- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 2.80 Å
- Oligo State
- homo-tetramer
- Ligands
- 4 x NAP: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE(Non-covalent)
- 4 x GDD: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE(Non-covalent)
GDD.2: 25 residues within 4Å:- Chain A: S.92, H.93, V.94, T.135, D.136, E.137, Y.159, L.186, F.187, N.188, R.194, N.197, F.198, V.199, K.202, L.220, G.221, N.222, A.225, R.227, V.261, Y.303, R.305, E.308
- Ligands: NAP.1
17 PLIP interactions:17 interactions with chain A- Hydrogen bonds: A:S.92, A:T.135, A:T.135, A:F.187, A:N.188, A:R.194, A:R.194, A:N.197, A:V.199, A:K.202, A:G.221, A:N.222, A:R.305, A:E.308
- Salt bridges: A:R.227, A:R.305, A:R.305
GDD.4: 26 residues within 4Å:- Chain B: S.92, H.93, V.94, T.135, D.136, E.137, Y.159, L.186, F.187, N.188, R.194, N.197, F.198, V.199, K.202, S.219, L.220, G.221, N.222, A.225, R.227, V.261, Y.303, R.305, E.308
- Ligands: NAP.3
18 PLIP interactions:18 interactions with chain B- Hydrogen bonds: B:S.92, B:T.135, B:T.135, B:Y.159, B:F.187, B:N.188, B:R.194, B:R.194, B:N.197, B:V.199, B:K.202, B:G.221, B:N.222, B:R.305, B:E.308
- Salt bridges: B:R.227, B:R.305, B:R.305
GDD.8: 23 residues within 4Å:- Chain C: S.92, V.94, T.135, D.136, Y.159, L.186, F.187, N.188, R.194, N.197, F.198, V.199, K.202, L.220, G.221, N.222, A.225, R.227, V.261, Y.303, R.305, E.308
- Ligands: NAP.7
20 PLIP interactions:20 interactions with chain C- Hydrogen bonds: C:S.92, C:T.135, C:T.135, C:E.137, C:Y.159, C:L.186, C:N.188, C:R.194, C:R.194, C:N.197, C:V.199, C:K.202, C:G.221, C:N.222, C:R.305, C:E.308
- Salt bridges: C:R.194, C:R.227, C:R.305, C:R.305
GDD.9: 25 residues within 4Å:- Chain D: S.92, H.93, V.94, T.135, D.136, E.137, Y.159, L.186, F.187, N.188, R.194, N.197, F.198, V.199, K.202, L.220, G.221, N.222, A.225, R.227, V.261, Y.303, R.305, E.308
- Ligands: NAP.10
18 PLIP interactions:18 interactions with chain D- Hydrogen bonds: D:S.92, D:T.135, D:T.135, D:L.186, D:N.188, D:R.194, D:R.194, D:N.197, D:V.199, D:K.202, D:G.221, D:N.222, D:R.305, D:R.305, D:E.308
- Salt bridges: D:R.194, D:R.227, D:R.305
- 2 x EDO: 1,2-ETHANEDIOL(Non-functional Binders)
EDO.5: 4 residues within 4Å:- Chain B: Y.64
- Chain D: N.197, K.202, Y.303
3 PLIP interactions:2 interactions with chain D, 1 interactions with chain B- Hydrogen bonds: D:K.202, D:Y.303, B:Y.64
EDO.6: 4 residues within 4Å:- Chain B: N.197, K.202, Y.303
- Chain D: Y.64
4 PLIP interactions:2 interactions with chain B, 2 interactions with chain D- Hydrogen bonds: B:N.197, B:K.202, D:Y.64, D:Y.64
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Pfeiffer, M. et al., A Parsimonious Mechanism of Sugar Dehydration by Human GDP-Mannose-4,6-dehydratase. Acs Catalysis (2019)
- Release Date
- 2019-04-24
- Peptides
- GDP-mannose 4,6 dehydratase: ABCD
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
CB
DC
ED
F
- Coordinates
- PDB Format
- Method
- X-RAY DIFFRACTION 2.80 Å
- Oligo State
- homo-tetramer
- Ligands
- 4 x NAP: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE(Non-covalent)
- 4 x GDD: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE(Non-covalent)
- 2 x EDO: 1,2-ETHANEDIOL(Non-functional Binders)
- Links
- RCSB PDBe PDBe-KB PDBj PDBsum CATH PLIP
- Citation
- Pfeiffer, M. et al., A Parsimonious Mechanism of Sugar Dehydration by Human GDP-Mannose-4,6-dehydratase. Acs Catalysis (2019)
- Release Date
- 2019-04-24
- Peptides
- GDP-mannose 4,6 dehydratase: ABCD
- SMTL:PDB
- SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:A
CB
DC
ED
F