data_SMR-4b597cfd2158446dae2c0eeadecf92f7_3 _entry.id SMR-4b597cfd2158446dae2c0eeadecf92f7_3 _struct.entry_id SMR-4b597cfd2158446dae2c0eeadecf92f7_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q6P4Z2/ CO2A1_XENTR, Collagen alpha-1(II) chain Estimated model accuracy of this model is 0.03, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q6P4Z2' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-06.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.4.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.10.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 169704.671 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CO2A1_XENTR Q6P4Z2 1 ;MFSFVDSRTLVLFAATQVILLAVVRCQDEEDVLATGSCVQHGQRYSDKDVWKPEPCQICVCDTGNVLCDE IICEDPKDCPNAEIPFGECCPICPTEQSSTSSGQGVLKGQKGEPGDIKDVVGPKGPPGPQGPSGEQGPRG DRGDKGEKGAPGPRGRDGEPGTPGNPGPVGPPGPPGPPGLGGNFAAQMTGGFDEKAGGAQMGVMQGPMGP MGPRGPPGPTGAPGPQGFQGNPGEPGEPGAGGPMGPRGPPGPAGKPGDDGEAGKPGKSGERGPPGPQGAR GFPGTPGLPGVKGHRGYPGLDGSKGEAGAAGAKGEGGATGEAGSPGPMGPRGLPGERGRPGASGAAGARG NDGLPGPAGPPGPVGPAGAPGFPGAPGSKGEAGPTGARGPEGAQGPRGESGTPGSPGPAGASGNPGTDGI PGAKGSSGAPGIAGAPGFPGPRGPPGPQGATGPLGPKGQTGDPGVAGFKGEHGPKGEIGSAGPQGAPGPA GEEGKRGARGEPGAAGPLGPPGERGAPGNRGFPGQDGLAGPKGAPGERGVPGLGGPKGANGDPGRPGEPG LPGARGLTGRPGDAGPQGKVGPSGASGEDGRPGPPGPQGARGQPGVMGFPGPKGANGEPGKAGEKGLLGA PGLRGLPGKDGETGAQGPNGPAGPAGERGEQGPPGPSGFQGLPGPPGSPGEGGKPGDQGVPGEAGAPGLV GPRGERGFPGERGSSGPQGLQGPRGLPGTPGTDGPKGATGPSGPNGAQGPPGLQGMPGERGAAGISGPKG DRGDTGEKGPEGAPGKDGSRGLTGPIGPPGPSGPNGEKGESGPSGPAGIVGARGAPGDRGETGPPGPAGF AGPPGADGQAGLKGDQGESGQKGDAGAPGPQGPSGAPGPQGPTGVNGPKGARGAQGPPGATGFPGAAGRV GPPGPNGNPGPSGAPGSAGKEGPKGARGDAGPTGRAGDPGLQGPAGVPGEKGESGEDGPSGPDGPPGPQG LSGQRGIVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGGPGSAGDRGPPGPVGPPGLTGPAGEPGREGNAGSDGP PGRDGATGIKGDRGETGPLGAPGAPGAPGAPGPVGPTGKQGDRGESGPQGPLGPSGPAGARGLPGPQGPR GDKGEAGEAGERGQKGHRGFTGLQGLPGPPGTAGDQGASGPAGPGGPRGPPGPVGPSGKDGSNGLPGPIG PPGPRGRGGETGPAGPPGQPGPPGPPGPPGPGIDMSAFAGLSQPEKGPDPMRYMRADQASSSVPQRDVDV EATLKSLNNQIESIRSPDGTKKNPARTCRDLKLCHPEWKSGDYWIDPNQGCTVDAIKVFCNMETGETCVY PNPSKIPKKNWWSAKGKEKKHIWFGETINGGFQFSYGDDSSAPNTANIQMTFLRLLSTDATQNITYHCKN SIAFMDEASGNLKKAVLLQGSNDVEIRAEGNSRFTYNALEDGCKKHTGKWSKTVIEYRTQKTSRLPIVDI APMDIGGADQEFGVDIGPVCFL ; 'Collagen alpha-1(II) chain' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1492 1 1492 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . CO2A1_XENTR Q6P4Z2 . 