SMTL ID : 1a34.3 (4 other biounits)

SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS/RNA COMPLEX

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.81 Å

Oligo State

homo-hexamer

Ligands

6 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.1: 5 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Ligands: SO4.3 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain A Hydrogen bonds: D:N.115, D:N.117, A:N.115, A:N.117 SO4.3: 5 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Ligands: SO4.1 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain A Hydrogen bonds: D:N.115, D:N.117, A:N.115, A:N.117 SO4.5: 5 residues within 4Å: Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Ligands: SO4.7 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain J Hydrogen bonds: G:N.115, G:N.117, J:N.115, J:N.117 SO4.7: 5 residues within 4Å: Chain G: N.115, N.117 Chain J: N.115, N.117 Ligands: SO4.5 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain G, 2 interactions with chain J Hydrogen bonds: G:N.115, G:N.117, J:N.115, J:N.117 SO4.9: 5 residues within 4Å: Chain M: N.115, N.117 Chain P: N.115, N.117 Ligands: SO4.11 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain P, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: P:N.115, P:N.117, M:N.115, M:N.117 SO4.11: 5 residues within 4Å: Chain M: N.115, N.117 Chain P: N.115, N.117 Ligands: SO4.9 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain P, 2 interactions with chain M Hydrogen bonds: P:N.115, P:N.117, M:N.115, M:N.117

6 x U: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE(Non-covalent)

U.2: 12 residues within 4Å: Chain A: T.13, G.14, I.23 Chain B: A.8, A.9 Chain G: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain I: U.8, U.9 33 PLIP interactions: 6 interactions with chain A, 5 interactions with chain P, 5 interactions with chain D, 6 interactions with chain J, 5 interactions with chain G, 6 interactions with chain M Hydrogen bonds: A:T.13, A:T.13, A:G.14, A:R.125, P:T.13, P:T.13, P:G.14, D:T.13, D:T.13, D:G.14, J:T.13, J:T.13, J:G.14, J:R.125, G:T.13, G:T.13, G:G.14, M:T.13, M:T.13, M:G.14, M:R.125 Salt bridges: A:R.125, A:R.131, P:R.125, P:R.131, D:R.125, D:R.131, J:R.125, J:R.131, G:R.125, G:R.131, M:R.125, M:R.131 U.4: 12 residues within 4Å: Chain D: T.13, G.14, I.23 Chain E: A.8, A.9 Chain M: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain O: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.6: 12 residues within 4Å: Chain A: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain C: U.8, U.9 Chain G: T.13, G.14, I.23 Chain H: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.8: 12 residues within 4Å: Chain J: T.13, G.14, I.23 Chain K: A.8, A.9 Chain P: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain R: U.8, U.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.10: 12 residues within 4Å: Chain D: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain F: U.8, U.9 Chain M: T.13, G.14, I.23 Chain N: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available U.12: 12 residues within 4Å: Chain J: M.76, S.77, R.125, R.131, S.155 Chain L: U.8, U.9 Chain P: T.13, G.14, I.23 Chain Q: A.8, A.9 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Larson, S.B. et al., Refined structure of satellite tobacco mosaic virus at 1.8 A resolution. J.Mol.Biol. (1998)

Release Date

1998-04-29

Peptides

PROTEIN (SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS): ADGJMP

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

D
A

G
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A

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A

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PROTEIN (SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS)

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