data_SMR-80e0cb892c60ecf61b54329eecf432c8_1 _entry.id SMR-80e0cb892c60ecf61b54329eecf432c8_1 _struct.entry_id SMR-80e0cb892c60ecf61b54329eecf432c8_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q9W148/ URI_DROME, Unconventional prefoldin RPB5 interactor-like protein Estimated model accuracy of this model is 0.012, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9W148' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/80e1e22/dist/mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.7 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2025-10.9 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.6.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.5.0 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.11.1 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.14.1 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url _pdbx_data_usage.name 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 'Attribution-ShareAlike 4.0 International' 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer . # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 97200.269 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP URI_DROME Q9W148 1 ;MDRREDALLQALQTNASETERWEAFKRDNESTIRNLDKFAKNLSVEVMVPIGRKALMPGELIHTNELLVG HYEGYFSACSSHKAKEICQYRLKLAEEQLKKLAVENDLWQKKLHTPFAEGAVPSGDQVEIVEDFNEESHN KWLAEHRKRMRQQKQKERLEREAEPVKKDNEVLRKLEEREMMEELGLDPDNIDEDQLHDMLNQEPLKSTN ESSPKSLTQEEEDELWKKLEAEEQNEADELSSEAEESLKTTDNLVRQLMSGETETPSSKKRTAGTNRNVE IQDPISEDDGDDDDEGDQEEEVRTIREQMSLLPNEDREPFLRAQLHVLKAKMRKIQKVNFISDELIHLMN VVVMLEDDLQDLVFEQELEASEEEEEVVENNHLPDEPSKELSTVSESSTNKRRISFALDDEKLEFRREET VAEMLPNAKKNSRDIIKLNAPLKPAGDPQPASIKTKRQTTQDILQKVERNIEFVKENQSVQDFDLLNRIM EESTGLINTLHISFTHSGAIPSPSSDQSDGIPGKPSDFYVRYEKDRARPNDSFPIYVNGFEGEEHVKVPI MSEAARGSAYEDPRSQFSKPNSSEICFTHSGSITPTSNDQSDDIPGNPFDFYEKYEKDRAKFSKSNSSEG DATDPESATKSILRNKSAVDLEPHNVNQQPKKGRKVRNQKKKERTLDDDLRDMSAYQKVMHDLVEKEPTA PEPLPPGKFIDSHAPKKRVSRFKEQRALNKT ; 'Unconventional prefoldin RPB5 interactor-like protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 731 1 731 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum _ma_target_ref_db_details.is_primary 1 UNP . URI_DROME Q9W148 . 1 731 7227 'Drosophila melanogaster (Fruit fly)' 2000-05-01 D924359687FCB1A4 . # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MDRREDALLQALQTNASETERWEAFKRDNESTIRNLDKFAKNLSVEVMVPIGRKALMPGELIHTNELLVG HYEGYFSACSSHKAKEICQYRLKLAEEQLKKLAVENDLWQKKLHTPFAEGAVPSGDQVEIVEDFNEESHN KWLAEHRKRMRQQKQKERLEREAEPVKKDNEVLRKLEEREMMEELGLDPDNIDEDQLHDMLNQEPLKSTN ESSPKSLTQEEEDELWKKLEAEEQNEADELSSEAEESLKTTDNLVRQLMSGETETPSSKKRTAGTNRNVE IQDPISEDDGDDDDEGDQEEEVRTIREQMSLLPNEDREPFLRAQLHVLKAKMRKIQKVNFISDELIHLMN VVVMLEDDLQDLVFEQELEASEEEEEVVENNHLPDEPSKELSTVSESSTNKRRISFALDDEKLEFRREET VAEMLPNAKKNSRDIIKLNAPLKPAGDPQPASIKTKRQTTQDILQKVERNIEFVKENQSVQDFDLLNRIM EESTGLINTLHISFTHSGAIPSPSSDQSDGIPGKPSDFYVRYEKDRARPNDSFPIYVNGFEGEEHVKVPI MSEAARGSAYEDPRSQFSKPNSSEICFTHSGSITPTSNDQSDDIPGNPFDFYEKYEKDRAKFSKSNSSEG DATDPESATKSILRNKSAVDLEPHNVNQQPKKGRKVRNQKKKERTLDDDLRDMSAYQKVMHDLVEKEPTA PEPLPPGKFIDSHAPKKRVSRFKEQRALNKT ; ;MDRREDALLQALQTNASETERWEAFKRDNESTIRNLDKFAKNLSVEVMVPIGRKALMPGELIHTNELLVG HYEGYFSACSSHKAKEICQYRLKLAEEQLKKLAVENDLWQKKLHTPFAEGAVPSGDQVEIVEDFNEESHN KWLAEHRKRMRQQKQKERLEREAEPVKKDNEVLRKLEEREMMEELGLDPDNIDEDQLHDMLNQEPLKSTN ESSPKSLTQEEEDELWKKLEAEEQNEADELSSEAEESLKTTDNLVRQLMSGETETPSSKKRTAGTNRNVE IQDPISEDDGDDDDEGDQEEEVRTIREQMSLLPNEDREPFLRAQLHVLKAKMRKIQKVNFISDELIHLMN VVVMLEDDLQDLVFEQELEASEEEEEVVENNHLPDEPSKELSTVSESSTNKRRISFALDDEKLEFRREET VAEMLPNAKKNSRDIIKLNAPLKPAGDPQPASIKTKRQTTQDILQKVERNIEFVKENQSVQDFDLLNRIM EESTGLINTLHISFTHSGAIPSPSSDQSDGIPGKPSDFYVRYEKDRARPNDSFPIYVNGFEGEEHVKVPI MSEAARGSAYEDPRSQFSKPNSSEICFTHSGSITPTSNDQSDDIPGNPFDFYEKYEKDRAKFSKSNSSEG DATDPESATKSILRNKSAVDLEPHNVNQQPKKGRKVRNQKKKERTLDDDLRDMSAYQKVMHDLVEKEPTA PEPLPPGKFIDSHAPKKRVSRFKEQRALNKT ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 ARG . 1 4 ARG . 1 5 GLU . 1 6 ASP . 1 7 ALA . 1 8 LEU . 1 9 LEU . 1 10 GLN . 1 11 ALA . 1 12 LEU . 1 13 GLN . 1 14 THR . 1 15 ASN . 1 16 ALA . 1 17 SER . 1 18 GLU . 1 19 THR . 1 20 GLU . 1 21 ARG . 1 22 TRP . 1 23 GLU . 1 24 ALA . 1 25 PHE . 1 26 LYS . 1 27 ARG . 1 28 ASP . 1 29 ASN . 1 30 GLU . 1 31 SER . 1 32 THR . 1 33 ILE . 1 34 ARG . 1 35 ASN . 1 36 LEU . 1 37 ASP . 1 38 LYS . 1 39 PHE . 1 40 ALA . 1 41 LYS . 1 42 ASN . 1 43 LEU . 1 44 SER . 1 45 VAL . 1 46 GLU . 1 47 VAL . 1 48 MET . 1 49 VAL . 1 50 PRO . 1 51 ILE . 1 52 GLY . 1 53 ARG . 1 54 LYS . 1 55 ALA . 1 56 LEU . 1 57 MET . 1 58 PRO . 1 59 GLY . 1 60 GLU . 1 61 LEU . 1 62 ILE . 1 63 HIS . 1 64 THR . 1 65 ASN . 1 66 GLU . 1 67 LEU . 1 68 LEU . 1 69 VAL . 1 70 GLY . 1 71 HIS . 1 72 TYR . 1 73 GLU . 1 74 GLY . 1 75 TYR . 1 76 PHE . 1 77 SER . 1 78 ALA . 1 79 CYS . 1 80 SER . 1 81 SER . 1 82 HIS . 1 83 LYS . 1 84 ALA . 1 85 LYS . 1 86 GLU . 1 87 ILE . 1 88 CYS . 1 89 GLN . 1 90 TYR . 1 91 ARG . 1 92 LEU . 1 93 LYS . 1 94 LEU . 1 95 ALA . 1 96 GLU . 1 97 GLU . 1 98 GLN . 1 99 LEU . 1 100 LYS . 1 101 LYS . 1 102 LEU . 1 103 ALA . 1 104 VAL . 1 105 GLU . 1 106 ASN . 1 107 ASP . 1 108 LEU . 1 109 TRP . 1 110 GLN . 1 111 LYS . 1 112 LYS . 1 113 LEU . 1 114 HIS . 1 115 THR . 1 116 PRO . 1 117 PHE . 1 118 ALA . 1 119 GLU . 1 120 GLY . 1 121 ALA . 1 122 VAL . 1 123 PRO . 1 124 SER . 1 125 GLY . 1 126 ASP . 1 127 GLN . 1 128 VAL . 1 129 GLU . 1 130 ILE . 1 131 VAL . 1 132 GLU . 1 133 ASP . 1 134 PHE . 1 135 ASN . 1 136 GLU . 1 137 GLU . 1 138 SER . 1 139 HIS . 1 140 ASN . 1 141 LYS . 1 142 TRP . 1 143 LEU . 1 144 ALA . 1 145 GLU . 1 146 HIS . 1 147 ARG . 1 148 LYS . 1 149 ARG . 1 150 MET . 1 151 ARG . 1 152 GLN . 1 153 GLN . 1 154 LYS . 1 155 GLN . 1 156 LYS . 1 157 GLU . 1 158 ARG . 1 159 LEU . 1 160 GLU . 1 161 ARG . 1 162 GLU . 1 163 ALA . 1 164 GLU . 1 165 PRO . 1 166 VAL . 1 167 LYS . 1 168 LYS . 1 169 ASP . 1 170 ASN . 1 171 GLU . 1 172 VAL . 1 173 LEU . 1 174 ARG . 1 175 LYS . 1 176 LEU . 1 177 GLU . 1 178 GLU . 1 179 ARG . 1 180 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B 1 589 HIS 589 ? ? ? B . B 1 590 SER 590 ? ? ? B . B 1 591 GLY 591 ? ? ? B . B 1 592 SER 592 ? ? ? B . B 1 593 ILE 593 ? ? ? B . B 1 594 THR 594 ? ? ? B . B 1 595 PRO 595 ? ? ? B . B 1 596 THR 596 ? ? ? B . B 1 597 SER 597 ? ? ? B . B 1 598 ASN 598 ? ? ? B . B 1 599 ASP 599 ? ? ? B . B 1 600 GLN 600 ? ? ? B . B 1 601 SER 601 ? ? ? B . B 1 602 ASP 602 ? ? ? B . B 1 603 ASP 603 ? ? ? B . B 1 604 ILE 604 ? ? ? B . B 1 605 PRO 605 ? ? ? B . B 1 606 GLY 606 ? ? ? B . B 1 607 ASN 607 ? ? ? B . B 1 608 PRO 608 ? ? ? B . B 1 609 PHE 609 ? ? ? B . B 1 610 ASP 610 ? ? ? B . B 1 611 PHE 611 ? ? ? B . B 1 612 TYR 612 ? ? ? B . B 1 613 GLU 613 ? ? ? B . B 1 614 LYS 614 ? ? ? B . B 1 615 TYR 615 ? ? ? B . B 1 616 GLU 616 ? ? ? B . B 1 617 LYS 617 ? ? ? B . B 1 618 ASP 618 ? ? ? B . B 1 619 ARG 619 ? ? ? B . B 1 620 ALA 620 ? ? ? B . B 1 621 LYS 621 ? ? ? B . B 1 622 PHE 622 ? ? ? B . B 1 623 SER 623 ? ? ? B . B 1 624 LYS 624 ? ? ? B . B 1 625 SER 625 ? ? ? B . B 1 626 ASN 626 ? ? ? B . B 1 627 SER 627 ? ? ? B . B 1 628 SER 628 ? ? ? B . B 1 629 GLU 629 ? ? ? B . B 1 630 GLY 630 ? ? ? B . B 1 631 ASP 631 ? ? ? B . B 1 632 ALA 632 ? ? ? B . B 1 633 THR 633 ? ? ? B . B 1 634 ASP 634 ? ? ? B . B 1 635 PRO 635 ? ? ? B . B 1 636 GLU 636 ? ? ? B . B 1 637 SER 637 ? ? ? B . B 1 638 ALA 638 ? ? ? B . B 1 639 THR 639 ? ? ? B . B 1 640 LYS 640 ? ? ? B . B 1 641 SER 641 ? ? ? B . B 1 642 ILE 642 ? ? ? B . B 1 643 LEU 643 ? ? ? B . B 1 644 ARG 644 ? ? ? B . B 1 645 ASN 645 ? ? ? B . B 1 646 LYS 646 ? ? ? B . B 1 647 SER 647 ? ? ? B . B 1 648 ALA 648 ? ? ? B . B 1 649 VAL 649 ? ? ? B . B 1 650 ASP 650 ? ? ? B . B 1 651 LEU 651 ? ? ? B . B 1 652 GLU 652 ? ? ? B . B 1 653 PRO 653 ? ? ? B . B 1 654 HIS 654 ? ? ? B . B 1 655 ASN 655 ? ? ? B . B 1 656 VAL 656 ? ? ? B . B 1 657 ASN 657 ? ? ? B . B 1 658 GLN 658 ? ? ? B . B 1 659 GLN 659 ? ? ? B . B 1 660 PRO 660 ? ? ? B . B 1 661 LYS 661 ? ? ? B . B 1 662 LYS 662 ? ? ? B . B 1 663 GLY 663 ? ? ? B . B 1 664 ARG 664 ? ? ? B . B 1 665 LYS 665 ? ? ? B . B 1 666 VAL 666 ? ? ? B . B 1 667 ARG 667 ? ? ? B . B 1 668 ASN 668 ? ? ? B . B 1 669 GLN 669 ? ? ? B . B 1 670 LYS 670 ? ? ? B . B 1 671 LYS 671 ? ? ? B . B 1 672 LYS 672 ? ? ? B . B 1 673 GLU 673 ? ? ? B . B 1 674 ARG 674 ? ? ? B . B 1 675 THR 675 ? ? ? B . B 1 676 LEU 676 ? ? ? B . B 1 677 ASP 677 ? ? ? B . B 1 678 ASP 678 ? ? ? B . B 1 679 ASP 679 ? ? ? B . B 1 680 LEU 680 ? ? ? B . B 1 681 ARG 681 ? ? ? B . B 1 682 ASP 682 ? ? ? B . B 1 683 MET 683 ? ? ? B . B 1 684 SER 684 ? ? ? B . B 1 685 ALA 685 ? ? ? B . B 1 686 TYR 686 ? ? ? B . B 1 687 GLN 687 ? ? ? B . B 1 688 LYS 688 ? ? ? B . B 1 689 VAL 689 ? ? ? B . B 1 690 MET 690 ? ? ? B . B 1 691 HIS 691 ? ? ? B . B 1 692 ASP 692 ? ? ? B . B 1 693 LEU 693 ? ? ? B . B 1 694 VAL 694 ? ? ? B . B 1 695 GLU 695 ? ? ? B . B 1 696 LYS 696 ? ? ? B . B 1 697 GLU 697 ? ? ? B . B 1 698 PRO 698 ? ? ? B . B 1 699 THR 699 ? ? ? B . B 1 700 ALA 700 ? ? ? B . B 1 701 PRO 701 ? ? ? B . B 1 702 GLU 702 ? ? ? B . B 1 703 PRO 703 ? ? ? B . B 1 704 LEU 704 ? ? ? B . B 1 705 PRO 705 ? ? ? B . B 1 706 PRO 706 ? ? ? B . B 1 707 GLY 707 ? ? ? B . B 1 708 LYS 708 ? ? ? B . B 1 709 PHE 709 ? ? ? B . B 1 710 ILE 710 ? ? ? B . B 1 711 ASP 711 ? ? ? B . B 1 712 SER 712 ? ? ? B . B 1 713 HIS 713 ? ? ? B . B 1 714 ALA 714 ? ? ? B . B 1 715 PRO 715 ? ? ? B . B 1 716 LYS 716 ? ? ? B . B 1 717 LYS 717 ? ? ? B . B 1 718 ARG 718 ? ? ? B . B 1 719 VAL 719 ? ? ? B . B 1 720 SER 720 ? ? ? B . B 1 721 ARG 721 ? ? ? B . B 1 722 PHE 722 ? ? ? B . B 1 723 LYS 723 ? ? ? B . B 1 724 GLU 724 ? ? ? B . B 1 725 GLN 725 ? ? ? B . B 1 726 ARG 726 ? ? ? B . B 1 727 ALA 727 ? ? ? B . B 1 728 LEU 728 ? ? ? B . B 1 729 ASN 729 ? ? ? B . B 1 730 LYS 730 ? ? ? B . B 1 731 THR 731 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Geminin {PDB ID=1uii, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1uii.1.A}' 'template structure' . 2 'Geminin {PDB ID=1uii, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1uii.1.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 1uii, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 1uii, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-10-29 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2025-10-24 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;PESSENKNLGGVTQESFDLMIKENPSSQYWKEVAEKRRKALYEALKENEKLHKEIEQKDNEIARLKKENK ELAEVAEHVQYMA ; ;PESSENKNLGGVTQESFDLMIKENPSSQYWKEVAEKRRKALYEALKENEKLHKEIEQKDNEIARLKKENK ELAEVAEHVQYMA ; 2 ;PESSENKNLGGVTQESFDLMIKENPSSQYWKEVAEKRRKALYEALKENEKLHKEIEQKDNEIARLKKENK ELAEVAEHVQYMA ; ;PESSENKNLGGVTQESFDLMIKENPSSQYWKEVAEKRRKALYEALKENEKLHKEIEQKDNEIARLKKENK ELAEVAEHVQYMA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 35 73 2 2 35 73 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1uii 2023-12-27 2 PDB . 1uii 2023-12-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 731 2 2 B 1 731 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 731 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 731 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 37.000 20.513 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 37.000 20.513 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDRREDALLQALQTNASETERWEAFKRDNESTIRNLDKFAKNLSVEVMVPIGRKALMPGELIHTNELLVGHYEGYFSACSSHKAKEICQYRLKLAEEQLKKLAVENDLWQKKLHTPFAEGAVPSGDQVEIVEDFNEESHNKWLAEHRKRMRQQKQKERLEREAEPVKKDNEVLRKLEEREMMEELGLDPDNIDEDQLHDMLNQEPLKSTNESSPKSLTQEEEDELWKKLEAEEQNEADELSSEAEESLKTTDNLVRQLMSGETETPSSKKRTAGTNRNVEIQDPISEDDGDDDDEGDQEEEVRTIREQMSLLPNEDREPFLRAQLHVLKAKMRKIQKVNFISDELIHLMNVVVMLEDDLQDLVFEQELEASEEEEEVVENNHLPDEPSKELSTVSESSTNKRRISFALDDEKLEFRREETVAEMLPNAKKNSRDIIKLNAPLKPAGDPQPASIKTKRQTTQDILQKVERNIEFVKENQSVQDFDLLNRIMEESTGLINTLHISFTHSGAIPSPSSDQSDGIPGKPSDFYVRYEKDRARPNDSFPIYVNGFEGEEHVKVPIMSEAARGSAYEDPRSQFSKPNSSEICFTHSGSITPTSNDQSDDIPGNPFDFYEKYEKDRAKFSKSNSSEGDATDPESATKSILRNKSAVDLEPHNVNQQPKKGRKVRNQKKKERTLDDDLRDMSAYQKVMHDLVEKEPTAPEPLPPGKFIDSHAPKKRVSRFKEQRALNKT 2 1 2 -EKRRKALYEALKENEKLHKEIEQKDNEIARLKKENKELA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MDRREDALLQALQTNASETERWEAFKRDNESTIRNLDKFAKNLSVEVMVPIGRKALMPGELIHTNELLVGHYEGYFSACSSHKAKEICQYRLKLAEEQLKKLAVENDLWQKKLHTPFAEGAVPSGDQVEIVEDFNEESHNKWLAEHRKRMRQQKQKERLEREAEPVKKDNEVLRKLEEREMMEELGLDPDNIDEDQLHDMLNQEPLKSTNESSPKSLTQEEEDELWKKLEAEEQNEADELSSEAEESLKTTDNLVRQLMSGETETPSSKKRTAGTNRNVEIQDPISEDDGDDDDEGDQEEEVRTIREQMSLLPNEDREPFLRAQLHVLKAKMRKIQKVNFISDELIHLMNVVVMLEDDLQDLVFEQELEASEEEEEVVENNHLPDEPSKELSTVSESSTNKRRISFALDDEKLEFRREETVAEMLPNAKKNSRDIIKLNAPLKPAGDPQPASIKTKRQTTQDILQKVERNIEFVKENQSVQDFDLLNRIMEESTGLINTLHISFTHSGAIPSPSSDQSDGIPGKPSDFYVRYEKDRARPNDSFPIYVNGFEGEEHVKVPIMSEAARGSAYEDPRSQFSKPNSSEICFTHSGSITPTSNDQSDDIPGNPFDFYEKYEKDRAKFSKSNSSEGDATDPESATKSILRNKSAVDLEPHNVNQQPKKGRKVRNQKKKERTLDDDLRDMSAYQKVMHDLVEKEPTAPEPLPPGKFIDSHAPKKRVSRFKEQRALNKT 4 2 2 -EKRRKALYEALKENEKLHKEIEQKDNEIARLKKENKELA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.122}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1uii.1, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 'model 1' 6 'Homology model' . # # loop_ _ma_model_group.id _ma_model_group.name _ma_model_group.details 1 . . # # loop_ _ma_model_group_link.group_id _ma_model_group_link.model_id 1 1 # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 34.295 77.289 50.790 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 17 C CZ . ARG 3 3 ? A 35.473 77.514 51.390 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 18 N NH1 . ARG 3 3 ? A 36.114 76.545 52.036 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 19 N NH2 . ARG 3 3 ? A 36.030 78.722 51.343 1 1 A ARG 0.440 1 ATOM 20 N N . ARG 4 4 ? A 29.095 72.742 50.243 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 21 C CA . ARG 4 4 ? A 28.479 71.438 50.095 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 22 C C . ARG 4 4 ? A 27.159 71.423 49.333 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 23 O O . ARG 4 4 ? A 26.877 70.470 48.620 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 24 C CB . ARG 4 4 ? A 28.249 70.786 51.472 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 25 C CG . ARG 4 4 ? A 29.561 70.438 52.196 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 26 C CD . ARG 4 4 ? A 29.306 69.789 53.553 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 27 N NE . ARG 4 4 ? A 30.639 69.510 54.164 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 28 C CZ . ARG 4 4 ? A 30.845 69.235 55.462 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 29 N NH1 . ARG 4 4 ? A 29.844 69.204 56.334 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 30 N NH2 . ARG 4 4 ? A 32.014 68.764 55.893 1 1 A ARG 0.620 1 ATOM 31 N N . GLU 5 5 ? 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A 21.079 65.197 43.697 1 1 A LEU 0.740 1 ATOM 91 N N . GLN 13 13 ? A 22.783 67.628 39.099 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 92 C CA . GLN 13 13 ? A 22.696 67.972 37.689 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 93 C C . GLN 13 13 ? A 23.456 67.015 36.785 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 94 O O . GLN 13 13 ? A 22.957 66.610 35.739 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 95 C CB . GLN 13 13 ? A 23.197 69.410 37.439 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 96 C CG . GLN 13 13 ? A 22.290 70.481 38.082 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 97 C CD . GLN 13 13 ? A 22.858 71.880 37.859 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 98 O OE1 . GLN 13 13 ? A 24.058 72.097 37.684 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 99 N NE2 . GLN 13 13 ? A 21.962 72.894 37.866 1 1 A GLN 0.740 1 ATOM 100 N N . THR 14 14 ? A 24.675 66.595 37.175 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 101 C CA . THR 14 14 ? A 25.424 65.578 36.432 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 102 C C . THR 14 14 ? A 24.726 64.234 36.403 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 103 O O . THR 14 14 ? A 24.578 63.631 35.343 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 104 C CB . THR 14 14 ? A 26.842 65.378 36.943 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 105 O OG1 . THR 14 14 ? A 27.570 66.590 36.817 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 106 C CG2 . THR 14 14 ? A 27.618 64.349 36.107 1 1 A THR 0.730 1 ATOM 107 N N . ASN 15 15 ? A 24.211 63.757 37.554 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 108 C CA . ASN 15 15 ? A 23.452 62.516 37.656 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 109 C C . ASN 15 15 ? A 22.183 62.541 36.813 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 110 O O . ASN 15 15 ? A 21.809 61.577 36.151 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 111 C CB . ASN 15 15 ? A 23.068 62.198 39.123 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 112 C CG . ASN 15 15 ? A 24.301 61.963 39.989 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 113 O OD1 . ASN 15 15 ? A 25.459 62.033 39.578 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 114 N ND2 . ASN 15 15 ? A 24.048 61.743 41.305 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 115 N N . ALA 16 16 ? A 21.500 63.704 36.760 1 1 A ALA 0.780 1 ATOM 116 C CA . ALA 16 16 ? A 20.366 63.910 35.884 1 1 A ALA 0.780 1 ATOM 117 C C . ALA 16 16 ? A 20.694 63.670 34.404 1 1 A ALA 0.780 1 ATOM 118 O O . ALA 16 16 ? 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B 28.376 66.490 47.032 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 387 C CD2 . LEU 8 8 ? B 29.667 67.159 49.102 1 1 B LEU 0.740 1 ATOM 388 N N . LEU 9 9 ? B 27.183 62.977 49.875 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 389 C CA . LEU 9 9 ? B 27.699 61.623 49.863 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 390 C C . LEU 9 9 ? B 26.815 60.671 49.071 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 391 O O . LEU 9 9 ? B 27.302 59.957 48.196 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 392 C CB . LEU 9 9 ? B 27.857 61.091 51.307 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 393 C CG . LEU 9 9 ? B 28.953 61.785 52.142 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 394 C CD1 . LEU 9 9 ? B 28.846 61.347 53.612 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 395 C CD2 . LEU 9 9 ? B 30.367 61.538 51.589 1 1 B LEU 0.760 1 ATOM 396 N N . GLN 10 10 ? B 25.485 60.704 49.280 1 1 B GLN 0.760 1 ATOM 397 C CA . GLN 10 10 ? B 24.537 59.914 48.513 1 1 B GLN 0.760 1 ATOM 398 C C . GLN 10 10 ? B 24.563 60.217 47.018 1 1 B GLN 0.760 1 ATOM 399 O O . GLN 10 10 ? B 24.603 59.312 46.184 1 1 B GLN 0.760 1 ATOM 400 C CB . GLN 10 10 ? 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