1 1492 8364 'Xenopus tropicalis (Western clawed frog) (Silurana tropicalis)' 2004-07-05 DB7AF42B94210EB7 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MFSFVDSRTLVLFAATQVILLAVVRCQDEEDVLATGSCVQHGQRYSDKDVWKPEPCQICVCDTGNVLCDE IICEDPKDCPNAEIPFGECCPICPTEQSSTSSGQGVLKGQKGEPGDIKDVVGPKGPPGPQGPSGEQGPRG DRGDKGEKGAPGPRGRDGEPGTPGNPGPVGPPGPPGPPGLGGNFAAQMTGGFDEKAGGAQMGVMQGPMGP MGPRGPPGPTGAPGPQGFQGNPGEPGEPGAGGPMGPRGPPGPAGKPGDDGEAGKPGKSGERGPPGPQGAR GFPGTPGLPGVKGHRGYPGLDGSKGEAGAAGAKGEGGATGEAGSPGPMGPRGLPGERGRPGASGAAGARG NDGLPGPAGPPGPVGPAGAPGFPGAPGSKGEAGPTGARGPEGAQGPRGESGTPGSPGPAGASGNPGTDGI PGAKGSSGAPGIAGAPGFPGPRGPPGPQGATGPLGPKGQTGDPGVAGFKGEHGPKGEIGSAGPQGAPGPA GEEGKRGARGEPGAAGPLGPPGERGAPGNRGFPGQDGLAGPKGAPGERGVPGLGGPKGANGDPGRPGEPG 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;MFSFVDSRTLVLFAATQVILLAVVRCQDEEDVLATGSCVQHGQRYSDKDVWKPEPCQICVCDTGNVLCDE IICEDPKDCPNAEIPFGECCPICPTEQSSTSSGQGVLKGQKGEPGDIKDVVGPKGPPGPQGPSGEQGPRG DRGDKGEKGAPGPRGRDGEPGTPGNPGPVGPPGPPGPPGLGGNFAAQMTGGFDEKAGGAQMGVMQGPMGP MGPRGPPGPTGAPGPQGFQGNPGEPGEPGAGGPMGPRGPPGPAGKPGDDGEAGKPGKSGERGPPGPQGAR GFPGTPGLPGVKGHRGYPGLDGSKGEAGAAGAKGEGGATGEAGSPGPMGPRGLPGERGRPGASGAAGARG NDGLPGPAGPPGPVGPAGAPGFPGAPGSKGEAGPTGARGPEGAQGPRGESGTPGSPGPAGASGNPGTDGI PGAKGSSGAPGIAGAPGFPGPRGPPGPQGATGPLGPKGQTGDPGVAGFKGEHGPKGEIGSAGPQGAPGPA GEEGKRGARGEPGAAGPLGPPGERGAPGNRGFPGQDGLAGPKGAPGERGVPGLGGPKGANGDPGRPGEPG LPGARGLTGRPGDAGPQGKVGPSGASGEDGRPGPPGPQGARGQPGVMGFPGPKGANGEPGKAGEKGLLGA PGLRGLPGKDGETGAQGPNGPAGPAGERGEQGPPGPSGFQGLPGPPGSPGEGGKPGDQGVPGEAGAPGLV GPRGERGFPGERGSSGPQGLQGPRGLPGTPGTDGPKGATGPSGPNGAQGPPGLQGMPGERGAAGISGPKG DRGDTGEKGPEGAPGKDGSRGLTGPIGPPGPSGPNGEKGESGPSGPAGIVGARGAPGDRGETGPPGPAGF AGPPGADGQAGLKGDQGESGQKGDAGAPGPQGPSGAPGPQGPTGVNGPKGARGAQGPPGATGFPGAAGRV GPPGPNGNPGPSGAPGSAGKEGPKGARGDAGPTGRAGDPGLQGPAGVPGEKGESGEDGPSGPDGPPGPQG 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THR . 1 36 GLY . 1 37 SER . 1 38 CYS . 1 39 VAL . 1 40 GLN . 1 41 HIS . 1 42 GLY . 1 43 GLN . 1 44 ARG . 1 45 TYR . 1 46 SER . 1 47 ASP . 1 48 LYS . 1 49 ASP . 1 50 VAL . 1 51 TRP . 1 52 LYS . 1 53 PRO . 1 54 GLU . 1 55 PRO . 1 56 CYS . 1 57 GLN . 1 58 ILE . 1 59 CYS . 1 60 VAL . 1 61 CYS . 1 62 ASP . 1 63 THR . 1 64 GLY . 1 65 ASN . 1 66 VAL . 1 67 LEU . 1 68 CYS . 1 69 ASP . 1 70 GLU . 1 71 ILE . 1 72 ILE . 1 73 CYS . 1 74 GLU . 1 75 ASP . 1 76 PRO . 1 77 LYS . 1 78 ASP . 1 79 CYS . 1 80 PRO . 1 81 ASN . 1 82 ALA . 1 83 GLU . 1 84 ILE . 1 85 PRO . 1 86 PHE . 1 87 GLY . 1 88 GLU . 1 89 CYS . 1 90 CYS . 1 91 PRO . 1 92 ILE . 1 93 CYS . 1 94 PRO . 1 95 THR . 1 96 GLU . 1 97 GLN . 1 98 SER . 1 99 SER . 1 100 THR . 1 101 SER . 1 102 SER . 1 103 GLY . 1 104 GLN . 1 105 GLY . 1 106 VAL . 1 107 LEU . 1 108 LYS . 1 109 GLY . 1 110 GLN . 1 111 LYS . 1 112 GLY . 1 113 GLU . 1 114 PRO . 1 115 GLY . 1 116 ASP . 1 117 ILE . 1 118 LYS . 1 119 ASP . 