SMTL ID : 6oja.1

Crystal structure of the N. meningitides methionine-binding protein in its L-methionine bound conformation

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.55 Å

Oligo State

homo-hexamer

Ligands

6 x MET: METHIONINE(Non-covalent)

MET.1: 14 residues within 4Å: Chain A: F.15, Y.42, F.59, Q.60, H.61, Y.64, T.84, N.114, R.117, N.174, G.175, N.176, Y.197, N.199 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.174, A:N.199, A:N.199, A:N.199 Water bridges: A:R.117, A:R.117, A:G.175, A:G.175, A:G.175, A:N.176 Salt bridges: A:H.61, A:R.117 MET.2: 14 residues within 4Å: Chain B: F.15, Y.42, F.59, Q.60, H.61, Y.64, T.84, N.114, R.117, N.174, G.175, N.176, Y.197, N.199 12 PLIP interactions: 11 interactions with chain B, 1 Ligand-Ligand interactions Hydrogen bonds: B:N.174, B:N.199, B:N.199, B:N.199, M.2 Water bridges: B:R.117, B:G.175, B:G.175, B:G.175, B:N.176 Salt bridges: B:H.61, B:R.117 MET.3: 13 residues within 4Å: Chain C: F.15, Y.42, F.59, Q.60, H.61, Y.64, T.84, N.114, R.117, N.174, G.175, N.176, N.199 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain C Hydrogen bonds: C:N.174, C:N.199, C:N.199 Water bridges: C:R.117, C:R.117, C:G.175, C:G.175, C:G.175, C:G.175 Salt bridges: C:H.61, C:R.117 MET.4: 14 residues within 4Å: Chain D: F.15, Y.42, F.59, Q.60, H.61, Y.64, T.84, N.114, R.117, N.174, G.175, N.176, Y.197, N.199 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain D Hydrogen bonds: D:N.174, D:N.199, D:N.199 Water bridges: D:R.117, D:R.117, D:G.175, D:G.175, D:G.175, D:G.175 Salt bridges: D:H.61, D:R.117 MET.5: 13 residues within 4Å: Chain E: F.15, Y.42, F.59, Q.60, H.61, Y.64, T.84, N.114, R.117, N.174, G.175, N.176, N.199 11 PLIP interactions: 11 interactions with chain E Hydrogen bonds: E:N.174, E:N.199, E:N.199 Water bridges: E:L.87, E:R.117, E:G.175, E:G.175, E:G.175, E:G.175 Salt bridges: E:H.61, E:R.117 MET.6: 14 residues within 4Å: Chain F: F.15, Y.42, F.59, Q.60, H.61, Y.64, T.84, N.114, R.117, N.174, G.175, N.176, Y.197, N.199 13 PLIP interactions: 12 interactions with chain F, 1 Ligand-Ligand interactions Hydrogen bonds: F:N.174, F:N.199, F:N.199, F:N.199, M.6 Water bridges: F:R.117, F:R.117, F:G.175, F:G.175, F:G.175, F:G.175 Salt bridges: F:H.61, F:R.117

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Nguyen, P.T. et al., Structures of the Neisseria meningitides methionine-binding protein MetQ in substrate-free form and bound to l- and d-methionine isomers. Protein Sci. (2019)

Release Date

2019-08-07

Peptides

Lipoprotein: ABCDEF

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

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E
E

F
F

Lipoprotein