data_SMR-f38583c54039cebefb4b2c49a609c1ef_2 _entry.id SMR-f38583c54039cebefb4b2c49a609c1ef_2 _struct.entry_id SMR-f38583c54039cebefb4b2c49a609c1ef_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-tetramer covers following UniProtKB entries: - Q9EQH7/ NDST3_MOUSE, Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 3 Estimated model accuracy of this model is 0.012, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9EQH7' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-10.1 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 116883.284 4 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NDST3_MOUSE Q9EQH7 1 ;MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMI SDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYI NMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKL DRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWL HKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFS GKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAV SPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYP GGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHK YFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKS FEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDR AYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQ HLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLS SYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR ; 'Bifunctional heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 3' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 873 1 873 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . NDST3_MOUSE Q9EQH7 . 1 873 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-03-07 3B54622D85F75EF9 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B,C,D ;MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMI SDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYI NMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKL DRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWL HKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFS GKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAV SPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYP GGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHK YFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKS FEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDR AYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQ HLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLS SYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR ; ;MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMI SDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYI NMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKL DRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWL HKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFS GKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAV SPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYP GGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHK YFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKS FEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDR AYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQ HLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLS SYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 PHE . 1 4 ILE . 1 5 MET . 1 6 LYS . 1 7 PRO . 1 8 HIS . 1 9 ARG . 1 10 HIS . 1 11 PHE . 1 12 GLN . 1 13 ARG . 1 14 THR . 1 15 LEU . 1 16 ILE . 1 17 LEU . 1 18 LEU . 1 19 ALA . 1 20 THR . 1 21 PHE . 1 22 CYS . 1 23 MET . 1 24 VAL . 1 25 SER . 1 26 ILE . 1 27 ILE . 1 28 ILE . 1 29 SER . 1 30 ALA . 1 31 TYR . 1 32 TYR . 1 33 LEU . 1 34 TYR . 1 35 SER . 1 36 GLY . 1 37 TYR . 1 38 LYS . 1 39 GLN . 1 40 GLU . 1 41 SER . 1 42 GLU . 1 43 VAL . 1 44 SER . 1 45 GLY . 1 46 ARG . 1 47 ALA . 1 48 SER . 1 49 GLU . 1 50 VAL . 1 51 ASP . 1 52 CYS . 1 53 GLY . 1 54 ASP . 1 55 LEU . 1 56 GLN . 1 57 HIS . 1 58 ILE . 1 59 PRO . 1 60 SER . 1 61 ARG . 1 62 LEU . 1 63 MET . 1 64 GLU . 1 65 VAL . 1 66 ARG . 1 67 ARG . 1 68 THR . 1 69 MET . 1 70 ILE . 1 71 SER . 1 72 ASP . 1 73 ALA . 1 74 SER . 1 75 ARG . 1 76 THR . 1 77 ASP . 1 78 PRO . 1 79 THR . 1 80 VAL . 1 81 LEU . 1 82 VAL . 1 83 PHE . 1 84 VAL . 1 85 GLU . 1 86 SER . 1 87 GLN . 1 88 TYR . 1 89 SER . 1 90 SER . 1 91 LEU . 1 92 GLY . 1 93 GLN . 1 94 ASP . 1 95 ILE . 1 96 ILE . 1 97 MET . 1 98 MET . 1 99 LEU . 1 100 GLU . 1 101 SER . 1 102 ILE . 1 103 ARG . 1 104 PHE . 1 105 HIS . 1 106 TYR . 1 107 HIS . 1 108 THR . 1 109 GLU . 1 110 ILE . 1 111 ALA . 1 112 PRO . 1 113 GLY . 1 114 LYS . 1 115 GLY . 1 116 ASP . 1 117 LEU . 1 118 PRO . 1 119 ALA . 1 120 LEU . 1 121 THR . 1 122 ASP . 1 123 ASN . 1 124 VAL . 1 125 LYS . 1 126 GLY . 1 127 LYS . 1 128 TYR . 1 129 VAL . 1 130 LEU . 1 131 ILE . 1 132 ILE . 1 133 TYR . 1 134 GLU . 1 135 ASN . 1 136 ILE . 1 137 LEU . 1 138 LYS . 1 139 TYR . 1 140 ILE . 1 141 ASN . 1 142 MET . 1 143 ASP . 1 144 SER . 1 145 TRP . 1 146 ASN . 1 147 ARG . 1 148 SER . 1 149 LEU . 1 150 LEU . 1 151 ASP . 1 152 LYS . 1 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D 1 855 HIS 855 ? ? ? D . D 1 856 ARG 856 ? ? ? D . D 1 857 LEU 857 ? ? ? D . D 1 858 GLY 858 ? ? ? D . D 1 859 GLN 859 ? ? ? D . D 1 860 PRO 860 ? ? ? D . D 1 861 LEU 861 ? ? ? D . D 1 862 PRO 862 ? ? ? D . D 1 863 SER 863 ? ? ? D . D 1 864 TRP 864 ? ? ? D . D 1 865 LEU 865 ? ? ? D . D 1 866 ARG 866 ? ? ? D . D 1 867 GLN 867 ? ? ? D . D 1 868 GLU 868 ? ? ? D . D 1 869 LEU 869 ? ? ? D . D 1 870 GLN 870 ? ? ? D . D 1 871 LYS 871 ? ? ? D . D 1 872 VAL 872 ? ? ? D . D 1 873 ARG 873 ? ? ? D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6ycs.1.A}' 'template structure' . 2 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6ycs.1.B}' 'template structure' . 3 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=C, auth_asym_id=C, SMTL ID=6ycs.1.C}' 'template structure' . 4 'PC4 protein {PDB ID=6ycs, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=6ycs.1.D}' 'template structure' . 5 . target . 6 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 7 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 8 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 9 'Target-template alignment by HHblits to 6ycs, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 10 'model 2' 'model coordinates' . 11 SMTL 'reference database' . 12 PDB 'reference database' . 13 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 5 2 1 11 3 1 12 4 2 13 5 3 5 6 3 1 7 3 2 8 3 3 9 3 4 10 3 6 11 3 7 12 3 8 13 3 9 14 4 1 15 4 2 16 4 3 17 4 4 18 4 6 19 4 7 20 4 8 21 4 9 22 5 10 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 11 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-10-01 12 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-09-26 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 5 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . C 1 . D 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B 3 3 'reference database' polymer 1 3 C C 1 1 C 4 4 'reference database' polymer 1 4 D D 1 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can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loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 23 71 2 2 23 71 3 3 23 71 4 4 23 71 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6ycs 2024-01-24 2 PDB . 6ycs 2024-01-24 3 PDB . 6ycs 2024-01-24 4 PDB . 6ycs 2024-01-24 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 873 2 2 B 1 873 3 3 C 1 873 4 4 D 1 873 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 873 'target-template pairwise alignment' local 2 7 1 873 'target-template pairwise alignment' local 3 8 1 873 'target-template pairwise alignment' local 4 9 1 873 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 66.000 10.204 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 66.000 10.204 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 3 3 3 C 'HHblits e-value' . 66.000 10.204 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 4 4 4 D 'HHblits e-value' . 66.000 10.204 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDRAYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQHLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLSSYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDRAYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQHLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLSSYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR 4 2 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 5 3 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDRAYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQHLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLSSYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR 6 3 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 7 4 1 MSFIMKPHRHFQRTLILLATFCMVSIIISAYYLYSGYKQESEVSGRASEVDCGDLQHIPSRLMEVRRTMISDASRTDPTVLVFVESQYSSLGQDIIMMLESIRFHYHTEIAPGKGDLPALTDNVKGKYVLIIYENILKYINMDSWNRSLLDKYCIEYGVGIIGFHKTSEKNLQSFQFRGFPFSISGNLAVKDCCINPHSPLLRVTKSSKLDRGSLPGTDWTVFQINHSTYQPVIFAKVKTPENLSPPISKHAFYATIIHDLGLHDGIQRVLFGNNLNFWLHKLIFIDAISFLSGKRLTLSLDRYILVDIDDIFVGKEGTRMNTNDVKALLDTQNLLRTQITNFTFNLGFSGKFYHTGTEEEDEGDDCLLGSVDEFWWFPHMWSHMQPHLFHNESSLIEQMILNKKFALEHGIPTDMGYAVSPHHSGVYPVHVQLYEAWKKVWNIKITSTEEYPHLKPARYRRGFIHKNIMVLPRQTCGLFTHTIFYKEYPGGPRELDKSIHGGELFFTVVLNPISIFMTHLSNYGNDRLGLYTFVNLANFVQTWTNLRLQTLPPAQLAHKYFELFPDQKDPLWQNPCDDKRHRDIWSKEKTCDRLPKFLVIGPQKTGTTALCLFLIMHPSILSNSPSPKSFEEVQFFNRNNYHRGIDWYMDFFPVPSNVTTDFLFEKSANYFHSEDAPKRAASLVPKAKIITILIDPSDRAYSWYQHQRSHEDPAALKFSFYEVISAGPNAPWELRTLQKRCLVPGWYANHIERWLVYFPPFQLLIIDGQHLRTTPATVMDEVQKFLGVSPHYNYSEALTFDSHKGFWCQLLEEGKTKCLGKSKGRKYPPMDSDSRAFLSSYYRDHNVELSKLLHRLGQPLPSWLRQELQKVR 8 4 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGKVLIDIREYWMDPEGEMKPGRKGISLNPEQWSQLKEQISDIDDAVRK--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6ycs.1, oligomeric state (homo-tetramer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 2' 10 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 294 294 ? A 12.912 -48.984 18.596 1 1 A GLY 0.460 1 ATOM 2 C CA . GLY 294 294 ? A 12.195 -50.308 18.713 1 1 A GLY 0.460 1 ATOM 3 C C . GLY 294 294 ? A 11.395 -50.682 17.489 1 1 A GLY 0.460 1 ATOM 4 O O . GLY 294 294 ? A 10.175 -50.675 17.533 1 1 A GLY 0.460 1 ATOM 5 N N . LYS 295 295 ? A 12.076 -50.974 16.357 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 6 C CA . LYS 295 295 ? A 11.528 -51.554 15.136 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 7 C C . LYS 295 295 ? A 10.806 -50.631 14.180 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 8 O O . LYS 295 295 ? A 10.772 -50.887 12.985 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 9 C CB . LYS 295 295 ? A 10.694 -52.827 15.345 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 10 C CG . LYS 295 295 ? A 11.480 -53.976 15.967 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 11 C CD . LYS 295 295 ? A 10.548 -55.147 16.285 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 12 C CE . LYS 295 295 ? A 11.288 -56.345 16.870 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 13 N NZ . LYS 295 295 ? A 10.332 -57.442 17.120 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 14 N N . ARG 296 296 ? A 10.235 -49.529 14.676 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 15 C CA . ARG 296 296 ? A 9.464 -48.626 13.865 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 16 C C . ARG 296 296 ? A 10.207 -47.325 13.706 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 17 O O . ARG 296 296 ? A 10.920 -46.879 14.607 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 18 C CB . ARG 296 296 ? A 8.100 -48.356 14.523 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 19 C CG . ARG 296 296 ? A 7.211 -49.609 14.625 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 20 C CD . ARG 296 296 ? A 5.863 -49.275 15.259 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 21 N NE . ARG 296 296 ? A 5.037 -50.524 15.294 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 22 C CZ . ARG 296 296 ? A 3.774 -50.557 15.740 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 23 N NH1 . ARG 296 296 ? A 3.175 -49.452 16.174 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 24 N NH2 . ARG 296 296 ? A 3.096 -51.702 15.764 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 25 N N . LEU 297 297 ? A 10.067 -46.712 12.519 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 26 C CA . LEU 297 297 ? A 10.703 -45.465 12.172 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 27 C C . LEU 297 297 ? A 10.040 -44.268 12.824 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 28 O O . LEU 297 297 ? A 8.815 -44.172 12.923 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 29 C CB . LEU 297 297 ? 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VAL 314 314 ? C 12.054 -30.384 40.826 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 956 C CG1 . VAL 314 314 ? C 12.742 -29.578 39.704 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 957 C CG2 . VAL 314 314 ? C 10.681 -29.799 41.172 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 958 N N . GLY 315 315 ? C 9.674 -32.467 39.625 1 1 C GLY 0.520 1 ATOM 959 C CA . GLY 315 315 ? C 8.692 -32.711 38.578 1 1 C GLY 0.520 1 ATOM 960 C C . GLY 315 315 ? C 7.784 -31.542 38.318 1 1 C GLY 0.520 1 ATOM 961 O O . GLY 315 315 ? C 7.892 -30.463 38.887 1 1 C GLY 0.520 1 ATOM 962 N N . LYS 316 316 ? C 6.824 -31.744 37.395 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 963 C CA . LYS 316 316 ? C 5.824 -30.744 37.070 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 964 C C . LYS 316 316 ? C 4.687 -30.673 38.070 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 965 O O . LYS 316 316 ? C 3.991 -29.672 38.146 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 966 C CB . LYS 316 316 ? C 5.201 -31.040 35.686 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 967 C CG . LYS 316 316 ? C 6.195 -30.857 34.529 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 968 C CD . LYS 316 316 ? C 5.551 -31.124 33.155 1 1 C LYS 0.420 1 ATOM 969 C CE . 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