SMTL ID : 1kvs.1

UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE COMPLEXED WITH UDP-PHENOL

Coordinates

PDB Format Compare

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.15 Å

Oligo State

monomer

Ligands

2 x NA: SODIUM ION(Non-functional Binders)

NA.1: 1 residues within 4Å: Chain A: Q.91 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:Q.91 Water bridges: A:V.90 NA.2: 2 residues within 4Å: Chain A: Q.194, I.196 4 PLIP interactions: 4 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:N.198 Water bridges: A:Q.194, A:N.198, A:N.198

1 x NAD: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE(Non-covalent)

NAD.3: 26 residues within 4Å: Chain A: G.7, S.9, G.10, Y.11, I.12, D.31, N.32, L.33, C.34, N.35, S.36, G.57, D.58, I.59, F.80, A.81, G.82, K.84, N.99, S.122, S.123, Y.149, K.153, Y.177, P.180 Ligands: UPG.4 25 PLIP interactions: 25 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:Y.177 Hydrogen bonds: A:G.7, A:Y.11, A:I.12, A:N.32, A:N.32, A:C.34, A:N.35, A:N.35, A:S.36, A:D.58, A:I.59, A:R.60, A:F.80, A:G.82, A:S.122, A:K.153 Water bridges: A:G.13, A:L.83, A:K.84, A:K.153, A:P.180, A:N.199 Salt bridges: A:K.84, A:K.84

1 x UPG: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE(Non-covalent)

UPG.4: 20 residues within 4Å: Chain A: T.124, T.126, Y.149, F.178, N.179, N.198, N.199, L.200, L.215, A.216, I.217, F.218, G.229, R.231, Y.233, V.269, R.292, D.295, Y.299 Ligands: NAD.3 19 PLIP interactions: 19 interactions with chain A Hydrophobic interactions: A:F.218 Hydrogen bonds: A:Y.149, A:N.179, A:N.199, A:N.199, A:L.200, A:A.216, A:F.218, A:Y.299 Water bridges: A:K.84, A:V.86, A:M.201, A:A.216, A:R.231, A:R.231, A:D.295 Salt bridges: A:R.231, A:R.292, A:R.292

1 x PEG: DI(HYDROXYETHYL)ETHER(Non-functional Binders)

PEG.5: 3 residues within 4Å: Chain A: L.250, K.253, Y.259 3 PLIP interactions: 3 interactions with chain A Water bridges: A:K.253, A:K.253, A:E.309

Links

RCSB   PDBe   PDBe-KB   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Thoden, J.B. et al., Molecular structures of the S124A, S124T, and S124V site-directed mutants of UDP-galactose 4-epimerase from Escherichia coli. Biochemistry (1997)

Release Date

1998-03-18

Peptides

UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE: A

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE