data_SMR-a19bf08726b948619a9e86e0ad16460a_11 _entry.id SMR-a19bf08726b948619a9e86e0ad16460a_11 _struct.entry_id SMR-a19bf08726b948619a9e86e0ad16460a_11 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q01056/ LTP_SHV21, Large tegument protein deneddylase Estimated model accuracy of this model is 0.462, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q01056' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-08.5 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 324961.872 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP LTP_SHV21 Q01056 1 ;MDIHPLFKKLNLEGIASTHQADEKYGQYAGSQCLSNCVMFLVSSYYNDETPVTSLHGLNEILKYGAKIDF ILRRSGQLGHNQYAQLHHIPGYIAGPKWACFIYQSIEMFGMLGHESPINEPFVASLKSLLSKNYNTTVQY FLAICNSKSMGILIKDKKIFIFDPHSCPLVPNSPAHVFSTSNVNDAIEYLSPPNVQYTGSFLYFVPKEYI GHSHYIMNHYRVINYEKLHGPNIDLTSQEGLIIEISPPNTPKPTSTQKPPKTPRTPKPATPKAPKTPRKP KTPKESTIPYDKSKKPPKIPKTSKKSKKVLTKDTALTPQHKTIEEHLRELLPPITETVEDNTLFNHPVER TTPGTDSLLSGINSTTKREDDLEDDDNVTSKLKEDEDDWIDDIPIPEVLDTETTHSDQETIYMIGDENIH DWSYSDDDIDDTLDISFIQLDNLITSLDNIPKNNTFPRIIDKTSNQPIKEGKALHSIDRILKNIVLEHGL ITSSSISISKCKSLLQFVILWGEKLSIPTRDLKTILKTELIITEIAEIALTKLTNDTFRNNVITKLNKCM LKLKSESVDSYKHLSALLNNIILKIQTIDTEIELKTLSTVFTSELGKDFSVVCTKKESETIMAAIKNLKE KISTRKQELHTEENYFQSVLIAMETFQPIPLPTRVIEIQPSKKAQQLHEKSKLVEQKLTIDANNVLTDLL HTMKQDKTDISPAPDFTTVLKNIQSTLQLLQTCVTDLNIDKKFISNTVQQLSYIGWEVAELSHSQWNFPK ADPVIPLKILDDIKKEIQQVTTKQKNEETLSKILADVQTLLENAKQSDTLSIPILQHYITKAGTLVGERE NQKFESLKNTVQKLSTSEEFLKTLIDSTTLENVQLQIQEISDILQSNQYIHQSETIKQAFFDKSNTIINN ILQLINQQKYTTVTQPMLIAVKRFLSEAKFRESNTICEIISTLVSLGSLLSKSTTVEALKDALKSIDTLK EKLTAVDRPLKRELYNVIRKLQKQLKTLLEQQEFDNWKMEVDSFVPTPSRDVKTFIQNAPSMKAKQYAKK ALKDQIQAMEIDVDPESVIEDNIKANGQKAWQKIQSAFQDLNFSILIPDDWLSLAKEYTRPKSTLFTVIG PILLKFVEEVLESVKNLKEAKLKSLLPNGPVFTPPKFDWIHYYESNVNFHLKTINLPKVSTVAHNIGHEL SLLSQALNSKTLPEAVVGTSLEQHAAKFSCMFKTLEATWHDHQVDTRTKIDEYIEDLRNDTKKHIVAPQI QSPNRFLSPEDIQEINSLPKLFRDSLLENESRLLASQKNEFQMLENTVKAAELQYKATQEDIISNMSEAI NSLLPLAPAYILAIPTIPTDPLKYVENIIQDKRLLNTEPYQITIECLNWLNTACKTLLSICPKSQKQRLV VLDQSINTHLNITQQFYNLEKTANTTDDLSVLQNAISTLDLKRVQGGKATVDSWQSKLQQMKAMLDNISK SAQTLASLDILWGTALTSVSTAHLGELLQKADPLQKDIESLSSTNTDLLSRVTELIHFIKFKRGFLSYYE EGQKEVFQRYPLTQNIRPSQPTEINNLLRLALFVLLKNKDASAWIWTETLPLVDSNKLAYVPPNKGPLYT CSQYLKLLEAQLLDPSLSKVILSDNRPLAGIAQARLGIDSTVLLARAFPDIQKHAEEVLTAYKNSIVSHT QNEFMAMTIVCHMIKIIMNDFYPQNFNINTVPIYVNHTKLLQIILTMWPRLIKASLCQQSFQEATSLLQT TLKPLFLKITDLTLENNIYNPASHCSDALLFFPQKWKSINIQSIMWEHPSFLAICKNKSRARITFLALAF KIIDPTILNQLWTSLNPANTSDSTSYSLLLNHLVATEFDKNVPSTFLEPGNPSLAYAYGTQTGNIIGTKS YVPQKSPPISVTAFEIALGALIFQVPVKLFVTDKTPVLSSPELGDMLIVSELLDCTGTTEPFKTMIEAPK SSLSTNLNKQYVSPPHELEVFSRQASWLQHILSSSNFKNNIVATIDYSTTFLNAYVVPEKLPFKQESFCF IPKIDSLQWPNNTFTTFLPLVEMPSNIELHYAKVTEPFNKTVLSTMFNVFPTHILPTQEEHDQSISSKSP TFKIEHDYNTNSVYNNHINNINLTNNSTYHQYKDVLPQPLADKLSYEPKDLQNLASTTEPQIEDIFSELS IKETDNTAKAPLLYPQKQPKTKKFLSPVHTKHKTSNSIIFEENTTVKVQPNTCIQHSDLHKDTNTPRQQI SNAPCFIPNHKVPVIIKPSQEKLKANTVHTNTDDLSPKKPQILIANNNNIFKQSDKQHKHQYTQISKPKI FINQDSNNPIKQPHHNPPQPLIKPTDPQQLTLSNDIISSDQTTKNLNVQRKPIIVIPNNNYALNQVQKLS NLPSIKTKPYITLKDIQSNSKTLYDESPITIPILEHLDIEPIVSISYLEKRVDETKFIILEFIKHTKQNI IKTTNLLIHQIMKIKTLYL ; 'Large tegument protein deneddylase' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2469 1 2469 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . LTP_SHV21 Q01056 . 1 2469 10383 'Saimiriine herpesvirus 2 (strain 11) (SaHV-2) (Herpesvirus saimiri)' 1993-04-01 D2B4B8DC08644CDB . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MDIHPLFKKLNLEGIASTHQADEKYGQYAGSQCLSNCVMFLVSSYYNDETPVTSLHGLNEILKYGAKIDF ILRRSGQLGHNQYAQLHHIPGYIAGPKWACFIYQSIEMFGMLGHESPINEPFVASLKSLLSKNYNTTVQY FLAICNSKSMGILIKDKKIFIFDPHSCPLVPNSPAHVFSTSNVNDAIEYLSPPNVQYTGSFLYFVPKEYI GHSHYIMNHYRVINYEKLHGPNIDLTSQEGLIIEISPPNTPKPTSTQKPPKTPRTPKPATPKAPKTPRKP KTPKESTIPYDKSKKPPKIPKTSKKSKKVLTKDTALTPQHKTIEEHLRELLPPITETVEDNTLFNHPVER TTPGTDSLLSGINSTTKREDDLEDDDNVTSKLKEDEDDWIDDIPIPEVLDTETTHSDQETIYMIGDENIH DWSYSDDDIDDTLDISFIQLDNLITSLDNIPKNNTFPRIIDKTSNQPIKEGKALHSIDRILKNIVLEHGL ITSSSISISKCKSLLQFVILWGEKLSIPTRDLKTILKTELIITEIAEIALTKLTNDTFRNNVITKLNKCM LKLKSESVDSYKHLSALLNNIILKIQTIDTEIELKTLSTVFTSELGKDFSVVCTKKESETIMAAIKNLKE KISTRKQELHTEENYFQSVLIAMETFQPIPLPTRVIEIQPSKKAQQLHEKSKLVEQKLTIDANNVLTDLL HTMKQDKTDISPAPDFTTVLKNIQSTLQLLQTCVTDLNIDKKFISNTVQQLSYIGWEVAELSHSQWNFPK ADPVIPLKILDDIKKEIQQVTTKQKNEETLSKILADVQTLLENAKQSDTLSIPILQHYITKAGTLVGERE NQKFESLKNTVQKLSTSEEFLKTLIDSTTLENVQLQIQEISDILQSNQYIHQSETIKQAFFDKSNTIINN ILQLINQQKYTTVTQPMLIAVKRFLSEAKFRESNTICEIISTLVSLGSLLSKSTTVEALKDALKSIDTLK EKLTAVDRPLKRELYNVIRKLQKQLKTLLEQQEFDNWKMEVDSFVPTPSRDVKTFIQNAPSMKAKQYAKK ALKDQIQAMEIDVDPESVIEDNIKANGQKAWQKIQSAFQDLNFSILIPDDWLSLAKEYTRPKSTLFTVIG PILLKFVEEVLESVKNLKEAKLKSLLPNGPVFTPPKFDWIHYYESNVNFHLKTINLPKVSTVAHNIGHEL SLLSQALNSKTLPEAVVGTSLEQHAAKFSCMFKTLEATWHDHQVDTRTKIDEYIEDLRNDTKKHIVAPQI QSPNRFLSPEDIQEINSLPKLFRDSLLENESRLLASQKNEFQMLENTVKAAELQYKATQEDIISNMSEAI NSLLPLAPAYILAIPTIPTDPLKYVENIIQDKRLLNTEPYQITIECLNWLNTACKTLLSICPKSQKQRLV VLDQSINTHLNITQQFYNLEKTANTTDDLSVLQNAISTLDLKRVQGGKATVDSWQSKLQQMKAMLDNISK SAQTLASLDILWGTALTSVSTAHLGELLQKADPLQKDIESLSSTNTDLLSRVTELIHFIKFKRGFLSYYE EGQKEVFQRYPLTQNIRPSQPTEINNLLRLALFVLLKNKDASAWIWTETLPLVDSNKLAYVPPNKGPLYT CSQYLKLLEAQLLDPSLSKVILSDNRPLAGIAQARLGIDSTVLLARAFPDIQKHAEEVLTAYKNSIVSHT QNEFMAMTIVCHMIKIIMNDFYPQNFNINTVPIYVNHTKLLQIILTMWPRLIKASLCQQSFQEATSLLQT TLKPLFLKITDLTLENNIYNPASHCSDALLFFPQKWKSINIQSIMWEHPSFLAICKNKSRARITFLALAF KIIDPTILNQLWTSLNPANTSDSTSYSLLLNHLVATEFDKNVPSTFLEPGNPSLAYAYGTQTGNIIGTKS YVPQKSPPISVTAFEIALGALIFQVPVKLFVTDKTPVLSSPELGDMLIVSELLDCTGTTEPFKTMIEAPK SSLSTNLNKQYVSPPHELEVFSRQASWLQHILSSSNFKNNIVATIDYSTTFLNAYVVPEKLPFKQESFCF IPKIDSLQWPNNTFTTFLPLVEMPSNIELHYAKVTEPFNKTVLSTMFNVFPTHILPTQEEHDQSISSKSP TFKIEHDYNTNSVYNNHINNINLTNNSTYHQYKDVLPQPLADKLSYEPKDLQNLASTTEPQIEDIFSELS IKETDNTAKAPLLYPQKQPKTKKFLSPVHTKHKTSNSIIFEENTTVKVQPNTCIQHSDLHKDTNTPRQQI SNAPCFIPNHKVPVIIKPSQEKLKANTVHTNTDDLSPKKPQILIANNNNIFKQSDKQHKHQYTQISKPKI FINQDSNNPIKQPHHNPPQPLIKPTDPQQLTLSNDIISSDQTTKNLNVQRKPIIVIPNNNYALNQVQKLS NLPSIKTKPYITLKDIQSNSKTLYDESPITIPILEHLDIEPIVSISYLEKRVDETKFIILEFIKHTKQNI IKTTNLLIHQIMKIKTLYL ; ;MDIHPLFKKLNLEGIASTHQADEKYGQYAGSQCLSNCVMFLVSSYYNDETPVTSLHGLNEILKYGAKIDF ILRRSGQLGHNQYAQLHHIPGYIAGPKWACFIYQSIEMFGMLGHESPINEPFVASLKSLLSKNYNTTVQY FLAICNSKSMGILIKDKKIFIFDPHSCPLVPNSPAHVFSTSNVNDAIEYLSPPNVQYTGSFLYFVPKEYI GHSHYIMNHYRVINYEKLHGPNIDLTSQEGLIIEISPPNTPKPTSTQKPPKTPRTPKPATPKAPKTPRKP KTPKESTIPYDKSKKPPKIPKTSKKSKKVLTKDTALTPQHKTIEEHLRELLPPITETVEDNTLFNHPVER TTPGTDSLLSGINSTTKREDDLEDDDNVTSKLKEDEDDWIDDIPIPEVLDTETTHSDQETIYMIGDENIH DWSYSDDDIDDTLDISFIQLDNLITSLDNIPKNNTFPRIIDKTSNQPIKEGKALHSIDRILKNIVLEHGL ITSSSISISKCKSLLQFVILWGEKLSIPTRDLKTILKTELIITEIAEIALTKLTNDTFRNNVITKLNKCM LKLKSESVDSYKHLSALLNNIILKIQTIDTEIELKTLSTVFTSELGKDFSVVCTKKESETIMAAIKNLKE KISTRKQELHTEENYFQSVLIAMETFQPIPLPTRVIEIQPSKKAQQLHEKSKLVEQKLTIDANNVLTDLL HTMKQDKTDISPAPDFTTVLKNIQSTLQLLQTCVTDLNIDKKFISNTVQQLSYIGWEVAELSHSQWNFPK ADPVIPLKILDDIKKEIQQVTTKQKNEETLSKILADVQTLLENAKQSDTLSIPILQHYITKAGTLVGERE NQKFESLKNTVQKLSTSEEFLKTLIDSTTLENVQLQIQEISDILQSNQYIHQSETIKQAFFDKSNTIINN ILQLINQQKYTTVTQPMLIAVKRFLSEAKFRESNTICEIISTLVSLGSLLSKSTTVEALKDALKSIDTLK 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A 1 2329 GLN 2329 ? ? ? D . A 1 2330 PRO 2330 ? ? ? D . A 1 2331 LEU 2331 ? ? ? D . A 1 2332 ILE 2332 ? ? ? D . A 1 2333 LYS 2333 ? ? ? D . A 1 2334 PRO 2334 ? ? ? D . A 1 2335 THR 2335 ? ? ? D . A 1 2336 ASP 2336 ? ? ? D . A 1 2337 PRO 2337 ? ? ? D . A 1 2338 GLN 2338 ? ? ? D . A 1 2339 GLN 2339 ? ? ? D . A 1 2340 LEU 2340 ? ? ? D . A 1 2341 THR 2341 ? ? ? D . A 1 2342 LEU 2342 ? ? ? D . A 1 2343 SER 2343 ? ? ? D . A 1 2344 ASN 2344 ? ? ? D . A 1 2345 ASP 2345 ? ? ? D . A 1 2346 ILE 2346 ? ? ? D . A 1 2347 ILE 2347 ? ? ? D . A 1 2348 SER 2348 ? ? ? D . A 1 2349 SER 2349 ? ? ? D . A 1 2350 ASP 2350 ? ? ? D . A 1 2351 GLN 2351 ? ? ? D . A 1 2352 THR 2352 ? ? ? D . A 1 2353 THR 2353 ? ? ? D . A 1 2354 LYS 2354 ? ? ? D . A 1 2355 ASN 2355 ? ? ? D . A 1 2356 LEU 2356 ? ? ? D . A 1 2357 ASN 2357 ? ? ? D . A 1 2358 VAL 2358 ? ? ? D . A 1 2359 GLN 2359 ? ? ? D . A 1 2360 ARG 2360 ? ? ? D . A 1 2361 LYS 2361 ? ? ? D . A 1 2362 PRO 2362 ? ? ? D . A 1 2363 ILE 2363 ? ? ? D . A 1 2364 ILE 2364 ? ? ? D . A 1 2365 VAL 2365 ? ? ? D . A 1 2366 ILE 2366 ? ? ? D . A 1 2367 PRO 2367 ? ? ? D . A 1 2368 ASN 2368 ? ? ? D . A 1 2369 ASN 2369 ? ? ? D . A 1 2370 ASN 2370 ? ? ? D . A 1 2371 TYR 2371 ? ? ? D . A 1 2372 ALA 2372 ? ? ? D . A 1 2373 LEU 2373 ? ? ? D . A 1 2374 ASN 2374 ? ? ? D . A 1 2375 GLN 2375 ? ? ? D . A 1 2376 VAL 2376 ? ? ? D . A 1 2377 GLN 2377 ? ? ? D . A 1 2378 LYS 2378 ? ? ? D . A 1 2379 LEU 2379 ? ? ? D . A 1 2380 SER 2380 ? ? ? D . A 1 2381 ASN 2381 ? ? ? D . A 1 2382 LEU 2382 ? ? ? D . A 1 2383 PRO 2383 ? ? ? D . A 1 2384 SER 2384 ? ? ? D . A 1 2385 ILE 2385 ? ? ? D . A 1 2386 LYS 2386 ? ? ? D . A 1 2387 THR 2387 ? ? ? D . A 1 2388 LYS 2388 ? ? ? D . A 1 2389 PRO 2389 ? ? ? D . A 1 2390 TYR 2390 ? ? ? D . A 1 2391 ILE 2391 ? ? ? D . A 1 2392 THR 2392 ? ? ? D . A 1 2393 LEU 2393 ? ? ? D . A 1 2394 LYS 2394 ? ? ? D . A 1 2395 ASP 2395 ? ? ? D . A 1 2396 ILE 2396 ? ? ? D . A 1 2397 GLN 2397 ? ? ? D . A 1 2398 SER 2398 ? ? ? D . A 1 2399 ASN 2399 ? ? ? D . A 1 2400 SER 2400 ? ? ? D . A 1 2401 LYS 2401 ? ? ? D . A 1 2402 THR 2402 ? ? ? D . A 1 2403 LEU 2403 ? ? ? D . A 1 2404 TYR 2404 ? ? ? D . A 1 2405 ASP 2405 ? ? ? D . A 1 2406 GLU 2406 ? ? ? D . A 1 2407 SER 2407 ? ? ? D . A 1 2408 PRO 2408 ? ? ? D . A 1 2409 ILE 2409 ? ? ? D . A 1 2410 THR 2410 ? ? ? D . A 1 2411 ILE 2411 ? ? ? D . A 1 2412 PRO 2412 ? ? ? D . A 1 2413 ILE 2413 ? ? ? D . A 1 2414 LEU 2414 ? ? ? D . A 1 2415 GLU 2415 ? ? ? D . A 1 2416 HIS 2416 ? ? ? D . A 1 2417 LEU 2417 ? ? ? D . A 1 2418 ASP 2418 ? ? ? D . A 1 2419 ILE 2419 ? ? ? D . A 1 2420 GLU 2420 ? ? ? D . A 1 2421 PRO 2421 ? ? ? D . A 1 2422 ILE 2422 ? ? ? D . A 1 2423 VAL 2423 ? ? ? D . A 1 2424 SER 2424 ? ? ? D . A 1 2425 ILE 2425 ? ? ? D . A 1 2426 SER 2426 ? ? ? D . A 1 2427 TYR 2427 ? ? ? D . A 1 2428 LEU 2428 ? ? ? D . A 1 2429 GLU 2429 ? ? ? D . A 1 2430 LYS 2430 2430 LYS LYS D . A 1 2431 ARG 2431 2431 ARG ARG D . A 1 2432 VAL 2432 2432 VAL VAL D . A 1 2433 ASP 2433 2433 ASP ASP D . A 1 2434 GLU 2434 2434 GLU GLU D . A 1 2435 THR 2435 2435 THR THR D . A 1 2436 LYS 2436 2436 LYS LYS D . A 1 2437 PHE 2437 2437 PHE PHE D . A 1 2438 ILE 2438 2438 ILE ILE D . A 1 2439 ILE 2439 2439 ILE ILE D . A 1 2440 LEU 2440 2440 LEU LEU D . A 1 2441 GLU 2441 2441 GLU GLU D . A 1 2442 PHE 2442 2442 PHE PHE D . A 1 2443 ILE 2443 2443 ILE ILE D . A 1 2444 LYS 2444 2444 LYS LYS D . A 1 2445 HIS 2445 2445 HIS HIS D . A 1 2446 THR 2446 2446 THR THR D . A 1 2447 LYS 2447 2447 LYS LYS D . A 1 2448 GLN 2448 2448 GLN GLN D . A 1 2449 ASN 2449 2449 ASN ASN D . A 1 2450 ILE 2450 2450 ILE ILE D . A 1 2451 ILE 2451 2451 ILE ILE D . A 1 2452 LYS 2452 2452 LYS LYS D . A 1 2453 THR 2453 2453 THR THR D . A 1 2454 THR 2454 2454 THR THR D . A 1 2455 ASN 2455 2455 ASN ASN D . A 1 2456 LEU 2456 2456 LEU LEU D . A 1 2457 LEU 2457 2457 LEU LEU D . A 1 2458 ILE 2458 2458 ILE ILE D . A 1 2459 HIS 2459 2459 HIS HIS D . A 1 2460 GLN 2460 2460 GLN GLN D . A 1 2461 ILE 2461 2461 ILE ILE D . A 1 2462 MET 2462 2462 MET MET D . A 1 2463 LYS 2463 2463 LYS LYS D . A 1 2464 ILE 2464 2464 ILE ILE D . A 1 2465 LYS 2465 2465 LYS LYS D . A 1 2466 THR 2466 2466 THR THR D . A 1 2467 LEU 2467 2467 LEU LEU D . A 1 2468 TYR 2468 2468 TYR TYR D . A 1 2469 LEU 2469 2469 LEU LEU D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Large tegument protein deneddylase {PDB ID=6ppb, label_asym_id=D, auth_asym_id=n, SMTL ID=6ppb.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6ppb, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 11' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-09-10 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-09-05 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 3 1 n # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MAAQPLYMEGMASTHQANCIFGEHAGSQCLSNCVMYLASSYYNSETPLVDRASLDDVLEQGMRLDLLLRK SGMLGFRQYAQLHHIPGFLRTDDWATKIFQSPEFYGLIGQDAAIREPFIESLRSVLSRNYAGTVQYLIII CQSKAGAIVVKDKTYYMFDPHCIPNIPNSPAHVIKTNDVGVLLPYIATHDTEYTGCFLYFIPHDYISPEH YIANHYRTIVFEELHGPRMDISRGVESCSITEITSPSVSPAPSEAPLRRDSTQSQDETRPRRPRVVIPPY DPTDRPRPPHQDRPPEQAAGYGGNKGRGGNKGRGGKTGRGGNEGRGGHQPPDEHQPPHITAEHMDQSDGQ GADGDMDSTPANGETSVTETPGPEPNPPARPDREPPPTPPATPGATALLSDLTATRGQKRKFSSLKESYP IDSPPSDDDDVSQPSQQTAPDTEDIWIDDPLTPLYPLTDTPSFDITADVTPDNTHPEKAADGDFTNKTTS TDADRYASASQESLGTLVSPYDFTNLDTLLAELGRLGTAQPIPVIVDRLTSRPFREASALQAMDRILTHV VLEYGLVSGYSTAAPSKCTHVLQFFILWGEKLGIPTEDAKTLLESALEIPAMCEIVQQGRLKEPTFSRHI ISKLNPCLESLHATSRQDFKSLIQAFNAEGIRIASRERETSMAELIETITARLKPNFNIVCARQDAQTIQ DGVGLLRAEVNKRNAQIAQEAAYFENIITALSTFQPPPQSQQTFEVLPDLKLRTLVEHLTLVEAQVTTQT VESLQAYLQSAATAEHHLTNVPNVHSILSNISNTLKVIDYVIPKFIINTDTLAPYKQQFSYLGGELASMF SLDWPHAPAEAVEPLPVLTSLRGKIAEALTRQENKNAVDQILTDAEGLLKNITDPNGAHFHAQAVSIPVL ENYVHNAGVLLKGEKSERFSRLKTAIQNLVSSESFITVTLHSTNLGNLVTNVPKLGEAFTGGPHLLTSPS VRQSLSTLCTTLLRDALDALEKKDPALLGEGTTLALETLLGYGSVQDYKETVQIISSLVGIQKLVRDQGA DKWATAVTRLTDLKSTLATTAIETATKRKLYRLIQRDLKEAQKHETNRAMEEWKQKVLALDNASPERVAT LLQQAPTAKAREFAEKHFKILLPVPADAPVQASPTPMEYSASPLPDPKDIDRATSIHGEQAWKKIQQAFK DFNFAVLRPADWDALAAEYQRRGSPLPAAVGPALSGFLETILGTLNDIYMDKLRSFLPDAQPFQAPPFDW LTPYQDQVSFFLRTIGLPLVRALADKISVQALRLSHALQSGDLQQATVGTPLELPATEYARIASNMKSVF NDHGLQVRSEVADYVEAQRADAHTPHVPRPKIQAPKTLIPHPDAIVADGLPAFLKTSLLQQEAKLLALQR ADFESLESDMRAAEAQRKASREETQRKMAHAITQLLQQAPSAISGRPLSLQDPVGFLEGIIYDKVLERES YETGLEGLSWLEQTIKSITVYAPVEEKQRMHVLLDEVKKQRANTETALELEAAATHGDDARLLQRAVDEL SPLRVKGGKAAVESWRQKIQTLKSLVQEAEQAGLLLATIDTVAGQAQETISPSTLQGLYQQGQEAMAAIK RFRDSPQLAGLQEKLAELQQYVKYKKQYLEHFEATQSVVFTAFPLTQEVTIPALHYAGPFDNLERLSRYL HIGQTQPAPGQWLLTLPTFDPTRPACVPAGGHEPPLHRQVVFSSFLEAQIRLALSVAGPVPGRGLPGTPQ IRRGVEAAACFLHQWDEISRLLPEVLDTFFHNAPLPAESSSNAFLAMCVLTHLVYLAGRAVLGPREPEHA APDAYPREVALAPRDLTYLLLAMWPSWISAILKQPSHAEAAHACLVTLPTMLKAVPYLTLEASAGPLPAD MRHFATPEARLFFPARWHHVNVQEKLWLRNDFMSLCHRSPGRARIAVLVWAVTCLDPEVIRQLWSTLRPL TADESDTASGLLRVLVEMEFGPPPKTPRREAVAPGATLPPYPYGLATGERLVGQAQERSGGAGKMPVSGF EIVLGALLFRAPLRIFSTASTHRISDFEGGFQILTPLLDCCPDREPFASLAAAPRRTVPLGDPCANIHTP EEIQIFARQAAWLQYTFANYQIPSTDNPIPIVVLNANNNLENSYIPRDRKADPLRPFYVVPLKPQGRWPE IMTTATTPCRLPTSPEEAGSQFARLLQSQVSATWSDIFSRVPERLAPNATQKSSQTMSEIHEVAATPPLT ITPNKPTGTPHVSPEADPITERKRGQQPKIVADNMPSRILPSLPTPKPREPRITLPHALPVISPPAHRPS PIPHLPAPQVTEPKGVLQSKRGTLVLRPAAVIDPRKPVSAPITRYERTALQPPRTEGEGRRPPDTQPVTL TFRLPPTAPTPATAALETKTTPPSTPPHAIDISPPQTPPMSTSPHARDTSPPAEKRAAPVIRVMAPTQPS GEARVKRVEIEQGLSTRNEAPPLERSNHAVPAVTPRRTVAREIRIPPEIKAGWDTAPDIPLPHSSPESSP PTSPQPIRVDDKSPLPNLVERYARGFLDTPSVEVMSLENQDIAVDPGLLTRRIPSVVPMPHPIMWSPIVP ISLQNTDIDTAKITLISFIRRIKQKVAALSASLAETVDRIKKWYL ; ;MAAQPLYMEGMASTHQANCIFGEHAGSQCLSNCVMYLASSYYNSETPLVDRASLDDVLEQGMRLDLLLRK SGMLGFRQYAQLHHIPGFLRTDDWATKIFQSPEFYGLIGQDAAIREPFIESLRSVLSRNYAGTVQYLIII CQSKAGAIVVKDKTYYMFDPHCIPNIPNSPAHVIKTNDVGVLLPYIATHDTEYTGCFLYFIPHDYISPEH YIANHYRTIVFEELHGPRMDISRGVESCSITEITSPSVSPAPSEAPLRRDSTQSQDETRPRRPRVVIPPY DPTDRPRPPHQDRPPEQAAGYGGNKGRGGNKGRGGKTGRGGNEGRGGHQPPDEHQPPHITAEHMDQSDGQ GADGDMDSTPANGETSVTETPGPEPNPPARPDREPPPTPPATPGATALLSDLTATRGQKRKFSSLKESYP IDSPPSDDDDVSQPSQQTAPDTEDIWIDDPLTPLYPLTDTPSFDITADVTPDNTHPEKAADGDFTNKTTS TDADRYASASQESLGTLVSPYDFTNLDTLLAELGRLGTAQPIPVIVDRLTSRPFREASALQAMDRILTHV VLEYGLVSGYSTAAPSKCTHVLQFFILWGEKLGIPTEDAKTLLESALEIPAMCEIVQQGRLKEPTFSRHI ISKLNPCLESLHATSRQDFKSLIQAFNAEGIRIASRERETSMAELIETITARLKPNFNIVCARQDAQTIQ DGVGLLRAEVNKRNAQIAQEAAYFENIITALSTFQPPPQSQQTFEVLPDLKLRTLVEHLTLVEAQVTTQT VESLQAYLQSAATAEHHLTNVPNVHSILSNISNTLKVIDYVIPKFIINTDTLAPYKQQFSYLGGELASMF 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APDAYPREVALAPRDLTYLLLAMWPSWISAILKQPSHAEAAHACLVTLPTMLKAVPYLTLEASAGPLPAD MRHFATPEARLFFPARWHHVNVQEKLWLRNDFMSLCHRSPGRARIAVLVWAVTCLDPEVIRQLWSTLRPL TADESDTASGLLRVLVEMEFGPPPKTPRREAVAPGATLPPYPYGLATGERLVGQAQERSGGAGKMPVSGF EIVLGALLFRAPLRIFSTASTHRISDFEGGFQILTPLLDCCPDREPFASLAAAPRRTVPLGDPCANIHTP EEIQIFARQAAWLQYTFANYQIPSTDNPIPIVVLNANNNLENSYIPRDRKADPLRPFYVVPLKPQGRWPE IMTTATTPCRLPTSPEEAGSQFARLLQSQVSATWSDIFSRVPERLAPNATQKSSQTMSEIHEVAATPPLT ITPNKPTGTPHVSPEADPITERKRGQQPKIVADNMPSRILPSLPTPKPREPRITLPHALPVISPPAHRPS PIPHLPAPQVTEPKGVLQSKRGTLVLRPAAVIDPRKPVSAPITRYERTALQPPRTEGEGRRPPDTQPVTL TFRLPPTAPTPATAALETKTTPPSTPPHAIDISPPQTPPMSTSPHARDTSPPAEKRAAPVIRVMAPTQPS GEARVKRVEIEQGLSTRNEAPPLERSNHAVPAVTPRRTVAREIRIPPEIKAGWDTAPDIPLPHSSPESSP PTSPQPIRVDDKSPLPNLVERYARGFLDTPSVEVMSLENQDIAVDPGLLTRRIPSVVPMPHPIMWSPIVP ISLQNTDIDTAKITLISFIRRIKQKVAALSASLAETVDRIKKWYL ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 2635 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6ppb 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2469 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2692 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0 29.312 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDIHPLFKKLNLEGIASTHQADEKYGQYAGSQCLSNCVMFLVSSYYNDETPVTSLHGLNEILKYGAKIDFILRRSGQLGHNQYAQLHHIPGYIAGPKWACFIYQSIEMFGMLGHESPINEPFVASLKSLLSKNYNTTVQYFLAICNSKSMGILIKDKKIFIFDPHSCPLVPNSPAHVFSTSNVNDAIEYLSPPNVQYTGSFLYFVPKEYIGHSHYIMNHYRVINYEKLHGPNIDLTSQEG--LIIEIS-PPNTPKPTSTQKPPKTPRTPKPATPKAPKTPRKPKTPKESTIPYDKSKKPPKIPKTSK---KS-------KKV---------LTKDTALTPQHKTIEEHLRELLPPITETVED-----------------------NTLFNHPVERTTPGTDSLLSGINS--TTKRED---------------DLEDDDNVTSKLKEDEDDWIDDIPIPEVLDTETTHSD-QETIYM-------IGDENIHDWS-------YS----DDDIDDTLDISFIQLDNLITSLDNIPKNNTFPRIIDKTSNQPIKEGKALHSIDRILKNIVLEHGLITSS-SISISKCKSLLQFVILWGEKLSIPTRDLKTILKTELIITEIAEIA-LTKLTNDTFRNNVITKLNKCMLKLKSESVDSYKHLSALLNNIILKIQTIDTEIELKTLSTVFTSELGKDFSVVCTKKESETIMAAIKNLKEKISTRKQELHTEENYFQSVLIAMETFQPIPLPTRVIEIQPSKKAQQLHEKSKLVEQKLTIDANNVLTDLLHTMKQDKTDISPAPDFTTVLKNIQSTLQLLQTCVTDLNIDKKFISNTVQQLSYIGWEVAELSHSQWNFPKADPVIPLKILDDIKKEIQQVTTKQKNEETLSKILADVQTLLENAKQS-------DTLSIPILQHYITKAGTLVGERENQKFESLKNTVQKLSTSEEFLKTLIDSTTLENVQLQIQEISDILQSNQYIHQSETIKQAFFDKSNTIINNILQLINQQKYTTVTQPMLIAVKRFLSEAKFRESNTICEIISTLVSLGSLLSKSTTVEALKDALKSIDTLKEKLT--AVDRPLKRELYNVIRKLQKQLKTLLEQQEFDNWKMEVDSFVPTPSRDVKTFIQNAPSMKAKQYAKKALKDQIQAM------------EIDVD---PESVIEDNIKANGQKAWQKIQSAFQDLNFSILIPDDWLSLAKEYTRPKSTLFTVIGPILLKFVEEVLESVKNLKEAKLKSLLPNGPVFTPPKFDWIHYYESNVNFHLKTINLPKVSTVAHNIGHELSLLSQALNSKTLPEAVVGTSLEQHAAKFSCMFKTLEATWHDHQVDTRTKIDEYIEDLRNDTKK-HIVAPQIQSPNRFLSPEDIQEINSLPKLFRDSLLENESRLLASQKNEFQMLENTVKAAELQYKATQEDIISNMSEAINSLLPLAPAYILAIPTIPTDPLKYVENIIQDKRLLNTEPYQITIECLNWLNTACKTLLSICPKSQKQRLVVLDQSINTHLNITQQFYNLEKTANTTDDLSVLQNAISTLDLKRVQGGKATVDSWQSKLQQMKAMLDNISKSAQTLASLDILWGTALTSVSTAHLGELLQKADPLQKDIE--SLSSTNTDLLSRVTELIHFIKFKRGFLSYYEEGQKEVFQRYPLTQNIRPS---QPTEINNLLRLALFVLLKNKDASAWIWTETLPLVDSNKLAYVPPNK-GP-LYTCSQYLKLLEAQLLDPSLSKVILSDNRPLAGIAQARLGIDSTVLLARAFPDIQKHAEEVLTAYKNSIV---SHTQNEFMAMTIVCHMIKIIMNDFYPQN------FNINTVPIYVNHTKLLQIILTMWPRLIKASLCQQSFQEATSLLQTTLKPLFLKITDLTLENNIYNPA------SHCSDALLFFPQKWKSINIQSIMWEHPSFLAICKN-KSRARITFLALAFKIIDPTILNQLWTSLNPANTSDSTSYSLLLNHLVATEFDKNVPSTFLEP---GNPSLAYAYGTQTGNIIGTKSYVPQKSP-PISVTAFEIALGALIFQVPVKLFVTDKTPVLSSPELGDMLIVSELLDCTGTTEPFKTMIEAPKSSLSTNLNKQYVSPPHELEVFSRQASWLQHILSSSNFK----NNIVATIDYSTTFLNAYVVPEKLPFKQESFCFIPKIDSLQWPNNTFTTFLPLV--EMPSNIELHYAKVTEPFNKTVLSTMFNVFPTHILPTQEEHDQS---------------ISSKSPT----FKIEHDYNTNSVYNNHINNINLTNNSTYHQYKDVLPQPLADKLSYEPKDLQNLASTTEPQIEDIFSELSIKETDNTAKAPLLYPQKQPKTKKFLSPVHTKHKTSNSIIFEENTTVKVQPNTCIQ-----HSDLHK-DTN--------------TPRQQISNAPCFIPNHKVPVIIKPSQEKLKANTVHTNTDDLSPKKPQILIANNNNIFKQSDKQHKHQYTQISKPKIFINQ-DSNNPIKQPHHN---------------P-PQPLIKPTDPQQLTL----SNDIISSDQTTKNLNVQRKPIIVIPNN---NYALN-----QVQKLSNL--------------PSIKTKPYITLKDIQSNSKTLYDESPITIPILEHLDIEPIVSISYLEKRVDETKFIILEFIKHTKQNIIKTTNLLIHQIMKIKTLYL 2 1 2 MAAQP----LYMEGMASTHQANCIFGEHAGSQCLSNCVMYLASSYYNSETPLVDRASLDDVLEQGMRLDLLLRKSGMLGFRQYAQLHHIPGFLRTDDWATKIFQSPEFYGLIGQDAAIREPFIESLRSVLSRNYAGTVQYLIIICQSKAGAIVVKDKTYYMFDPHCIPNIPNSPAHVIKTNDVGVLLPYIATHDTEYTGCFLYFIPHDYISPEHYIANHYRTIVFEELHGPRMDISRGVESCSITEITSPSVSPAPSEAPLRRDSTQSQDETRPRRPRVVIPPYDPTDRPRPPHQDRPPEQAAGYGGNKGRGGNKGRGGKTGRGGNEGRGGHQPPDEHQP-PHITAEHMDQSDGQGADGDMDSTPANGETSVTETPGPEPNPPARPDREPPPTPPATPGATALLSDLTATRGQKRKFSSLKESYPIDSPPSDDDDVSQPSQQTAPDTEDIWIDDPLTPLYPLTDTPSFDITADVTPDNTHPEKAADGDFTNKTTSTDADRYASASQESLGTLVSPYDFTNLDTLLAELGRLGTAQPIPVIVDRLTSRPFREASALQAMDRILTHVVLEYGLVSGYSTAAPSKCTHVLQFFILWGEKLGIPTEDAKTLLESALEIPAMCEIVQQGRLKEPTFSRHIISKLNPCLESLHATSRQDFKSLIQAFNAEGIRIASRERETSMAELIETITARLKPNFNIVCARQDAQTIQDGVGLLRAEVNKRNAQIAQEAAYFENIITALSTFQPPPQSQQTFEVLPDLKLRTLVEHLTLVEAQVTTQTVESLQAYLQSAATAEHHLTNVPNVHSILSNISNTLKVIDYVIPKFIINTDTLAPYKQQFSYLGGELASMFSLDWPHAPAEAVEPLPVLTSLRGKIAEALTRQENKNAVDQILTDAEGLLKNITDPNGAHFHAQAVSIPVLENYVHNAGVLLKGEKSERFSRLKTAIQNLVSSESFITVTLHSTNLGNLVTNVPKLGEAFTGGPHLLTSPSVRQSLSTLCTTLLRDALDALEKKDPALLGEGTTLALETLLGYGSVQDYKETVQIISSLVGIQKLVRDQGAD-KWATAVTRLTDLKSTLATTAIETATKRKLYRLIQRDLKEAQKHETNRAMEEWKQKVLALDNASPERVATLLQQAPTAKAREFAEKHFKILLPVPADAPVQASPTPMEYSASPLPDPKDIDRATSIHGEQAWKKIQQAFKDFNFAVLRPADWDALAAEYQRRGSPLPAAVGPALSGFLETILGTLNDIYMDKLRSFLPDAQPFQAPPFDWLTPYQDQVSFFLRTIGLPLVRALADKISVQALRLSHALQSGDLQQATVGTPLELPATEYARIASNMKSVFNDHGLQVRSEVADYVEAQRADAHTPHVPRPKIQAPKTLIPHPDAIVADGLPAFLKTSLLQQEAKLLALQRADFESLESDMRAAEAQRKASREETQRKMAHAITQLLQQAPSAISGRPLSLQDPVGFLEGIIYDK-VLERESYETGLEGLSWLEQTIKSITVYAPVEEKQRMHVLLDEVKKQRANTETALELEAAATHGDDARLLQRAVDELSPLRVKGGKAAVESWRQKIQTLKSLVQEAEQAGLLLATIDTVAGQAQETISPSTLQGLYQQGQEAMAAIKRFRDSPQLAGLQEKLAELQQYVKYKKQYLEHFEATQSVVFTAFPLTQEVTIPALHYAGPFDNLERLSRYLHIGQTQPAPGQWLLTLPTFDPTRPACVPAGGHEPPLHRQVVFSSFLEAQIRLALSVAGPVPG-RGLPGTPQIRRGVEAAACFLHQWDEISRLLPEVLDTFFHNAPLPAESSSNAFLAMCVLTHLVYLAGRAVLGPREPEHAAPDAYPREVALAPRDLTYLLLAMWPSWISAILKQPSHAEAAHACLVTLPTMLKAVPYLTLEAS-AGPLPADMRHFATPEARLFFPARWHHVNVQEKLWLRNDFMSLCHRSPGRARIAVLVWAVTCLDPEVIRQLWSTLRPLTADESDTASGLLRVLVEMEFGPPPKTPRREAVAPGATLPPYPYGLATGERLVGQAQERSGGAGKMPVSGFEIVLGALLFRAPLRIFSTASTHRI-SDFEGGFQILTPLLDCCPDREPFASLAAAPRRTVPLGDPCANIHTPEEIQIFARQAAWLQYTFANYQIPSTDNPIPIVVLNANNNLENSYIPRDRKADPLRPFYVVPLKPQGRWPEIMTTATTPCRLPTSPEEAGSQFARLLQSQVSATWSDIFSRVPERLAPNATQKSSQTMSEIHEVAATPPLTITPNKPTGTPHVSPEADPITERKR-GQQPKIVAD-----NMPSRILPSL--PTPKPREP-----RITL-PHA-----------------LPVISPPA-HRPSPIPHLPAPQVTEPKGVLQSKRGTLVLRPAAVIDPRKPVSAPITRYERTALQPPRTEGEGRRPPDTQPVTLTFRLPPTAPTPATAAL--------ETKTTP--P--STPPHAIDISPPQT-PPMSTSPHARDTSPPAEKRAAPVIRVMAPTQPSGEARVKRVEIEQGLSTRNEAPPLERSNHAVPAVTPRRTVAREIRIPPE-IKAGWDTAPDIPLPHSSPESSPPTSPQPIRVDDKSPLPNLVERYARGFLDTPSVEV-MSLENQDIAVDPGLLTRRIPSVVPMPHPIMWSPIVPISLQNTDIDTAKITLISFIRRIKQKVAALSASLAETVDRIKKWYL # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6ppb.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 11' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 2430 2430 ? A 112.143 189.846 152.213 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 2 C CA . LYS 2430 2430 ? A 111.812 190.518 153.517 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 3 C C . LYS 2430 2430 ? A 110.909 191.748 153.445 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 4 O O . LYS 2430 2430 ? A 110.036 191.910 154.275 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 5 C CB . LYS 2430 2430 ? A 113.112 190.772 154.327 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 6 C CG . LYS 2430 2430 ? A 113.856 189.462 154.653 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 7 C CD . LYS 2430 2430 ? A 115.106 189.693 155.515 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 8 C CE . LYS 2430 2430 ? A 115.821 188.387 155.873 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 9 N NZ . LYS 2430 2430 ? A 117.025 188.686 156.675 1 1 D LYS 0.450 1 ATOM 10 N N . ARG 2431 2431 ? A 111.032 192.638 152.424 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 11 C CA . ARG 2431 2431 ? A 110.152 193.801 152.296 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 12 C C . ARG 2431 2431 ? A 108.698 193.465 151.974 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 13 O O . ARG 2431 2431 ? A 107.813 194.281 152.179 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 14 C CB . ARG 2431 2431 ? A 110.626 194.706 151.138 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 15 C CG . ARG 2431 2431 ? A 111.980 195.398 151.363 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 16 C CD . ARG 2431 2431 ? A 112.356 196.249 150.148 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 17 N NE . ARG 2431 2431 ? A 113.678 196.878 150.450 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 18 C CZ . ARG 2431 2431 ? A 114.365 197.602 149.554 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 19 N NH1 . ARG 2431 2431 ? A 113.907 197.780 148.319 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 20 N NH2 . ARG 2431 2431 ? A 115.520 198.169 149.895 1 1 D ARG 0.450 1 ATOM 21 N N . VAL 2432 2432 ? A 108.437 192.265 151.425 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 22 C CA . VAL 2432 2432 ? A 107.102 191.701 151.314 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 23 C C . VAL 2432 2432 ? A 106.685 191.005 152.612 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 24 O O . VAL 2432 2432 ? A 105.588 191.218 153.115 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 25 C CB . VAL 2432 2432 ? A 107.039 190.750 150.120 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 26 C CG1 . VAL 2432 2432 ? A 105.641 190.112 149.983 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 27 C CG2 . VAL 2432 2432 ? A 107.355 191.570 148.852 1 1 D VAL 0.620 1 ATOM 28 N N . ASP 2433 2433 ? A 107.562 190.161 153.206 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 29 C CA . ASP 2433 2433 ? A 107.241 189.379 154.387 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 30 C C . ASP 2433 2433 ? A 107.006 190.186 155.655 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 31 O O . ASP 2433 2433 ? A 105.950 190.103 156.275 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 32 C CB . ASP 2433 2433 ? A 108.404 188.384 154.662 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 33 C CG . ASP 2433 2433 ? A 108.728 187.654 153.368 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 34 O OD1 . ASP 2433 2433 ? A 107.795 187.043 152.797 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 35 O OD2 . ASP 2433 2433 ? A 109.893 187.804 152.911 1 1 D ASP 0.590 1 ATOM 36 N N . GLU 2434 2434 ? A 107.979 191.027 156.060 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 37 C CA . GLU 2434 2434 ? A 107.925 191.773 157.299 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 38 C C . GLU 2434 2434 ? A 106.831 192.789 157.256 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 39 O O . GLU 2434 2434 ? A 106.088 192.936 158.216 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 40 C CB . GLU 2434 2434 ? A 109.291 192.399 157.665 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 41 C CG . GLU 2434 2434 ? A 110.339 191.297 157.975 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 42 C CD . GLU 2434 2434 ? A 111.764 191.821 158.160 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 43 O OE1 . GLU 2434 2434 ? A 111.965 193.060 158.122 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 44 O OE2 . GLU 2434 2434 ? A 112.680 190.962 158.267 1 1 D GLU 0.600 1 ATOM 45 N N . THR 2435 2435 ? A 106.651 193.483 156.101 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 46 C CA . THR 2435 2435 ? A 105.580 194.452 155.962 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 47 C C . THR 2435 2435 ? A 104.278 193.733 156.142 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 48 O O . THR 2435 2435 ? A 103.484 194.191 156.943 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 49 C CB . THR 2435 2435 ? A 105.600 195.360 154.723 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 50 O OG1 . THR 2435 2435 ? A 105.378 194.679 153.502 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 51 C CG2 . THR 2435 2435 ? A 106.986 196.000 154.654 1 1 D THR 0.640 1 ATOM 52 N N . LYS 2436 2436 ? A 104.040 192.550 155.539 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 53 C CA . LYS 2436 2436 ? A 102.789 191.810 155.618 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 54 C C . LYS 2436 2436 ? A 102.332 191.513 157.041 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 55 O O . LYS 2436 2436 ? A 101.176 191.722 157.380 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 56 C CB . LYS 2436 2436 ? A 102.888 190.468 154.841 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 57 C CG . LYS 2436 2436 ? A 101.532 189.762 154.781 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 58 C CD . LYS 2436 2436 ? A 101.606 188.493 153.939 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 59 C CE . LYS 2436 2436 ? A 100.264 187.777 153.873 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 60 N NZ . LYS 2436 2436 ? A 100.433 186.574 153.040 1 1 D LYS 0.620 1 ATOM 61 N N . PHE 2437 2437 ? A 103.247 191.048 157.918 1 1 D PHE 0.630 1 ATOM 62 C CA . PHE 2437 2437 ? A 102.960 190.888 159.335 1 1 D PHE 0.630 1 ATOM 63 C C . PHE 2437 2437 ? A 102.814 192.222 160.081 1 1 D PHE 0.630 1 ATOM 64 O O . PHE 2437 2437 ? A 101.922 192.393 160.903 1 1 D PHE 0.630 1 ATOM 65 C CB . PHE 2437 2437 ? A 103.992 189.931 159.995 1 1 D PHE 0.630 1 ATOM 66 C CG . PHE 2437 2437 ? 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