data_SMR-957aa8f23e3bd6efb17d5eb07ba60aa7_4 _entry.id SMR-957aa8f23e3bd6efb17d5eb07ba60aa7_4 _struct.entry_id SMR-957aa8f23e3bd6efb17d5eb07ba60aa7_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A0A045J9J0/ A0A045J9J0_MYCTX, Polyketide synthase Pks13 - A0AAW8I231/ A0AAW8I231_9MYCO, Polyketide synthase Pks13 - A5U9C9/ A5U9C9_MYCTA, Polyketide synthase Pks13 - I6X8D2/ PKS13_MYCTU, Polyketide synthase Pks13 - O53579/ O53579_MYCTO, Polyketide synthase Estimated model accuracy of this model is 0.01, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A0A045J9J0, A0AAW8I231, A5U9C9, I6X8D2, O53579' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-06.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.4.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.10.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 217847.647 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PKS13_MYCTU I6X8D2 1 ;MADVAESQENAPAERAELTVPEMRQWLRNWVGKAVGKAPDSIDESVPMVELGLSSRDAVAMAADIEDLTG VTLSVAVAFAHPTIESLATRIIEGEPETDLAGDDAEDWSRTGPAERVDIAIVGLSTRFPGEMNTPEQTWQ ALLEGRDGITDLPDGRWSEFLEEPRLAARVAGARTRGGYLKDIKGFDSEFFAVAKTEADNIDPQQRMALE LTWEALEHARIPASSLRGQAVGVYIGSSTNDYSFLAVSDPTVAHPYAITGTSSSIIANRVSYFYDFHGPS 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EAHGTGTILGDPIEAEALGRVVGRGRPADRPALLGAVKTNVGHLESAAGAASMAKVVLALQHDKLPPSIN FAGPSPYIDFDAMRLKMITTPTDWPRYGGYALAGVSSFGFGGANAHVVVREVLPRDVVEKEPEPEPEPKA AAEPAEAPTLAGHALRFDEFGNIITDSAVAEEPEPELPGVTEEALRLKEAALEELAAQEVTAPLVPLAVS AFLTSRKKAAAAELADWMQSPEGQASSLESIGRSLSRRNHGRSRAVVLAHDHDEAIKGLRAVAAGKQAPN VFSVDGPVTTGPVWVLAGFGAQHRKMGKSLYLRNEVFAAWIEKVDALVQDELGYSVLELILDDAQDYGIE TTQVTIFAIQIALGELLRHHGAKPAAVIGQSLGEAASAYFAGGLSLRDATRAICSRSHLMGEGEAMLFGE YIRLMALVEYSADEIREVFSDFPDLEVCVYAAPTQTVIGGPPEQVDAILARAEAEGKFARKFATKGASHT SQMDPLLGELTAELQGIKPTSPTCGIFSTVHEGRYIKPGGEPIHDVEYWKKGLRHSVYFTHGIRNAVDSG HTTFLELAPNPVALMQVALTTADAGLHDAQLIPTLARKQDEVSSMVSTMAQLYVYGHDLDIRTLFSRASG PQDYANIPPTRFKRKEHWLPAHFSGDGSTYMPGTHVALPDGRHVWEYAPRDGNVDLAALVRAAAAHVLPD AQLTAAEQRAVPGDGARLVTTMTRHPGGASVQVHARIDESFTLVYDALVSRAGSESVLPTAVGAATAIAV ADGAPVAPETPAEDADAETLSDSLTTRYMPSGMTRWSPDSGETIAERLGLIVGSAMGYEPEDLPWEVPLI ELGLDSLMAVRIKNRVEYDFDLPPIQLTAVRDANLYNVEKLIEYAVEHRDEVQQLHEHQKTQTAEEIARA QAELLHGKVGKTEPVDSEAGVALPSPQNGEQPNPTGPALNVDVPPRDAAERVTFATWAIVTGKSPGGIFN ELPRLDDEAAAKIAQRLSERAEGPITAEDVLTSSNIEALADKVRTYLEAGQIDGFVRTLRARPEAGGKVP VFVFHPAGGSTVVYEPLLGRLPADTPMYGFERVEGSIEERAQQYVPKLIEMQGDGPYVLVGWSLGGVLAY ACAIGLRRLGKDVRFVGLIDAVRAGEEIPQTKEEIRKRWDRYAAFAEKTFNVTIPAIPYEQLEELDDEGQ VRFVLDAVSQSGVQIPAGIIEHQRTSYLDNRAIDTAQIQPYDGHVTLYMADRYHDDAIMFEPRYAVRQPD GGWGEYVSDLEVVPIGGEHIQAIDEPIIAKVGEHMSRALGQIEADRTSEVGKQ ; 'Polyketide synthase Pks13' 3 1 UNP A0AAW8I231_9MYCO A0AAW8I231 1 ;MADVAESQENAPAERAELTVPEMRQWLRNWVGKAVGKAPDSIDESVPMVELGLSSRDAVAMAADIEDLTG VTLSVAVAFAHPTIESLATRIIEGEPETDLAGDDAEDWSRTGPAERVDIAIVGLSTRFPGEMNTPEQTWQ ALLEGRDGITDLPDGRWSEFLEEPRLAARVAGARTRGGYLKDIKGFDSEFFAVAKTEADNIDPQQRMALE LTWEALEHARIPASSLRGQAVGVYIGSSTNDYSFLAVSDPTVAHPYAITGTSSSIIANRVSYFYDFHGPS VTIDTACSSSLVAIHQGVQALRNGEADVVVAGGVNALITPMVTLGFDEIGAVLAPDGRIKSFSADADGYT RSEGGGMLVLKRVDDARRDGDAILAVIAGSAVNHDGRSNGLIAPNQDAQADVLRRAYKDAGIDPRTVDYI EAHGTGTILGDPIEAEALGRVVGRGRPADRPALLGAVKTNVGHLESAAGAASMAKVVLALQHDKLPPSIN FAGPSPYIDFDAMRLKMITTPTDWPRYGGYALAGVSSFGFGGANAHVVVREVLPRDVVEKEPEPEPEPKA 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_struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1733 1 1733 2 2 1 1733 1 1733 3 3 1 1733 1 1733 4 4 1 1733 1 1733 5 5 1 1733 1 1733 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . PKS13_MYCTU I6X8D2 . 1 1733 83332 'Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)' 2012-10-03 D6D933468481E86A . 1 UNP . A0A045J9J0_MYCTX A0A045J9J0 . 1 1733 1773 'Mycobacterium tuberculosis' 2014-07-09 D6D933468481E86A . 1 UNP . A0AAW8I231_9MYCO A0AAW8I231 . 1 1733 2970330 'Mycobacterium sp. XDR-14' 2024-11-27 D6D933468481E86A . 1 UNP . A5U9C9_MYCTA A5U9C9 . 1 1733 419947 'Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra)' 2007-07-10 D6D933468481E86A . 1 UNP . O53579_MYCTO O53579 . 1 1733 83331 'Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh)' 1998-06-01 D6D933468481E86A . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no U ;MADVAESQENAPAERAELTVPEMRQWLRNWVGKAVGKAPDSIDESVPMVELGLSSRDAVAMAADIEDLTG VTLSVAVAFAHPTIESLATRIIEGEPETDLAGDDAEDWSRTGPAERVDIAIVGLSTRFPGEMNTPEQTWQ ALLEGRDGITDLPDGRWSEFLEEPRLAARVAGARTRGGYLKDIKGFDSEFFAVAKTEADNIDPQQRMALE LTWEALEHARIPASSLRGQAVGVYIGSSTNDYSFLAVSDPTVAHPYAITGTSSSIIANRVSYFYDFHGPS VTIDTACSSSLVAIHQGVQALRNGEADVVVAGGVNALITPMVTLGFDEIGAVLAPDGRIKSFSADADGYT RSEGGGMLVLKRVDDARRDGDAILAVIAGSAVNHDGRSNGLIAPNQDAQADVLRRAYKDAGIDPRTVDYI EAHGTGTILGDPIEAEALGRVVGRGRPADRPALLGAVKTNVGHLESAAGAASMAKVVLALQHDKLPPSIN FAGPSPYIDFDAMRLKMITTPTDWPRYGGYALAGVSSFGFGGANAHVVVREVLPRDVVEKEPEPEPEPKA AAEPAEAPTLAGHALRFDEFGNIITDSAVAEEPEPELPGVTEEALRLKEAALEELAAQEVTAPLVPLAVS 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_entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 ASP . 1 4 VAL . 1 5 ALA . 1 6 GLU . 1 7 SER . 1 8 GLN . 1 9 GLU . 1 10 ASN . 1 11 ALA . 1 12 PRO . 1 13 ALA . 1 14 GLU . 1 15 ARG . 1 16 ALA . 1 17 GLU . 1 18 LEU . 1 19 THR . 1 20 VAL . 1 21 PRO . 1 22 GLU . 1 23 MET . 1 24 ARG . 1 25 GLN . 1 26 TRP . 1 27 LEU . 1 28 ARG . 1 29 ASN . 1 30 TRP . 1 31 VAL . 1 32 GLY . 1 33 LYS . 1 34 ALA . 1 35 VAL . 1 36 GLY . 1 37 LYS . 1 38 ALA . 1 39 PRO . 1 40 ASP . 1 41 SER . 1 42 ILE . 1 43 ASP . 1 44 GLU . 1 45 SER . 1 46 VAL . 1 47 PRO . 1 48 MET . 1 49 VAL . 1 50 GLU . 1 51 LEU . 1 52 GLY . 1 53 LEU . 1 54 SER . 1 55 SER . 1 56 ARG . 1 57 ASP . 1 58 ALA . 1 59 VAL . 1 60 ALA . 1 61 MET . 1 62 ALA . 1 63 ALA . 1 64 ASP . 1 65 ILE . 1 66 GLU . 1 67 ASP . 1 68 LEU . 1 69 THR . 1 70 GLY . 1 71 VAL . 1 72 THR . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 VAL . 1 76 ALA . 1 77 VAL . 1 78 ALA . 1 79 PHE . 1 80 ALA . 1 81 HIS . 1 82 PRO . 1 83 THR . 1 84 ILE . 1 85 GLU . 1 86 SER . 1 87 LEU . 1 88 ALA . 1 89 THR . 1 90 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A 1 1646 ALA 1646 ? ? ? U . A 1 1647 GLN 1647 ? ? ? U . A 1 1648 ILE 1648 ? ? ? U . A 1 1649 GLN 1649 ? ? ? U . A 1 1650 PRO 1650 ? ? ? U . A 1 1651 TYR 1651 ? ? ? U . A 1 1652 ASP 1652 ? ? ? U . A 1 1653 GLY 1653 ? ? ? U . A 1 1654 HIS 1654 ? ? ? U . A 1 1655 VAL 1655 ? ? ? U . A 1 1656 THR 1656 ? ? ? U . A 1 1657 LEU 1657 ? ? ? U . A 1 1658 TYR 1658 ? ? ? U . A 1 1659 MET 1659 ? ? ? U . A 1 1660 ALA 1660 ? ? ? U . A 1 1661 ASP 1661 ? ? ? U . A 1 1662 ARG 1662 ? ? ? U . A 1 1663 TYR 1663 ? ? ? U . A 1 1664 HIS 1664 ? ? ? U . A 1 1665 ASP 1665 ? ? ? U . A 1 1666 ASP 1666 ? ? ? U . A 1 1667 ALA 1667 ? ? ? U . A 1 1668 ILE 1668 ? ? ? U . A 1 1669 MET 1669 ? ? ? U . A 1 1670 PHE 1670 ? ? ? U . A 1 1671 GLU 1671 ? ? ? U . A 1 1672 PRO 1672 ? ? ? U . A 1 1673 ARG 1673 ? ? ? U . A 1 1674 TYR 1674 ? ? ? U . A 1 1675 ALA 1675 ? ? ? U . A 1 1676 VAL 1676 ? ? ? U . A 1 1677 ARG 1677 ? ? ? U . A 1 1678 GLN 1678 ? ? ? U . A 1 1679 PRO 1679 ? ? ? U . A 1 1680 ASP 1680 ? ? ? U . A 1 1681 GLY 1681 ? ? ? U . A 1 1682 GLY 1682 ? ? ? U . A 1 1683 TRP 1683 ? ? ? U . A 1 1684 GLY 1684 ? ? ? U . A 1 1685 GLU 1685 ? ? ? U . A 1 1686 TYR 1686 ? ? ? U . A 1 1687 VAL 1687 ? ? ? U . A 1 1688 SER 1688 ? ? ? U . A 1 1689 ASP 1689 ? ? ? U . A 1 1690 LEU 1690 ? ? ? U . A 1 1691 GLU 1691 ? ? ? U . A 1 1692 VAL 1692 ? ? ? U . A 1 1693 VAL 1693 ? ? ? U . A 1 1694 PRO 1694 ? ? ? U . A 1 1695 ILE 1695 ? ? ? U . A 1 1696 GLY 1696 ? ? ? U . A 1 1697 GLY 1697 ? ? ? U . A 1 1698 GLU 1698 ? ? ? U . A 1 1699 HIS 1699 ? ? ? U . A 1 1700 ILE 1700 ? ? ? U . A 1 1701 GLN 1701 ? ? ? U . A 1 1702 ALA 1702 ? ? ? U . A 1 1703 ILE 1703 ? ? ? U . A 1 1704 ASP 1704 ? ? ? U . A 1 1705 GLU 1705 ? ? ? U . A 1 1706 PRO 1706 ? ? ? U . A 1 1707 ILE 1707 ? ? ? U . A 1 1708 ILE 1708 ? ? ? U . A 1 1709 ALA 1709 ? ? ? U . A 1 1710 LYS 1710 ? ? ? U . A 1 1711 VAL 1711 ? ? ? U . A 1 1712 GLY 1712 ? ? ? U . A 1 1713 GLU 1713 ? ? ? U . A 1 1714 HIS 1714 ? ? ? U . A 1 1715 MET 1715 ? ? ? U . A 1 1716 SER 1716 ? ? ? U . A 1 1717 ARG 1717 ? ? ? U . A 1 1718 ALA 1718 ? ? ? U . A 1 1719 LEU 1719 ? ? ? U . A 1 1720 GLY 1720 ? ? ? U . A 1 1721 GLN 1721 ? ? ? U . A 1 1722 ILE 1722 ? ? ? U . A 1 1723 GLU 1723 ? ? ? U . A 1 1724 ALA 1724 ? ? ? U . A 1 1725 ASP 1725 ? ? ? U . A 1 1726 ARG 1726 ? ? ? U . A 1 1727 THR 1727 ? ? ? U . A 1 1728 SER 1728 ? ? ? U . A 1 1729 GLU 1729 ? ? ? U . A 1 1730 VAL 1730 ? ? ? U . A 1 1731 GLY 1731 ? ? ? U . A 1 1732 LYS 1732 ? ? ? U . A 1 1733 GLN 1733 ? ? ? U . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit AB1 {PDB ID=8ud1, label_asym_id=U, auth_asym_id=1U, SMTL ID=8ud1.1.U}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8ud1, label_asym_id=U' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-06-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-06-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A U 20 1 1U # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MAARVLCACVRRLPAAFAPLPRIPTVVAARPLSTTLFPTGAQARSRALQPALVLAQAPSGVTQLCRRYSD APPLTLEAIKDRVLYVLKLYDKIDPEKLSVNSHFMKDLGLDSLDQVEIIMAMEDEFGFEIPDIDAEKLMC PQEIVDYIADKKDVYE ; ;MAARVLCACVRRLPAAFAPLPRIPTVVAARPLSTTLFPTGAQARSRALQPALVLAQAPSGVTQLCRRYSD APPLTLEAIKDRVLYVLKLYDKIDPEKLSVNSHFMKDLGLDSLDQVEIIMAMEDEFGFEIPDIDAEKLMC PQEIVDYIADKKDVYE ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 74 151 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8ud1 2024-10-02 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1733 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1738 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.048 9.589 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MADVAESQENAPAERAELTVPEMRQWLRNWVGKAVGKAPDSIDESVPMVELGLSSRDAVAMAADIEDLTGVTLSVAVAFAHPTIESLATRIIEGEPETDLAGDDAEDWSRTGPAERVDIAIVGLSTRFPGEMNTPEQTWQALLEGRDGITDLPDGRWSEFLEEPRLAARVAGARTRGGYLKDIKGFDSEFFAVAKTEADNIDPQQRMALELTWEALEHARIPASSLRGQAVGVYIGSSTNDYSFLAVSDPTVAHPYAITGTSSSIIANRVSYFYDFHGPSVTIDTACSSSLVAIHQGVQALRNGEADVVVAGGVNALITPMVTLGFDEIGAVLAPDGRIKSFSADADGYTRSEGGGMLVLKRVDDARRDGDAILAVIAGSAVNHDGRSNGLIAPNQDAQADVLRRAYKDAGIDPRTVDYIEAHGTGTILGDPIEAEALGRVVGRGRPADRPALLGAVKTNVGHLESAAGAASMAKVVLALQHDKLPPSINFAGPSPYIDFDAMRLKMITTPTDWPRYGGYALAGVSSFGFGGANAHVVVREVLPRDVVEKEPEPEPEPKAAAEPAEAPTLAGHALRFDEFGNIITDSAVAEEPEPELPGVTEEALRLKEAALEELAAQEVTAPLVPLAVSAFLTSRKKAAAAELADWMQSPEGQASSLESIGRSLSRRNHGRSRAVVLAHDHDEAIKGLRAVAAGKQAPNVFSVDGPVTTGPVWVLAGFGAQHRKMGKSLYLRNEVFAAWIEKVDALVQDELGYSVLELILDDAQDYGIETTQVTIFAIQIALGELLRHHGAKPAAVIGQSLGEAASAYFAGGLSLRDATRAICSRSHLMGEGEAMLFGEYIRLMALVEYSADEIREVFSDFPDLEVCVYAAPTQTVIGGPPEQVDAILARAEAEGKFARKFATKGASHTSQMDPLLGELTAELQGIKPTSPTCGIFSTVHEGRYIKPGGEPIHDVEYWKKGLRHSVYFTHGIRNAVDSGHTTFLELAPNPVALMQVALTTADAGLHDAQLIPTLARKQDEVSSMVSTMAQLYVYGHDLDIRTLFSRASGPQDYANIPPTRFKRKEHWLPAHFSGDGSTYMPGTHVALPDGRHVWEYAPRDGNVDLAALVRAAAAHVLPDAQLTAAEQRAVPGDGARLVTTMTRHPGGASVQVHARIDESFTLVYDALVSRAGSESVLPTAVGAATAIAVADGAPVAPETPAEDADAETLSDSLTTRYMPSGMTRWSPDSGETIAERLGLIVGSAMGYEPEDLPWEVPLIELGLDSLMAVRIKNRVEYDFDLPPIQLTAVRDANLYNVEKLIEYAVEHRDEVQQLHEHQKTQTAEEIARAQAELLHGKVGKTEPVDSEAGVALPSPQNGEQPNPTGPALNVDVPPRDAAERVTFATWAIVTGKS--PGGIFNELP-RL--DDEAAAKIAQRLSERAEGPITAEDVLTSSNIEALADKVRTYLEAGQIDGFVRTLRARPEAGGKVPVFVFHPAGGSTVVYEPLLGRLPADTPMYGFERVEGSIEERAQQYVPKLIEMQGDGPYVLVGWSLGGVLAYACAIGLRRLGKDVRFVGLIDAVRAGEEIPQTKEEIRKRWDRYAAFAEKTFNVTIPAIPYEQLEELDDEGQVRFVLDAVSQSGVQIPAGIIEHQRTSYLDNRAIDTAQIQPYDGHVTLYMADRYHDDAIMFEPRYAVRQPDGGWGEYVSDLEVVPIGGEHIQAIDEPIIAKVGEHMSRALGQIEADRTSEVGKQ 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LTLEAIKDRVLYVLKLYDKIDPEKLSVNSHFMKDLGLDSLDQVEIIMAMEDEFGFEIPDIDAEKLMCPQEIVDYIADK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8ud1.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 4' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #