data_SMR-d8c9eb5525111fc2ff022a6c725dcafb_5 _entry.id SMR-d8c9eb5525111fc2ff022a6c725dcafb_5 _struct.entry_id SMR-d8c9eb5525111fc2ff022a6c725dcafb_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P89684/ POL2_BAMMN, Genome polyprotein 2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P89684' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-06.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.4.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.10.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 114073.956 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP POL2_BAMMN P89684 1 ;MMMNSTIRQGWQQVLKRFSIPASGDRLIISNPTDQPIGLFGAFDTSLQTLSQVGDDPEVLKQKIHIPTHL DIASALEASPRSFPWIFLTNSFCTFGGSIHAQNLQAFATAEFKSGFCYMNLLVPLSFDIIDAHADSFRVF VEQLPDMLGAYPSLSMVLNVMLHAATRFPEIVSSPVPTIAFDAESLQFHVTDKRGVPGMWNILKAGRVYE LLSLAADGVGCEYMLYPVGAAPQYSFWKKSMDHFTSDRFVEFLAMQNLLASALEQDYTTHDALDALLAAL QNAGYTNVVARERRFPNGHDPSTVWLNLSEAPISEKLTDLKRYLLVGHRSDDTADITHNVHQYVFEVLKT MSVQFSKRTNAYNRARFEVNHKVIWNAEYGRGPQQNAELEALVLFLNRQSLEIENILHRTTSPVVVTNWQ PDVPTAAPEVSEGEPTHAVATPMTEAPAHATPVEVVNLPSTRSYWAETLVGVLTAVLGTIFALLTRALIR AKRLRRKPTFPWVTLDSGDEDDDHSGGGGGGPQTPGGQPPASPAHRTHQSRLSVQDIASDTSLLSVDLDE DTLSQYDETFQRIRRALFETSFTDILQNSARWISALEAMALADGNAPYTLLAQYLNGIEEAYTSFRNTGH VSRATLSSFFALEDSLRAAGIAFGATTPTQTIQNQFADSPARRWKTRFEQIACELGDASIKSLADLADII DTERERSDLTQFDVLAASSISSLCRAVRIISDTTDPDAQLALVENATAMQNNINAILGTNVSIPFLSATR RLLVTRRIQQAGAENRSGATPETIQQLADAELIVSEANMFNEMATSQRDIANATQEATIREHVLSPVNAL ANVGMAAAFFRSGGMRSRALHPAMPTMPGVSAATGRPIFQAFRGRGHRLNR ; 'Genome polyprotein 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 891 1 891 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . POL2_BAMMN P89684 . 1 891 103900 'Barley mild mosaic virus (strain Na1) (BaMMV)' 1997-05-01 A290247196822BE2 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no G ;MMMNSTIRQGWQQVLKRFSIPASGDRLIISNPTDQPIGLFGAFDTSLQTLSQVGDDPEVLKQKIHIPTHL DIASALEASPRSFPWIFLTNSFCTFGGSIHAQNLQAFATAEFKSGFCYMNLLVPLSFDIIDAHADSFRVF VEQLPDMLGAYPSLSMVLNVMLHAATRFPEIVSSPVPTIAFDAESLQFHVTDKRGVPGMWNILKAGRVYE LLSLAADGVGCEYMLYPVGAAPQYSFWKKSMDHFTSDRFVEFLAMQNLLASALEQDYTTHDALDALLAAL QNAGYTNVVARERRFPNGHDPSTVWLNLSEAPISEKLTDLKRYLLVGHRSDDTADITHNVHQYVFEVLKT MSVQFSKRTNAYNRARFEVNHKVIWNAEYGRGPQQNAELEALVLFLNRQSLEIENILHRTTSPVVVTNWQ PDVPTAAPEVSEGEPTHAVATPMTEAPAHATPVEVVNLPSTRSYWAETLVGVLTAVLGTIFALLTRALIR AKRLRRKPTFPWVTLDSGDEDDDHSGGGGGGPQTPGGQPPASPAHRTHQSRLSVQDIASDTSLLSVDLDE DTLSQYDETFQRIRRALFETSFTDILQNSARWISALEAMALADGNAPYTLLAQYLNGIEEAYTSFRNTGH 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DTERERSDLTQFDVLAASSISSLCRAVRIISDTTDPDAQLALVENATAMQNNINAILGTNVSIPFLSATR RLLVTRRIQQAGAENRSGATPETIQQLADAELIVSEANMFNEMATSQRDIANATQEATIREHVLSPVNAL ANVGMAAAFFRSGGMRSRALHPAMPTMPGVSAATGRPIFQAFRGRGHRLNR ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 MET . 1 3 MET . 1 4 ASN . 1 5 SER . 1 6 THR . 1 7 ILE . 1 8 ARG . 1 9 GLN . 1 10 GLY . 1 11 TRP . 1 12 GLN . 1 13 GLN . 1 14 VAL . 1 15 LEU . 1 16 LYS . 1 17 ARG . 1 18 PHE . 1 19 SER . 1 20 ILE . 1 21 PRO . 1 22 ALA . 1 23 SER . 1 24 GLY . 1 25 ASP . 1 26 ARG . 1 27 LEU . 1 28 ILE . 1 29 ILE . 1 30 SER . 1 31 ASN . 1 32 PRO . 1 33 THR . 1 34 ASP . 1 35 GLN . 1 36 PRO . 1 37 ILE . 1 38 GLY . 1 39 LEU . 1 40 PHE . 1 41 GLY . 1 42 ALA . 1 43 PHE . 1 44 ASP . 1 45 THR . 1 46 SER . 1 47 LEU . 1 48 GLN . 1 49 THR . 1 50 LEU . 1 51 SER . 1 52 GLN . 1 53 VAL . 1 54 GLY . 1 55 ASP . 1 56 ASP . 1 57 PRO . 1 58 GLU . 1 59 VAL . 1 60 LEU . 1 61 LYS . 1 62 GLN . 1 63 LYS . 1 64 ILE . 1 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TYR . 1 152 PRO . 1 153 SER . 1 154 LEU . 1 155 SER . 1 156 MET . 1 157 VAL . 1 158 LEU . 1 159 ASN . 1 160 VAL . 1 161 MET . 1 162 LEU . 1 163 HIS . 1 164 ALA . 1 165 ALA . 1 166 THR . 1 167 ARG . 1 168 PHE . 1 169 PRO . 1 170 GLU . 1 171 ILE . 1 172 VAL . 1 173 SER . 1 174 SER . 1 175 PRO . 1 176 VAL . 1 177 PRO . 1 178 THR . 1 179 ILE . 1 180 ALA . 1 181 PHE . 1 182 ASP . 1 183 ALA . 1 184 GLU . 1 185 SER . 1 186 LEU . 1 187 GLN . 1 188 PHE . 1 189 HIS . 1 190 VAL . 1 191 THR . 1 192 ASP . 1 193 LYS . 1 194 ARG . 1 195 GLY . 1 196 VAL . 1 197 PRO . 1 198 GLY . 1 199 MET . 1 200 TRP . 1 201 ASN . 1 202 ILE . 1 203 LEU . 1 204 LYS . 1 205 ALA . 1 206 GLY . 1 207 ARG . 1 208 VAL . 1 209 TYR . 1 210 GLU . 1 211 LEU . 1 212 LEU . 1 213 SER . 1 214 LEU . 1 215 ALA . 1 216 ALA . 1 217 ASP . 1 218 GLY . 1 219 VAL . 1 220 GLY . 1 221 CYS . 1 222 GLU . 1 223 TYR . 1 224 MET . 1 225 LEU . 1 226 TYR . 1 227 PRO . 1 228 VAL . 1 229 GLY . 1 230 ALA . 1 231 ALA . 1 232 PRO . 1 233 GLN . 1 234 TYR 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G . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'hypothetical protein {PDB ID=8k9f, label_asym_id=G, auth_asym_id=G, SMTL ID=8k9f.1.G}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8k9f, label_asym_id=G' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-07-02 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-06-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A G 7 1 G # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSYRPNYSASRYTAGRPAQPVRTARTMAEPSLSRLMIAGLMVFLVLSLVVLLAGRLPFTPQPAPVTGNTY RTYVNDARTLLNSYGYTMEGKVHIPIDRAMDLIVERGLPVRE ; ;MSYRPNYSASRYTAGRPAQPVRTARTMAEPSLSRLMIAGLMVFLVLSLVVLLAGRLPFTPQPAPVTGNTY RTYVNDARTLLNSYGYTMEGKVHIPIDRAMDLIVERGLPVRE ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 18 53 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8k9f 2025-03-05 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 891 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 891 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 92.000 19.444 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MMMNSTIRQGWQQVLKRFSIPASGDRLIISNPTDQPIGLFGAFDTSLQTLSQVGDDPEVLKQKIHIPTHLDIASALEASPRSFPWIFLTNSFCTFGGSIHAQNLQAFATAEFKSGFCYMNLLVPLSFDIIDAHADSFRVFVEQLPDMLGAYPSLSMVLNVMLHAATRFPEIVSSPVPTIAFDAESLQFHVTDKRGVPGMWNILKAGRVYELLSLAADGVGCEYMLYPVGAAPQYSFWKKSMDHFTSDRFVEFLAMQNLLASALEQDYTTHDALDALLAALQNAGYTNVVARERRFPNGHDPSTVWLNLSEAPISEKLTDLKRYLLVGHRSDDTADITHNVHQYVFEVLKTMSVQFSKRTNAYNRARFEVNHKVIWNAEYGRGPQQNAELEALVLFLNRQSLEIENILHRTTSPVVVTNWQPDVPTAAPEVSEGEPTHAVATPMTEAPAHATPVEVVNLPSTRSYWAETLVGVLTAVLGTIFALLTRALIRAKRLRRKPTFPWVTLDSGDEDDDHSGGGGGGPQTPGGQPPASPAHRTHQSRLSVQDIASDTSLLSVDLDEDTLSQYDETFQRIRRALFETSFTDILQNSARWISALEAMALADGNAPYTLLAQYLNGIEEAYTSFRNTGHVSRATLSSFFALEDSLRAAGIAFGATTPTQTIQNQFADSPARRWKTRFEQIACELGDASIKSLADLADIIDTERERSDLTQFDVLAASSISSLCRAVRIISDTTDPDAQLALVENATAMQNNINAILGTNVSIPFLSATRRLLVTRRIQQAGAENRSGATPETIQQLADAELIVSEANMFNEMATSQRDIANATQEATIREHVLSPVNALANVGMAAAFFRSGGMRSRALHPAMPTMPGVSAATGRPIFQAFRGRGHRLNR 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AQPVRTARTMAEPSLSRLMIAGLMVFLVLSLVVLLA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8k9f.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 5' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . TYR 464 464 ? A 140.653 97.155 71.051 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 2 C CA . TYR 464 464 ? A 141.996 97.725 71.467 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 3 C C . TYR 464 464 ? A 141.905 98.540 72.743 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 4 O O . TYR 464 464 ? A 140.809 98.910 73.130 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 5 C CB . TYR 464 464 ? A 142.531 98.659 70.349 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 6 C CG . TYR 464 464 ? A 142.995 97.872 69.167 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 7 C CD1 . TYR 464 464 ? A 144.176 97.117 69.234 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 8 C CD2 . TYR 464 464 ? A 142.275 97.904 67.966 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 9 C CE1 . TYR 464 464 ? A 144.624 96.409 68.110 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 10 C CE2 . TYR 464 464 ? A 142.728 97.214 66.840 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 11 C CZ . TYR 464 464 ? A 143.899 96.458 66.916 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 12 O OH . TYR 464 464 ? A 144.359 95.759 65.789 1 1 G TYR 0.360 1 ATOM 13 N N . TRP 465 465 ? A 143.038 98.844 73.428 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 14 C CA . TRP 465 465 ? A 143.020 99.620 74.663 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 15 C C . TRP 465 465 ? A 143.368 101.075 74.431 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 16 O O . TRP 465 465 ? A 142.878 101.961 75.118 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 17 C CB . TRP 465 465 ? A 144.061 99.061 75.656 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 18 C CG . TRP 465 465 ? A 143.724 97.670 76.134 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 19 C CD1 . TRP 465 465 ? A 144.255 96.472 75.746 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 20 C CD2 . TRP 465 465 ? A 142.730 97.364 77.137 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 21 N NE1 . TRP 465 465 ? A 143.664 95.434 76.436 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 22 C CE2 . TRP 465 465 ? A 142.734 95.975 77.304 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 23 C CE3 . TRP 465 465 ? A 141.880 98.185 77.883 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 24 C CZ2 . TRP 465 465 ? A 141.901 95.361 78.236 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 25 C CZ3 . TRP 465 465 ? A 141.032 97.568 78.819 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 26 C CH2 . TRP 465 465 ? A 141.046 96.178 78.996 1 1 G TRP 0.490 1 ATOM 27 N N . ALA 466 466 ? A 144.182 101.385 73.397 1 1 G ALA 0.670 1 ATOM 28 C CA . ALA 466 466 ? A 144.390 102.754 72.980 1 1 G ALA 0.670 1 ATOM 29 C C . ALA 466 466 ? A 143.101 103.387 72.448 1 1 G ALA 0.670 1 ATOM 30 O O . ALA 466 466 ? A 142.797 104.521 72.753 1 1 G ALA 0.670 1 ATOM 31 C CB . ALA 466 466 ? A 145.567 102.864 71.991 1 1 G ALA 0.670 1 ATOM 32 N N . GLU 467 467 ? A 142.257 102.613 71.723 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 33 C CA . GLU 467 467 ? A 140.922 103.042 71.334 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 34 C C . GLU 467 467 ? A 140.022 103.331 72.522 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 35 O O . GLU 467 467 ? A 139.275 104.305 72.516 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 36 C CB . GLU 467 467 ? A 140.248 101.998 70.434 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 37 C CG . GLU 467 467 ? A 140.927 101.904 69.053 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 38 C CD . GLU 467 467 ? A 140.312 100.787 68.223 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 39 O OE1 . GLU 467 467 ? A 139.640 99.901 68.822 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 40 O OE2 . GLU 467 467 ? A 140.627 100.742 67.010 1 1 G GLU 0.630 1 ATOM 41 N N . THR 468 468 ? A 140.125 102.521 73.604 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 42 C CA . THR 468 468 ? A 139.455 102.781 74.878 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 43 C C . THR 468 468 ? A 139.895 104.099 75.469 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 44 O O . THR 468 468 ? A 139.070 104.927 75.823 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 45 C CB . THR 468 468 ? A 139.699 101.705 75.936 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 46 O OG1 . THR 468 468 ? A 139.240 100.455 75.453 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 47 C CG2 . THR 468 468 ? A 138.947 101.979 77.250 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 48 N N . LEU 469 469 ? A 141.219 104.375 75.520 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 49 C CA . LEU 469 469 ? A 141.707 105.667 75.972 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 50 C C . LEU 469 469 ? A 141.247 106.823 75.106 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 51 O O . LEU 469 469 ? A 140.736 107.808 75.618 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 52 C CB . LEU 469 469 ? A 143.254 105.700 76.027 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 53 C CG . LEU 469 469 ? A 143.873 104.805 77.118 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 54 C CD1 . LEU 469 469 ? A 145.401 104.763 76.956 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 55 C CD2 . LEU 469 469 ? A 143.506 105.295 78.532 1 1 G LEU 0.670 1 ATOM 56 N N . VAL 470 470 ? A 141.348 106.710 73.766 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 57 C CA . VAL 470 470 ? A 140.928 107.758 72.849 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 58 C C . VAL 470 470 ? A 139.436 108.052 72.945 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 59 O O . VAL 470 470 ? A 139.027 109.201 73.048 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 60 C CB . VAL 470 470 ? A 141.325 107.426 71.412 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 61 C CG1 . VAL 470 470 ? A 140.778 108.469 70.411 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 62 C CG2 . VAL 470 470 ? A 142.866 107.415 71.321 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 63 N N . GLY 471 471 ? A 138.574 107.007 72.988 1 1 G GLY 0.690 1 ATOM 64 C CA . GLY 471 471 ? A 137.132 107.200 73.090 1 1 G GLY 0.690 1 ATOM 65 C C . GLY 471 471 ? A 136.698 107.783 74.403 1 1 G GLY 0.690 1 ATOM 66 O O . GLY 471 471 ? A 135.816 108.641 74.446 1 1 G GLY 0.690 1 ATOM 67 N N . VAL 472 472 ? A 137.348 107.369 75.510 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 68 C CA . VAL 472 472 ? A 137.144 107.958 76.821 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 69 C C . VAL 472 472 ? A 137.629 109.395 76.868 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 70 O O . VAL 472 472 ? A 136.909 110.249 77.351 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 71 C CB . VAL 472 472 ? A 137.707 107.114 77.962 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 72 C CG1 . VAL 472 472 ? A 137.507 107.801 79.335 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 73 C CG2 . VAL 472 472 ? A 136.937 105.775 77.959 1 1 G VAL 0.690 1 ATOM 74 N N . LEU 473 473 ? A 138.810 109.745 76.309 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 75 C CA . LEU 473 473 ? A 139.271 111.128 76.246 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 76 C C . LEU 473 473 ? A 138.361 112.030 75.435 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 77 O O . LEU 473 473 ? A 138.057 113.144 75.848 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 78 C CB . LEU 473 473 ? A 140.718 111.241 75.716 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 79 C CG . LEU 473 473 ? A 141.772 110.660 76.682 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 80 C CD1 . LEU 473 473 ? A 143.141 110.637 75.987 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 81 C CD2 . LEU 473 473 ? A 141.840 111.410 78.027 1 1 G LEU 0.690 1 ATOM 82 N N . THR 474 474 ? A 137.846 111.550 74.288 1 1 G THR 0.690 1 ATOM 83 C CA . 