SMTL ID : 7m2v.1

Crystallographic Structure of the Rhombohedral Crystal Form of STMV Grown from Chloride

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.80 Å

Oligo State

homo-20-mer

Ligands

13 x CL: CHLORIDE ION(Non-functional Binders)

CL.1: 5 residues within 4Å: Chain A: N.117 Chain B: N.117 Chain C: N.117 Chain D: N.117 Chain N: N.117 Ligand excluded by PLIP CL.3: 6 residues within 4Å: Chain 3: K.30 Chain B: G.111, R.112, A.113, A.120, S.121 Ligand excluded by PLIP CL.4: 5 residues within 4Å: Chain B: A.52, K.97, E.108, E.142, R.144 Ligand excluded by PLIP CL.7: 4 residues within 4Å: Chain H: S.17, N.18, V.19 Chain N: P.127 Ligand excluded by PLIP CL.10: 5 residues within 4Å: Chain K: A.52, K.97, E.108, E.142, R.144 Ligand excluded by PLIP CL.12: 6 residues within 4Å: Chain E: N.117 Chain K: N.117 Chain P: N.117 Chain T: N.117 Chain X: N.117 Ligands: PO4.9 Ligand excluded by PLIP CL.14: 6 residues within 4Å: Chain T: V.47, Q.48, S.49, S.145, C.147, R.148 Ligand excluded by PLIP CL.17: 2 residues within 4Å: Chain V: R.66, D.68 Ligand excluded by PLIP CL.18: 6 residues within 4Å: Chain G: N.117 Chain H: N.117 Chain I: N.117 Chain O: N.117 Chain V: N.117 Ligands: PO4.16 Ligand excluded by PLIP CL.21: 4 residues within 4Å: Chain 6: F.93, R.95, E.110, R.112 Ligand excluded by PLIP CL.23: 5 residues within 4Å: Chain 0: N.117 Chain 3: N.117 Chain 6: N.117 Chain F: N.117 Chain b: N.117 Ligand excluded by PLIP CL.24: 2 residues within 4Å: Chain b: R.66, D.68 Ligand excluded by PLIP CL.25: 3 residues within 4Å: Chain b: G.50, I.51, R.144 Ligand excluded by PLIP

8 x MG: MAGNESIUM ION(Non-covalent)

MG.2: 10 residues within 4Å: Chain A: T.82, L.84, T.85, P.86, S.92, T.118, R.119, A.120, C.147 Chain B: Y.91 4 PLIP interactions: 1 interactions with chain B, 3 interactions with chain A Metal complexes: B:Y.91, A:T.82, A:L.84, A:S.92 MG.6: 3 residues within 4Å: Chain E: R.95, E.108, E.110 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain E Metal complexes: E:E.108, E:E.110 MG.8: 10 residues within 4Å: Chain H: T.82, L.84, T.85, P.86, S.92, T.118, R.119, A.120, C.147 Chain I: Y.91 3 PLIP interactions: 2 interactions with chain H, 1 interactions with chain I Metal complexes: H:T.82, H:S.92, I:Y.91 MG.11: 6 residues within 4Å: Chain K: P.86, S.92, A.113, N.115, I.116, T.118 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain K Metal complexes: K:S.92, K:I.116, K:T.118 MG.13: 7 residues within 4Å: Chain P: P.86, Y.91, S.92, A.113, N.115, I.116, T.118 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain P Metal complexes: P:S.92, P:I.116, P:T.118 MG.15: 5 residues within 4Å: Chain T: T.82, L.84, S.92, C.147 Chain X: Y.91 4 PLIP interactions: 1 interactions with chain X, 3 interactions with chain T Metal complexes: X:Y.91, T:T.82, T:L.84, T:S.92 MG.19: 5 residues within 4Å: Chain 3: T.82, L.84, S.92, C.147 Chain 6: Y.91 4 PLIP interactions: 3 interactions with chain 3, 1 interactions with chain 6 Metal complexes: 3:T.82, 3:L.84, 3:S.92, 6:Y.91 MG.22: 7 residues within 4Å: Chain 0: Y.91 Chain 6: T.82, L.84, T.85, P.86, S.92, C.147 4 PLIP interactions: 3 interactions with chain 6, 1 interactions with chain 0 Metal complexes: 6:T.82, 6:L.84, 6:S.92, 0:Y.91

4 x PO4: PHOSPHATE ION(Non-functional Binders)

PO4.5: 10 residues within 4Å: Chain A: N.115, N.117 Chain B: N.115, N.117 Chain C: N.115, N.117 Chain D: N.115, N.117 Chain N: N.115, N.117 11 PLIP interactions: 3 interactions with chain A, 2 interactions with chain B, 2 interactions with chain C, 2 interactions with chain D, 2 interactions with chain N Hydrogen bonds: A:N.115, A:N.115, A:N.117, B:N.115, B:N.117, C:N.115, C:N.117, D:N.115, D:N.117, N:N.115, N:N.117 PO4.9: 11 residues within 4Å: Chain E: N.115, N.117 Chain K: N.115, N.117 Chain P: N.115, N.117 Chain T: N.115, N.117 Chain X: N.115, N.117 Ligands: CL.12 12 PLIP interactions: 2 interactions with chain P, 3 interactions with chain X, 3 interactions with chain K, 2 interactions with chain E, 2 interactions with chain T Hydrogen bonds: P:N.115, P:N.117, X:N.115, X:N.115, X:N.117, K:N.115, K:N.115, K:N.117, E:N.115, E:N.117, T:N.115, T:N.117 PO4.16: 11 residues within 4Å: Chain G: N.115, N.117 Chain H: N.115, N.117 Chain I: N.115, N.117 Chain O: N.115, N.117 Chain V: N.115, N.117 Ligands: CL.18 12 PLIP interactions: 2 interactions with chain H, 2 interactions with chain O, 3 interactions with chain G, 3 interactions with chain I, 2 interactions with chain V Hydrogen bonds: H:N.115, H:N.117, O:N.115, O:N.117, G:N.115, G:N.115, G:N.117, I:N.115, I:N.115, I:N.117, V:N.115, V:N.117 PO4.20: 10 residues within 4Å: Chain 0: N.115, N.117 Chain 3: N.115, N.117 Chain 6: N.115, N.117 Chain F: N.115, N.117 Chain b: N.115, N.117 13 PLIP interactions: 2 interactions with chain 3, 3 interactions with chain 6, 3 interactions with chain F, 3 interactions with chain b, 2 interactions with chain 0 Hydrogen bonds: 3:N.115, 3:N.117, 6:N.115, 6:N.115, 6:N.117, F:N.115, F:N.115, F:N.117, b:N.115, b:N.115, b:N.117, 0:N.115, 0:N.117

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

McPherson, A., Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts. Acta Crystallogr.,Sect.F (2021)

Release Date

2021-12-15

Peptides

Coat protein: ABCDEFGHIKNOPTVX036b

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
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Coat protein

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