1 120 VAL . 1 121 VAL . 1 122 GLY . 1 123 PRO . 1 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# loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6.6e-10 77.612 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFSFVDSRTLVLFAATQVILLAVVRCQDEEDVLATGSCVQHGQRYSDKDVWKPEPCQICVCDTGNVLCDEIICEDPKDCPNAEIPFGECCPICPTEQSSTSSGQGVLKGQKGEPGDIKDVVGPKGPPGPQGPSGEQGPRGDRGDKGEKGAPGPRGRDGEPGTPGNPGPVGPPGPPGPPGLGGNFAAQMTGGFDEKAGGAQMGVMQGPMGPMGPRGPPGPTGAPGPQGFQGNPGEPGEPGAGGPMGPRGPPGPAGKPGDDGEAGKPGKSGERGPPGPQGARGFPGTPGLPGVKGHRGYPGLDGSKGEAGAAGAKGEGGATGEAGSPGPMGPRGLPGERGRPGASGAAGARGNDGLPGPAGPPGPVGPAGAPGFPGAPGSKGEAGPTGARGPEGAQGPRGESGTPGSPGPAGASGNPGTDGIPGAKGSSGAPGIAGAPGFPGPRGPPGPQGATGPLGPKGQTGDPGVAGFKGEHGPKGEIGSAGPQGAPGPAGEEGKRGARGEPGAAGPLGPPGERGAPGNRGFPGQDGLAGPKGAPGERGVPGLGGPKGANGDPGRPGEPGLPGARGLTGRPGDAGPQGKVGPSGASGEDGRPGPPGPQGARGQPGVMGFPGPKGANGEPGKAGEKGLLGAPGLRGLPGKDGETGAQGPNGPAGPAGERGEQGPPGPSGFQGLPGPPGSPGEGGKPGDQGVPGEAGAPGLVGPRGERGFPGERGSSGPQGLQGPRGLPGTPGTDGPKGATGPSGPNGAQGPPGLQGMPGERGAAGISGPKGDRGDTGEKGPEGAPGKDGSRGLTGPIGPPGPSGPNGEKGESGPSGPAGIVGARGAPGDRGETGPPGPAGFAGPPGADGQAGLKGDQGESGQKGDAGAPGPQGPSGAPGPQGPTGVNGPKGARGAQGPPGATGFPGAAGRVGPPGPNGNPGPSGAPGSAGKEGPKGARGDAGPTGRAGDPGLQGPAGVPGEKGESGEDGPSGPDGPPGPQGLSGQRGIVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGGPGSAGDRGPPGPVGPPGLTGPAGEPGREGNAGSDGPPGRDGATGIKGDRGETGPLGAPGAPGAPGAPGPVGPTGKQGDRGESGPQGPLGPSGPAGARGLPGPQGPRGDKGEAGEAGERGQKGHRGFTGLQGLPGPPGTAGDQGASGPAGPGGPRGPPGPVGPSGKDGSNGLPGPIGPPGPRGRGGETGPAGPPGQPGPPGPPGPPGPGIDMSAFAGLSQPEKGPDPMRYMRADQASSSVPQRDVDVEATLKSLNNQIESIRSPDGTKKNPARTCRDLKLCHPEWKSGDYWIDPNQGCTVDAIKVFCNMETGETCVYPNPSKIPKKNWWSAKGKEKKHIWFGETINGGFQFSYGDDSSAPNTANIQMTFLRLLSTDATQNITYHCKNSIAFMDEASGNLKKAVLLQGSNDVEIRAEGNSRFTYNALEDGCKKHTGKWSKTVIEYRTQKTSRLPIVDIAPMDIGGADQEFGVDIGPVCFL 2 1 2 ----------------------------------AGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLATAS----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5nir.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 3' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . THR 35 35 ? A -7.504 5.688 6.528 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 2 C CA . THR 35 35 ? A -7.558 7.196 6.350 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 3 C C . THR 35 35 ? A -7.232 7.909 7.641 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 4 O O . THR 35 35 ? A -7.764 7.523 8.673 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 5 C CB . THR 35 35 ? A -8.942 7.604 5.839 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 6 O OG1 . THR 35 35 ? A -9.178 6.934 4.606 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 