SMTL ID : 3w78.3 (2 other biounits)

Crystal Structure of azoreductase AzrC in complex with NAD(P)-inhibitor Cibacron Blue

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.62 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.1: 17 residues within 4Å: Chain A: N.10, S.17, F.18, G.19, P.101, M.102, W.103, N.104, F.105, A.146, G.148, G.149, Y.151, N.187 Chain B: F.57, W.60 Ligands: CBD.2 16 PLIP interactions: 2 interactions with chain B, 14 interactions with chain A Hydrophobic interactions: B:F.57, B:W.60, A:W.103, A:W.103 Hydrogen bonds: A:N.10, A:F.18, A:G.19, A:M.102, A:M.102, A:N.104, A:F.105, A:G.148, A:G.149, A:Y.151, A:N.187 pi-Stacking: A:W.103 FMN.3: 17 residues within 4Å: Chain A: F.57, W.60 Chain B: N.10, S.17, F.18, G.19, P.101, M.102, W.103, N.104, F.105, A.146, G.148, G.149, Y.151, N.187 Ligands: CBD.4 17 PLIP interactions: 15 interactions with chain B, 2 interactions with chain A Hydrophobic interactions: B:W.103, B:W.103, A:F.57, A:W.60 Hydrogen bonds: B:N.10, B:F.18, B:G.19, B:M.102, B:M.102, B:N.104, B:F.105, B:G.148, B:G.149, B:Y.151, B:Y.151, B:N.187 pi-Stacking: B:W.103

2 x CBD: CIBACRON BLUE(Non-covalent)

CBD.2: 17 residues within 4Å: Chain A: N.104, G.149, V.150, Y.151, Y.156, N.187, A.188 Chain B: A.119, F.125, Y.127, T.128, E.129, N.130, G.131, P.132, F.172 Ligands: FMN.1 11 PLIP interactions: 7 interactions with chain B, 4 interactions with chain A Hydrophobic interactions: B:F.125, B:F.125, B:P.132, B:F.172, A:N.187 Hydrogen bonds: B:Y.127, B:Y.127, B:T.128, A:V.150, A:V.150, A:N.187 CBD.4: 17 residues within 4Å: Chain A: A.119, F.125, Y.127, T.128, E.129, N.130, G.131, P.132, F.172 Chain B: N.104, G.149, V.150, Y.151, Y.156, N.187, A.188 Ligands: FMN.3 10 PLIP interactions: 6 interactions with chain A, 4 interactions with chain B Hydrophobic interactions: A:F.125, A:F.125, A:P.132, A:F.172, B:N.187 Hydrogen bonds: A:Y.127, A:T.128, B:V.150, B:V.150, B:N.187

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Yu, J. et al., Structures of AzrA and of AzrC complexed with substrate or inhibitor: insight into substrate specificity and catalytic mechanism. Acta Crystallogr.,Sect.D (2014)

Release Date

2014-02-12

Peptides

FMN-dependent NADH-azoreductase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
C

B
C

FMN-dependent NADH-azoreductase

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