SMTL ID : 2r2s.1

Co(III)bleomycinB2 bound to d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.80 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x DA- DT- DT- DA- DG- DT- DT: DNA (5'-D(*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DTP*DT)-3')(Non-covalent)

DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1: 14 residues within 4Å: Chain A: Y.41, L.76, R.93, K.97 Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, BLB.4, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5: 14 residues within 4Å: Chain B: Y.41, L.76, R.93, K.97 Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, BLB.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x DT- DA- DA- DC- DT- DA- DA- DT: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DAP*DT)-3')(Non-covalent)

DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2: 18 residues within 4Å: Chain A: L.76, Q.90, D.91, L.92, R.93, G.168 Ligands: DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, BLB.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, BLB.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6: 18 residues within 4Å: Chain B: L.76, Q.90, D.91, L.92, R.93, G.168 Ligands: DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, BLB.4, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, BLB.8 Protein-ligand interaction information (PLIP) not available

2 x 3CO: COBALT (III) ION(Non-functional Binders)

3CO.3: 1 residues within 4Å: Ligands: BLB.4 No protein-ligand interaction detected (PLIP) 3CO.7: 1 residues within 4Å: Ligands: BLB.8 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

2 x BLB: BLEOMYCIN B2(Non-functional Binders)

BLB.4: 13 residues within 4Å: Ligands: DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.1, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, 3CO.3, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6 No protein-ligand interaction detected (PLIP) BLB.8: 13 residues within 4Å: Ligands: DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.2, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DA-DT-DT-DA-DG-DT-DT.5, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, DT-DA-DA-DC-DT-DA-DA-DT.6, 3CO.7 No protein-ligand interaction detected (PLIP)

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Goodwin, K.D. et al., Crystal structure of DNA-bound Co(III) bleomycin B2: Insights on intercalation and minor groove binding. Proc.Natl.Acad.Sci.Usa (2008)

Release Date

2008-07-22

Peptides

Reverse transcriptase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

Reverse transcriptase

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