SMTL ID : 1uf5.1

Crystal structure of C171A/V236A Mutant of N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase complexed with N-carbamyl-D-methionine

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.60 Å

Oligo State

homo-tetramer

Ligands

4 x CDT: 4-METHYLSULFANYL-2-UREIDO-BUTYRIC ACID(Non-covalent)

CDT.1: 14 residues within 4Å: Chain A: E.46, F.52, K.126, P.130, G.131, H.143, E.145, A.171, N.172, R.174, R.175, N.196, T.197 Chain B: I.285 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:E.46, A:K.126, A:N.172, A:N.172, A:N.196, A:N.196 Salt bridges: A:R.174, A:R.175 CDT.3: 13 residues within 4Å: Chain B: E.46, F.52, K.126, P.130, G.131, H.143, E.145, A.171, N.172, R.174, R.175, N.196, T.197 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:E.46, B:K.126, B:N.172, B:N.172, B:N.196, B:N.196 Salt bridges: B:R.174, B:R.175 CDT.4: 14 residues within 4Å: Chain C: E.46, F.52, K.126, P.130, G.131, H.143, E.145, A.171, N.172, R.174, R.175, N.196, T.197 Chain D: I.285 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:E.46, C:K.126, C:N.172, C:N.172, C:N.196, C:N.196 Salt bridges: C:R.174, C:R.175 CDT.6: 13 residues within 4Å: Chain D: E.46, F.52, K.126, P.130, G.131, H.143, E.145, A.171, N.172, R.174, R.175, N.196, T.197 8 PLIP interactions: 8 interactions with chain D Hydrogen bonds: D:E.46, D:K.126, D:N.172, D:N.172, D:N.196, D:N.196 Salt bridges: D:R.174, D:R.175

2 x EDO: 1,2-ETHANEDIOL(Non-functional Binders)

EDO.2: 4 residues within 4Å: Chain A: L.217, Q.220 Chain B: L.217, Q.220 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain B, 2 interactions with chain A Hydrogen bonds: B:Q.220, A:Q.220 Water bridges: B:Q.220, A:Q.220 EDO.5: 4 residues within 4Å: Chain C: L.217, Q.220 Chain D: L.217, Q.220 4 PLIP interactions: 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain C Hydrogen bonds: D:Q.220, C:Q.220 Water bridges: D:Q.220, C:Q.220

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Hashimoto, H. et al., Crystal structure of C171A/V236A mutant of N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase. To be published

Release Date

2004-06-08

Peptides

N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase: ABCD

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

C
A

D
B

N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase

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