SMTL ID : 1jrb.1

The P56A mutant of Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.90 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x FMN: FLAVIN MONONUCLEOTIDE(Non-covalent)

FMN.1: 24 residues within 4Å: Chain A: A.18, S.19, G.20, V.21, K.43, S.44, Y.58, N.67, M.69, L.71, N.127, K.164, V.192, N.193, S.194, G.220, G.221, I.224, T.248, G.249, G.250, G.271, T.272 Ligands: ORO.2 25 PLIP interactions: 25 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:V.21, A:Y.58, A:Y.58 Hydrogen bonds: A:S.19, A:S.44, A:S.44, A:S.44, A:N.127, A:K.164, A:K.164, A:N.193, A:N.193, A:G.221, A:G.250, A:G.271, A:T.272, A:T.272 Water bridges: A:S.19, A:S.19, A:S.99, A:S.99, A:G.249, A:I.251, A:I.251, A:I.251 FMN.3: 23 residues within 4Å: Chain B: A.18, S.19, G.20, V.21, K.43, S.44, Y.58, N.67, M.69, N.127, K.164, V.192, N.193, G.220, G.221, I.224, T.248, G.249, G.250, I.270, G.271, T.272 Ligands: ORO.4 20 PLIP interactions: 20 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:V.21, B:Y.58, B:Y.58 Hydrogen bonds: B:S.19, B:S.44, B:S.44, B:S.44, B:N.127, B:K.164, B:K.164, B:N.193, B:N.193, B:G.221, B:G.250, B:G.271, B:T.272 Water bridges: B:N.190, B:G.249, B:I.251, B:A.273

2 x ORO: OROTIC ACID(Non-covalent)

ORO.2: 14 residues within 4Å: Chain A: K.43, N.67, S.68, M.69, G.70, L.71, P.72, N.127, S.129, C.130, P.131, N.193, S.194 Ligands: FMN.1 12 PLIP interactions: 12 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:L.71 Hydrogen bonds: A:N.67, A:N.67, A:M.69, A:G.70, A:L.71, A:N.127, A:N.193, A:N.193, A:S.194 Water bridges: A:G.218 Salt bridges: A:K.43 ORO.4: 13 residues within 4Å: Chain B: K.43, N.67, S.68, M.69, G.70, L.71, P.72, N.127, S.129, C.130, N.193, S.194 Ligands: FMN.3 13 PLIP interactions: 13 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:L.71 Hydrogen bonds: B:N.67, B:M.69, B:G.70, B:L.71, B:N.127, B:P.131, B:N.193, B:N.193, B:S.194 Water bridges: B:N.67, B:N.132 Salt bridges: B:K.43

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Norager, S. et al., Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function. J.Biol.Chem. (2003)

Release Date

2003-09-09

Peptides

dihydroorotate dehydrogenase A: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

dihydroorotate dehydrogenase A