data_SMR-3b51b9dd38a24ca57f912f6973c8d12b_2 _entry.id SMR-3b51b9dd38a24ca57f912f6973c8d12b_2 _struct.entry_id SMR-3b51b9dd38a24ca57f912f6973c8d12b_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-tetramer covers following UniProtKB entries: - Q9EQH7 (isoform 2)/ NDST3_MOUSE, Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 3 Estimated model accuracy of this model is 0.015, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9EQH7 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-10.1 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 85471.507 4 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NDST3_MOUSE Q9EQH7 1 ;MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMI SDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYI NMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKL DRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWL HKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFS GKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAV SPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYP GGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHK YFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKS FEEVHGFLPSPI ; 'Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 3' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 642 1 642 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . NDST3_MOUSE Q9EQH7 Q9EQH7-2 1 642 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-03-07 4DC6FD1FE983CE3F . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B,C,D ;MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMI SDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYI NMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKL DRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWL HKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFS GKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAV SPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYP GGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHK YFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKS FEEVHGFLPSPI ; ;MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMI SDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYI NMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKL DRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWL HKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFS GKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAV SPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYP GGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHK YFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKS FEEVHGFLPSPI ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 PHE . 1 4 ILE . 1 5 MET . 1 6 LYS . 1 7 PRO . 1 8 HIS . 1 9 ARG . 1 10 HIS . 1 11 PHE . 1 12 GLN . 1 13 ARG . 1 14 THR . 1 15 LEU . 1 16 ILE . 1 17 LEU . 1 18 LEU . 1 19 ALA . 1 20 THR . 1 21 PHE . 1 22 CYS . 1 23 MET . 1 24 VAL . 1 25 SER . 1 26 ILE . 1 27 ILE . 1 28 ILE . 1 29 SER . 1 30 ALA . 1 31 TYR . 1 32 TYR . 1 33 LEU . 1 34 TYR . 1 35 SER . 1 36 GLY . 1 37 TYR . 1 38 LYS . 1 39 GLN . 1 40 GLU . 1 41 SER . 1 42 GLU . 1 43 VAL . 1 44 SER . 1 45 GLY . 1 46 ARG . 1 47 ALA . 1 48 SER . 1 49 GLU . 1 50 VAL . 1 51 ASP . 1 52 CYS . 1 53 GLY . 1 54 ASP . 1 55 LEU . 1 56 GLN . 1 57 HIS . 1 58 ILE . 1 59 PRO . 1 60 SER . 1 61 ARG . 1 62 LEU . 1 63 MET . 1 64 GLU . 1 65 VAL . 1 66 ARG . 1 67 ARG . 1 68 THR . 1 69 MET . 1 70 ILE . 1 71 SER . 1 72 ASP . 1 73 ALA . 1 74 SER . 1 75 ARG . 1 76 THR . 1 77 ASP . 1 78 PRO . 1 79 THR . 1 80 VAL . 1 81 LEU . 1 82 VAL . 1 83 PHE . 1 84 VAL . 1 85 GLU . 1 86 SER . 1 87 GLN . 1 88 TYR . 1 89 SER . 1 90 SER . 1 91 LEU . 1 92 GLY . 1 93 GLN . 1 94 ASP . 1 95 ILE . 1 96 ILE . 1 97 MET . 1 98 MET . 1 99 LEU . 1 100 GLU . 1 101 SER . 1 102 ILE . 1 103 ARG . 1 104 PHE . 1 105 HIS . 1 106 TYR . 1 107 HIS . 1 108 THR . 1 109 GLU . 1 110 ILE . 1 111 ALA . 1 112 PRO . 1 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D 1 559 HIS 559 ? ? ? D . D 1 560 LYS 560 ? ? ? D . D 1 561 TYR 561 ? ? ? D . D 1 562 PHE 562 ? ? ? D . D 1 563 GLU 563 ? ? ? D . D 1 564 LEU 564 ? ? ? D . D 1 565 PHE 565 ? ? ? D . D 1 566 PRO 566 ? ? ? D . D 1 567 ASP 567 ? ? ? D . D 1 568 GLN 568 ? ? ? D . D 1 569 LYS 569 ? ? ? D . D 1 570 ASP 570 ? ? ? D . D 1 571 PRO 571 ? ? ? D . D 1 572 LEU 572 ? ? ? D . D 1 573 TRP 573 ? ? ? D . D 1 574 GLN 574 ? ? ? D . D 1 575 ASN 575 ? ? ? D . D 1 576 PRO 576 ? ? ? D . D 1 577 CYS 577 ? ? ? D . D 1 578 ASP 578 ? ? ? D . D 1 579 ASP 579 ? ? ? D . D 1 580 LYS 580 ? ? ? D . D 1 581 ARG 581 ? ? ? D . D 1 582 HIS 582 ? ? ? D . D 1 583 ARG 583 ? ? ? D . D 1 584 ASP 584 ? ? ? D . D 1 585 ILE 585 ? ? ? D . D 1 586 TRP 586 ? ? ? D . D 1 587 SER 587 ? ? ? D . D 1 588 LYS 588 ? ? ? D . D 1 589 GLU 589 ? ? ? D . D 1 590 LYS 590 ? ? ? D . D 1 591 THR 591 ? ? ? D . D 1 592 CYS 592 ? ? ? D . D 1 593 ASP 593 ? ? ? D . D 1 594 ARG 594 ? ? ? D . D 1 595 LEU 595 ? ? ? D . D 1 596 PRO 596 ? ? ? D . D 1 597 LYS 597 ? ? ? D . D 1 598 PHE 598 ? ? ? D . D 1 599 LEU 599 ? ? ? D . D 1 600 VAL 600 ? ? ? D . D 1 601 ILE 601 ? ? ? D . D 1 602 GLY 602 ? ? ? D . D 1 603 PRO 603 ? ? ? D . D 1 604 GLN 604 ? ? ? D . D 1 605 LYS 605 ? ? ? D . D 1 606 THR 606 ? ? ? D . D 1 607 GLY 607 ? ? ? D . D 1 608 THR 608 ? ? ? D . D 1 609 THR 609 ? ? ? D . D 1 610 ALA 610 ? ? ? D . D 1 611 LEU 611 ? ? ? D . D 1 612 CYS 612 ? ? ? D . D 1 613 LEU 613 ? ? ? D . D 1 614 PHE 614 ? ? ? D . D 1 615 LEU 615 ? ? ? D . D 1 616 ILE 616 ? ? ? D . D 1 617 MET 617 ? ? ? D . D 1 618 HIS 618 ? ? ? D . D 1 619 PRO 619 ? ? ? D . D 1 620 SER 620 ? ? ? D . D 1 621 ILE 621 ? ? ? D . D 1 622 LEU 622 ? ? ? D . D 1 623 SER 623 ? ? ? D . D 1 624 ASN 624 ? ? ? D . D 1 625 SER 625 ? ? ? D . D 1 626 PRO 626 ? ? ? D . D 1 627 SER 627 ? ? ? D . D 1 628 PRO 628 ? ? ? D . D 1 629 LYS 629 ? ? ? D . D 1 630 SER 630 ? ? ? D . D 1 631 PHE 631 ? ? ? D . D 1 632 GLU 632 ? ? ? D . D 1 633 GLU 633 ? ? ? D . D 1 634 VAL 634 ? ? ? D . D 1 635 HIS 635 ? ? ? D . D 1 636 GLY 636 ? ? ? D . D 1 637 PHE 637 ? ? ? D . D 1 638 LEU 638 ? ? ? D . D 1 639 PRO 639 ? ? ? D . D 1 640 SER 640 ? ? ? D . D 1 641 PRO 641 ? ? ? D . D 1 642 ILE 642 ? ? ? D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6ycs.1.A}' 'template structure' . 2 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6ycs.1.B}' 'template structure' . 3 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=C, auth_asym_id=C, SMTL ID=6ycs.1.C}' 'template structure' . 4 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=6ycs.1.D}' 'template structure' . 5 . target . 6 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 7 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 8 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 9 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 10 'model 2' 'model coordinates' . 11 SMTL 'reference database' . 12 PDB 'reference database' . 13 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 5 2 1 11 3 1 12 4 2 13 5 3 5 6 3 1 7 3 2 8 3 3 9 3 4 10 3 6 11 3 7 12 3 8 13 3 9 14 4 1 15 4 2 16 4 3 17 4 4 18 4 6 19 4 7 20 4 8 21 4 9 22 5 10 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 11 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-10-01 12 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-09-26 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 5 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . C 1 . D 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B 3 3 'reference database' polymer 1 3 C C 1 1 C 4 4 'reference database' polymer 1 4 D D 1 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can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loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 24 71 2 2 24 71 3 3 24 71 4 4 24 71 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6ycs 2024-01-24 2 PDB . 6ycs 2024-01-24 3 PDB . 6ycs 2024-01-24 4 PDB . 6ycs 2024-01-24 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 642 2 2 B 1 642 3 3 C 1 642 4 4 D 1 642 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 642 'target-template pairwise alignment' local 2 7 1 642 'target-template pairwise alignment' local 3 8 1 642 'target-template pairwise alignment' local 4 9 1 642 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 40.000 10.417 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 40.000 10.417 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 3 3 3 C 'HHblits e-value' . 40.000 10.417 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 4 4 4 D 'HHblits e-value' . 40.000 10.417 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVHGFLPSPI 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 3 2 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVHGFLPSPI 4 2 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 5 3 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVHGFLPSPI 6 3 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 7 4 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVHGFLPSPI 8 4 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6ycs.1, oligomeric state (homo-tetramer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 2' 10 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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ARG 320 320 ? B 5.119 -23.496 19.034 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 596 C CG . ARG 320 320 ? B 3.918 -23.985 19.866 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 597 C CD . ARG 320 320 ? B 3.238 -22.849 20.633 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 598 N NE . ARG 320 320 ? B 2.086 -23.439 21.382 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 599 C CZ . ARG 320 320 ? B 1.313 -22.758 22.241 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 600 N NH1 . ARG 320 320 ? B 1.522 -21.470 22.500 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 601 N NH2 . ARG 320 320 ? B 0.300 -23.377 22.842 1 1 B ARG 0.550 1 ATOM 602 N N . MET 321 321 ? B 6.634 -23.952 15.928 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 603 C CA . MET 321 321 ? B 7.593 -23.400 15.003 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 604 C C . MET 321 321 ? B 7.243 -21.969 14.648 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 605 O O . MET 321 321 ? B 6.084 -21.576 14.628 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 606 C CB . MET 321 321 ? B 7.621 -24.239 13.715 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 607 C CG . MET 321 321 ? B 8.193 -25.647 13.927 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 608 S SD . MET 321 321 ? B 8.363 -26.570 12.372 1 1 B MET 0.670 1 ATOM 609 C CE . 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LEU 299 299 ? C 6.930 -24.283 53.232 1 1 C LEU 0.520 1 ATOM 820 N N . SER 300 300 ? C 8.924 -25.162 48.405 1 1 C SER 0.540 1 ATOM 821 C CA . SER 300 300 ? C 8.408 -25.888 47.250 1 1 C SER 0.540 1 ATOM 822 C C . SER 300 300 ? C 7.858 -27.191 47.725 1 1 C SER 0.540 1 ATOM 823 O O . SER 300 300 ? C 8.473 -27.875 48.549 1 1 C SER 0.540 1 ATOM 824 C CB . SER 300 300 ? C 9.480 -26.170 46.160 1 1 C SER 0.540 1 ATOM 825 O OG . SER 300 300 ? C 8.928 -26.524 44.879 1 1 C SER 0.540 1 ATOM 826 N N . LEU 301 301 ? C 6.652 -27.537 47.269 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 827 C CA . LEU 301 301 ? C 6.029 -28.802 47.580 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 828 C C . LEU 301 301 ? C 5.727 -29.484 46.272 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 829 O O . LEU 301 301 ? C 4.879 -29.027 45.503 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 830 C CB . LEU 301 301 ? C 4.690 -28.630 48.328 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 831 C CG . LEU 301 301 ? C 4.778 -27.919 49.687 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 832 C CD1 . LEU 301 301 ? C 3.349 -27.685 50.188 1 1 C LEU 0.490 1 ATOM 833 C CD2 . 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LEU 306 306 ? C 14.941 -39.546 38.125 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 875 C C . LEU 306 306 ? C 15.255 -39.340 36.652 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 876 O O . LEU 306 306 ? C 14.488 -39.754 35.787 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 877 C CB . LEU 306 306 ? C 15.172 -41.027 38.522 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 878 C CG . LEU 306 306 ? C 16.602 -41.575 38.335 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 879 C CD1 . LEU 306 306 ? C 17.622 -40.837 39.204 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 880 C CD2 . LEU 306 306 ? C 16.657 -43.071 38.671 1 1 C LEU 0.590 1 ATOM 881 N N . VAL 307 307 ? C 16.373 -38.654 36.332 1 1 C VAL 0.400 1 ATOM 882 C CA . VAL 307 307 ? C 16.778 -38.387 34.955 1 1 C VAL 0.400 1 ATOM 883 C C . VAL 307 307 ? C 17.797 -39.407 34.482 1 1 C VAL 0.400 1 ATOM 884 O O . VAL 307 307 ? C 18.422 -40.090 35.282 1 1 C VAL 0.400 1 ATOM 885 C CB . VAL 307 307 ? C 17.376 -36.990 34.755 1 1 C VAL 0.400 1 ATOM 886 C CG1 . VAL 307 307 ? C 16.360 -35.921 35.197 1 1 C VAL 0.400 1 ATOM 887 C CG2 . VAL 307 307 ? 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