREGLAALAYHAGLSDSARDEVQHKWINQDNCQVICATIAFGMGIDKPDVRFVIHASLPKSMEGYYQESGRAGRDGEISHCVLFYTYHDVTRLKRLIMMEKDGNYHTKETHVNNLYSMVHYCENITECRRIQLLAYFGEKGFNPDFCKKYPDVSCDNCCKTKDYKTKDVTDDVKNIIRFVQEHSSSPGTRNIGPAGRFTLNMLVDIFLGSKSAKVKSGIFGKGTTYSRHNAERLFKKLILDKILDEDLYINANDQPIAYVMLGTKAHSVLSGHLKVDFMETENSSSIKKQKALVAKVSQREEVVKKCLGELTEVCKLLGKVFGVHYFNIFNTATLKKLAESLSSDPEVLLQIDGVTEDKLEKYGAEVIPVLQKYSEWTVPAEDGSPGARGAPEDTEEEEEEAPVSSHYFANQTRNERKRKKMSATHKPKRRRTSYGGFRAKGGSTTCRKTTSKSKFYGVTGSRSASCASQATSSASRKLGIMAPPKPVNRTFLRPSYAFS 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DARQISLQQQLIHVMEHICKLIDTIPDDKLKLLDCGNELLQQRNIRRKLLTE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.444}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5lup.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ASP 367 367 ? A 19.216 37.447 19.717 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 2 C CA . ASP 367 367 ? A 17.952 37.807 19.015 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 3 C C . ASP 367 367 ? A 17.842 37.249 17.592 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 4 O O . ASP 367 367 ? A 16.884 36.563 17.301 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 5 C CB . ASP 367 367 ? A 17.757 39.319 19.184 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 6 C CG . ASP 367 367 ? A 16.255 39.536 19.216 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 7 O OD1 . ASP 367 367 ? A 15.571 38.840 18.433 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 8 O OD2 . ASP 367 367 ? A 15.804 40.296 20.093 1 1 B ASP 0.540 1 ATOM 9 N N . ALA 368 368 ? A 18.841 37.375 16.684 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 10 C CA . ALA 368 368 ? A 18.775 36.688 15.395 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 11 C C . ALA 368 368 ? A 18.486 35.169 15.487 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 12 O O . ALA 368 368 ? A 17.758 34.602 14.680 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 13 C CB . ALA 368 368 ? A 20.061 36.999 14.597 1 1 B ALA 0.560 1 ATOM 14 N N . GLN 369 369 ? A 18.993 34.497 16.549 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 15 C CA . GLN 369 369 ? A 18.574 33.158 16.940 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 16 C C . GLN 369 369 ? A 17.081 33.007 17.267 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 17 O O . GLN 369 369 ? A 16.432 32.110 16.745 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 18 C CB . GLN 369 369 ? A 19.436 32.639 18.128 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 19 C CG . GLN 369 369 ? A 19.230 31.137 18.456 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 20 C CD . GLN 369 369 ? A 19.583 30.247 17.261 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 21 O OE1 . GLN 369 369 ? A 20.298 30.644 16.339 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 22 N NE2 . GLN 369 369 ? A 19.058 29.001 17.245 1 1 B GLN 0.600 1 ATOM 23 N N . GLN 370 370 ? A 16.490 33.916 18.075 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 24 C CA . GLN 370 370 ? A 15.068 34.015 18.370 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 25 C C . GLN 370 370 ? A 14.237 34.226 17.111 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 26 O O . GLN 370 370 ? A 13.289 33.487 16.885 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 27 C CB . GLN 370 370 ? A 14.837 35.189 19.377 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 28 C CG . GLN 370 370 ? A 13.373 35.600 19.673 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 29 C CD . GLN 370 370 ? 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A 13.646 30.270 13.141 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 44 C CB . ARG 372 372 ? A 16.699 31.559 13.126 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 45 C CG . ARG 372 372 ? A 17.623 32.375 12.196 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 46 C CD . ARG 372 372 ? A 19.041 31.799 12.035 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 47 N NE . ARG 372 372 ? A 19.760 31.862 13.360 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 48 C CZ . ARG 372 372 ? A 20.586 32.847 13.743 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 49 N NH1 . ARG 372 372 ? A 20.705 33.969 13.047 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 50 N NH2 . ARG 372 372 ? A 21.277 32.708 14.873 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 51 N N . ILE 373 373 ? A 14.397 30.847 15.172 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 52 C CA . ILE 373 373 ? A 13.536 29.948 15.940 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 53 C C . ILE 373 373 ? A 12.054 30.293 15.783 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 54 O O . ILE 373 373 ? A 11.216 29.423 15.557 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 55 C CB . ILE 373 373 ? A 13.936 29.934 17.421 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 56 C CG1 . ILE 373 373 ? A 15.347 29.326 17.615 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 57 C CG2 . ILE 373 373 ? A 12.924 29.138 18.276 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 58 C CD1 . ILE 373 373 ? A 15.897 29.565 19.026 1 1 B ILE 0.610 1 ATOM 59 N N . GLN 374 374 ? A 11.682 31.582 15.846 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 60 C CA . GLN 374 374 ? A 10.327 32.046 15.614 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 61 C C . GLN 374 374 ? A 9.801 31.748 14.210 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 62 O O . GLN 374 374 ? A 8.677 31.278 14.040 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 63 C CB . GLN 374 374 ? A 10.213 33.555 15.921 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 64 C CG . GLN 374 374 ? A 8.763 34.084 15.871 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 65 C CD . GLN 374 374 ? A 8.710 35.528 16.363 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 66 O OE1 . GLN 374 374 ? A 9.371 35.889 17.335 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 67 N NE2 . GLN 374 374 ? A 7.898 36.381 15.695 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 68 N N . GLN 375 375 ? A 10.617 31.964 13.159 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 69 C CA . GLN 375 375 ? A 10.302 31.556 11.798 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 70 C C . GLN 375 375 ? A 10.133 30.049 11.641 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 71 O O . GLN 375 375 ? A 9.196 29.583 10.988 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 72 C CB . GLN 375 375 ? A 11.392 32.034 10.816 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 73 C CG . GLN 375 375 ? A 11.438 33.567 10.630 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 74 C CD . GLN 375 375 ? A 12.590 33.942 9.697 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 75 O OE1 . GLN 375 375 ? A 13.319 33.097 9.184 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 76 N NE2 . GLN 375 375 ? A 12.770 35.264 9.458 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 77 N N . GLN 376 376 ? A 11.008 29.243 12.285 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 78 C CA . GLN 376 376 ? A 10.863 27.797 12.349 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 79 C C . GLN 376 376 ? A 9.544 27.382 12.988 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 80 O O . GLN 376 376 ? A 8.816 26.550 12.454 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 81 C CB . GLN 376 376 ? A 12.023 27.140 13.137 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 82 C CG . GLN 376 376 ? A 13.370 27.133 12.384 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 83 C CD . GLN 376 376 ? A 14.436 26.468 13.256 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 84 O OE1 . GLN 376 376 ? A 14.262 25.350 13.735 1 1 B GLN 0.610 1 ATOM 85 N NE2 . GLN 376 376 ? 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A 4.567 20.881 7.710 1 1 B HIS 0.600 1 ATOM 142 N ND1 . HIS 383 383 ? A 3.614 19.977 7.297 1 1 B HIS 0.600 1 ATOM 143 C CD2 . HIS 383 383 ? A 5.805 20.447 7.341 1 1 B HIS 0.600 1 ATOM 144 C CE1 . HIS 383 383 ? A 4.272 19.012 6.697 1 1 B HIS 0.600 1 ATOM 145 N NE2 . HIS 383 383 ? A 5.605 19.244 6.694 1 1 B HIS 0.600 1 ATOM 146 N N . ILE 384 384 ? A 1.488 21.927 10.223 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 147 C CA . ILE 384 384 ? A 0.444 21.251 10.990 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 148 C C . ILE 384 384 ? A -0.956 21.590 10.493 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 149 O O . ILE 384 384 ? A -1.774 20.706 10.244 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 150 C CB . ILE 384 384 ? A 0.576 21.592 12.485 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 151 C CG1 . ILE 384 384 ? A 1.827 20.894 13.085 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 152 C CG2 . ILE 384 384 ? A -0.710 21.248 13.279 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 153 C CD1 . ILE 384 384 ? A 2.182 21.345 14.507 1 1 B ILE 0.700 1 ATOM 154 N N . CYS 385 385 ? A -1.267 22.881 10.279 1 1 B CYS 0.790 1 ATOM 155 C CA . CYS 385 385 ? A -2.554 23.297 9.749 1 1 B CYS 0.790 1 ATOM 156 C C . CYS 385 385 ? A -2.837 22.806 8.329 1 1 B CYS 0.790 1 ATOM 157 O O . CYS 385 385 ? A -3.952 22.391 8.023 1 1 B CYS 0.790 1 ATOM 158 C CB . CYS 385 385 ? A -2.722 24.830 9.817 1 1 B CYS 0.790 1 ATOM 159 S SG . CYS 385 385 ? A -2.776 25.483 11.518 1 1 B CYS 0.790 1 ATOM 160 N N . LYS 386 386 ? A -1.832 22.805 7.430 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 161 C CA . LYS 386 386 ? A -1.931 22.194 6.113 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 162 C C . LYS 386 386 ? A -2.178 20.684 6.127 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 163 O O . LYS 386 386 ? A -2.957 20.175 5.326 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 164 C CB . LYS 386 386 ? A -0.684 22.497 5.260 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 165 C CG . LYS 386 386 ? A -0.623 23.947 4.760 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 166 C CD . LYS 386 386 ? A 0.458 24.133 3.686 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 167 C CE . LYS 386 386 ? A 1.871 23.834 4.186 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 168 N NZ . LYS 386 386 ? A 2.832 24.033 3.082 1 1 B LYS 0.700 1 ATOM 169 N N . LEU 387 387 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #