data_SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_4 _entry.id SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_4 _struct.entry_id SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P97868 (isoform 2)/ RBBP6_MOUSE, E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 Estimated model accuracy of this model is 0.037, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P97868 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-07.1 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 227311.332 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP RBBP6_MOUSE P97868 1 ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP TTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPY PRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVP PPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNS PFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGE ESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPK VKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEK VTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEK SVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAE NASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVI KTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYT EKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDR LSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPR GKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAA EARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNES DSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSH SSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQK VRSVTV ; 'E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1756 1 1756 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . RBBP6_MOUSE P97868 P97868-2 1 1756 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-05-16 E3C0F009CC28107E . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP TTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPY PRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVP PPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNS PFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGE ESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPK VKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEK VTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEK SVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAE NASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVI KTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYT EKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDR LSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPR GKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAA EARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNES DSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSH SSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQK VRSVTV ; ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP TTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPY PRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVP PPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNS PFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGE ESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPK VKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEK VTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEK SVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAE NASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVI KTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYT EKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDR LSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPR GKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAA EARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNES DSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSH SSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQK VRSVTV ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 CYS . 1 4 VAL . 1 5 HIS . 1 6 TYR . 1 7 LYS . 1 8 PHE . 1 9 SER . 1 10 SER . 1 11 LYS . 1 12 LEU . 1 13 ASN . 1 14 TYR . 1 15 ASP . 1 16 THR . 1 17 VAL . 1 18 THR . 1 19 PHE . 1 20 ASP . 1 21 GLY . 1 22 LEU . 1 23 HIS . 1 24 ILE . 1 25 SER . 1 26 LEU . 1 27 CYS . 1 28 ASP . 1 29 LEU . 1 30 LYS . 1 31 LYS . 1 32 GLN . 1 33 ILE . 1 34 MET . 1 35 GLY . 1 36 ARG . 1 37 GLU . 1 38 LYS . 1 39 LEU . 1 40 LYS . 1 41 ALA . 1 42 ALA . 1 43 ASP . 1 44 SER . 1 45 ASP . 1 46 LEU . 1 47 GLN . 1 48 ILE . 1 49 THR . 1 50 ASN . 1 51 ALA . 1 52 GLN . 1 53 THR . 1 54 LYS . 1 55 GLU . 1 56 GLU . 1 57 TYR . 1 58 THR . 1 59 ASP . 1 60 ASP . 1 61 ASN . 1 62 ALA . 1 63 LEU . 1 64 ILE . 1 65 PRO . 1 66 LYS . 1 67 ASN . 1 68 SER . 1 69 SER . 1 70 VAL . 1 71 ILE . 1 72 VAL . 1 73 ARG . 1 74 ARG . 1 75 ILE . 1 76 PRO . 1 77 ILE . 1 78 GLY . 1 79 GLY . 1 80 VAL . 1 81 LYS . 1 82 SER . 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A 1 1713 HIS 1713 ? ? ? D . A 1 1714 LYS 1714 ? ? ? D . A 1 1715 LYS 1715 ? ? ? D . A 1 1716 HIS 1716 ? ? ? D . A 1 1717 ALA 1717 ? ? ? D . A 1 1718 GLY 1718 ? ? ? D . A 1 1719 ALA 1719 ? ? ? D . A 1 1720 ASP 1720 ? ? ? D . A 1 1721 GLY 1721 ? ? ? D . A 1 1722 ASP 1722 ? ? ? D . A 1 1723 VAL 1723 ? ? ? D . A 1 1724 GLU 1724 ? ? ? D . A 1 1725 LYS 1725 ? ? ? D . A 1 1726 SER 1726 ? ? ? D . A 1 1727 GLN 1727 ? ? ? D . A 1 1728 LYS 1728 ? ? ? D . A 1 1729 HIS 1729 ? ? ? D . A 1 1730 LYS 1730 ? ? ? D . A 1 1731 HIS 1731 ? ? ? D . A 1 1732 LYS 1732 ? ? ? D . A 1 1733 LYS 1733 ? ? ? D . A 1 1734 LYS 1734 ? ? ? D . A 1 1735 LYS 1735 ? ? ? D . A 1 1736 ALA 1736 ? ? ? D . A 1 1737 LYS 1737 ? ? ? D . A 1 1738 LYS 1738 ? ? ? D . A 1 1739 ASN 1739 ? ? ? D . A 1 1740 LYS 1740 ? ? ? D . A 1 1741 ASP 1741 ? ? ? D . A 1 1742 LYS 1742 ? ? ? D . A 1 1743 GLU 1743 ? ? ? D . A 1 1744 LYS 1744 ? ? ? D . A 1 1745 GLU 1745 ? ? ? D . A 1 1746 LYS 1746 ? ? ? D . A 1 1747 ASP 1747 ? ? ? D . A 1 1748 ASP 1748 ? ? ? D . A 1 1749 GLN 1749 ? ? ? D . A 1 1750 LYS 1750 ? ? ? D . A 1 1751 VAL 1751 ? ? ? D . A 1 1752 ARG 1752 ? ? ? D . A 1 1753 SER 1753 ? ? ? D . A 1 1754 VAL 1754 ? ? ? D . A 1 1755 THR 1755 ? ? ? D . A 1 1756 VAL 1756 ? ? ? D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'E3 ubiquitin--protein ligase {PDB ID=8qhc, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=8qhc.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8qhc, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-08-13 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-08-08 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 4 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHHHHHHSAGLEVLFQGPMGYRIEMATRNPFDIDHKSKYLREAALEANLSHPETTPTMLTCPIDSGFLKD PVITPEGFVYNKSSILKWLETKKEDPQSRKPLTAKDLQPFPELLIIVNRFVETQTNYEKLKNRLVQNARV AARQKEYTEIPDIFLCPISKTLIKTPVITAQGKVYDQEALSNFLIATGNKDETGKKLSIDDVVVFDELYQ QIKVYNFYRKREMQKNQIQPSVSSGFGFFSLNFLTSWLWGTEEKKEKTSSDMTY ; ;MHHHHHHSAGLEVLFQGPMGYRIEMATRNPFDIDHKSKYLREAALEANLSHPETTPTMLTCPIDSGFLKD PVITPEGFVYNKSSILKWLETKKEDPQSRKPLTAKDLQPFPELLIIVNRFVETQTNYEKLKNRLVQNARV AARQKEYTEIPDIFLCPISKTLIKTPVITAQGKVYDQEALSNFLIATGNKDETGKKLSIDDVVVFDELYQ QIKVYNFYRKREMQKNQIQPSVSSGFGFFSLNFLTSWLWGTEEKKEKTSSDMTY ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 19 126 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8qhc 2023-11-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1756 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1756 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.6e-10 20.370 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSVIVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGHEYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKGAMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPLMQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSISVHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTGPVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPVPPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIPTTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPYPRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVPPPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNSPFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGEESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPKVKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEKVTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEKSVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAENASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVIKTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYTEKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDRLSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPRGKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAAEARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNESDSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSHSSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQKVRSVTV 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MGYRIEMATRNPFDIDHKSKYLREAA-LEANLSHPETTPTMLTCPIDSGFLKDPVITP-EGFVYNKSSILKWLETK--KEDPQSRKPL-TAKDLQPFPELLIIVNRFVETQTN----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8qhc.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 4' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 233 233 ? A 233.811 191.703 226.384 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 2 C CA . LYS 233 233 ? A 233.255 191.182 225.087 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 3 C C . LYS 233 233 ? A 231.786 191.460 224.835 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 4 O O . LYS 233 233 ? A 231.139 190.703 224.245 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 5 C CB . LYS 233 233 ? A 233.348 189.631 224.912 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 6 C CG . LYS 233 233 ? A 234.689 188.945 225.114 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 7 C CD . LYS 233 233 ? A 234.474 187.420 225.052 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 8 C CE . LYS 233 233 ? A 235.793 186.704 225.329 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 9 N NZ . LYS 233 233 ? A 235.631 185.238 225.371 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 10 N N . LYS 234 234 ? A 231.197 192.549 225.408 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 11 C CA . LYS 234 234 ? A 229.953 193.035 224.866 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 12 C C . LYS 234 234 ? A 230.020 194.244 223.971 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 13 O O . LYS 234 234 ? A 229.069 194.518 223.324 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 14 C CB . LYS 234 234 ? A 229.026 193.455 226.004 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 15 C CG . LYS 234 234 ? A 228.786 192.343 227.028 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 16 C CD . LYS 234 234 ? A 228.439 190.958 226.436 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 17 C CE . LYS 234 234 ? A 228.451 189.818 227.464 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 18 N NZ . LYS 234 234 ? A 229.845 189.529 227.860 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 19 N N . GLU 235 235 ? A 231.140 195.005 224.004 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 20 C CA . GLU 235 235 ? A 231.396 196.068 223.053 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 21 C C . GLU 235 235 ? A 232.027 195.626 221.742 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 22 O O . GLU 235 235 ? A 231.684 196.111 220.667 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 23 C CB . GLU 235 235 ? A 232.336 197.058 223.741 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 24 C CG . GLU 235 235 ? A 231.630 197.795 224.899 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 25 C CD . GLU 235 235 ? A 232.599 198.719 225.623 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 26 O OE1 . GLU 235 235 ? A 233.821 198.625 225.343 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 27 O OE2 . GLU 235 235 ? A 232.113 199.484 226.489 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 28 N N . LYS 236 236 ? A 232.950 194.641 221.794 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 29 C CA . LYS 236 236 ? A 233.544 194.012 220.620 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 30 C C . LYS 236 236 ? A 232.480 193.371 219.682 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 31 O O . LYS 236 236 ? A 232.590 193.571 218.477 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 32 C CB . LYS 236 236 ? A 234.648 192.987 221.048 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 33 C CG . LYS 236 236 ? A 234.985 191.917 219.989 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 34 C CD . LYS 236 236 ? A 235.917 190.810 220.503 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 35 C CE . LYS 236 236 ? A 235.911 189.593 219.558 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 36 N NZ . LYS 236 236 ? A 235.768 188.334 220.322 1 1 D LYS 0.300 1 ATOM 37 N N . PRO 237 237 ? A 231.452 192.627 220.113 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 38 C CA . PRO 237 237 ? A 230.385 192.144 219.216 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 39 C C . PRO 237 237 ? A 229.279 193.091 218.723 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 40 O O . PRO 237 237 ? 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A 232.277 196.142 215.739 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 54 O O . PHE 239 239 ? A 232.269 196.728 214.663 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 55 C CB . PHE 239 239 ? A 233.323 196.885 217.937 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 56 C CG . PHE 239 239 ? A 234.496 197.540 217.258 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 57 C CD1 . PHE 239 239 ? A 235.472 196.766 216.605 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 58 C CD2 . PHE 239 239 ? A 234.610 198.936 217.229 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 59 C CE1 . PHE 239 239 ? A 236.539 197.375 215.934 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 60 C CE2 . PHE 239 239 ? A 235.680 199.551 216.566 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 61 C CZ . PHE 239 239 ? A 236.647 198.771 215.920 1 1 D PHE 0.270 1 ATOM 62 N N . LEU 240 240 ? A 232.441 194.808 215.784 1 1 D LEU 0.260 1 ATOM 63 C CA . LEU 240 240 ? A 232.556 193.978 214.594 1 1 D LEU 0.260 1 ATOM 64 C C . LEU 240 240 ? A 231.266 193.906 213.714 1 1 D LEU 0.260 1 ATOM 65 O O . LEU 240 240 ? A 231.378 193.918 212.486 1 1 D LEU 0.260 1 ATOM 66 C CB . LEU 240 240 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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