SMTL ID : 1keu.1

The crystal structure of dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase (RmlB) from Salmonella enterica serovar Typhimurium with dTDP-D-glucose bound

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.40 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

2 x DAU: 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE(Non-covalent)

DAU.1: 25 residues within 4Å: Chain A: S.84, H.85, V.86, D.87, T.133, D.134, E.135, Y.167, C.194, S.195, N.196, E.205, K.206, L.207, L.210, P.222, I.223, Y.224, R.231, N.266, R.297, H.300, Y.304, Y.357 Ligands: NAD.2 27 PLIP interactions: 27 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.224 Hydrogen bonds: A:S.84, A:T.133, A:T.133, A:D.134, A:E.135, A:E.135, A:Y.167, A:Y.167, A:N.196, A:K.206, A:L.207, A:P.222, A:Y.224, A:R.231, A:N.266, A:Y.357 Water bridges: A:H.85, A:H.85, A:N.196, A:R.231, A:R.297 Salt bridges: A:H.85, A:R.231, A:R.297, A:R.297 pi-Stacking: A:Y.224 DAU.3: 24 residues within 4Å: Chain B: S.84, H.85, V.86, D.87, T.133, D.134, E.135, Y.167, C.194, S.195, N.196, E.205, K.206, L.207, L.210, P.222, I.223, Y.224, R.231, N.266, R.297, H.300, Y.357 Ligands: NAD.4 23 PLIP interactions: 23 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:Y.224 Hydrogen bonds: B:S.84, B:T.133, B:T.133, B:D.134, B:E.135, B:Y.167, B:N.196, B:K.206, B:L.207, B:P.222, B:Y.224, B:R.231, B:N.266 Water bridges: B:H.85, B:N.196, B:R.231, B:R.297 Salt bridges: B:H.85, B:R.231, B:R.297, B:R.297 pi-Stacking: B:Y.224

2 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.2: 29 residues within 4Å: Chain A: G.7, A.9, G.10, F.11, I.12, D.32, K.33, L.34, T.35, A.37, G.38, A.57, D.58, I.59, L.80, A.81, A.82, S.84, T.99, I.131, S.132, T.133, Y.167, K.171, C.194, S.195, N.196, N.197 Ligands: DAU.1 28 PLIP interactions: 28 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:I.12 Hydrogen bonds: A:A.9, A:F.11, A:I.12, A:G.13, A:K.33, A:L.34, A:T.35, A:T.35, A:D.58, A:I.59, A:L.80, A:A.82, A:S.84, A:T.99, A:K.171, A:N.197, A:N.197 Water bridges: A:G.10, A:E.83, A:S.84, A:S.84, A:N.197, A:H.202, A:H.202, A:K.206, A:K.206 pi-Cation interactions: A:H.239 NAD.4: 29 residues within 4Å: Chain B: G.7, A.9, G.10, F.11, I.12, D.32, K.33, L.34, T.35, A.37, G.38, A.57, D.58, I.59, L.80, A.81, A.82, S.84, T.99, I.131, S.132, T.133, Y.167, K.171, C.194, S.195, N.196, N.197 Ligands: DAU.3 27 PLIP interactions: 27 interactions with chain B Hydrophobic interactions: B:I.12 Hydrogen bonds: B:A.9, B:F.11, B:I.12, B:G.13, B:K.33, B:L.34, B:T.35, B:T.35, B:I.59, B:L.80, B:A.82, B:S.84, B:T.99, B:T.99, B:Y.167, B:K.171, B:N.197, B:N.197 Water bridges: B:G.10, B:Y.36, B:A.37, B:S.84, B:N.197, B:H.202, B:H.202, B:K.206

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Allard, S.T. et al., Toward a structural understanding of the dehydratase mechanism. Structure (2002)

Release Date

2002-01-25

Peptides

dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase

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