data_SMR-2db19e1723a6abf79656736e385f6720_2 _entry.id SMR-2db19e1723a6abf79656736e385f6720_2 _struct.entry_id SMR-2db19e1723a6abf79656736e385f6720_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q9H3R1/ NDST4_HUMAN, Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 4 Estimated model accuracy of this model is 0.011, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9H3R1' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-07.1 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 116528.015 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NDST4_HUMAN Q9H3R1 1 ;MNLIVKLRRSFRTLIVLLATFCLVSIVISAYFLYSGYKQEMTLIETTAEAECTDIKILPYRSMELKTVKP IDTSKTDPTVLLFVESQYSQLGQDIIAILESSRFQYHMVIAPGKGDIPPLTDNGKGKYTLVIYENILKYV SMDSWNRELLEKYCVEYSVSIIGFHKANENSLPSTQLKGFPLNLFNNLALKDCFVNPQSPLLHITKAPKV EKGPLPGEDWTIFQYNHSTYQPVLLTELQTEKSLSSLSSKTLFATVIQDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLH KLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNVKDVKALLETQNLLRTQVANFTFNLGFSG KFYHTGTEEEDEGDDLLLRSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLVEQMILNKEFALEHGIPINMGYAVA PHHSGVYPVHIQLYAAWKKVWGIQVTSTEEYPHLKPARYRKGFIHNSIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPG GPQELDKSIRGGELFLTILLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLVNFVQSWTNLKLQTLPPVQLAHQY FELFPEQKDPLWQNPCDDKRHKDIWSREKTCDHLPKFLVIGPQKTGTTALYLFLLMHPSIISNLPSPKTF EEVQFFNGNNYHKGIDWYMDFFPTPSNTTSDFLFEKSANYFHSEEAPRRAASLVPKAKIITILIDPSDRA YSWYQHQRSHEDPAALRFNFYEVISTGHWAPSDLKTLQRRCLVPGWYAVHIERWLTYFATSQLLIIDGQQ LRSDPATVMDEVQKFLGVTPRYNYSEALTFDPQKGFWCQLLEGGKTKCLGKSKGRKYPPMDPESRTFLSN YYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR ; 'Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 4' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 872 1 872 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . NDST4_HUMAN Q9H3R1 . 1 872 9606 'Homo sapiens (Human)' 2001-03-01 9C4E2DD1F98EA859 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MNLIVKLRRSFRTLIVLLATFCLVSIVISAYFLYSGYKQEMTLIETTAEAECTDIKILPYRSMELKTVKP IDTSKTDPTVLLFVESQYSQLGQDIIAILESSRFQYHMVIAPGKGDIPPLTDNGKGKYTLVIYENILKYV SMDSWNRELLEKYCVEYSVSIIGFHKANENSLPSTQLKGFPLNLFNNLALKDCFVNPQSPLLHITKAPKV EKGPLPGEDWTIFQYNHSTYQPVLLTELQTEKSLSSLSSKTLFATVIQDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLH KLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNVKDVKALLETQNLLRTQVANFTFNLGFSG KFYHTGTEEEDEGDDLLLRSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLVEQMILNKEFALEHGIPINMGYAVA PHHSGVYPVHIQLYAAWKKVWGIQVTSTEEYPHLKPARYRKGFIHNSIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPG GPQELDKSIRGGELFLTILLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLVNFVQSWTNLKLQTLPPVQLAHQY FELFPEQKDPLWQNPCDDKRHKDIWSREKTCDHLPKFLVIGPQKTGTTALYLFLLMHPSIISNLPSPKTF EEVQFFNGNNYHKGIDWYMDFFPTPSNTTSDFLFEKSANYFHSEEAPRRAASLVPKAKIITILIDPSDRA YSWYQHQRSHEDPAALRFNFYEVISTGHWAPSDLKTLQRRCLVPGWYAVHIERWLTYFATSQLLIIDGQQ LRSDPATVMDEVQKFLGVTPRYNYSEALTFDPQKGFWCQLLEGGKTKCLGKSKGRKYPPMDPESRTFLSN YYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR ; ;MNLIVKLRRSFRTLIVLLATFCLVSIVISAYFLYSGYKQEMTLIETTAEAECTDIKILPYRSMELKTVKP IDTSKTDPTVLLFVESQYSQLGQDIIAILESSRFQYHMVIAPGKGDIPPLTDNGKGKYTLVIYENILKYV SMDSWNRELLEKYCVEYSVSIIGFHKANENSLPSTQLKGFPLNLFNNLALKDCFVNPQSPLLHITKAPKV EKGPLPGEDWTIFQYNHSTYQPVLLTELQTEKSLSSLSSKTLFATVIQDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLH KLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNVKDVKALLETQNLLRTQVANFTFNLGFSG KFYHTGTEEEDEGDDLLLRSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLVEQMILNKEFALEHGIPINMGYAVA PHHSGVYPVHIQLYAAWKKVWGIQVTSTEEYPHLKPARYRKGFIHNSIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPG GPQELDKSIRGGELFLTILLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLVNFVQSWTNLKLQTLPPVQLAHQY FELFPEQKDPLWQNPCDDKRHKDIWSREKTCDHLPKFLVIGPQKTGTTALYLFLLMHPSIISNLPSPKTF EEVQFFNGNNYHKGIDWYMDFFPTPSNTTSDFLFEKSANYFHSEEAPRRAASLVPKAKIITILIDPSDRA YSWYQHQRSHEDPAALRFNFYEVISTGHWAPSDLKTLQRRCLVPGWYAVHIERWLTYFATSQLLIIDGQQ LRSDPATVMDEVQKFLGVTPRYNYSEALTFDPQKGFWCQLLEGGKTKCLGKSKGRKYPPMDPESRTFLSN YYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASN . 1 3 LEU . 1 4 ILE . 1 5 VAL . 1 6 LYS . 1 7 LEU . 1 8 ARG . 1 9 ARG . 1 10 SER . 1 11 PHE . 1 12 ARG . 1 13 THR . 1 14 LEU . 1 15 ILE . 1 16 VAL . 1 17 LEU . 1 18 LEU . 1 19 ALA . 1 20 THR . 1 21 PHE . 1 22 CYS . 1 23 LEU . 1 24 VAL . 1 25 SER . 1 26 ILE . 1 27 VAL . 1 28 ILE . 1 29 SER . 1 30 ALA . 1 31 TYR . 1 32 PHE . 1 33 LEU . 1 34 TYR . 1 35 SER . 1 36 GLY . 1 37 TYR . 1 38 LYS . 1 39 GLN . 1 40 GLU . 1 41 MET . 1 42 THR . 1 43 LEU . 1 44 ILE . 1 45 GLU . 1 46 THR . 1 47 THR . 1 48 ALA . 1 49 GLU . 1 50 ALA . 1 51 GLU . 1 52 CYS . 1 53 THR . 1 54 ASP . 1 55 ILE . 1 56 LYS . 1 57 ILE . 1 58 LEU . 1 59 PRO . 1 60 TYR . 1 61 ARG . 1 62 SER . 1 63 MET . 1 64 GLU . 1 65 LEU . 1 66 LYS . 1 67 THR . 1 68 VAL . 1 69 LYS . 1 70 PRO . 1 71 ILE . 1 72 ASP . 1 73 THR . 1 74 SER . 1 75 LYS . 1 76 THR . 1 77 ASP . 1 78 PRO . 1 79 THR . 1 80 VAL . 1 81 LEU . 1 82 LEU . 1 83 PHE . 1 84 VAL . 1 85 GLU . 1 86 SER . 1 87 GLN . 1 88 TYR . 1 89 SER . 1 90 GLN . 1 91 LEU . 1 92 GLY . 1 93 GLN . 1 94 ASP . 1 95 ILE . 1 96 ILE . 1 97 ALA . 1 98 ILE . 1 99 LEU . 1 100 GLU . 1 101 SER . 1 102 SER . 1 103 ARG . 1 104 PHE . 1 105 GLN . 1 106 TYR . 1 107 HIS . 1 108 MET . 1 109 VAL . 1 110 ILE . 1 111 ALA . 1 112 PRO . 1 113 GLY . 1 114 LYS . 1 115 GLY . 1 116 ASP . 1 117 ILE . 1 118 PRO . 1 119 PRO . 1 120 LEU . 1 121 THR . 1 122 ASP . 1 123 ASN . 1 124 GLY . 1 125 LYS . 1 126 GLY . 1 127 LYS . 1 128 TYR . 1 129 THR . 1 130 LEU . 1 131 VAL . 1 132 ILE . 1 133 TYR . 1 134 GLU . 1 135 ASN . 1 136 ILE . 1 137 LEU . 1 138 LYS . 1 139 TYR . 1 140 VAL . 1 141 SER . 1 142 MET . 1 143 ASP . 1 144 SER . 1 145 TRP . 1 146 ASN . 1 147 ARG . 1 148 GLU . 1 149 LEU . 1 150 LEU . 1 151 GLU . 1 152 LYS . 1 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B 1 746 TRP 746 ? ? ? B . B 1 747 TYR 747 ? ? ? B . B 1 748 ALA 748 ? ? ? B . B 1 749 VAL 749 ? ? ? B . B 1 750 HIS 750 ? ? ? B . B 1 751 ILE 751 ? ? ? B . B 1 752 GLU 752 ? ? ? B . B 1 753 ARG 753 ? ? ? B . B 1 754 TRP 754 ? ? ? B . B 1 755 LEU 755 ? ? ? B . B 1 756 THR 756 ? ? ? B . B 1 757 TYR 757 ? ? ? B . B 1 758 PHE 758 ? ? ? B . B 1 759 ALA 759 ? ? ? B . B 1 760 THR 760 ? ? ? B . B 1 761 SER 761 ? ? ? B . B 1 762 GLN 762 ? ? ? B . B 1 763 LEU 763 ? ? ? B . B 1 764 LEU 764 ? ? ? B . B 1 765 ILE 765 ? ? ? B . B 1 766 ILE 766 ? ? ? B . B 1 767 ASP 767 ? ? ? B . B 1 768 GLY 768 ? ? ? B . B 1 769 GLN 769 ? ? ? B . B 1 770 GLN 770 ? ? ? B . B 1 771 LEU 771 ? ? ? B . B 1 772 ARG 772 ? ? ? B . B 1 773 SER 773 ? ? ? B . B 1 774 ASP 774 ? ? ? B . B 1 775 PRO 775 ? ? ? B . B 1 776 ALA 776 ? ? ? B . B 1 777 THR 777 ? ? ? B . B 1 778 VAL 778 ? ? ? B . B 1 779 MET 779 ? ? ? B . B 1 780 ASP 780 ? ? ? B . B 1 781 GLU 781 ? ? ? B . B 1 782 VAL 782 ? ? ? B . B 1 783 GLN 783 ? ? ? B . 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B 1 860 LEU 860 ? ? ? B . B 1 861 PRO 861 ? ? ? B . B 1 862 SER 862 ? ? ? B . B 1 863 TRP 863 ? ? ? B . B 1 864 LEU 864 ? ? ? B . B 1 865 ARG 865 ? ? ? B . B 1 866 GLN 866 ? ? ? B . B 1 867 GLU 867 ? ? ? B . B 1 868 LEU 868 ? ? ? B . B 1 869 GLN 869 ? ? ? B . B 1 870 LYS 870 ? ? ? B . B 1 871 VAL 871 ? ? ? B . B 1 872 ARG 872 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4 {PDB ID=1pcf, label_asym_id=E, auth_asym_id=E, SMTL ID=1pcf.3.A}' 'template structure' . 2 'TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4 {PDB ID=1pcf, label_asym_id=F, auth_asym_id=F, SMTL ID=1pcf.3.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 1pcf, label_asym_id=E' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 1pcf, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 6 'model 2' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-08-13 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-08-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A E 1 1 E 2 2 'reference database' polymer 1 2 B F 1 1 F # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 AMFQIGKMRYVSVRDFKGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRKL AMFQIGKMRYVSVRDFKGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRKL 2 AMFQIGKMRYVSVRDFKGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRKL AMFQIGKMRYVSVRDFKGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRKL # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 18 64 2 2 18 64 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1pcf 2024-02-14 2 PDB . 1pcf 2024-02-14 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 872 2 2 B 1 872 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 872 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 872 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 36.000 14.894 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 36.000 14.894 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MNLIVKLRRSFRTLIVLLATFCLVSIVISAYFLYSGYKQEMTLIETTAEAECTDIKILPYRSMELKTVKPIDTSKTDPTVLLFVESQYSQLGQDIIAILESSRFQYHMVIAPGKGDIPPLTDNGKGKYTLVIYENILKYVSMDSWNRELLEKYCVEYSVSIIGFHKANENSLPSTQLKGFPLNLFNNLALKDCFVNPQSPLLHITKAPKVEKGPLPGEDWTIFQYNHSTYQPVLLTELQTEKSLSSLSSKTLFATVIQDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNVKDVKALLETQNLLRTQVANFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDLLLRSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLVEQMILNKEFALEHGIPINMGYAVAPHHSGVYPVHIQLYAAWKKVWGIQVTSTEEYPHLKPARYRKGFIHNSIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPQELDKSIRGGELFLTILLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLVNFVQSWTNLKLQTLPPVQLAHQYFELFPEQKDPLWQNPCDDKRHKDIWSREKTCDHLPKFLVIGPQKTGTTALYLFLLMHPSIISNLPSPKTFEEVQFFNGNNYHKGIDWYMDFFPTPSNTTSDFLFEKSANYFHSEEAPRRAASLVPKAKIITILIDPSDRAYSWYQHQRSHEDPAALRFNFYEVISTGHWAPSDLKTLQRRCLVPGWYAVHIERWLTYFATSQLLIIDGQQLRSDPATVMDEVQKFLGVTPRYNYSEALTFDPQKGFWCQLLEGGKTKCLGKSKGRKYPPMDPESRTFLSNYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVR---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MNLIVKLRRSFRTLIVLLATFCLVSIVISAYFLYSGYKQEMTLIETTAEAECTDIKILPYRSMELKTVKPIDTSKTDPTVLLFVESQYSQLGQDIIAILESSRFQYHMVIAPGKGDIPPLTDNGKGKYTLVIYENILKYVSMDSWNRELLEKYCVEYSVSIIGFHKANENSLPSTQLKGFPLNLFNNLALKDCFVNPQSPLLHITKAPKVEKGPLPGEDWTIFQYNHSTYQPVLLTELQTEKSLSSLSSKTLFATVIQDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNVKDVKALLETQNLLRTQVANFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDLLLRSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLVEQMILNKEFALEHGIPINMGYAVAPHHSGVYPVHIQLYAAWKKVWGIQVTSTEEYPHLKPARYRKGFIHNSIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPQELDKSIRGGELFLTILLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLVNFVQSWTNLKLQTLPPVQLAHQYFELFPEQKDPLWQNPCDDKRHKDIWSREKTCDHLPKFLVIGPQKTGTTALYLFLLMHPSIISNLPSPKTFEEVQFFNGNNYHKGIDWYMDFFPTPSNTTSDFLFEKSANYFHSEEAPRRAASLVPKAKIITILIDPSDRAYSWYQHQRSHEDPAALRFNFYEVISTGHWAPSDLKTLQRRCLVPGWYAVHIERWLTYFATSQLLIIDGQQLRSDPATVMDEVQKFLGVTPRYNYSEALTFDPQKGFWCQLLEGGKTKCLGKSKGRKYPPMDPESRTFLSNYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR 4 2 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVR---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.069}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1pcf.3, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 2' 6 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 74.215 11.350 88.228 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 16 C CD . ARG 295 295 ? A 73.117 10.409 88.716 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 17 N NE . ARG 295 295 ? A 73.404 9.051 88.157 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 18 C CZ . ARG 295 295 ? A 72.610 7.992 88.370 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 19 N NH1 . ARG 295 295 ? A 71.510 8.099 89.109 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 20 N NH2 . ARG 295 295 ? A 72.908 6.810 87.836 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 21 N N . LEU 296 296 ? A 73.991 15.957 87.807 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 22 C CA . LEU 296 296 ? A 73.474 17.269 88.100 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 23 C C . LEU 296 296 ? A 72.066 17.181 88.619 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 24 O O . LEU 296 296 ? A 71.200 16.502 88.060 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 25 C CB . LEU 296 296 ? A 73.430 18.149 86.843 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 26 C CG . LEU 296 296 ? A 74.787 18.348 86.157 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 27 C CD1 . LEU 296 296 ? A 74.565 19.149 84.872 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 28 C CD2 . LEU 296 296 ? A 75.796 19.068 87.063 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 29 N N . THR 297 297 ? 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A 76.960 27.294 114.702 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 127 C CD1 . ILE 308 308 ? A 77.410 26.384 111.610 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 128 N N . ASP 309 309 ? A 73.751 30.043 112.131 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 129 C CA . ASP 309 309 ? A 73.291 30.815 110.974 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 130 C C . ASP 309 309 ? A 73.317 30.040 109.650 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 131 O O . ASP 309 309 ? A 73.013 30.588 108.580 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 132 C CB . ASP 309 309 ? A 73.899 32.250 110.841 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 133 C CG . ASP 309 309 ? A 73.466 33.151 111.990 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 134 O OD1 . ASP 309 309 ? A 72.221 33.288 112.144 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 135 O OD2 . ASP 309 309 ? A 74.337 33.754 112.661 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 136 N N . ASP 310 310 ? A 73.594 28.721 109.661 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 137 C CA . ASP 310 310 ? A 73.690 27.930 108.462 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 138 C C . ASP 310 310 ? A 72.342 27.428 107.997 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 139 O O . ASP 310 310 ? A 71.439 27.114 108.813 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 140 C CB . ASP 310 310 ? A 74.741 26.795 108.609 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 141 C CG . ASP 310 310 ? A 75.074 26.174 107.256 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 142 O OD1 . ASP 310 310 ? A 74.755 24.977 107.086 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 143 O OD2 . ASP 310 310 ? A 75.610 26.918 106.409 1 1 A ASP 0.380 1 ATOM 144 N N . ILE 311 311 ? A 72.146 27.371 106.694 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 145 C CA . ILE 311 311 ? A 70.981 26.871 106.022 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 146 C C . ILE 311 311 ? A 71.052 25.342 105.835 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 147 O O . ILE 311 311 ? A 71.805 24.838 104.975 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 148 C CB . ILE 311 311 ? A 70.791 27.591 104.692 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 149 C CG1 . ILE 311 311 ? A 70.467 29.103 104.818 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 150 C CG2 . ILE 311 311 ? A 69.573 26.949 104.035 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 151 C CD1 . ILE 311 311 ? A 70.353 29.819 103.459 1 1 A ILE 0.460 1 ATOM 152 N N . PHE 312 312 ? A 70.236 24.548 106.544 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 153 C CA . PHE 312 312 ? A 70.251 23.090 106.500 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 154 C C . PHE 312 312 ? A 68.968 22.590 105.863 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 155 O O . PHE 312 312 ? A 67.875 23.110 106.135 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 156 C CB . PHE 312 312 ? A 70.495 22.429 107.897 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 157 C CG . PHE 312 312 ? A 70.478 20.913 107.874 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 158 C CD1 . PHE 312 312 ? A 69.297 20.185 108.108 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 159 C CD2 . PHE 312 312 ? A 71.653 20.199 107.593 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 160 C CE1 . PHE 312 312 ? A 69.297 18.785 108.085 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 161 C CE2 . PHE 312 312 ? A 71.658 18.797 107.574 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 162 C CZ . PHE 312 312 ? A 70.480 18.088 107.829 1 1 A PHE 0.540 1 ATOM 163 N N . VAL 313 313 ? A 69.089 21.621 104.940 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 164 C CA . VAL 313 313 ? A 68.026 21.026 104.132 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 165 C C . VAL 313 313 ? A 66.930 20.348 104.948 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 166 O O . VAL 313 313 ? A 67.208 19.581 105.877 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 167 C CB . VAL 313 313 ? A 68.648 20.143 103.043 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 168 C CG1 . VAL 313 313 ? A 69.336 18.886 103.622 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 169 C CG2 . VAL 313 313 ? A 67.626 19.824 101.939 1 1 A VAL 0.570 1 ATOM 170 N N . GLY 314 314 ? A 65.638 20.636 104.676 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 171 C CA . GLY 314 314 ? A 64.533 19.975 105.356 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 172 C C . GLY 314 314 ? A 64.167 18.670 104.697 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 173 O O . GLY 314 314 ? A 64.827 18.180 103.783 1 1 A GLY 0.570 1 ATOM 174 N N . LYS 315 315 ? A 63.081 18.033 105.160 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 175 C CA . LYS 315 315 ? A 62.546 16.865 104.480 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 176 C C . LYS 315 315 ? A 61.642 17.175 103.285 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 177 O O . LYS 315 315 ? A 61.436 16.305 102.433 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 178 C CB . LYS 315 315 ? A 61.699 16.019 105.460 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 179 C CG . LYS 315 315 ? A 62.494 15.388 106.611 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 180 C CD . LYS 315 315 ? 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