SMTL ID : 5m47.1

Crystal structure of DapF from Corynebacterium glutamicum in complex with D,L-diaminopimelate

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.59 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x API: 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID(Non-covalent)

API.1: 15 residues within 4Å: Chain A: N.15, Y.72, N.74, A.80, M.82, C.83, G.84, N.85, N.159, N.194, E.212, R.213, C.221, G.222, T.223 13 PLIP interactions: 13 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.72 Hydrogen bonds: A:N.15, A:N.15, A:N.74, A:G.84, A:N.85, A:N.159, A:N.194, A:R.213, A:G.222, A:T.223, A:T.223 Salt bridges: A:R.213 API.2: 15 residues within 4Å: Chain B: N.15, Y.72, N.74, A.80, M.82, C.83, G.84, N.85, N.159, N.194, E.212, R.213, C.221, G.222, T.223 14 PLIP interactions: 14 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:Y.72 Hydrogen bonds: B:N.15, B:N.15, B:N.74, B:G.84, B:N.85, B:N.159, B:N.194, B:E.212, B:R.213, B:G.222, B:T.223, B:T.223 Salt bridges: B:R.213

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Sagong, H.Y. et al., Structural basis for redox sensitivity in Corynebacterium glutamicum diaminopimelate epimerase: an enzyme involved in l-lysine biosynthesis. Sci Rep (2017)

Release Date

2016-11-02

Peptides

Diaminopimelate epimerase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
A

Diaminopimelate epimerase

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