data_SMR-304fc853d8cfd650bdba72cdb0017f2b_9 _entry.id SMR-304fc853d8cfd650bdba72cdb0017f2b_9 _struct.entry_id SMR-304fc853d8cfd650bdba72cdb0017f2b_9 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9UDT6/ CLIP2_HUMAN, CAP-Gly domain-containing linker protein 2 Estimated model accuracy of this model is 0.027, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9UDT6' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-08.5 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 134849.905 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CLIP2_HUMAN Q9UDT6 1 ;MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAAPEKPGPKAAE VGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFT RPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPLTSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSG SVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFA PIHKVIRIGFPSTSPAKAKKTKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARK ISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLETQTQLEHARIGELEQSLLLEKAQAERLLRE LADNRLTTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAAEILRLRERLLSASKEHQRES GVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLED LKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQ RHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQ RAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVT ALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLN ELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDRSSA PELLRLQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH ; 'CAP-Gly domain-containing linker protein 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1046 1 1046 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . CLIP2_HUMAN Q9UDT6 . 1 1046 9606 'Homo sapiens (Human)' 2000-05-01 7A0B3C796E1C6E25 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAAPEKPGPKAAE VGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFT RPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPLTSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSG SVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFA PIHKVIRIGFPSTSPAKAKKTKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARK ISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLETQTQLEHARIGELEQSLLLEKAQAERLLRE LADNRLTTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAAEILRLRERLLSASKEHQRES GVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLED LKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQ RHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQ RAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVT ALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLN ELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDRSSA PELLRLQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH ; ;MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAAPEKPGPKAAE VGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFT RPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPLTSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSG SVKRGEKDLRLGDRVLVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFA PIHKVIRIGFPSTSPAKAKKTKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARK ISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLL VESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLETQTQLEHARIGELEQSLLLEKAQAERLLRE LADNRLTTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAAEILRLRERLLSASKEHQRES GVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLED LKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQ RHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQ RAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVT ALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLN ELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDRSSA PELLRLQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLN . 1 3 LYS . 1 4 PRO . 1 5 SER . 1 6 GLY . 1 7 LEU . 1 8 LYS . 1 9 PRO . 1 10 PRO . 1 11 GLY . 1 12 ARG . 1 13 GLY . 1 14 GLY . 1 15 LYS . 1 16 HIS . 1 17 SER . 1 18 SER . 1 19 PRO . 1 20 MET . 1 21 GLY . 1 22 ARG . 1 23 THR . 1 24 SER . 1 25 THR . 1 26 GLY . 1 27 SER . 1 28 ALA . 1 29 SER . 1 30 SER . 1 31 SER . 1 32 ALA . 1 33 ALA . 1 34 VAL . 1 35 ALA . 1 36 ALA . 1 37 SER . 1 38 SER . 1 39 LYS . 1 40 GLU . 1 41 GLY . 1 42 SER . 1 43 PRO . 1 44 LEU . 1 45 HIS . 1 46 LYS . 1 47 GLN . 1 48 SER . 1 49 SER . 1 50 GLY . 1 51 PRO . 1 52 SER . 1 53 SER . 1 54 SER . 1 55 PRO . 1 56 ALA . 1 57 ALA . 1 58 ALA . 1 59 ALA . 1 60 ALA . 1 61 PRO . 1 62 GLU . 1 63 LYS . 1 64 PRO . 1 65 GLY . 1 66 PRO . 1 67 LYS . 1 68 ALA . 1 69 ALA . 1 70 GLU . 1 71 VAL . 1 72 GLY . 1 73 ASP . 1 74 ASP . 1 75 PHE . 1 76 LEU . 1 77 GLY . 1 78 ASP . 1 79 PHE . 1 80 VAL . 1 81 VAL . 1 82 GLY . 1 83 GLU . 1 84 ARG . 1 85 VAL . 1 86 TRP . 1 87 VAL . 1 88 ASN . 1 89 GLY . 1 90 VAL . 1 91 LYS . 1 92 PRO . 1 93 GLY . 1 94 VAL . 1 95 VAL . 1 96 GLN . 1 97 TYR . 1 98 LEU . 1 99 GLY . 1 100 GLU . 1 101 THR . 1 102 GLN . 1 103 PHE . 1 104 ALA . 1 105 PRO . 1 106 GLY . 1 107 GLN . 1 108 TRP . 1 109 ALA . 1 110 GLY . 1 111 VAL . 1 112 VAL . 1 113 LEU . 1 114 ASP . 1 115 ASP . 1 116 PRO . 1 117 VAL . 1 118 GLY . 1 119 LYS . 1 120 ASN . 1 121 ASP . 1 122 GLY . 1 123 ALA . 1 124 VAL . 1 125 GLY . 1 126 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Dynactin-1 {PDB ID=2hkn, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=2hkn.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2hkn, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 9' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-09-10 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-09-05 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSHMSAEASARPLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEG HGIFVRQSQIQVFEDGADTTSPETPDS ; ;GSHMSAEASARPLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEG HGIFVRQSQIQVFEDGADTTSPETPDS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 92 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2hkn 2024-02-14 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1046 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1049 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 2.16e-12 46.512 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MQKPSGLKPPGRGGKHSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAAPEKPGPKAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPTAEGSGSDAHSVESLTAQNLSLHSGTATPPLTSRVIPLRESVLNSSVKTGNESGSNLSDSGSVKRGEKDLRLGDRV-LVGGTKTGVVRYVGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCPPKFGLFAPIH--KVIRIGFPSTSPAKAKKTKRMAMGVSALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEEKLQRARLLVESVRKEKVDLSNQLEEERRKVEDLQFRVEEESITKGDLETQTQLEHARIGELEQSLLLEKAQAERLLRELADNRLTTVAEKSRVLQLEEELTLRRGEIEELQQCLLHSGPPPPDHPDAAEILRLRERLLSASKEHQRESGVLRDKYEKALKAYQAEVDKLRAANEKYAQEVAGLKDKVQQATSENMGLMDNWKSKLDSLASDHQKSLEDLKATLNSGPGAQQKEIGELKAVMEGIKMEHQLELGNLQAKHDLETAMHVKEKEALREKLQEAQEELAGLQRHWRAQLEVQASQHRLELQEAQDQRRDAELRVHELEKLDVEYRGQAQAIEFLKEQISLAEKKMLDYERLQRAEAQGKQEVESLREKLLVAENRLQAVEALCSSQHTHMIESNDISEETIRTKETVEGLQDKLNKRDKEVTALTSQTEMLRAQVSALESKCKSGEKKVDALLKEKRRLEAELETVSRKTHDASGQLVLISQELLRKERSLNELRVLLLEANRHSPGPERDLSREVHKAEWRIKEQKLKDDIRGLREKLTGLDKEKSLSDQRRYSLIDRSSAPELLRLQHQLMSTEDALRDALDQAQQVEKLMEAMRSCPDKAQTIGNSGSANGIHQQDKAQKQEDKH 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MSAEASAR----PLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVFEDGADTTSP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.041}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2hkn.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 9' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ASP 218 218 ? A 30.012 16.700 13.146 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 2 C CA . ASP 218 218 ? A 29.171 16.307 11.963 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 3 C C . ASP 218 218 ? A 27.685 16.490 12.262 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 4 O O . ASP 218 218 ? A 27.326 16.898 13.371 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 5 C CB . ASP 218 218 ? A 29.577 14.874 11.532 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 6 C CG . ASP 218 218 ? A 29.354 13.962 12.719 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 7 O OD1 . ASP 218 218 ? A 30.148 14.091 13.700 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 8 O OD2 . ASP 218 218 ? A 28.310 13.296 12.768 1 1 B ASP 0.270 1 ATOM 9 N N . LEU 219 219 ? A 26.784 16.269 11.292 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 10 C CA . LEU 219 219 ? A 25.364 16.366 11.517 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 11 C C . LEU 219 219 ? A 24.757 15.175 12.262 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 12 O O . LEU 219 219 ? A 24.839 14.035 11.821 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 13 C CB . LEU 219 219 ? A 24.646 16.568 10.173 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 14 C CG . LEU 219 219 ? A 23.139 16.829 10.292 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 15 C CD1 . LEU 219 219 ? A 22.867 17.971 11.295 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 16 C CD2 . LEU 219 219 ? A 22.606 17.121 8.885 1 1 B LEU 0.290 1 ATOM 17 N N . ARG 220 220 ? A 24.114 15.432 13.428 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 18 C CA . ARG 220 220 ? A 23.571 14.386 14.281 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 19 C C . ARG 220 220 ? A 22.059 14.415 14.413 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 20 O O . ARG 220 220 ? A 21.428 13.389 14.628 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 21 C CB . ARG 220 220 ? A 24.172 14.556 15.697 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 22 C CG . ARG 220 220 ? A 25.704 14.417 15.716 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 23 C CD . ARG 220 220 ? A 26.176 13.015 15.329 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 24 N NE . ARG 220 220 ? A 27.654 13.051 15.310 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 25 C CZ . ARG 220 220 ? A 28.479 12.834 16.335 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 26 N NH1 . ARG 220 220 ? A 28.013 12.648 17.567 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 27 N NH2 . ARG 220 220 ? A 29.785 12.822 16.093 1 1 B ARG 0.310 1 ATOM 28 N N . LEU 221 221 ? A 21.441 15.602 14.269 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 29 C CA . LEU 221 221 ? A 20.001 15.738 14.407 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 30 C C . LEU 221 221 ? A 19.292 15.856 13.074 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 31 O O . LEU 221 221 ? A 18.076 15.720 13.012 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 32 C CB . LEU 221 221 ? A 19.663 17.008 15.226 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 33 C CG . LEU 221 221 ? A 20.202 17.005 16.669 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 34 C CD1 . LEU 221 221 ? A 19.858 18.333 17.359 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 35 C CD2 . LEU 221 221 ? A 19.648 15.824 17.481 1 1 B LEU 0.180 1 ATOM 36 N N . GLY 222 222 ? A 20.031 16.079 11.965 1 1 B GLY 0.270 1 ATOM 37 C CA . GLY 222 222 ? A 19.428 16.204 10.642 1 1 B GLY 0.270 1 ATOM 38 C C . GLY 222 222 ? A 18.844 17.557 10.319 1 1 B GLY 0.270 1 ATOM 39 O O . GLY 222 222 ? A 17.660 17.667 10.047 1 1 B GLY 0.270 1 ATOM 40 N N . ASP 223 223 ? A 19.672 18.615 10.363 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 41 C CA . ASP 223 223 ? A 19.282 19.957 9.971 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 42 C C . ASP 223 223 ? A 18.087 20.527 10.724 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 43 O O . ASP 223 223 ? A 17.006 20.754 10.191 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 44 C CB . ASP 223 223 ? A 19.196 20.114 8.436 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 45 C CG . ASP 223 223 ? A 20.544 19.799 7.806 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 46 O OD1 . ASP 223 223 ? A 21.576 20.057 8.486 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 47 O OD2 . ASP 223 223 ? A 20.559 19.286 6.659 1 1 B ASP 0.260 1 ATOM 48 N N . ARG 224 224 ? A 18.260 20.822 12.037 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 49 C CA . ARG 224 224 ? A 17.232 21.505 12.822 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 50 C C . ARG 224 224 ? A 16.924 22.936 12.360 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 51 O O . ARG 224 224 ? A 16.037 23.600 12.889 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 52 C CB . ARG 224 224 ? A 17.557 21.524 14.344 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 53 C CG . ARG 224 224 ? A 18.702 22.465 14.779 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 54 C CD . ARG 224 224 ? A 18.982 22.411 16.286 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 55 N NE . ARG 224 224 ? A 20.092 23.382 16.585 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 56 C CZ . ARG 224 224 ? A 21.402 23.117 16.478 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 57 N NH1 . ARG 224 224 ? A 21.840 21.938 16.047 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 58 N NH2 . ARG 224 224 ? A 22.294 24.050 16.804 1 1 B ARG 0.380 1 ATOM 59 N N . VAL 225 225 ? A 17.676 23.429 11.358 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 60 C CA . VAL 225 225 ? A 17.440 24.651 10.622 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 61 C C . VAL 225 225 ? A 17.400 24.247 9.172 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 62 O O . VAL 225 225 ? A 18.300 23.566 8.685 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 63 C CB . VAL 225 225 ? A 18.535 25.698 10.789 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 64 C CG1 . VAL 225 225 ? A 18.176 26.961 9.975 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 65 C CG2 . VAL 225 225 ? A 18.647 26.017 12.288 1 1 B VAL 0.140 1 ATOM 66 N N . LEU 226 226 ? A 16.355 24.661 8.443 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 67 C CA . LEU 226 226 ? A 16.140 24.289 7.071 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 68 C C . LEU 226 226 ? A 16.166 25.567 6.266 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 69 O O . LEU 226 226 ? A 15.341 26.464 6.460 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 70 C CB . LEU 226 226 ? A 14.772 23.575 6.956 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 71 C CG . LEU 226 226 ? A 14.335 23.141 5.545 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 72 C CD1 . LEU 226 226 ? A 15.311 22.132 4.921 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 73 C CD2 . LEU 226 226 ? A 12.915 22.556 5.615 1 1 B LEU 0.200 1 ATOM 74 N N . VAL 227 227 ? A 17.154 25.716 5.360 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 75 C CA . VAL 227 227 ? A 17.225 26.823 4.418 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 76 C C . VAL 227 227 ? A 16.057 26.761 3.449 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 77 O O . VAL 227 227 ? A 15.664 25.689 2.995 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 78 C CB . VAL 227 227 ? A 18.569 26.863 3.694 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 79 C CG1 . VAL 227 227 ? A 18.643 27.961 2.608 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 80 C CG2 . VAL 227 227 ? A 19.655 27.109 4.759 1 1 B VAL 0.190 1 ATOM 81 N N . GLY 228 228 ? A 15.442 27.923 3.141 1 1 B GLY 0.200 1 ATOM 82 C CA . GLY 228 228 ? A 14.332 28.016 2.201 1 1 B GLY 0.200 1 ATOM 83 C C . GLY 228 228 ? A 14.625 27.476 0.828 1 1 B GLY 0.200 1 ATOM 84 O O . GLY 228 228 ? A 15.678 27.737 0.253 1 1 B GLY 0.200 1 ATOM 85 N N . GLY 229 229 ? A 13.665 26.736 0.238 1 1 B GLY 0.250 1 ATOM 86 C CA . GLY 229 229 ? A 13.775 26.296 -1.145 1 1 B GLY 0.250 1 ATOM 87 C C . GLY 229 229 ? A 13.762 27.449 -2.108 1 1 B GLY 0.250 1 ATOM 88 O O . GLY 229 229 ? A 12.887 28.314 -2.048 1 1 B GLY 0.250 1 ATOM 89 N N . THR 230 230 ? A 14.733 27.483 -3.032 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 90 C CA . THR 230 230 ? A 14.855 28.511 -4.049 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 91 C C . THR 230 230 ? A 13.686 28.493 -5.005 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 92 O O . THR 230 230 ? A 13.140 27.439 -5.331 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 93 C CB . THR 230 230 ? A 16.161 28.446 -4.840 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 94 O OG1 . THR 230 230 ? A 16.363 27.180 -5.450 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 95 C CG2 . THR 230 230 ? A 17.343 28.650 -3.883 1 1 B THR 0.590 1 ATOM 96 N N . LYS 231 231 ? A 13.240 29.671 -5.471 1 1 B LYS 0.690 1 ATOM 97 C CA . LYS 231 231 ? A 12.191 29.731 -6.458 1 1 B LYS 0.690 1 ATOM 98 C C . LYS 231 231 ? A 12.592 30.668 -7.549 1 1 B LYS 0.690 1 ATOM 99 O O . LYS 231 231 ? 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VAL 235 235 ? A 14.515 41.351 -11.537 1 1 B VAL 0.840 1 ATOM 128 C CG1 . VAL 235 235 ? A 14.547 42.720 -10.822 1 1 B VAL 0.840 1 ATOM 129 C CG2 . VAL 235 235 ? A 15.415 40.340 -10.795 1 1 B VAL 0.840 1 ATOM 130 N N . ARG 236 236 ? A 11.308 42.476 -11.552 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 131 C CA . ARG 236 236 ? A 10.377 43.437 -12.095 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 132 C C . ARG 236 236 ? A 10.527 44.816 -11.478 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 133 O O . ARG 236 236 ? A 10.034 45.794 -12.028 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 134 C CB . ARG 236 236 ? A 8.936 42.926 -11.862 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 135 C CG . ARG 236 236 ? A 8.596 41.593 -12.561 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 136 C CD . ARG 236 236 ? A 8.668 41.673 -14.081 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 137 N NE . ARG 236 236 ? A 8.330 40.342 -14.663 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 138 C CZ . ARG 236 236 ? A 8.472 40.041 -15.952 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 139 N NH1 . ARG 236 236 ? A 8.908 40.946 -16.824 1 1 B ARG 0.780 1 ATOM 140 N NH2 . ARG 236 236 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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