data_SMR-c12bf191d4f74dab4df15588eaf6ac18_3 _entry.id SMR-c12bf191d4f74dab4df15588eaf6ac18_3 _struct.entry_id SMR-c12bf191d4f74dab4df15588eaf6ac18_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - B4RTA0/ GLNE_ALTMD, Bifunctional glutamine synthetase adenylyltransferase/adenylyl-removing enzyme Estimated model accuracy of this model is 0.009, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries B4RTA0' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-06.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.4.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.10.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 131688.344 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GLNE_ALTMD B4RTA0 1 ;MPTDNENSMTNVEQAEKYWQQFLTAPALTDDDKAIAKQHHDVLLTAFARSSFLAETIIQKPSFVSRTVEQ TVEQTVEQTTEQDSDEQLQKNVDKEASSPWVAMYRSALDITLETVKTEDDLLKALREYRNQEMARVTFLD VLNKQDISTSLERVSALADVLLTGAYHWIYQHLAIRYGTPQNNGEDMHMYILGMGKLGGKELNFSSDIDL IFSYPEKGETQGGRKSIEHQQFFTKLAQKLIQALNKITNDGQVYRVDMRLRPFGDSGPLVMHFAALEDYY QDQGRHWERFAMVKARVINDDNSEDVKWLNSILHPFTFRRYLDFTTLDALRNMKKLIATEIRRRRLNNNI KLGAGGIREVEFFAQSFQLIHGGREPALQSKSLLRTLDALTELDIVEKDVTEQLKHDYLFLRKVEHTLQQ CQDRQTQTLPDSAWQQAALIEVMGFDSYSTFLNQLDATMARIHGHFNELVEESQDSHSDEDQLFIACQDA WRLSLQEEEFAETFSEHLSSKDITGVYPILVAFKDKQRNYRIGQKGEDTLNKLLPEILYVLINQHPNHIS QVLKRLLGVIEAITGRTTYLDLLLENPDVLKQLVKLCERSDWIAQEIKRFPLLLDELLTPLYLGQQNTDI HTSKKEYQLELRETMLRIEQDDVEMLMDGLRQFKLCQQLRIAASDISESLPVNNVSDKLTVLAEVILEHV VNAAWMQMRQRYGVPSHLEGNDKGFAVIGYGKLGGYELGYGSDLDLVFLHNAPRGISTDGNKSLEAQQFY IKLAQRIMHLLNTKTLFGQLYETDLRLRPSGNAGLLCCHIDGFEKYQTEEAWTWEHQALVRARAICGDVG LLKDFTRVRHTILSQVRDSKSLATDVCKMRLKMREHLLSKNNDKVDLKQCVGGITDIEFMAQYLVLANAQ SADSMTTYPDNLRIFDTAVKARIIDPSTASKLQKAYLKLREQYHHLTLADTKYADQSEELDAIREQVRQH WDTLFGTCSE ; 'Bifunctional glutamine synthetase adenylyltransferase/adenylyl-removing enzyme' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 990 1 990 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . GLNE_ALTMD B4RTA0 . 1 990 1774373 'Alteromonas mediterranea (strain DSM 17117 / CIP 110805 / LMG 28347 / Deepecotype)' 2008-09-23 807DD9EFB1F86B37 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MPTDNENSMTNVEQAEKYWQQFLTAPALTDDDKAIAKQHHDVLLTAFARSSFLAETIIQKPSFVSRTVEQ TVEQTVEQTTEQDSDEQLQKNVDKEASSPWVAMYRSALDITLETVKTEDDLLKALREYRNQEMARVTFLD VLNKQDISTSLERVSALADVLLTGAYHWIYQHLAIRYGTPQNNGEDMHMYILGMGKLGGKELNFSSDIDL IFSYPEKGETQGGRKSIEHQQFFTKLAQKLIQALNKITNDGQVYRVDMRLRPFGDSGPLVMHFAALEDYY QDQGRHWERFAMVKARVINDDNSEDVKWLNSILHPFTFRRYLDFTTLDALRNMKKLIATEIRRRRLNNNI KLGAGGIREVEFFAQSFQLIHGGREPALQSKSLLRTLDALTELDIVEKDVTEQLKHDYLFLRKVEHTLQQ CQDRQTQTLPDSAWQQAALIEVMGFDSYSTFLNQLDATMARIHGHFNELVEESQDSHSDEDQLFIACQDA