26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P0CG47 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P43593 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 1-405
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state
HeteromerA0A6A5PTH4 ; A0A6A5PTW0 ; A0A6A5PUA1 ; A0A6A5PV22 ; A0A6A5PWR8 ; A0A6A5PWS2 ; A0A6A5PXC6 ; A0A6A5PXN2 ; A0A6A5PXS0 ; A0A6A5PYC9 ; A0A6A5PYF7 ; A0A6A5PYX7 ; A0A6A5Q0P3 ; A0A6A5Q0W2 ; A0A6A5Q273 ; A0A6A5Q2N6 ; A0A6A5Q382 ; A0A6A5Q449 ; A0A6A5Q4M4 ; A0A6A5Q5W3 ; A0A6A5Q672 ; A0A6A5Q8D3 ; A0A6L0YA22 ; A0A6L0YP93 ; A0A6L1AUZ6 ; A0A6L1BIF8 ; A0A7I9BXZ7 ; J3QS39 ; O94742 ; P30657 ; P32565 ; P38624 ; P38764 ; Q04062 ; Q08723 ; 1-405
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome, s2 state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 1-405
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome, s3 state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 1-405
2×ADP; 6×MG; 4×ATP; Assess 26S proteasome, s1 state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 1-405
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome, s5 state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 1-405
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome WT-Ubp6-UbVS complex in the si state (ATPases, Rpn1, Ubp6, and UbVS)
HeteromerP0CG47 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38764 ; P40327 ; P43593 ; P53549 ; Q01939 ; 1-405
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome, s6 state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 1-405
4×ATP; 6×MG; 2×ADP; Assess 26S proteasome, s4 state
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 3-405
4×ATP; 6×MG; 2×ADP; Assess 26S proteasome in presence of BeFx (s4)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P43593 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 13-405
4×ATP; 6×MG; 2×ADP; Assess 26S proteasome in presence of ATP (s1)
HeteromerP21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P53549 ; Q01939 ; 13-398
5×ATP; 6×MG; 1×ADP; Assess 26S proteasome in presence of ATP (s2)
HeteromerP21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P53549 ; Q01939 ; 13-398
6×MG; 5×ATP; 1×ADP; Assess 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 13-398
5×ANP; 6×MG; 1×ADP; Assess Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state)
HeteromerP07818 ; P0CH08 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; 23-405
4×ATP; 2×ADP; Assess Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Yeast proteasome in resting state (C1-a)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess yeast proteasome in Ub-engaged state (C2)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess The resting state of yeast proteasome
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Yeast proteasome-ADP-AlFx
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b)
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S prot…
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S prot…
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S prot…
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P53549 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex
HeteromerO13563 ; O94742 ; P21242 ; P21243 ; P22141 ; P23638 ; P23639 ; P23724 ; P25043 ; P25451 ; P30656 ; P30657 ; P32379 ; P32496 ; P32565 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P38624 ; P38764 ; P38886 ; P40016 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P43588 ; P43593 ; P53549 ; P62987 ; Q01939 ; Q04062 ; Q06103 ; Q08723 ; Q12250 ; Q12377 ; 24-396
Assess Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (1D* motor state)
HeteromerP07818 ; P21242 ; P21243 ; P23638 ; P23639 ; P32379 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P53549 ; Q01939 ; 130-405
3×ADP; 3×ATP; Assess Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (5D motor state)
HeteromerP07818 ; P21242 ; P21243 ; P23638 ; P23639 ; P32379 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P53549 ; Q01939 ; 133-405
4×ATP; 2×ADP; Assess Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (5T motor state)
HeteromerP07818 ; P21242 ; P21243 ; P23638 ; P23639 ; P32379 ; P33297 ; P33298 ; P33299 ; P40302 ; P40303 ; P40327 ; P53549 ; Q01939 ; 144-405
4×ATP; 2×ADP; Assess