SMTL ID : 1kep.1

The crystal structure of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB) from Streptococcus suis with dTDP-xylose bound

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 1.80 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

3 x SO4: SULFATE ION(Non-functional Binders)

SO4.1: 3 residues within 4Å: Chain A: G.53, D.54, R.55 6 PLIP interactions: 6 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:D.54, A:R.55 Water bridges: A:Y.25, A:R.55, A:R.55 Salt bridges: A:R.55 SO4.2: 5 residues within 4Å: Chain A: K.258, T.309, D.310, F.311, S.312 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:F.311, A:S.312 Salt bridges: A:K.258 SO4.5: 5 residues within 4Å: Chain B: K.258, T.309, D.310, F.311, S.312 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:D.310, B:F.311, B:S.312 Salt bridges: B:K.258

2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.3: 28 residues within 4Å: Chain A: G.11, A.13, G.14, F.15, I.16, D.37, K.38, L.39, T.40, A.42, G.43, G.61, D.62, I.63, Y.82, A.83, A.84, S.86, T.101, V.123, S.124, Y.161, K.165, C.188, S.189, N.190, N.191 Ligands: TDX.4 29 PLIP interactions: 29 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:I.16 Hydrogen bonds: A:A.13, A:F.15, A:I.16, A:K.38, A:L.39, A:T.40, A:T.40, A:D.62, A:D.62, A:I.63, A:Y.82, A:A.84, A:S.86, A:K.165, A:N.191, A:N.191 Water bridges: A:G.14, A:G.17, A:A.42, A:E.85, A:S.86, A:N.191, A:Q.196, A:Q.196, A:H.197, A:K.200 Salt bridges: A:K.200, A:K.200 NAD.6: 28 residues within 4Å: Chain B: G.11, A.13, G.14, F.15, I.16, D.37, K.38, L.39, T.40, A.42, G.43, G.61, D.62, I.63, Y.82, A.83, A.84, S.86, T.101, V.123, S.124, Y.161, K.165, C.188, S.189, N.190, N.191 Ligands: TDX.7 30 PLIP interactions: 30 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:I.16 Hydrogen bonds: B:A.13, B:F.15, B:I.16, B:K.38, B:L.39, B:T.40, B:T.40, B:I.63, B:Y.82, B:A.84, B:S.86, B:T.101, B:T.101, B:Y.161, B:K.165, B:N.191, B:N.191 Water bridges: B:G.14, B:G.17, B:Y.41, B:A.42, B:S.86, B:N.191, B:Q.196, B:Q.196, B:H.197, B:K.200 Salt bridges: B:K.200, B:K.200

2 x TDX: THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-BETA-D-XYLOSE(Non-covalent)

TDX.4: 10 residues within 4Å: Chain A: S.86, N.88, T.125, E.127, Y.161, N.190, K.200, R.225, R.284 Ligands: NAD.3 17 PLIP interactions: 17 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:S.86, A:N.88, A:T.125, A:T.125, A:E.127, A:E.127, A:Y.161, A:N.190, A:N.190, A:K.200, A:R.284, A:R.284 Water bridges: A:H.87, A:D.126, A:N.191, A:R.225, A:R.225 TDX.7: 22 residues within 4Å: Chain B: S.86, H.87, N.88, T.125, E.127, Y.161, N.190, E.199, K.200, F.201, R.204, Q.205, K.216, L.217, Y.218, N.223, R.225, N.260, R.284, H.287, Y.340 Ligands: NAD.6 24 PLIP interactions: 24 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:F.201, B:Y.218 Hydrogen bonds: B:S.86, B:N.88, B:T.125, B:N.190, B:K.200, B:F.201, B:R.204, B:Q.205, B:K.216, B:Y.218, B:N.260, B:H.287 Water bridges: B:T.125, B:D.126, B:N.191, B:R.225, B:R.284 Salt bridges: B:H.87, B:R.225, B:R.284, B:R.284 pi-Stacking: B:Y.218

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Allard, S.T. et al., Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. Structure (2002)

Release Date

2002-01-25

Peptides

dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase

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