7 C CG2 . THR 35 35 ? A -9.071 9.108 5.558 1 1 A THR 0.360 1 ATOM 8 N N . GLY 36 36 ? A -6.303 8.897 7.647 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 9 C CA . GLY 36 36 ? A -5.946 9.676 8.843 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 10 C C . GLY 36 36 ? A -5.005 8.991 9.809 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 11 O O . GLY 36 36 ? A -4.650 9.538 10.843 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 12 N N . SER 37 37 ? A -4.562 7.761 9.493 1 1 A SER 0.750 1 ATOM 13 C CA . SER 37 37 ? A -3.678 6.978 10.341 1 1 A SER 0.750 1 ATOM 14 C C . SER 37 37 ? A -2.260 7.504 10.387 1 1 A SER 0.750 1 ATOM 15 O O . SER 37 37 ? A -1.750 8.059 9.415 1 1 A SER 0.750 1 ATOM 16 C CB . SER 37 37 ? A -3.677 5.461 9.993 1 1 A SER 0.750 1 ATOM 17 O OG . SER 37 37 ? A -3.188 5.173 8.677 1 1 A SER 0.750 1 ATOM 18 N N . CYS 38 38 ? A -1.579 7.332 11.532 1 1 A CYS 0.830 1 ATOM 19 C CA . CYS 38 38 ? A -0.276 7.918 11.785 1 1 A CYS 0.830 1 ATOM 20 C C . CYS 38 38 ? A 0.767 6.827 11.782 1 1 A CYS 0.830 1 ATOM 21 O O . CYS 38 38 ? A 0.449 5.666 12.026 1 1 A CYS 0.830 1 ATOM 22 C CB . CYS 38 38 ? A -0.209 8.624 13.159 1 1 A CYS 0.830 1 ATOM 23 S SG . CYS 38 38 ? A -1.410 9.973 13.327 1 1 A CYS 0.830 1 ATOM 24 N N . VAL 39 39 ? A 2.045 7.158 11.515 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 25 C CA . VAL 39 39 ? A 3.140 6.201 11.598 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 26 C C . VAL 39 39 ? A 4.178 6.759 12.544 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 27 O O . VAL 39 39 ? A 4.625 7.888 12.368 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 28 C CB . VAL 39 39 ? A 3.796 5.926 10.246 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 29 C CG1 . VAL 39 39 ? A 5.046 5.028 10.372 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 30 C CG2 . VAL 39 39 ? A 2.767 5.230 9.344 1 1 A VAL 0.790 1 ATOM 31 N N . GLN 40 40 ? A 4.596 5.999 13.577 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 32 C CA . GLN 40 40 ? A 5.658 6.452 14.458 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 33 C C . GLN 40 40 ? A 6.477 5.259 14.912 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 34 O O . GLN 40 40 ? A 5.923 4.249 15.338 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 35 C CB . GLN 40 40 ? A 5.072 7.203 15.682 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 36 C CG . GLN 40 40 ? A 6.065 8.040 16.524 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 37 C CD . GLN 40 40 ? A 6.729 9.134 15.687 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 38 O OE1 . GLN 40 40 ? A 6.066 9.932 15.038 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 39 N NE2 . GLN 40 40 ? A 8.082 9.197 15.712 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 40 N N . HIS 41 41 ? A 7.828 5.317 14.801 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 41 C CA . HIS 41 41 ? A 8.740 4.243 15.204 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 42 C C . HIS 41 41 ? A 8.411 2.854 14.658 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 43 O O . HIS 41 41 ? A 8.496 1.845 15.353 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 44 C CB . HIS 41 41 ? A 8.949 4.192 16.731 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 45 C CG . HIS 41 41 ? A 9.480 5.479 17.260 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 46 N ND1 . HIS 41 41 ? A 10.771 5.834 16.925 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 47 C CD2 . HIS 41 41 ? A 8.942 6.398 18.099 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 48 C CE1 . HIS 41 41 ? A 11.001 6.953 17.577 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 49 N NE2 . HIS 41 41 ? A 9.923 7.346 18.301 1 1 A HIS 0.690 1 ATOM 50 N N . GLY 42 42 ? A 8.021 2.784 13.368 1 1 A GLY 0.610 1 ATOM 51 C CA . GLY 42 42 ? A 7.657 1.547 12.679 1 1 A GLY 0.610 1 ATOM 52 C C . GLY 42 42 ? A 6.265 1.025 12.940 1 1 A GLY 0.610 1 ATOM 53 O O . GLY 42 42 ? A 5.872 0.016 12.363 1 1 A GLY 0.610 1 ATOM 54 N N . GLN 43 43 ? A 5.458 1.706 13.772 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 55 C CA . GLN 43 43 ? A 4.103 1.288 14.067 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 56 C C . GLN 43 43 ? A 3.117 2.208 13.398 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 57 O O . GLN 43 43 ? A 3.400 3.379 13.153 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 58 C CB . GLN 43 43 ? A 3.804 1.309 15.582 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 59 C CG . GLN 43 43 ? A 4.711 0.347 16.375 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 60 C CD . GLN 43 43 ? A 4.245 0.206 17.824 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 61 O OE1 . GLN 43 43 ? A 3.070 0.319 18.159 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 62 N NE2 . GLN 43 43 ? A 5.201 -0.079 18.741 1 1 A GLN 0.710 1 ATOM 63 N N . ARG 44 44 ? A 1.916 1.685 13.095 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 64 C CA . ARG 44 44 ? A 0.827 2.451 12.537 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 65 C C . ARG 44 44 ? A -0.280 2.513 13.560 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 66 O O . ARG 44 44 ? A -0.671 1.495 14.125 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 67 C CB . ARG 44 44 ? A 0.269 1.834 11.228 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 68 C CG . ARG 44 44 ? A -0.845 2.681 10.570 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 69 C CD . ARG 44 44 ? A -1.309 2.199 9.190 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 70 N NE . ARG 44 44 ? A -0.179 2.349 8.215 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 71 C CZ . ARG 44 44 ? A 0.207 3.471 7.588 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 72 N NH1 . ARG 44 44 ? A -0.353 4.663 7.770 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 73 N NH2 . ARG 44 44 ? A 1.224 3.398 6.726 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 74 N N . TYR 45 45 ? A -0.797 3.724 13.803 1 1 A TYR 0.730 1 ATOM 75 C CA . TYR 45 45 ? A -1.827 4.004 14.778 1 1 A TYR 0.730 1 ATOM 76 C C . TYR 45 45 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.656 2 1 3 0.030 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 35 THR 1 0.360 2 1 A 36 GLY 1 0.570 3 1 A 37 SER 1 0.750 4 1 A 38 CYS 1 0.830 5 1 A 39 VAL 1 0.790 6 1 A 40 GLN 1 0.640 7 1 A 41 HIS 1 0.690 8 1 A 42 GLY 1 0.610 9 1 A 43 GLN 1 0.710 10 1 A 44 ARG 1 0.660 11 1 A 45 TYR 1 0.730 12 1 A 46 SER 1 0.740 13 1 A 47 ASP 1 0.650 14 1 A 48 LYS 1 0.700 15 1 A 49 ASP 1 0.750 16 1 A 50 VAL 1 0.800 17 1 A 51 TRP 1 0.580 18 1 A 52 LYS 1 0.660 19 1 A 53 PRO 1 0.750 20 1 A 54 GLU 1 0.640 21 1 A 55 PRO 1 0.700 22 1 A 56 CYS 1 0.720 23 1 A 57 GLN 1 0.710 24 1 A 58 ILE 1 0.760 25 1 A 59 CYS 1 0.860 26 1 A 60 VAL 1 0.830 27 1 A 61 CYS 1 0.870 28 1 A 62 ASP 1 0.750 29 1 A 63 THR 1 0.730 30 1 A 64 GLY 1 0.740 31 1 A 65 ASN 1 0.810 32 1 A 66 VAL 1 0.870 33 1 A 67 LEU 1 0.850 34 1 A 68 CYS 1 0.850 35 1 A 69 ASP 1 0.760 36 1 A 70 GLU 1 0.680 37 1 A 71 ILE 1 0.640 38 1 A 72 ILE 1 0.550 39 1 A 73 CYS 1 0.650 40 1 A 74 GLU 1 0.550 41 1 A 75 ASP 1 0.510 42 1 A 76 PRO 1 0.500 43 1 A 77 LYS 1 0.630 44 1 A 78 ASP 1 0.620 45 1 A 79 CYS 1 0.590 46 1 A 80 PRO 1 0.640 47 1 A 81 ASN 1 0.670 48 1 A 82 ALA 1 0.720 49 1 A 83 GLU 1 0.620 50 1 A 84 ILE 1 0.640 51 1 A 85 PRO 1 0.610 52 1 A 86 PHE 1 0.510 53 1 A 87 GLY 1 0.570 54 1 A 88 GLU 1 0.600 55 1 A 89 CYS 1 0.700 56 1 A 90 CYS 1 0.700 57 1 A 91 PRO 1 0.700 58 1 A 92 ILE 1 0.660 59 1 A 93 CYS 1 0.640 60 1 A 94 PRO 1 0.580 61 1 A 95 THR 1 0.600 62 1 A 96 GLU 1 0.520 63 1 A 97 GLN 1 0.370 64 1 A 98 SER 1 0.540 65 1 A 99 SER 1 0.420 66 1 A 100 THR 1 0.330 67 1 A 101 SER 1 0.300 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. 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