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A 133.124 123.145 74.960 1 1 G PHE 0.570 1 ATOM 136 C CE1 . PHE 481 481 ? A 130.717 122.932 73.552 1 1 G PHE 0.570 1 ATOM 137 C CE2 . PHE 481 481 ? A 132.681 124.211 74.166 1 1 G PHE 0.570 1 ATOM 138 C CZ . PHE 481 481 ? A 131.479 124.102 73.458 1 1 G PHE 0.570 1 ATOM 139 N N . ALA 482 482 ? A 130.357 120.094 77.851 1 1 G ALA 0.620 1 ATOM 140 C CA . ALA 482 482 ? A 128.977 120.089 78.297 1 1 G ALA 0.620 1 ATOM 141 C C . ALA 482 482 ? A 128.741 120.575 79.734 1 1 G ALA 0.620 1 ATOM 142 O O . ALA 482 482 ? A 127.756 121.239 79.989 1 1 G ALA 0.620 1 ATOM 143 C CB . ALA 482 482 ? A 128.380 118.677 78.139 1 1 G ALA 0.620 1 ATOM 144 N N . LEU 483 483 ? A 129.634 120.227 80.695 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 145 C CA . LEU 483 483 ? A 129.671 120.760 82.056 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 146 C C . LEU 483 483 ? A 129.926 122.263 82.148 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 147 O O . LEU 483 483 ? A 129.422 122.934 83.036 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 148 C CB . LEU 483 483 ? A 130.795 120.070 82.886 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 149 C CG . LEU 483 483 ? A 130.314 119.068 83.952 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 150 C CD1 . LEU 483 483 ? A 129.822 117.746 83.344 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 151 C CD2 . LEU 483 483 ? A 131.471 118.813 84.933 1 1 G LEU 0.460 1 ATOM 152 N N . LEU 484 484 ? A 130.820 122.775 81.275 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 153 C CA . LEU 484 484 ? A 131.102 124.186 81.090 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 154 C C . LEU 484 484 ? A 129.949 124.993 80.486 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 155 O O . LEU 484 484 ? A 129.758 126.156 80.831 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 156 C CB . LEU 484 484 ? A 132.377 124.328 80.220 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 157 C CG . LEU 484 484 ? A 132.965 125.755 80.167 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 158 C CD1 . LEU 484 484 ? A 134.494 125.711 80.321 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 159 C CD2 . LEU 484 484 ? A 132.569 126.496 78.875 1 1 G LEU 0.550 1 ATOM 160 N N . THR 485 485 ? A 129.215 124.372 79.538 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 161 C CA . THR 485 485 ? A 127.985 124.871 78.918 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 162 C C . THR 485 485 ? A 126.785 124.911 79.910 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 163 O O . THR 485 485 ? A 126.834 124.266 80.988 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 164 C CB . THR 485 485 ? A 127.640 124.055 77.657 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 165 O OG1 . THR 485 485 ? A 128.669 124.182 76.683 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 166 C CG2 . THR 485 485 ? A 126.389 124.514 76.897 1 1 G THR 0.420 1 ATOM 167 O OXT . THR 485 485 ? A 125.796 125.634 79.600 1 1 G THR 0.420 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.625 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 464 TYR 1 0.360 2 1 A 465 TRP 1 0.490 3 1 A 466 ALA 1 0.670 4 1 A 467 GLU 1 0.630 5 1 A 468 THR 1 0.690 6 1 A 469 LEU 1 0.670 7 1 A 470 VAL 1 0.690 8 1 A 471 GLY 1 0.690 9 1 A 472 VAL 1 0.690 10 1 A 473 LEU 1 0.690 11 1 A 474 THR 1 0.690 12 1 A 475 ALA 1 0.710 13 1 A 476 VAL 1 0.690 14 1 A 477 LEU 1 0.700 15 1 A 478 GLY 1 0.710 16 1 A 479 THR 1 0.700 17 1 A 480 ILE 1 0.670 18 1 A 481 PHE 1 0.570 19 1 A 482 ALA 1 0.620 20 1 A 483 LEU 1 0.460 21 1 A 484 LEU 1 0.550 22 1 A 485 THR 1 0.420 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #