data_SMR-a037c40e0215ec11dd60e1bd025b3974_1 _entry.id SMR-a037c40e0215ec11dd60e1bd025b3974_1 _struct.entry_id SMR-a037c40e0215ec11dd60e1bd025b3974_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9H869 (isoform 2)/ YYAP1_HUMAN, YY1-associated protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.005, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9H869 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-08.6 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' UNK 'L-peptide linking' UNKNOWN . . 'CCD local' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 111261.348 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP YYAP1_HUMAN Q9H869 1 ;MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQ FAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELME DLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSA KQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGT FAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATS KVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLP VLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNS ELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAP PSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVM MPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVA QSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAF QGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQES LNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL ; 'YY1-associated protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 868 1 868 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . YYAP1_HUMAN Q9H869 Q9H869-2 1 868 9606 'Homo sapiens (Human)' 2007-05-15 07F36903760F9C75 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQ FAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELME DLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSA KQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGT FAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATS KVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLP VLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNS ELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAP PSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVM MPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVA QSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAF QGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQES LNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL ; ;MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQ FAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELME DLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSA KQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGT FAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATS KVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLP VLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNS ELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAP PSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVM MPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVA QSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAF QGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQES LNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 GLY . 1 4 VAL . 1 5 GLY . 1 6 ARG . 1 7 SER . 1 8 GLY . 1 9 GLY . 1 10 PRO . 1 11 TRP . 1 12 GLY . 1 13 ARG . 1 14 THR . 1 15 ARG . 1 16 GLY . 1 17 GLY . 1 18 ARG . 1 19 SER . 1 20 GLY . 1 21 ARG . 1 22 LEU . 1 23 GLY . 1 24 VAL . 1 25 SER . 1 26 LEU . 1 27 GLY . 1 28 ALA . 1 29 LEU . 1 30 SER . 1 31 SER . 1 32 LEU . 1 33 PRO . 1 34 LEU . 1 35 GLU . 1 36 GLU . 1 37 LEU . 1 38 PRO . 1 39 ARG . 1 40 PRO . 1 41 LEU . 1 42 CYS . 1 43 CYS . 1 44 ARG . 1 45 ARG . 1 46 CYS . 1 47 ARG . 1 48 ARG . 1 49 HIS . 1 50 PHE . 1 51 GLY . 1 52 PHE . 1 53 ALA . 1 54 LEU . 1 55 ARG . 1 56 GLY . 1 57 GLU . 1 58 THR . 1 59 ILE . 1 60 PRO . 1 61 VAL . 1 62 SER . 1 63 VAL . 1 64 ALA . 1 65 GLY . 1 66 SER . 1 67 ALA . 1 68 SER . 1 69 SER . 1 70 GLN . 1 71 PHE . 1 72 ALA . 1 73 PRO . 1 74 LEU . 1 75 ALA . 1 76 LEU . 1 77 HIS . 1 78 LEU . 1 79 SER . 1 80 LEU . 1 81 LEU . 1 82 LEU . 1 83 SER . 1 84 ARG . 1 85 ILE . 1 86 SER . 1 87 ALA . 1 88 SER . 1 89 ARG . 1 90 LEU . 1 91 THR . 1 92 ARG . 1 93 TRP . 1 94 PRO . 1 95 PRO . 1 96 PRO . 1 97 ASP . 1 98 LYS . 1 99 ARG . 1 100 GLU . 1 101 GLY . 1 102 SER . 1 103 ALA . 1 104 VAL . 1 105 ASP . 1 106 PRO . 1 107 GLY . 1 108 LYS . 1 109 ARG . 1 110 ARG . 1 111 SER . 1 112 LEU . 1 113 ALA . 1 114 ALA . 1 115 THR . 1 116 PRO . 1 117 SER . 1 118 SER . 1 119 SER . 1 120 LEU . 1 121 PRO . 1 122 CYS . 1 123 THR . 1 124 LEU . 1 125 ILE . 1 126 ALA . 1 127 LEU . 1 128 GLY . 1 129 LEU . 1 130 ARG . 1 131 HIS . 1 132 GLU . 1 133 LYS . 1 134 GLU . 1 135 ALA . 1 136 ASN . 1 137 GLU . 1 138 LEU . 1 139 MET . 1 140 GLU . 1 141 ASP . 1 142 LEU . 1 143 PHE . 1 144 GLU . 1 145 THR . 1 146 PHE . 1 147 GLN . 1 148 ASP . 1 149 GLU . 1 150 MET . 1 151 GLY . 1 152 PHE . 1 153 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Tubulin beta chain {PDB ID=8v4l, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=8v4l.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8v4l, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-09-24 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-09-19 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEP GTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLG GGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDI CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQ YRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVK TAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS EYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEA(UNK)(UNK)E(UNK)(UNK) ; ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEP GTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLG GGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDI CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQ YRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVK TAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS EYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEAXXEXX ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 409 446 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8v4l 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 868 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 868 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 39.000 28.947 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQFAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELMEDLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSAKQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGTFAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATSKVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLPVLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNSELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAPPSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVMMPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVAQSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAFQGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQESLNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEAX-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8v4l.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 1' 4 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 133 133 ? A 402.420 372.772 323.562 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 2 C CA . LYS 133 133 ? A 402.773 373.979 322.743 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 3 C C . LYS 133 133 ? A 402.732 373.675 321.266 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 4 O O . LYS 133 133 ? A 401.882 374.256 320.595 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 5 C CB . LYS 133 133 ? A 404.084 374.632 323.244 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 6 C CG . LYS 133 133 ? A 403.937 375.244 324.653 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 7 C CD . LYS 133 133 ? A 405.250 375.867 325.161 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 8 C CE . LYS 133 133 ? A 405.133 376.484 326.563 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 9 N NZ . LYS 133 133 ? A 406.443 377.011 327.010 1 1 B LYS 0.420 1 ATOM 10 N N . GLU 134 134 ? A 403.488 372.701 320.728 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 11 C CA . GLU 134 134 ? A 403.493 372.344 319.318 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 12 C C . GLU 134 134 ? A 402.114 372.048 318.739 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 13 O O . GLU 134 134 ? A 401.756 372.541 317.679 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 14 C CB . GLU 134 134 ? A 404.393 371.107 319.163 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 15 C CG . GLU 134 134 ? A 405.902 371.439 319.250 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 16 C CD . GLU 134 134 ? A 406.753 370.172 319.306 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 17 O OE1 . GLU 134 134 ? A 406.215 369.131 319.769 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 18 O OE2 . GLU 134 134 ? A 407.946 370.249 318.925 1 1 B GLU 0.400 1 ATOM 19 N N . ALA 135 135 ? A 401.252 371.298 319.465 1 1 B ALA 0.670 1 ATOM 20 C CA . ALA 135 135 ? A 399.876 371.068 319.053 1 1 B ALA 0.670 1 ATOM 21 C C . ALA 135 135 ? A 399.034 372.342 318.889 1 1 B ALA 0.670 1 ATOM 22 O O . ALA 135 135 ? A 398.301 372.491 317.914 1 1 B ALA 0.670 1 ATOM 23 C CB . ALA 135 135 ? A 399.191 370.104 320.047 1 1 B ALA 0.670 1 ATOM 24 N N . ASN 136 136 ? A 399.166 373.305 319.830 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 25 C CA . ASN 136 136 ? A 398.557 374.626 319.756 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 26 C C . ASN 136 136 ? A 399.076 375.431 318.573 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 27 O O . ASN 136 136 ? A 398.276 375.932 317.790 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 28 C CB . ASN 136 136 ? A 398.802 375.438 321.059 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 29 C CG . ASN 136 136 ? A 398.047 374.804 322.212 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 30 O OD1 . ASN 136 136 ? A 397.125 374.004 322.050 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 31 N ND2 . ASN 136 136 ? A 398.428 375.149 323.465 1 1 B ASN 0.630 1 ATOM 32 N N . GLU 137 137 ? A 400.414 375.492 318.372 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 33 C CA . GLU 137 137 ? A 401.040 376.174 317.248 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 34 C C . GLU 137 137 ? A 400.576 375.593 315.911 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 35 O O . GLU 137 137 ? A 400.065 376.307 315.055 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 36 C CB . GLU 137 137 ? A 402.591 376.113 317.382 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 37 C CG . GLU 137 137 ? A 403.138 376.960 318.568 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 38 C CD . GLU 137 137 ? A 404.623 376.761 318.901 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 39 O OE1 . GLU 137 137 ? A 405.295 375.930 318.245 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 40 O OE2 . GLU 137 137 ? A 405.068 377.392 319.901 1 1 B GLU 0.660 1 ATOM 41 N N . LEU 138 138 ? A 400.599 374.258 315.727 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 42 C CA . LEU 138 138 ? A 400.137 373.625 314.499 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 43 C C . LEU 138 138 ? A 398.647 373.803 314.210 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 44 O O . LEU 138 138 ? A 398.218 373.883 313.058 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 45 C CB . LEU 138 138 ? A 400.514 372.126 314.454 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 46 C CG . LEU 138 138 ? A 402.036 371.858 314.393 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 47 C CD1 . LEU 138 138 ? A 402.323 370.356 314.516 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 48 C CD2 . LEU 138 138 ? A 402.689 372.407 313.113 1 1 B LEU 0.640 1 ATOM 49 N N . MET 139 139 ? A 397.798 373.881 315.255 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 50 C CA . MET 139 139 ? A 396.418 374.302 315.104 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 51 C C . MET 139 139 ? A 396.268 375.756 314.658 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 52 O O . MET 139 139 ? A 395.419 376.061 313.818 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 53 C CB . MET 139 139 ? A 395.595 374.038 316.379 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 54 C CG . MET 139 139 ? A 394.101 374.381 316.210 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 55 S SD . MET 139 139 ? A 392.967 373.290 317.123 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 56 C CE . MET 139 139 ? A 393.723 373.447 318.767 1 1 B MET 0.630 1 ATOM 57 N N . GLU 140 140 ? A 397.101 376.685 315.177 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 58 C CA . GLU 140 140 ? A 397.205 378.051 314.685 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 59 C C . GLU 140 140 ? A 397.643 378.081 313.228 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 60 O O . GLU 140 140 ? A 396.963 378.710 312.414 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 61 C CB . GLU 140 140 ? A 398.121 378.928 315.579 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 62 C CG . GLU 140 140 ? A 397.487 379.187 316.971 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 63 C CD . GLU 140 140 ? A 398.337 380.013 317.941 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 64 O OE1 . GLU 140 140 ? A 399.507 380.340 317.632 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 65 O OE2 . GLU 140 140 ? A 397.789 380.315 319.037 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 66 N N . ASP 141 141 ? 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