WRLSLQEEEFAETFSEHLSSKDITGVYPILVAFKDKQRNYRIGQKGEDTLNKLLPEILYVLINQHPNHIS QVLKRLLGVIEAITGRTTYLDLLLENPDVLKQLVKLCERSDWIAQEIKRFPLLLDELLTPLYLGQQNTDI HTSKKEYQLELRETMLRIEQDDVEMLMDGLRQFKLCQQLRIAASDISESLPVNNVSDKLTVLAEVILEHV VNAAWMQMRQRYGVPSHLEGNDKGFAVIGYGKLGGYELGYGSDLDLVFLHNAPRGISTDGNKSLEAQQFY IKLAQRIMHLLNTKTLFGQLYETDLRLRPSGNAGLLCCHIDGFEKYQTEEAWTWEHQALVRARAICGDVG LLKDFTRVRHTILSQVRDSKSLATDVCKMRLKMREHLLSKNNDKVDLKQCVGGITDIEFMAQYLVLANAQ SADSMTTYPDNLRIFDTAVKARIIDPSTASKLQKAYLKLREQYHHLTLADTKYADQSEELDAIREQVRQH WDTLFGTCSE ; ;MPTDNENSMTNVEQAEKYWQQFLTAPALTDDDKAIAKQHHDVLLTAFARSSFLAETIIQKPSFVSRTVEQ TVEQTVEQTTEQDSDEQLQKNVDKEASSPWVAMYRSALDITLETVKTEDDLLKALREYRNQEMARVTFLD VLNKQDISTSLERVSALADVLLTGAYHWIYQHLAIRYGTPQNNGEDMHMYILGMGKLGGKELNFSSDIDL IFSYPEKGETQGGRKSIEHQQFFTKLAQKLIQALNKITNDGQVYRVDMRLRPFGDSGPLVMHFAALEDYY QDQGRHWERFAMVKARVINDDNSEDVKWLNSILHPFTFRRYLDFTTLDALRNMKKLIATEIRRRRLNNNI KLGAGGIREVEFFAQSFQLIHGGREPALQSKSLLRTLDALTELDIVEKDVTEQLKHDYLFLRKVEHTLQQ CQDRQTQTLPDSAWQQAALIEVMGFDSYSTFLNQLDATMARIHGHFNELVEESQDSHSDEDQLFIACQDA 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. 1 37 LYS . 1 38 GLN . 1 39 HIS . 1 40 HIS . 1 41 ASP . 1 42 VAL . 1 43 LEU . 1 44 LEU . 1 45 THR . 1 46 ALA . 1 47 PHE . 1 48 ALA . 1 49 ARG . 1 50 SER . 1 51 SER . 1 52 PHE . 1 53 LEU . 1 54 ALA . 1 55 GLU . 1 56 THR . 1 57 ILE . 1 58 ILE . 1 59 GLN . 1 60 LYS . 1 61 PRO . 1 62 SER . 1 63 PHE . 1 64 VAL . 1 65 SER . 1 66 ARG . 1 67 THR . 1 68 VAL . 1 69 GLU . 1 70 GLN . 1 71 THR . 1 72 VAL . 1 73 GLU . 1 74 GLN . 1 75 THR . 1 76 VAL . 1 77 GLU . 1 78 GLN . 1 79 THR . 1 80 THR . 1 81 GLU . 1 82 GLN . 1 83 ASP . 1 84 SER . 1 85 ASP . 1 86 GLU . 1 87 GLN . 1 88 LEU . 1 89 GLN . 1 90 LYS . 1 91 ASN . 1 92 VAL . 1 93 ASP . 1 94 LYS . 1 95 GLU . 1 96 ALA . 1 97 SER . 1 98 SER . 1 99 PRO . 1 100 TRP . 1 101 VAL . 1 102 ALA . 1 103 MET . 1 104 TYR . 1 105 ARG . 1 106 SER . 1 107 ALA . 1 108 LEU . 1 109 ASP . 1 110 ILE . 1 111 THR . 1 112 LEU . 1 113 GLU . 1 114 THR . 1 115 VAL . 1 116 LYS . 1 117 THR . 1 118 GLU . 1 119 ASP . 1 120 ASP . 1 121 LEU . 1 122 LEU . 1 123 LYS . 1 124 ALA . 1 125 LEU . 1 126 ARG . 1 127 GLU . 1 128 TYR . 1 129 ARG . 1 130 ASN . 1 131 GLN . 1 132 GLU . 1 133 MET . 1 134 ALA . 1 135 ARG . 1 136 VAL . 1 137 THR . 1 138 PHE . 1 139 LEU . 1 140 ASP . 1 141 VAL . 1 142 LEU . 1 143 ASN . 1 144 LYS . 1 145 GLN . 1 146 ASP . 1 147 ILE . 1 148 SER . 1 149 THR . 1 150 SER . 1 151 LEU . 1 152 GLU . 1 153 ARG . 1 154 VAL . 1 155 SER . 1 156 ALA . 1 157 LEU . 1 158 ALA . 1 159 ASP . 1 160 VAL . 1 161 LEU . 1 162 LEU . 1 163 THR . 1 164 GLY . 1 165 ALA . 1 166 TYR . 1 167 HIS . 1 168 TRP . 1 169 ILE . 1 170 TYR . 1 171 GLN . 1 172 HIS . 1 173 LEU . 1 174 ALA . 1 175 ILE . 1 176 ARG . 1 177 TYR . 1 178 GLY . 1 179 THR . 1 180 PRO . 1 181 GLN . 1 182 ASN . 1 183 ASN . 1 184 GLY . 1 185 GLU . 1 186 ASP . 1 187 MET . 1 188 HIS . 1 189 MET . 1 190 TYR . 1 191 ILE . 1 192 LEU . 1 193 GLY . 1 194 MET . 1 195 GLY . 1 196 LYS . 1 197 LEU . 1 198 GLY . 1 199 GLY . 1 200 LYS . 1 201 GLU . 1 202 LEU . 1 203 ASN . 1 204 PHE . 1 205 SER . 1 206 SER . 1 207 ASP . 1 208 ILE 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A 1 836 CYS 836 ? ? ? B . A 1 837 GLY 837 ? ? ? B . A 1 838 ASP 838 ? ? ? B . A 1 839 VAL 839 ? ? ? B . A 1 840 GLY 840 ? ? ? B . A 1 841 LEU 841 ? ? ? B . A 1 842 LEU 842 ? ? ? B . A 1 843 LYS 843 ? ? ? B . A 1 844 ASP 844 ? ? ? B . A 1 845 PHE 845 ? ? ? B . A 1 846 THR 846 ? ? ? B . A 1 847 ARG 847 ? ? ? B . A 1 848 VAL 848 ? ? ? B . A 1 849 ARG 849 ? ? ? B . A 1 850 HIS 850 ? ? ? B . A 1 851 THR 851 ? ? ? B . A 1 852 ILE 852 ? ? ? B . A 1 853 LEU 853 ? ? ? B . A 1 854 SER 854 ? ? ? B . A 1 855 GLN 855 ? ? ? B . A 1 856 VAL 856 ? ? ? B . A 1 857 ARG 857 ? ? ? B . A 1 858 ASP 858 ? ? ? B . A 1 859 SER 859 ? ? ? B . A 1 860 LYS 860 ? ? ? B . A 1 861 SER 861 ? ? ? B . A 1 862 LEU 862 ? ? ? B . A 1 863 ALA 863 ? ? ? B . A 1 864 THR 864 ? ? ? B . A 1 865 ASP 865 ? ? ? B . A 1 866 VAL 866 ? ? ? B . A 1 867 CYS 867 ? ? ? B . A 1 868 LYS 868 ? ? ? B . A 1 869 MET 869 ? ? ? B . A 1 870 ARG 870 ? ? ? B . A 1 871 LEU 871 ? ? ? B . A 1 872 LYS 872 ? ? ? B . A 1 873 MET 873 ? ? ? B . A 1 874 ARG 874 ? ? ? B . A 1 875 GLU 875 ? ? ? B . A 1 876 HIS 876 ? ? ? B . A 1 877 LEU 877 ? ? ? B . A 1 878 LEU 878 ? ? ? B . A 1 879 SER 879 ? ? ? B . A 1 880 LYS 880 ? ? ? B . A 1 881 ASN 881 ? ? ? B . A 1 882 ASN 882 ? ? ? B . A 1 883 ASP 883 ? ? ? B . A 1 884 LYS 884 ? ? ? B . A 1 885 VAL 885 ? ? ? B . A 1 886 ASP 886 ? ? ? B . A 1 887 LEU 887 ? ? ? B . A 1 888 LYS 888 ? ? ? B . A 1 889 GLN 889 ? ? ? B . A 1 890 CYS 890 ? ? ? B . A 1 891 VAL 891 ? ? ? B . A 1 892 GLY 892 ? ? ? B . A 1 893 GLY 893 ? ? ? B . A 1 894 ILE 894 ? ? ? B . A 1 895 THR 895 ? ? ? B . A 1 896 ASP 896 ? ? ? B . A 1 897 ILE 897 ? ? ? B . A 1 898 GLU 898 ? ? ? B . A 1 899 PHE 899 ? ? ? B . A 1 900 MET 900 ? ? ? B . A 1 901 ALA 901 ? ? ? B . A 1 902 GLN 902 ? ? ? B . A 1 903 TYR 903 ? ? ? B . A 1 904 LEU 904 ? ? ? B . A 1 905 VAL 905 ? ? ? B . A 1 906 LEU 906 ? ? ? B . A 1 907 ALA 907 ? ? ? B . A 1 908 ASN 908 ? ? ? B . A 1 909 ALA 909 ? ? ? B . A 1 910 GLN 910 ? ? ? B . A 1 911 SER 911 ? ? ? B . A 1 912 ALA 912 ? ? ? B . A 1 913 ASP 913 ? ? ? B . A 1 914 SER 914 ? ? ? B . A 1 915 MET 915 ? ? ? B . A 1 916 THR 916 ? ? ? B . A 1 917 THR 917 ? ? ? B . A 1 918 TYR 918 ? ? ? B . A 1 919 PRO 919 ? ? ? B . A 1 920 ASP 920 ? ? ? B . A 1 921 ASN 921 ? ? ? B . A 1 922 LEU 922 ? ? ? B . A 1 923 ARG 923 ? ? ? B . A 1 924 ILE 924 ? ? ? B . A 1 925 PHE 925 ? ? ? B . A 1 926 ASP 926 ? ? ? B . A 1 927 THR 927 ? ? ? B . A 1 928 ALA 928 ? ? ? B . A 1 929 VAL 929 ? ? ? B . A 1 930 LYS 930 ? ? ? B . A 1 931 ALA 931 ? ? ? B . A 1 932 ARG 932 ? ? ? B . A 1 933 ILE 933 ? ? ? B . A 1 934 ILE 934 ? ? ? B . A 1 935 ASP 935 ? ? ? B . A 1 936 PRO 936 ? ? ? B . A 1 937 SER 937 ? ? ? B . A 1 938 THR 938 ? ? ? B . A 1 939 ALA 939 ? ? ? B . A 1 940 SER 940 ? ? ? B . A 1 941 LYS 941 ? ? ? B . A 1 942 LEU 942 ? ? ? B . A 1 943 GLN 943 ? ? ? B . A 1 944 LYS 944 ? ? ? B . A 1 945 ALA 945 ? ? ? B . A 1 946 TYR 946 ? ? ? B . A 1 947 LEU 947 ? ? ? B . A 1 948 LYS 948 ? ? ? B . A 1 949 LEU 949 ? ? ? B . A 1 950 ARG 950 ? ? ? B . A 1 951 GLU 951 ? ? ? B . A 1 952 GLN 952 ? ? ? B . A 1 953 TYR 953 ? ? ? B . A 1 954 HIS 954 ? ? ? B . A 1 955 HIS 955 ? ? ? B . A 1 956 LEU 956 ? ? ? B . A 1 957 THR 957 ? ? ? B . A 1 958 LEU 958 ? ? ? B . A 1 959 ALA 959 ? ? ? B . A 1 960 ASP 960 ? ? ? B . A 1 961 THR 961 ? ? ? B . A 1 962 LYS 962 ? ? ? B . A 1 963 TYR 963 ? ? ? B . A 1 964 ALA 964 ? ? ? B . A 1 965 ASP 965 ? ? ? B . A 1 966 GLN 966 ? ? ? B . A 1 967 SER 967 ? ? ? B . A 1 968 GLU 968 ? ? ? B . A 1 969 GLU 969 ? ? ? B . A 1 970 LEU 970 ? ? ? B . A 1 971 ASP 971 ? ? ? B . A 1 972 ALA 972 ? ? ? B . A 1 973 ILE 973 ? ? ? B . A 1 974 ARG 974 ? ? ? B . A 1 975 GLU 975 ? ? ? B . A 1 976 GLN 976 ? ? ? B . A 1 977 VAL 977 ? ? ? B . A 1 978 ARG 978 ? ? ? B . A 1 979 GLN 979 ? ? ? B . A 1 980 HIS 980 ? ? ? B . A 1 981 TRP 981 ? ? ? B . A 1 982 ASP 982 ? ? ? B . A 1 983 THR 983 ? ? ? B . A 1 984 LEU 984 ? ? ? B . A 1 985 PHE 985 ? ? ? B . A 1 986 GLY 986 ? ? ? B . A 1 987 THR 987 ? ? ? B . A 1 988 CYS 988 ? ? ? B . A 1 989 SER 989 ? ? ? B . A 1 990 GLU 990 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'UV excision repair protein RAD23 {PDB ID=1x3w, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1x3w.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1x3w, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-06-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-06-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GTTGGATDAAQGGPPGSIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLE AV ; ;GTTGGATDAAQGGPPGSIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLE AV ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 22 69 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1x3w 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 990 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 991 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 78.000 17.021 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MPTDNENSMTNVEQAEKYWQQFLTAPALTDDDKAIAKQHHDVLLTAFARSSFLAETIIQKPSFVSRTVEQTVEQTVEQTTEQDSDEQLQKNVDKEASSPWVAMYRSALDITLETVKTEDDLLKALREYRNQEMARVTFLDVLNKQDISTSLERVSALADVLLTGAYHWIYQHLAIRYGTPQNNGEDMHMYILGMGKLGGKELNFSSDIDLIFSYPEKGETQGGRKSIEHQQFFTKLAQKLIQALNKITNDGQVYRVDMRLRPFGDSGPLVMHFAALEDYYQDQGRHWERFAMVKARVINDDNSEDVKWLNSILHPFTFRRYLDFTTLDALRNMKKLIATEIRRRRLNNNIKLGAGGIREVEFFAQSFQLIHGGREPALQSKSLLRTLDALTELDIVEKDVTEQLKHDYLFLRKVEHTLQQCQDRQTQTLPDSAWQQAALIEVMGFDSYSTFLNQLDATMARIHGHFNELVEESQDSHSDEDQLFIACQDAWRLSLQEEEFAETFSEHLSSKDITGVYPILVAFKDKQRNYRIGQKGEDTLNKLLPEILYVLINQHPNHISQVLKRLLGVIEAITGRTTYLDLLLENPDVLKQLVK-LCERSDWIAQEIKRFPLLLDELLTPLYLGQQNTDIHTSKKEYQLELRETMLRIEQDDVEMLMDGLRQFKLCQQLRIAASDISESLPVNNVSDKLTVLAEVILEHVVNAAWMQMRQRYGVPSHLEGNDKGFAVIGYGKLGGYELGYGSDLDLVFLHNAPRGISTDGNKSLEAQQFYIKLAQRIMHLLNTKTLFGQLYETDLRLRPSGNAGLLCCHIDGFEKYQTEEAWTWEHQALVRARAICGDVGLLKDFTRVRHTILSQVRDSKSLATDVCKMRLKMREHLLSKNNDKVDLKQCVGGITDIEFMAQYLVLANAQSADSMTTYPDNLRIFDTAVKARIIDPSTASKLQKAYLKLREQYHHLTLADTKYADQSEELDAIREQVRQHWDTLFGTCSE 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1x3w.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 3' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 106.778 59.331 107.760 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 166 C CB . LEU 593 593 ? A 104.335 57.172 108.037 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 167 C CG . LEU 593 593 ? A 103.967 57.657 106.593 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 168 C CD1 . LEU 593 593 ? A 102.524 58.122 106.548 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 169 C CD2 . LEU 593 593 ? A 104.661 58.864 105.925 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 170 N N . VAL 594 594 ? A 105.435 59.550 109.592 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 171 C CA . VAL 594 594 ? A 105.477 60.991 109.702 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 172 C C . VAL 594 594 ? A 106.928 61.297 109.550 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 173 O O . VAL 594 594 ? A 107.306 61.870 108.538 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 174 C CB . VAL 594 594 ? A 104.630 61.601 110.843 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 175 C CG1 . VAL 594 594 ? A 105.319 61.778 112.198 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 176 C CG2 . VAL 594 594 ? A 104.025 62.957 110.437 1 1 B VAL 0.690 1 ATOM 177 N N . LYS 595 595 ? A 107.788 60.786 110.441 1 1 B LYS 0.570 1 ATOM 178 C CA . LYS 595 595 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #